玉米淀粉分支酶基因启动子的克隆及生物信息学分析
生物信息学期末复习资料（小字）
生物信息学期末复习资料（小字）名词解释或辨析。
1.生物信息学：生物信息学是包含生物信息的获取、处理、贮存、分发、分析和解释的所有方面的一门学科，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具进行研究，目的在于了解大量的生物学意义。
2.基因芯片：固定有寡核苷酸、基因组DNA或互补DNA 等的生物芯片。
利用这类芯片与标记的生物样品进行杂交，可对样品的基因表达谱生物信息进行快速定性和定量分析。
3.人类基因组计划：HGP，是一项规模宏大，跨国跨学科的科学探索工程。
其宗旨在于测定组成人类染色体（指单倍体)中所包含的30亿个碱基对组成的核苷酸序列，从而描绘人类基因组图谱，并且辨识其载有的基因及其序列，达到破译人类遗传信息的最终目的。
4.中心法则：分子生物学的基本法则，是1958年由克里克（Crick）提出的遗传信息传递的规律，包括由DNA到DNA的复制，由DNA到RNA的转录和由RNA 到蛋白质的翻译等过程。
20世纪70年代逆转录酶的发现，表明还有由RNA逆转录形成DNA的机制，是对中心法则的补充和丰富。
5.相似性和同源性：相似性（similarity）和同源性（homology）是两个完全不同的概念。
同源序列是指从某一共同祖先经过趋异进化而形成的不同序列。
相似性是指序列比对过程中检测序列和目标序列之间相同碱基或氨基酸残基序列所占比例的大小。
当两条序列同源时，他们的氨基酸或核苷酸序列通常有显著的一致性（identity）。
如果两条系列有一个共同进化的祖先，那么他们是同源的。
这里不存在同源性的程度问题，两条序列要么是同源的要么是不同源的。
1.生物信息学：综合计算机科学、信息技术和数学的理论和方法来研究生物信息的交叉学科。
包括生物学数据的研究、存档、显示、处理和模拟，基因组遗传和物理图谱的处理，核苷酸和氨基酸序列分析，新基因的发现和蛋白质结构的预测等。
2.蛋白质组：指由一个基因组，或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。
玉米淀粉分支酶基因SBEⅡb高效沉默表达载体的构建及转化表达
玉米淀粉分支酶基因SBEⅡb高效沉默表达载体的构建及转化表达李楠;赵吉元;尹悦佳;柳青;郭嘉;王云鹏;刘相国;郝东云;贺红霞【摘要】淀粉分支酶（ starch branching enzyme， SBE）是淀粉合成的限速酶。
为了进一步研究SBEⅡb沉默对玉米生长及直链淀粉合成的影响，克隆了玉米（ Zea mays）淀粉分支酶SBEⅡb基因片段，构建了SBEⅡb的发卡结构表达载体pTFU－SBEⅡb hairpin，用农杆菌介导法将其导入玉米HiⅡ幼胚中，经除草剂筛选获得了194株转化再生植株，其中4株结实，获得转基因种子35粒。
T1代植株经PCR及试纸条检测获得3株阳性材料，半定量RT－PCR结果得出SBEⅡb的表达量降低，推断出基因表达水平降低对直链淀粉的合成具有正效应。
%Starch branching enzyme ( SBE) is a rate-limiting enzyme in the synthesis of starch.To declare the effect of SBEⅡb silencing on maize growth and amylase synthesis, SBEⅡb gene from Zea mays was cloned, and its expression vector pTFU-SBEⅡb containing hairpin structure was constructed.The construct was transformed into maize HiII immature embryos by Agrobacterium-mediated method.194 regenerated plants were obtained through herbicide screening, 4 of them produced 35 seeds. Three positive plants were detected by PCR and BAR strip from T1 generation plants.Semi-quantitative RT-PCR results showed that the expression of SBEⅡb was reduced.And then, we deduced that the reducing level of SBEⅡb has positive effect on amylose synthesis.【期刊名称】《生物技术进展》【年(卷),期】2015(000)002【总页数】7页(P120-126)【关键词】玉米;淀粉分支酶SBEⅡb;ihpRNA载体;直链淀粉【作者】李楠;赵吉元;尹悦佳;柳青;郭嘉;王云鹏;刘相国;郝东云;贺红霞【作者单位】吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033; 吉林农业大学生命科学学院，长春130118;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033【正文语种】中文玉米(Zea mays L.)是世界栽培广泛的三大作物之一，其产量高于水稻和小麦。
生物信息学第五章基因组分析
基因组作图的分辨率水平
遗传图和物理图的区别、联系
A. 物理作图利用了现有的序列信息，并把显 微镜数据和遗传连锁图以及这些标记或基
因周围的DNA序列相结合。最终的物理图 将是基因组或是染色体的完整、连续的 DNA序列。
B. 由于遗传连锁图是根据染色体的重组活动 来度量标记间距离的，物理图和遗传连锁 图上的标记间的相对距离就会大不相同。
本章将介绍基因组结构分析和作图的基本 原理，以及功能基因组学的主要研究方法 和分析系统。
基因组分析的主要任务
确定基因在染色体上的位量，提供 遗传信息，并探讨基因之间以及基因与 经典遗传学、医学（包括基因治疗、跟 踪自发突变和X连锁疾病等）诸多方面 之间的联系。
基本概念
