东乡野生稻叶绿体基因组拼接及系统进化分析
东乡野生稻cDNA文库构建及有利基因筛选的开题报告
东乡野生稻cDNA文库构建及有利基因筛选的开题报告一、研究背景东乡县是中国稻作发源地之一，因其特有的生态环境和丰厚的稻作遗传资源而备受研究者的关注。
其中，东乡野生稻是一种生长在湖泊、河流、泥潭、芦苇荡等湿地环境中的杂草型作物，在抗灾、抗病、抗旱等方面具有独特的遗传优势。
为了探索东乡野生稻的遗传特性和利用价值，本研究计划构建东乡野生稻cDNA文库，并筛选其中的有利基因。
二、研究目的1.构建东乡野生稻cDNA文库，扩大对其基因组的研究深度和宽度。
2.筛选出在抗灾、抗病、抗旱等方面具有特殊表达模式或具有重要功能的基因，为进一步开展相关研究提供基础支撑。
三、研究内容和方法1.样品采集和RNA提取从东乡县野生稻种质资源库中选取幼苗、叶片、花序等不同发育阶段的组织，通过三次RNA提取和纯化，获得高质量的RNA样本。
2.文库构建根据SMART技术和PCR扩增的原理，进行cDNA文库的构建。
首先利用Oligo(dT)引物逆转录RNA为cDNA，然后加入SMART IV RT Enzyme和SMART IV Oligonucleotide，进行一系列扩增反应和纯化步骤，最终获得cDNA文库。
3.文库质量检测和测序分析利用PCR扩增、质粒提取、菌落PCR筛选等方法进行文库质量检测，确保构建的文库质量优良。
之后进行高通量测序分析，获取庞大的测序数据，为后续基因筛选提供基础数据。
4.有利基因筛选利用基因表达数据库和生物信息学分析等方法，对测序数据进行筛选和分析，筛选出在抗灾、抗病、抗旱等方面具有特殊表达模式或具有重要功能的基因。
四、研究意义本研究通过建立东乡野生稻cDNA文库，对其遗传特性进行系统性、全面性的研究，发掘出对抗灾、抗病、抗旱等方面有重要影响的基因，为进一步探索东乡野生稻的遗传特性和利用价值提供基础支撑，同时也有助于推动我国稻作领域的研究和发展。
东乡野生稻遗传资源的保护及其在育种上的利用
东乡野生稻遗传资源的保护及其在育种上的利用
钟平安;黄英金;陈大洲
【期刊名称】《江西农业大学学报》
【年(卷),期】2003(025)001
【摘要】野生稻是水稻育种的重要遗传资源.东乡野生稻是普通野生稻的一种.由于人类的经济活动,导致东乡野生稻生境丧失、生境质量持续恶化、栖息地越来越少及外来种的入侵.对东乡野生稻的保护措施主要有就地保护(原地保护或原位保护)和迁地保护(易地保护或异位保护).东乡野生稻具有许多优良特性,如特强的耐冷性、耐旱性、耐瘠性、抗病虫害、特强的再生性、广亲和性、胞质雄性不育基因及恢复性等.有些优良特性已被用于水稻常规育种和杂交育种中,并取得了巨大的社会效益和经济效益.有些优良特性还有待进一步的开发利用.
【总页数】5页(P12-16)
【作者】钟平安;黄英金;陈大洲
【作者单位】江西农业大学,农学院,江西,南昌,330045;江西农业大学,农学院,江西,南昌,330045;江西省农科院,水稻研究所,江西,南昌,330200
【正文语种】中文
【中图分类】S511.902.4
【相关文献】
1.广西普通野生稻资源遗传多样性初探--Ⅱ普通野生稻遗传多样性保护技术探讨[J], 陈成斌;庞汉华
2.东乡野生稻原产地蜘蛛资源的保护与利用 [J], 陈连水;黄芳;袁凤辉;饶军;诧娜
3.野生稻遗传资源在育种上的利用 [J], 李飞
4.亚洲野生稻遗传资源的一个新发掘——中国东乡野生稻利用前景的研究 [J], 李子先;刘国平
5.亚洲野生稻中的一个重要亲缘——中国东乡野生稻的遗传及育种价值研究 [J], 李子先;刘国平;陈忠发
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野生稻叶绿体基因组组装与密码子偏好性分析及系统发育研究
野生稻叶绿体基因组组装与密码子偏好性分析及系统发育研究目录一、内容概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21.1 研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2 1.2 野生稻的研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31.3 研究目的与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5二、文献综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52.1 野生稻叶绿体基因组结构概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6 2.2 密码子偏好性分析方法回顾．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．72.3 系统发育学研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8三、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．93.1 实验材料与设备．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10 3.2 野生稻叶绿体基因组的采集与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10 3.3 密码子偏好性分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．113.4 系统发育分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13四、结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．144.1 野生稻叶绿体基因组组装结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14 4.2 密码子偏好性分析结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16 4.2.1 密码子频率分布图．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．174.2.2 密码子偏好性分析统计结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．184.3 系统发育分析结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．194.3.1 基于遗传距离的聚类分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．204.3.2 基于形态特征的聚类分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21五、讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．