LNCRNA的筛选-芯片服务
lncrna定位方法
lncrna定位方法lncRNA（长非编码RNA）是一类转录产物，其作用范围涉及基因组表达调控、细胞增殖和分化等方面。
为了了解lncRNA在细胞中的具体定位，研究人员开发了多种实验方法和计算工具。
1. 亚细胞定位实验技术：a. 原位杂交（in situ hybridization）：这是一种常用的实验方法，通过与lncRNA序列互补的DNA探针，可以在细胞中检测lncRNA的位置。
利用这种方法，可以确定lncRNA是定位在细胞核内还是细胞质中。
b. 细胞分离：通过细胞分离技术，将细胞核和细胞质分开，并进一步提取lncRNA，从而确定lncRNA的具体分布。
2. RNA-Seq基于计算的方法：a. 对比表达分析：通过对lncRNA和mRNA的测序数据进行比较，可以了解lncRNA相对于mRNA在细胞中的相对表达水平。
这可以帮助我们了解lncRNA的组织特异性和细胞特异性表达。
b. 共定位分析：通过将lncRNA与已知定位的蛋白质或DNA结合位点进行比对，可以预测lncRNA在基因组内的定位。
这可以帮助我们了解lncRNA是否与特定基因或基因组区域有相互作用。
3. 功能研究：a. RNA亲和层析：通过将lncRNA与特定蛋白质结合，可以确定lncRNA与该蛋白质的相互作用，并进一步了解lncRNA的功能和定位。
b. CRISPR系统：利用CRISPR系统对lncRNA基因进行编辑或靶向，通过观察细胞中的表现变化，可以了解lncRNA的生物学功能和定位。
综上所述，通过亚细胞定位实验技术、RNA-Seq基于计算的方法以及功能研究，我们可以准确地了解lncRNA在细胞中的定位，从而进一步研究其功能和作用机制。
这些研究方法和技术的不断发展，为我们揭示lncRNA的生物学意义提供了重要的工具和途径。
提取lncrna方法
提取lncrna方法
提取长非编码RNA（lncRNA）的方法可以依据以下步骤进行：
1. RNA提取：从细胞、组织或血液样本中提取总RNA。
可以使用商业化的RNA 提取试剂盒或其他标准的提取方法。
2. RNA纯化：纯化总RNA，去除DNA、蛋白质和其他污染物。
可通过RNA
纯化试剂盒使用离心管离心、针对总RNA进行酶处理等方法。
3. RNA定量：测定提取到的RNA的总量和质量。
可以使用比色法、荧光染料法或生物分析仪器等方法进行测量。
4. RNA逆转录合成cDNA：使用逆转录酶将总RNA转录为互补DNA(cDNA)。
通常使用随机引物或壳聚糖引物，同时添加核酸酶抑制剂等试剂来促进转录反应。
5. lncRNA的筛选和鉴定：通过各种高通量测序技术，如RNA测序（RNA-seq）或微阵列芯片分析，来鉴定lncRNA。
这些方法可通过测量转录组中的RNA表达水平来确定lncRNA的存在。
6. lncRNA的功能研究：通过多种实验技术，例如RNA干扰（RNAi）、基因编辑和表达等，进一步研究lncRNA的生物学功能。
这些实验可以帮助确定lncRNA 在基因调控、细胞增殖、信号转导等方面的作用。
需要注意的是，lncRNA是一类具有多样性和复杂性的RNA，其提取和鉴定方法需要根据具体研究目的和研究对象的不同进行优化和调整。
lncrna核质分离定量
lncrna核质分离定量LncRNA（长链非编码RNA）是一类长度超过200个核苷酸的非编码RNA分子，它们在转录过程中由基因产生，但不被翻译成蛋白质。
与传统的信使RNA（mRNA）不同，lncRNA在细胞核和细胞质中都可以发挥重要的调控功能。
为了研究lncRNA在细胞核和细胞质中的定位和表达水平，研究人员通常使用核质分离技术。
核质分离技术是一种可以将细胞核和细胞质分离开来的方法。
通过这种技术，可以研究lncRNA在细胞核和细胞质中的定位和相对表达水平。
下面将介绍一种常用的核质分离定量方法，包括样品准备、核质分离和定量分析。
1. 样品准备：首先，需要准备细胞样品。
可以选择适当的细胞系或组织样品，根据研究的目的进行处理和培养。
确保细胞或组织在最佳状态下，以获得可靠的实验结果。
2. 核质分离：核质分离可以使用商业化的试剂盒或自制的方法进行。
下面是一种常用的核质分离方法的步骤：a. 细胞收集：将培养的细胞或组织用冷PBS缓冲液洗涤一次，以去除培养基和细胞外的杂质。
b. 细胞裂解：将洗涤后的细胞或组织用细胞裂解缓冲液裂解。
细胞裂解缓冲液可以包含非离子性洗涤剂（如NP-40）和蛋白酶抑制剂，以保持细胞结构完整性和防止蛋白酶降解。
c. 离心分离：将裂解的细胞或组织离心，以分离核和细胞质。
离心速度和时间应根据细胞类型和实验要求进行优化。
