检测技术基础Read

合集下载

临床检验知识点总结

临床检验知识点总结
临床检验是医学中非常重要的一环，它涉及到对病人的血液、体液、分泌物等样本进行检测和分析，以协助医生做出准确的诊断和治疗方案。

以下是临床检验的一些重要知识点总结：
1. 临床检验的意义：临床检验通过对病人的各种标本进行检测和分析，可以协助医生做出准确的诊断和制定合适的治疗方案，提高患者的治疗效果和康复水平。

2. 检验标本的采集：采集标本是临床检验的重要步骤，采集的方法和时间会影响到检验结果。

医生或护士需要按照规定的方法和时间采集标本，以确保结果的准确性。

3. 检验项目的分类：临床检验的项目非常多，可以根据需要分为不同的类型，如血常规、尿常规、生化检查、免疫检查等。

这些项目可以单独或组合使用，以协助医生做出准确的诊断。

4. 检验结果的解读：检验结果出来后，医生需要对结果进行解读。

解读结果时需要考虑到标本的采集方法、检验方法、参考值范围等多个因素，以确保结果的准确性。

5. 临床检验的质量控制：为了保证检验结果的准确性，需要实施严格的质量控制。

质控的方法包括室内质控和室间质评，通过这些方法可以监测检验过程的稳定性和准确性。

6. 检验仪器和设备：临床检验需要使用各种仪器和设备，如血细胞分析仪、生化分析仪、免疫分析仪等。

使用这些仪器和设备需要遵循操作规程，确保结果的准确性。

7. 检验技术的发展趋势：随着科技的不断进步，临床检验的技术也在不断发展。

未来的发展趋势包括自动化、智能化、微流控、分子诊断等新技术，这些技术可以提高检验的效率和准确性，为医生提供更好的诊断依据。

高通量测序常用名词科普

高通量测序常用名词汇总一代测序技术：即传统的Sanger测序法,Sanger法是根据核苷酸在待定序列模板上的引物点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,并且在每个碱基后面进行荧光标记,产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸,每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸dNTP,并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸ddNTP;由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH 基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T 或C处终止,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物;它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,通过检测得到DNA碱基序列;二代测序技术：next generation sequencingNGS又称为高通量测序技术,与传统测序相比,二代测序技术可以一次对几十万到几百万条核酸分子同时进行序列测定,从而使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序Deep sequencing;NGS主要的平台有Roche454 & 454+,IlluminaHiSeq 2000/2500、GA IIx、MiSeq,ABI SOLiD等;基因：Gene,是遗传的物质基础,是DNA或RNA分子上具有遗传信息的特定核苷酸序列;基因通过复制把遗传信息传递给下一代,使后代出现与亲代相似的性状;DNA：Deoxyribonucleic acid,脱氧核糖核酸,一个脱氧核苷酸分子由三部分组成：含氮碱基、脱氧核糖、磷酸;脱氧核糖核酸通过3',5'-磷酸二酯键按一定的顺序彼此相连构成长链,即DNA链,DNA链上特定的核苷酸序列包含有生物的遗传信息,是绝大部分生物遗传信息的载体;RNA：Ribonucleic Acid,,核糖核酸,一个核糖核苷酸分子由碱基,核糖和磷酸构成;核糖核苷酸经磷酯键缩合而成长链状分子称之为RNA链;RNA是存在于生物细胞以及部分病毒、类病毒中的遗传信息载体;不同种类的RNA链长不同,行使各式各样的生物功能,如参与蛋白质生物合成的RNA有信使RNA、转移RNA和核糖体RNA等;16S rDNA："S"是沉降系数,是反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标,值越高,说明分子越大;rDNAribosome DNA指的是原核生物基因组中编码核糖体RNArRNA分子对应的DNA序列,16S rDNA 是原核生物编码核糖体小亚基16S rRNA的基因;细菌rRNA核糖体RNA按沉降系数分为3种,分别为5S、16S和23S rRNA;16S rDNA是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列,存在于所有细菌染色体基因中;16S rRNA 普遍存在于原核生物中;16S rRNA 分子,其大小约1540bp,既含有高度保守的序列区域,又有中度保守和高度变化的序列区域,其可变区序列因细菌不同而异,恒定区序列基本保守,所以可利用恒定区序列设计引物,将16S rDNA片段扩增出来,通过高通量测序利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定;cDNA：complementary DNA,互补脱氧核糖核酸,与RNA链互补的单链DNA,以RNA为模板,在反转录酶的作用下所合成的DNA;Small RNA：生物体内一类高度保守的重要的功能分子,其大小在18-30nt,包括microRNA、siRNA、snRNA、snoRNA和piRNApiwi-interacting RNA等,它的主要功能是诱导基因沉默,调控细胞生长、发育、基因转录和翻译等生物学过程;以miRNA为例介绍它们的功能：miRNA 与RNA诱导沉默复合体RNA induced silencing complex, RISC结合,并将此复合体与其互补的mRNA序列结合,根据靶序列与miRNA的互补程度,从而导致靶序列降解或干扰靶序列蛋白质的翻译过程;SD 区域：Segment duplication,串联重复是由序列相近的一些 DNA 片段串联组成;串联重复在人类基因多样性的灵长类基因中发挥重要作用;Genotype and phenotype：基因型与表型,基因型是指某一生物个体全部基因组合的总称；表型,又称性状,是基因型和环境共同作用的结果;基因组：Genome,单倍体细胞核、细胞器线粒体、叶绿体或病毒粒子所含的全部DNA分子或RNA分子;全基因组de novo测序：又称从头测序,它不依赖于任何现有的序列资料,而直接对某个物种的基因组进行测序,然后利用生物信息学分析手段对序列进行拼接、组装,从而获得该物种的基因组序列图谱;全基因组重测序：对已有参考序列Reference Sequence物种的不同个体进行基因组测序,并以此为基础进行个体或群体水平的遗传差异性分析;全基因组重测序能够发现大量的单核苷酸多态性位点SNP、拷贝数变异Copy Number Variation,CNV、插入缺失InDel,Insertion/Deletion、结构变异Structure Variation,SV等变异类型,以准确快速的方法将单个参考基因组信息上升为群体遗传特征;转录组：Transcriptome,是指特定生长阶段某组织或细胞内所有转录产物的集合；狭义上指所有mRNA的集合;转录组测序：对某组织在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA进行测序,获得特定状态下的该物种的几乎所有转录本序列信息;通常转录组测序是指对mRNA进行测序获得相关序列的过程;其根据所研究物种是否有参考基因组序列分为转录组de novo测序无参考基因组序列和转录组重测序有参考基因组序列;外显子组：Exome,人类基因组全部外显子区域的集合称为外显子组,是基因中重要的编码蛋白的部分,并涵盖了与个体表型相关的大部分的功能性变异;外显子组测序：是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法;外显子测序相对于基因组重测序成本较低,对研究已知基因的SNP、InDel 等具有较大的优势;目标区域测序：应用相关试剂盒对基因组上感兴趣的目标区域进行捕获富集后进行大规模测序,一般需要根据目标区域专门定制捕获芯片;宏基因组：Metagenome,指特定生活环境中全部微小生物遗传物质的总和;它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因;目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和;宏基因组16S