225.1 对野生稻叶绿体基因组组装结果的讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．235.2 对密码子偏好性分析结果的讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．245.3 对系统发育分析结果的讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．265.4 与其他研究的比较与差异．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27六、结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．286.1 主要结论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．296.2 研究创新点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．306.3 研究局限性与不足．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．306.4 未来研究方向与建议．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31一、内容概要本研究报告围绕“野生稻叶绿体基因组组装与密码子偏好性分析及系统发育研究”展开，旨在深入探索野生稻叶绿体基因组的组装技术、密码子偏好性规律以及其与系统发育的关系。
东乡野生稻的研究现状及其展望
东乡野生稻的研究现状及其展望谭陈菊;雷雪芳;肖晓春;熊翔宇;周铖勇;崔伏生【摘要】Wild rice is of important genetic resources in rice breeding. The paper summarizes the status quo of applying some excellent characteristics of Dongxiang wild rice to rice breeding and discusses the prospects of application research of Dongxiang wild rice.%综述了东乡野生稻的抗性和相关产量因子在育种研究中的利用现状,并展望了今后研究和利用的方向.【期刊名称】《上海农业学报》【年(卷),期】2012(028)003【总页数】5页(P111-115)【关键词】野生稻;水稻育种;抗性育种;遗传资源;资源利用【作者】谭陈菊;雷雪芳;肖晓春;熊翔宇;周铖勇;崔伏生【作者单位】宜春市农业科学研究所,宜春336000;宜春市农业科学研究所,宜春336000;宜春市农业科学研究所,宜春336000;宜春市农业科学研究所,宜春336000;宜春市农业科学研究所,宜春336000;宜春市农业科学研究所,宜春336000【正文语种】中文【中图分类】S511;S503东乡野生稻原生地位于江西省东乡县（28°14′N，116°36′E）境内，发现于1978年，是迄今为止我国乃至世界上分布最北的普通野生稻。
它不仅对我国栽培水稻的起源、演变研究具有重要作用，而且还具有抗寒、抗病虫、耐旱等丰富的抗逆特性，是水稻育种中宝贵的种质资源。
利用野生稻的有利基因进行育种已有悠久的历史，早在20世纪30年代，丁颖利用广东普通野生稻作亲本育成了具有耐寒抗逆性强的生产用种‘中山1号’［1］。
稻属植物的基因组进化
稻属植物的基因组进化
稻属植物是一类重要的农作物，其基因组结构和进化史对于研究其生物学特性，以及研究其种群遗传学有重要意义。
研究表明，稻属植物的基因组结构受到多种因素的影响，包括环境因素、生物学因素、遗传因素和演化因素。
环境因素可能影响稻属植物的基因组结构，如温度、湿度、光照、水分等等。
生物学因素可能影响稻属植物的基因组结构，如基因表达、基因突变、基因重组等。
遗传因素可能影响稻属植物的基因组结构，如遗传多样性、基因流变率、基因交换率等。
最后，演化因素也可能影响稻属植物的基因组结构，如物种分化、物种进化等。
因此，研究稻属植物的基因组进化，需要考虑多种因素，以便准确地分析其基因组结构的变化。
东乡野生稻群体植株表型性状的聚类分析
Ｃｌ ｓ ｅ ｕ ｔ ｒ Ａｎａｙ ｉ ｆＰｌ ｎ ｏ ｐ ｏ ｏ ｉａ ａ ａ ｔ ｒ ｌ ｓｓ ｏ ａ ｔＭ ｒ ｈ ｌ ｇ ｃ ｌＣｈ ｒ ｃ ｅ ｓ
丰富的抗病虫和抗各种不 良环境的有利基因， 如耐冷基因、 耐旱基 因、 耐瘠基 因、 胞质不育基因、 广亲和基 因、 恢复基因
等
， 是全球最宝贵的稻种资源之一 ， 潜在利用价值极高。我国已将东乡野生稻列为国家二级保护野生植物 。但
由于受人为的干扰和破坏 ， 目前东 乡野生稻生存形势严峻， 原生地居群在逐渐消失 ， 因此必须积极开展东乡野生稻保 护遗传学研究。本文对东乡野生稻异位保存圃 ９ 个群落的 １９ ７ 个样株的表型性状进行了系统 的调查和分析 ， 以期为 东乡野生稻的保护与利用提供依据 。
ｉ ｐ ｌ ｔｏ ｆＤｏ ｘ ａ ｉ ｃ ｎ Ｐｏ ｕ ａ ｉ ｎ ｏ ｎｇ ｉ ｎｇ Ｗ ｌ Ｒｉ ｅ ｄ ＱＵ Ｂｎ ｙ ， Ｉ Ｎ ｕ— ｈ ｎ Ｙ Ｉ ｉ ｇ— ｕ Ｘ Ｏ Ｇ Ｙ ｚｅ ， Ｕ ｕ—ｑｎ Ｈ ｉ — ｉ， Ｈ Ｎ ｈｎ ， Ｉ ｉｎ— ｕ ’ ｉ， Ｕ Ｂａ ｌ Ｚ Ａ Ｇ Ｚ ｅ ｇ ＸＥ Ｊ ｏ ｎ ａ ｋ ｎ
１ 材料与方法
１１ 材料 本实验材料来 自于江西省农业科学院水稻研究所建立的东乡野生稻异位保存圃， ． 该保存圃中保存了东乡 野生稻 ９ 个群落的２２个样株 ， ５ 各个样株每年均 自 然越冬 ， 无性繁殖。 １２ 方法 １８ ． ９０年从东乡野生稻原生境 ９ 个居群采集 ２２个样株 ， ５ 移至南昌异位保存 圃保存。所考察的 １９个样株 ７ 均采 自异位保存 圃， 中庵家山群落有 ５ ， 其 ３株 樟塘群落 ３ 株 ， １ 东塘上群落 ２ ， ９株 水桃树下群落 ２ 株 ， ５ 坎下垅群落 １ ６ 株， 东塘群落 ９株 ， 场群落 ６ ， 林 株 东塘西群落 ６株 ， 东塘下群落 ４株。主要考察了植株 的生长习性 （ 分直立、 半直立 、
东乡野生稻育性恢复性的鉴定与遗传分析
