英文医学数据库检索
合集下载
相关主题
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
30
• 智能检索功能不仅能准确拆分词，而且能将提问 词转换为MESH词，并在Mesh字段与全字段同时 进行检索，有效保证文献的查全和查准。 • Search Details框详细显示自动词语匹配的实际检 索式。
31
查看系统转换后的检索策略
系统实际检索策略
系统转换过程
原始提问式
32
问题？
Q：是否可以完全依赖词语的自动词语匹 配功能？
15
2. Pubmed可获取资源
• Pubmed是美国国立医学图书馆（NLM） 所属的国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information ，NCBI)开发的生物医学文献检索系统。 是Entrez集成检索系统的重要组成部分。 访问途径： 公共网：http://pubmed.gov
获取全文 获取医学背景知识
获取相关 生物信息学数据
54
利用Linkout获取医学背景知识
例如：单细胞 Single cell
33
33
自动词语匹配
34
34
如何避免系统进行自动词语匹配？
• 检索词加上""（半角状态的双引号）,进行 强制检索 • 系统不进行自动词语匹配，不扩展检索 • single cell 直接输入 "single cell" 或者 single-cell
35
35
• 下列情形不进行自动词语匹配
– 精确短语匹配,如“kidney allograft” – 截词检索,如bacter* – 连字符时,如kidney-allograft – History检索,如#1 AND #２ – 字段检索,如toothache[ti]
36 36
1
如何查找阿司匹林预防大肠癌的文献 ？
（二）、Pubmed检索指南
39
获取检索结果（上）
转换显示格式
记录输出
自动获取相关文献
限定条件进行检索， 相当于原来的“Limits”功能
40
获取检索结果（下）
获取免费全文
查找相关生物信息学数据库
查看系统转换后的检索策略
41
转换记录显示格式
Aspirin for prophylactic use in the primary prevention
46
1. 进入“Mesh Database”界面
两种方式 进入Mesh Database
47
2. 查找主题词（上）
定义及主题词引进年代 添加到检索框
检索文献 c
组配副主题词
48
2. 查找主题词（下）
加权检索 c 扩展检索
上位词
树状结构
c c 下位词 相关参照
49
3. 利用主题词进行检索
(("Colorectal Neoplasms"[Mesh]) OR "Cecal Neoplasms"[Mesh]) AND "Aspirin"[Mesh]
英文医学数据库检索
0
问题的提出
• 阿司匹林能否预防大肠癌？ • 国内专业文献检索结果
– 文献结论不一致 – 很多国内文献摘译自国外专业文献
1
2
大纲
一、英文数据库概述
二、Pubmed文献检索系统
3
一、英文数据库概述
• 按专业可分为：综合性数据库和专业数据 库。 • 综合性数据库：三大索引
SCI科学引文索引
Web of Science
ISTP科技会议录索引 EI工程索引 Engineering Villages 2
4
一、英文数据库概述
• 专业数据库：医学领域常用四大索引
Dialog
IM医学索引 (Medline数据库） SCI科学引文索引 (Web of Science) BA生物学文摘 (BIOSIS Preview) CA化学文摘 (CAPlus)
42
也可单击题名超链进入ABSTRACT格式
来源 查找刊名全称
作者单位
43
NLM Catalog:获取刊名全称
44
将检索结果限定为近5年综述
已选择的文件过滤器
设置文献过滤器查找特定类型文献 过滤条件一经选择持续起作用
45
♫利用主题词进行检索（难点）
1. 进入“Mesh Database”界面 2.在此界面查找“colorectal cancer(大肠癌)”对 应的主题词(点击选定主题词超链，可获取主题词 详细信息） 3. 输入提问框"Add to search builder" 4. 找到“aspirin”对应的主题词后，“Add to search builder”，逻辑运算符选择“And” 5. “search pubmed”进行检索 6. 在检索结果界面，点击选定文献题名超链，进行 其文摘格式，在此界面下方点击“Publication Types, MeSH Terms, Substances”选项，获取 主题词及主要主题词信息（注：主要主题词有 “*”标志）
添加到检索框
检索文献
50
4. 获取检索结果
点击题名超链 获取详细信息
51
5. 获取记录详细信息
52
