DNAman8序列比对、序列拼接图文教程
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DNAman使用方法
• Primer :引物特性 包括Length:引物长 度，Tm值, GC含量等参数； • Reject primer:引物过滤（将符合引物 过滤条件的引物过滤掉） • 3’dimer:可形成3’端自我互补的碱基数 • Hairpin stem:可形成发卡颈环结构的 碱基数 • PolyN:多聚碱基 • 3’Uique:3’端严格配对碱基数 • Primer-Primer:含义未知 • All matches:引物互补配对百分数 • Consentrations :浓度设定 • Product for hybridyzat: PCR产物用 于Southern Blot 探针杂交
4．DNA序列比对分析（Dot Matrix Comparision）
• 要比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision（点矩阵比较）通过Sequense/Dot matrix comparision命令打 开比对界面，如下图：
点击对比界面左上角的
5．序列同源性分析
• （2）多序列同源性分析 • 通过打开Sequence/Multiple Sequence Alignment命令打开对话框， 如下所示：
参数说明如下： File： 从文件中选择参加比对的序列 Folder： 从文件夹中选择参加比对的序列 Channel： 从channel中选择参加比对的序列 Dbase ：从数据库中选择参加比对的序列 Remove： 清除选择的序列 Clear： 清除全部序列 点击 按钮，出现对话框：
showsequence选择此项当同源性大于设定值时将显示同annotations是否显示注释124dna序列比对分析dotmatrixcomparisioncomparision比对参数其中window代表windowsize单位比对长度mismatch代表mismatchsize单位比对长度中许可的错配值要快速比对需将此项设为0bothstran代表双链比对选择此项是指用sequence比较sequence2链与sequence正链比较结果用黑色点表示与负链比对结果用红色点表示
DNAman使用方法教学课件ppt
基因组浏览器
总结词
DnaMan具备可视化基因组浏览器，方便用户查看基因组结构和基因注释。
详细描述
DnaMan的基因组浏览器支持多种基因组数据可视化展示，包括基因注释、基因 转录本、SNP、重复序列等，可帮助用户深入分析基因组结构及功能。
分子进化分析
总结词
DnaMan支持分子进化分析，可探究物种间的亲缘关系和演 化历程。
详细描述
DnaMan的分子进化分析功能包括多种进化树构建方法，如 NJ树、MP树、ML树等，并提供了丰富的分子进化分析工具 ，如PAML、CODEML等。
04
DnaMan使用中的常见问题及解决 办法
序列导入问题
总结词
在导入序列时遇到的各种问题，如格式不正确、文件名限制等。
详细描述
DnaMan支持多种格式导入，如FASTA、GenBank等，但常因格式问题导致 导入失败；另外，序列文件名中不能含有特殊字符，否则无法导入。
DnaMan具备强大的序列编辑、可视化和注释功能，同时提 供了大量内置的分析工具和数据库，方便用户进行各种生物 信息学研究。
DnaMan的起源与发展
1
DnaMan起源于20世纪90年代末期，由美国一 家生物技术公司开发。
2
经过多年的发展和不断更新，DnaMan已经成 为了生物信息学领域中广受欢迎的工具之一。
插入视频
添加注释
在课件中插入DnaMan软件操作视频，以 便学生更好地了解软件操作流程和功能使用 方法。
对于一些复杂的操作和功能，可以添加注释 来帮助学生更好地理解和记忆。
演示教学课件的技巧
熟悉课件
在演示教学课件前，需要熟悉课 件的内容和排版，以便更好地讲 解。
互动教学
如何使用DNAMAN软件制作序列比对
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4实验四 DNAMAN 软件的使用,多序列比对
进行如下操作
• ORF寻找 • 不同物种氨基酸之间多序列比对 • 蛋白质二级结构预测 • 保存结果，并抓图
Hale Waihona Puke 实验过程• 从NCBI下载人、小鼠、大鼠、
猪、羊、鸡、斑马鱼等物种的下 列基因中任何一个基因的核苷酸 和氨基酸序列：
• LPL, FAS, FABP, FTO, GDF11, ACC,
LEPTIN, MC4R, IGF1，IGF2，BMP2，HSL, PPARγ，STARS, ADD1， NHX1，SAMDC, DLX5，ENR, Lpin1
生物信息学实验课件
邢晋祎 生命科学学院 Copyright
实验四
DNAMAN软件的使用、 多序列联配
实验目的
1.理解什么是多序列连配以及其目的。 2.学会使用DNAMAN软件。 3.用DNAMAN软件进行多序列连配、开放阅 读框寻找、氨基酸二级结构预测等。
实验材料
• 计算机，网络。 • DNAMAN。 • 基因核苷酸和氨基酸序列
序列分析软件DNAMAN的使用方法
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析 软件。由于它功能强大，使用方便，已 成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：
第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个 常用主菜单， 第二栏为工具栏： 第三栏为浏览器栏： 在浏览器栏下方的工作 区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提 供20 个Channel，点击Channel 工具条上相 应的数字，即可击活相应的Channel。 每个Channel 可以装入一个序列。将要分析 的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入 Channel 中可以节约存取序列时间，加快分 析速度。
Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数， 其中Window 代表Window size（单位比对长度）， Mismatch 代表Mismatch size（单位比对长度中许 可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand（双链比对）选择此项， 是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点 表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
ห้องสมุดไป่ตู้
选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下 列对话框： 参数说明如下： Enzyme 代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮， 出现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz， 如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文 件名。 其中restrict.enz 数据文件包含180 种限制酶， dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶。 选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中 列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则 对应的酶被选中，在右边空白框中列出。
如何使用DNAMAN软件制作序列比对
注意,由于是用了免费的版本,它 会在这里加上了一段标记,手工 去除它.
