高分辨基因分型的临床详解演示文稿

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用探针法进行基因分型的方法

用非标记探针、遮蔽技术及高分辨率熔解扩增子分析对RET原癌基因进行基因分型RET原癌基因单个碱基的突变可以引发多发性内分泌腺瘤2型。

RET突变传统的基因分型方法是外显子测序。

一种闭管操作的基因分型方法已经成熟，此方法用的是一种饱和DNA 染料，非标记探针及高分辨率熔解扩增子分析。

此方法需要两个连续的聚合酶链式反应阶段，主要的和第二次实验。

主要的实验共用7个反应和8个非标记探针分析RET基因外显子10、11、13、14和16 。

主要实验基因分型了野生型外显子，外显子13普通的多态性，外显子16的一个突变及其它检测到的序列变化。

主要非标记探针数据限制检测到的RET基因序列突变的基因分型，这些突变位点的基因分型在第二次实验的2-5个反应中进行。

设计6条探针，所用方法是：用遮蔽技术和遮蔽选择的序列变化使探针下其它位置的突变的分析变得明确。

这两步RET基因分型之后，少于实验0.2%的外显子需要测序确定基因型。

对5个野生型和29个可用的RET序列突变样品（与测序结果100%一致）做盲研究。

用非标记探针和遮蔽技术进行高分辨率熔解分析是快速、精确的基因分型方法，>50的RET序列突变可以进行基因分型。

多发性内分泌腺瘤2型（MEN2）综合症，MEN2A，MEN2B及家族性甲状腺髓样癌由生殖细胞系RET基因外显子10、11、13和16的突变引发。

MEN2综合症是常染色体显性秩序失调引起的高生命危险的甲状腺癌。

RET突变的遗传学检测可以确认处于甲状腺癌危险中但是没有爆发癌症的病人，此时切除甲状腺可以增加存活的机率。

之前有许多实验方法检测或基因分型RET突变，比如说单链构象多态性，变性梯度凝胶电泳，温度梯度毛细管电泳，限制性内切酶消化PCR产物，焦磷酸测序，荧光标记杂交探针及微卫星。

但是，这些方法中的大多数需要PCR反应之后的操作来检测突变。

其中一些方法报道突变检测的敏感性为95%或少于95%，或者仅实验了RET突变样品的一小部分。

高分辨率熔解曲线分析法之Snakback基因分型法

高分辨率熔解曲线分析法之Snakback基因分型法背景：DNA的发夹结构作为自身探针扩增用于PCR产物的分子分析。

在这之前实体分离或共价修饰的寡核苷酸荧光是必须的。

方法：我们用饱和染料LC Green做不对称PCR，40-45个循环，其中1条引物的5’端包括了一条尾巴，这条尾巴和其延伸引物互补，但这尾巴没有任何特别的共价修饰。

