第六章(1) 分子生物学改造

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定义:以整个带有目的基因的质粒为模板,用突变剂 进行扩增,最后产生环状的带有目的突变的质粒。
方法: ①两个引物反向、紧邻但没有重叠区,扩增产物是平
末端的线性DNA,需用T4连接酶环化处理。 ②以Stratagene公司开发的定点突变试剂盒为代表,
两个引物也是反向的并且其5’端有l5个碱基以上的 重叠区,扩增产物为带黏性末端的线性DNA,可自 行环化。
据分析,可能由于Pro138替代Gly138引入的一个 吡咯环刚好能够填充Gly138附近的空洞,使突变蛋白 的空间结构更具刚性,从而提高了酶的热稳定性。
通过引入二硫键提高蛋白的稳定性
蛋白质分子中两个半胱氨酸的巯基之间氧化脱氢即 形成二硫键。二硫键的数量与蛋白质的稳定性有关,增 加蛋白质分子中的二硫键,可以提高蛋白质分子的热稳 定性、有机溶剂稳定性和酸碱稳定性。
❖ B Ile Cys Thr Thr Ala Thr Cys 1
❖ C Ile Ile Cys Thr Ala Cys Leu 1
❖ D Cys Cys Thr Thr Cys Thr Cys 2
❖ E Ile Cys Cys Thr Ala Cys Cys 2
❖ F Cys Cys Cys Thr Cys Cys Cys 3
❖ T4溶菌酶和6种设计的变体特性
❖酶
氨基酸的位置
二硫键的数目 相对活性 Tm

3 9 21 54 97 142 164
❖ wtα Ile Ile Thr Cys Cys Thr Leu 0
❖ pwt Ile Ile Thr Thr Ala Thr Leu
0
❖ A Cys Ile Thr Thr Cys Thr Leu 1
加入二硫键增加蛋白质的稳定性
❖ 蛋白质分子中两个半胱氨酸残基上的巯基 (-SH)之间氧化脱氢即形成二硫键(-S -S-)。二硫键的数量与蛋白质的稳定性 有关,增加蛋白质分子中的二硫键,可提高 蛋白质分子的热稳定性、有机溶剂稳定性和 酸碱稳定性。
❖ 在一项研究中,通过寡核苷酸定点突变构建 了T4溶菌酶的六种变异体,比较了它们的活性.
(二)Kunkel定点突变法
❖ 体外DNA合成往往是不完全的,所以部分合 成的DNA分子必须通过蔗糖密度梯度离心除 去,获得纯化的突变DNA。
❖ 理论上来说,DNA是半保留复制的,应用寡 核苷酸定点突变时,所形成的噬菌体中携带 突变基因的应为一半。但实际上,由于技术 上的原因通常只有1-5%的噬菌斑含有突变基 因的噬菌体。
先设置一个PCR反应产生一个含突变的 DNA片段,然后再以此DNA片段作为引物 与原模板退火进行PCR扩增得到含突变的完 整的基因。因为作为引物使用的DNA片段较 通常的引物要大许多甚至有上百碱基,所以 命名为大引物PCR法。
大引物PCR 定点突变技术路线
(圆点指突变位点)
3、环状突变 PCR 法
❖ 天然和突变酪氨酰-tRNA合成酶活性
❖酶
Kcat(s-1)
❖ Thr-51
4.7
❖ Ala-51
4.0
❖ Pro-51
1.8
Leabharlann Baidu
Km(mmol/L) 2.5 1.2 0.019
Kcat/Km(s-1mol-1) 1.860 3.200 95.800
改变酶的特异性
突变葡萄球菌核酸酶与含-SH寡核苷酸结合示意图
❖ 易错 PCR(error-prone PCR)是指通过改变PCR 反应条件来调整PCR反应中突变的频率,降低聚合 酶固有的突变序列倾向性,提高突变谱的多样性,使 得错误碱基随机地以一定的频率掺入到扩增的基因 中,从而得到随机突变的DNA群体,最后用合适的载 体克隆突变基因。
❖ 连续易错PCR (sequential error prone PCR)策略。 即将一次PCR扩增得到的有用突变基因作为下一次 PCR扩增的模板,连续反复地进行随机诱变。
PCR进行寡核苷酸 定点突变的示意图
1、重叠延伸PCR (OE-PCR)
首先设计两个PCR反应以产生两个含突 变位点的DNA片段,随后将上述两个 PCR产物混合,二者通过末端互补区结 合并在适宜的温度下互为引物延伸得到 完整的含突变的基因,对第一次PCR产 物进行纯化处理可显著提高突变效率
2、大引物PCR法(megaprimer PCR )
天冬氨酸(Asp) + NH3
❖ 谷氨酰胺(Gln)
谷氨酸(Glu) + NH3
❖ 导致肽链折叠的局部的改变,可能影响其活性。
❖ 如酵母的丙糖磷酸异构酶是由两个相同的亚基组成的二聚体, 每个亚基都含有两个Asn残基,均位于两个亚基相互接触的 表面上,可能与该酶的热稳定性有关。