东乡野生稻育性恢复性的鉴定与遗传分析杨空松;陈小荣;傅军如;朱昌兰;彭小松;贺晓鹏;贺浩华【期刊名称】《中国水稻科学》【年(卷),期】2007(21)5【摘要】以东乡野生稻水桃树、东塘上2个居群与不同细胞质来源的5个水稻不育系(B06S、珍汕97A、协青早A、中97A和粤泰A)配组,根据F1结实率的高低对东乡野生稻育性恢复性进行鉴定.建立了10个组合的P1、F1、P2、F2群体,利用混合模型理论的Akaike信息准则(AIC),在F2代中鉴定影响数量性状的主基因存在与否,主基因存在时通过分离分析估计主基因和微效基因的遗传效应以及所占总变异的分量.F1代的结实率变化范围为45.98%～76.57%,表明东乡野生稻具有一定的育性恢复性.F2代中该性状符合1对主基因+多基因的遗传模式,主基因遗传率为56.63%～88.29%,多基因遗传率为2.74%～30.97%,总基因型遗传率为63.17%～94.01%.中9A /东塘上居群杂交组合的F2代中,主基因是加性遗传,无显性效应,其他9个组合主基因是完全显性遗传.【总页数】6页(P487-492)【作者】杨空松;陈小荣;傅军如;朱昌兰;彭小松;贺晓鹏;贺浩华【作者单位】江西农业大学,农学院,江西省作物生理生态与遗传育种重点实验室,江西,南昌,330045;江西农业大学,农学院,江西省作物生理生态与遗传育种重点实验室,江西,南昌,330045;江西农业大学,农学院,江西省作物生理生态与遗传育种重点实验室,江西,南昌,330045;江西农业大学,农学院,江西省作物生理生态与遗传育种重点实验室,江西,南昌,330045;江西农业大学,农学院,江西省作物生理生态与遗传育种重点实验室,江西,南昌,330045;江西农业大学,农学院,江西省作物生理生态与遗传育种重点实验室,江西,南昌,330045;江西农业大学,农学院,江西省作物生理生态与遗传育种重点实验室,江西,南昌,330045【正文语种】中文【中图分类】Q943;S511.03【相关文献】1.东乡野生稻的抗病性鉴定 [J], 何月秋;彭志平;曾小萍;文艳华;黄瑞荣;王立新;2.东乡普通野生稻全生育期抗旱性鉴定 [J], 胡标林;余守武;万勇;张铮;邱兵余;谢建坤3.东乡野生稻杂交后代生育早期耐冷性和耐旱性鉴定 [J], 李霞;陈竹林;谢建坤;胡标林;万勇4.东乡野生稻细胞质雄性不育育性恢复的遗传研究 [J], 余守武;万勇;胡标林;张铮;谢建坤5.东乡野生稻细胞质雄性不育育性恢复基因的遗传分析及应用 [J], 张金伟;李霞;万勇;胡标林;谢建坤因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
东乡野生稻原生境土壤微生物群落结构研究
猱艺科枚Journal of Green Science and Technology第23卷第10期2021年5月东乡野生稻原生境土壤微生物群落结构研究汪丽娜，赖发英,周春火，尹鑫(江西农业大学国土资源与环境学院，江西南昌330045)摘要：以普通水稻为对照，以基于16S rDNA 基因以及功能基因的高通量测序技术为手段，比较分析了栽培 稻田土与东乡野生稻原生境土壤中微生物群落结构差异，并利用RDA 分析探讨了环境因子与细菌群落结 构的关系。
结果表明：在氮磷钾营养物质、土壤细菌多样性和固氮菌多样性上，东乡野生稻原生境土壤均高于栽培稻土壤。
东乡野生稻原生境土壤中细菌优势门为变形菌门、放线菌门和绿弯菌门。
栽培稻土壤 中优势门为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门、绿弯菌门和酸杆菌门。
东乡野生稻土壤中固氮菌的优势 属为慢生根瘤菌,Pseudacidovorax 和固氮螺菌厲，而栽培稻的优势属为慢生根瘤菌、甲基球菌属和红长命 菌属。
由RDA 分析可知，碱解氮、速效磷和速效钾是彩响土壤细菌群落•结构的主要彩响因子，碱解氮、速 效磷和全氮是影响土壤固氮菌细菌群落结构的主要彩响因子。
关键词：东乡野生稻；16S rDNA ； 土壤微生物；多样性；固氮菌中图分类号:Q938 文献标识码：A 文章编号：1674-9944(2021)10-0005-051引言土壤中含有种类丰富且数量巨大的微生物，这些微 生物不仅仅是土壤物质转化和养分循环的推动者，还是 土壤中植物有效养分的储备库，对植物生长、气候调节等生态功能起着不可替代的重要作用□，所以土壤微生 物受到的关注日益增加。
而稻田是最大的人工湿地生态系统，稻田土壤中微生物对调节土壤营养物质的循 环，维持土壤肥力具有重要意义。
东乡野生稻(Oryzarufipogon)是在1979年首次报道发现的冈，是我国三大野生稻之一，具有抗病虫、抗旱、抗寒等特性―旳，是国 家二级保护植物。
东乡野生稻衍生群体分子图谱的构建及重要性状QTLs定位研究
东乡野生稻衍生群体分子图谱的构建及重要性状QTLs定位研究多年生东乡野生稻携带诸多农业生产急需的有益基因资源,挖掘其有益基因资源服务农业生产必将助力我国水稻产业向纵深发展。
为此,本研究以多年生东乡野生稻为研究材料,构建“东乡野生稻/93-11”F<sub>2</sub>和F<sub>2:3</sub>群体并调查越冬再生、穗部及籽粒等30个重要性状,借助QTLs IciMapping4.10版软件构建分子图谱并开展前述性状的QTLs定位研究。
共定位到67个QTLs,其中在F<sub>2</sub>群体检测到42个QTLs,在F<sub>2:3</sub>群体检测到25个QTLs,主要研究结果如下:（1）构建了一张包含137个SSR标记的分子遗传图谱,该图谱覆盖基因组全长1557.62cM,标记间平均图距为11.37cM,不同染色体标记间平均图距介于7.07-18.28cM,所有染色体标记间图距范围0.47cM-45.96 cM.（2）共检测到4个越冬再生性状QTLs,分布第2、3、6、7号染色体上。
其中,利用不同QTLs检测方法重复检测到QTL-qOW6,LOD值为36.6,贡献率22.32%;没有检测到越冬再生上位性互作QTLs。
（3）在F<sub>2</sub>和F<sub>2:3</sub>群体共检测到40个穗部相关性状QTLs,LOD值变异范围在2.55-18.21,贡献率变异范围在10.17%-47.79%;其中,在F<sub>2</sub>群体检测到21个QTLs,在F<sub>2:3</sub>群体19个QTLs,两群体同时在第6号染色体RM3724-RM5745区间检测1个影响穗倒Ⅳ节一次枝梗有效节间长的QTL;控制一次枝梗的qNPB7、qNPB8位点包含了已克隆基因OsMADS15和OsCEP6.1;共检测到40对上位性互作QTLs。
普通野生稻东乡群体等位酶水平的遗传多样性研究
普通野生稻东乡群体等位酶水平的遗传多样性研究李桂花;黎国喜;黄英金;陈大洲;张衍荣;曹健【期刊名称】《作物学报》【年(卷),期】2004(030)009【摘要】利用普通野生稻东乡群体苗期幼叶,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对采自异位种质圃内9个小群体的材料进行研究.选取12种酶系统进行等位酶分析,共获得21个等位酶位点.对这21个位点等位基因的统计分析表明:普通野生稻东乡群体多态位点的百分数为P=23.3%,等位基因平均数为A=1.166,观察杂合度为Ho=0.148,预期杂合度为He=0.089,固定指数F=-0.660,基因分化系数GST=0.015.以上数据表明:普通野生稻东乡群体偏离Hardy-Weinberg平衡,小群间的遗传分化很小,遗传多样性主要存在于小群体内的单株间.【总页数】5页(P927-931)【作者】李桂花;黎国喜;黄英金;陈大洲;张衍荣;曹健【作者单位】广东省农业科学院蔬菜研究所,广东广州,510640;华南农业大学农学院作物生产系,广东广州,510642;江西农业大学农学院,江西南昌,330045;江西省农业科学院水稻研究所,江西南昌,330002;广东省农业科学院蔬菜研究所,广东广州,510640;广东省农业科学院蔬菜研究所,广东广州,510640【正文语种】中文【中图分类】S511【相关文献】1.东乡野生稻等位酶位点遗传多样性的初步研究 [J], 黄英金;李桂花;陈大洲;石庆华;肖玉峰;王锋尖;余丽琴;肖叶青2.东乡普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)原位保存群体的遗传分化和保护策略研究 [J], 杨庆文;余丽琴;张万霞;时津霞;任军方;苗晗3.花尾胡椒鲷养殖群体遗传多样性的等位酶研究 [J], 丁少雄;王军;苏永全;全成干;张纹;郭丰;马梁4.玉米新合成群体8种等位酶17个位点的遗传多样性及与数量性状相关性研究[J], 铁双贵;郑用琏5.蒙古栎天然群体等位酶遗传多样性研究 [J], 李文英;顾万春因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