样品可以在LightsCycler的转子中快速的扩增，可以在96/384 模块加热PCR仪中进行高通量的扩增。

除了扩增扩增子的双链，通过引物尾巴的“弹回”及其延伸引物的杂交形成单链发夹结构。

在HR-1（毛细管）或Lightscanner（96/384孔板）上运行高分辨率熔解曲线。

结果：用弹回引物扩增的PCR产物在低温处显示两个发夹结构熔解峰，在高温处显示全部扩增子的熔解峰。

发夹结构的熔解温度与其长度（6-28bp）是线性相关，与环的大小成负相关。

我们可以轻松的将杂合突变和纯合突变进行基因分型。

用弹回探针对100个未知基因型的临床样本的F5 1691G>A进行基因分型，与之前的分型结果一致。

我们用2条弹回引物做不对称PCR，分析CFTR基因外显子10的2个范围，通过稀释产物形成分子内部杂合子进行基因分型，分出7种不同的基因型。

结论：弹回引物结合饱和染料基因分型的方法在闭管体系中，只用2条引物便可以提供一条特异的探针，此探针没有特殊的共价修饰。

在分子诊断学中，DNA的发夹结构是非常有用的工具，包括stem-loop探针和self-probing扩增。

stem-loop探针通常叫做“分子信标”，是一段共价修饰的核苷酸，一端末尾是荧光基团，另一端末尾是淬火剂。

self-probing扩增用于弹回单链构想多态性（SSCP）和蝎子引物。

弹回单链构想多态性SSCP逐渐用于在PCR产物中人工引入二级结构进行SSCP分析。

依赖于扩增序列，与引物尾巴互补的8-11bp序列弹回至其延伸产物上，形成了单链发夹结构，虽然弹回SSCP的引物没有共价修饰，电泳已经足够分离发夹结构。

高分辨染色体的识别

8号染色体着丝粒分化为p11.1和q11.1带。平头整齐而浓染的p23.2 深带是识别8号染色体短臂的一大特征。这也是它与7号和9号染色体短臂相区别的极重要的特征。短臂上有12.3、 21.2、22、23.2，4条明显的深带，长臂上各深带分布较均匀。
9号染色体着丝粒紧邻p12带。短臂中部可见21.1、23两条明显而浓染的深带。长臂可见分别由 21.11、21.13、 21.31、21.33，以及31.1、31.3、33.1、 33.3所组成的两个深带群。这也是它与8 号和10号染色体相鉴别的主要特征。
1号染色体 p12带浓染， q12带分化为12.1、12.3两条浓染的深带，着丝粒浓染。短臂远端分化出36.21、 36.23两条浓染的伸带。这是区别长短臂的主要特征，长臂近侧段可见由12.1、 12.3、21.21、21.23、 22.1、22.3、24.1、24.3所组成排列整齐的8条深带，其远侧段可见由31.1、31.3、 41、43所组成的3个明显的深带阶段。
3号染色体着丝粒分化为p11.1和 q11.1。在短臂上可见由14.1、 14.31、14.33，3条带和22.1、 22.3、24.1、24.3，4条带所组成的两个深带群，其间由淡染的21.1、 21.2和21.31、21.32、21.33所组成的节段相隔，它是区别长短臂的一个重要特征。长臂上有13.11、 13.13、13.31、13.33、21.2、 22.1、22.3、24、25.2、26.1、 26.31、26.33、27.2、28带共14 条较均匀分布的深带，其末端平头整齐并封底的29.2淡染深带也是区别3号染色体及其长短臂的一个可借鉴的特征。
11号染色体着丝粒分化为p11.1和q11 带。短臂上可见 11.12、12、14、 15.2、15.4、这5条分布均匀的深带，这是它与12号染色体相鉴别的重要特征。长臂中段有由13.4、 14.1、14.3、22.1、 22.3这5条带组成的深带群，末端有由 24.1、24.3所组成的深带节段。

HLA-B27高分辨基因分型的临床

Your company slogan
HLA-B27与JRA致病机制的研究与致病机制的研究
以各种感染性微生物作为外来抗原（HLA-B27分子与其结构有相似性），激活免疫细胞，通过损伤或分泌细胞因子触发异常的免疫反应，引起自身组织的损害和变性。特别是细菌、病毒的特殊成分作为超抗原，其结构与人类 MHC抗原有同源性，不需抗原呈递细胞加工处理，即可直接与T细胞受体直接结合（HLA-B27充当细胞表面受体），激活T细胞。
HLA I类分子是在内质网成熟的，新合成的HLA Iα进入内质网腔与钙连蛋白结合，使I类分子在内质网中维持部分折叠，继而与新合成的β2-微球蛋白组装成完整的I类分子，此时B27分子才能被认为是成熟的，转运至细胞表面。研究发现，HLA-B27折叠速度较其他 HLA分子（非HLA-B27分子）慢。导致内质网腔中出现大量的折叠不良或部分折叠的HLA-B27重链部分，通常情况下，非折叠的重链在内质网腔内能够被清除，但由于一些相关物质的缺乏或无效，所致非折叠的重链堆积，形成了非折叠蛋白反应。有资料报道，AS的发生可能与这些HLA-B27分子的未折叠有关。
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强直性脊柱炎（AS）强直性脊柱炎（AS）
1973年Brewerton和schiosstein发现强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis AS）与HLA-B27抗原有非常强的相关,这是目前唯一有临床价值的血型相关抗原,这在迄今已知的HLA与疾病的关联中是最强和最典型的。
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其它疾病
【Genetic markers linked to rheumatoid arthritis are also strongly associated with articular manifestations in ulcerative colitis patients】【Flt3一ITD mutations can generate leukaemia specific neoepitopes： potential role for immunotherapeutic approaches】【Ankylosing spondylitis is linked to Klebsiella—the evidence】等三篇文献报道：HLA-B27抗原与白塞氏病也等三篇文献报道：有一定的相关性。