这是去除后的序 列情况
点击这个按钮, 出现下拉菜单
保持EMF格式的文件即 可,然后用图片查看器打 开可以放大缩小而不改 变像素
前面软件演 示所用的序 列比对后做 出来的图
注意:由于前面软件自 动加了约为几十个bp 长度的标记,因此在所 获得的图中,会在尾部 出现N多个点,不影响图 片的质量与美观!
如何使用DNAMAN软件制作序 列比对图(发表论文用)
选择输入序列
选择序列文件所 在位置
注意输入的序列是 DNA或者是蛋白质序 列,打勾相应的选项 然后一直点击下一步
选项不需要修 改,默认就行
选项不需要修 改,默认就行
选项不需要修 改,默认就行 Nhomakorabea序列前面一般会加上CREATED..FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记
4实验四 DNAMAN 软件的使用,多序列比对
实验目的
1.理解什么是多序列连配以及其目的。 2.学会使用DNAMAN软件。 3.用DNAMAN软件进行多序列连配、开放阅 读框寻找、氨基酸二级结构预测等。
实验材料
• 计算机，网络。 • DNAMAN。 • 基因核苷酸和氨基酸鸡、斑马鱼等物种的下 列基因中任何一个基因的核苷酸 和氨基酸序列：
• LPL, FAS, FABP, FTO, GDF11, ACC,
LEPTIN, MC4R, IGF1，IGF2，BMP2，HSL, PPARγ，STARS, ADD1， NHX1，SAMDC, DLX5，ENR, Lpin1
进行如下操作
• ORF寻找 • 不同物种氨基酸之间多序列比对 • 蛋白质二级结构预测 • 保存结果，并抓图
基因核苷酸和氨基酸序列基因核苷酸和氨基酸序列实验过程实验过程从从ncbincbi下载人小鼠大鼠下载人小鼠大鼠猪羊鸡斑马鱼等物种的下猪羊鸡斑马鱼等物种的下列基因中任何一个基因的核苷酸列基因中任何一个基因的核苷酸和氨基酸序列
生物信息学实验课件
邢晋祎 生命科学学院 Copyright
实验四
DNAMAN软件的使用、 多序列联配
DNAMAN使用方法(图文教程)：多重序列比对
序列比对的理论基础是进化学说：如果两个序列之间具有足够的相似性，就推测二者可能有共同的进化祖先，经过序列内残基的替换、残基或序列片段的缺失、以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。
序列相似和序列同源是不同的概念，序列之间的相似程度是可以量化的参数，而序列是否同源需要有进化事实的验证。
物以类聚人以群分，就像你要了解一个人可以通过了解他的朋友一样，序列比对是从已知获得未知的一个十分有用的方法。
另外，物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列的相似性比较。
序列比对按照数目、范围和对象来分，可以分为：o两序列比对和多序列比对o全局比对和局部比对o核酸序列比对和氨基酸序列比对。
限于篇幅，今天只给大家介绍如何使用DNAMAN 8作核酸多序列比对。
多序列比对就是把两条以上可能有系统进化关系的序列进行比对的方法。
其意义在于它能够把不同种属的相关序列的比对结果按照特定的格式输出，并且在一定程度上反映它们之间的相似性。
首先，在解螺旋回复0628下载DNAMAN 8软件。
打开后可以看到以下界面：第一栏为主菜单栏，除了帮助菜单外，有十个常用主菜单；第二栏为工具栏；第三栏为浏览器栏。
打开File-New，将序列粘贴到弹出的窗口中，点击File-save,保存到指定的文件夹。
将所需比对的序列保存好以后，选中Sequence—Aligment—Multiple aligment sequence 进行多序列比较。
在弹出的窗口Sequence&Files中加载序列，File、Fold、channel、Database分别表示从文件、文件夹、channel和数据库中获取序列。
勾选窗口中的“DNA”，点击“下一步”。
在弹出的窗口Method中，“optimalaligment”最佳比对方式中有四个高大上的选项：Full Alignment（完全比对）、Prosile Aligment（轮廓比对）、New Swquence on Profile （轮廓上的新序列）、Fast Alignment（快速比对），本文选择了Fast Alignment，并且勾选了Try both strands(尝试使用双链)。
DNAman使用方法
择所需的项目，然后按提示操作点击 选择所需的项目， 下列对话框： 下列对话框：
按扭， 按扭，出现
Enzyme ：代表 代表enzyme data file，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项 ，点击旁边的下拉按钮， ，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制 和 ，如果添加过自制的酶列表， 酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含 种限制酶，dnamane.enz 数据文件包含180种限制酶 种限制酶， 酶列表文件名。其中 数据文件包含 数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的 种限制酶。 数据文件包含 种限制酶 选择其中一个数据文件， 显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称， ），鼠标双击酶名称 显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被 选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表， 选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击 鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites），然后点击 ），然后点击 鼠标选择多种酶（例如 ）， 按 钮出现下列对话框： 钮出现下列对话框：
5．序列同源性分析 ．
（1）两序列同源性分析 ） 通过Sequence/Two Sequence Alignment命令打开对话框，如 命令打开对话框， 通过 命令打开对话框 下所示： 下所示： 参数说明如下： Alignment method ：比对方法， 通常可选Quick(快速比对)或 Smith&Waterman(最佳比对)，当 选择快速比对时，设置较小的ktuple值，可以提高精确度，当序 列较长时，一般要设置较大的ktuple值（DNA序列：k-tuple值可选范 序列： 序列 值可选范
按扭， 按扭，出现