d. 去除上清：将上清液完全去除，以避免核和细胞质的交叉污染。
e. 溶解核：使用核溶解缓冲液溶解沉淀的核，以释放其中的RNA。
f. RNA提取：使用RNA提取试剂盒或其他适当的方法提取核和细胞质中的RNA。
根据实验要求，可以选择总RNA提取或特定RNA亚群的富集。
3. 定量分析：完成核质分离后，可以使用不同的方法对lncRNA进行定量分析。
以下是一些常用的定量方法：a. 实时定量PCR（qPCR）：qPCR是一种常用的lncRNA定量方法。
通过设计特异性引物和探针，可以选择性地扩增和检测感兴趣的lncRNA分子。
lncRNA的筛选-高通量测序服务
长链非编码RNA（Long noncodingRNA，lncRNA）是一类转录长度大于200nt的RNA分子，属于ncRNA（noncoding RNA，ncRNA）中片段较大的一些基因，它们本身缺乏明显的开放阅读框，不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上调控基因的表达。
近几年来，ncRNA 的研究越来越多，随着一些ncRNA基因的克隆以及计算机生物信息学预测方法的发展，人们逐渐认识到ncRNA和蛋白质分子一样参与了整个的生命活动。
研究发现，已鉴定的ncRNA 几乎参与了生命活动的每个环节，包括基因转录调控、基因印迹与沉默、mRNA的稳定和翻译、蛋白质的转运和定位等。
目前预测的lncRNA多达数千个，但是科学家预计，哺乳动物基因组序列中大约4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA，而只有1%的编码蛋白序列。
RNA高通量测序一次性产生上百万RNA序列，能够快速鉴定特定条件下表达的lncRNA。
通过lncRNA高通量测序，能够发现新的lncRNA。
服务内容
lncRNA分离纯化
文库制备
模板制备
高通量测序
数据分析
客户提供
a.RNA样品
b.组织样品
c.血液样品
d.细胞样品等其他研究样品。
我们提供
完整详尽的实验报告；
实验中所涉及的图片、数据；
实验结果分析。
lncrna研究方法
LncRNA研究方法引言长链非编码RNA（long noncoding RNA，简称lncRNA）是一类长度超过200个核苷酸的RNA分子，不具有翻译成蛋白质的能力。
近年来，越来越多的研究表明，lncRNA在生物学过程中起到重要的调控作用。
因此，研究lncRNA的功能和机制对于深入理解基因表达调控和疾病发生发展具有重要意义。
本文将介绍几种常用的lncRNA研究方法，包括lncRNA鉴定、表达分析和功能研究。
1. lncRNA鉴定方法1.1 基于转录组测序技术的lncRNA鉴定1.1.1 基于RNA-seq的lncRNA鉴定RNA-seq是一种高通量测序技术，可以同时检测转录本的数量和结构。
通过RNA-seq数据分析，可以利用不同lncRNA和mRNA的长度、读取方向、外显子数目和剪接事件等特征来鉴定lncRNA。
1.1.2 基于CAGE技术的lncRNA鉴定CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）技术可以用来检测转录起始位点（transcription start site，TSS），从而揭示基因的转录起始区域。
结合CAGE技术和高通量测序，可以鉴定lncRNA的转录起始位点，辅助lncRNA的鉴定和表达分析。
1.2 基于生物信息学方法的lncRNA鉴定1.2.1 基于序列保守性的lncRNA鉴定lncRNA在进化中可能会保留一定程度的序列保守性，即不同物种之间的lncRNA序列相对保守。
利用序列保守性的分析方法，可以鉴定出可能的lncRNA 序列，并进行进一步的实验验证。
1.2.2 基于结构特征的lncRNA鉴定lncRNA的结构特征在一定程度上与其功能相关。
通过比对已知lncRNA的结构特征和未知序列的结构特征，可以进行预测和鉴定。
2. lncRNA表达分析方法2.1 qRT-PCRqRT-PCR（quantitative reverse transcription polymerase chain reaction）是一种可靠的lncRNA表达分析方法。
lncrna建库原理
lncrna建库原理LncRNA（长链非编码RNA）是一类在细胞中广泛存在的非编码RNA，长度通常超过200个核苷酸。
近年来，越来越多的研究发现了LncRNA在基因调控、细胞分化和发育等生物过程中的重要作用。
为了更好地理解和研究LncRNA的功能和机制，进行LncRNA建库是一种常用的实验方法。
LncRNA建库的原理基于高通量测序技术，旨在快速高效地筛选并分析细胞中的LncRNA。