Publication Types, MeSH Terms, Substances： 获取题录的文献类型、主题词及物质信息
获取指定题录的 主题词信息， 其中带*号的为 主要主题词
53
LinkOut：获取题录相关资源
[ PubMed - as supplied by publisher] 19
Pubmed记录来源标识（2）
免费全文
20
3. PubMed记录的主要字段(P85）
字段标识：字段名称 AB：Abstract AD：Affiliation ALL：All Field AU：Authors 1AU：First Author FAU：Full Author Name PMID：PubMed Unique Identifier DP：Publication Date
16
2. Pubmed可获取资源
（1）生物医学期刊论文线索
① MEDLINE：可获取1950年以来80多个国家的5000余 种生物医学期刊中的文献线索。 ② In-process citations：待标引的MEDLINE的前期数 据库。 ③ Publisher supplied citation：出版商提供的文献，主 要是MEDLINE选择性收录的期刊中超出收录范围的 文献。 ④ OLDMEDLINE:1965年以前的记录
25 25
Journals in NCBI Databases
查找期刊详细信息并获取期刊论文 查找期刊详细信息并获取期刊论文
26
Pubmed Single Citation Matcher
准确查找指定论文
27
5. Pubmed特色
生物医学领域首选数据库
– 收录期刊范围侧重生物医学领域 – 检索免费，并可免费获取部分全文及相关生物 信息学资源。 – 文献报道速度快 – 收录文献加工质量高，经Mesh主题词标引。 – 检索功能强大，支持自动词语匹配检索，并提 供主题词检索、临床查询、引文检索等特色检 索服务。
（二）
检索指南
10
1
2
沿 革
资
源
（一）、Pubmed知识精要
3
常用字段
检索途径
4
5
特 色
11
1997-
Pubmed
1983-
1. Pubmed沿革
Medline光盘 Medline联机检索
1964-
1879-
Index Medicus
12
• Medline是美国国立医学图书馆开发的生物 医学文献数据库。可获取1950年以来80多 个国家和地区5000多种生物医学期刊的文 摘。 • 1997年美国政府宣布Medline数据库免费 向全世界开放。 • 目前大多数收费的检索系统如WOK平台、 Dialog检索系统、SciFinder Scholar都可 以检索Medline。
7
Google Scholar查找国外专业文献
检索提问式 “colorectal cancer aspirin"
获取结果16，900条结果
时间限定在“2009年以来”
8
Google Scholar查找国内专业文献
记录来源包括 ＣＮＫＩ、 维普、万方 以及其他 网页信息
9
（一）
知识精要
二、Pubmed文献检索系统
28
PubMed特色：自动词语匹配功能
Mesh转换表 期刊名转换表 作者索引表 作者姓名转换表 经过转换后的 检索式
检索词
Pubmed系统 进行检索 Details分析
29
29
PubMed自动词语匹配功能
• 举例：欲查找大肠癌与阿司匹林同时出现的文献 ，输入“colorectal cancer aspirin”，系统转换 后实际检索策略为 ("colorectal neoplasms"[MeSH Terms] OR ("colorectal"[All Fields] AND "neoplasms"[All Fields]) OR "colorectal neoplasms"[All Fields] OR ("colorectal"[All Fields] AND "cancer"[All Fields]) OR "colorectal cancer"[All Fields]) AND ("aspirin"[MeSH Terms] OR "aspirin"[All Fields])
高级检索
基本检索
22
Pubmed高级检索
限定字段 进行检索 查看并利用已有 检索式进行检索 利用索引 选择提问词
23
Pubmed Mesh Database
24
ຫໍສະໝຸດ Baidu
MeSH Database:查看并利用主题词检索
MeSH主题词检索是PubMed最具特色的检索功能之一， 能保证较好的查全率和查准率
字段标识：字段名称 LA：Language MH：MeSH Terms MAJR：MeSH Major Topic SH：MeSH Subheadings PT：Publication Type SO：Source TA：Journal Title TI：Title TW：Text Words
21
4. PubMed检索途径