➢基因组（genome）是指一个生物体、细 胞器或病毒的整套基因。
工作难度
(1) 基因组所含信息量至少比单个基因要高几个 数量级。例如，人类基因组含30,000多个基因， 基因组大小约3×l09bp，如此巨大的数据量并 非常规分析工具所能及；
(2) 尽管人类基因组测序工作己基本完成，但草 图序列中存在不少碱基甚至基因组片段的缺 失或错误；发现并改正这些错误是一项极为 艰巨的工作，而这又是正确解析基因组功能 的必备步骤；
随着人类基因组及其他生物基因组计划的 顺利实施，基因组学开始进人了一个崭新的发 展时期，也为人们进行超大规模的基因组分析 工作提供了可靠的技术保证。
研究背景
➢生物信息学的各种信息资源和分析工具 正逐渐形成一个整合系统来反映生物体 的高度复杂性，基因组分析也不例外。
➢人类基因组计划自开始实施起就同时朝 着两个密切相关的方向前进：
➢基因组学（genomics）则以基因组分析为 手段，研究基因组的结构组成、时序表达 模式（temporal expression pattern）和 功能，并提供有关生物物种及其细胞功能 的进化信息。
生物信息学期末考试答案
生物信息学期末考试答案Bioinformatics：生物信息学——是一门综合运用生物学、数学、物理学、信息科学以及计算机科学等诸多学科的理论方法；以互联网为媒介、数据库为载体、利用数学和计算机科学对生物学数据进行储存、检索和处理分析；并进一步挖掘和解读生物学数据。
Consensus sequence：共有序列——决定启动序列的转录活性大小。
各种原核启动序列特定区域内（通常在转录起始点上游-10及-35区域）存在共有序列；是在两个或多个同源序列的每一个位置上多数出现的核苷酸或氨基酸组成的序列。
Data mining：数据挖掘——数据挖掘一般是指从大量的数据中自动搜索隐藏于其中的有着特殊关系性的信息的过程。
数据挖掘通常是利用计算方法分析生物数据；即根据核酸序列预测蛋白质序列、结构、功能的算法等；实现对现有数据库中的数据进行发掘。
EST：(Expressed Sequence Tag)表达序列标签——是某个基因cDNA克隆测序所得的部分序列片段；长度大约为200~600bp。
Similarity：相似性——是直接的连续的数量关系；是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。
Homology：同源性——是两个对象间的肯定或者否定的关系。
如两个基因在进化上是否曾具有共同祖先。
从足够的相似性能够判定二者之间的同源性。
Alignment：比对——从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点；以期能够推测它们的结构、功能以及进化上的联系。
或是指为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性；而将它们按照一定的规律排列。
BLOSUM：模块替换矩阵——是指在对蛋白质数据库搜索时；采用不同的相似性分数矩阵进行检索的相似性矩阵。
以序列片段为基础；从蛋白质模块数据库BLOCKS中找出一组替换矩阵；用于解决序列的远距离相关。
在构建矩阵过程中；通过设置最小相同残基数百分比将序列片段整合在一起；以避免由于同一个残基对被重复计数而引入的任何潜在的偏差。
生物信息学基础考试试题
生物信息学基础考试试题生物信息学基础考试试题回答一、选择题（每题5分，共20题）1. 生物信息学的定义是什么？A. 研究生物的基本信息B. 利用计算机科学分析生物学数据C. 研究生物的遗传编码D. 生物学的一个分支学科答案：B2. 以下哪个是常用的生物信息学数据库？A. NCBIB. C++C. DNAD. Photosynthesis答案：A3. 在DNA序列中，碱基A配对的是？A. TB. CC. GD. U答案：A4. 以下哪个是生物信息学中常用的序列比对算法？A. BLASTB. MATLABC. PCRD. ELISA答案：A5. 基因组学是研究什么的科学？A. 蛋白质结构B. DNA修复C. 基因组DNA的组成和功能D. 细胞分裂答案：C6. 哪种技术可用于测定DNA序列？A. 单克隆抗体技术B. RNA干扰技术C. 半制备列序法D. 高效液相色谱法答案：C7. 生物信息学中的序列模拟是指什么？A. 通过计算机模拟生物进化过程B. 利用计算机模拟DNA合成过程C. 模拟生物对某种药物的反应D. 利用计算机模拟细胞分裂过程答案：A8. 以下哪个是生物信息学的一个重要应用领域？A. 化学合成B. 建筑设计C. 新药研发D. 环境保护答案：C9. 哪个工具常用于分析生物信息中的调控网络？A. PhotoshopB. CytoscapeC. ExcelD. SPSS答案：B10. 蛋白质结构预测是生物信息学的一个重要研究方向，以下哪种是蛋白质的一级结构？A. α螺旋B. 葡萄糖C. 多肽链D. 抗原答案：C11. 生物信息学与生物医学工程有什么相似之处？A. 都研究细胞生物学B. 都属于理学院系C. 都涉及到计算机科学D. 都使用相同的实验方法答案：C12. 在基因组测序中，什么是基因组装？A. 利用计算机将碎片序列拼接成连续的基因组B. 测定基因组中的突变位点C. 研究基因间的调控关系D. 将RNA转录为蛋白质的过程答案：A13. 以下哪个不属于生物信息学的软件工具？A. BLASTB. PhotoshopC. RD. Python答案：B14. 哪种常见的DNA测序技术被广泛应用于基因组学研究？A. Sanger测序B. 吉姆斯法则C. CRISPR-Cas9技术D. 免疫印迹法答案：A15. 生物信息学中的反向遗传学用于研究什么？A. DNA复制B. 基因的转录和翻译C. RNA干扰D. 基因组的组装答案：B16. 哪种方法可用于鉴定基因表达谱中的关键基因？A. 蛋白质降解法B. 基因芯片技术C. 聚合酶链式反应D. 免疫组化技术答案：B17. 生物信息学研究中常用的基因表达定量方法是什么？A. Western BlotB. ELISAC. qPCRD. 蛋白质组学答案：C18. 生物信息学中的系统生物学研究的是什么？A. 各个细胞器的功能B. 化学元素与生物体的相互作用C. 生物学过程中的相互关系D. 各个动物种群的遗传特征答案：C19. 下面哪个数据库不是用于蛋白质结构预测的？A. PDBB. UniProtC. Swiss-ProtD. Entrez Gene答案：D20. 生物信息学中常用的序列对比方法是什么？A. 水平基因转移B. Smith-Waterman算法C. 单克隆抗体制备D. RNA干扰技术答案：B二、简答题（每题10分，共5题）1. 编程语言在生物信息学中的作用是什么？编程语言在生物信息学中扮演着重要角色。