该建库方法包括四个主要步骤：RNA提取、LncRNA富集、文库构建和测序分析。
首先，从样本细胞中提取总RNA。
可以采用常规的细胞裂解和蛋白酶处理方法，使细胞中的RNA完整地释放出来。
然后，利用RNA提取试剂盒等工具，将RNA纯化、富集并进行组织。
接下来，需要对富集的RNA进行文库构建。
传统的RNA文库构建方法包括两步骤：首先，将RNA逆转录成cDNA，然后对合成的cDNA 进行文库构建。
在LncRNA建库过程中，一般采用不同的RNA逆转录酶和引物，以确保LncRNA的合成和扩增。
此外，一些新型的LncRNA文库构建方法也在不断的发展，以提高LncRNA的检测灵敏度和特异性。
在文库构建完成后，可以进行高通量测序。
通常采用Illumina等测序平台，通过测序仪将LncRNA进行高通量测序，并生成海量的测序数据。
测序数据包含了LncRNA基因的序列信息，可以通过生物信息学的方法进行分析。
最后，对测序数据进行分析和解读。
通过比对和注释，可以识别和注释样本中的LncRNA。
同时，可以进行LncRNA差异表达分析、功能富集分析等，以深入理解LncRNA在生物过程中的作用。
综上所述，LncRNA建库是一种高通量测序分析技术，用于全面了解LncRNA在基因调控和细胞生物学过程中的功能和机制。
通过LncRNA建库，我们可以更深入地探索LncRNA的生物学特性，为研究人员提供了有价值的工具和资源，以加深对这一重要类别的非编码RNA的理解。
免疫相关的lncrna基因集
免疫相关的lncrna基因集
免疫相关的lncRNA基因集指的是与免疫系统功能和免疫调节相关的长链非编码RNA（lncRNA）基因的集合。
lncRNA是一类长度超过200个核苷酸、不编码蛋白质的RNA分子，它们在细胞中的功能非常广泛，包括调控基因表达、染色质建构、RNA的剪接调节等。
免疫系统是用于识别和抵御外部入侵病原体的重要防御系统。
许多lncRNA被发现在免疫细胞中高表达，并参与了调节免疫反应和炎症过程。
因此，研究人员对免疫相关lncRNA进行了广泛的研究，以深入了解免疫系统的功能和调节机制。
免疫相关的lncRNA基因集可以通过多种方法和技术进行筛选和鉴定。
例如，通过比较免疫激活状态下与基线状态下的细胞或组织中lncRNA表达谱的差异，筛选出与免疫相关的差异表达lncRNA。
还可以利用生物信息学方法预测免疫相关lncRNA的功能和调控网络，然后将其进行实验验证。
这些免疫相关的lncRNA基因集可以提供给研究人员作为研究免疫调控、免疫相关疾病发生机制和治疗靶点的重要资源。
它们的研究有助于揭示免疫系统的复杂性和调控网络，并为未来的免疫相关疾病的治疗和干预提供新的方向和靶点。
lncRNA测序解决方案数据分析解析
lncRNA测序解决方案数据分析解析今天小编跟大家一起来探讨一下lncRNA测序解决方案以及数据分析解析，主要从以下几个方面来阐述：LncRNA的发现：传统的基因定位技术（获得有个别有功能的lncRNA序列）大规模的cDNA文库测序技术（在测序所的大量序列里面就发现了不少lncRNA序列）新一代测序技术技术（对转录组的测序发现更大量的lncRNA）lncRNA的起源：（产生机理）编码mRNA基因的突变（编码的基因中间发生插入缺失的突变影响该基因的结构）染色体重排（染色体内的和染色体间的重排）染色体重复（染色体的中间重复单元）转座子插入（基因组中转座子的跳跃插入一些编码基因里面）lncRNA基本特点：长度较长、低编码潜能、不一定携带polyA、表达水平低、组织特异性强、低序列保守LncRNA的分类：（分类依据是lncRNA在基因组上面的位置和与附件一些编码基因的位置关系来分类的）Intergenic lncRNA（这种lncRNA完全位于基因的间距的和旁侧的编码基因是没有重叠的）bidirectional lncRNA（这种lncRNA和编码基因mRNA的位置小于1kp,转录的方向是相反的）Intronic lncRNA（这种lncRNA位于编码基因内含子的区域，不与该内含子的外显子存在重叠）Antisense lncRNA（这种lncRNA与蛋白质编码基因的外显子有重叠区，但是转录方向相反）sense overlapping lncRNA（这种lncRNA与蛋白质编码基因的外显子有重叠区，而且转录方向相同）lncRNA的数据库：NCBI 、UCSC 、Ensembl 、Gencode 、Lncpedia 、lncrnadb 、NONCODE 、the lncRNAand disease datebase还没有公认的权威的数据库，需要用到不同的数据库,各种数据库各有优劣。
