第四章蛋白质的共价结构

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三字母符号时,氨基酸之间用连字符(-)或(· )隔开。
• 一级结构的全部内容包括: 多肽链数目、氨基酸组成、氨基酸顺序、连接方式、 二硫键的数目和位置、非氨基酸成分等
自1953年Sanger F.报道了牛胰岛素两条多肽链 的氨基酸序列以来,已有100,000多个不同蛋白质 的氨基酸序列被测定(简称蛋白质测序)。
蛋白质的一级结构研究
研究一级结构需要阐明的内容: • 1)蛋白质分子的多肽链数目。 • 2)每条肽链的末端残基种类。 • 3)每条肽链的氨基酸顺序。 • 4)链内或链间二硫键的配置等。
测定蛋白质的一级结构的主要意义: • 一级结构是研究高级结构的基础。 • 可以从分子水平阐明蛋白质的结构与功能的关系。 • 可以为生物进化理论提供依据。 • 可以为人工合成蛋白质提供参考顺序。
CH C
N
CH COO -
O
Peptide bond
* 两分子氨基酸缩合形成二肽,三分子氨基酸 缩合则形成三肽……
* 由二十个以内氨基酸相连而成的肽称为寡肽 (oligopeptide),由更多的氨基酸相连形成的 肽称多肽(polypeptide)。
* 肽链中的氨基酸分子因为脱水缩合而基团不全, 被称为氨基酸残基(residue)。
R2 O
R3 O
H2N CH C HN CH C HN CH C
N端
氨基酸残基 氨基酸残基
肽链书写方式:N端→C端 肽链有链状、环状和分支状。
Rn O HN CH COH
C端
命名:根据氨基酸组成,由N端→C端命名
O
O
H3C CH C HN CH2 C HN CH COOH
NH2
CH2
CH H3C CH3
蛋白质的一级结构是指蛋 白质多肽链中氨基酸的排 列顺序,包括二硫键的位 置。其中最重要的是多肽 链的氨基酸顺序,它是蛋 白质生物功能的基础。
维系蛋白质一级结构的 主要化学键是肽键。
氨基酸序列是蛋白质分子结构的基础,它决定蛋白 质的高级结构。一级结构可用氨基酸的三字母符号 或单字母符号表示,从N-末端向C-末端书写。采用
在测定一个蛋白质的结构以前,首先必须保证 被测蛋白质的纯度,使结果准确可靠。其次要了解 它的分子量和亚基数,按照其亚基数将蛋白质分成 几个多肽链。
1、蛋白质的纯度鉴定
要求纯度在97%以上,均一。主要鉴定方法: ⑴ 聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE),要求单一条带; ⑵ DNS—Cl(二甲氨基萘磺酰氯)法测N端氨基酸,
第四章 蛋白质的共价结构
• 蛋白质是氨基酸首尾相连而成的共价多肽链,是具有 特定分子结构的高分子化合物。
• 蛋白质的分子结构可人为地划分为一、二、三、四级 结构。除一级结构外,蛋白质的二、三、四级结构均 属于空间结构,即构象。
• 构象是由于有机分子中单键的旋转所形成的。蛋白质 的构象通常由非共价键(次级键)来维系。
肽平面(peptide plane):由于肽键不能自由旋转,形成肽 键的4个原子(C、O、N、H)和与之相连的2个α-碳原 子共处在1个平面上,形成肽平面,也称酰胺平面。
O 0.123nm
Cα C
0.153nm
CN
0.133nm
0.147nm
N

H
反式构型肽键
六个原子在同一平面上 前后两个a-C原子在对角(trans)
构的破坏作用。
3.多肽抗菌素
4.多肽激素
5.神经肽
如脑啡肽 (enkephalin)
甲硫氨酸脑啡肽 Tyr–Gly–Gly–phe- Met
亮氨酸脑啡肽
Tyr-Gly-Gly-phe-Leu
功能:强烈镇痛物质
二、蛋白质的一级结构
举例:胰岛素的一级结构
insulin
• 胰岛素(Insulin)由51个氨基酸残基组成,分为 A、B两条链。A链21个氨基酸残基,B链30个氨 基酸残基。A、B两条链之间通过两个二硫键联 结在一起,A链另有一个链内二硫键。
蛋白质的一级结构研究
一级结构研究史上的两个第一:
♣1954年英国生化学家Sanger报道了胰岛素的一级结 构,是世界上第一例确定一级结构的蛋白质。Sanger 由此获1958年Nobel化学奖。 ♣1965年我国科学家完成了结晶牛胰岛素的合成,是世 界上第一例人工合成蛋白质。