细菌的分型及其检测技术PPT课件

过夜增殖噬菌体。分离纯化单斑
3次，至平板噬斑形态大小一致
纯第化11页/共70页
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• （三）噬菌体的增殖、保存
1、噬菌体增殖液体增殖法：定时加入对数期菌体固体增殖法：同时加大菌体和噬菌体的浓度 2、去除菌体
细菌滤器法和三氯甲烷法
3、噬菌体的保存
冷藏保存：无需防腐剂，分装后7d，不宜超过4w
冷冻干燥：2年
鉴定时不需活分析细菌在体外培养物中的代谢产物如厌氧菌产生的短链脂肪酸色谱图需氧菌的有机酸色谱图等临床标本中检出和鉴定细菌如检测脑脊液中的乳酸对细菌性脑膜炎做出明确诊断等热裂解气相色谱法鉴定细菌将样品干燥高温裂解碎片色谱图鉴定微生物如沙门菌属十种血清型鉴别高分辨气相色谱法分析冷冻条件下细菌的挥发性有机产物鉴定引起冷冻品腐败的微生物液相色谱法基于混合物中各组分对固定相和流动相亲和力的差异分离组分的
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(二)培养基和抗菌药物纸片
1．抗菌药物纸片：商品化，选择直径为，吸水量为20μl的专用药敏纸片，用逐片加样或浸泡方法使每片含药量达规定要求。含药纸片密封贮存于超低温冰箱。
2．培养基：水解酪蛋白（M-H）培养基是兼性厌氧菌和需氧菌药敏试验标准培养基，4℃保存。
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第二节细菌素分型技术
一、概述
• 细菌素(bacteriocin)
• 是某些细菌产生的蛋白质类抗菌物质，这种物质仅对与产生菌亲缘关系近的细菌有抗菌作用，而对产生菌本身不敏感。如大肠菌素、绿脓菌素、蜡样芽胞杆菌素等。
• 抗生素
• 抗菌素是细菌、真菌等微生物在生长过程中为了生存竞争需要而产生的化学物质,这种物质可保证其自身生存,同时还可杀灭或抑制其它微生物。细菌产生的有多粘菌素、抗菌肽等。

高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识ppt课件

推动跨学科合作
鼓励微生物学、遗传学、临床医学等相关领域的专家加强跨学科合作，共同推动高通量宏基因组测序技术在病原微生物检测中的临床应用和研究进展。
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感谢您的观看
样本质量
01
样本采集和处理环节对测序结果至关重要，需要严格
控制样本质量，避免污染和误差。
数据分析
02 高通量测序产生的数据量庞大，需要建立完善的数据
分析流程和标准，确保结果的准确性和可靠性。
技术更新
03
随着测序技术的不断发展和进步，需要保持对新技术
的关注和应用，不断提高检测水平和效率。
06 总结和展望
02 高通量宏基因组测序技术在实验室的应用
样本收集和处理
样本选择
选择适当的临床样本，如血液、尿液、呼吸道分泌物等，根据患者的症状和疑似病原体进行针对
性收集。
样本处理
对收集到的样本进行适当的处理，如离心、过滤等，以去除杂质
和富集病原微生物。
核酸提取
采用合适的核酸提取方法，如磁珠法、柱层析法等，提取样本中
未来高通量宏基因组测序技术在病原微生物检测中的潜力和前景
技术迭代升级
随着技术的不断发展，未来高通量宏基因组测序技术的检测精度、效率和成本等方面将持续优化，为病原微生物检测提供更加可靠的技术支持。
VS
多组学联合分析
宏基因组测序技术可以与其他组学技术（如代谢组学、蛋白质组学等）进行联合分析，深入挖掘病原微生物与宿主之间的相互作用机制，为临床诊断和治疗提供更加全面的信息。
05 案例分析和经验教训
案例介绍
案例背景
01
介绍某疫情的情况，包括疫情规模、影响范围、病原微生物特

