Materials Studio Linux 集群安装手册(比较详细)
materials studio操作手册
materials studio操作手册【实用版】目录1.Materials Studio 简介2.Materials Studio 的功能3.Materials Studio 的使用方法4.Materials Studio 的优缺点正文1.Materials Studio 简介Materials Studio 是一款专业的材料科学研究软件，广泛应用于材料模拟、计算和数据分析等领域。
该软件旨在为科研人员和工程师提供一套全面、高效的材料研究解决方案，帮助用户加速材料设计和开发过程。
2.Materials Studio 的功能Materials Studio 具有以下主要功能：(1) 材料模拟：可以进行第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛等模拟，为用户提供多种材料模拟方案。
(2) 计算分析：提供多种计算方法，包括能量、力、磁性、电子性质等分析，帮助用户深入了解材料性质。
(3) 数据处理与分析：可以处理和分析各种材料数据，包括晶体结构、电子衍射、光学性质等。
(4) 材料设计与优化：通过模拟和计算，可以辅助用户进行材料设计和优化，提高材料性能。
(5) 可视化：提供多种可视化工具，方便用户观察和分析模拟结果。
3.Materials Studio 的使用方法(1) 安装：首先需要下载并安装 Materials Studio 软件，安装过程中需要输入许可证密钥。
(2) 学习：为了熟练使用 Materials Studio，用户需要学习相关的操作技巧和模拟方法。
可以通过阅读官方教程、参加培训课程或请教有经验的同行来学习。
(3) 创建项目：在 Materials Studio 中创建一个新项目，可以导入所需的材料参数和结构数据。
(4) 设定模拟参数：根据需求选择合适的模拟方法，并设置相关参数，如模拟温度、压力等。
(5) 运行模拟：启动模拟任务，等待模拟结果。
(6) 分析结果：通过可视化工具观察和分析模拟结果，提取所需信息。
materials studio操作手册
materials studio操作手册Materials Studio是一款功能强大的材料模拟软件，广泛应用于材料科学、化学、物理等领域。
本手册旨在向初学者介绍Materials Studio 的基本操作方法，帮助读者快速上手和熟练使用该软件。
一、软件介绍Materials Studio是由Accelrys公司开发的一款材料模拟软件，提供了多种计算和模拟工具，包括材料结构建模、分子动力学模拟、密度泛函理论计算等。
软件界面简洁直观，操作相对简单，适合初学者学习和使用。
二、软件安装1. 下载Materials Studio安装包，双击运行安装程序。
2. 按照安装向导的提示进行安装，并选择安装路径。
3. 安装完成后，打开软件，输入许可证信息进行激活。
三、材料结构建模1. 打开Materials Studio，点击菜单栏的“建模”选项。
2. 在“建模”界面中，选择所需的建模工具，如“晶体构建”、“分子段构建”等。
3. 根据需要输入所需的参数，如晶体的晶面、晶格常数等。
4. 完成结构建模后，保存并命名该模型。
四、模拟计算1. 在Materials Studio主界面，点击菜单栏的“计算模拟”选项。
2. 在“计算模拟”界面中，选择所需的计算方法，如分子动力学模拟、能带计算等。
3. 根据需要输入所需的参数，如温度、压力、模拟时间等。
4. 点击“开始计算”按钮，等待计算结果的生成。
五、数据分析与可视化1. 根据计算结果，在Materials Studio主界面选择“后处理与分析”选项。
2. 在“后处理与分析”界面中，选择所需的分析工具，如晶体结构分析、能带分析等。
3. 输入相应的参数和选择所需的分析方法。
4. 运行分析工具后，生成分析结果，并通过可视化方式展示。
六、参数优化1. 在Materials Studio主界面，选择“参数优化”选项。
2. 在“参数优化”界面中，选择所需的优化算法，如遗传算法、全局优化算法等。
Material_Studio的安装
Linux 服务器: x86 (32-bit) 处理器 (包括 clusters) : Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 3.0 (update 9) Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.0 (updates 5 and 推荐：CentOS / 6) SuSE™ Linux Enterprise Server - 9 (SP4) and 10 (base or SP1) x86-64 处理器 (包括 clusters) : 必须的安装包： AS, ES, and WS - 4.0 (updates 5 and 6) Red Hat Enterprise Linux glibc-2.3.2-95.50 5 (base and update 1) Red Hat Enterprise Linux hpmpi-2.02.05.01-20070708r.i386 Red Hat Enterprise Linux Desktop 5 (base and update 1) SuSE Linux Enterprise libgcc-3.2.3-59 Server - 9 (SP4) and 10 (base or SP1) Itanium® 2 处理器 : libstdc++-3.2.3-59 Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.0 (updates 5 and 6) 其它：PBS Pro，torqueand update 1) Red Hat Enterprise Linux 5 (base Red Hat Enterprise Linux Desktop 5 (base and update 1) SuSE Linux Enterprise Server 10 (base or SP1)
Materials Studio for Linux 安装教程