rRNA测序：可以对特定环境下的细菌和古细菌群体的微生物种类和风度进行有效的鉴定;对不同地点、不同条件下的多个样本16S rRNA的PCR产物平行测序,可以比较不同样本间的微生物组成及成分差异,进而阐明物种丰度、种群结果等生态学信息;表观遗传学：Epigenetics,是指在基因组DNA序列没有改变的情况下,基因的表达调控和性状发生了可遗传的变化;表观遗传的现象很多,已知的有DNA甲基化DNA methylation,基因组印记genomic impriting,母体效应maternal effects,基因沉默gene silencing,核仁显性,休眠转座子激活和RNA编辑RNA editing等;全基因组甲基化测序：DNA 甲基化是指在 DNA 甲基化转移酶的作用下,在基因组 CpG 二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共价键结合一个甲基基团;DNA 甲基化已经成为表观遗传学和表观基因组学的重要研究内容;甲基化是基因表达的主要调控方式之一,研究染色体DNA甲基化情况是了解基因调控的重要手段;对已经有参考基因组的物种的基因组DNA用标准亚硫酸氢盐Bisulfite处理后,未甲基化的胞嘧啶C会脱氨基形成尿嘧啶U,经PCR扩增,U替换为胸腺嘧啶T,而发生甲基化的胞嘧啶C保持不变;将处理组与参考基因组序列进行比对,可发现甲基化位点并对甲基化情况进行定量分析的方法叫做全基因组甲基化测序;ChIp-Seq：Chromatin Immunoprecipitation sequencing,即染色质免疫共沉淀-测序技术,即通过染色质免疫共沉淀技术特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段;对富集得到的DNA片段进行纯化与文库构建,然后进行高通量测序,从而得到全基因组范围内可以与目的蛋白相互作用的DNA片段的方法叫做ChIP-Seq;数字表达谱：Digital Gene Expression Profile,利用新一代高通量测序技术和高性能计算分析技术,能够全面、经济、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况,即运用特定的酶对mRNA距polyA tail 21-25nt的位置进行酶切,所获得的带polyA尾的序列Tag通过高通量测序,该tag被测得的次数即是对应基因的表达值;数字基因表达谱已被广泛应用于基础科学研究、医学研究和药物研发等领域;特点是经济,但获得的数据量有限;若想获得转录本的更多信息的话,一般都采用转录组测序的方法来测序;SBS：sequencing by synthesis,边合成边测序反应,是指在DNA聚合酶的作用下延伸碱基所进行的测序;Run：指高通量测序平台单次上机测序反应;图1. Flow Cell结构示意图Lane：也叫channel,单泳道,每条泳道包含2列column,每列分布有多个小区tile,如图1;不同的测序平台Flow Cell中所含的Lane不一样,如HiSeq 2000是2个flow cell,每个flow cell中含有8个lane；HiSeq 2500是包含2个mini flow cell快速运行模式和2个high output flow cell,两个模式不能同时运行,其中每个mini flow cell包含2个lane,每个high output flow cell中包含8个lane；Miseq系统的flow cell仅含有1个lane; Tile：小区,每条Lane中有2列tile,合计120个小区;每个小区上分布数目繁多的簇结合位点,如图1;Cluster：簇,在Illumina测序平台中会采用桥式PCR方式生产DNA簇,每个DNA簇才能产生亮度达到CCD可以分辨的荧光点;Index：标签,在Illumina平台的多重测序Multiplexed Sequencing过程中会使用Index 来区分样品,并在常规测序完成后,针对Index部分额外进行7个循环的测序,通过Index的识别,可以在1条Lane中区分12种不同的样品;Barcode：与Index同义,多指在Roche GS FLX 454测序平台的16S PCR产物的测序过程中接头序列所包含的的用来区分不同样本的序列;PF%：PF%是指符合测序质量标准的簇的百分比,与测序的通量相关联;Fasta：一种序列存储格式;一个序列文件若以FASTA格式存储,则每一条序列的第一行以“>”开头,而跟随“>”的是序列的ID号即唯一的标识符及对该序列的描述信息；第二行开始是序列内容,序列短于61nt的,则一行排列完；序列长于61nt的,则每行存储61nt,最后剩下小于61nt的,在最后一行排列完；第二条序列另起一行,仍然由“>”和序列的ID号开始,以此类推;Fastq：Fastq是Solexa测序技术中一种反映测序序列的碱基质量的文件格式;第一行以“”符号开头,后面紧跟一个序列的描述信息；第二行是该序列的内容；第三行以“+”符号开头,后面可以是该序列的描述信息,也可省略；而第四行是第二行中的序列内容每个碱基所对应的测序质量值;Read：高通量测序平台产生的序列标签就称为 reads;基因组组装：进行基因组或转录组de novo测序时,物种基因组经构建不同的文库测序所得的片段需经过生物信息学手段对其进行整理拼接,并通过一定的标准如N50对后续组装结果进行质量评估等,最终获得高准确度的基因组序列的过程;基因组测序深度：测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值;如测一个物种的全基因组的重测序,基因组大小约为5G,测序获得100G的数据量,则测序深度为20×;基因组覆盖率：指测序获得的序列占整个基因组的比例;由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域,这部分没有获得的区域就称为Gap;例如一个细菌基因组测序,覆盖率是98%,那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的;Contig：在de novo测序中拼接软件基于 reads 之间的 overlap 区,拼接获得的中间没有gap的序列称为 Contig重叠群;Scaffold：基因组 de novo 测序,通过 reads 拼接获得 Contigs 后,往往还需要构建 454 Paired-end 库或 Illumina Mate-pair 库,以获得一定大小片段如 3Kb、8Kb、10Kb、20Kb 两端的序列;基于这些序列,可以确定一些Contig 之间的顺序关系,这些先后顺序已知的Contigs 组成 Scaffold;Contig N50：Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs;将所有的Contig长度相加,能获得一个Contig总长度;然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序,如获得Contig 1,Contig 2,Contig 3……Contig 25;将Contig按照这个顺序依次相加,当相加的长度达到Contig总长度的一半时,最后一个加上的Contig长度即为Contig N50;举例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig总长度1/2时,Contig 4的长度即为Contig N50;Contig N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准;Scaffold N50：Scaffold N50与Contig N50的定义类似;Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds;将所有的Scaffold长度相加,能获得一个Scaffold总长度;然后将所有的Scaffolds按照从长到短进行排序,如获得Scaffold 1,Scaffold 2,Scaffold 3……Scaffold 25;将Scaffold按照这个顺序依次相加,当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时,最后一个加上的Scaffold长度即为Scaffold N50;举例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold 3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold总长度1/2时,Scaffold 