tpmt基因分型

tpmt基因分型TPMT基因分型与药物代谢相关的研究已经引起了广泛的关注。

TPMT 基因编码的酶是一种重要的药物代谢酶，参与对硫唑嘌呤、6-巯基嘌呤以及一些抗癌药物的代谢。

不同基因型的个体对于药物的代谢能力有所不同，因此TPMT基因分型也被用作个体化用药的参考依据。

TPMT基因的分型主要包括三种：TPMT*1、TPMT*2和TPMT*3。

其中，TPMT*1是正常型，即正常的酶活性；TPMT*2和TPMT*3则是突变型，这两种突变型基因会导致酶活性降低或完全丧失。

根据不同的基因型，个体的药物代谢能力也存在差异，从而影响药物的疗效和安全性。

TPMT基因的分型对于临床用药有着重要的指导意义。

研究发现，TPMT*3A是最常见的突变型基因，约占白人的10%和亚洲人的3%。

携带TPMT*3A基因的患者对于硫唑嘌呤和6-巯基嘌呤的代谢能力明显降低，容易出现药物的毒副作用。

因此，在给这类患者使用这两种药物时，需要根据其基因分型来调整药物剂量，以避免不良反应的发生。

除了TPMT*3A以外，还有其他一些较为罕见的突变型基因，如TPMT*2和TPMT*3C。

这些基因的突变也会导致酶活性的下降，从而影响药物的代谢。

因此，在用药前对患者进行TPMT基因的检测，可以帮助医生评估患者的药物代谢能力，从而制定个体化的用药方案。

TPMT基因分型在临床上的应用不仅限于对硫唑嘌呤和6-巯基嘌呤的用药调整，还可以用于其他一些抗癌药物的个体化用药。

例如，6-巯基嘌呤是一种常用的抗癌药物，其在体内的代谢过程中需要依赖TPMT酶的参与。

因此，对于患有突变型TPMT基因的患者，使用6-巯基嘌呤时需要减少剂量或选择其他的治疗方案，以避免药物的毒副作用。

除了对药物代谢的影响外，TPMT基因分型还与一些自身免疫疾病的发生有关。

研究发现，携带TPMT*3C基因的个体在使用硫唑嘌呤等药物时，容易出现骨髓抑制等不良反应，进而增加自身免疫疾病的风险。

因此，在给这类患者用药时，需要谨慎选择药物并调整剂量，以减少不良反应的发生。

hrm高分辨率溶解曲线

hrm高分辨率溶解曲线高分辨率溶解曲线（High-resolution melting curve）是一种广泛应用于基因分型、突变检测和SNP分析等领域的检测技术。