公示-石河子大学研究生招生信息
公示根据《石河子大学研究生优秀学位论文评选实施细则（修订）》的有关要求，经个人申请、学院学位评定委员会推荐、学部委员会审议，校学位评定委员会于2015年6月23日审核，评选出我校2015年优秀博士学位论文4篇、优秀学术学位硕士学位论文82篇,优秀专业学位硕士学位论文8篇,现将结果公布如下：1、优秀博士学位论文（4篇）：序号学科、专业研究生论文题目导师1 动物遗传育种与繁殖付强牛病毒性腹泻病毒持续性感染的分子机制研究及其定点突变株的构建陈创夫2 作物栽培学与耕作学闵伟咸水滴灌对棉田土壤微生物及水氮利用效率的影响侯振安3 动物遗传育种与繁殖李志强布鲁氏菌二元调控系统TceSR和TcfSR的生物学功能研究陈创夫4 作物栽培学与耕作学张泽基于GIS的土壤氮素分区管理与施肥模型建立研究吕新2、优秀学术学位硕士学位论文（82篇）：序号学科、专业研究生论文题目导师1 遗传学李超棉花GhFT1基因启动子的克隆及功能分析黄先忠2 生态学李纪伟新疆天山以北地区瘿螨区系研究张建萍3 遗传学郭丹丽陆地棉FLOWERING LOCUS T同源基因GhFL1的克隆及功能分析黄先忠4 预防兽医学彭叶龙单核细胞增生李斯特菌ncRNA rli60基因缺失株的构建及部分生物学特性研究乔军5 预防兽医学赵海龙少孢节丛孢菌胞外蛋白酶基因的克隆、表达及生物学活性研究孟庆玲6 预防兽医学谢堃Rli87基因缺失对LM环境应激及致病力的影响乔军7 果树学王博慧库尔勒香梨MYB基因表达规律及干扰载体构建研究牛建新8 果树学孙晓霞库尔勒香梨SPL基因克隆表达分析及花器官的转录组分析牛建新9 植物病理学毛建才聚多糖脱乙酰酶基因家族VdpdaA s在大丽轮枝菌中的功能分析高峰10 土壤学马丽娟咸水滴灌对棉田土壤硝化关键微生的影响侯振安11 作物遗传育种韩泽刚枯萎病菌诱导棉花幼苗根部基因表达谱的分析及GhERFB101基因的克隆张薇12 生态学王静娅干旱区典型盐生植被群落土壤团聚体及其生物学特性的分析张凤华13 植物营养学陶瑞化肥减量有机替代下滴灌农田氮素转化与N2O排放褚贵新14 作物栽培学与耕作学刘军长期连作及秸秆还田棉田土壤有机碳组分变化研究刘建国15 生物化学与分子生物学刘逸泠杂交狼尾草再生体系的建立及转sikPIP基因的研究祝建波16 生物化学与分子生物学史梦婷miR-193a影响BVDV在MDBK细胞内致病机制的研究陈创夫17 作物遗传育种王昊龙小麦淀粉分支酶SBEIIa、SBEIIb基因序列多态性分析及功能标记的开发李卫华18 应用化学盛文波基于阿维菌素控制释放功能性聚合物的制备及其性能研究贾鑫19 农业水土工程李文昊新疆长期膜下滴灌棉田土壤盐分离子分布特征与时空迁移规律研究王振华20 农业电气化与自动化丁竹青基于LabVIEW Vision的加工番茄外部缺陷在线检测系统设计与研究坎杂21 应用化学郭豪氮杂环卡宾催化C-X键形成研究何林22 工业催化黄超锋基于“界面效应”设计高稳定性乙炔氢氯化反应Au基催化剂朱明远23 水利水电工程刘毅伊犁黄土滑坡特征、成因及稳定性分析程建军24 农产品加工及贮藏工程高聪一株产几丁质酶细菌的筛选鉴定、酶学性质及降解几丁质的研究童军茂25 工业催化陈昆乙炔氢氯化反应碳载体孔径调控及改性研究代斌26 机械设计及理论冉兵加工番茄酱后皮渣双作用分离试验研究坎杂27 应用化学赵赫基于咔唑的有机小分子光电材料的合成及其性能研究刘志勇28 生物化工乔醴峰基于核酸适配体的β-葡萄糖醛酸苷酶一步纯化固定化研究及其应用李春29 工业催化王洋甲醇定向转化制苯乙烯反应机理的理论研究康丽华30 工业催化周昌健大黄酸-氨基酸偶联物的合成及抗肿瘤活性初步研究代斌31 农业机械化工程冯哲苹果不同受载时接触应力测量分析及损伤预测吴杰32 生物化工汤恒基于β-葡萄糖醛酸苷酶结构解析的耐热性研究李春33 应用化学张晶2-三氟乙酰基苯酚与活泼碳碳叁键串联反应研究代斌34 机械制造及其自动化徐虎博不同内部品质库尔勒香梨振动频谱特性分析研究吴杰35 机械电子工程高国刚基于DSP数字图像处理的哈密瓜品质检测研究马本学36 机械设计及理论王梦籽棉回潮率自动测量装备的研究坎杂37 区域经济学王淑娟向西开放背景下新疆优势产业选择及发展研究李豫新38 产业经济学张震新疆生产性服务业对经济增长的影响研究程广斌39 农业经济管理王洁菲基于产业安全的新疆棉花产销体系优化研究王力40 企业管理陈艳小微企业创业领导力开发研究————以石河子市科技型小微企业为例刘追41 企业管理徐兵变革型领导、心理授权与知识型员工离职倾向关系研究石冠峰42 金融学姜勇新疆农村金融普惠的空间差异及集聚效应研究徐敏43 产业经济学帅林遥中国新疆边境贸易便利化影响因素研究李豫新44 马克思主义民族理论与政策吴良平一个净土宗寺院再造研究：以玛纳斯大佛寺为例龙开义45 企业管理韩宏稳新生代员工组织公平感与离职倾向关系研究石冠峰46 马克思主义中国化研究田海峰唐安西四镇屯城布局研究张安福47 金融学蔡玉婧兵团小微企业的融资困境及对策研究何剑48 区域经济学张盼盼天山北坡经济带城市综合承载力评价研究程广斌49 会计学齐云飞行业成长性与我国上市公司现金持有杨兴全50 区域经济学张静新疆外贸结构转型升级路径研究龚新蜀51 农业经济管理胡世勇合肥市经济技术开发区被征地农民消费行为研究胡宜挺52 金融学蒋世辉新疆地方农户与兵团职工金融需求差异研究马乃毅53 区域经济学李崇基于包容性增长的兵团居民幸福感提升研究朱金鹤54 马克思主义中国化研究豆孝蕊兵团组织文化研究闫卫华55 药物分析学刘媛几种纳米复合材料的制备及其在电化学传感器中的应用研究唐辉56 肿瘤学李一鑫胃癌中VEGF、VEGFR2表达的临床病理学意义及其对预后的影响张文杰57 病理学与病理生理学李文琴Notch1信号通路相关基因mRNA表达与乳腺癌变、进展相关性研究曹玉文58 