5的长度即为Scaffold N50;Scaffold N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准;Isotig：指在转录组de novo测序时,用454平台测序完成后组装出的结果,一个isotig可视为一个转录本;Isogroup：指转录组de novo测序中,用454平台测序完成后组装出的结果获得的可聚类到同一个基因的转录本群;GC%：GC含量,全基因组范围内或在特定基因组序列内的4种碱基中,鸟嘌呤和胞嘧啶所占的比率;SNP：single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性,个体间基因组DNA序列同一位置单个核苷酸变异替代、插入或缺失所引起的多态性；不同物种个体基因组 DNA 序列同一位置上的单个核苷酸存在差别的现象;有这种差别的基因座、DNA序列等可作为基因组作图的标志;SNP 在CG序列上出现最为频繁,而且多是C转换为T ,原因是CG中的C 常为甲基化的,自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶;一般而言,SNP 是指变异频率大于 1 %的单核苷酸变异,主要用于高危群体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及生物学的基础研究等;InDel：Insertion/Deletion,插入/缺失,在基因组重测序进行mapping时,进行容Gap的比对并检测可信的Short InDel,如基因组上小片段>50bp的插入或缺失;在检测过程中,Gap 的长度为1~5个碱基;CNV：copy number variation,基因组拷贝数变异,是基因组变异的一种形式,通常使基因组中大片段的DNA形成非正常的拷贝数量;如人类正常染色体拷贝数是2,有些染色体区域拷贝数变成1或3,这样,该区域发生拷贝数缺失或增加,位于该区域内的基因表达量也会受到影响;如果把一条染色体分成A-B-C-D四个区域,则A-B-C-C-D/A-C-B-C-D/A-C-C-B-C-D/A-B-D 分别发生了C区域的扩增及缺失,扩增的位置可以是连续扩增如 A-B-C-C-D 也可以是在其他位置的扩增,如A-C-B-C-D;SV：structure variation,基因组结构变异,染色体结构变异是指在染色体上发生了大片段的变异;主要包括染色体大片段的插入和缺失引起 CNV 的变化,染色体内部的某块区域发生重复复制、翻转颠换、易位、两条染色体之间发生重组inter-chromosome trans-location 等;基因表达差异：是指某一物种或特定细胞在特定时期/功能状态下,多样本间不同基因在mRNA水平上表达量的差异,可通过RPKM/FPKM值来体现;RPKM：Reads Per Kilobase per Million mapped reads Mortazavi etal., 2008,是指每 1 百万个map 上的reads 中map 到外显子的每1K 个碱基上的reads 个数;计算公式四RPKM=106C/NL/103,其中C为唯一比对到目的基因的reads数；N为唯一比对到参考基因的总reads数,L是目的基因编码区的碱基数;RPKM法可以消除基因长度、数据量之间的差异进行计算基因表达量;可变剪切：alternative splicing大多数真核基因转录产生的mRNA前体是按一种方式剪接产生出一种mRNA,因而只产生一种蛋白质;但有些基因产生的mRNA前体可按不同的方式剪接,产生出两种或更多种mRNA,即可变剪接;基因融合：Gene fusion,将基因组位置不同的两个或多个基因中的一部分或全部整合到一起,形成新的基因,称作融合基因或嵌合体基因,该基因有可能翻译出融合或嵌合体蛋白;基因家族分析：通过进行BLASTN/ HMM比对等查找基因归属的基因家族并添加相关功能注释;基因组注释：Genome annotation是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是当前功能基因组学研究的一个热点;基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面;基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置;常见的基因组注释有GO注释、pathway分析;GO注释：gene ontology是指对基因功能的注解;GO强调基因产物在细胞中的功能;GO不能反映此基因的表达情况,即是否在特定细胞中、特定组织中、特定发育阶段或与某种疾病相关,但GO支持其他的OBOopen biology ontologies成员成立其他类型的本体论数据库如发育本体学、蛋白组本体学、基因芯片本体学等Pathway注释：是指对功能基因参与的信号通路等进行分析注释;甲基化率：是指在甲基化测序中,发生甲基化的胞嘧啶占所有胞嘧啶的比率;CpG岛：CpG island 是指DNA上一个区域,此区域含有大量相联的胞嘧啶C、鸟嘌呤G,以及使两者相连的磷酸酯键p;基因组中长度为300～3000 bp的富含CpG二核苷酸的一些区域,主要存在于基因的5’区域;启动子区中CpG岛的未甲基化状态是基因转录所必需的,而CpG序列中的C的甲基化可导致基因转录被抑制;Q20,Q30:基因的二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的;碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%;行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比;例如一共测了1G的数据量,其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%;Q20值是指的测序过程碱基识别Base Calling过程中,对所识别的碱基给出的错误概率;质量值是Q20,则错误识别的概率是1%,即错误率1%,或者正确率是99%；质量值是Q30,则错误识别的概率是0.1%,即错误率0.1%,或者正确率是99.9%；质量值是Q40,则错误识别的概率是0.01%,即错误率0.01%,或者正确率是99.99%；全基因组测序全基因组测序-技术路线提取基因组DNA,然后随机打断,电泳回收所需长度的DNA片段0.2~5Kb,加上接头, 进行基因簇cluster制备或电子扩增E-PCR,最后利用Paired-EndSolexa或者Mate-PairSOLiD的方法对插入片段进行测序;然后对测得的序列组装成Contig,通过Paired-End的距离可进一步组装成Scaffold,进而可组装成染色体等;组装效果与测序深度与覆盖度、测序质量等有关;常用的组装有：SOAPdenovo、Trimity、Abyss等;全基因组测序-原理双末端Paired-End测序原理测序深度Sequencing Depth：测序得到的碱基总量bp与基因组大小Genome的比值,它是评价测序量的指标之一;测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系,测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降;重测序的个体,如果采用的是Paired-End 或Mate-Pair方案,当测序深度在10~15X以上时,基因组覆盖度和测序错误率控制均得以保证;测序深度对基因组覆盖度和测序错误率的影响HOM：纯合体 HET：杂合体全基因组测序-分析流程1．数据量产出总碱基数量、Totally mapped reads、Uniquely mapped reads统计,测序深度分析;2．一致性序列组装与参考基因组序列Reference genome sequence的比对分析,利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型,并组装出该个体基因组的一致序列;3．SNP检测及在基因组中的分布提取全基因组中所有多态性位点,结合质量值、测序深度、重复性等因素作进一步的过滤筛选,最终得到可信度高的SNP数据集;并根据参考基因组序列对检测到的变异进行注释; 4．InDel检测及在基因组的分布在进行mapping的过程中,进行容Gap的比对并检测可信的Short InDel;在检测过程中,Gap 的长度为1~5个碱基;5．Structure Variation检测及在基因组中的分布目前SBC能够检测到的结构变异类型主要有：插入、缺失、复制、倒位、易位等;根据测序个体序列与参考基因组序列比对分析结果,检测全基因组水平的结构变异并对检测到的变异进进行注释;全基因组重测序生物信息学分析流程。

