ontology介绍

Formal Ontology&informal Ontology

Formal ontology:

着重在子类型和上层类型的区分 用逻辑语言或计算机语言描述 公理化ontology由公理和定义陈述
•
用于数学、物理、工程

基于原型ontology由每个子类的典型成员或原型的 比较区分子类型
其他分类系统的索引

Ontology 环境


合并多个Ontology 诊断、升级Ontology
Chimaera Ontology 环境


Knowledge Systems Laboratory ， Stanford University Web-based browser environment 接受15种指定格式的输入 提供潜在的合并候选项 支持分类法决议模式，及发现语义包含关 系功能 提供分析功能套件，包括不完全的测试、 分类学分析、语义检查 提供规则语言，以允许用户添加测试工具
文件：ontology



版本信息:
!version: $Revision: 1.48 $ !date: $Date: 2002/01/15 18:25:40 $ !source: $Source: /share/go/cvs/go/doc/GO.doc.html,v $ ! !Gene Ontology ![domain of file] !editors: Michael Ashburner (FlyBase), Midori Harris (GO), Judith Blake (MGD) !Leonore Reiser (TAIR), Karen Christie (SGD) and colleagues !with software by Suzanna Lewis (FlyBase Berkeley).

分子功能、生物学过程、细胞成分 术语定义： XML格式：每月更新
相关文件：

GO名词：

注释：

参与合作的数据库用GO术语注释它们的基因或基因产物 当某文本串（功能、过程、成分）在不同物种含义不同时，GO 加以区别 调用其他数据库中的标识符时，加其缩略名做前缀 DB:identifier 直接非循环图directed acyclic graphs (DAGs) 或网络表示， 父子术语是多对多的关系， 对每一父术语，子术语有不同的关系类
物种特性：


数据库缩略名：


数据表示：


同义词

一个术语有一个或多个同义词
每个术语有一，用做数据库交叉参考 格式 GO:nnnnnnn （7位数字，0补齐） 即唯一标识符 terma; GO:idterma, GO:idtermb, GO:idtermc, ...
唯一标识符：



数据库交叉参考



Terma与termb合并，termb标识做第二标识

术语分裂

作为每个新术语的第二标识
Biological Process (process.ontology) Molecular Function (function.ontology) Cellular Component (component.ontology)
Ontology 介绍
李 荣 2002年3月
内容：



什么是ontology GO:Gene Ontology Ontology 环境
什么是ontology


பைடு நூலகம்
哲学：存在论，讨论对象的存在性，一个 存在的系统说明 在知识共享方面，指概念化的详细说明， a specification of a conceptualization 一个agent或其群体的概念与关系的描述 目的：知识共享与重用 一个ontology就是一个正式词汇表的定义



一个逻辑理论的陈述 一套表达术语的定义 用人类可读的文本定义一个领域内（类型 、关系、功能等）实体名字来描述其含义 ，定义正式公理以限制其解释及这些术语 的形式良好的使用
ontology历史

80、90年代

在专家系统中应用 由知识表示与推理专家建立 多用于图书分类
非分类学专家 未受训公众 研究、电子商务、计算机配置、通用信息站点、生物 数据
XML版本：
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <!DOCTYPE go:go> <go:go xmlns:go="/dtds/ go.dtd#" xmlns:rdf="/1999/02/22-rdfsyntax-ns#"> <go:version timestamp="Wed May 9 23:55:02 2001" /> <rdf:RDF>
图例：由属性用正规概念分析方法 （FCA）构成
FCA技术


属于数据挖掘 生成子网格，可与更通用的分类网格自动 合并
GO：Gene Ontology



Gene OntologyTM Consortium制定 动态受控的词汇表 用于所有生物体，即使基因与蛋白质在细 胞中的角色知识积累、变化仍然适用 现有的GO：
语法:

父子关系：
parent_term child_term

实体关系: term1既是term0的实体，也是 term2的实体
%term0 %term1 % term2

部 分 关系 : term1 是 term0 的 实体 ， 也 是 term2和term3的一部分
%term0 %term1 < term2 < term3
•
用于植物、动物及普通家用物品

Informal ontology:

自然语言中定义或未定义的类型分类 由一个概念和关系的名字集描述 由部分子类型的关系排序、组织

大型ontology用混合方法
KR ontology



基于Knowledge Representation (by John D. Sowa) 基本的类型和区分由逻辑、语言学、AI导 出 系统化的，开放的系统 基于区别的框架，自动生成层次，而不是 基于固定的分类层次

互连网驱动


与分类学的区别

Ontology是类的分类学层次，不是类定义 、包含关系，但不限于此形式 不限于保守的传统逻辑意义上的定义 增加了知识 指定一个概念化要陈述限制名词可能的解 释的公理
Ontology使用


Ontology承诺：同意按照一个ontology 指定的理论一致、连贯地使用词汇表，如 查询，发表声明 按照ontology建立agent, 通过这些agent 共享知识 Agent共享词汇表而不必共享知识库 每个Agent知道的东西其他agent不知道 一个Agent不必回答所有可由共享词汇表 表达的查询，即与ontology一致但不必完 备
<go:term rdf:about= "/go#GO:0003674"> <go:accession>GO:0003674</go:accession> <go:name>molecular_function</go:name> <go:definition>The action characteristic of a gene product.</go:definition> <go:part-of rdf:resource="http: ///go#GO:0003673" /> <go:dbxref> <go:database_symbol>go</go:database_symbol> <go:reference>curators</go:reference> </go:dbxref> </go:term> </rdf:RDF>
基础：概念化 conceptualization



假设在某感兴趣领域存在的对象、概念、 其他实体及其中关系 为实现某目标而期望表示的世界的抽象、 简化的视图 知识库、基于知识的系统、知识层次的 agent都可以对应于某概念化 一个ontology就是一个概念化的显式指定
Ontology的本质
系统发现mammal 和mammalia名字 相似，建议合并

定义：GO.defs 文本文件定义 GO terms


tag: text or value Tag是以下之一：
•术语
GO_id
定义
注释

Bibliography ：GO.bib

格式 tag: text or value
database:<identifier> > GO:<term> ; GO:<GO_id> e.g.: TIGR_role:11030 73 Amino acid biosynthesis Glutamate family > GO:glutamine family amino-acid biosynthesis ; GO:0009084