lncRNA研究的活跃领域以及案例解析：肿瘤学、神经科学、干细胞再生医学早期的GWAS定位发现了人甲状腺乳头腺癌发现SNP位点，证明其旁边的一段序列形成lncRNA.通过对lncRNA的敲降前后对照发现Evf2这个lncRNA参与胚胎早期神经元的发育。
lncRNA研究策略之RNAPullDown实验技术
【实验技巧】lncRNA研究策略之：RNA Pull Down实验技术lncRNA研究策略之：RNA Pull Down实验技术RNA pull-down是检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间相互作用的主要实验手段之一。
RNA pull-down使用体外转录法标记生物素RNA探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白质复合物。
该复合物可与链亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。
复合物洗脱后，通过Western Blot实验检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用。
1) lncRNA筛选：通过lncRNA芯片或RNA测序等方法对多对疾病模型和对照样本组织进行lncRNA表达谱分析；通过生物信息学的方法筛选出具有表达差异的lncRNA，构建共表达网络，预测lncRNA的靶基因；通过PCR或Northern Blot技术对候选lncRNA验证，确定其表达差异。
2) lncRNA确定：通过5' RACE获取lncRNA 5'全长，3' RACE获取lncRNA3'全长，最终拿到完整的lncRNA序列。
3) 表达分析：细胞水平表达：在细胞水平进行检测表达差异。
组织分布：检测不同组织、不同阶段表达特性。
表达水平动力学变化：比较不同处理条件下，如药物处理、诱导处理下，表达水平差异。
4) 功能研究：功能获得性研究：构建lncRNA过表达载体:原则上是将全长lncRNA定向克隆到表达载体上实现lncRNA的过表达。
然而有些lncRNA很大或全长尚未分离，这时将视lncRNA在基因组上的定位采取不同的研究策略。
功能缺失性研究：可通过siRNA、shRNA、反义核酸等方法沉默lncRNA，干预lncRNA后检测其对疾病相关基因表达的影响和对细胞表型如增值、凋亡、侵袭、转移等的影响；采用RNA pull down、RNA-RIP(RNA Binding Protein Immunoprecipitation)、ChIRP-seq(Chromatin Isolation by RNA Purification)等方法检测与lncRNA结合的DNA、RNA、蛋白质。
tcga免疫相关lncrna筛选流程
tcga免疫相关lncrna筛选流程筛选免疫相关lncRNA的流程通常涉及以下步骤：
1. 数据获取：首先，从TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库中获取与免
疫相关的lncRNA表达数据。
TCGA是一个公开的癌症基因组计划，提供了大量的
癌症患者样本及其临床数据。
2. 数据预处理：对获取到的lncRNA表达数据进行预处理。
这包括数据清洗、
标准化以及去除与研究不相关的lncRNA。
3. 差异表达分析：使用合适的统计方法对预处理后的数据进行差异表达分析。
比如，可以使用t-检验、方差分析或基于RNA-seq数据的DESeq2分析等方法。
4. 设定筛选标准：根据研究的目标和问题，设定筛选标准。
可以根据公认的免
疫相关基因或lncRNA的特征来设定。
5. 基于筛选标准进行筛选：将差异表达分析的结果与设定的筛选标准进行对比，筛选出符合条件的免疫相关lncRNA。
6. 功能注释与分析：对筛选出的免疫相关lncRNA进行功能注释和功能分析，
可以使用生物信息学工具或数据库进行lncRNA的亚细胞定位、共表达分析、通路
富集等。
7. 验证与验证实验：最后，进行验证实验，如定量PCR验证筛选到的lncRNA
表达水平；或通过免疫组织化学验证lncRNA在免疫细胞或肿瘤组织中的定位等。
以上是一般用于筛选TCGA中免疫相关lncRNA的流程。
每个步骤都需要仔细
处理和合理设计，以确保结果的准确性和可靠性。
lncrna建库原理
lncrna建库原理LncRNA（长链非编码RNA）是一类长度超过200个核苷酸的RNA分子，不编码蛋白质，但在基因表达调控中发挥着重要作用。
建立lncRNA的基因库是研究lncRNA功能和调控机制的重要手段之一。