转基因检测的主要技术方法及基本流程

In the wild world of modern agriculture, genetically modified organisms (GMOs) have be the rock stars of the crop game. These supercharged plants offer a whole host of benefits, like cranking up crop yields, telling pests and diseases to buzz off, and even packing some extra nutritional punch. But hold on to your hats, folks, because the rise of GMOs has also sparked some real head-scratchers about how they might affect our health and the environment. That's why we're in the market for snazzy new methods to suss out if there are GMOs hiding in our food and farm goodies. It's like a high-stakes game of hide and seek, but with science! Let's roll up our sleeves and get sleuthing for those sneaky GMOs. Go, team science!在现代农业的野外世界中，转基因生物（GMOs）一直是作物游戏的摇滚明星。

这些超充电的植物提供了一大堆好处，比如刺激作物产量，告诉害虫和疾病发作，甚至包装一些额外的营养打击。

VI-5K AOI检测技术(教材)

2.5维修站基本设置
2.5.1 随机电脑将设备检查到的不良通过网络传送到维修站电脑，用于人工确认
第25页 / 共62页
第二单元 AOI基本操作 --- 维修站操作与设置
2.5.2 机台电脑与维修站电脑之间的网络设置，假设维修站电脑名为”C6-Repair” 2.5.2.1 点击下图的”Maintenance”
2.3.2.3 程序调用完成，点击下图按钮即可运行程序进行检测
第21页 / 共62页
第二单元 AOI基本操作 --- 程序调用
2.3.3 跳板检测 2.3.3.1 选择需要调用的程序，然后点击”Skip”
2.3.3.2 接着弹出下图窗口，选择需要跳过的单板号（可选择多项）
第22页 / 共62页
第二单元 AOI基本操作 --- 程序调用
第11页 / 共62页
第一单元 AOI基本结构 --- 硬件结构
1.1.8 机台后预览 56.XY轴、相机光源、传输轨道后门 57.紧急停止开关 58.XY轴控制箱后门 59.风扇 60.设备出厂标记
第12页 / 共62页
第一单元 AOI基本结构 --- 硬件结构
1.1.9 轴系统控制器和设备对外接口 61. 115/230VAC变压器 62. ACS轴控制系统 63. 电源输入、网络、SMEMA接口
2.5.2.2 弹出如下窗口，然后点击”Parameters”
2.5.2.3 弹出设置窗口
第26页 / 共62页
第二单元 AOI基本操作 --- 维修站操作与设置
Writing in database:需要打钩。设置是否将检测PCB板后的不良信息保存到数据库中
Save images:需要打钩。设置是否将检测PCB板后的不良图片进行保存 Use online repair station:需要打钩。设置是否由机台电脑直接启动维修站电脑 Server name(IP):设置设备检测完PCB板后的不良信息保存位置，应设置为维修站电脑名 Conveyor type:默认设置为VI210 Repair station name:设置维修站软件的路径，应设置为维修站电脑名

oxford nanopore长读测序方法

Oxford Nanopore长读测序技术（Oxford Nanopore Long-Read Sequencing）是一种先进的DNA测序方法，通过利用纳米孔技术实现对DNA分子的高效测序。

本文将从技术原理、应用优势以及发展前景等方面对Oxford Nanopore长读测序方法进行详细介绍。

一、技术原理Oxford Nanopore长读测序技术是利用纳米孔中的离子传导来测序DNA分子。

具体而言，当DNA分子通过纳米孔时，其碱基序列会引起离子通道电流的微小变化。

通过检测这些电流变化，就可以确定DNA分子的碱基序列。

其测序原理更加简单易行，相较传统测序方法，Oxford Nanopore长读测序技术显著降低了测序成本和时间。

二、应用优势1. 长读长度：Oxford Nanopore长读测序技术能够实现长达数十KB的DNA分子测序，使其在测序复杂基因组、发现基因组结构变异等领域具有明显优势。

2. 实时测序：相较于传统测序方法，Oxford Nanopore长读测序技术可以实现实时测序，极大地提高了测序效率。

3. 便携性：该技术的测序设备小巧轻便，可随时携带进行测序实验，极大提高了测序的灵活性和便捷性。

三、应用前景Oxford Nanopore长读测序技术已经在各个领域展现出了广阔的应用前景。

在生物医学领域，它可以用于快速测序病原体、分析个体基因组结构等实践；在农业科学领域，可应用于植物和动物基因组的测序和改良；在环境保护领域，可用于测序微生物裙落等。

Oxford Nanopore长读测序技术以其独特的测序原理、应用优势和潜在前景，成为DNA测序领域中备受瞩目的技术之一。

在未来，随着技术不断的改进和完善，相信这一技术将会在各个领域发挥更加重要的作用。

四、技术改进与发展Oxford Nanopore长读测序技术自问世以来，经过不断改进和发展，已经取得了巨大的进展。

在测序精度上，科研人员通过改进纳米孔技术和信号处理算法，大幅度提高了测序的准确性，尤其是在重复序列和基因组结构变异的测序中取得了显著的改进。

高通量测序基础知识

高通量测序基础知识简介陆桂什么是高通量测序？高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变,一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。

