用PhyML构建系统发育树
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S选项设置为SPR后出现R选项，更改为Yes
进入Menu：Branch Support界面
对构建的系统发育树进行统计分析，也相当重要。 A：表示用本软件自已的3个方法对结果进行统计分析（速度较 快，但应用不广）（不推荐用） B：bootstrap分析，应用最广，相当费时，但可以接受，一般 设置为100次。
Proportion of
invariable sites (fixed/estimated)默 认为0. The gamma shape
parameter can be
fixed by the user or
estimated via
maximum-likelihood.
这一步设置进化模型。 可直接提供数种模型，每一个模型均代 表一种碱基替代类型。除GTR外，其它模型均可设置其中的具 体参数。同时还可以自已订置替代模型。其中自己订置替代模 型一般为通过获得的最佳模型。
用PhyML构建系统发 育树
PhyML简介
• PhyML是采用最大似然法估计核苷酸或氨基 酸序列系统发生分析的软件。
PhyML 3.0: new algorithms, methods and utilities
PhyML可以在线使用了
PhyML分析序列步骤
• 一、输入的序列格式要求 • 二、PhyML中各项参数的设置及程序的运行 • 三、结果解释
0.1
Treeview软件下载：
USDA110 15640 15644 15732 15653 15662
15647 15658
谢谢！
根据获得的最佳模型中的数据修改
Substitution model 最终设置好示意图
进入Menu：Tree Searching界面
是否优化树的结构，选Yes 起始树的类型，有三种，选默认
最优树的寻找方法的设置，有三种：NNI（最省时），SPR（最 费时，但最能反应种的关系），BEST（上面两者的平衡），这 个设置我们选SPR
Menu：Branch Support选项设置完成
设置好后，输入Y，开始构建系统发育树。
系统发育树构建完成后文件夹内会多出以下文件。用TreeView 软件打开trees文件查看系统发育树
我自己的运行结果 文件如右图，说明 见下：
Treeview软件中打开生成的树，如下：
22 j16
118 215
应的GTR+I中没有alpha值。 • 对于其中的各参数的设置意义，见说明书。
数据输入
进入Menu ：Input Data界面
此选项为序列信息：包括DNA或蛋白序列以有序列为交互或 连续（？）。不用设置，输入+进入下一个menu
进入Menu ：Substitution model界面
Ts/tv ratio （fixed/estimated） 只在K80, HKY85 or TN93 models中选择 才有意义。
根据软件选择出的最佳模型，需要自己定制进化模型， 键入M多次将选项改为custom
Custom详细设置说明
这个选项为是否优化各碱基的比率，可以选是也可选否，影响 不大
这个选项为自己设置或让程序自己估计碱基的比率，一般可以 自己根据获得的最佳模型修改。以下为自己设置的方法及结果， 先键入E，然后根据AIC标准选择模型提供的碱基比例依次键入。
一、输入的序列格式要求
• 要求为phylip格式，扩展名为“.phy”。序列可通过软件 ClusterX或网页直接生成。将fasta格式的文件直接拷贝到
• 有两种序列展示方式，一种为交互式的，即interleaved，另一种为顺序式的，即
s网equ页ent上ial。，如即下图能。形一定成要。注意网。址因为为后：面的，PhyML设置中，需要这一项参数设置。
四个碱基比例键入后，E选项变为user defined
键入K，设置进化模型，为自己定制的模型起名字
根据modeltest结果依次键入碱基替代模型
自定义碱基替代模型成功
这一步设置可变位点的比例。
这一步设置碱基替代的类别数，默认为4，最佳一般为6
*这一步为设置是否优化替代参数，自己订置一定要选为no,否 则最终替代参数会与设置的有差异。
二、PhyML中各项参数的设置及程序的运行
• 有四大步，进行参数的设置。如下。其中 Input Data的格式要求做时，先用 jModelTest算出最佳替代模型，如GTR+I。
• 其它的参数设置见下，并做相应的调整。 • 只是其中的alpha不知道是怎么得来的。jModelTest中，相
进入Menu：Branch Support界面
对构建的系统发育树进行统计分析，也相当重要。 A：表示用本软件自已的3个方法对结果进行统计分析（速度较 快，但应用不广）（不推荐用） B：bootstrap分析，应用最广，相当费时，但可以接受，一般 设置为100次。
Proportion of
invariable sites (fixed/estimated)默 认为0. The gamma shape
parameter can be
fixed by the user or
estimated via
maximum-likelihood.