建库原理主要包括以下几个步骤：1. RNA提取：从细胞或组织中提取总RNA，包括mRNA和lncRNA。
2. RNA纯化：通过聚丙烯酰胺凝胶电泳或磁珠分离等方法，将rRNA和tRNA等小分子RNA去除，得到纯化的mRNA和lncRNA。
3. RNA反转录：将纯化后的RNA进行反转录，得到cDNA。
反转录过程中，可以加入随机引物或寡核苷酸引物，使得cDNA的合成更加随机和全面。
4. cDNA合成：将反转录得到的cDNA进行PCR扩增，得到足够多的cDNA。
PCR扩增过程中，可以加入不同的引物，使得cDNA的长度和覆盖面更加全面。
5. cDNA测序：将PCR扩增得到的cDNA进行高通量测序，得到大量的序列信息。
测序可以采用Illumina、PacBio等不同平台，不同平台的测序深度和准确度不同，需要根据实验需要进行选择。
6. 数据分析：对测序得到的序列进行质量控制、去除低质量序列、去除rRNA和tRNA等污染序列，得到纯净的lncRNA序列。
然后进行比对、注释、差异表达分析等，得到lncRNA的基因库。
建立lncRNA的基因库可以为研究lncRNA的功能和调控机制提供重要的资源。
基因库中的lncRNA序列可以用于预测lncRNA的结构和功能，寻找lncRNA与其他RNA或蛋白质的相互作用，探究lncRNA 在疾病发生发展中的作用等。
同时，基因库还可以为lncRNA的研究提供更加全面和系统的视角，促进lncRNA的研究和应用。
lncRNA研究
lncRNA研究技术手册一、lncRNA概述lncRNA (Long noncoding RNAs, lncRNAs) 长链非编码RNA，起初被认为是基因组转录的不具有生物学功能的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物。
然而，近年来的研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录激活，转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。
随着研究的推进，各类 lncRNA 的大量发现，lncRNA 的研究将是 RNA 基因组研究非常吸引人的一个方向，使人们逐渐认识到基因组存在人类知之甚少的“暗物质”。
lncRNA的功能分为3方面：1）通过修饰染色体参与表观调节-与mRNA相互作用；2）通过与转录因子的相互作用参与转录调节-与蛋白（转录因子）相互作用；3）通过影响mRNA处理过程参与转录后调节-ceRNA作用模式。
三种lncRNA机制作用方式，1和2主要发生于细胞核，3则发生在胞质。
从研究难度来说，1>2>3：1）的RNA interaction与array并无成熟的研究模式；2）需要RIP和RNApull-down，实验执行难度大风险高；3）转录后调节的研究方法-ceRNA作用模式可行性及阳性率较高，是目前研究最热门的lncRNA作用方式。
lncRNA的ceRNA作用模式：lncRNA作为竞争性内源RNA(competing endogenousRNA，ceRNA)，与microRNA结合，在细胞中起到microRNA海绵的作用。
从而降低microRNA的活性，间接上调microRNA相关靶基因的表达。
1汉恒生物科技(上海)有限公司 400-092-0065 地址：上海市浦东新区蔡伦路150号1号楼2楼 021-********图：lncRNA的ceRNA作用模式二、汉恒生物-lncRNA研究专家汉恒生物lncRNA研究团队，为您提供基于ceRNA调控机制的lncRNA系统研究方案。
lncRNA研究的常见思路与策略
lncRNA研究的常见思路与策略lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪⾳”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有⽣物学功能。
然⽽⼤量研究表明，lncRNA在细胞核内、核外，通过染⾊质修饰，转录调控，转录后调控等多种⽅式调节基因表达，在肿瘤发⽣发展中具有重要作⽤。
lncRNA功能研究的基本思路⼀般来说，lncRNA功能研究的主线包含3个主要步骤：（1）⾼通量筛选。
全转录组测序和lncRNA芯⽚是⽬前最常⽤的技术⼿段，通过这种⾼通量的筛选⽅法，可以快速获得不同实验组间差异表达的lncRNA和mRNA。
（2）候选lncRNA的确定。
通过⽣物信息学分析，从⼤量lncRNA 中筛选有潜在功能意义的lncRNA。
（3）⽬标lncRNA的功能分析与验证。
根据上述⽣物信息分析推断出lncRNA可能的⽣物学功能，并设计相应的实验来验证假设是否成⽴。