什么是Sanger法测序（一代测序）Sanger法测序利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。

直到掺入一种链终止核苷酸为止。

每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。

由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。

终止点由反应中相应的双脱氧而定。

每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。

它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。

什么是基因组重测序（Genome Re-sequencing）全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。

随着基因组测序成本的不断降低，人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。

通过构建不同长度的插入片段文库和短序列、双末端测序相结合的策略进行高通量测序，实现在全基因组水平上检测疾病关联的常见、低频、甚至是罕见的突变位点，以及结构变异等，具有重大的科研和产业价值。

什么是de novo测序de novo测序也称为从头测序：其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。

一代、二代、三代测序技术

一代、二代、三代测序技术(2014-01-22 10:42:13)转载▼第一代测序技术-Sanger链终止法一代测序技术是20世纪70年代中期由Fred Sanger及其同事首先发明。

其基本原理是，聚丙烯酰胺凝胶电泳能够把长度只差一个核苷酸的单链DNA分子区分开来。

一代测序实验的起始材料是均一的单链DNA分子。

第一步是短寡聚核苷酸在每个分子的相同位置上退火，然后该寡聚核苷酸就充当引物来合成与模板互补的新的DNA链。

用双脱氧核苷酸作为链终止试剂（双脱氧核苷酸在脱氧核糖上没有聚合酶延伸链所需要的3－OH基团，所以可被用作链终止试剂）通过聚合酶的引物延伸产生一系列大小不同的分子后再进行分离的方法。

测序引物与单链DNA模板分子结合后，DNA聚合酶用dNTP延伸引物。

延伸反应分四组进行，每一组分别用四种ddNTP（双脱氧核苷酸）中的一种来进行终止，再用PAGE分析四组样品。

从得到的PAGE胶上可以读出我们需要的序列。

第二代测序技术-大规模平行测序大规模平行测序平台（massively parallel DNA sequencing platform）的出现不仅令DNA测序费用降到了以前的百分之一，还让基因组测序这项以前专属于大型测序中心的“特权”能够被众多研究人员分享。

新一代DNA测序技术有助于人们以更低廉的价格，更全面、更深入地分析基因组、转录组及蛋白质之间交互作用组的各项数据。

市面上出现了很多新一代测序仪产品，例如美国Roche Applied Science公司的454基因组测序仪、美国Illumina公司和英国Solexa technology公司合作开发的Illumina测序仪、美国Applied Biosystems公司的SOLiD 测序仪。

Illumina/Solexa Genome Analyzer测序的基本原理是边合成边测序。

在Sanger等测序方法的基础上，通过技术创新，用不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP，当DNA聚合酶合成互补链时，每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光，根据捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理，从而获得待测DNA的序列信息。

cv2.read返回的frame格式

CV2是一个用于计算机视觉的开源库，它提供了许多功能以及用于图像处理和计算机视觉任务的工具。

其中，cv2.read是用于读取图像文件的函数，它返回的是一个包含两个元素的元组，分别是布尔值和图像像素矩阵。

1. 返回值含义cv2.read函数返回一个元组，第一个元素是一个布尔值，用来表示是否成功读取了图像文件。

如果成功读取，则返回True；如果读取失败，则返回False。

第二个元素是一个图像像素矩阵，它是一个3维的numpy数组，包含了图像的像素信息。

2. 读取图像文件使用cv2.read函数可以读取多种格式的图像文件，包括常见的JPEG、PNG等格式。

在读取图像文件时，需要指定文件的路径，并将读取结果赋值给一个变量，以便后续对图像进行处理或显示。

3. 图像像素矩阵cv2.read返回的图像像素矩阵是一个3维的numpy数组，其中第一个维度表示图像的高度，第二个维度表示图像的宽度，第三个维度表示图像的通道数。

通道数根据图像的类型而定，对于RGB图像来说，通道数为3，分别表示红、绿、蓝三个通道的像素值；对于灰度图像来说，通道数为1，表示灰度像素值。

4. 图像的显示和保存读取图像文件后，可以使用cv2.imshow函数显示图像，也可以使用cv2.imwrite函数将图像保存为其他格式的文件。

在显示图像时，需要创建一个窗口，并指定显示的位置和大小；在保存图像时，需要指定保存的文件路径和格式。

5. 错误处理在使用cv2.read函数读取图像文件时，可能会出现文件不存在、格式不支持等错误。

在使用该函数时，需要进行错误处理，可以通过捕获异常或检查返回值来处理可能的错误情况。

cv2.read返回的frame格式是一个包含布尔值和图像像素矩阵的元组，通过对图像像素矩阵的处理，可以实现对图像文件的读取、显示和保存等操作。

在使用cv2.read函数时，需要注意对读取结果进行错误处理，以确保程序的稳定性和可靠性。

CV2作为一个功能强大的计算机视觉库，为图像处理和计算机视觉任务提供了丰富的工具和函数，能够满足各种需求。

CR和DR成像技术

CR和DR成像技术前言在射线无损检测中，数字化X射线照相检测（Digital Radiography，简称DR）已经越来越多地获得应用。

数字化X射线照相检测技术基本上有三种分类方式：1.按读出方式分类读出方式是指从X射线曝光到图像的显示过程，可以分为直接读出(Direct Readout)方式和非直接读出(Nondirect Readout)方式。

直接读出方式是指从X射线曝光到图像显示的全过程自动完成，经过X射线曝光后，即可在显示器上观察到图像。

这一技术称为DDR，其中D的含义即为直接读出(Direct Readout)。

非直接读出方式需要首先使用成像板(Imaging Plate，简称IP板)进行X射线曝光，然后将IP 板插入读出器(Reader)扫描，再在显示器上显示，这一技术称为CR(Computed Radiography)。

2.按转换方式分类可以分为直接转换方式(Direct Convert)和间接转换方式(Indirect Covert)。

直接转换方式采用的器件在经过X射线曝光后，X射线光子直接转换为电信号。

间接转换方式的器件则先要将X射线光子转变为可见光，然后再由可见光转换为电信号。

这两种转换方式的技术所采用的器件有平板检测器(Flat Pannel Detector，简称FPD)，也有采用其他器件和结构的。

当然两种方式所采用的FPD结构是不同的。

3.按工作方式分类数字化射线检测技术分为数字化透视(Digital Fluorography，简称DF或DSI，DSF，工业上又称实时成像Real-time Image)和数字化照相(Digital Radiography，简称DR)两类。