Materials Studio for Linux安装教程软件版本：Materials Studio 8.0 操作系统：CentOS 7 x86_64 1161 普通账户：zwz红字字体为敲入的代码或修改的内容，蓝色字体为注意事项，紫色字体为补充说明1. 安装前的准备将MS软件、证书和库文件拷贝或上传至普通用户的根目录[zwz@zifeng ~]$ lsglibc-2.17-157.el7.i686.rpm libgcc-4.8.5-11.el7.i686.rpm libstdc++-4.8.5-11.el7.i686.rpm Materials Studio80.tgz msi.lic Music perl5 Pictures Public Templates Videos切换至root用户[zwz@zifeng ~]$ suPassword:检查主机名[root@zifeng zwz]# hostnamezifeng修改hosts文件[root@zifeng zwz]# vi /etc/hosts127.0.0.1 zifeng localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4::1 localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6关闭防护墙[root@zifeng zwz]# systemctl stop firewalld.service[root@zifeng zwz]# systemctl disable firewalld.serviceRemoved symlink /etc/systemd/system/dbus-org.fedoraproject.FirewallD1.service.Removed symlink /etc/systemd/system/basic.target.wants/firewalld.service.当操作系统为CentOS 6等时，如下执行：[root@zifeng zwz]# service iptables stop[root@zifeng zwz]# chkconfig iptables off更改SELiunx为disabled[root@zifeng zwz]# vi /etc/selinux/config# This file controls the state of SELinux on the system.# SELINUX= can take one of these three values:# enforcing - SELinux security policy is enforced.# permissive - SELinux prints warnings instead of enforcing.# disabled - No SELinux policy is loaded.SELINUX=disabled# SELINUXTYPE= can take one of three two values:# targeted - Targeted processes are protected,# minimum - Modification of targeted policy. Only selected processes are protected.# mls - Multi Level Security protection.SELINUXTYPE=targeted检查库文件是否齐全[root@zifeng zwz]# rpm -qa|grep libgcclibgcc-4.8.5-11.el7.x86_64[root@zifeng zwz]# rpm -qa|grep glibccompat-glibc-2.12-4.el7.centos.x86_64glibc-devel-2.17-157.el7.x86_64glibc-common-2.17-157.el7.x86_64compat-glibc-headers-2.12-4.el7.centos.x86_64glibc-headers-2.17-157.el7.x86_64glibc-2.17-157.el7.x86_64[root@zifeng zwz]# rpm -qa|grep libstdc++libstdc++-4.8.5-11.el7.x86_64libstdc++-devel-4.8.5-11.el7.x86_64要求这三个库文件的32位、64为位程序都安装，发现缺少32位libgcc-4.8.5-11.el7.i686、glibc-2.17-157.el7.i686和libstdc++-4.8.5-11.el7.i686程序。
Materials Studio for Linu 安装教程
Materials Studio for Linux安装教程软件版本：Materials Studio 8.0 操作系统：CentOS 7 x86_64 1161 普通账户：zwz红字字体为敲入的代码或修改的内容，蓝色字体为注意事项，紫色字体为补充说明1. 安装前的准备将MS软件、证书和库文件拷贝或上传至普通用户的根目录[zwz@zifeng ~]$ lsglibc-2.17-157.el7.i686.rpm libgcc-4.8.5-11.el7.i686.rpm libstdc++-4.8.5-11.el7.i686.rpm Materials Studio80.tgz msi.lic Music perl5 Pictures Public Templates Videos切换至root用户[zwz@zifeng ~]$ suPassword:检查主机名[root@zifeng zwz]# hostnamezifeng修改hosts文件[root@zifeng zwz]# vi /etc/hosts127.0.0.1 zifeng localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4::1 localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6关闭防护墙[root@zifeng zwz]# systemctl stop firewalld.service[root@zifeng zwz]# systemctl disable firewalld.serviceRemoved symlink /etc/systemd/system/dbus-org.fedoraproject.FirewallD1.service.Removed symlink /etc/systemd/system/basic.target.wants/firewalld.service.