病理学与病理生理学谢玉汶GEFT基因对横纹肌肉瘤细胞生物学行为的影响李锋59 外科学王圣超MHCI-VEGFR2抗原肽单链三聚体DNA疫苗的抗肿瘤转移作用及其机制牛建华60 药剂学侯雪娇玫瑰花总黄酮的提取纯化及其抗离体心肌缺血再灌注损伤研究陈文61 流行病与卫生统计学庞鸿瑞新疆维吾尔族、哈萨克族农村居民高同型半胱氨酸血症流行特点及与相关疾病的关系郭淑霞62 护理学陈玲创伤后应激障碍症状学特征与眼动脱敏再加工疗效关系探讨张桂青63 肿瘤学谷倬宇COX-2、MMP-14和胰腺癌细胞增殖、侵袭、转移的关系研究李军64 肿瘤学李焕焕塞来昔布联合吉非替尼在非小细胞肺癌中的实验研究巩平65 外科学卞正君KLD-12多肽/TGF-β1诱导MSCs向髓核样细胞分化的实验研究孙建华66 病理学与病理生理学李肃PLCE1在食管鳞癌组织中的表达及其对肿瘤细胞增殖和侵袭的影响研究陈云昭67 生物化学与分子生物学王旭晖Neuritin通过Notch信号通路在血管生成中的作用黄瑾68 生药学戴沩特克斯橐吾根及根茎的化学成分及抗补体活性研究王琪69 病理学与病理生理学唐娜人巨细胞病毒和环境危险因素互作对新疆汉族原发性高血压易感性的影响何芳70 流行病与卫生统计学陈娟PPARγ基因单核苷酸多态性与维吾尔族代谢综合征的相关研究郭淑霞71 流行病与卫生统计学崔俊营基于多水平模型的兵团居民自评健康趋势和影响因素研究唐景霞72 流行病与卫生统计学何菲新疆农村地区维吾尔族和哈萨克族人群糖尿病和空腹血糖受损患病率及其影响因素郭淑霞73 内科学马莉活性维生素D3对人肾小球系膜细胞中Akt级mTOR表达的影响杨晓萍74 病原生物学王婵靶向Mcl-1的shRNA对结核杆菌感染巨噬细胞的凋亡影响章乐75 生理学张文雯新疆哈、汉族人群原发性高血压与缝隙连接基因多态性的相关性研究司军强76 肿瘤学冯文磊血管内皮前体细胞对间充质干细胞增殖能力的影响吴向未77 病理学与病理生理学何丽MTB PPS对MTB耐药性产生的作用及其机制研究张万江78 药理学龚福恺治疗白血病中药的活性分子及靶点挖掘——α-Viniferin 抑制K562 细胞生长的机制研究张波79 社会医学与卫生事业管理盖莉莉新疆农村妇女宫颈癌筛查项目组织现状研究井眀霞80 社会医学与卫生事业管理黄蓉哈密地区卫生人力现状及配置研究秦江梅81 护理学吴复琛新疆维吾尔族、哈萨克族失能老年人居家主要照护者照护负担及影响因素研究王玉环82 内科学王婉秋辛伐他汀对2型糖尿病动脉硬化大鼠血浆VEGF、TGF-β1及CTRP3水平的影响研究孙侃3、优秀专业学位硕士学位论文（8篇）：序号学科、专业研究生论文题目导师1 农业硕士养殖领域刘文骁彩鲫与建鲤杂交F1代生物学特性研究陈宏2 兽医硕士胡政香绵羊肺炎支原体新疆塔城流行株的分离鉴定及油佐剂灭活苗免疫原性初步研究孟庆玲3 农业硕士作物领域康亚龙连作对加工番茄土壤微生物群落及多样性的影响蒋桂英4工程硕士化学工程领域吴丰田铜催化C-N/C-O偶联合成N-芳基咪唑和苯并噁唑的催化体系研究谢建伟5工程硕士食品工程领域张继贤基于鹰嘴豆蛋白美拉德肽的制备技术研究与产品开发程卫东6 临床医学硕士肿瘤学王宁滑膜肉瘤上皮间叶不同组织成分中EMT相关基因的表达与意义李锋7 临床医学硕士肿瘤学吴何兴VEGF、CD34在肝泡状棘球蚴浸润性生长中的作用张示杰8临床医学硕士妇产科学纪莎HPVL1基因甲基化在维汉两组宫颈癌中的相关性分析玛依努尔·尼牙孜以上名单从今日起在校内公示7天，公示期内校学位评定委员会按程序受理个人或集体提出的异议；无异议者，即可作为我校2015年优秀博士、硕士学位论文。
【浙江省自然科学基金】_pcr技术_期刊发文热词逐年推荐_20140813
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2009年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52
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2010年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52
科研热词 聚合酶链反应 基因表达 腺病毒 社鼠 日本血吸虫 巢式pcr 反应体系 原核表达 农杆菌 优化 中华蜜蜂 麂角杜鹃 高粱 高温 非伤害性取样 雷竹 间接荧光抗体 闭联异松树脂醇二酯脱氢酶 闭联异松树脂醇二脂脱氢酶 锯缘青蟹 链球菌,肺炎/遗传学 钉螺 金黄色 重组蛋白质类 遗传转化 逆转录pcr 转基因高粱 转基因 赤潮 质量检测 调节性t细胞 表达载体 血卵涡鞭虫 蛇莓 葡萄球菌 荧光定量pcr 茄子 自主调控途径 膜联蛋白a2 腹泻 肝肿瘤 聚合酶链反应,实时 聚丙烯凝胶电泳 组织因子 红色裸甲藻 突变体 移植耐受 真核表达质粒 真核表达 目标基因替换 番茄 生长素响应因子
生物信息学题库--精校+整理
生物信息学题库一、名词解释1.生物信息学:生物分子信息的获取、存贮、分析和利用;以数学为基础, 应用计算机技术, 研究生物学数据的科学。
2.相似性(similarity):相似性是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA 碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。
3.同源性(homology):生物进化过程中源于同一祖先的分支之间的关系。
4.BLAST(Basic Local Alignment Search Tool):基本局部比对搜索工具, 用于相似性搜索的工具, 对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。
5.HMM隐马尔可夫模型:是蛋白质结构域家族序列的一种严格的统计模型, 包括序列的匹配, 插入和缺失状态, 并根据每种状态的概率分布和状态间的相互转换来生成蛋白质序列。
6.一级数据库:一级数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据, 只经过简单的归类整理和注释(投稿文章首先要将核苷酸序列或蛋白质序列提交到相应的数据库中)7、二级数据库:对原始生物分子数据进行整理、分类的结果, 是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。
