北大分子生物学课件-朱玉贤

大肠杆菌
pSC101 质
粒载体示
意图。
是第一个基因克隆载体。缺点：它是一种严紧型复制 控制的低拷贝质粒，平均每个寄主细胞仅有 1~2 个拷 贝，从带有该质粒的寄主细胞中提取 pSC101 DNA ，
产量很低。
2、ColE1质粒载体
• 松弛型复制控制的多拷贝质粒。
一般情况下，当培养基中氨基酸被耗尽，或是在细
单链或双链DNA；
(iii ）编码有一个氨苄青霉素抗性基因，作为转化子 克隆的选择标记； (iv) 含有一个 lacZ 基因，可以按照 X-gal-IPTG 组织化 学显色法筛选噬菌粒载体的重组子。
1996 1997 2000 2001
完成了酵母基因组（1.25×107bp）全序列测定。 英国爱丁堡罗斯林研究所获得克隆羊。 完成拟南芥的全序列测定（1.2×108bp）。 完成第一个人类基因组全序列测定（2.7×109bp）。
上个世纪中下叶以来，现代分子生物学的迅猛发展源 自工具酶的发现。
（一）限制性核酸内切酶
重组DNA实验中常见的主要工具酶
酶 类 功 能 限制性核酸内切酶 DNA连接酶 识别并在特定位点切开DNA 通过磷酸二酯键把两个或多个DNA片段连接 成一个DNA分子
DNA聚合酶I（大肠杆菌） 按5'到3'方向加入新的核苷酸，补平DNA双 链中的缺口 反转录酶 多核苷酸激酶 末端转移酶 按照RNA分子中的碱基序列，根据碱基互补 原则合成DNA链 把磷酸基团加到多聚核苷酸链的5'-OH末端 （进行末端标记实验或用来进行DNA的连接 在双链核酸的3„末端加上多聚或单核苷酸
提出了调节基因表达的操纵子模型。 Yanofsky和Brenner等人证明，多肽链上的氨基酸序
1964
列与该基因中的核苷酸序列存在着共线性关系。
1965 Holley完成了酵母丙氨酸tRNA的全序列测定；科学家 证明细菌的抗药性通常由“质粒”DNA所决定。
1966
Nirenberg，Uchoa，Khorana，Crick等人破译了全
1972-1973
1975-1977
1978 1980 1981
1982 1983 1984 1986 1988 1989 1992 1994
美、英批准使用第一例基因工程药物——胰岛素， Sanger等人完成了入噬菌体48,502bp全序列测定。 获得第一例转基因植物。 斯坦福大学获得关于重组DNA的专利。 GMO首次在环境中释放。 Watson出任“人类基因组计划”首席科学家。 DuPont公司获得转肿瘤基因小鼠—“Oncomouse”。 欧共体35个实验室联合完成酵母第三染色体全序列测定 （315kb）。 第一批基因工程西红柿在美国上市。
胞培养物中加入氯霉素以抑制蛋白质的合成，寄主
染色体DNA的复制便被抑制，细胞的生长也随之停
止。 • 松弛型质粒DNA却继续复制数小时，使每个寄主细 胞中ColE1质粒的拷贝数达到1000~3000个，占细胞 总DNA的50%左右。
EcoRI AflII NruI ApaLI SmaI SacII
O RF 1
多聚核苷酸链中新生磷酸糖苷键的产生过程
单核苷酸5‘-磷酸基团向核酸链的3’-OH发起进攻
RE 切割随机DNA分子（假定4种碱基在DNA中均匀 分布）的概率由该酶所识别的碱基数目按照4n 来计 算，如一个6碱基切割酶平均每4096 bp核DNA有一 个酶切位点（46），而一个4碱基切割酶平均每256 bp核DNA就有一个酶切位点（44）。
年 份 1869 事 件 F．Miescher首次从莱茵河鲑鱼精子中分离DNA。
1957
1959-1960
A．Kornberg从大肠杆菌中发现了DNA聚合酶I。
Uchoa发现RNA聚合酶和信使RNA，并证明mRNA决 定了蛋白质分子中的氨基酸序列。
1961
Nirenberg破译了第一个遗传密码；Jacob和Monod
SacI→KpnI的方向转录；
• （+/ -）表示单链噬菌体f1复制起点的两种相反的取
向。
• f1 （ + ）起点表示当 pBluescript 噬菌粒载体和辅助噬
菌体共感染寄主细胞时，能够回收到lacZ基因的有意
义链DNA；而f1（-）起点则表示当pBluesript噬菌粒