其基本原理是利用荧光染料与DNA双链结合，随着温度的升高，DNA双链会逐渐解旋，导致荧光强度的变化。

通过检测荧光信号的变化，可以获得一条关于温度的曲线，称为溶解曲线。

高分辨率溶解曲线分析的优势在于其高灵敏度和高分辨率。

它可以快速、准确地检测出不同DNA序列之间的差异，甚至能够区分相似度达到99.99%的DNA序列。

这使得高分辨率溶解曲线成为一种非常重要的基因分型和突变检测技术。

高分辨率溶解曲线的操作相对简单，通常包括以下几个步骤：1.样品准备：从生物样本中提取DNA，并进行纯化和扩增，以获得足够的DNA量。

2. PCR扩增：选择适当的引物，进行PCR反应，扩增目标DNA片段。

3.荧光染料加入：在PCR反应结束时，将荧光染料加入PCR体系中。

荧光染料可以与双链DNA结合，从而产生荧光信号。

4.温度梯度扫描：利用PCR仪器进行温度梯度扫描。

通过逐渐升高温度，将DNA片段逐渐解旋，并观察荧光信号的变化。

5.数据分析：通过对荧光信号进行分析，可以得到一条溶解曲线。

根据曲线的形状和荧光峰值的位置，可以判断样品中的DNA序列。

高分辨率溶解曲线的分析可以被广泛应用于许多领域，例如基因分型、突变检测、SNP分析等。

在基因分型中，通过对多个基因位点的高分辨率溶解曲线进行分析，可以确定个体的基因型。

在突变检测中，溶解曲线的形状和荧光峰值的位置可以指示是否存在DNA序列的突变。

而SNP分析则是通过溶解曲线的变化来检测单核苷酸多态性。

除了上述应用之外，高分辨率溶解曲线还可以被用于测定DNA的荧光特性和结构特点。

通过观察溶解曲线的形状和荧光峰值的位置，可以获得DNA的熔解温度、熔解曲线宽度等信息，进而了解DNA序列的稳定性和结构特点。

总之，高分辨率溶解曲线是一种重要的基因分型和突变检测技术。

HLAB高分辨基因分型的临床演示文稿

【Flt3一ITD mutations can generate leukaemia
specific neoepitopes： potential role for immunotherapeutic approaches】【Ankylosing spondylitis is linked to Klebsiella—the evidence】等三篇文献报道：HLA-B27抗原与白塞氏病也有一定的相关性。
分子拟态假说:HLA—B27分子在结构上与激发引起AAU的微生物肽序列相似,从而引发葡萄膜炎。
第二十八页，共46页。
其它疾病
【Genetic markers linked to rheumatoid arthritis are also strongly associated with articular manifestations in ulcerative colitis patients】
第五页，共46页。
HLA-B27抗原分子结构
第六页，共46页。
α 1区与α2区的肽链折叠后共同构成一个抗原
结合凹槽，槽内形成A,B,C,D,E,F共6个袋状结
构，其中B袋在HLA-B27分子中是最保守的结构。
凹槽的作用是结合抗原肽，使抗原肽与HLA-B27 分子牢固的结合。
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第三十一页，共46页。
易感性等位基因
B*2701,B*2702,B*2704,B*2705,B*271 0 B*2702, B*2704, B*2705, B*2713 B*2724 B*2709，B*2705 B*27XX B*2702 B*27XX B*27XX B*27XX B*27XX B*27XX B*27XX
HLA-B27可提高致关节炎的细菌在胞内的存活率，

基于第二代测序技术的hla高分辨分型检测标准

基于第二代测序技术的hla高分辨分型检测标准深圳市标准化指导性技术文件基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测标准编制说明(征求意见稿)《基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测标准》编制组2013--××--××一、任务来源深圳市标准化指导性技术文件《基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测标准》由深圳市市场监督管理局2013年批准立项，由深圳华大基因健康科技有限公司和深圳华大临床检验中心联合起草。

本项任务由深圳市卫生和人口计划生育委员会归口。

二、目的和意义HLA高分辨分型技术是世界卫生组织(WHO)认定的HLA分型标准。

基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测技术，只需通过一次实验就能够读取约16000份样本的HLA序列数据，并一次性达到HLA分型的最高分辨率，同时还可发现新的等位基因。

在检测通量、数据质量、成本控制等方面都有质的飞跃。

为使基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测技术更广泛地推广使用，深圳华大基因健康科技有限公司和深圳华大临床检验中心联合起草本标准，以期规范基于第二代测序技术的HLA 高分辨分型检测，更好地服务社会。

同时，采用第二代测序技术进行HLA高分辨分型检测，可带来显著的经济和社会效益。

近年来随着新一代测序技术快速发展，测序成本不断降低而测序通量大大提高。

基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测技术，是一种值得推广的技术。

其通量高、成本低、配型精确且快速，真正做到了“低分价格，高分数据”，可从根本上减少患者家庭和社会的经济负担，同时也可为治疗争取宝贵的时间，为家庭稳定、社会和谐提供良好保障。

三、编制原则及技术依据(一) 编制原则充分考虑基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测的技术水平及发展趋势，既要突出体现标准的“科学性”、“前瞻性”和“先进性”，也要结合深圳本地实际情况，考虑标准的“适用性”和“通用性”。

(二) 技术依据1. 按照GB/T 1.1-2009 《标准化工作导则第一部分:标准的结构和编写规则》及GB/T 1.2-2002《标准化工作导则第二部分:标准中规范性技术要素内容的确定方法》的要求进行编写。