❖ 若将两个Asn全部换成Asp,则变体酶即使在常温下也不稳 定,而且酶活性也大为降低;
蛋白质分子的生物学改造
❖ 蛋白质在生命现象中具有重要作用,在医药、轻工 等行业也具有重要作用,如胰岛素、枯草杆菌蛋白 酶等;
❖ 天然生物材料中蛋白质含量较少; ❖ 基因克隆技术克隆基因,在宿主细胞中可表达特定
蛋白质(重组蛋白); ❖ 多数天然蛋白质的理化特性不能适应于工业用途; ❖ 利用现代分子生物学技术,改变克隆基因中的特定
③ 双链DNA导入正常的大肠杆菌 中,其尿嘧啶N-糖基化酶除去 DNA链上的尿嘧啶碱基。
④ 结果原来的M13模板链被降解, 只有突变链因不含U,被保留下 来。这种方法产生的M13噬菌体 中含有突变DNA的比例大大增 加。
(三) PCR定点突变
❖ Polymerase Chain Reaction (PCR)是一 种体外酶促合成特定DNA片断的技术,是根 据人类的需要对复杂生命过程的一种简单化 的模拟。PCR技术的原理是DNA半保留复制。 Kari.B.Mullis首创。
三、定点突变原理
四、定点突变的常用方法
(一)M13DNA寡核苷酸突变
❖ 基因工程中,噬菌体是一种常用的基因载体,其中又以M13 和 λ为最常用。
❖ M13噬菌体是一种环形DNA,基因组大小为6.4kb,在颗粒 中包装的仅是正链的DNA,有时也称为感染型单链 DNA(single stranded DNA, ssDNA) 。
(%) 100 100
96 106
0 95 0
0
(℃) 41.9 41.9 46.7 48.3 52.9 57.6 58.9 65.9
❖ wtα:野生型T4溶菌酶;pwt:假野生型酶;A-F:六种设计的半胱氨酸 变体;Tm:熔点温度
将Asn和Gln转换成其他氨基酸
❖ 当蛋白质暴露于高温时:
❖ 天冬酰胺(Asn)
❖ 而将2个Asn分别换为苏氨酸(Thr)和异亮氨酸(Ile),其半衰 期则延长。
❖ 酵母菌磷酸丙糖异构酶及其变体的热稳定性

氨基酸位点
❖酶
14
78
半衰期(min)
❖ 野生型 Asn
Asn
13
❖ 变体A Asn
Thr
17
❖ 变体B Asn
Ile
16
❖ 变体C Thr
Ile
25
❖ 变体D Asp
Asn
❖ 蛋白质工程的主要技术之一是定点突变技术.
一、定点突变
❖ 利用分子生物学技术,在体外通过碱基取代、插入 或缺失可以使基因DNA序列中任何一个特定的碱基 发生改变。这种体外特异性改变某个碱基的技术, 称谓定点突变(site directed mutagenesis)。
❖ 定点突变具有简单易行、重复性高等优点,现已发 展成为基因操作的一种技术。这种技术不仅适用于 基因结构与功能的研究,还可通过改变基因的密码 子来改造天然蛋白质。
❖ 例如:当人β-干扰素基因(β-IFN)在大肠杆菌中表 达时,尽管其表达量很高,但其比活性只及天然蛋 白质的10%。
❖ DNA序列分析显示, β-IFN所编码的蛋白质有三个 Cys残基,其中2个形成分子内二硫键,而另一个游 离的Cys可能涉及到β-IFN分子间二硫键的形成,导 致二聚体的产生,使单聚体含量减少,活性降底。
环状突变 PCR 法
环状突变 PCR 法
通过特殊氨基酸的改变提高蛋白的稳定性
例:葡萄糖异构酶(Glucose isomerase) 用双引物法对葡萄糖异构酶基因进行了体外定点 诱变,以Pro138替代Gly138,在酶比活相近的情况下, 突变型葡萄糖异构酶的热半衰期比野生型长一倍,最 适反应温度提高10~12C。
❖ 如枯草杆菌蛋白酶之所以易被氧化失活,是 由于催化部位的丝氨酸(Ser221)邻近的甲硫 氨酸(Met222)易被氧化成硫氢化物,若以其 他氨基酸取代Met222,则可提高酶的氧化稳 定性而又不影响其催化活性。这是结构分析 和定点突变改造蛋白质的成功范例。
❖ 枯草杆菌蛋白酶可作为洗涤剂的添加剂,但由于其 只能水解苯丙氨酸(Phe)羧基所形成的肽键,底物 作用范围过窄而限制了洗涤剂的高效性,若用带正 电荷的赖氨酸(Lys)取代位于活性中心166位的甘氨 酸(Gly),所获得的突变酶不仅能水解苯丙氨酸(Phe) 羧基所形成的肽键,而且可以水解酸性氨基酸谷氨 酸(Glu)所形成的肽键,使其底物作用范围拓宽,因 而可能成为最高效的洗涤剂添加酶,这是定点突变 改变蛋白质生物学活性的成功例子。
❖ 因此所产生的新链便具有已发生突变的碱基序列,将 其转入细胞后,经过不断复制,即可获得突变的DNA 分子,再经表达即可获得改造后蛋白质.