载体与辅助噬菌体共感染寄主细胞时，可回收到lacZ 基因的无意义链DNA。
ori
ColE1 6.64 kb
BelI
2 F R O
MscI ClaI
ColE1质粒DNA复制起始部位调控因子之间关系
前体RNA(RNAII)的转录起始于复制起点上游，需经
RNaseH加工后产生有555个核苷酸的引物，起始DNA
合成。 RNA 1在RNA 2的5‟末端，转录方向相反，因此能通过 氢键配对与后者相互作用，阻止RNaseH加工RNA 2， 使其不能转化为有活性的引物，阻碍复制起始。
第
五
章
分子生物学研究法
（上）DNA、RNA及蛋白质操作技术
扉页：
当你进入实验室时，要像脱去外衣那样放下你
的想象力，因为实验操作中不能有一丁点儿的想象，
否则，你对事物的观察就会受影响；当你翻开书本
的时候，你又必须尽可能展开想象的“翅膀”，否
则，你就不可能走在别人的前面。
基因操作主要包括 DNA 分子的切割与连接、细胞转 化、核酸序列分析以及基因人工合成、表达、定点 突变和 PCR 扩增等，是分子生物学研究的核心技术。 基因工程是指在体外将核酸分子插入病毒、质粒或
能够识别 DNA 上的特定碱基序列并从这个位点切开
DNA分子。
第一个核酸内切酶 EcoRI 是 Boyer 实验室在 1972 年发
现的，它能特异性识别 GAATTC序列，将双链 DNA分
子在这个位点切开并产生具有粘性末端的小片段。
图5-1 几种主要DNA内切酶所识别的序列及 其酶切末端。
图5-2 DNA连接酶能把不同的DNA片段连接成一个整体
DNA外切酶III
λ 噬菌体DNA外切酶 碱性磷酸酯酶
从DNA链的3'末端逐个切除单核苷酸
从DNA链的5'末端逐个切除单核苷酸 切除位于DNA链末端的磷酸基团
嘌呤
腺嘌呤
鸟嘌呤
嘧啶
胞嘧啶
尿嘧啶
胸腺嘧啶
组成DNA和RNA分子的五种含氮碱基的结构式
仅仅能在体外利用限制性核酸内切酶和DNA连接酶 进行DNA的切割和重组，还不能满足基因工程的要 求，只有将它们连接到具备自主复制能力的DNA分 子上，才能在寄主细胞中进行繁殖。
• 来自pBR322质粒的复制起点（ori）
• 氨苄青霉素抗性基因（ampr） • 大肠杆菌β-半乳糖酶基因（lacZ）启动子及编码 α-肽链的DNA序列。特称为lacZ‟基因 • 位于 lacZ‟基因 5‟-端的一段多克隆位点（ MCS）， 外源基因插入破坏lacZ ‟基因功能
pUC18 2.69 kb
其它载体分子，构成遗传物质的新组合，使之进入
原先没有这类分子的寄主细胞内并进行持续稳定的
繁殖和表达。
根癌土壤农杆菌（Agrobaoterium tumefaciens）侵染植 物细胞后能将其 Ti （ tumor inducing ）质粒上的一段 DNA（T-DNA）插入到被侵染细胞的基因组，并能稳 定地遗传给后代，植物的遗传转化（植物基因工程）
pUC质粒结构中具有来自大肠杆菌lac操纵子的lacZ‟基
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因，所编码的 α- 肽链可参与 α- 互补作用。因此，可用
X-gal显色法实现对重组体转化子的鉴定。
具有多克隆位点MCS区段，可以把具两种不同粘性末
端（如 EcoRI 和 BamHI ）的外源 DNA 片段直接克隆到
pUC8质粒载体上。
5、 pGEM-3Z质粒 长度为 2743bp ，编码有一个氨苄青霉素抗性基因和 一个lacZ'基因。 含有两个噬菌体启动子(T7和SP6)，为RNA聚合酶的 附着提供了特异性识别位点。加入T7或SP6 RNA聚合
部遗传密码。
1967
第一次发现DNA连接酶
1970
Smith，Wilcox和Kelley分离了第一种限制性核酸 内切酶，Temin和Baltimore从RNA肿瘤病毒中发 现反转录酶。