这一步设置进化模型。 可直接提供数种模型，每一个模型均代 表一种碱基替代类型。除GTR外，其它模型均可设置其中的具 体参数。同时还可以自已订置替代模型。其中自己订置替代模 型一般为通过获得的最佳模型。
用PhyML构建系统发 育树
PhyML简介
• PhyML是采用最大似然法估计核苷酸或氨基 酸序列系统发生分析的软件。
PhyML 3.0: new algorithms, methods and utilities
PhyML可以在线使用了
PhyML分析序列步骤
• 一、输入的序列格式要求 • 二、PhyML中各项参数的设置及程序的运行 • 三、结果解释
0.1
Treeview软件下载：
USDA110 15640 15644 15732 15653 15662
15647 15658
谢谢！
根据获得的最佳模型中的数据修改
Substitution model 最终设置好示意图
进入Menu：Tree Searching界面
是否优化树的结构，选Yes 起始树的类型，有三种，选默认
最优树的寻找方法的设置，有三种：NNI（最省时），SPR（最 费时，但最能反应种的关系），BEST（上面两者的平衡），这 个设置我们选SPR
Menu：Branch Support选项设置完成
设置好后，输入Y，开始构建系统发育树。
系统发育树构建完成后文件夹内会多出以下文件。用TreeView 软件打开trees文件查看系统发育树
我自己的运行结果 文件如右图，说明 见下：
Treeview软件中打开生成的树，如下：
22 j16
118 215
应的GTR+I中没有alpha值。 • 对于其中的各参数的设置意义，见说明书。
数据输入
进入Menu ：Input Data界面
此选项为序列信息：包括DNA或蛋白序列以有序列为交互或 连续（？）。不用设置，输入+进入下一个menu
进入Menu ：Substitution model界面
Ts/tv ratio （fixed/estimated） 只在K80, HKY85 or TN93 models中选择 才有意义。
根据软件选择出的最佳模型，需要自己定制进化模型， 键入M多次将选项改为custom
Custom详细设置说明
这个选项为是否优化各碱基的比率，可以选是也可选否，影响 不大
这个选项为自己设置或让程序自己估计碱基的比率，一般可以 自己根据获得的最佳模型修改。以下为自己设置的方法及结果， 先键入E，然后根据AIC标准选择模型提供的碱基比例依次键入。
一、输入的序列格式要求
• 要求为phylip格式，扩展名为“.phy”。序列可通过软件 ClusterX或网页直接生成。将fasta格式的文件直接拷贝到
• 有两种序列展示方式，一种为交互式的，即interleaved，另一种为顺序式的，即
s网equ页ent上ial。，如即下图能。形一定成要。注意网。址因为为后：面的，PhyML设置中，需要这一项参数设置。
四个碱基比例键入后，E选项变为user defined
键入K，设置进化模型，为自己定制的模型起名字
根据modeltest结果依次键入碱基替代模型
自定义碱基替代模型成功
这一步设置可变位点的比例。
这一步设置碱基替代的类别数，默认为4，最佳一般为6
*这一步为设置是否优化替代参数，自己订置一定要选为no,否 则最终替代参数会与设置的有差异。
二、PhyML中各项参数的设置及程序的运行
• 有四大步，进行参数的设置。如下。其中 Input Data的格式要求做时，先用 jModelTest算出最佳替代模型，如GTR+I。
• 其它的参数设置见下，并做相应的调整。 • 只是其中的alpha不知道是怎么得来的。jModelTest中，相