当操作系统为CentOS 6等时，如下执行：[root@zifeng zwz]# service iptables stop[root@zifeng zwz]# chkconfig iptables off更改SELiunx为disabled[root@zifeng zwz]# vi /etc/selinux/config# This file controls the state of SELinux on the system.# SELINUX= can take one of these three values:# enforcing - SELinux security policy is enforced.# permissive - SELinux prints warnings instead of enforcing.# disabled - No SELinux policy is loaded.SELINUX=disabled# SELINUXTYPE= can take one of three two values:# targeted - Targeted processes are protected,# minimum - Modification of targeted policy. Only selected processes are protected.# mls - Multi Level Security protection.SELINUXTYPE=targeted检查库文件是否齐全[root@zifeng zwz]# rpm -qa|grep libgcclibgcc-4.8.5-11.el7.x86_64[root@zifeng zwz]# rpm -qa|grep glibccompat-glibc-2.12-4.el7.centos.x86_64glibc-devel-2.17-157.el7.x86_64glibc-common-2.17-157.el7.x86_64compat-glibc-headers-2.12-4.el7.centos.x86_64glibc-headers-2.17-157.el7.x86_64glibc-2.17-157.el7.x86_64[root@zifeng zwz]# rpm -qa|grep libstdc++libstdc++-4.8.5-11.el7.x86_64libstdc++-devel-4.8.5-11.el7.x86_64要求这三个库文件的32位、64为位程序都安装，发现缺少32位libgcc-4.8.5-11.el7.i686、glibc-2.17-157.el7.i686和libstdc++-4.8.5-11.el7.i686程序。
materials studio操作手册
materials studio操作手册（实用版）目录1.Materials Studio 简介2.操作手册的主要内容3.如何使用 Materials Studio 进行基本操作4.高级操作技巧与示例5.材料建模与模拟的实践应用6.常见问题与解决方案正文【1.Materials Studio 简介】Materials Studio 是一款专业的材料科学模拟软件，广泛应用于材料研究、教育等领域。
该软件集成了多种模拟方法，如第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛模拟等，能够实现对材料的结构、性能、缺陷等方面的研究。
Materials Studio 具有用户友好的界面，支持可视化操作，使得用户可以轻松地搭建模型、设置参数、运行模拟和分析结果。
【2.操作手册的主要内容】Materials Studio 操作手册主要包括以下几个方面的内容：（1）软件安装与配置：介绍如何安装 Materials Studio 及其依赖库，以及配置环境变量等。
（2）界面与基本操作：介绍 Materials Studio 的操作界面，包括菜单栏、工具栏、状态栏等，以及如何进行文件的保存、导入、导出等基本操作。
（3）模型构建与参数设置：介绍如何添加原子、分子、晶体等模型，以及如何设置模拟参数，如温度、压力、晶格常数等。
（4）模拟运行与结果分析：介绍如何运行模拟，以及如何分析结果，如计算能量、力、电荷密度等。
（5）高级操作技巧与示例：介绍如何进行高级操作，如自定义模拟算法、编写脚本等，并提供典型示例。
（6）材料建模与模拟的应用：介绍如何应用 Materials Studio 进行材料研究，如晶体结构预测、材料性能优化等。
【3.如何使用 Materials Studio 进行基本操作】（1）打开软件：在 Windows 系统下，点击“开始”菜单，找到“Materials Studio”并双击；在 Mac 和 Linux 系统下，进入终端，输入命令并回车。
Material
Material Studio 8.0 安装拿到了MS8.0，感觉很好，抓紧时间安装了。
⽤了两周，突然在想，我从坛⼦⾥获得了MS8，总该回馈坛⼦⼀点⼉什么吧。
这样吧，说说在CentOS上安装MS8.0的详细过程在CentOS上安装MS8.0的详细过程环境:CentOS 6.3 x86_64⾸先检查主机名。
[root@q~]# hostnameqq这个主机名是我⾃⼰的姓⽒字母。
其实主机名⽆所谓，但是既然是做⼀个“零基础通⽤教程”，我还是改⼀个统⼀名字吧，不如叫MSserver如何？去修改/etc/sysconfig/network开始改名：[root@q~]# vi /etc/sysconfig/network修改后的network内容如下：NETWORKING=yesHOSTNAME=MSserver然后重启电脑，让新⽤户名⽣效。
检查hosts⽂件，主要是为了把MSserver加⼊本地回环中。