蛋白质的一级结构
——指其初级结构、基本化学结构或共价结构
1.肌肽和鹅肌肽
肌肽(carnosine):β-Ala-His 鹅肌肽(anserine):β-Ala-1-Me-His
2.谷胱甘肽(glutathione,GSH)
谷胱甘肽(Glu—Cys—Gly)简写为GSH,全称为 γ-谷氨酰半胱氨酰甘氨酸。其巯基可被氧化、还 原,故有还原型(GSH)与氧化型(GSSG)两种存 在形式。
蛋白质的一级结构指多肽链中氨基酸的排列顺序。 主要的化学键:肽键,有些蛋白质还包括二硫键。
蛋白质的二级结构:多肽链在一级结构的基础上,按照 一定的方式通过氢键有规则的α-螺旋或β-折叠等元件。
蛋白质的三级结构:整个多肽链在二级结构、超二级结 构和结构域的基础上,借助非共价力相互作用,进一步 盘曲折叠形成的特定的整个空间结构。
构象(conformation):是用来表示一个分子中一切原 子沿共价单键转动而产生的不同空间排列,这种构象的 改变会牵涉到氢键的形成和破坏,但不致使共价键被破 坏。
构型(configuration):是指在一个化合物分子中各原 子特有的固定的空间排列,从而使该分子所具有的特定 的立体化学形式。这种排列的改变会牵涉到共价键的形 成和破坏,但与氢键无关。例如单糖的α-和β-型、 氨基酸的D-和L-型,都是构型。
蛋白质的分子结构包括:
初级结构 一级结构(primary structure) (共价结构)
二级结构(secondary structure) 三级结构(tertiary structure)
高级结构 (空间结构)
四级结构(quaternary structure)
在二级结构和三级结构之间还有另一些 层次,如超二级结构和结构域。
的pK略大于氨基酸中的pK值,pK1↑。N端-NH+3的pK略小 于氨基酸中的pK值,pK2↓。R基的pK变化不大。
肽的等电点:肽所带净电荷为“零”时,溶液的pH值。
例:已知末端α-COOH,pK3.6,末端α-NH3+pK8.0 εNH+3pK10.6。计算Ala-Ala-Lys-Ala的等电点。
丙氨酰甘氨酰亮氨酸 Ala-Gly-Leu (or Ala•Gly•Leu)
注意: 有时会看到一些奇怪的写法,比如: NH2-Ala-Gly-Phe-COOH,或H-Ala-Gly-Phe-OH, 均属于画蛇添足。 但Ala-Gly-Phe-NH2则表示C端被酰胺化了。 若有必要从C端→N端写,则必须标明,如(C)PheGly–Ala(N)
三、蛋白质测序
(一)蛋白质测序的基本策略
对于一个纯蛋白质,理想的方法是从N端直接测至C 端,但目前一次只能连续测60个左右N端氨基酸。
1、直接法(测蛋白质的氨基酸序列):用酶和特
异性试剂直接作用于蛋白质而测定出氨基酸顺序。
条件:测定蛋白质的一级结构,要求样品必须是均一 的(纯度大于97%)而且是已知分子量的蛋白质。
*多肽链中氨基酸残基的排列顺序称为氨基酸序列。
* 多肽链(polypeptide chain)是指许多氨基 酸之间以肽键连接而成的一种结构。
多肽链有两端: N 末端:多肽链中有游离氨基的一端 C 末端:多肽链中有游离羧基的一端
N末端
C末端
牛核糖核酸酶
氨基酸之间通过肽键连接形成的链称为肽链。
R1 O
2.肽的化学性质
肽的化学性质与氨基酸相似,如两性解离、等电点、 茚三酮反应、 Sanger反应、丹磺酰氯(DNS)反应和 Edman反应等,但肽有与氨基酸不同的特殊反应。
(1)双缩脲反应
----凡是有肽键结构的化合物都会发生双缩脲反应,可用于 定量分析。(双缩脲(NH2-CO-NH-CO-NH2)在碱性溶液中可 与铜离子产生紫红色的络合物 )
参 与 肽 键 的 6 个 原 子 Cα1 、 C、O、N、H、Cα2位于同一平 面 , Cα1 和 Cα2 在 平 面 上 所 处 的 位 置 为 反 式 (trans) 构 型 , 此 同
一平面上的6个原子构成了所谓
的肽单位 (peptide unit) 。
肽单位是肽链主链上的重复结构(由CO-NH原子 组成的结构单位)。实际上每个肽单位就是一个 肽平面。
血红蛋白结构的组织层次
