MPI环境搭建

MPI 并行环境的搭建1、在计算机中，安装两个CentOS系统2、[root@node1 etc]# ifconfig #查看ip192.168.241.128[root@node2 etc]# ifconfig192.168.241.1293、互ping[root@node1 etc]# ping 192.168.241.129 #测试网络是否联通 [root@node2 etc]# ping 192.168.241.1284、修改/etc/hosts文件，在节点设置节点名称192.168.241.128 node1192.168.241.129 node2[root@node1 etc]# source /etc/hosts[root@node2 etc]# source /etc/hosts5、各个节点是否互通[root@node1 etc]# ping node2 #测试主机名修改是否成功[root@node2 etc]# ping node16、关闭iptables防火墙[root@node1 etc]# serviceiptables stop[root@node2 etc]# serviceiptables stop在各个节点设置iptables 防火墙开机关闭[root@node1 usr]# chkconfigiptables off #设置iptables开机关闭 [root@node2 usr]# chkconfigiptables off #设置iptables开机关闭7、在各个节点创建共享目录[root@node1 etc]#mkdir /usr/cluster[root@node2 etc]#mkdir /usr/cluster在node1上修改/usr/cluster为777[root@node1 etc]#chmod –R 777 /usr/cluster8、挂在nfs文件系统/etc/exports文件配置在node1(主节点)节点配置[root@node1 etc]# vi /etc/exportsusr/cluster 192.168.241.128(rw)/usr/cluster 192.168.241.129(rw)启动nfs服务在node1节点执行[root@node1 usr]# yum install nfs-utilsrpcbind #安装nfs[root@node1 usr]# service rpcbind start #启动rpc[root@node1 usr]# service nfs start #启动nfs服务[root@node1 usr]# chkconfigrpcbind on #设置rpcbind开机启动[root@node1 usr]# chkconfignfs on #设置nfs开机启动在node2节点执行[root@node2 usr]# yum install nfs-utilsrpcbind #安装nfs[root@node2 usr]# service rpcbind start #启动服务[root@node2 usr]# service nfs start #启动nfs服务[root@node2 usr]# chkconfigrpcbind on #设置rpcbind开机启动[root@node2 usr]# chkconfignfs on #设置nfs开机启动9、查看服务器已有的共享目录查看node2的共享目录[root@node2 usr]# showmount -e 192.168.241.129Export list for 192.168.241.129:/usr/cluster 192.168.241.129,192.168.241.128挂在共享目录node2的共享目录挂在node1[root@node1 etc]# mount -t nfs 192.168.241.129:/usr/cluster /usr/cluster设置文件系统启动时自动挂载在node2的/etc/fstab文件下添加下边代码[root@node2 etc]# vi /etc/fstab192.168.241.128:/usr/cluster /usr/cluster nfsdefaults 0 010、配置ssh实现MPI节点的无密码登陆在各个节点上操作[root@node1 ~]# cd ~/.ssh/[root@node1 .ssh]# ssh-keygen -t rsa #一直按回车键会产生一个私钥id_rsa 和公钥id_rsa.pub[root@node2 ~]# cd ~/.ssh/[root@node2 .ssh]# ssh-keygen -t rsa #一直按回车键会产生一个私钥id_rsa 和公钥id_rsa.pub将各个节点的公钥合并到authorized_keys文件[root@node1 .ssh]# cat id_rsa.pub >>authorized_keys[root@node1 .ssh]# ssh root@node2 cat /root/.ssh/id_rsa.pub >>authorized_keys将authorized_keys拷贝到各个节点[root@node1 .ssh]# scpauthorized_keys root@node2:/root/.ssh/[root@node1 .ssh]# scpknown_hosts root@node2:/root/.ssh/无密钥测试[root@node1 .ssh]# ssh node2 #node1登陆到node2[root@node2 .ssh]# ssh node1 #node2登陆到node111、安装MPICH2(在各个节点都需要操作)将下载的mpich-3.2.tar.gz文件拷贝到/usr/src目录下[root@node2 src]# tar -zxvf mpich-3.2.tar.gz #解压文件[root@node2 src]# cd mpich-3.2配置安装路径最新版本mpich3的进程管理默认使用hydra[root@node2 mpich-3.2]# yum -y install gcc-c++ #安装c++编译器[root@node2 mpich-3.2]# mkdir /usr/cluster/mpich3 #创建mpich3目录[root@node2 mpich-3.2]# ./configure --prefix=/usr/cluster/mpich3/ --with-pm=hydra --disable-fortran #配置安装路径[root@node2 mpich-3.2]# make #编译[root@node2 mpich-3.2]# make install #安装在node1里执行[root@node1 ~]# vi .bashrc #添加mpich3的路径export PATH=$PATH:/usr/cluster/mpich3/bin[root@node1 ~]# source .bashrc #配置生效在node2里执行[root@node2 ~]# vi .bashrc #添加mpich3的路径export PATH=$PATH:/usr/cluster/mpich3/bin检测是否配置成功[root@node2 ~]# which mpicc #显示mpicc的路径[root@node2 ~]# which mpiexec #显示mpiexec的路径11、配置hostfile文件在当前用户主目录下建立并编辑配置文件hostfile。

将所有你允许访问本机进行并行计算的机器名填入，一行一个机器名，如果该机器上有两个CPU，就将它的名字加入两次，以此类型。

在node1上[root@node2 ~]# vihostfilenode1node2在node2上[root@node1 ~]# vihostfilenode1node212、执行测试使用mpich自带的例子，执行：[root@node2 bin]# mpiexec -n 6 -hostfile ~/hostfile /usr/src/mpich-3.2/examples/cpi Process 0 of 6 is on node1Process 2 of 6 is on node1Process 4 of 6 is on node1Process 1 of 6 is on node2Process 5 of 6 is on node2Process 3 of 6 is on node2pi is approximately 3.1415926544231243, Error is 0.0000000008333312wall clock time = 5.918241执行自己编写的程序[root@node2 ~]# vihello.c#include <stdio.h>#include "mpi.h"int main(intargc, char ** argv){intmyrank, nprocs, namelen;charprocessor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];MPI_Init(&argc, &argv);MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nprocs);MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &myrank);MPI_Get_processor_name(processor_name, &namelen);printf("Hello World! I'm rank %d of %d on %s\n", myrank, nprocs, processor_name);MPI_Finalize();return 0;}编译命令：[root@node2 ~]# mpicc -o hello hello.c #编译[root@node2 ~]# mpirun -np 2 ./hello #运行Hello World! I'm rank 1 of 2 on node2Hello World! I'm rank 0 of 2 on node2挂载NFSServicenfs startMount –t nfs node1:/usr/cluster/usr/cluster/Which mpiccVim /etc/fstabChkconfignfs on编译：mpiccwho.c -o who执行：mpiexec -f /root/hostfile -np 6 ./who//所有个节点共运行6次mpiexec -np 6 ./who//一个节点运行6次mpirun -f /root/hostfile -np 6 ./whosublime建立过程：cd /opt/cd ./sublime_text./sublime_text重启网络Service network restart。