东乡野生稻群体植株表型性状的聚类分析_邱兵余
江西农业学报 2006,18(5):1～5A cta A g ri cult urae Jiangx i 东乡野生稻群体植株表型性状的聚类分析邱兵余,熊玉珍,余丽琴,胡标林,张铮,谢建坤*(江西省农业科学院水稻研究所,江西南昌330200)摘 要:对江西东乡野生稻异位保存圃群体植株的表型性状进行了详细调查,对其进行聚类分析,发现东乡野生稻群体内植株存在丰富的变异。
表型性状的主成分分析结果表明,东乡野生稻处于多年生向一年生分化的初始阶段。
关键词:东乡野生稻;表型性状;聚类分析中图分类号:S511.9.01 文献标识码:A 文章编号:1001-8581(2006)05-0001-05Cluster Analysis of P lantM orphological Charactersi n Population ofDongxiangW ild R iceQ I U Bing-yu,X I ONG Yu-zhen,YU L i-qi n,HU B iao-lin,ZHANG Z heng,X IE Ji an-kun*(R ice R esea rch Institute,Jiangxi A cade my o f Ag ricu lt ural Sciences,N anchang330200,China) Ab stract:Survey on plan tmo rpho l og ica l characte rs i n the populati on o fD ongxiang w ild rice g row ing in ex sit u conserva tion nurs-e ry wa s conduc t ed.C l ust e r ana l ysis of t he m i ndicates tha t t here a re abundant variations for plantmo rpholog ical charac t e rs i n t he popu-lati on.The pri ncipa l componen t anal y sis of phenotyp ic characters w it hin the popu l a tion o f D ongx iang w ild rice show ed t hat t here is a trend o f diffe rentiati on fro m pe rennia l t ypes t o annua l ones.K ey word s:D ongxiang w ild rice;M o rphological cha racters;C l uster ana l ysis东乡野生稻是迄今发现的我国乃至全球最北的普通野生稻,主要分布于江西省东乡县岗上积镇走马岗一带,地处北纬28°14′,东经116°30′。
东乡野生稻重要耐逆性状及其分子机制研究进展
东乡野生稻重要耐逆性状及其分子机制研究进展邱在辉;胡标林;肖叶青;李霞;彭志勤;万勇【摘要】Dongxiang wild rice (Oryza rufipogon Griff.) is the northernmost common wild rice worldwide, has abundant stress tolerant traits and high breeding value. Recent research on the stress tolerant traits, such as cold tolerance, drought tolerance and insect resis-tance of Dongxiang wild rice and its corresponding molecular mechanisms have been summarized in this paper, which would provide the foundation for the further study of stress tolerance of rice.%东乡野生稻是全球分布最北的普通野生稻,具有丰富的抗逆性状,其育种利用价值高.本文综述了近年来东乡野生稻在耐冷、耐旱及抗虫等重要耐逆性状及其分子机制研究方面取得的进展,以期为水稻耐逆性的进一步研究提供依据.【期刊名称】《中国稻米》【年(卷),期】2017(023)005【总页数】7页(P12-18)【关键词】东乡野生稻;耐逆性;研究进展【作者】邱在辉;胡标林;肖叶青;李霞;彭志勤;万勇【作者单位】江西省农业科学院水稻研究所,南昌330200;江西省农业科学院水稻研究所,南昌330200;江西省农业科学院水稻研究所,南昌330200;江西省农业科学院水稻研究所,南昌330200;江西省农业科学院水稻研究所,南昌330200;江西省农业科学院水稻研究所,南昌330200【正文语种】中文【中图分类】S511水稻是我国最重要的粮食作物之一。
东乡野生稻抗旱性鉴定及遗传分析的开题报告
东乡野生稻抗旱性鉴定及遗传分析的开题报告一、选题背景东乡野生稻是一种中国特有的稻品种，在抗旱、抗病方面具有很高的生物学和农学价值。
随着气候变化和水资源紧缩的情况日益严峻，东乡野生稻的研究和利用变得尤为重要，以期发掘其更广泛的潜在价值和应用前景。
二、研究目的本文旨在评价东乡野生稻的抗旱性，并分析其遗传特性，以为东乡野生稻的有效保护与利用提供科学依据。
三、研究内容1. 野生稻组织培养技术的建立对东乡野生稻进行体细胞培养，通过优化培养基、外植体来源和菌种等方面的条件，建立稳定的体细胞培养体系，为后续实验提供基础。
2. 东乡野生稻的抗旱性鉴定通过溶液浸泡法和田间栽培两种方法，评估不同耐旱水平东乡野生稻的抗旱性状，并探究其变化规律。
3. 东乡野生稻抗旱性的遗传分析选取抗旱性状显著的东乡野生稻进行杂交，在F1代、F2代分别进行鉴定和分析，利用多种遗传分析方法研究东乡野生稻的抗旱性状遗传特性。
四、预期成果1. 确立东乡野生稻的抗旱性鉴定体系，可以较好地对东乡野生稻的抗旱性状进行评价，为相关研究提供基础。
2. 通过分析东乡野生稻抗旱性状的遗传特性，为提高东乡野生稻的抗旱性和培育新品种提供参考和依据。
3. 推进东乡野生稻的保护与利用，增强其抗旱性能，为解决气候变化和水资源紧缺问题做出贡献。
五、研究方法1. 体细胞培养技术：通过选用切花蕾、离体子叶和愈伤组织等外植体进行诱导和差异诱导培养，筛选出较为适合东乡野生稻体细胞培养的优良菌株和培养基。
2. 抗旱性鉴定：通过溶液浸泡法和田间栽培法，测定东乡野生稻的抗旱性状和水分利用特性，建立抗旱性鉴定体系。