lncRNA研究的基本流程LncRNA的⼀般研究策略1. lncRNA筛选通过lncRNA芯⽚或RNA测序等⽅法对多对疾病模型和对照样本组织进⾏lncRNA表达谱分析；通过⽣物信息学的⽅法筛选出具有表达差异的lncRNA，预测lncRNA的靶基因，构建共表达⽹络；通过PCR或Northern Blot技术对候选lncRNA验证，确定其表达差异。
lncRNA筛选建议根据统计学筛选，⽐如fold-change和p-value，同时表达量⾼的根据lncRNA在基因组上的位置进⾏筛选根据lncRNA的靶基因进⾏筛选，筛选和表型相关的lncRNA根据lncRNA与mRNA在表达上的协同关系进⾏推断，筛选具有hub地位的lncRNA根据lncRNA与protein的关系进⾏筛选根据lncRNA与miRNA的靶向关系筛选2. lncRNA全长克隆可以通过5'RACE获取lncRNA 5'全长，3'RACE获取lncRNA 3'全长，最终拿到完整的lncRNA序列。
LncRNA研究之lncRNA芯片分析
LncRNA研究之lncRNA芯片分析lncRNA芯片分析1. 归一化lncRNA芯片采用的归一化的方法为quantile normalization。
2. 差异LncRNA的筛选lncRNA芯片中既有lncRNA的探针又有mRNA的探针，分别做差异基因的筛选，筛选方法同表达谱的筛选方法是一致的，参见表达谱的差异基因筛选。
3. 差异lncRNA的重注释lncRNA芯片注释不完善，因此需要将筛选出来的lncRNA进行重注释。
将差异lncRNA在基因组上位置上下游延伸，以寻找lncRNA附近的有功能的基因。
4. 差异lncRNA靶基因的预测lncRNA可能通过调控相应的mRNA发挥功能，因此有必要预测lncRNA的靶基因。
我们提取差异lncRNA和mRNA的序列，首先用blast进行初筛，之后用RNAplex进行进一步筛选，以预测lncRNA可能调控的mRNA。
5. 差异lncRNA与靶基因共表达网络预测出lncRNA的靶基因后，并可进一步在mRNA的数据中探寻该mRNA是否发生表达量的变化。
由此构建差异lncRNA与靶基因相互作用网络图。
6. 差异lncRNA与差异mRNA的共表达分析SBC Human lncRNA芯片能同时检测出差异表达的lncRNA和mRNA。
我们将差异lncRNA和差异mRNA在一组样品中进行共表达分析，可以发现与某个lncRNA具有相同表达模式的mRNA。
要求：每组数据3个或3个以上生物学重复实验组：对照组：7. 差异lncRNA靶基因的GO analysis对lncRNA的靶基因进行GO Ontology的生物学的分类，根据Fisher's Exact Test,得到p-value，得到lncRNA靶基因对应的显著性功能，从而了解lncRNA的功能。
8. 差异lncRNA靶基因的pathway analysis对lncRNA靶基因按照Pathway的主要公共数据库KEGG和Biocarta来进行分类，对Pathway中的基因进行基于离散分布的显著性分析，得到与实验目的有显著联系的Pathway 分类,由这些pathway对应相应的靶基因，从而获得该分类即导致lncRNA差异的最重要Pathway。
外泌体lncRNA芯片研究方法及思路
外泌体lncRNA芯片研究方法及思路
一、技术简介
外泌体(Exosome)是由细胞分泌而来的微小囊泡，直径约为30-200 nm，形态也呈现出多样性。
长链非编码RNA（long non-coding RNA）是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。
近年来的研究表明lncRNA能在标贯遗传、转录及转录后水平上调控基因表达，参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程，与人类疾病的发生、发展和防治都有着密切联系。
lncRNA芯片对lncRNA进行功能研究也被更多的关注，通过设计不同的lncRNA探针，可以更加快速、高通量地筛选出疾病或特定生物学过程中差异表达的lncRNA和mRNA信息，最终找到lncRNA的靶基因位点深入分析调控机制。
二、测序流程：
1. RNA提取
2. 逆转录合成cDNA1链
3. 合成cDNA2链
4. 体外转录合成cRNA
5. 随机引物合成正义链DNA
6. DNA产物片段化
7. Cy3标记
8. 芯片杂交
9. 数据分析
三、数据分析
1. 芯片数据质控和标准化
2. 主成分分析
3.mRNA表达模式聚类分析
4. GO富集分析
5. KEGG富集分析