数字化透视有用影像增强器(I.I.)加摄像机采集信号和用平板检测器（FPD）采集信号两类。

数字化照相则分为直接转换方式(DDR，Direct Digital Radiography)和间接转换方式(IDR，Indirect Digital Radiography)。

硬盘SMART检测参数详解

硬盘SMART检测参数详解SMART（Self-Monitoring, Analysis and Reporting Technology）是一种嵌入在硬盘中的自我监测、分析和报告技术，用于检测硬盘的健康状况和预测可能的故障。

SMART报告显示了硬盘的各种检测参数，可以帮助用户及时采取措施以保护硬盘中的数据。

本文将详细介绍一些常见的SMART检测参数及其含义。

1. Raw Read Error Rate（原始读取错误率）：表示在从硬盘中读取数据时发生的错误次数。

数值越小越好，如果该值超过了硬盘的阈值，说明硬盘的读取性能可能有问题。

2. Spin-Up Time（启动时间）：指硬盘从静止状态启动到正常运转所需的时间。

数值越小越好，如果启动时间过长，可能是硬盘的电机出现了问题。

3. Start/Stop Count（启动/停止计数）：指硬盘启动和停止的次数。

当硬盘的启动/停止次数超过阈值时，可能表示硬盘可能发生故障。

4. Reallocated Sectors Count（重分配扇区计数）：表示硬盘因为发现一些扇区出现故障而将其重新分配给备用扇区的次数。

数值越大表示硬盘上的坏扇区越多，可能意味着硬盘的寿命已经接近尽头。

5. Seek Error Rate（寻道错误率）：表示在寻找指定数据时发生的错误次数。

数值越小越好，如果这个值过高，可能是硬盘磁头或电机出现故障。

6. Power-On Hours（通电时间）：指硬盘从上次通电以来的总工作时间。

数值越大表示硬盘使用时间越长，寿命可能越接近尽头。

7. Temperature（温度）：硬盘的温度。

高温会对硬盘的寿命造成不利影响，用户应确保硬盘处于适宜的工作温度范围内。

8. Hardware ECC Recovered（硬件ECC恢复）：表示硬盘自动纠错功能（ECC）成功恢复错误的次数。

数值越大表示纠错功能越有效。

9. Current Pending Sector Count（当前待定扇区计数）：表示硬盘当前有多少个扇区出现了错误但尚未被硬盘重新分配。

第三代测序技术原理及应用

成像定位模板位置
洗涤
合成检测
全内反射显微镜(TIRM)单色成像
Helico BioScience SMS技术
• 测序仪：HeliScope（2008年上市，$1,350,000）
• 优势：样本通量非常高，2 个流动槽可同时运行，每个流动槽有 25 个独立通道，每个通道又可以运行最多 96 个标记分子条形码的样本，这样每次运行的样本数可高达 4 800 个。把 DNA 聚合酶用逆转录酶代替还可以进行 RNA 直接测序。
Oxford Nanopore Technologies 纳米孔单分子测序技术
MinION 测序仪(2014年试用)
Lu H, Giordano F, Ning Z. Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly. Genomics, Proteomics & Bioinformatics. 2016;14(5):265-279. doi:10.1016/j.gpb.2016.05.004.
Oxford Nanopore Technologies 纳米孔单分子测序技术
• 优势：仪器构造简单使用成本低廉，因为它不需要对核苷酸进行标记，也不需要复杂的光学探测系统。能直接对 RNA 分子进行测序。同时由于它是直接检测每一个碱基的特征性电流，因而能对修饰过的碱基进行测序，这一点对于表观遗传学研究具有极高的价值。
总结
• 第三代测序有高通量、低成本、长读取长度、测序时间短等优点，并且避免了二代测序中 PCR 扩增的环节，因此减少了测序的错误率，真正的实现了单分子测序。
• 但每种测序技术仍然有许多要加以攻克的挑战，需要用酶的测序技术，如何保持酶的活性与稳定性就是一个重要的问题，如聚合酶与核酸外切酶；需要荧光标记的测序技术，怎样提高单分子信号灵敏度同时又不能把信号变成噪音增加荧光背景也是一个需要解决的事情；还有在 DNA 的固定方面如何保持 DNA 的延展性而不出现二聚体结构等问题。

临床基础检验学技术基础知识点整理

临床基础检验学技术基础知识点整理
1.实验室设备和仪器：包括离心机、自动化生化分析仪、血细胞分析仪、显微镜等常见的实验室设备和仪器的特点、使用方法和维护注意事项。

2.临床标本的采集和预处理：不同标本的采集方法和注意事项，如血液、尿液、粪便、痰液、脑脊液等标本的采集和处理过程。

3.常见的实验室技术：包括离心法、沉淀法、过滤法、融解法、染色法、电泳法等常见的实验室技术的原理和应用。

4.常见的生化指标检测：如葡萄糖、尿素、肌酐、肝功能指标、电解
质等生化指标的检测方法、临床应用和参考范围。

5.血液学检验：包括血象检查、凝血功能检查、血液病变的鉴定和分
类等。

6.免疫学检验：包括血型鉴定、抗体检测、血清学检查、感染性疾病
的免疫学检验等。

7.微生物学检验：包括细菌培养和鉴定、真菌和病毒的检测、抗生素
敏感性试验等。

8.分子生物学技术：包括PCR技术、基因测序、基因表达分析等分子
生物学技术的原理和应用。

9.质量管理和质量控制：实验室中常用的质量管理和质量控制的方法
和要求，如质控样品的制备和使用、实验室的验证和认可等。

10.临床实验室安全和卫生管理：实验室中的安全操作和规范，如个
人防护、废弃物管理、化学品储存和处理等。

以上只是临床基础检验学的一些基础知识点的整理，实际上还有很多细分的技术和方法需要学习和掌握。

在学习过程中，需要理论与实践相结合，通过实验室实践操作提高技能和诊断能力。

同时，还需要关注新技术和方法的发展，不断更新知识，提高专业水平。

检验指标的readouts

检验指标的readouts【原创实用版】目录1.检验指标的 readouts 的概述2.检验指标的 readouts 的作用3.检验指标的 readouts 的实际应用4.检验指标的 readouts 的发展前景正文一、检验指标的 readouts 的概述检验指标的 readouts，是指在实验室检验过程中，对样本进行检测后得到的数据结果。