3. 遗传分析：从抗旱性状显著的东乡野生稻中选择杂交组合，利用遗传学理论和分析技术，进行F1、F2代的遗传鉴定和分析，探究抗旱性状的遗传规律，为后续的育种工作提供参考。
六、研究意义1. 本研究对于阐明东乡野生稻的遗传特性，揭示其抗旱性状的遗传规律，对于解决旱作农业生产和水资源紧缺问题有十分重要的实际意义。
东乡野生稻苗期抗寒基因定位的开题报告
东乡野生稻苗期抗寒基因定位的开题报告
题目：东乡野生稻苗期抗寒基因定位
研究背景：
随着全球气候不断变化，寒冷的气候对粮食生产的影响日益显著。
为了保障粮食生产的可持续性和稳定性，研究作物的抗寒性是十分必要的。
东乡野生稻作为一种耐寒抗旱的重要作物资源，在抗寒方面具有很高的潜力和应用价值。
然而，目前对于其抗寒基因的研究还处于初步阶段，需要深入的探究。
研究目的：
本研究旨在探究东乡野生稻苗期抗寒基因的定位与功能，从而为其抗寒遗传机制的研究提供依据和支持。
研究内容：
1. 筛选苗期抗寒性强的东乡野生稻品种；
2. 构建抗寒性差异的东乡野生稻品种间的交配组合，并建立群体；
3. 利用表达谱学和基因组学技术，对苗期抗寒性差异显著的品种的基因表达谱进行测序和分析；
4. 运用基因克隆、T-DNA插入和CRISPR/Cas9等技术，对目标基因进行克隆和功能鉴定；
5. 探究目标基因在东乡野生稻中的抗寒遗传机制。
研究意义：
本研究对于深入探究东乡野生稻苗期抗寒基因的遗传机制和提高其抗寒性具有重要的意义。
同时，研究结果还具有很高的推广应用价值，可为其他相关作物的抗寒基因研究提供有益的借鉴和参考。
东乡野生稻恢复基因QTL定位的开题报告
东乡野生稻恢复基因QTL定位的开题报告一、选题背景及意义野生稻是稻属中的野生种，在中国东南沿海地区的自然湿地中广泛分布。
它与栽培稻的自然杂交并在自然界中保持着不断更新的种质资源。
野生稻的生产要素利用效果高，它在耐盐、抗病、抗逆等方面具有独特的基因资源，并被认为是进行重要农业性状基因挖掘和转育的重要资源。
然而，野生稻的数量不断减少，它的生长环境常常受到破坏，使其种质资源值得重视。
在野生稻的生长环境受到破坏的同时，野生稻的基因资源也随之受到破坏，因此野生稻基因资源的保护和研究非常重要。
近年来，野生稻的恢复与保护一直是研究的热点和难点，QTL定位技术具有在种质资源挖掘中的举足轻重的地位。
定位野生稻基因的分子标记是近年来的一个热点研究，但是很多研究人员并未成功地开展这方面的研究。
二、研究目标本研究的目标是对东乡野生稻进行QTL定位，通过对东乡野生稻的基因资源进行深入研究，揭示其基因功能，为东乡野生稻资源的保存与利用提供科学依据和技术支持。
三、研究内容本研究拟利用基因组学、生物信息学和分子生物学等方法对东乡野生稻进行QTL定位研究。
具体内容包括：1.选取适合的东乡野生稻样品，进行采样和基因组DNA的提取并进行质量检测。
2.建立东乡野生稻标记分型相关谱系，并对其遗传结构进行分析。
3.设计与筛选定位野生稻基因的分子标记，以及开发与构建相关的分子遗传图谱。
4.借助分子标记法进行野生稻基因的分子遗传图谱，进而开展QTL定位。
5.分析QTL与生物学特征，研究东乡野生稻基因资源的结构和功能，并对其应用价值进行评估。
四、研究意义本研究的意义如下：1.野生稻的恢复和保护对保护生物多样性和实现农业可持续发展都有很大的意义。
2.QTL定位技术在野生稻的研究中具有重要作用，可以为研究野生稻的遗传育种提供重要的理论依据。
3.通过对东乡野生稻的QTL定位研究，可以深度挖掘其基因资源，揭示其基因功能，为其保持和合理利用提供科学支持。
叶绿体全基因组系统进化分析资源平台的构建
叶绿体全基因组系统进化分析资源平台的构建植物叶绿体是一种独立的细胞质器，负责植物的光合作用和代谢过程。
它具有一定的物种保守性和多样性，是研究植物分类学、系统发生和进化生物学的重要工具。
建立叶绿体全基因组系统进化分析资源平台，将为研究人员提供丰富的叶绿体基因组数据资源和分析工具，促进叶绿体进化研究的开展。
构建叶绿体全基因组系统进化分析资源平台的步骤如下：1.数据收集：首先，需要收集大量的叶绿体全基因组数据，包括已发布的叶绿体全基因组序列以及新鲜获得的叶绿体全基因组数据。
这些数据可以通过数据库、文献和合作伙伴等途径获得。
可以选择常见的植物物种，也可以选择特定的叶绿体基因组数据。
2.数据预处理：获得叶绿体全基因组数据后，需要进行数据的预处理工作。
包括去除低质量序列、去除污染序列和去除重复序列等。
此外，还需要进行序列的拼接和组装，获得完整的叶绿体全基因组序列。
3. 数据库构建：将收集到的叶绿体全基因组序列存储到数据库中。
数据库可以使用常见的关系型数据库或者非关系型数据库。
对于关系型数据库，可以使用MySQL或PostgreSQL等；对于非关系型数据库，可以使用MongoDB等。
数据库中的字段包括物种名称、序列信息、基因组大小、基因组结构等。
4. 分析工具开发：根据叶绿体全基因组分析的需求，开发相应的分析工具。
可以使用编程语言如Python、Java或R等进行开发。
开发的分析工具可以包括基因组比对工具、基因组注释工具、基因组比对可视化工具等。
5.数据分析：根据用户的需求，对叶绿体全基因组数据进行分析。
包括基因组比较、进化分析、物种分类和系统发育等。
可以使用已有的分析方法或者开发新的分析方法。
分析结果可以通过图表、表格和文字等方式展示。
6.结果呈现：将分析结果以可视化的方式呈现给用户。
可以使用图表、表格、树状图、网络图等方式展示分析结果。
同时，还可以将分析结果导出为文件，方便用户进行进一步的分析和应用。
以上是构建叶绿体全基因组系统进化分析资源平台的主要步骤。
东乡野生稻渐渗系基因组结构变化及多样性分析
东乡野生稻渐渗系基因组结构变化及多样性分析邓晓娟;罗向东;谢建坤;万勇;胡标林;曹娟芳;戴亮芳【摘要】[Objective] The aim of the study was to make research on genomic structure variation and variety analysis of Dongxiang wild rice. [Method] Introgression groups of BC1F6 were based on donor of O. Rufipogon Griff. And receptor of O. Sativa sp. Indica Kato. . Strains of 239 in the group were analyzed on Polymorphism with the help of 25 couples of SSR primers distributed in 12 pairs of chromosomes. [Result] Gene fragments of 0. Rufipogon Griff, were found penetrated in the 25 microsatellite sites and most of the groups kept the parents of Xieqinzao B or DNA sequence of 0. Rufipogon Griff. . The average rate of recurrent homozygous bands was 78. 