[root@MSserver~]# vi /etc/hosts修改后的hosts⽂件内容如下127.0.0.1 MSserver localhost localhost.localdomain localhost4localhost4.localdomain4::1 localhost localhost.localdomain localhost6localhost6.localdomain6然后关闭防⽕墙，防⽌防⽕墙跟咱们捣乱。
[root@MSserver~]# service iptables stopiptables：清除防⽕墙规则： [确定]iptables：将链设置为政策ACCEPT：filter [确定]iptables：正在卸载模块： [确定]然后关闭SELINUX防⽌美国国家安全局跟咱们捣乱。
打开/etc/selinux/config⽂件，修改内容如下：SELINUX=disabledSELINUXTYPE=targeted其实呢，防⽕墙和SELINUX不关闭，安装过程也未必就有问题。
material_studio_中文版帮助手册
欢迎欢迎使用Materials StudioMaterials Studio是一个采用服务器/客户机模式的软件环境，它为你的PC机带来世界最先进的材料模拟和建模技术。
Materials Studio使你能够容易地创建并研究分子模型或材料结构，使用极好的制图能力来显示结果。
与其它标准PC软件整合的工具使得容易共享这些数据。
Materials Studio的服务器/客户机结构使得你的Windows NT/2000/XP，Linux和UNIX服务器可以运行复杂的计算，并把结果直接返回你的桌面。
Materials Studio采用材料模拟中领先的十分有效并广泛应用的模拟方法。
Accelry’s的多范围的软件结合成一个集量子力学、分子力学、介观模型、分析工具模拟和统计相关为一体容易使用的建模环境。
卓越的建立结构和可视化能力和分析、显示科学数据的工具支持了这些技术。
无论是使用高级的运算方法，还是简单地利用Materials Studio增强你的报告或演讲，你都可以感到自己是在用的一个优秀的世界级材料科学与化学计算软件系统。
易用性与灵活性Materials Studio可以在Windows 98,Me，NT，2000和XP下运行。
用户界面符合微软标准，你可以交互控制三维图形模型、通过简单的对话框建立运算任务并分析结果，这一切对Windows用户都很熟悉。
Materials Studio的中心模块是Materials Visualizer。
它可以容易地建立和处理图形模型，包括有机无机晶体、高聚物、非晶态材料、表面和层状结构。
Materials Visualizer 也管理、显示并分析文本、图形和表格格式的数据，支持与其它字处理、电子表格和演示软件的数据交换。
Materials Studio是一个模块化的环境。
每种模块提供不同的结构确定、性质预测或模拟方法。
你可以选择符合你要求的模块与Materials Visualizer组成一个无缝的环境。
Materials-Studio 论坛问答全集
【转帖】Materials-Studio 论坛问答全集（精选众多论坛讨论贴）★★wuli8(金币+2):感谢分享2010-03-05 15:24Materials-Studio 论坛问答全集（精选众多论坛讨论贴）转载其它论坛的贴子，希望对于新手有所帮助！不会找我要版权吧，怕怕！字体: 小中大| 打印发表于: 2008-1-05 15:03 作者: matsim 来源: 材料计算模拟社区1、问：用MS构造晶体时要先确立空间群,可是那些空间群的代码是啥意思啊,看不懂,我想做的是聚乙烯醇的晶体,嘿嘿,也不知道去哪可以查到它的空间群答：A、要做晶体，首先要查询晶体数据，然后利用晶体数据再建立模型。
晶体数据来源主要是文献，或者一些数据库，比如CCDC。
你都不知道这个晶体是怎么样的，怎么指定空间群呢？要反过来做事情哦：）B、我不知道你指示的代码是数字代码还是字母代码,数字代码它对应了字母的代码，而字母的代码它含盖了一些群论的知识(晶系,对称操作等),如果要具体了解你的物质或者材料属于那一个群，你可以查阅一下相关的手册,当然你要了解一些基本的群论知识.MS自带了一些材料的晶体结构,你可以查询一下.2、问：各位高手，我用ms中的castep进行运算。
无论cpu是几个核心，它只有一个核心在工作。
这个怎么解决呢？答：请先确认以下几个问题：1，在什么系统下装，是否装了并行版本。
2，计算时设置参数的地方是否选择了并行。
3，程序运算时，并不是时时刻刻都要用到多个CPU3、问：我已经成功地安装了MS3.1的Linux版本，串行的DMol3可以成功运行。
但是运行并行的时候出错。
机器是双Xeon5320(四核)服务器，rsh和rlogin均开启，RHEL4.6系统。
其中hosts.equiv的内容如下：localhostibm-consolemachines.LINUX的内容如下：localhost:8现在运行RunDMol3.sh时，脚本停在$MS_INSTALL_ROOT/MPICH/bin/mpirun $nolocal -np $nproc $MS_INSTALL_ROOT/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe $rootname$DMOL3_DATA这一处，没法执行这一命令并行运算时，出现以下PIxxxx(x为数字)输出ibm-console 0 /home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exelocalhost 3 /home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe请问这是什么原因？谢谢！答：主要是rsh中到ibm-console的没有设置把/etc/hosts改为127.0.0.1 localhost.localdomain localhost ibm-console在后面加个ibm-console也希望对大家有帮助!4、问：在最后结果的dos图中,会显示不同电子spd的贡献,我想问的是,假设MS考虑的原子Mg的电子组态为2p6 3s2,那么最后的dos结果中的s,p是不是就是2p,跟3s的贡献.比如更高能量的3p是否可能出现在dos中?如果可能的话，在这种情况下,如何区分2p和3p的贡献,谢谢.答：A、取决于你的餍势势里面没有3p电子，DOS怎么会有呢？自然，你的1p1s也不会出现在你的DOS中。