Enzyme ：代表 代表enzyme data file，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项 ，点击旁边的下拉按钮， ，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制 和 ，如果添加过自制的酶列表， 酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含 种限制酶，dnamane.enz 数据文件包含180种限制酶 种限制酶， 酶列表文件名。其中 数据文件包含 数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的 种限制酶。 数据文件包含 种限制酶 选择其中一个数据文件， 显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称， ），鼠标双击酶名称 显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被 选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表， 选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击 鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites），然后点击 ），然后点击 鼠标选择多种酶（例如 ）， 按 钮出现下列对话框： 钮出现下列对话框：
5．序列同源性分析 ．
（1）两序列同源性分析 ） 通过Sequence/Two Sequence Alignment命令打开对话框，如 命令打开对话框， 通过 命令打开对话框 下所示： 下所示： 参数说明如下： Alignment method ：比对方法， 通常可选Quick(快速比对)或 Smith&Waterman(最佳比对)，当 选择快速比对时，设置较小的ktuple值，可以提高精确度，当序 列较长时，一般要设置较大的ktuple值（DNA序列：k-tuple值可选范 序列： 序列 值可选范
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿
1.2 核酸序列的同源性分析
1.2.1 基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析 /blast/blast.cgi
1.2.2 核酸序列的两两比较
名选择）
Clear 清除全部序列
第十七页，共52页。
点击按钮，出现方法选择对话框：
选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框： 如果在前一对话框选择的是Fast alignment,则在此对话框中选择
Quick alignment,否则选择 Dynamic alignment 即可。其它参数不必
Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示， Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
第十四页，共52页。
Plot box 点阵图表显示参数， Position（起点坐标）
Width（宽度值） Height（高度值）
Frame size（边框线粗度值）
第八页，共52页。
3．DNA 序列的限制性酶切位点分析
Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定 值的酶切位点）
Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值 的酶切位点）
Target DNA （目标DNA 特性） Circular（环型DNA）， dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）
通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比 对)，
当选择快速比对时，设置较小的k-tuple 值，可以提高精确
度，
当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple 值。k-tuple
值可选范围2—6；
蛋白质序列：k-tuple 值可选范围1—3。
1.2.1 基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析 /blast/blast.cgi
1.2.2 核酸序列的两两比较
名选择）
Clear 清除全部序列
第十七页，共52页。
点击按钮，出现方法选择对话框：
选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框： 如果在前一对话框选择的是Fast alignment,则在此对话框中选择
Quick alignment,否则选择 Dynamic alignment 即可。其它参数不必
Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示， Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
第十四页，共52页。
Plot box 点阵图表显示参数， Position（起点坐标）
Width（宽度值） Height（高度值）
Frame size（边框线粗度值）
第八页，共52页。
3．DNA 序列的限制性酶切位点分析
Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定 值的酶切位点）
Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值 的酶切位点）
Target DNA （目标DNA 特性） Circular（环型DNA）， dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）
通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比 对)，
当选择快速比对时，设置较小的k-tuple 值，可以提高精确
度，
当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple 值。k-tuple
值可选范围2—6；
蛋白质序列：k-tuple 值可选范围1—3。
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