❖ 为了使目的基因的特定位点发生突变,所设计的寡 核苷酸引物的序列除了所需的突变碱基外,其余的 则与目的基因编码链的特定区段完全互补。
2.突变过程
1)合成含有目的 基因的正链DNA; 2)合成含有特殊 突变碱基的引物; 3)制备异源双链 DNA; 4)富集和转化双 链DNA分子; 5)筛选突变体并鉴定
具体步骤:
① 将待突变的基因克隆入M13 DNA载体上,导入具有dUTP酶 (dut)和N-尿嘧啶脱糖苷酶 (ung)双缺陷的大肠杆菌 (dut-,ung-)菌株中。
② Dut缺陷导致细胞内dUTP水平 上升,并在DNA复制时,部分 取代dTTP进入DNA新生链中。 又由于ung缺陷使掺入DNA的 dUTP残基不能除去。由这种大 肠杆菌菌株产生的M13单链 DNA大约有1%的T被U所取代, 然后进行DNA定点突变。
❖ 当感染型单链M13噬菌体感染大肠杆菌后,在菌体内借助宿 主的酶系统先把ssDNA复制为双链(dsDNA),称为复制 型(replication form,RF)M13(RF- M13)。
❖ 广泛用于DNA序列分析和噬菌体表面展示系统(phage display)和单链核酸的制备。
1.基本原理
❖ 再使用化学合成的含有突变碱基的寡核苷酸短片段 作引物,启动M13单链DNA分子进行复制,随后这 段寡核苷酸引物便成为新合成的DNA子链的一个组 成部分。
基因,即可表达出适合于商业用途的蛋白质。
❖ 在体外,通过碱基取代、插入或缺失的方法, 使基因DNA序列中的某个特定碱基发生改变, 从而改变蛋白质的结构,称为蛋白质工程。
❖ 通过蛋白质工程,人们可以随心所欲地改变 蛋白质的结构及其理化性质和生物学功能。 例如,我们可以利用蛋白质工程改变酶的Km、 Vmax,酶促反应的最适温度、最适pH值、 酶促反应的特异性以及酶蛋白的稳定性等。
❖ 将β-IFN分子中的游离Cys残基用Ser来取代,因为 Cys与Ser分子结构相似,前者有一个S原子,而后 者是一个O原子,减少了二聚体的形成,提高了活 性蛋白质的得率。
增加酶的活性
❖ 用定点突变技术不仅可以提高蛋白质的稳定 性,还可以提高酶的活性。要改变酶的活性, 需要一个详细描述了酶的活性位点的图谱。 有了这样的资料,研究者们即可推测酶与底 物的亲和程度,并利用定点突变技术对蛋白 质进行改造,提高酶的活性。
11
❖ 酶的稳定性以在100℃时半衰期或者失活率来表示。 半衰期越长酶越稳定
减少游离Cys残基的数目
❖ 在利用DNA重组技术表达外源基因时,常常 会遇到这种情况:外源蛋白的表达量很大, 但其生物活性却很低,即外源蛋白的比活性 很低。
❖ 利用蛋白质工程技术减少游离的半胱氨酸 (Cys)残基数目,以减少蛋白错误折叠的 可能性,从而可以提高蛋白质的生物活性。
通过改变活性中心附近的氨基酸提高酶的催化活性
应用举例:大肠杆菌碱性磷酸酶
Ser101
Asp101
Wild Type
D101S
E.coli Alkaline phosphatase: Mutation of D101S
二、编码基因随机突变和重组
易错PCR(Error prone PCR) DNA改组(DNA shuffling)
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