13% in the Ils, but the highest was 94. 98% (amplified by primer RM131) and the lowest was 60. 25% ( RM171 ). The average rate of donor homozygous bands was 13. 37% , but the highest was 32. 64% (RM171) and the lowest was 2.93% ( RM1095 ). There were numerous heterozygous sites in the population and the average heterozygosis rate was 5.62% , while the highest was 10.04% (RM401). Moreover, we found that there were some parental fragments lost and some novel fragments which were not detected in either parent in BC1 F6 population. The average rate of lost bands was 2. 88% , while the highest was 13.39% (RM311) and the lowest was 0 (RM401). The average rate of new bands was 1%. The average of Nei's gene diversity (He) and Shannons Information index (I) were 0. 276 and 0.457 respectively in high generationof introgression lines. [Conclusion] The study demonstrated that distant hybridization led to extensive genetic and epigenetic variations in high generation of introgression lines, which expanded the base of genetic variation and laid an important foundation for rice improvement and germplasm innovation.%[目的]研究东乡野生稻渐渗系基因组结构变化及对其进行多样性分析.[方法]以东乡野生稻(O.rufipogon Grif,供体)和栽培稻协青早B(O.sativa sp.indica Kato.,受体)构建的BC1F6渐渗群体为研究材料,利用筛选出的分布在12对染色体上的25对SSR引物对群体中的239个株系进行多态性分析.[结果]25个微卫星位点都有东乡野生稻DNA片段不同程度的渗入,群体均大部分保留亲本协青早B或东乡野生稻的DNA序列.渐渗系基因组中平均受体纯合条带百分率为78.13％,最高达94.98％(引物为RM131),最低为60.25％(引物为RM171).平均供体纯合条带百分率为13.37％,最高达32.64％(引物为RM171),最低为2.93％( RM1095).群体中还存在一些杂合位点,平均杂合率为5.62％,最高达10.04％(引物为RM401).此外,BC1F6渐渗群体中发现有双亲条带的丢失和一些双亲所没有的新条带出现,其中平均亲本条带丢失率为2.88％,最高达13.39％(引物为RM311),最低为0(引物为RM401),平均新带率为1％.高世代渐渗群体平均Nei's 基因多样性(He)和平均Shannon's信息多样性指数(Ⅰ)分别为0.276和0.457.[结论]通过远缘杂交,渐渗系发生了广泛遗传与表观遗传变异,扩大了遗传变异基础,为水稻品种改良与种质创新奠定了重要基础.【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2012(040)003【总页数】4页(P1336-1339)【关键词】东乡野生稻;渐渗系;SSR分析;基因组结构变化;遗传变异【作者】邓晓娟;罗向东;谢建坤;万勇;胡标林;曹娟芳;戴亮芳【作者单位】江西师范大学生命科学学院,江西南昌330022;江西师范大学生命科学学院,江西南昌330022;江西师范大学生命科学学院,江西南昌330022;江西省农业科学水稻研究所,江西省水稻生理及遗传重点实验室,江西南昌330200;江西省农业科学水稻研究所,江西省水稻生理及遗传重点实验室,江西南昌330200;江西省农业科学水稻研究所,江西省水稻生理及遗传重点实验室,江西南昌330200;江西师范大学生命科学学院,江西南昌330022;江西师范大学生命科学学院,江西南昌330022【正文语种】中文【中图分类】S511.9东乡野生稻是全球分布最北的国家二级保护野生植物，素有“植物大熊猫”之称，蕴藏着高产［1］、强耐冷［2］、抗旱［3］、抗多种病虫［4］等大量有利基因以及与栽培稻起源、进化有关的信息。
东乡野生稻核基因组SSLP分析
行 遗 传 多样 性 分 析 ， “ 野 ” 保 护 及 利 用 提 供 理 论 依 据 。 为 东 的
１ 材 料 与 方 法
１． １ 实 验 材 料
本 实验 材 料 取 自于 江 西 省 农 业 科 学 院水 稻 研 究 所 建 立 的 “ 野 ” 位 保 存 圃 ， 保 存 圃 中 东 异 该
方 式 与 片 面推 广 单 一 优 良品 种 而 发 生 遗 传 侵 蚀 （ｅ ｅ ｃｅｏｉ ） 造 成 大 量 水 稻 基 因 的 流 失 ， ｇｎｔ ｒｓ ｎ ， ｉ ｏ 导 致 栽 培 稻 的遗 传基 础 １ 狭 窄 。普 通 野 生 稻 与 栽 培 稻 有 着 密 切 的 亲 缘 关 系 ， 是 发展 稻 作 育 ３趋 它 种 的基 础 和全 球 重 要 的 水 稻 遗 传 资 源 … ， 其 进 行 研 究 、 护 和 利 用 ， 中 国 这 样 的 产 稻 大 国 对 保 就
收 稿 日期 ：０ ２—０ —１ ２０ ７ ６ 基 金 项 目 ： 家 自然 科 学 基 金 地 方 重 点 项 目 （９ ６０ １ 。 国 ３９ ９０ ） 作 者 简 介 ： 建 坤 （９ ５ ） 男 ． 西 临 川 人 ． 士 ．副 研 究 员 ． 事 植 物 分 子 生 物 学 研 究 工 作 。 谢 １６ 一 ． 江 博 从
具 有 十 分重 要 的 意 义 因 此 野 生 稻 资 源 的 研 究 已成 为 国 内外 研 究 的 热 点 【 ｊ ２， ３ 。
东 乡野 生 稻 （ 以下 简称 “ 野 ” 是 迄 今 发 现 的 我 国 乃 至 全 球 最 北 的 普 通 野 生 稻 ， 有 抗 病 东 ） 具
虫 、 旱 、 冷 等 丰 富 的 抗 逆 特 性 ， 最 宝 贵 的 稻 种 资 源 之 一 Ｅ 。对 “ 野 ” 保 护 及 研 究 已 引 抗 耐 是 ６ Ｊ 东 的 起 我 国 政府 和 学 者 的 高 度 重 视 。本 研 究 旨在 利 用 分 子 标 记技 术 对 “ 野 ” 然 小 群 体 的材 料 进 东 天
东乡野生稻RPS2类候选抗病基因的克隆与分析