SuseLinux9操作系统安装指导手册
SUSE 9操作系统安装指导手册中兴通讯股份有限公司变更记录/ 工程文档 / 培训资料 / 其它目录第1章安装Suse Linux操作系统 (3)1.1 安装准备 (3)1.2 操作系统的安装步骤 (3)1.3 安装后的配置 (13)1.4 配置网络环境 (15)第1章安装Suse Linux操作系统本安装文档针对X86平台，在X86平台上安装SLES9（SUSE Linux Enterprise Server Version 9）系统都适用此文档。
在商用环境中，很多平台是基于X86_64的，但我们的业务程序目前是在X86_32环境下开发的，所以仍然要安装X86_32的SLES9。
1.1 安装准备检查软件安装盘是否已配备齐全，包括：1．SUSE LINUX操作系统安装盘前四张（SUSE Linux Enterprise Server 9），我们安装的一共有12张盘和2张刻录的SP2补丁盘，我们安装时用的是其中Interl X86平台的前四张。
2．SLES9 ServicePack3-i386-CD的前两张3．安装说明：市场上常见的X86架构的PC服务器，都自带有一张启动盘。
在进行一般的操作系统安装时，都用这张启动盘引导系统，然后再进行操作系统的安装。
可是有些启动盘不支持X86的SLES9安装，此时，就需要用SLES9的SP3 CD1来引导系统，并进行安装。
SP3 CD1中含有大多数RAID卡和SCSI控制器的驱动程序，能让安装光盘准确地识别出服务上的硬盘。
注意：一定要用SP3 CD1来引导安装操作系统，安装完系统和会自动识别出光纤卡。
1.2 操作系统的安装步骤准备好SLES9的安装介质，包含系统安装光盘的前四张说明：一共有12张盘和2张刻录的SP2补丁盘，我们安装时用的是其中Interl X86平台的前四张和SP3补丁光盘的前两张SLES9-ServicePack3-i386-CD1,CD2）。
比较完整的Materials studio 介绍
比较完整的Materials studio 介绍一、Accelrys材料科学软件的主要应用领域包括：- 固体物理及表面化学- 催化、分离与化学反应- 高分子及软材料- 纳米材料- 材料表征与仪器分析- 晶体与结晶- QSAR (定量构效关系) 与配方设计Accelrys(美国)公司是世界领先的计算科学公司，是一系列用于科学数据的挖掘、整合、分析、模建与模拟、管理和提交交互式报告的智能软件的开发者，是目前全球范围内唯一能够提供分子模拟、材料设计、化学信息学和生物信息学全面解决方案和相关服务的软件供应商，所提供的全面解决方案和科技服务满足了当今全球领先的研究和开发机构的要求。
Accelrys材料科学软件产品提供了全面和完善的模拟环境，可以帮助研究者构建、显示和分析分子、固体、表面和界面的结构模型，并研究、预测材料的结构与相关性质。
Accelrys的软件是高度模块化的集成产品，用户可以自由定制、购买自己的软件系统，以满足研究工作的不同需要。
Accelrys软件用于材料科学研究的主要产品是Materials Studio分子模拟软件，它可以运行在台式机、各类型服务器和计算集群等硬件平台上。
Ma terials Studio分子模拟软件广泛应用在石油、化工、环境、能源、制药、电子、食品、航空航天和汽车等工业领域和教育科研部门；这些领域中具有较大影响的跨国公司及世界著名的高校、科研院所等研究机构几乎都是Accelrys产品的用户。
Materials Studio分子模拟软件采用了先进的模拟计算思想和方法，如量子力学（Q M）、线性标度量子力学(Linear Scaling Q M)、分子力学(MM)、分子动力学(MD)、蒙特卡洛(MC)、介观动力学(MesoDyn)和耗散粒子动力学（DPD）、统计方法QSAR(Quantitative Structure - Activity Relationship )等多种先进算法和X射线衍射分析等仪器分析方法；模拟的内容包括了催化剂、聚合物、固体及表面、界面、晶体与衍射、化学反应等材料和化学研究领域的主要课题。
materials studio操作手册
materials studio操作手册摘要：1.Materials Studio 简介2.Materials Studio 操作手册内容概述3.操作手册的主要章节和内容4.如何获取和安装Materials Studio5.Materials Studio 的基本操作和功能6.材料建模和模拟的流程7.常见问题和解决方案8.材料科学研究中的应用案例正文：Materials Studio 是一款专业的材料科学研究软件，广泛应用于材料模拟、计算和数据分析等领域。
它提供了丰富的功能和工具，使得科研人员可以更加高效地进行材料研究和开发。
操作手册是Materials Studio 的重要组成部分，它详细介绍了软件的使用方法和技巧。
操作手册的内容涵盖了Materials Studio 的各个方面，包括软件的安装、界面操作、功能模块、材料建模和模拟等。
操作手册的主要章节包括：软件安装和配置、界面导航和基本操作、材料建模和模拟、数据处理和分析、脚本编写和自动化等。
在这些章节中，用户可以找到详细的操作步骤和实例，帮助他们更好地掌握Materials Studio 的使用方法。
在获取和安装Materials Studio 方面，用户需要先购买软件许可证，然后从官方网站下载软件安装包。
安装过程中需要按照提示进行操作，确保软件能够正确安装和运行。
Materials Studio 的基本操作和功能包括：文件管理、界面导航、视图控制、选择和编辑等。
通过掌握这些操作，用户可以更加高效地进行材料研究和开发。
材料建模和模拟是Materials Studio 的核心功能，它包括：材料结构输入、模拟参数设置、模拟过程监控、结果分析等。
用户需要按照流程进行操作，以获得准确的模拟结果。
在使用Materials Studio 过程中，可能会遇到一些常见问题，如软件无法启动、模拟结果不准确等。
针对这些问题，操作手册提供了详细的解决方案，帮助用户排除故障。
Materials-Studio教程