8、GenBank: 是具有目录和生物学注释的核酸序列综合公共数据库, 由NCBI构建和维护。
9、EMBL: EMBL 实验室: 欧洲分子生物学实验室。
EMBL 数据库: 是非盈利性学术组织 EMBL 建立的综合性数据库, EMBL 核酸数据库是欧洲最重要的核酸序列数据库, 它定期地与美国的GenBank、日本的 DDBJ 数据库中的数据进行交换, 并同步更新。
10、DDBJ: 日本核酸序列数据库, 是亚洲唯一的核酸序列数据库。
11.Entrez:是由 NCBI 主持的一个数据库检索系统, 它包括核酸, 蛋白以及 Medline 文摘数据库, 在这三个数据库中建立了非常完善的联系。
12.SRS(sequence retrieval system):序列查询系统, 是 EBI 提供的多数据库查询工具之一。
玉米FAD2基因的生物信息学分析
玉米FAD2基因的生物信息学分析玉米FAD2基因的生物信息学分析摘要：生物信息学是一种对生物学数据进行分析和解释的交叉学科，可以有效地帮助科学家深入研究基因的结构和功能。
玉米（Zea mays）是世界上最重要的粮食作物之一，而FAD2基因则在玉米中起着重要的调控作用。
本文通过生物信息学方法对玉米FAD2基因进行了全面的分析，探究了其在玉米生长发育和甜玉米中的潜在作用。
引言：玉米是世界上最重要的粮食作物之一，广泛应用于食品、饲料和工业原料。
在玉米中，FAD2（Fatty Acid Desaturase 2）基因编码一种脂肪酸脱饱和酶，它在油脂代谢中起着重要的调控作用。
研究表明，FAD2基因参与了玉米内源脂肪酸的合成和积累，对玉米生长发育和品质形成具有重要意义。
本研究旨在通过生物信息学分析，揭示玉米FAD2基因的结构和功能，为深入研究该基因在玉米中的作用提供参考。
材料与方法：本研究使用了玉米FAD2基因的序列信息，包括基因序列、蛋白序列和相关的调控元件。
通过比对分析，获取与FAD2基因相关的序列信息，并利用软件工具进行生物信息学分析，包括基因结构预测、蛋白结构模拟和调控元件识别等。
结果与讨论：根据基因序列比对，确定了玉米FAD2基因的结构和组成。
该基因包含多个外显子和内含子，其中某些内含子可能与基因的调控和表达有关。
基于蛋白序列，进行了FAD2蛋白结构的模拟预测，揭示了其可能的结构和功能。
进一步通过调控元件的识别，发现了FAD2基因可能受到多种转录因子的共同调控，这些转录因子可能与FAD2基因在玉米发育和甜玉米中的差异表达相关。
结论：通过生物信息学分析，揭示了玉米FAD2基因的结构和功能，为进一步探究其在玉米中的作用提供了重要线索。
未来的研究可以结合分子生物学和遗传学的方法，进一步验证生物信息学分析的结果，从而深入了解玉米FAD2基因的功能和调控机制。
这有助于在玉米育种和生产中提高玉米的产量和品质，为粮食安全和农业发展做出贡献。
生物遗传学和生物信息学在植物科学中的应用
生物遗传学和生物信息学在植物科学中的应用众所周知，植物是我们生活中不可或缺的一部分。
从食物到生态环境，植物都扮演着重要角色。
随着科学技术的发展，生物遗传学和生物信息学成为植物科学中的重要分支，并在植物研究中发挥了积极的作用。
本文将探讨生物遗传学和生物信息学在植物科学中的应用。
1. 生物遗传学在植物研究中的应用生物遗传学是研究生物基因特征和遗传变异的学科。
在植物研究中，生物遗传学技术被广泛用于解决植物分类和进化等问题。
例如，通过DNA分析和遗传分析方法，可以对植物进行分类和鉴定。
另外，生物遗传学技术在植物繁殖和育种上也有重要应用。
1.1 植物分类和进化的研究植物分类学是系统地研究植物分类和演化的学科。
生物遗传学技术可以通过对植物的DNAs进行分析和比较，来揭示它们的进化历史和亲缘关系。
DNA条形码技术已被广泛应用于物种鉴定和识别，它基于物种的遗传信息，可以快速准确地鉴定物种的来源。
1.2 植物育种和繁殖的应用通过生物遗传学技术，可以选择或改良植物品种中的有用特征，使其更适合不同的栽培环境和增加产量。
例如，通过基因编辑技术可以开发出抗旱、抗病等性状优良的植物品种。
另外，生物遗传学技术也可以应用于杂交、无性繁殖等植物育种方法中，实现品种改良和选择。
2. 生物信息学在植物研究中的应用生物信息学是一个跨学科的领域，它将计算机科学和生物学知识相结合，用于处理和分析大规模的生物学信息。
在植物研究中，生物信息学技术被广泛用于植物基因组的测序和分析、转录因子网络的分析、植物代谢途径的研究等方面。
2.1 植物基因组的测序和分析生物信息学技术是对植物基因组进行大规模序列分析和解读的关键。
植物基因组序列的获得和解读可以为进一步研究植物品种提供重要信息。
通过生物信息学分析，可以预测植物中存在的基因、转录本和蛋白质等信息。
同时，也可以利用生物信息学技术研究植物基因组不同区域的功能。
2.2 转录因子网络的分析转录因子是调节基因表达的蛋白质，它们的作用是将RNA启动子与RNA聚合酶复合在一起，从而促进RNA转录。
16种微生物蛋白酶的生物信息学分析
16种微生物蛋白酶的生物信息学分析作者：富玉竹李欣李晔王斯德金丽华于然来源：《江苏农业科学》2020年第04期摘要：蛋白酶（protease）是以降解蛋白质为主的糖苷酶，具有丰富的多样性，在生物有机体中发挥着重要而又广泛的作用，具有广泛的研究和应用价值。
本研究采用ProtParam、ProtScale、SignalP 4.1 server和NPSA serve等生物信息学软件，对天蓝色链霉菌、普通拟杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草杆菌等16种微生物蛋白酶的理化性质、蛋白结构、系统发生树和功能域等进行了分析。
结果表明：通过分析16种微生物蛋白酶的稳定性发现，金黄色葡萄球菌、唾液链球菌、短小芽孢杆菌、绿脓杆菌为不稳定蛋白;二级结构由α螺旋、β转角、无规则卷曲和延伸链等结构元件组成;除了节杆菌属、无乳链霉菌、普通拟杆菌、肠杆菌属具有信号肽，其余蛋白酶氨基酸序列不具有信号肽的特点。
可以推测出蛋白酶为非分泌性蛋白;只有绿脓杆菌和猪链球菌有跨膜结构，剩下其余几种微生物均没有跨膜结构。