直肠肛管和肛周解剖结构与病变的高分辨率成像详解演示文稿

第三页，共23页。
高分辨MRI用多次激励、较小视野、较大矩阵、无相位卷折等技术可以增加信噪比，获得较小体素的MR图像和较高的空间分辨率，并且可提供所需要的视野，弥补了腔内超声和腔内 MR线圈检查的不足。
第四页，共23页。
本课题从以下三个方面进行研究: 尸体和志愿者正常解剖 ⇒ MRI在肛瘘中的应用 ⇒ MRI在直肠癌中的应用。
骨直肠肌的最头侧到肛门外括约肌的最尾侧。采用SPSSl0．0统计
软件包进行数据分析，肛管与肛周结构和左右侧测量值之间采用 Pearson分析，男、女肛管与肛周结构的测量值的比较使用非参
检验的两相关样本检验和两独立样本检验，P<0.05有统计学意
义。
第九页，共23页。
直肠组：选择横轴位像T2WI图像进行各项指标的
观察。观察指标包括：①肠壁粘膜、粘膜下层与肌层的显示；②直肠系膜筋膜，包括前、后方，左、右侧系膜筋膜的具体显示情况。
第十页，共23页。
2. 结果
肛管、直肠均呈圆柱状，正常肛管直肠组磁共振表现：肛管粘膜、粘膜下层、肛门内外括约肌和会阴部如会阴浅横肌、会阴体、坐骨海绵体肌、球海绵体肌等结构在T2WI上均可以显示。齿线以下部分，自内向外的肌肉组织分别为肛门内括约肌、联合纵肌、肛门外括约肌；齿线以上部分，自内向外的肌肉组织分别为肛门内括约肌、联合纵肌和耻骨直肠肌。男、女性的肛管存在差别，女性肛门外括约肌的前份较后份短，会阴体比男性稍大，女性的球海绵体肌较男性薄。
第二十二页，共23页。
3.2.3 图像分析和数据处理
• 正常直肠壁各层结构在T2加权图像上显示清晰，在T2WI图像上能显示三层结构即高信号的黏膜和黏膜下层,低信号的固有肌层和高信号的肠周脂肪,直肠癌术前MRI的T分期标准如图,T1期:肿瘤侵犯黏膜下层,T2WI图像表现为肿瘤相对低的信号未超过黏膜下层。T2期:肿瘤侵犯肌层,表现为肌层与黏膜下层分界消失，肿瘤信号侵犯肌层；鉴别T1和T2期的是判断肌层是否受侵犯,由于直肠肿瘤在 MRI上Tl期和T2期较难分辨，而且两期采取的治疗方案相似，因此可以将两期并为≤T2期，即肿瘤局限于肠壁内与肠周脂肪分界清晰；T3期:肿瘤穿透肌层达浆膜下或侵犯直肠周围组织,表现为肿瘤信号穿过肌层,累及直肠周围高信号的脂肪，鉴别T2与T3期主要是看周围脂肪是否受侵及；T4期:肿瘤直接侵犯周围器官、结构或腹膜。在横轴位图像上肿瘤浸润后残余肠壁最薄层面上测量肿瘤边缘到直肠系膜筋膜的最短距离，如果直肠系膜内有癌结节或直径不小于 5mm的淋巴结更接近直肠系膜筋膜，则测量它们之间的最短距离。在MRI图像上测量的最短距离<5mm和与环周切缘<lmm高度相关，被认为环周切缘阳性，记做CRM(+)，否则记做CRM(-)。