Materials Studio 实用指南目录Preface.前言专题1.COF晶胞的构建专题2.CMP模型的构建Reflex模块介绍Forcite模块介绍Sorption模块教程DFTB+模块介绍VAMP模块介绍DMol3模块介绍CASTEP模块介绍GULP模块介绍专题3.综合应用专题4 Materials Studio的安装与设置专题1. COF晶胞的构建在这一节，我们来了解一下如何用Materials Studio内的建模工具构建COF晶胞。
COF材料在近几年内获得了越来越多的关注，相关研究涉及的层面也越来越广泛。
但是从材料的构成来看，COF与其他高分子材料并无本质的不同，为什么COF就这么受到瞩目？因为COF材料是晶体材料。
如果一种材料是晶体材料，从理论角度说，通过研究其单个晶胞的性质，就可以推知该材料的宏观特性，从应用角度说，只要得到特征的XRD衍射线，就可以断定得到了预期的材料，且其结构与性质必定与具备相同XRD 谱线的同类样品完全一致，这是只有晶体材料才能具备的特性。
也正因为COF具备晶体材料的这些优良特性，才能被学术界如此看重。
COF材料的晶体属性为相关研究带来了相当广阔的发挥空间，但也对研究者提出了更高的要求，如果要在这一领域开展深入探索，不但要掌握合成方面的必要技能，还要对晶体的结构与性质具有一定程度的了解，最好还能够独立操作相关软件设计COF结构，构建COF晶体模型，并进行一些基本性质的计算。
在本专题，我们就如何用MS平台构建COF晶胞开展一些初步的探索，也算是回应COF材料带给我们的挑战的第一步。
COF材料最初由Yaghi小组合成，并发表在2005年的Science上。
在通篇文献中，我认为最引人注目的就是右边这张COF材料的结构模拟图。
在该文献支持信息中我们还会了解到，正文中涉及的COF结构均是由Cerius2软件完成——包括XRD谱图的解析，晶胞的构建以及结构优化——该软件是Materials Studio早期的Unix工作站版本，我们也可以把它看成是目前的Materials Studio的前身，两者主要模块及功能完全一致，所以我们可以肯定，用相对容易接触到的MS也肯定能完成相同的工作。
Materials Studio 6.0小集群安装教程(简化版)
cd /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio60/etc/Gateway/root_default/dsd/conf/
vim gw-info.sbd
修改totalcpu
vim gwparams.cfg
同上
6. 设置开机自动启动gateway服务
作者：吴庭炎 来源：本站原创 发布时间：2012年12月16日 点击数： 340
本教程基于Rocks Cluster+MS 6.0，其他版本的MS和Linux distribution配置相似，只需相应修改部分参数。
1. 安装mpi组件
这里装的是HP的MPI，所有节点。intel有收费的MPI lib，以下命令以root执行
cp msi60.lic /home/msi/Accelrys/LicensePack/Licenses/
5. 设置并行信息
vim /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio60/share/data/machines.LINUX
添加其他节点的hostname，rocks默认把计算节点按compute-0-0、compute-0-1的规律加上去。
cd /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio60/etc/Gateway/
cp msgateway_control_18888 /etc/rc.d/init.d/
/sbin/chkconfig --add msgateway_control_18888
2. 添加专用用户
useradd msi #新建用户
passwd msi #修改密码
rocks sync users #将用户信息同步到其他节点
materials studio操作手册
materials studio操作手册【最新版】目录1.Materials Studio 简介2.操作手册内容概述3.手册中的主要章节和内容4.如何使用 Materials Studio 进行基本操作5.高级操作和技巧6.材料模拟与分析7.常见问题与解决方案正文【Materials Studio 简介】Materials Studio 是一款功能强大的材料模拟软件，广泛应用于材料科学研究、工程应用等领域。
该软件提供了丰富的功能和工具，可以帮助用户进行材料结构分析、性质预测、模拟和优化等。
【操作手册内容概述】Materials Studio 操作手册是一本全面的教程，旨在帮助用户掌握软件的使用方法和技巧。
手册内容涵盖了基础操作、高级技巧以及材料模拟与分析等方面，适合初学者和有经验的用户。
【手册中的主要章节和内容】手册主要包括以下几个部分：1.软件安装与配置：介绍如何安装 Materials Studio 及所需的环境配置。
2.基本操作：包括创建项目、建立模型、视图操作、编辑原子等。
3.材料模拟与分析：涉及晶体结构分析、缺陷分析、电子性质计算等。
4.高级操作和技巧：如脚本编写、自定义参数、模拟策略等。
5.常见问题与解决方案：针对用户在使用过程中可能遇到的问题提供解答。
【如何使用 Materials Studio 进行基本操作】使用 Materials Studio 进行基本操作主要包括以下几个步骤：1.创建项目：在主界面选择“新建项目”，输入项目名称和描述。
2.建立模型：在项目中添加所需的材料或结构，可通过文件导入或手动创建。
3.视图操作：使用鼠标或键盘快捷键切换不同的视图，如俯视图、正视图等。
4.编辑原子：选中原子后，可进行移动、删除、添加等操作。
【高级操作和技巧】高级操作和技巧包括：1.脚本编写：通过编写脚本，可以实现批量处理任务，提高工作效率。
2.自定义参数：根据需求设定自定义参数，方便后续模拟和分析。
Material_Studio安装与用户控制
安装或运行时最重要的是查看出错信息，有些信息不 会在客户端显示，这时候可以查看Gateway上的信息比如 http://210.45.126.32:18888，点jobs,会看到正在运行的任 务（注意：出错后先不要把出错窗口关掉，因为一关掉， Gateway上的信息就会自动删除），选择出错的任务，然 后看std_err.txt，也可能在其它的txt文件里。