Boyer，Berg等人发展了DNA重组技术，于72年 获得第一个重组DNA分子，73年完成第一例细菌 基因克隆。 Sanger与Maxam和Gilbert等人发明了DNA序列 测定技术，1977年完成了全长5387bp的噬菌体 φ174基因组测定。 首次在大肠杆菌中生产由人工合成基因表达的人 脑激素和人胰岛素。 美国联邦最高法院裁定微生物基因工程可以被专 利化。 Palmiter和Brinster获得转基因小鼠，Spradling 和Rubin得到转基因果蝇。
技术随之得到迅速发展。
5. 1 重组DNA技术史话
基因工程技术是核酸操作技术的一部分，只不过它强 调了外源核酸分子在另一种不同的寄主细胞中的繁衍 与性状表达。 事实上，这种跨越物种屏障、把来自其它生物的基因
置于新的寄主生物细胞之中的能力，是基因工程技术
区别于其它生命科学技术的根本特征。
表5-1重组DNA技术史上的主要事件
优点：
更小的分子量和更高的拷贝数。在pBR322基础上
构建pUC质粒载体时，仅保留下其中的氨苄青霉素抗
性 基 因 及 复 制 起 点 ， 其 分 子 小 了 许 多 ， pUC8 为
2750bp ， pUC18 为 2686bp 。由于缺失 rop 基因， pUC 质粒不经氯霉素扩增时，平均每个细胞即可达 500~700个拷贝。
7、pBluescript噬菌粒载体 pBluescript 是一类从 pUC 载体派生而来的噬菌粒 载 体 ， 简 称 为 pBS （ +/- ） ， 如 今 则 更 多 地 叫 作 pBluescript KS（+/-）或pBluescript SK（+/-）。
• SK 表示多克隆位点区的取向，即 lacZ 基因是按照
具备自主复制能力的DNA分子就是分子克隆的载体 （vector）。病毒、噬菌体和质粒等小分子量复制 子都可以作为基因导入的载体。
（二）基因克隆的载体
1、pSC101质粒载体 • 长 9.09kb ，带有四环素抗性基因（ tetr）及 EcoRI、 HindIII、 BamHI 、 SalI 、 XhoI 、 PvuII 以及 SmaI 等 7 种限制性核酸内切酶的单酶切位点，在 HindIII 、 BamHI 和 SalI 等 3 个位点插入外源基因，会导致 tetr 失活。
LacZ编码β-半乳糖苷酶氨基端146个氨基酸的α-肽，
IPTG（异丙基- β-D-硫代半乳糖苷）诱导该基因表达，
所合成的β-半乳糖苷酶α-肽与宿主细胞编码的缺陷型
β-半乳糖苷酶互补，产生有活性的β-半乳糖苷酶，水
解培养基中的X-gal（5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖
苷），生成蓝色的溴氯吲哚。 含X-gal培养基中非转化菌落呈蓝色，含有重组DNA 分子的菌落为白色。
酶，所克隆的外源基因便会转录出相应的mRNA。
6、穿梭质粒载体（shuttle plasmid vector）
由人工构建的具有原核和真核两种不同复制起点
和选择标记，可在不同的寄主细胞内存活和复制的
质粒载体。 这类质粒载体可保证外源 DNA 序列在不同物种 (原核和真核)的细胞内得到扩增，用途广泛。
Ampr
pBR322 4.36 kb
优点是具有较小的分子量（4363 bp）。能携带6-8 kb
的外源DNA片段，操作较为便利。
有两种抗生素抗性基因作为转化子的选择标记。
有较高的拷贝数，经过氯霉素扩增，每个细胞可累积
1000~3000个拷贝，便于制备重组体DNA。
4、pUC质粒载体（包括四个部分）：
没有Rop蛋白，RNA 1基因就不能起始转录。
3、pBR322质粒载体
由三个不同来源的部分组成的：
第一部分来源于 pSF2124 质粒易位子 Tn3 的氨苄青霉 素抗性基因（AmpR）； 第 二 部 分 来 源 于 pSC101 质 粒 的 四 环 素 抗 性 基 因 （tetr）；
第三部分则来源于 ColE1 的派生质粒 pMB1 的 DNA复 制起点（ori）。
(i)在多克隆位点区（MCS）的两侧，存在一对T3和T7
噬菌体的启动子，用以定向指导插入在多克隆位点上 的外源基因的转录； (ii) 具有单链噬菌体 f1 的复制起点和一个来自 ColE1 质 粒的复制起点，保证 pBluescript 噬菌粒载体在有无辅
助噬菌体共感染时，按照不同的复制形式分别合成出