东乡野生稻RPS2类候选抗病基因的克隆与分析崔玲玲;曹孟良;李磊;韩小霞;邢俊杰;李玲龙;阳志刚;罗秀娟;李丁;谢灵灵【期刊名称】《湖南农业大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2009(035)002【摘要】利用NBS保守结构域获得的探针及基于RecA文库富集方法的试剂盒筛选东乡野生稻液体pCAMBIA1301质粒文库,杂交筛选获得阳性克隆,在NCBI上进行BLASTN序列比对后,设计相关引物,扩增获得编码区,并利用生物信息学方法预测其编码蛋白序列,与已克隆的NBS-LRR类抗性基因建立进化树.结果分析表明,其预测蛋白除了部分氨基酸缺失及2个氨基酸不同外,与粳稻大部分序列一致,分子进化树表明其与粳稻、拟南芥RPS2基因的关系最近.【总页数】5页(P111-115)【作者】崔玲玲;曹孟良;李磊;韩小霞;邢俊杰;李玲龙;阳志刚;罗秀娟;李丁;谢灵灵【作者单位】中南大学,研究生院隆平分院,湖南,长沙,410125;湖南西城杂交水稻基因科技有限公司,湖南,长沙,410205;中南大学,研究生院隆平分院,湖南,长沙,410125;湖南西城杂交水稻基因科技有限公司,湖南,长沙,410205;国家杂交水稻工程技术研究中心,湖南,长沙,410125;中南大学,研究生院隆平分院,湖南,长沙,410125;湖南西城杂交水稻基因科技有限公司,湖南,长沙,410205;中南大学,研究生院隆平分院,湖南,长沙,410125;湖南西城杂交水稻基因科技有限公司,湖南,长沙,410205;中南大学,研究生院隆平分院,湖南,长沙,410125;湖南西城杂交水稻基因科技有限公司,湖南,长沙,410205;国家杂交水稻工程技术研究中心,湖南,长沙,410125;中南大学,研究生院隆平分院,湖南,长沙,410125;湖南西城杂交水稻基因科技有限公司,湖南,长沙,410205;中南大学,研究生院隆平分院,湖南,长沙,410125;湖南西城杂交水稻基因科技有限公司,湖南,长沙,410205;中南大学,研究生院隆平分院,湖南,长沙,410125;湖南西城杂交水稻基因科技有限公司,湖南,长沙,410205;中南大学,研究生院隆平分院,湖南,长沙,410125;湖南西城杂交水稻基因科技有限公司,湖南,长沙,410205;中南大学,研究生院隆平分院,湖南,长沙,410125;湖南西城杂交水稻基因科技有限公司,湖南,长沙,410205;国家杂交水稻工程技术研究中心,湖南,长沙,410125【正文语种】中文【中图分类】S511.903.4【相关文献】1.东乡野生稻NBS类抗病基因同源片段的克隆及序列分析 [J], 却志群;沈春修;卢其能2.小粒野生稻STK类抗病基因同源序列的克隆与分析 [J], 崔玲玲;韩小霞;邢俊杰;李玲龙;阳志刚;罗秀娟;李丁;谢灵灵;曹孟良3.东乡野生稻苗期耐冷QTL qCTS3.3候选基因LOC_Os03g54970冷胁迫下荧光定量表达分析及克隆 [J], 却志群;黄贵忠;沈春修4.三种野生稻候选抗病基因的克隆与分析 [J], 李强;李磊;田志坚;邢俊杰;崔玲玲;曹孟良5.东乡野生稻STK抗病基因片段的克隆及序列分析 [J], 史冬燕;黄兴奇因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
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东乡野生稻叶绿体基因组拼接及系统进化分析中国科技论文在线东乡野生稻叶绿体基因组拼接及系统进化分析林张翔，王营营，付菲，叶楚玉，樊龙江 5 (浙江大学农业与生物技术学院农学系，浙江省作物种质资源重点实验室，杭州 310058) 摘要: 叶绿体基因组序列对于研究植物物种的起源、进化演变及不同物种间的亲缘关系等具有重要意义。
高通量测序技术的快速发展，推动了植物叶绿体基因组的测序工作。
但传统的叶绿体基因组测序方法需要建立在分离纯化叶绿体 DNA 的基础上，操作繁琐，耗时较长。
为了优化叶绿体基因组 DNA 序列的获取和拼接方法，以东乡野生稻(Oryza rufipogon)嫩绿10 叶为材料，不需分离叶绿体 DNA，利用高通量测序获得的全基因组短序列(reads)及叶绿体基因组高度保守的特性，与参考序列进行比对，从而组装拼接出叶绿体 DNA 序列，并同时利用生物信息学手段和 PCR 扩增进行补洞。
最终获得东乡野生稻完整叶绿体基因组序列，大大小为134537bp，(LSC) 小、 (SSC) 单拷贝区和反向互补重复区 (IR) 大小分别为 80585bp、12346bp 和 20803bp，共注释叶绿体基因 152 个。
基于获取的东乡野生稻及其他叶序列，通过构建进化树分析，结果显示在禾本绿体基因15 组科中水稻与麻竹 ( Dendrocalamus latiflorus)和黍亚科(Panicoideae)亲缘关系最近，粳稻与中国普通野生稻的亲缘关系较近，粳稻与籼稻并非同时驯化出现。
关键词:作物遗传学;东乡野生稻;叶绿体基因组;高通量测序;嫩绿叶中图分类号:S511.920 Assembly and phylogenetic analysis of Dongxiang wildrice chloroplast genome LIN Zhangxiang WANG Yingying FU Fei YE Chuyu FAN LongjiangDepartment of Agronomy College of Agriculture and Biotechnology Zhejiang Key Laboratory25 of Crop Germplasm Zhejiang University Hangzhou 310058 China Abstract: Complete chloroplast genome sequence is very useful for studying the evolution of species. The rapid development of high-throughput sequencing technology promotes the plant chloroplast genome sequencing. For traditional chloroplast genome sequencing method it is necessary to isolate and purify the chloroplast DNA before sequencing. Due to low concentration of chloroplast DNA it is30difficult to separate it from nuclear genome DNA. Therefore chloroplast DNA isolation-based method is tedious and time consuming. This study employed a simple and rapid method for chloroplast genome sequences acquisition without isolation of chloroplast DNA. Based on