复制你的license文件到/../Accelrys/License_Pack/licenses （ 目录要与安装License管理软件的目录相一致），复制一份 license文件为msilicense.dat(网上说把license改名为 msilicense.dat，但是对于ms4.2版，必须ms.lic和 msilicense.dat都存在)
一、客户端系统要求： 操作系统: Windows 2000 Professional - SP4 Windows XP Professional - SP2 （Windows 2003) Windows Vista - SP1 (Windows 2008) 硬件： Intel® Pentium® III or compatible processor >1G HZ 800 × 600 分辨率显示系统 (推荐1024 × 768) 512 MB RAM (推荐1 GB) 730 MB 硬盘空间（完全安装） 16-bit / 65536 colors （显示卡）
硬件： Intel® Pentium® III or compatible processor >1G HZ 512 MB RAM (推荐1 GB) 730 MB 硬盘空间（推荐>10G） 视计算对象而定，1G/cpu 128原子(CASTEP, Dmol3)
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Materials Studio Linux集群安装手册一、安装Linux操作系统，进行系统配置一般都建议最小化安装，不用安装图形界面。
下面我以red hat enterprise linux 6.0 x86-64在AMD Athlon(tm)64 X2 Dual Core Processor 4400+ 电脑上的安装为例。
rhel6.0的安装过程和windows差不多，一路下一步（或Next）基本就ok了，在您要进行哪种类型的安装？你如果是第一次安装，是新硬盘的话可以选使用所有空间，并勾选下边的查看并修改分区布局，然后下一步，你可以看下大概的分区情况，在Red Hat Enterprise Linux 的默认安装是基本服务器安装。
如果对Linux不太熟的话，最好选择软件开发工作站(或Software Development Workstation），这样基本上把要用的软件都安装上了，然后再选上下边的现在自定义(或 Customize now)，再下一步，然后把所有能选上的软件都选上，再一路下一步。
安装完以后，创建一个非root用户，比如创建一个msi用户，root和msi用户密码设的简单一些比较好，别一会儿你自己都忘了，我是root和msi用的一个密码，当然将来你自己真正组建集群用于计算的时候再设置复杂一些，这样课题提高系统的安全性。
gccglibc-2.3.4-2.43 (32-bit and 64-bit)libgcc-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit)libstdc++-33-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit)compat-libstdc++-33-3.2.3-47.3 (32-bit)hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64这几个补丁，好像除了hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64和libstdc++-33-3.4.6-11 (32-bit)没有装上之外，别的都给你装好了。
这里要说的是，这些补丁每个节点都要装，千万记住。
你可以用命令： rpm -qa|grep gcc 查询，当然你要查libstdc++就要用命令：rpm -qa|grep libstdc++了。
对于hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64和libstdc++-33-3.4.6-11 (32-bit)的安装可以用命令rpm安装，首先切换到这两个软件包所在的目录下，执行下列命令，格式如下：rpm -ivh libstdc++-33-3.4.6-11.i386.rpmrpm -ivh hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm注意，这里都是在root 用户执行的操作，二. 为msi 用户添加sudo 命令使用权限，运行命令 su root ，输入root 用户的登录密码后，使用vi 命令进行下面的修改： 在root 权限下，运行命令：vi /etc/sudoers#在root ALL=(ALL) ALL 这一行下面添加一行msi ALL=(ALL) ALL 然后运行命令：:wq ！#在命令模式下，强制执行存盘退出操作注：修改后，则成功添加msi 用户使用sudo 命令的权限，在往后的安装中可方便进行提权操作。
三. 于各节点安装HP-MPI ，安装方法：a. 挂载MS 安装光盘，对应系统版本进入下列相应目录进行安装，下面是版本信息：1 2 3 ：UNIX/Linux/hpmpi/ for older IA32 Linux：UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/ for IA32 Linux systems with x86_64：UNIX/Linux_IA64/hpmpi/ for IA64 Linux.b. 安装时需要使用root 用户进行安装，终端运行su root 后输入密码登录为root ，使用下面安装命令：1 ：rpm -ivh /UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm c. 安装后出现下面提示即成功安装四．查看各节点网络状态，修改主机名可以使用ifconfig命令，查看各个节点的网络状态。
rhel6.0开机后网络是处于禁用状态，要激活网络接口，可以使用命令：ifcf g eth0 start或ifup eth0。