具有2个蛋白功能域，分别为Peptidase S8 familyi、Fn3_5like domain。
关键词：微生物;蛋白酶;序列分析;生物信息学;理化性质;蛋白结构;信号肽中图分类号： S188+.3文献标志码： A文章编号：1002-1302（2020）04-0065-08基金项目：北京市自然科学基金（编号：2182019）;北京市教育委员会项目（编号：1-PXM2018-014306-000057/7）;国家自然科学基金青年科学基金（编号：51708005）;北京电子科技职业学院重点课题（编号：2019-KXZ）;北京市优秀人才资助（拔尖自然科学）（编号：2020Z002-002-KWT）。
作者简介：富玉竹（2000—），女，北京人，研究方向为酶与基因重组，E-mail：1002967685@;共同第一作者：李欣（1998—），女，北京人，研究方向为生物技术，E-mail：1217436404@。
细胞信号转导通路的生物信息学分析
细胞信号转导通路的生物信息学分析细胞信号转导通路是生物学研究中的一个重要分支，它揭示了细胞内外信息传递及其调节机制。
生物信息学分析是对已知通路进行深入分析的重要工具。
本文将介绍细胞信号转导通路的基本概念、研究现状和生物信息学分析方法。
一、细胞信号转导通路的基本概念细胞信号转导通路是指细胞内外信号的传递过程。
细胞内外的环境改变会引起一系列反应，包括蛋白激酶及蛋白磷酸酶的激活、离子通道的开放和关闭等，从而控制基因表达、细胞增殖、分化、凋亡等生物学过程。
细胞信号转导通路中的分子是多种家族、多个信使分子和受体等组成的复杂网络，不同的通路通过此网络相互联系，实现细胞内、外信息的传递与调控。
细胞信号转导通路中的分子和机制是生物学研究中的焦点，也是疾病研究中的重要领域。
基于对其功能和调控机制的理解，人们可以寻找药物靶点，设计新型治疗方法。
二、研究现状细胞信号转导通路的研究具有重要的理论意义和实践价值。
随着技术的发展和计算机科学的不断进步，生物信息学分析已成为细胞信号转导研究的重要方法。
基于已知的信号通路，可以通过生物信息学方法对其进行深入分析。
例如，从全基因组中筛选受体、配体和信使等分子进行拟人化研究；另一方面，通过探究信号通路中的相互作用和调控机制，可以从中挖掘潜在的治疗靶点和新药物的研发方向等。
同时，生物信息学的高通量技术也为细胞信号转导的研究提供了很多有力的支持。
例如蛋白质组学的技术，可以扩大研究样本的范围和深度，发现更多的生物标志物，并依此推断调控机制。
此外，基因芯片技术的发展，也为研究基因表达谱的变化和通路调控机制提供了基础数据。
三、生物信息学分析方法生物信息学分析的方法是非常多样的，针对不同需求，有各种不同的分析工具和数据库可供选择，如KEGG，GO，STRING等。
下面将介绍两种常用的方法和工具。
1. 生信网站和数据库生信网站常常是一个生物信息学的入口，其中许多有用的数据库和分析工具在网站中可供选择并使用。
淀粉分支酶的作用
淀粉分支酶的作用
淀粉分支酶（starchbranchingenzyme，SBE）是一类多功能的酶，主要参与植物籽粒中淀粉的构建，控制碳水化合物在籽粒中的运转。
它可以将淀粉形成分支结构，从而增大淀粉分子的大小，使淀粉更容易排出有机体。
淀粉分支酶的最重要的功能是是在籽粒中将淀粉分子形成分支
结构，起到控制碳水化合物在籽粒中的运转的作用。
此外，淀粉分支酶还可以增加淀粉可溶性多糖的含量，这些淀粉可溶性多糖可以改善食品的口感。
淀粉分支酶还能增加淀粉的降解速度，让淀粉更容易被消化吸收。
此外，淀粉分支酶在乳酸菌丰度检测中也有重要作用，因为淀粉分支酶是乳酸菌产酸的重要酶之一，能够将淀粉分解成单糖，再被乳酸菌进一步降解成乳酸，因此淀粉分支酶的活性在乳酸菌丰度检测中是非常重要的指标。
综上所述，淀粉分支酶的功能十分重要，可以帮助增加植物籽粒的营养价值，增加淀粉的溶性多糖含量，增加淀粉的可消化性，为乳酸菌丰度检测提供参考指标。
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玉米基因组序列的分析与挖掘研究
玉米基因组序列的分析与挖掘研究玉米是世界上最主要的粮食作物之一，对人类的生产和生活有着不可估量的重要意义。
同时，作为一种草本植物，玉米的基因组也具有一定的研究价值。
本文将从玉米基因组序列分析和挖掘两个方面入手，探讨玉米基因组的相关研究进展以及其意义。
一、玉米基因组序列分析的研究进展1.1 玉米基因组序列的测序技术基因组测序是对一个生物体全部DNA序列的测定，从而揭示其基因组的组成、结构和功能等特征。
玉米基因组测序技术主要包括以下几种：a) 传统的Sanger测序技术Sanger测序是一种传统的链终止法测序技术，通过一种名为“二进制分裂”的方法，把DNA片段依次分裂成一系列不同长度的链。
然后将不同长度的链都用四种荧光标记器标记，经过一系列反应和扫描，最后可以得到一个完整的DNA序列。
然而，Sanger测序技术适用于小片段的DNA序列测定，测序速度较慢。
在大规模的基因组测序中，其测序成本显然过高。
b) 高通量测序技术高通量测序技术是目前最主流和最广泛应用的基因组测序技术。
它的核心是通过分子生物学、生物信息学和计算机技术的结合，实现对大规模DNA序列的快速、高效测定。
高通量测序技术可以将大量的DNA片段同时测序，使得基因组测序的速度和效率大大提高。
而玉米的基因组序列测定中，则主要采用的是Illumina高通量测序技术。
1.2 玉米基因组序列分析的结果测序完成后，对玉米基因组序列的分析可以揭示其基因组的组成、结构和功能等方面的信息。
根据现有研究，玉米基因组的总长度为2.3亿个碱基对，分为10条染色体。
其中，基因编码区域占整个基因组的5%，约为11.2万个基因。
通过对玉米基因组序列的测序和分析，可以获得以下几个方面的信息：a) 玉米基因组的染色体结构和稳定性玉米为二倍体，其基因组在杂交时会发生随机的配子互换，表现出强烈的结构多样性。
除此之外，在基因组的演化过程中，这种种类特异性的染色体结构变化对稳定性造成了很大的影响。
玉米核不育基因MS22克隆及其同源基因生物信息学分析
2022年3月 热带农业科学第42卷第3期Mar. 2022 CHINESE JOURNAL OF TROPICAL AGRICULTURE Vol.42, No.3收稿日期 2021-11-27；修回日期 2021-12-14基金项目 内蒙古自治区自然科学基金项目（No.2021MS03083）。