主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范 主题词组配副主题词，使检索结果更加专指 主题词的树状结构表：可自由调整检索策略 扩展检索：利用下位词同时进行检索，提高查全率 限定检索：将检索结果限定在主要主题词，使检索结果更加 准确
注意：用MeSH词检索时，只检索来源于MEDLILNE的文 献，不检索PubMed其他来源的文献
2
如何查找指定文献？
37
1. 如何查找阿司匹林预防大肠癌的文献？
• 课题分析 • 两个主要概念组面
– 阿司匹林（aspirin) – 大肠癌(colorectal cancer)
• 如何翻译英文提问词？
– CNKI翻译助手 – Google翻译 – 有道
38
1. 如何查找阿司匹林预防大肠癌的文献？ • 试检：Pubmed基本检索服务 • 提问词：colorectal cancer aspirin
13
Medline免费检索服务
• Pubmed：http://pubmed.gov • Medscape： http://search.medscape.com/medline-search • Highwire：http://highwire.stanford.edu
14
利用Medscape检索Medline
6
一、英文数据库概述
• 按收费与否，可分为收费数据库与免费数 据库。 • 英文数据库大部分收费。 • 免费数据库：
– Pubmed：http://pubmed.gov – medscape:http://www.medscape.com – Google Scholar: http://scholar.google.com
Pubmed
联 机 检 Web of Knowledge 索 系 统 SciFinder Scholar
5
一、英文数据库概述
• 英文数据库按记录完整性可分为文摘数据 库和全文数据库。 • 前面提到的英文专业数据库刚开始都是文 摘数据库，但随着信息技术的发展都开始 提供全文。 • 新出现的数据库大都提供全文。 • 全文数据库大都需要付费访问。 • 即使是全文数据库，也不是库中的每篇论 文都能提供全文。
17
（2）论文全文
①PubMed Central ②开放存取期刊 ③出版商提供的部分免费期刊 ④链接到出版商网站
（3）题录相关生物信息学数据、图书馆馆藏信息、 消费者健康信息和研究工具等资源链接。
18
Pubmed记录来源标识（1）
[PubMed – indexed for Medline]
[PubMed - in process]
• 智能检索功能不仅能准确拆分词，而且能将提问 词转换为MESH词，并在Mesh字段与全字段同时 进行检索，有效保证文献的查全和查准。 • Search Details框详细显示自动词语匹配的实际检 索式。
31
查看系统转换后的检索策略
系统实际检索策略
系统转换过程
原始提问式
32
问题？
Q：是否可以完全依赖词语的自动词语匹 配功能？
15
2. Pubmed可获取资源
• Pubmed是美国国立医学图书馆（NLM） 所属的国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information ，NCBI)开发的生物医学文献检索系统。 是Entrez集成检索系统的重要组成部分。 访问途径： 公共网：http://pubmed.gov
获取全文 获取医学背景知识
获取相关 生物信息学数据
54
利用Linkout获取医学背景知识
例如：单细胞 Single cell
33
33
自动词语匹配
34
34
如何避免系统进行自动词语匹配？
• 检索词加上""（半角状态的双引号）,进行 强制检索 • 系统不进行自动词语匹配，不扩展检索 • single cell 直接输入 "single cell" 或者 single-cell
35
35
• 下列情形不进行自动词语匹配
– 精确短语匹配,如“kidney allograft” – 截词检索,如bacter* – 连字符时,如kidney-allograft – History检索,如#1 AND #２ – 字段检索,如toothache[ti]
36 36
1
如何查找阿司匹林预防大肠癌的文献 ？
（二）、Pubmed检索指南
39
获取检索结果（上）
转换显示格式
记录输出
自动获取相关文献
限定条件进行检索， 相当于原来的“Limits”功能
40
获取检索结果（下）
获取免费全文
查找相关生物信息学数据库
查看系统转换后的检索策略
41
转换记录显示格式
Aspirin for prophylactic use in the primary prevention
46
1. 进入“Mesh Database”界面
两种方式 进入Mesh Database
47
2. 查找主题词（上）
定义及主题词引进年代 添加到检索框
检索文献 c
组配副主题词
48
2. 查找主题词（下）