6. lncRNA表观模式聚类分析。
全转录组的测序和芯片技术
全转录组的测序和芯片技术全转录组的数据分析我们一直没有分享过笔记，因为确实也没有这方面直接项目机会，仅仅是跟公众号粉丝交流过一些小问题。
全转录组不是全长转录组，全转录组说的是检测普通mRNA，加上lncRNA，miRNA，CircRNA这样的3种常规非编码基因，而全长转录组说的是测序的时候采取三代测序等技术这样可以把基因的转录产物的全部长度的碱基一次性测序到，这样很方便知道不同可变剪切转录本的区别。
那，为什么我们很少涉及到全转录组的数据分析，主要是因为它有 lncRNA，miRNA，CircRNA这样的3种常规非编码基因，而众所周知，非编码基因的名声比较差，都知道很重要，但是它的重要性又不是直接证据，也没有系统性的go和kegg等生物学数据库的整理，所以大家研究它和交流它的时候通常是一个符号而已。
但无论是普通mRNA，还是 lncRNA，miRNA，CircRNA这样的3种常规非编码基因，它们最后都是会得到表达量矩阵，其实就是常规差异分析啦，相关流程的公众号推文在：•解读GEO数据存放规律及下载，一文就够•解读SRA数据库规律一文就够•从GEO数据库下载得到表达矩阵一文就够•GSEA分析一文就够（单机版+R语言版）•根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的如果是普通mRNA可以直接去映射到go和kegg等生物学数据库，如果是非编码基因需要先定位到它的靶基因，然后去给靶基因进行go和kegg等生物学数据库注释。
全转录组的测序比如NPJ Breast Cancer . 2021 Dec 的文章：《Plasma extracellular vesicle long RNA profiles in the diagnosis and prediction of treatment response for breast cancer 》，是两个队列的全转录组的测序：•队列1：纳入患者172例，包括乳腺癌患者112例、乳腺良性疾病患者19例和健康对照组41例。
实例解读文献，一文带你GET国自然热点：lncRNA
实例解读文献，一文带你GET国自然热点：lncRNA展开全文lncRNA在近几年科研领域中持续高热不减，研究表明lncRNA可通过影响染色质结构和转录因子占位、表观遗传学、以序列和结构特异性结合生物大分子等机制调节基因表达，在发育、机体内平衡和维持细胞命运中发挥重要作用，lncRNA的异常表达与包括癌症在内的多种疾病密切相关。
随着高通量测序、lncRNA芯片等技术的发展，越来越多的lncRNA被鉴定出来，但具体的作用与功能仍然不是很清楚，因此lncRNA的研究领域依然是一片非常广阔的神秘区，具有极大的研究价值。
相关研究往往更受基金资助的青睐，2018年国自然资助lncRNA 研究相关项目就高达717项。
lncRNA抑制基因转录作用机制lncRNA激活基因转录作用机制lncRNA研究的主要步骤1LncRNA的筛选常用的方法包括RNA-seq、lncRNA array等。
通过这些高通量方法，研究人员可快速获得与特定生物学过程或者疾病相关的lncRNA。
2LncRNA的验证筛选到lncRNA后，可通过NONCODE或者lncRNAdb等网站进一步了解lncRNA的相关信息。
在实验方面，可通过定量PCR或者Northern Blot验证lncRNA 的表达；通过RACE技术获得lncRNA全长序列。
对于lncRNA定位信息，可通过查询RNAlocate数据库或者相关分子实验确定。
3LncRNA的功能研究最基本的研究就是构建lncRNA表达载体或通过siRNA、反义核酸等方法沉默lncRNA，直观地展现lncRNA的生物学功能。
在分子机制方面，常常通过lncRNA与RNA、lncRNA与蛋白、lncRNA与DNA等的相互作用分析来挖掘。
相关文献解读下面，小编为大家解读一篇2018年10月发表在Nature immunology（IF 21.5060）上的文章，希望能给您的lncRNA研究提供一点思路和研究方法上的参考。
LncRNA介绍及相关数据库及预测软件汇总20150723(可编辑修改word版)