第一作者 高永钢（1983—），男，博士，讲师，研究方向为作物分子育种，E-mail ：**************。
玉米核不育基因MS22克隆及其同源基因生物信息学分析高永钢1,2（1. 内蒙古科技大学 内蒙古包头 014010；2. 内蒙古科技大学能源与环境学院 内蒙古包头 014010）摘 要 利用水稻ROXY1、ROXY2基因序列，在玉米基因组数据库进行同源检索，发现GRMZM2G442791基因（MS22）序列与ROXY1、ROXY2之间具有较高的相似度（73%～79%）。
以玉米B73自交系为实验材料克隆MS22启动子区序列；用生物信息学方法对水稻 ROXY1、ROXY2及MS22基因核苷酸序列以及蛋白质结构、亲水性和疏水性及进化树等进行分析。
结果表明，玉米雄性核不育相关基因MS22编码区长度为480 bp ，编码159个氨基酸；ROY1编码区长度为408 bp ，编码136个氨基酸；ROXY2编码区长度为420 bp ，编码140个氨基酸。
通过对蛋白功能结构域进行分析发现，MS22、ROXY1、ROXY2都为谷氧还蛋白家族成员，具有GRX 家族基因相似的功能结构域和近似的三级结构。
因此推测，MS22可能与ROXY1、ROXY2具有相似的功能，可能参与氧化还原调节、植物胁迫防御，在控制雄性配子发生中起主要调控作用。
关键词 玉米；雄性不育；MS22 基因；生物信息中图分类号 S513 文献标识码 A DOI: 10.12008/j.issn.1009-2196.2022.03.009Cloning of Maize Genic Male Sterility Gene MS22 and BioinformaticsAnalysis of Its Homologous GeneGAO Yonggang 1,2(1. Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou, Inner Mongolia 014010, China; 2. College of Energy and Envi-ronment, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou, Inner Mongolia 014010, China)Abstract Using rice ROXY1 and ROXY2 gene sequences, a homology search was conducted in the maize genome database. the searching results showed that the GRMZM2G442791 (MS22) gene sequence had a high degree of similarity with ROXY1 and ROXY2 (73%-79%). Primers were designed by using Primer5.0, and MS22 was cloned by using the maize B73 inbred line. Bioinformatics methods were used to analyze the nucleotide sequences, protein structure, hydrophilia, hydrophobicity and evolution tree of rice ROXY1, ROXY2 and MS22. The results showed that the coding regions of the maize male sterility related gene MS22, ROY1 and ROXY2 are 480 bp, 408 bp and 420 bp in length, respectively and encode 159 amino acids, 136 amino acids and 140 amino acids, respectively. The analysis of protein functions and domains showed that MS22, ROXY1 and ROXY2 are members of the glutaredoxin (GRX ) family and have the similar functional domains and similar tertiary structure to GRX family genes. Therefore, it is speculated that MS22 may have similar functions to ROXY1 and ROXY2, could participate in redox regulation, plant stress defense, and play a major role in controlling male gametogenesis. Keywords maize; male sterility; MS22; bioinformatics玉米是我国最重要的粮食作物之一，其产量的提高主要依赖于杂种优势的利用。
分子遗传学研究方法
分子遗传学研究方法分子遗传学是现代生物学的重要分支，主要研究生物体内遗传信息的传递、表达和调控。
本文将为您详细介绍分子遗传学研究的一些常用方法。
一、分子克隆技术分子克隆技术是分子遗传学的基础，通过该技术可以将特定的DNA片段插入到载体中，并在宿主细胞内进行复制和表达。
分子克隆主要包括以下几个步骤：提取目标DNA、酶切和连接、转化宿主细胞、筛选阳性克隆。
二、聚合酶链反应（PCR）聚合酶链反应是一种在体外快速扩增特定DNA片段的技术。
PCR主要包括变性、退火和延伸三个步骤，通过循环进行这三个步骤，可以使目标DNA 片段在短时间内大量扩增。
三、基因测序技术基因测序技术是对DNA分子进行直接测序的方法，可以获得生物体的完整遗传信息。
目前常用的基因测序技术有Sanger测序和下一代测序（NGS）。
