分子图形软件网络教程精编

分子图形软件网络教程

精编

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DS ViewerPro

DS ViewerPro 是基于 PC 机硬件平台的显示效果最佳的软件之一，它具有构建、显示、分析和测定分子性质等多种功能：

（ 1 ）使用 DS ViewerPro 的绘图工具，用户可在屏幕的工作区内绘制二维分子的骨架，软件内存储了原子的成键化学数据，可进一步构建三维分子结构模型。 DS ViewerPro 可以方便地通过坐标变化构建同分异构体，也可以通过扭角变化构建同分异构体。构建的分子模型可在三维空间中任意旋转、平移、缩放，可方便地从任何角度观看分子模型的全部或局部。用户还可以根据自己的意愿对原子和化学键进行着色或标定，以增强显示效果。

（ 2 ）具有多种分子结构的显示模式：线形、棒型、球棒、比例球棒、电子云空间填充、多面体等。 DS ViewerPro 提供了蛋白质、 DNA 等生物大分子的带状显示模式，它还可显示晶胞和分子表面图形，除了显示有机分子模型外，对于许多聚合物材料和无机材料也有特殊的显示模式。

（ 3 ）分子中不同化学键和原子可以通过不同颜色和大小进行区分，显示顔色丰富多彩，显示效果良好。用户可任意调整显示质量和打印质量，高质量的显示和打印明显地

增加了图形外沿的平滑，可以方便地将高分辨率的分子结构图形进行排版和印刷。

（ 4 ）用户可以将分子的结构性质参数拷贝到 Excel 兼容的电子表格，也可以将分子模型直接拷贝并嵌入到Microsoft Office 文件中。在 Office 文件中，通过双击这些嵌入分子图形，可调用 DS ViewerPro 程序，直接进行编辑处理。

（ 5 ） DS ViewerPro 带有较强的计算功能，可方便地进行分子结构几何参数测定，显示出键长、键角、二面角、非键距离和其他立体化学信息，这些数据会随着分子结构的变动和调整进行动态地修改。 DS ViewerPro 可提供两个窗口，以纵向平铺方式显示结构层次窗口和 3D 窗口。（ 6 ） DS ViewerPro 可以读入多种分子图形软件的格式文件，它可以将 ISIS/Draw 绘制的二维结构的格式文件自动转换成三维分子结构模型，还可以读入晶体衍射数据。DS ViewerPro 可输出多种格式分子图形文件，最具有特色的是它可以输出 VRML World 格式的文件（ .wrl ），而不必使用其它的转换程序。

DS ViewerPro 最新版本是版， Accelrys 公司提供 DS ViewerPro Suit 的 30 天试用版免费软件，它除了不具备建立分子模型等少数功能之外，其他功能与 DS

ViewerPro 基本相同。本节说明 DS ViewerPro 的使用方法。

DS ViewerPro 的程序界面由下拉式菜单、水平工具栏、垂直工具栏和工作区等组成，如图 9-7 所示。在工作区中根据不同的工作目的，可以显示分子模型的 3D 窗口，或者显示结构数据的数据表，或者显示分子层次等级的Hierarchy 窗口。 3D 窗口可用于显示分子模型，并通过3D 工具对窗口中的模型进行旋转、平移和缩放，还可以通过绘制工具构建分子模型，并进行文本注释等。

1 ．菜单选项介绍

DS ViewerPro 基本命令是通过选择下拉式菜单中的命令选项实现的，程序提供以下 7 个下拉菜单：

（ 1 ） File （文件）菜单有： New （建立新文件）、Open （打开已有文件）、 Open Location （在互联网上打开文件）、 Close （关闭文件）、 Save （存盘）、Save as （将文件另存为）、 Print （打印）、 Print preview （打印预览）、 Print setup （打印设置）、Send （通过 E-mail 发送）、 Exit （退出程序）等选项。

图 9-7 DS ViewerPro 的程序界面

（ 2 ） Edit （编辑）菜单有： Undo （取消上一个操作）、 Redo （重复上一个操作）、 Cut （剪切）、Copy （复制）、 Paste （粘贴）、 Delete （删除）、Paste from （从指定位置粘贴）、 Select all （全部选择）、 Select （选择）、 Group （将选定的内容组合成组）和 Properties （性质）等选项。

（ 3 ） View （显示）菜单有： Display Style （显示模式）、 Color （颜色）、 Reset Rotation （恢复旋转前状态）、 Fit to Screen （在窗口合适位置显示模型）、 Center （在窗口中间显示模型）、Animate （动画显示）、 Spin （自动旋转显示）、 Full Screen （全屏显示）、 Show （显示）、 Hide （隐藏）、 Show All （显示窗口中的全部内容）、 Show Only （仅显示选定内

容）、 Tool Bar （工具栏显示）和 Option （参数选项）等选项。

（ 4 ） Tools （工具）菜单有： Hydrogens （氢原子）、 Labels （标识符号）、 Monitors （结构参数测定）、 Surfaces （分子表面）、 Query Feature （疑问性质）、 Markers （原子标识）、 Crystal Cell （晶胞参数）、 Element Properties （元素性质）、

Calculate Properties （计算性质）、 Enter Command （运行命令）、 Play Script （运行命令文件）等选项。（ 5 ） Modify （修改）菜单有： Element （原子元素符号）、 Charge （电荷状态）、 Bond （化学键类型）、 Hybridization （杂化方式）、 Stereochemistry （手性立体结构）、 Insert Atom （插入原子）、Contract Bond （缩减键）、 Invert Center （构型倒置）、 Fuse （融合）、 Align Structure （排列结构）、 Torsion Kick （通过扭角变化构建同分异构体）、 Coordinate Kick （通过坐标变化构建同分异构体）、 Clean Structure （构建三维分子结构）、 Add on Molecules （能量优化）等选项。

（ 6 ） Window （窗口）菜单有： New 3D Window （新建三维分子模型窗口）、 New Stereo 3D Window （新建三维立体分子模型窗口）、 New Hierarchy Window （新