目录一. LncRNA 简介 (2)二、长链非编码RNA（lncRNA）靶标数据库及预测软件汇总 (2)1.ChIPBase (2)2.LNCipedia (2)3.lncRNABase (2)4.lncRNAdb (3)5.LncRNADisease (3)6.NONCODE (3)7.NRED (3)8.Arraystar (3)三. LncRNA 调控网络数据库 (3)1.starBase 平台（ (3)2.starScan 软件工具 (4)3.DIANA-LncBase 数据库 (4)4.miRcode 数据库 (4)5.linc2GO 数据库 (4)四.lncRNA 研究思路 (4)五. LncRNA 研究策略 (7)一. LncRNA 简介LncRNA (long non-coding RNA)是一类转录本长度大于200nt 的非编码RNA，最初被认为是基因组转录的“噪音”，通常伴随着mRNA 协同转录，而转录水平往往低于mRNA，被当成是RNA 聚合酶II 转录的副产物。
（lncRNA 的平均长度比mRNA 的3‘UTR 长，而CLIP-Seq 支持的lncRNA 上的靶点却比3’UTR 上的少了非常之多）。
然而，近年来的研究表明，lncRNA 能够通过多种方式发挥调控作用，参与了转录调控、组蛋白修饰、入核转运、染色体失活等过程，其转录和功能失调可能导致多种疾病的发生。
它代表了基因组存在人类知之甚少的“暗物质”。
鉴于其功能的重要性和多样性，越来越多的科研人员参与到对其的研究中来，引用BioTechnicques 2013 最新通讯上的话："Long non- coding RNAs (lncRNAs) are everywhere these days"，各种高端杂志上发表了大量的综述性和研究性文章。
目前，对lncRNA 功能的发掘1%都不到，而且发现新lncRNA 的数量还在急剧增长，各种lncRNA 的数据库诸如noncode，LncRNA Disease 等对lncRNA 种类和功能进行收录和更新，而一些新的机制，比如ceRNA 也在围绕lncRNA 展开，可以看到，在这个领域的研究呈现出一幅如火如荼的场景。
lncrna pcr过程
lncrna pcr过程lncRNA（长链非编码RNA）是一种重要的RNA类型，它在生物体的基因表达调控、染色质重塑、细胞分化和发育等过程中发挥着关键作用。
PCR（聚合酶链式反应）是一种广泛应用于分子生物学研究的技术，可以快速复制特定的DNA序列。
在lncRNA研究中，PCR技术也被用于lncRNA的克隆和扩增。
以下是lncRNA PCR过程的简要概述：1. 设计引物：根据目标lncRNA的序列，设计一对互补的引物（正向引物和反向引物）。
引物应位于目标序列的两端，以便于PCR反应过程中扩增目标DNA片段。
2. 准备模板DNA：从含有目标lncRNA的生物体中提取DNA，并将其作为PCR反应的模板。
3. 配置PCR反应体系：准备PCR反应液，包括缓冲液、dNTPs（去氧核苷酸三磷酸盐）、MgCl2（通常用于提高酶的活性）、引物和Taq DNA 聚合酶（用于扩增DNA）。
4. PCR反应循环：a. 初始化：将模板DNA和反应液混合，加热至94-98℃使DNA变性，使其成为单链DNA。
b. 循环：将反应液冷却至适当温度（如50-65℃），使Taq DNA聚合酶与单链DNA结合并开始扩增。
经过若干个循环（通常为30-40个循环），扩增出目标lncRNA序列。
c. 终末：最后一个扩增循环后，将反应液加热至72℃，使引物与扩增出的lncRNA序列结合，形成双链DNA。
5. 分离扩增产物：PCR反应完成后，通过琼脂糖凝胶电泳分离扩增出的lncRNA片段。
根据目的片段的大小，可以切割含有目标序列的凝胶片段。
6. 纯化与克隆：将切割后的凝胶片段进行纯化，然后连接到克隆载体（如pCR®2.1载体），转化入宿主细胞（如大肠杆菌）。
7. 筛选与鉴定：将转化后的细胞培养，提取质粒DNA，进行测序分析。
通过序列分析，验证lncRNA克隆的正确性。
需要注意的是，PCR扩增lncRNA时，可能会出现非特异性扩增。
为了避免这种情况，可以采用巢式PCR（nested PCR）或实时荧光定量PCR（qPCR）等方法，提高扩增的特异性。
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lncRNA是一类长度超过200nt的长链非编码RNA分子，可在多个层面进行基因调控。
近年来的研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默，基因组印记，转录激活，转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程。
但lncRNA研究日新月异，新的lncRNA层出不穷，新物种的lncRNA 也在不断更新，如何快速高效地研究这些新发现的lncRNA？
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