这些结果通常用来判断被检测者身体状况，为临床诊断提供依据。

readouts 不仅包括定量检测结果，还包括定性检测结果，如阴阳性判断等。

二、检验指标的 readouts 的作用检验指标的 readouts 在医学检验中起着至关重要的作用。

首先，它们可以为医生提供关于患者健康状况的重要信息，帮助医生诊断疾病并制定治疗方案。

其次，readouts 还可以用于评估治疗效果，监测病情进展，以及判断患者预后。

三、检验指标的 readouts 的实际应用在实际应用中，检验指标的 readouts 可以帮助医生分析患者的病情。

例如，血常规检测的 readouts 可以显示患者的红细胞计数、白细胞计数和血小板计数等，这些数据可以帮助医生判断患者是否存在贫血、感染或出血等问题。

另外，生化检测的 readouts 可以提供关于患者肝功能、肾功能、血脂和血糖等方面的信息，为医生诊断和治疗疾病提供依据。

四、检验指标的 readouts 的发展前景随着科学技术的不断发展，检验指标的 readouts 也在不断更新和完善。

未来，随着检验技术的进步，readouts 将更加精确和敏感，为医生提供更多有价值的信息。

此外，随着大数据和人工智能技术的发展，对readouts 的分析和解读将更加便捷高效，有助于提高医疗服务的质量和效率。

总之，检验指标的 readouts 在医学检验中起着关键作用，为医生提供重要信息，帮助诊断和治疗疾病。

全基因组比对与变异检测技术

全基因组比对与变异检测技术全基因组比对技术是指将某个物种的全部DNA序列与已知序列进行比较，从而发现其基因变异和遗传差异。

这项技术是21世纪以来高通量和可靠性高的基因组测序技术应用的重要领域。

全基因组比对技术在生物学、医学、遗传病学、环境生态学以及演化生物学等领域具有广泛的应用前景。

本文将从技术原理、应用领域、未来发展趋势等方面探讨全基因组比对技术的相关知识。

一、技术原理全基因组比对技术的实现，需要明确的参考序列。

常用的参考序列包括：人类基因组计划 (Human Genome Project)、转录组、蛋白质序列、全基因组序列、微生物基因组、亚基因组和线粒体基因组等。

全基因组比对技术通常分为两层次：一级比对和二级比对。

一级比对：包括将目标序列分成多个小段 (read)、读入比对软件 (例如BWA、Bowtie等)、将reads与参考基因组进行比对寻找最佳匹配位置。

由于大量的甲基化杂质、噪音和多态性等因素会导致read的错误匹配，因此一级比对需要筛选带有“金标准”马尔科夫模型来纠正错误的碱基对定位。

修正后的序列被称为“比对算法”，其目的是消除杂质并减少错误比对的影响，从而提高比对的准确性。

二级比对：由于一级比对中大量的简单型和复杂型变异仍会导致错误和漏配，因此需要进行二级比对来检测小型和大型变异。

当前检测小型变异的方法主要包括 SNP 、indel、mRNA转录后修液和甲基化等。

大型变异包括反转床、插入和缺失、拉伸等。

在检测过程中，大多数软件使用的方法主要是：泊松分布算法、级联观察法、计数法等。

二、应用领域(一)医学1.基因型检测：对于许多疾病而言，人类基因型差异是其发展的关键。

全基因组比对技术可以帮助寻找这些异质性，从而进一步理解疾病的发展和途径。

例如，载病基因 (比如 BRCA1、BRCA2、TP53等) 和酶变异对癌症和心血管疾病等的患病风险有重要影响。

2.药物反应研究：当前许多化学药物在线加药，其效果和副作用的表现在很大程度上取决于药物代谢和反应途径。

对医学检验基础技术的理解

对医学检验基础技术的理解
医学检验基础技术是指在医学领域中，通过对患者的血液、尿液、体液、分泌物、组织等医学检验基础技术是指在医学领域中，通过对患者的血液、尿液、体液、分泌物、组织等生物样本进行科学检测和分析，从而为临床诊断、治疗和预防提供依据的一系列技术和方法。

这些技术包括实验室检查、影像学检查、病理学检查等。

1. 实验室检查：实验室检查是医学检验的基础，主要包括血液学、生化学、免疫学、微生物学、细胞学等方面的检测。

通过对患者生物样本的检测，可以了解患者的生理和病理状态，为临床诊断提供依据。

例如，血常规检查可以了解患者的血红蛋白、红细胞计数等指标，从而判断患者是否存在贫血等问题；生化检查可以了解患者的肝功能、肾功能等指标，从而判断患者是否存在肝脏或肾脏疾病。

2. 影像学检查：影像学检查是通过对人体内部结构和功能的成像，以便于观察和诊断疾病的一种非侵入性检查方法。

常见的影像学检查包括X线检查、超声检查、磁共振成像（MRI）、计算机断层扫描（CT）等。

通过影像学检查，医生可以观察到患者内部器官的形态、结构和功能，从而发现病变并进行诊断。

3. 病理学检查：病理学检查是通过对患者组织和细胞的形态学观察，以便于诊断疾病的一种方法。

病理学检查通常包括活检、
尸检等。

通过病理学检查，医生可以观察到患者组织和细胞的异常变化，从而确定疾病的类型、程度和范围。

总之，医学检验基础技术在医学领域具有重要地位，它为临床诊断、治疗和预防提供了重要的依据。

随着科学技术的发展，医学检验技术不断更新和完善，为人类健康事业做出了巨大贡献。

read coverage名词解释

read coverage名词解释在现代基因组学中，读取覆盖率（ReadCoverage）是一个重要的衡量指标，用于描述基因组测序数据中对基因组位置的测序读数深度。

本文将详细解释ReadCoverage的概念，阐述其重要性，并提供相关的示例进行说明。

I.ReadCoverage的定义读取覆盖率（ReadCoverage）指的是在基因组测序数据中，对特定基因组位置的测序读数深度。

也就是说，ReadCoverage代表了测序数据中对基因组上每个位置的测序序列的覆盖程度。

II.ReadCoverage的计算方法计算ReadCoverage可以使用如下公式：ReadCoverage=（对某个基因组位置的读数深度总和）/（测序数据中总的读数数目）III.ReadCoverage的重要性1.数据质量评估：ReadCoverage是评估测序数据质量的一个重要指标，可以用于检测测序深度是否足够，以及是否存在测序偏差或其他技术问题。

