微卫星分析(张立岩)

3 single nucleotide
polymorphism，SNP
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微卫星多态（短串联重复序列）
2 short tandem repeat，STR
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概述 — DNA多态性
限制性片段长度多态 （restriction fragment length polymorphism, RFLP）
u 由限制性核酸内切酶切割所产生的DNA片段称为限制性片段。限制 性片段长度多态是指由于单个碱基改变而导致限制性内切酶位点 发生改变，因而经限制性内切酶切割后所产生的限制性片段长度 发生改变。
u 由于RFLP检测的是酶切位点的有无，因此在群体中只存在2个等位 基因。
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微卫星分析
张立岩 13936502242 biozhangliyan@126.com
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GENESCAN服务—确定位点
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GENESCAN服务—确定位点
u 亲子鉴定实验所需DNA量： u Identifiler Kit 0.5-1.25 ng； u 血样用量：新鲜血 2 uL，纱布 9 mm2。
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GENESCAN服务—反应
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发生有关
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STR优点
u 高度多态性，一般为共显性 u 高杂合度 u 高信息含量 u 遗传稳定 u 检测简便快捷 u 微卫星引物通用性 u 中性标记
第二代遗传标记
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STR产生
u DNA复制或修复过程中DNA滑移和错配 u 减数分裂姐妹染色单体不均等交换
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STR产生
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GENESCAN服务—确定位点
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GENESCAN服务—确定位点
概述 — DNA多态性
u 根据电泳结果判 断个体的基因型
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概述 — DNAຫໍສະໝຸດ Baidu态性
单核苷酸多态 （single nucleotide polymorphism, SNP）
u SNP是第三代DNA多态，即一个碱基的变异形成的多态。 u SNP通常是一种二等位基因的（biallelic），即二态的遗传变异，
在CG序列上出现最为频繁。 u SNP的数量大、分布广。按照1%的频率估计，在人类基因组中每
300~1000个核苷酸就有一个SNP，且易于批量检测的多态标记。 u SNP在连锁分析与基因定位，包括复杂疾病的基因定位、关联分析、
个体和群体对环境致病因子与药物的易感性研究具有重要的作用。
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ABI 3700
ABI 310
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GENESCAN服务—数据分析
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STR特点
u 广泛存在于真核生物和原核生物基因组 u 由核心重复序列和两端保守序列组成 u 基本重复单位：2－6个核苷酸
(CA)n，（AAAN）n，（AAN）n，（GT）n u 重复次数：几次至数十次 u 在人类基因组中平均每6-10kb就出现一个 u 绝大多数位于非编码区及染色体近端粒区，极
少数在编码区域 u 不同物种STR含量不同，分布特点不同
STR应用
卖点
u 基因组遗传图谱的绘制 u 疾病相关基因的定位克隆 u 人类遗传性疾病的预测和诊断 u 器官移植状态检测 u 人类学群体遗传学的应用 u 法医罪犯身份识别及亲子鉴定 u 动植物育种 u 确定动物种群
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STR产生
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STR作用
u 构成染色体的着丝粒、端粒、Y染色体q的异染色质区 u 高度重复序列不能转录，形成结构基因的间隔 u 参与维持染色体的结构，与减数分裂联会有关 u 三核苷酸重复（CCG）n突变------神经系统疾病 u 端粒为—TTAGGG— 6核苷酸重复，与细胞衰老和肿瘤
STR应用
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X Y
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STR应用
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GENESCAN服务
u 确定位点 u 合成引物并标记荧光 u 处理样品 u 预实验 u 批量实验 u POOL u 变性 u 电泳 u 分析数据
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GENESCAN服务—确定位点
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GENESCAN服务—确定位点
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GENESCAN服务—合成并标记引物
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STR特点
CA CA CA
Primer 2
CA CA CA CA
CA CA CA CA CA
CA CA CA CA CA CA
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内容
u 概述（多态性－DNA多态－STR) u STR特点 u STR应用 u 我公司GENESCAN服务
仪器 样品要求 实验流程 分析报告
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概述 — 多态性
u 遗传多态现象（genetic polymorphism）是指在一个群 体中，同时和经常存在的两种或两种以上的变异型或基 因型，每种类型的频率比较高，一般认为每种变异型超 过1％即可定为多态。
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GENESCAN服务—POOL
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GENESCAN服务—毛细管电泳 卖点
tandem repeats, VNTR）
u 小卫星 DNA (minisatallite DNA) 重复单位6～25bp长
u 微卫星DNA (microsatallite DNA)/ 短串联重复序列（short tandem repeat，STR） 重复单位2～6bp长
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u ABI 3900型半自动合成仪
u 荧光标记：FAM、VIC、HEX、TET
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GENESCAN服务—处理样品
样本要求：
u DNA浓度在30-100 ng/ul（酚氯仿抽提即可， 纯度要求不高）
概述 — DNA多态性
SNP检测方法
u 直接测序 u PCR-RFLP u TaqMan法 u DHPLC u Snapshot u 质谱 u 生物芯片 u ……
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STR
卫星DNA（satellite DNA）/ 数目变异串联重复(variable number
PCR product:
father
mother
child
bp
46bp 42bp 40bp
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STR应用
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STR应用
Father:
…GTCGTACGTGACACACACACACACACACACAGTACGATAGGT… [(CA10]42bp …GTCGTACGTGACACACACACACACACACACAGTACGATAGGT… [(CA10]42bp
Mother:
…GTCGTACGTGACACACACACACACACACACACACAGTACGATAGGT… [(CA12]46bp
…GTCGTACGTGACACACACACACACACACAGTACGATAGGT…
[(CA9 ]40bp
Child:
…GTCGTACGTGACACACACACACACACACACAGTACGATAGGT… [(CA10]42bp …GTCGTACGTGACACACACACACACACACAGTACGATAGGT… [(CA9 ]40bp
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概述 — DNA多态性
三种主要类型（三代遗传标记）
限制性片段长度多态
1 restriction fragment length polymorphism， RFLP
单核苷酸多态
u 人类存在多种遗传多态现象（多态性），主要有染色体 多态性、酶和蛋白质多态性、抗原多态性以及DNA多态 性五类。
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概述 — DNA多态性
u DNA的正常变异，即DNA序列不同，但并 不影响个体表型。DNA多态在群体中是变异， 在个体中是恒定的，DNA多态按孟德尔方式遗 传，而且最罕见的等位基因频率高于1%，或 杂合子频率高于2%。