conservationof chloroplast genomes the whole genome short reads generated byIllumina Hiseq 2000 were directly used to map against chloroplast reference genomes. Subsequently the aligned reads were collected and further did35 de novo assembly. Finally the chloroplast genome sequence of Dongxiang wild rice was obtained. The chloroplast genome is 134537bp in size and has a typical quadripartite structure with the large LSC 80585bp and small copy SSC 12346bp regions separated by two copies of an inverted repeat IRs 20803bp each region. In total 152 chloroplast genes were successfully annotated. The phylogenetic tree of Dongxiang wildrice and 14 Poaceae chloroplast genomes shows that Dongxiang wild rice has a40 closer relationship with Dendrocalamus latiflorus and Panicoideae. Furthermore we build a phylogenetic tree based on SNPs of Dongxiang wild rice and other 22 Oryza chloroplast genomes. The result illustrates that indica has a closer relationship with wild rice-I while japonica are closer to wild rice-III suggesting that indica and japonica were domesticated during different periods Key words: crop genetics donxiang wild rice chloroplast genome high-throughput sequencing fresh45 green leaf 作者简介:林张翔1991-女硕士生物信息学通信联系人:樊龙江1965-男教授生物信息学. E-mail: -1- 中国科技论文在线 0 引言叶绿体是具有半自主遗传体系的细胞器，是绿色植物进行光合作用的重要场所。
叶绿体基因组是独立于核基因组外的器官基因组，具有单独的转录和转运系统，平均大小介于50 120,180kb，是一个环形的双链结构，其 DNA 序列高度保守1。
叶绿体基因组的大小远小于核基因组，但其在每个细胞的拷贝数介于 1000,10 000，叶绿体基因结构和序列为研究物种进化起源及不同物种之间的亲缘关系提供了重要的资源和信息。
高通量测序技术的快速发展，推动了植物叶绿体基因组的研究。
自 1986 年首次获得地钱(Marchantia polymorpha)2和烟草(Nicotiana tabacum)3的叶绿体基因组的完整序列以55 来，叶绿体基因组数据库不断增加充实。
截至 2013 年8 月 9 日，美国国家生物技术中心(The National Center for BiotechnologyInformation，NCBI)的细胞器基因组数据库(Organelle Genome Resources)()共收录了来自不同植物的 285 条叶绿体基因组。
虽然越来越多的植物叶绿体基因组测序完成，但传统的方法需要首先分离纯化叶绿体60 DNA，再对其进行高通量测序或桑格法测序。
而由于叶绿体基因组 DNA 含量低，难于和核基因组 DNA 分离，因此传统的方法难度较高并且耗时较长。
2009 年，台湾科学家首次利用一种简便的基于 PCR 的方法，不用分离纯化叶绿体 DNA，获得了麻竹(Dendrocalamus latiflorus)和绿竹(Bambusa oldhamii)4的叶绿体基因组，之后又用该方法获得了文心兰 (Oncidium)5的叶绿体基因组序国科学研究院65 利用 Roche GS FLX 列。
随着第二代测序技术的发展，2010 年中测序平台从椰枣树(Phoenix dactylifera L.)6全基因组测序数据中获得了其叶绿体基因组序列。
本研究以东乡野生稻(Oryza rufipogon)绿色嫩叶为材料，在前期开展东乡野生稻基因组研究基础上7，利用一种优化的叶绿体基因组 DNA 序列获取和拼接方法，获得了野生稻叶绿体基因组的完整序列，并据此序列进行了野生稻的系统进化分析。
1. 材料与方法70 1.1 材料与数据本实验以东乡野生稻(Oryza rufipogon)绿色鲜叶为研究材料。
材料由中国水稻研究所提供，其Illumian 高通量测序数据来自本课题组前期研究结果7。
其它数据包括 NCBI ()上公布的 7 条稻属不同种的叶绿体基因组序列(NC_017835、 JN005833、NC_008155、NC_001320、NC_016927、NC_005973、GU592209)，韩斌课题75 组发布的关于栽培稻起源研究的部分数据()8(ERX046456、 ERX046479、ERX046720、ERX046828、ERX046846、ERX005522、ERX014265、ERX002911、 ERX014455、ERX046332、ERX046915、ERX046902、ERX046903、ERX046905)，以及羊茅(Festuca arundinacea;NC_011713)、黑麦草(Lolium perenne;NC_009950)、剪股颖 (Agrostis stolonifera; 、 NC_008591) 大麦(Hordeum vulgare; 、NC_008590) 小麦(Triticum80 aestivum;NC_002762)、绿竹(Bambusaoldhamii;NC_012927)、短柄草(Brachypodium distachyon;NC_011032)、麻竹(Dendrocalamus latiflorus;NC_013088)、柳枝稷(Panicum virgatum; 、 (Zea mays; NC_015990) 玉米、 (Coix lacryma-jobi; NC_001666) 薏苡NC_013273)、甘蔗(Saccharum offcinarum;NC_006084)、高粱(Sorghumbicolor;NC_008602)、禾本科早期分化物种(Anomochloa marantoidea;NC_014062)等 14 个禾本科(Poaceae)不同属85 的叶绿体基因组序列。