蛋白质结构的主要层次
一、肽(peptide)
(一)肽的结构和命名
1
R
2
HR
+ H3N
CH C OH + H
N
CH COO -
肽:一个氨基酸的α-
O
羧基和另一个氨基酸的 α-氨基脱水缩合而成 的化合物。氨基酸之间 脱水后形成的键称肽键 (酰胺键)。
H2O
R1
H R2
+ H3N
NH+3 P COOH
NH+3(ε) P++
pK 3.6
NH+3 -
P COO
NH+3(ε)
-+
P+
pK 8.0
NH2 P COO-
NH+3(ε)
P+-
pK 10.6
NH2 P COO-
NH2(ε)
P-
pI=(8.0+10.6) /2 =9.3
又如:谷胱甘肽,Glu-Cys-Gly,其结构见下,注意GluCys之间的肽键(γ-,而不是正常的α-),查阅各解离基团 的PK’值,PI=(2.13+2.34)/2=2.235,酸性很强。
两种以上特异性裂解法:
N
C
A 法裂解 A1 A2 A3 A4
B 法裂解 B1 B2 B3 B4
2、间接法(测核苷酸序列推导氨基酸序列)
通过测定蛋白质之基因的核苷酸顺序,用遗传密码来 推断氨基酸的顺序。(因为核苷酸的测序比蛋白质的测 序工作要更方便、更准确)
优点:快速,不需纯化蛋白质。 缺点:无法确定修饰的氨基酸以及二硫键等。
肽键有部分双键性质
肽键由于共振而具有部分双键性质,因此: 1) 肽键比一般C-N键短,且不能自由旋转 2) 肽键原子及相邻的a碳原子组成肽平面 3) 相邻的a碳原子呈反式构型(Pro除外)
肽键比一般C-N键短
肽键为一平面
相邻的α碳原子呈反式构型
肽单位(peptide unit)
C -N具部分双键性质, 绕键旋转的能障较高。
(二)蛋白质测序的一般步骤
z 直接法:
(1) 测定蛋白质分子中多肽链的数目 (2) 拆分蛋白质分子中的多肽链 (3) 断裂多肽链内的二硫键 (4) 分析每一多肽链的氨基酸组成 (5) 鉴定多肽链的N末端和C末端残基 (6) 多肽链部分裂解成肽段 (7) 测定各个肽段的氨基酸顺序 (8) 片段重叠法重建完整肽链的一级结构 (9) 确定多肽链中二硫键的位置
多肽链的主链可看成是被Ca隔开的许多平面组成的。
O
HR
H
O
R
H
H
N端
C
Ca
N
Ca
N
C
Ca
C
Ca
N
C端
N
C
Ca
H
H
O
R
H
O
肽结构
¾ 多肽链有方向性,N端为头,C端为尾!
(二)肽的理化性质
1.两性解离与等电点 肽与氨基酸一样具有酸、碱性质,它的解离主要取
决于肽链的末端氨基、末端羧基和侧链R基。
由于肽中N端自由氨基和C端自由羧基之间的距离比氨基 酸中的大,因此它们之间的静电引力较弱。肽中C端-COOH
H2O2 2H2O
2GSH
GSH过氧 化物酶
GSSG
NADP+
GSH还原酶
NADPH+H+
谷胱甘肽的生理作用:
• 解毒作用:与毒物或药物结合,消除其毒性作用; • 参与氧化还原反应:作为重要的还原剂,参与体内多
种氧化还原反应; • 保护巯基酶的活性:使巯基酶的活性基团-SH维持还
原状态; • 维持红细胞膜结构的稳定:消除氧化剂对红细胞膜结
此反应是肽和蛋白质特有的反应,游离氨基酸无此反应。
双缩脲反应:
NH2 CO
NH2
加热
NH2
CO
NH2
NH2 CO
NH CO
NH2
Hale Waihona Puke + NH3↑双缩脲 + 碱性CuSO4溶液
紫(红)色
(2)肽键的紫外吸收 210~230nm
(三)天然存在的活性肽
活性肽(active peptide):分子量比较小的多肽 以游离状态存在。这类多肽通常都具有特殊的生 理功能。 如:脑啡肽;激素类多肽;抗生素类多肽;谷胱 甘肽;蛇毒多肽等。
蛋白质的四级结构:二个或二个以上具有独立的三级 结构的多肽链(亚基),彼此借次级键相连,形成一定 的空间结构。
血红蛋白结构的组织层次
一级结构 (primary structure)
二级结构 (secondary structure)
三级结构 (tertiary structure)
四级结构 (quaternary structure)
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