赛福基因公开课第六节《高通量数据分析中变异基本操作和注释分析》

赛福基因公开课第六节《高通量数据分析中变异基本操作和注释分析》大家好，我是付凤丽。

很高兴今天又有机会和大家一起探讨生物信息学的知识。

在赛福基因第五讲，我们介绍了如何从全外显子测序数据中分析识别出SNP和INDEL变异。

这些变异保存在VCF格式的文件中。

今天我们来介绍一些对VCF文件的基本操作，以及如何对变异进行评估、注释和筛选，进而来回答相应的生物学问题。

今天介绍的内容包括：一些基本的VCF文件的操作，等位位点的相位分析以及变异的注释和筛选。

第一部分：基本的VCF文件操作。

在得到VCF文件之后，有时候我们需要对VCF文件进行操作来得到我们需要的变异集。

比如，为了得到更可靠的变异，我们可能用不同的变异软件对同一个样品进行变异识别，然后从两个变异文件中找出共同的变异；或者，我们需要查看不同样品间，相同的变异和不同的变异分别是什么；又或者，我们想找出我们的样品里独有的变异等等。

这些任务都可以通过对VCF的基本操作来完成。

下面我们介绍两个GATK里实现类似功能的软件。

GATK的Select Variants可以用来选择VCF里符合特定条件的变异子集。

特定的条件用-select来定义。

如果要从一个含有很多样品的VCF里选取部分样品的变异子集，用-sn(单个样品名），-sf（含多个样品名的文件）或者-se（符合特定条件的样品名字）来定义。

另外还有一些参数来设定变异的去留。

在默认选项里，SelectVariants只是对变异加上通过过滤条件或者未通过过滤条件的标示，并不将不符合条件的变异去除，如果只想保留符合过条件的变异，使用-ef （excludeFilteredVariants）参数。

当从多个多个样品的VCF里选取部分样品时，会出现一些对选定的样品来说都没有变异的位点，可以用参数-env(excludeNonVariants)去除这些位点。

比如说我们想看看来自于1000genome的变异里有多少来自于欧洲人群时，可以用SelectVariants软件，把欧洲人样品名全部列在一个文件里提供给参数--sample_file （-sf），同时用--exclude Filtered(-ef) 和--excudeNonVariants (-evn) 来去除来自于非欧洲人的变异。

ntm 基因分型

NTM基因分型1. 介绍NTM（非结核分枝杆菌）是一类与结核分枝杆菌（TB）有关的细菌。

与TB不同，NTM在人类体内引起的感染相对较少见，但它们可以导致一系列疾病，包括肺部感染、淋巴结炎、皮肤感染和器官感染等。

NTM感染通常发生在免疫功能低下的患者身上，比如艾滋病患者、免疫抑制剂使用者等。

NTM菌株之间存在很大的遗传多样性，不同的菌株可能在致病性和耐药性方面有所差异。

因此，对NTM进行基因分型可以帮助我们更好地了解其流行病学特征、致病机制以及药物治疗方面的选择。

2. 基因分型方法目前，常用的NTM基因分型方法主要包括PCR-RFLP、多重引物扩增序列分析（MLPA）、多重引物扩增DNA指纹分析（MIRU-VNTR）和全基因组测序等。

2.1 PCR-RFLPPCR-RFLP是一种简单且经济的基因分型方法。

它通过PCR扩增特定基因片段，然后使用限制性内切酶对PCR产物进行切割，最后通过凝胶电泳分析切割产物的长度差异。

这种方法可以快速鉴定NTM的物种和亚种。

2.2 MLPAMLPA是一种基于PCR的方法，它使用多个引物对目标基因进行扩增，并通过引物的序列信息来确定菌株的遗传多样性。

MLPA可以同时检测多个基因，从而提高检测的准确性和灵敏度。

2.3 MIRU-VNTRMIRU-VNTR是一种基于PCR的方法，它使用多个引物对菌株的特定基因片段进行扩增，并通过扩增产物的长度差异来识别不同的菌株。

MIRU-VNTR是一种高分辨率的分型方法，可以用于研究不同菌株之间的遗传关系和传播途径。

2.4 全基因组测序全基因组测序是一种最新的基因分型方法，它可以对菌株的整个基因组进行测序，并通过比对不同菌株的基因组序列来确定它们之间的遗传关系。

全基因组测序可以提供最详细的基因分型信息，但由于其高成本和复杂性，目前在实际应用中还比较有限。

3. 应用和意义NTM基因分型的应用和意义主要表现在以下几个方面：3.1 流行病学研究通过对不同地理区域和不同时间点的NTM菌株进行基因分型，可以了解NTM感染的流行趋势和传播途径。