ChIP测序中的input有多重要？实验、数据分析都离不了

ChIP测序中的input有多重要？实验、数据分析都离不了
无论是实验还是数据分析都离不开input。

input是ChIP实验中的一种阳性对照，样品经过超声破碎后取出一部分作为input，input 不进行ChIP实验，因而包含样本超声后释放的所有DNA、蛋白质。

首先，input可以帮助检测超声破碎的效果，以及目的蛋白在样品中的表达情况。

其次，input可以帮助判断ChIP结果，通过input和IP（抗体免疫沉淀获得的目的蛋白）对比，判断ChIP获得的是否为目的蛋白，以及ChIP的效果。

若IP条带较input明显或差不多，说明ChIP富集效果较高，若IP条带较浅，说明ChIP富集效果一般。

最后， ChIP测序数据分析时更离不开input，input是寻找结合峰（也就是Peak Calling）的定盘星。

在ChIP测序分析中，我们将input和IP的reads平均覆盖深度做归一化处理，采取input的reads
作为背景，使用MACS软件对比input和IP的reads的归一化平均覆盖深度（normalized average depth），进行Peak Calling。

有input，才有Peak Calling
举个栗子，上面这张图是在组蛋白H3K4me3的ChIP测序项目KC2018-CXXX中的一个结果图，它展示了基因转录起始位点至终止位点（TSS-TES）及上下游3kb范围内的input和IP的reads的分布，横坐标为基因位置，纵坐标为reads的覆盖深度（归一化）。

它可以反映组蛋白H3K4me3修饰分布情况：在该范围内input 由于没有富集，其reads分布较为平均，而IP的reads覆盖深度则有明显的变化：在TSS附近显著增加，然后在TSS-TES内逐渐降低，在TES处达到最低。

说明在TSS附近是组蛋白H3K4me3修饰分布较多的位置，而往TES处，H3K4me3的分布逐渐减少。

对比input和IP的reads的归一化平均覆盖深度，进行Peak
Calling。

上图即是选取筛选到Peak的基因，展示这些基因在TSS上下游10kb区域的reads分布（Peak在TSS上下游的分布）：在TSS 附近出现显著的结合峰，与文献报道的H3K4me3的结合特征相符。

进一步，我们还可以从上面这张图看到筛选到peak的每一个基因的reads的分布情况，上图中横坐标依然是位置，纵坐标则是不同的基因，reads的覆盖深度用不同颜色表示，红色表示覆盖度高，也就是
出现峰的位置。

这张图类似转录组测序中的热图，依次展示了每一个有结合峰的基因（由高到低排列），既全面有力的展示了目标蛋白（组蛋白）在全基因组范围的分布/结合，又可以看到每一个基因上的分布/结合情况。

我们在不少文献中都可以看到这张图。