药效基团及三维结构数据库

（2） 药物数据报道三维结构数据库（MDDR-3D） 该数据库是在标准MDL药物数据报道数据库 （MDDR）中加入三维结构模型。三维结构特征和生 物活性资料相结合的查寻，可以用来探索结构和活性 之间的关系、验证药效基团假设、确定组合化学的框 架。MDDR-3D含有大量信息，并且覆盖面广，这些 特点使得它成为辅助合理药物设计的有效工具，是从 最新研究中产生新思路的最佳源泉
( 三 ) 天然产物数据库
天然产物，特别是其新颖的结构，是创新药物设计 重要的来源之一，China Natural Product Database (CNPD) 是创腾科技有限公司和中国科学院上海药物研 究所联合开发的中国天然产物数据库，天然产物库包含 近60000条化合物。商业版数据库包含12521条记录。选 用ISIS Base作为数据库管理软件。一方面它可以提供天 然产物三维结构信息，利用分子对接技术，我们可以寻 找到与特定受体有特异结合的天然产物，从而开发出高 效、高选择性的天然产物药物，同时也可以研究天然产 物在体内的作用机理。另一方面，数据库还可以提供植 物来源、传统功用、参考文献等重要信息。随着中草药 中的天然产物数据的积累，还可以扩展成中药方剂库， 有利于中药方剂作用机制的研究。
PDB数据库以文本文件的方式存放数据，每个分子各用一个独立的 文件。除了原子坐标外，还包括物种来源、化合物名称、结构递交者以 及有关文献等基本注释信息。此外，还给出分辨率、结构因子，温度系 数、蛋白质主链数目、配体分子式、金属离子、二级结构信息、二硫键 位置等和结构有关的数据。
可以用RASMOL、Spdbv等分子图形软件来进行分析和图像显示
http://www.mdli.com/ http://www.mdli.com/ http://www.mdli.com/ http://www.mdli.com/ http://www.neotrident.com/ http://products.camsoft.com/
( 二 ) ห้องสมุดไป่ตู้DL数据库
（1）ACD数据库
现有化学品目录三维结构数据库（ACD-3D）为标 准的现有化学品目录数据库（ACD）提供了三维结构模 型。使用三维结构查寻现有化学品目录数据库，可以有 效地查找到能买到的具有潜在活性的候选化学品，而不 需再去合成。 ACD-SC是MDL公司为了迎合高通量筛选而开发的 数据库 ，这一数据库提供了化学品供应商所能够提供的 超过一百五十万个化合物的三维结构及相关信息。这些 信息包括：纯度、形态、等级、可提供的数量、价格、 供应商的地址、电子邮件、电话及各地的代理商等详尽 信息。ACD-SC每个季度更新一次。
（3）综合药物化学三维结构数据库（Comprehensive Medicinal Chemistry-3D）
它是根据Pergammon出版的《综合药物化学》一书所 载的信息发展而成的。 综合药物化学三维结构数据库含有7,900多种化合物， 包括它们的二维结构、三维模型以及重要的生化特征。所有 这些化合物曾作为药物试剂进行过人体实验。数据包括药物 名称同义词、药物分类、LogP值和pKa值，还包括美国化 学文摘社（CAS）登录号和参考文献。 综合药物化学三维结构数据库中的药物信息中含有已 知的和人们关注的生物活性，从而使它成为一种探索构效关 系（SAR）、假定和改进药效基团特性等十分有用的工具。
药效团模建及三维结构数据库搜寻
§7.1 分子三维结构数据库简介
§7.1.1 蛋白质结构数据库PDB
蛋白质结构数据库PDB（protein Data Bank），由美国 Brookhaven National Lab开发，是国际唯一的生物大分子结构数据库。 主要收集的数据来源于X-光晶体衍射和核磁共振（NMR）的数据，提供 免费的数据库检索和下载任务，并且PDB数据还可以从发行的光盘获得
PDB结构库是药物设计的一个重要的结构 来源 。可以直接从这儿得到生物大分子靶标的 三维结构或高同源性蛋白的结构。
http://www.rcsb.org/pdb/
§7.1.2 小分子数据库
小分子数据库收集了各种已知的合成小分子化合物
或从天然产物中提取的化合物结构以及用计算机方法产 生的虚拟化合物，在计算机辅助药物设计中，主要用于 基于分子性质、药效基团和分子对接的数据库搜索。
（4）NCI-3D数据库
美国国家癌症研究院（NCI）将其测试过的21万 多种具有2D和3D结构的化合物制成了文本文件。每个 化合物都有CAS登录号。MDL将该数据库进行了转换， 以便与ISIS连用。这些资料属于公用范畴。
（5）AIDS数据库 AIDS数据库中包括了经过美国国家癌症研究院 （NCI）测试过AIDS抗过滤性病原体活性的42，687 个化合物的数据，数据内容除了有NSC号、CA登记 号、化学名等基本信息外，还包括了EC50值、LC50 值、活性等级以及化合物二维、三维结构等药物研究 者非常关心的信息。同时，作为MDL的公共数据库之 一，购买了ISIS/Host的用户只需和MDL签订一份使用 协议就可免费使用该数据库，更详细的信息请查询 MDL数据库网站http://www.mdli.com。
( 一 ) 剑桥小分子数据库
剑桥结构数据库(Cambridge Structural Database, CSD)是基于X-光和中子衍射实验唯一的有机小分子及有 机金属分子晶体结构数据库。
是发展新的药物、材料及化学化工产品的一个 有力的工具。详细的信息可以浏览其网站
www.ccdc.cam.ac.uk
天然产物数据库界面图
现有供虚拟筛选的商业化合物数据库
数据库名称 ACD-3D ACD-SC MDDR-3D CMC CNPD Chemfinder 公司 MDL MDL信息系统公司 MDL信息系统公司. MDL信息系统公司 创腾科技&上海药物研 究所 CambridgeSoft Corporation 化合物数 409,123 > 2,000,000 106,592 7936 45,055 50,000 • 网址