一般情况下rhel6.0在安装的过程中都可以认出主机的网卡，如果由于网卡太新没有认出来，那就需要到网卡官方网站下载Linux网卡驱动程序进行安装了，网上教程很多很容易掌握。
使用hostname指令设置主机名。
在命令行中输入下面的命令：hostname msinode1注意：使用hostname指令设置的主机名称仅在系统重新启动前起效，重启系统后将使用原来的主机名称。
如果希望启动系统后生效，则需要修改文件“/etc/hosts”。
五. 配置SSH免认证登录，配置过程：a. SSH免认证登录的配置：i. 测试是否已经安装SSH，于终端（Terminal）中输入ssh local host后回车，若出现下面提示：则表示已经安装SSH。
若提示失败，则需要放入安装光盘进行安装。
ii. 于终端中输入ssh-keygen -t rsa，此时它会提示你生成SSH的密钥。
iii. 此时无须设置密码，你只需要点击回车就可以了，生成的公钥和私钥会保存~/.ssh/目录下。
iv. 进入目录~/.ssh/（命令：cd ~/.ssh/），运行命令：1 ：cp id_rsa.pub authorized_keys，将公钥进行复制。
v. 同样地，在其他节点上运行上面的命令，将各节点中得到的autho rized_key中的内容复制出来，汇总到一个文件中，命名为authorized _key，并放置于各节点的~/.ssh/目录下（覆盖原有文件）。
#可以在xp下使用WinSCP软件进行管理，就像处理word文档一样复制粘贴就行了，每个节点的authorized_key内容在汇总的authorized_key里各占一行。
vi. 修改.ssh/目录下的文件权限以及目录权限，运行命令： 1 2 ：chmod 600 *：chmod 700 .vii. 再修改home 目录的权限为只读，运行命令：1 2 ：cd ~：chmod 755 .viii. 在各节点的对应目录重复以上命令，如成功的话，对localh ost （或者其他节点机器名）进行ssh 连接则不会再出现密码提示，如图：ix. 为加快SSH 连接速度，使用 vi 命令（需要root 权限）修改各个节点的 /etc/hosts 文件，运行下列命令：1 ：sudo vi /etc/hosts显示如下：1 2 3 4 5 ：# Do not remove the following line, or various programs ：# that require network functionality will fail.：127.0.0.1 localhost.localdomain localhost：::1 localhost6.localdomain6 localhost6：192.168.2.160 mscnode16 ：192.168.2.161 mscnode2x. 将127.0.0.1后对应的主机名删除，添加集群中各节点的IP地址和机器名，保存后退出即可，示例如下所示：1 2 3 4 5 6 7 8 ：# Do not remove the following line, or various programs：# that require network functionality will fail.：#127.0.0.1 localhost.localdomain localhost：：192.168.128.160 mscnode1：192.168.128.161 mscnode2：:w #保存，如果显示无法保存可以在w后加！强制执行：:q #退出xi. SSH免认证登录可使用WinSCP软件进行简化。
六. 以集群模式安装MS1. 先将MS文件上传到主节点。
可以以打包的形式上传，也可以先做成ISO，我一般是习惯先做成ISO上传，以免出现权限不够的问题，遇到权限不够的时候改变文件属性，加上执行权限就可以了。
2. 上传后将ISO文件挂载到某一目录下，如果想挂到根目录下mnt目录下的iso目录中，命令示例如下：1 2 ：mkdir /mnt/iso：mount -o loop -t iso9660 ms50_unix.iso /mnt/iso3. 在主节点上切换到MS 安装用户，这里用的是hope ，然后到换到/mnt/iso/UNIX 下执行1 2 ：./Install --type cluster：或是直接./mnt/iso/UNIX/Install --type cluster--type cluster 这个参数是并行时必须加的参数，另一个要注意的就是要用非root 用户安装。
4. 如果执行上述命令后出现无法安装的提示，可使用下列命令进行提权：1 ：chmod 777 /mnt/iso/ -R5. 安装过程中其他基本上用默认的就可以，但有一个临时文件夹建议不要放在共享目录下，每个节点放一个tmp ，这样可以减少节点间的通信量，提高性能。
比如说我的安装目录是/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50，Accelrys 是我要共享给其他节点的目录，那tmp 我就放在/home/hope/下，用MS 的用户创建，保证可写入。
其他每个节点的用户目录下都创建一个tmp 目录。
6. 安装完成后将Accelrys目录共享给其他节点，方法如下：1 2 ：vi /etc/exports #加入下面一行内容：：/home/msi/Accelrys *(rw,no_root_squash)7. 然后重启nfs服务，service nfs restart。
如出现错误提示，则参考《Linux下配置安装NFS》文章中检查portmap服务是否已经启动或者运行命令是否有root权限。
1）NFS服务所需的套件（1）portmap运行命令查询portmap是否安装：rpm –qa |grep portmap#显示portmap-4.0-65.2.2.1表示已正确安装（2）nfs-utils运行命令查询nfs-utils是否安装：rpm –qa |grep nfs-utils#显示一下内容表示已正确安装nfs-utils-lib-1.0.8-7.2.22nfs-utils-1.0.9-33.el52）启动NFS服务NFS服务要正常运行，必须先启动portmap服务。