H1N2亚型猪流感病毒HA、NP、NA、M和NS基因的克隆与序列分析

文献标识码：Λ
文章编号：0366-6964（2009）02-0221-07
C loning and Sequence Analysis of the HA ，N P , N A , M and NS Genes of H 1 N2 Swine Influenza Viruses
M E N G Xue-qiong1 , C H E N Yi-xiang2* ,LIU Qi2, ZH E N G Min2, SH I Kai-chuang, H U Jie2 （1. C ollege of Animal Science and Technology ,G uangxi University , N anning 530005,C hina;2. G uangxi Center for Anim al Disease Control and Prevention,N anning 530001,C hina）
A bstract:In this study,the HA , N P , N A , M and NS genes of three isolates of H1N 2 swine influenza viruses(SIV ) w ere cloned and sequenced. Sequence comparisons revealed that three isolates share a higher degree of similarity. G enetic analysis dem onstrated that three isolates were closely related to the United States triple reassortant H1N 2 SIV isolate. In the H A ,N P ,M and N S genes phylogenetic trees,three isolates clustered with classical H1N 1 SIV . While in the NA gene tree,isolates clustered with hum an influenza viruses. C om parisons of deduced amino acid sequences of HA and NA of the 3 isolates with the representative viruses A/swine/M aryland/ 23239/1991 ( H 1N 1) and A/Buenos Aires/4459/96 ( H 3N 2) revealed that they shared 95.4% 96.1% （H A ) and 96.6% -97.2% （N A ) am ino acid similarities,respectively. A m ino acid substitutions were detected at previously defined glycosylation sites,antigenic sites and receptor binding sites of the HA or NA proteins. T he effects of isolates owing to these amino acid substitutions on biological characterization are unknow n.
猪流感病毒（Swine influenza virus,SIV）基因 组由大小不等的8个独立片段组成，片段4、5、6、7 和8分别编码血凝素（HA）、核蛋白（NP）、神经氨酸 酶（NA）、基质蛋白（M）和非结构蛋白（NS），其中片 段4和6的变异率比较高[1-2]。HA和NA蛋白是 流感病毒2个重要的表面糖蛋白，在毒力、宿主特异 性和免疫应答方面都有重要的作用[1-2]。虽然近年 来发生了流感病毒跨物种由禽传给人的事件，但流 感病毒一般具有宿主限制性[3]。猪呼吸道上皮细胞 表面既有禽流感病毒的受体唾液酸α-2,3-半乳糖苷 （SAα2,3Gal），又有人流感病毒的受体唾液酸α-2, 6-半乳糖苷（SAα2,6Gal），所以禽流感病毒和人流 感病毒均可感染猪，猪被认为是人、禽和/或猪流感 病毒通过基因重排产生新的亚型流感病毒的混合 器[4]。自然条件下经常发生禽和人流感病毒传染给 猪的事件[5-6]。自1976年以来已有多起SIV传染 给人并引起发病甚至死亡的报道[7]。目前，许多国 家分离到H1N2亚型SIV，但其基因来源并不相同， 具有遗传多样性。如：英国1994年分离的H1N2 亚型SIV的HA基因来源于1980年人群中的 H1N1，NA基因来源于类猪H3N2亚型，其它6个 内部基因来源于类禽的H1N1流感病毒[8]。19992001年美国[9-10]分离的H1N2 SIV，其HA、M、NP 和NS基因来自古典H1N1 SIV，NA和PB1基因 来自于人H3N2流感病毒，PB2和PA基因来自禽 流感病毒，这种病毒最近又传播到了韩国的猪群。 研究表明我国猪群中流行的SIV主要是古典H1N1 SIV和类人的H3N2流感病毒[11-12]。中国南方地 区被认为是世界流感暴发的疫源地，具有独特的生 态、地理和气候条件，为产生新的基因重排病毒创造 了条件。在本研究中，作者对2005-2006年从广西 和海南省分离到的3株H1N2亚型SIV（Sw/GX/ 17/05，Sw/HN/1/05和Sw/GX/13/06）的HA、 NP、NA、M和NS基因进行了克隆和序列分析。
收稿日期：2008-03-18 作者简介：蒙雪琼（1982-），女，壮族，广西百色人，硕士生，主要从事分子病毒学研究，E-m ail:ukdream @ * 通讯作者：陈义祥，E-mail:yche502@
Key words:H1N2 swine influenza virus;HA gene; NP gene; NA gene;M gene NS gene cloning; sequence analysis
（95.4%～96.1%）和NΛ（96.6% ～97.2%）具有较高的氨基酸同源性；糖基化位点、抗原位点和受体结合位点
（HΛ）处氨基酸存在一定的差异，这些氨基酸差异对病毒生物学特性的影响有待于进一步研究。
关键词：H1N2亚型SIV；HΛ基因；NP基因；NΛ基因；M 基因；NS基因；克隆；序列分析
中图分类号：s852.659.5
H1N2亚型猪流感病毒HA、NP、NA、M和 NS基因的克隆与序列分析
蒙雪琼1，陈义祥2*，刘棋2，郑敏2，施开创2，胡杰2
（1.广西大学动物科学技术学院，南宁 530005; 2.广西动物疫病预防控制中心，南宁 530001）
摘 要：对3株H1N2亚型猪流感病毒（SIV）：Sw/GX/17/05、Sw/HN/1/05和Sw/GX/13/06的血凝素（HΛ）、核
蛋白（N P）、神经氨ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ酶（NΛ）、基质蛋白（M ）和非结构蛋白（N S）基因进行克隆和序列分析。结果显示：3株分离毒
株HΛ、NP、NΛ、M 和N S 基因之间核苷酸同源性分别为91.3% ～98.o% 、98.4% ～98.8% 、97.4% ～98.3% 、
98.8%～99.8%和98.1% ～98.4% 。遗传进化分析显示：分离毒株与美国分离的三源基因重排H1N2 SIV 具有较
近的亲缘关系；在HΛ、NP、M 和NS基因进化树中，3株分离毒株均位于古典H1N1亚型SIV 群，在NΛ基因进化
树中，3株分离毒株则位于人流感病毒群。HΛ和NΛ基因推导氨基酸序列分别与代表毒株古典H 1N1 SIV Λ/
swine/M aryland/23239/1991（H1N1）和人H 3N2流感病毒Λ/Buenos Λires/4459/96（H3N2）比较分析显示：HΛ