加权检索 c 扩展检索
上位词
树状结构
c c 下位词 相关参照
49
3. 利用主题词进行检索
(("Colorectal Neoplasms"[Mesh]) OR "Cecal Neoplasms"[Mesh]) AND "Aspirin"[Mesh]
英文医学数据库检索
0
问题的提出
• 阿司匹林能否预防大肠癌？ • 国内专业文献检索结果
– 文献结论不一致 – 很多国内文献摘译自国外专业文献
1
2
大纲
一、英文数据库概述
二、Pubmed文献检索系统
3
一、英文数据库概述
• 按专业可分为：综合性数据库和专业数据 库。 • 综合性数据库：三大索引
SCI科学引文索引
Web of Science
ISTP科技会议录索引 EI工程索引 Engineering Villages 2
4
一、英文数据库概述
• 专业数据库：医学领域常用四大索引
Dialog
IM医学索引 (Medline数据库） SCI科学引文索引 (Web of Science) BA生物学文摘 (BIOSIS Preview) CA化学文摘 (CAPlus)
42
也可单击题名超链进入ABSTRACT格式
来源 查找刊名全称
作者单位
43
NLM Catalog:获取刊名全称
44
将检索结果限定为近5年综述
已选择的文件过滤器
设置文献过滤器查找特定类型文献 过滤条件一经选择持续起作用
45
♫利用主题词进行检索（难点）
1. 进入“Mesh Database”界面 2.在此界面查找“colorectal cancer(大肠癌)”对 应的主题词(点击选定主题词超链，可获取主题词 详细信息） 3. 输入提问框"Add to search builder" 4. 找到“aspirin”对应的主题词后，“Add to search builder”，逻辑运算符选择“And” 5. “search pubmed”进行检索 6. 在检索结果界面，点击选定文献题名超链，进行 其文摘格式，在此界面下方点击“Publication Types, MeSH Terms, Substances”选项，获取 主题词及主要主题词信息（注：主要主题词有 “*”标志）
添加到检索框
检索文献
50
4. 获取检索结果
点击题名超链 获取详细信息
51
5. 获取记录详细信息
52
Publication Types, MeSH Terms, Substances： 获取题录的文献类型、主题词及物质信息
获取指定题录的 主题词信息， 其中带*号的为 主要主题词
53
LinkOut：获取题录相关资源
[ PubMed - as supplied by publisher] 19
Pubmed记录来源标识（2）
免费全文
20
3. PubMed记录的主要字段(P85）
字段标识：字段名称 AB：Abstract AD：Affiliation ALL：All Field AU：Authors 1AU：First Author FAU：Full Author Name PMID：PubMed Unique Identifier DP：Publication Date
16
2. Pubmed可获取资源
（1）生物医学期刊论文线索
① MEDLINE：可获取1950年以来80多个国家的5000余 种生物医学期刊中的文献线索。 ② In-process citations：待标引的MEDLINE的前期数 据库。 ③ Publisher supplied citation：出版商提供的文献，主 要是MEDLINE选择性收录的期刊中超出收录范围的 文献。 ④ OLDMEDLINE:1965年以前的记录
25 25
Journals in NCBI Databases
查找期刊详细信息并获取期刊论文 查找期刊详细信息并获取期刊论文
26
Pubmed Single Citation Matcher
准确查找指定论文
27
5. Pubmed特色
生物医学领域首选数据库
– 收录期刊范围侧重生物医学领域 – 检索免费，并可免费获取部分全文及相关生物 信息学资源。 – 文献报道速度快 – 收录文献加工质量高，经Mesh主题词标引。 – 检索功能强大，支持自动词语匹配检索，并提 供主题词检索、临床查询、引文检索等特色检 索服务。
（二）
检索指南
10
1
2
沿 革
资
源
（一）、Pubmed知识精要
3
常用字段
检索途径
4
5
特 色
11
1997-
Pubmed
1983-
1. Pubmed沿革
Medline光盘 Medline联机检索
1964-
1879-
Index Medicus
12
• Medline是美国国立医学图书馆开发的生物 医学文献数据库。可获取1950年以来80多 个国家和地区5000多种生物医学期刊的文 摘。 • 1997年美国政府宣布Medline数据库免费 向全世界开放。 • 目前大多数收费的检索系统如WOK平台、 Dialog检索系统、SciFinder Scholar都可 以检索Medline。