较高的ReadCoverage值通常表示基因组上一定的位置得到了较好的深度覆盖，有助于提高测序结果的准确性。

2.变异检测：在变异检测研究中，ReadCoverage也发挥着重要的作用。

通常，对于特定的基因组位置，较低的ReadCoverage可能意味着该位置存在变异，因为正常情况下，该位置应该有足够的测序深度覆盖。

通过分析基因组位置的ReadCoverage水平，可以检测到突变、单核苷酸多态性（SNP）等不同类型的变异。

IV.ReadCoverage的示例解释为了更好地理解ReadCoverage的概念，以下是两个示例：示例1:基因组位置A的ReadCoverage为10这意味着在测序数据中，对基因组位置A的读数深度总和是10。

具体来说，该基因组位置上的序列被读取了10次，从而构成了一个较高的ReadCoverage。

示例2:基因组位置B的ReadCoverage为2对于同样的测序数据，基因组位置B的ReadCoverage值为2。

patrol read 策略

patrol read 策略
巡逻阅读（Patrol Read）是一种用于检测和修复存储系统中潜在数据错误的策略。

这种策略通常用于RAID（冗余磁盘阵列）系统或其他类似的存储系统中。

在巡逻阅读中，存储系统会定期地扫描所有的磁盘或存储单元，以寻找潜在的数据错误或损坏。

一旦发现了这样的问题，系统就会尝试修复它们，通常是通过使用冗余数据或者重新写入受损数据的方式。

从技术角度来看，巡逻阅读可以帮助系统在数据错误发生之前就及时发现并修复问题，从而提高数据的完整性和可靠性。

这对于那些需要高度可靠性的存储系统来说尤为重要，比如企业级的数据库系统或者存储大量重要数据的服务器。

从管理角度来看，巡逻阅读也可以帮助管理员更好地了解存储系统的健康状况，及时采取必要的维护措施，以防止数据丢失或系统崩溃。

定期进行巡逻阅读可以成为存储系统维护的一部分，从而确保系统的稳定性和可靠性。

此外，巡逻阅读还可以作为一种预防性的措施，帮助系统在硬件故障或其他突发情况发生之前就发现潜在的问题。

这有助于减少
数据丢失的风险，提高系统的可用性和稳定性。

总的来说，巡逻阅读策略在技术、管理和预防性方面都具有重要意义，可以帮助存储系统保持高可靠性和稳定性。

因此，对于需要高度可靠性的存储系统来说，采用巡逻阅读策略是非常值得推荐的。

纳米孔测序获得的原始数据格式

纳米孔测序获得的原始数据格式一、引言纳米孔测序是一种新兴的高通量测序技术，其原理是利用纳米孔将DNA单分子引入，通过电流信号记录DNA的碱基序列信息。

而获得的原始数据格式则是进行数据处理和分析的基础，因此了解纳米孔测序获得的原始数据格式对于深入理解该技术具有重要意义。

二、纳米孔测序获得的原始数据格式1. fast5格式fast5格式是纳米孔测序所使用的一种原始数据格式，其包含了每个单分子读取时产生的电信号信息。

每个fast5文件包含多个层次结构，其中最重要的层次是read层次和channel层次。

read层次包含了DNA 单分子通过纳米孔时产生的电信号信息；channel层次则包含了与该单分子相关联的通道信息。

2. fastq格式fastq格式是常用于存储高通量测序数据的文件格式之一。

在纳米孔测序中，fastq文件中存储了每个单分子读取时所对应的碱基序列信息和相应质量值。

由于纳米孔测序存在较高误差率，因此fastq文件中还需要存储修正后的碱基序列信息和质量值。

3. bam格式bam格式是一种常用的序列比对结果存储格式，用于存储序列比对后的结果。

在纳米孔测序中，bam文件中存储了每个单分子读取时所对应的碱基序列信息和相应质量值，并将其与参考基因组进行比对，以得到每个单分子在参考基因组上的位置信息。

三、纳米孔测序获得的原始数据格式的应用1. fast5格式在信号处理和特征提取中的应用fast5文件中包含了每个单分子读取时产生的电信号信息，因此可以通过信号处理算法提取出各种特征信息，如电流振幅、峰值、持续时间等。

这些特征信息可以用于进一步研究DNA单分子的结构和功能。

2. fastq格式在序列拼接和变异检测中的应用由于纳米孔测序存在较高误差率，因此需要进行错误校正和拼接操作。

fastq文件中存储了每个单分子读取时所对应的碱基序列信息和相应质量值，这些信息可以被用来进行错误校正和拼接操作。

同时，在变异检测方面，fastq文件也是常用于检测样本间差异的基础数据格式。

如何读懂磁盘检测之S、M、A、R、T教程

如何读懂磁盘检测之S.M.A.R.T教程S.M.A.R.T.（自监测、分析、报告技术）：这是现在硬盘普遍采用的数据安全技术，在硬盘工作的时候监测系统对电机、电路、磁盘、磁头的状态进行分析，当有异常发生的时候就会发出警告，有的还会自动降速并备份数据。

早在上个世纪九十年代，人们就意识到数据的宝贵性胜于硬盘自身价值，渴望有种技术能对硬盘故障进行预测并实现相对安全的数据保护，因此S.M.A.R.T技术应运而生。

对于不少用户，特别是商业用户而言，一次普通的硬盘故障便足以造成灾难性后果，所以时至今日，S.M.A.R.T技术仍为我们所用。

S.M.A.R.T信息保留在硬盘的系统保留区（service area）也叫固件区内，这个区域一般位于硬盘0物理柱面的最前面几十个物理磁道，由厂商写入相关内部管理程序。

系统保留区除了S.M.A.R.T信息表外还包括低级格式化程序、加密解密程序、自监控程序、自动修复程序等。

监测软件通过一个名为“SMART RETURN STATUS”的命令(命令代码为：B0h)对S.M.A.R.T信息进行读取，且不允许最终用户对信息进行修改。

在硬盘以及操作系统都支持S.M.A.R.T.技术并且该技术默认开启的的情况下，在不良状态出现时S.M.A.R.T.技术能够在屏幕上显示英文警告信息：“WARNING：IMMEDIATLY BACKUP YOUR DATA AND REPLACE YO UR HARD DISK DRIVE，A FAILURE MAY BE IMMINENT．”（警告：立刻备份你的数据同时更换硬盘驱动器，可能有错误出现。

）1、SMART数据分析：例如用任意软件查看硬盘的SMART结果如下：S.M.A.R.T检测参数分为7列，分别是ID检测代码、属性描述、属性值、最大错误值、阈值、实际值和属性状态。

2、ID检测代码（ID）ID检测代码不是唯一的，厂商可以根据需要，使用不同的ID 代码或根据检测参数的多少增减ID代码的数量。