bioinformatics - nr. 4 - R基础 - v1.0生物信息学课件PPT
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▪ 某些包的安装还需要 Xcode，从 App Store 安装即可
weihuachen@hust.edu.cn - 生命学院研究生课程 - 未经许可不得传播
October 2, 2020
10
▪ .rstudio.
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为什么要学习R
October 2, 2020
4
▪C ▪ Perl ▪R ▪ PHP ▪ Java ▪ HTML ▪ Javascript ▪ MySQL
Cited 75 times in 2020 60 cites so far in 2020 Hot paper
Evolview： http://.evolgenius.info/evolview
▪ 强大的格式数据处理能力（二维表格, dplyr） ▪ 无以伦比的统计学专业性 ▪ 专业而好看的数据可视化软件（ggplot2） ▪ 专业的生信扩展包（Bioconductor） ▪ 超级好用的整合开发环境IDE（RStudio）
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October 2, 2020
7
▪ 专业的统计学工具 ▪ 好用的 IDE ▪ RStudio server ▪ Interactive ▪ 生信方面众多优秀的
扩展包
▪ Bioconductor
▪ 并行计算 ▪ 机器学习
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▪ 变量或函数名前面的小图标表示了它们的类型；如果当前高亮的是函数， RStudio还会显示其部分帮助内容。
R – 专业的统计学 – 超棒的作图 – 数据科学的必需品
Wei-Hua Chen College of Life Science and Technology (CLST)
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1
October 2, 2020
1 R基础知识 2 R进阶知识 3 R高级知识 4 R作图
October 2, 2020
11
▪ .rstudio./products/rstudio/download/
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October 2, 2020
12
RStudio简介
▪ 代码编辑器
▪ 具有代码编辑、语法高亮、代码和变量提示、代码错误检查等功能 ▪ 选中并向R控制台（窗口2）发送并运行代码。用快捷键Ctrl+Enter（MacOS下是
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October 2, 2020
2
▪ Introducing R ▪ Install R, RStudio and write the first R script ▪ R basics ▪ Get help with R ▪ See R in action
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October 2, 2020
3
▪ Perl或Python
▪ 强大的文本处理能力（包括序列） ▪ 不错的运行速度（尤其是Python） ▪ 强大的生信和统计学扩展包（尤其是Python） ▪ 方便的并行计算
▪R
October 2, 2020
6
Data from: http://blog.revolutionanalytics./2020/06/pypl -programming-language-trends.html Accessed on: Sep 24, 2020
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R及相关软件的安装
October 2, 2020
9
▪ Download for (Mac) OS X download and install
▪ 新版本 Mac OS X 还需要Xquartz：
▪ 进入网站 http://xquartz.macosforge.org/landing/ ▪ 下载XQuartz-xxx.dmg文件安装即可；xxx是XQuartz的版本号，比如2.7.1。
▪ 当前工作目录下的文件列表 ▪ 作图结果 ▪ 可用和已安装的扩展包；在这里可以直接安装新的和升级已有的扩展包 ▪ 帮助 ▪ 查看器
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October 2, 2020
13
▪ 子窗口1和2都提供有代码提示功能，即：用户输入3个字母时，RStudio 会列出所有前3个字母相同的变量或函数名供用户选择；用户可通过键盘的 上下键选择，然后用Enter（回车）选定，非常方便。
Cmd+Enter）进行代码发送。没有代码选中时，发送光标所在行的代码 ▪ 可同时打开编辑多个文件 ▪ 除R代码外，还支持C++、R MarkDown、HTML等其它文件的编辑 ▪ 也可用于显示数据
▪ R控制台。可在此直接输入各种命令并查看运行结果。支持代码提示
▪ 变量列表及代码运行的历史记录
▪ 其它，包括
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October 2, 2020
5
Worldwide Google Trends, Dec 2020 vs Dec 2020
Data source: Tiobe index
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October 2, 2020
8
▪ Install R
• Go to: • mirrors.ustc.edu.cn/
CRAN/ (R中科大网站) • Download R for
windows, • base/ • Download and
install
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10
▪ .rstudio.
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为什么要学习R
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4
▪C ▪ Perl ▪R ▪ PHP ▪ Java ▪ HTML ▪ Javascript ▪ MySQL
Cited 75 times in 2020 60 cites so far in 2020 Hot paper
Evolview： http://.evolgenius.info/evolview
▪ 强大的格式数据处理能力（二维表格, dplyr） ▪ 无以伦比的统计学专业性 ▪ 专业而好看的数据可视化软件（ggplot2） ▪ 专业的生信扩展包（Bioconductor） ▪ 超级好用的整合开发环境IDE（RStudio）
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▪ 专业的统计学工具 ▪ 好用的 IDE ▪ RStudio server ▪ Interactive ▪ 生信方面众多优秀的
扩展包
▪ Bioconductor
▪ 并行计算 ▪ 机器学习
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▪ 变量或函数名前面的小图标表示了它们的类型；如果当前高亮的是函数， RStudio还会显示其部分帮助内容。
R – 专业的统计学 – 超棒的作图 – 数据科学的必需品
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▪ .rstudio./products/rstudio/download/
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RStudio简介
▪ 代码编辑器
▪ 具有代码编辑、语法高亮、代码和变量提示、代码错误检查等功能 ▪ 选中并向R控制台（窗口2）发送并运行代码。用快捷键Ctrl+Enter（MacOS下是
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▪ Introducing R ▪ Install R, RStudio and write the first R script ▪ R basics ▪ Get help with R ▪ See R in action
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3
▪ Perl或Python
▪ 强大的文本处理能力（包括序列） ▪ 不错的运行速度（尤其是Python） ▪ 强大的生信和统计学扩展包（尤其是Python） ▪ 方便的并行计算
▪R
October 2, 2020
6
Data from: http://blog.revolutionanalytics./2020/06/pypl -programming-language-trends.html Accessed on: Sep 24, 2020
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R及相关软件的安装
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9
▪ Download for (Mac) OS X download and install
▪ 新版本 Mac OS X 还需要Xquartz：
▪ 进入网站 http://xquartz.macosforge.org/landing/ ▪ 下载XQuartz-xxx.dmg文件安装即可；xxx是XQuartz的版本号，比如2.7.1。
▪ 当前工作目录下的文件列表 ▪ 作图结果 ▪ 可用和已安装的扩展包；在这里可以直接安装新的和升级已有的扩展包 ▪ 帮助 ▪ 查看器
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13
▪ 子窗口1和2都提供有代码提示功能，即：用户输入3个字母时，RStudio 会列出所有前3个字母相同的变量或函数名供用户选择；用户可通过键盘的 上下键选择，然后用Enter（回车）选定，非常方便。
Cmd+Enter）进行代码发送。没有代码选中时，发送光标所在行的代码 ▪ 可同时打开编辑多个文件 ▪ 除R代码外，还支持C++、R MarkDown、HTML等其它文件的编辑 ▪ 也可用于显示数据
▪ R控制台。可在此直接输入各种命令并查看运行结果。支持代码提示
▪ 变量列表及代码运行的历史记录
▪ 其它，包括
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5
Worldwide Google Trends, Dec 2020 vs Dec 2020
Data source: Tiobe index
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October 2, 2020
8
▪ Install R
• Go to: • mirrors.ustc.edu.cn/
CRAN/ (R中科大网站) • Download R for
windows, • base/ • Download and
install
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