-GaussView使用简介

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(12).向Gauss递交计算。点Gview界面上Calculation 会出来一个递交计算的对话框。从所给的对话框中可以选择工作类型Job Type(如优化, 能量或频率等);计算方法Method(如半经验方法,HF方法,DFT方法,MP方法等, 还可以选定基组);Title(对所要做的计算给一个说明,以备以后的查看) Link 0(给检查 点文件命名,还可以在此用RWF命令设置临时数据交换文件的大小); General, Guess,(这两个选项主要是给出体系中各原子的连接关系及如何给出初始猜测); NBO(可在此设定NBO计算),PBC(可在此设定晶体的有关计算), Solvation(可在 此设定溶液中的计算,除了选择溶剂外,还要选择模拟溶剂的理论模型)的Gaussian
Result :显示计算的结果,包括电荷,静电势表示的表面,振动,频率,核磁,势能面 扫描,优化等。注意有些结果只能 用检查点文件才能显示。
常用功能键的介绍
以构建一个间氟苯乙烷分子并从 Gview里递交计算为例来说明
(1)双击Gview图标, 打开Gview ,下图就是Gview打开后的窗口
View 这里面的选项都是于分子的显示有关的,如显示氢原子,显示键,显示 元素符号,显示坐标轴等
可从Gview中直接向高斯提交计算。这是Gview作为高斯软件配套功能的重要体现。 从所给的对话框中可以选择工作类型Job Type(如优化,能量或频率等);计算方法 Method(如半经验方法,HF方法,DFT方法,MP方法等,还可以选定组);Title(对所 要做的计算给一个说明,以备以后的查看) Link 0(给检查点文件命名,还可以在此用 RWF命令设置临时数据交换文件的大小); General,Guess,(这两个选项主要是给出体 系中各原子的连接关系及如何给出初始猜测);NBO(可在此设定NBO计算),PBC (可在此设定晶体的有关计算), Solvation(可在此设定溶液中的计算,除了选择溶剂 外,还要选择模拟溶剂的理论模型)
打开Gview ,下图就是Gview打开后的窗口
(2).双击窗口中 图标,得到如下窗口里面有常用的环状官能团。选中苯环(单 击即可选中)
(3).在当前工作窗口(打开Gview时程序自动打开一个工作窗口,如下图)也可通过 File-new 路径 新建一个工作窗口
在这个窗口中点鼠标左键窗口中就会出现苯分子,见下图
将鼠标放在分子上,按左键左右或前后移动,可以调节分子的角度将鼠标放在分子上, 前后移动,可以将分子放大或缩小Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗口内平移分子 当工作窗口内有多个分子时[在构建大的分子时,这种情况很容易出现]这时可用以下 命令可以用Shift+Alt+鼠标左键组合移动想要移动的分子,以调节各个分子间的距离 可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度,以调节各个分子间的角度。 Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和[将鼠标左键放在分子上,左右或前后移动,可以调 节分子的角度]这个功能连用。
GaussView使用简介
Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件,其 主要用途有两个构建高斯的输入文件以图的形式显示 高斯计算的结果除了可以自己构建输入文件外, Gview还可读入CHEM3D,HYPERCHEM和晶体数据 等诸多格式的文件。从而使其可以于诸多图形软件连 用的介绍
GVIEW的界面
第一行为菜单栏:
File:主要功能是建立,打开,保存和打印当前的文件 Save Image 将当前文件保存为图片格式 Preferences。可以在里面改变Gview默认的各种显示的设置。
Edit: 在这里可以完成对分子的剪贴,拷贝,删除 和 抓图等。 Atom List,显示当前分子的内坐标,笛卡儿坐标,分数坐标等。 Point Group 可以显示当前分子的点群及可能有的点群。 PBC显示晶体文件(可以将CIF文件转换为图形,在点PBC按钮后所给并的对话框 中根据选项调节具体显示的格式。 Mos用于显示分子轨道(只有检查点文件,此选项才能给出分子轨道图。 Symmetrize,对当前体系进行对称性控制。
(4).双击Gview界面上的 图标。出现以下窗口点击氟的元素符号“F”,就选中氟原子。
(5).回到工作窗口在苯环上的任一个H上单击左键,将H置换成F。
但要注意此时仅是元素符号发生了改变,C-F间的距离仍是C-H键的距离。需要用建 长工具进行调整。单击Gview界面上 图标。 然后再点击工作窗口中的C原子和F原 子,看到被选中的两个原子于周围的原子再亮度上有差异此时会出现下面的窗口
根据C-F键的长度在 0.675和2.700之间的方框内进行C-F键的调整。完毕后点击OK即可。
(6).双击Gview界面上的 图标,出现以下窗口这是Gview里内置的链烃库,选中 乙烷
(7).在工作窗口内空处点左键,用我们前面讲过的命令调节苯和乙烷间的距离和角度
将鼠标放在分子上,按左键左右或前后移动,可以调节分子的角度;将鼠标放在分 子上,前后移动,可以将分子放大或缩小。Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗口内平 移分子当工作窗口内有多个分子时[在构建大的分子时,这种情况很容易出现]这时可 用以下命令可以用Shift+Alt+鼠标左键组合移动想要移动的分子,以调节各个分子间 的距离。可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度,以调节各个分子 间的角度。Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和[将鼠标左键放在分子上,左右或前后移 动,可以调节分子的角度]这个功能连用。具体的好处需要自己去试
(10).查看分子的对称性 从Edit-Point group路径可以查看所构建分子的点群。点击Point group后,出现如下 窗口:为C1点群,其下拉菜单中的为可能的点群(改变Tolerance,也可帮助我们判断 所构建体系可能有的点群)
(11).查看分子坐标。单击Gview界面上的 图标。出现下面窗口 Z表示时内坐标,C表示直角坐标。可以在里面对坐标做适当的调整
(8).单击Gview界面上 图标。然后点击与乙烷正对的苯上的C原子和H原子选择 “None”,乙烷上的C-H键作类似处理然后单击Gview上的 图标,点选工作窗口中的 两个氢原子,即将它们删去
至此分子构建已完成。
9).Gview存储个人常用分子的功能。Gview中只有常用的一些环状分子和链状分子, 远不能满足研究特定体系的特殊需要。不过Gview有一个功能可以弥补这个缺憾:可 以把常用的分子或官能团存在制定的文件夹内。在需要时可以直接调用。双击view上 的 图标,在下面的对话框中键入相关项目,保存即可
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