7
Google Scholar查找国外专业文献
检索提问式 “colorectal cancer aspirin"
获取结果16，900条结果
时间限定在“2009年以来”
8
Google Scholar查找国内专业文献
记录来源包括 ＣＮＫＩ、 维普、万方 以及其他 网页信息
9
（一）
知识精要
二、Pubmed文献检索系统
28
PubMed特色：自动词语匹配功能
Mesh转换表 期刊名转换表 作者索引表 作者姓名转换表 经过转换后的 检索式
检索词
Pubmed系统 进行检索 Details分析
29
29
PubMed自动词语匹配功能
• 举例：欲查找大肠癌与阿司匹林同时出现的文献 ，输入“colorectal cancer aspirin”，系统转换 后实际检索策略为 ("colorectal neoplasms"[MeSH Terms] OR ("colorectal"[All Fields] AND "neoplasms"[All Fields]) OR "colorectal neoplasms"[All Fields] OR ("colorectal"[All Fields] AND "cancer"[All Fields]) OR "colorectal cancer"[All Fields]) AND ("aspirin"[MeSH Terms] OR "aspirin"[All Fields])
高级检索
基本检索
22
Pubmed高级检索
限定字段 进行检索 查看并利用已有 检索式进行检索 利用索引 选择提问词
23
Pubmed Mesh Database
24
ຫໍສະໝຸດ Baidu
MeSH Database:查看并利用主题词检索
MeSH主题词检索是PubMed最具特色的检索功能之一， 能保证较好的查全率和查准率
字段标识：字段名称 LA：Language MH：MeSH Terms MAJR：MeSH Major Topic SH：MeSH Subheadings PT：Publication Type SO：Source TA：Journal Title TI：Title TW：Text Words
21
4. PubMed检索途径
主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范 主题词组配副主题词，使检索结果更加专指 主题词的树状结构表：可自由调整检索策略 扩展检索：利用下位词同时进行检索，提高查全率 限定检索：将检索结果限定在主要主题词，使检索结果更加 准确
注意：用MeSH词检索时，只检索来源于MEDLILNE的文 献，不检索PubMed其他来源的文献
2
如何查找指定文献？
37
1. 如何查找阿司匹林预防大肠癌的文献？
• 课题分析 • 两个主要概念组面
– 阿司匹林（aspirin) – 大肠癌(colorectal cancer)
• 如何翻译英文提问词？
– CNKI翻译助手 – Google翻译 – 有道
38
1. 如何查找阿司匹林预防大肠癌的文献？ • 试检：Pubmed基本检索服务 • 提问词：colorectal cancer aspirin
13
Medline免费检索服务
• Pubmed：http://pubmed.gov • Medscape： http://search.medscape.com/medline-search • Highwire：http://highwire.stanford.edu
14
利用Medscape检索Medline
6
一、英文数据库概述
• 按收费与否，可分为收费数据库与免费数 据库。 • 英文数据库大部分收费。 • 免费数据库：
– Pubmed：http://pubmed.gov – medscape:http://www.medscape.com – Google Scholar: http://scholar.google.com
Pubmed
联 机 检 Web of Knowledge 索 系 统 SciFinder Scholar
5
一、英文数据库概述
• 英文数据库按记录完整性可分为文摘数据 库和全文数据库。 • 前面提到的英文专业数据库刚开始都是文 摘数据库，但随着信息技术的发展都开始 提供全文。 • 新出现的数据库大都提供全文。 • 全文数据库大都需要付费访问。 • 即使是全文数据库，也不是库中的每篇论 文都能提供全文。
17
（2）论文全文
①PubMed Central ②开放存取期刊 ③出版商提供的部分免费期刊 ④链接到出版商网站
（3）题录相关生物信息学数据、图书馆馆藏信息、 消费者健康信息和研究工具等资源链接。
18
Pubmed记录来源标识（1）
[PubMed – indexed for Medline]
[PubMed - in process]