四、基因表达分析基因表达分析是研究基因在生物体内表达水平的方法。
常用的技术包括：1.Northern blot：通过RNA与DNA探针的杂交，检测特定mRNA的表达水平。
2.实时荧光定量PCR（qPCR）：通过荧光标记，实时监测PCR扩增过程中目标基因的拷贝数，从而确定基因的表达水平。
3.基因芯片技术：通过将大量基因探针固定在芯片上，检测样本中mRNA的表达情况。
五、蛋白质组学技术蛋白质组学技术是研究生物体内蛋白质表达、修饰和相互作用的方法。
常用的技术包括：1.双向凝胶电泳（2-DE）：将蛋白质分离成多个斑点，并进行质谱分析，鉴定蛋白质种类。
2.蛋白质免疫印迹（Western blot）：通过特异性抗体检测目标蛋白质的表达。
六、生物信息学分析生物信息学分析是利用计算机技术和统计学方法研究生物遗传信息的手段。
在分子遗传学研究中，生物信息学分析可以帮助研究者预测基因功能、发现新的基因和信号通路等。
玉米ACO基因家族生物信息学及表达模式分析
玉米ACO基因家族生物信息学及表达模式分析王程泽;张燕;付伟;贾京哲;董金皋;申珅;郝志敏【期刊名称】《中国农业科学》【年(卷),期】2024(57)7【摘要】【目的】对玉米1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶ACO基因家族进行全基因组鉴定,分析其在玉米不同器官和不同发育时期以及响应外源激素和病菌侵染中的表达模式,为明确玉米ACO基因家族功能打下基础。
【方法】利用生物信息学方法,在玉米B73自交系基因组中鉴定ACO,对其基因结构、蛋白质理化性质、家族成员间的亲缘关系以及保守基序进行分析,利用实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)技术分析ZmACO基因家族的表达模式。
【结果】除ZmACO11外,ZmACO家族成员均具有Fe2+离子结合位点和底物抗坏血酸结合位点。
系统发育分析显示,ZmACO_(2)与ScACO在同一分支,亲缘关系较近,Bootstrap值达98。
基因表达分析表明,ZmACO_(2)、5、9、15、20、35在各发育时期均活跃表达,且在叶片中呈优势表达,因此选择上述6个基因进行下一步检测。
喷施乙烯利后,上述6个基因的表达均有所波动,其中ZmACO_(2)的表达量受影响较大,变化幅度在8倍左右。
在乙烯利处理的0—24 h内这6个基因的表达量存在波动,但在处理后24 h,6个基因的表达量均接近0。
水杨酸处理后,ZmACO5的表达量受影响较大,变化倍数在2倍左右。
其他基因的表达量在处理后24 h均接近0。
ZmACO9、35在3—12 h的表达量存在波动,ZmACO_(2)、15、20表达量呈下调趋势。
在响应生物胁迫方面,接种玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)后,ZmACO5、9的表达量变化幅度最大,在接种后第10天,这两个基因的表达量分别升至对照组的50和60倍。
接种玉米小斑病菌(Cochlibolus heterostrophus)后,ZmACO5的表达量变化幅度较大,变化倍数在40—90倍。
玉米GRAS基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析
玉米GRAS基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析吴占清;陈威;赵展;许海良;李豪远;彭星星;陈东旭;张明月【期刊名称】《中国农业科技导报》【年(卷),期】2024(26)3【摘要】GRAS基因家族是植物中广泛存在的一类转录因子,在植物生长发育、生物和非生物逆境胁迫、光信号和激素信号应答等多个过程中发挥重要作用。
对玉米GRAS基因家族成员的理化性质、染色体定位、系统发育、顺式作用元件等特征进行了分析。
结果表明,在玉米全基因组中共鉴定出49个ZmGRAS基因,不均匀地分布于1~10号染色体上,编码蛋白质理化性质差异较大,可能在不同的微环境下发挥作用。
系统进化分析将GRAS蛋白分为8个亚家族,可能在调节自身生长发育、逆境应答等过程中具有重要作用。
玉米GRAS基因家族的启动子区含有激素应答、光响应、胁迫应答等多种顺式作用元件,推测其可能响应激素、胁迫等多种信号。
共线性分析显示,具有共线性关系的基因可能是染色体片段复制的结果,且属于同一亚家族,具有相似的结构和功能。
研究结果为进一步研究玉米GRAS基因的功能和逆境胁迫响应机制提供了依据。
【总页数】11页(P15-25)【作者】吴占清;陈威;赵展;许海良;李豪远;彭星星;陈东旭;张明月【作者单位】开封市农林科学研究院;开封大学信息工程学院【正文语种】中文【中图分类】S513【相关文献】1.杜仲全基因组GRAS基因家族的鉴定和系统发育分析2.小麦GRAS基因家族的全基因组鉴定与分析3.基于全基因组鉴定与分析金钗石斛GRAS基因家族4.决明GRAS基因家族全基因组鉴定及其在盐和干旱胁迫条件下的表达分析5.菜小G蛋白BvRab基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
生物信息学中的DNA序列特征分析研究
生物信息学中的DNA序列特征分析研究DNA序列特征分析是生物信息学中的一个重要研究领域，它可以为基因的发掘、基因功能分析、进化研究、生物种类的鉴定等方面提供帮助。
DNA序列是生物的遗传信息载体，包含了一个生物的全部遗传信息。
因此，掌握DNA序列特征分析方法对于解决生物学的各种问题具有重要意义。
DNA序列的特征分析主要涉及到DNA的结构、序列复杂性、碱基组成、开放阅读框、限制性酶切位点、同源序列搜寻等方面。
首先，对于DNA的结构，生物学家一般采用X射线晶体结构分析和核磁共振研究等方法来解析不同种类DNA的三维结构。
其次，对于DNA的复杂性，我们需要考虑DNA序列中各类重复序列、伪基因和启动子等序列的比例以及存在的基因家族的数量等问题，这些内容都需要复杂的统计分析。
DNA序列的碱基组成也是进行序列特征分析的一个重要内容，对于不同生物种类的DNA序列，碱基的种类和组成比例有所不同。
通过碱基组成可以了解一个生物的进化历程以及基因功能的一些特征。
开放阅读框（ORF）是DNA序列中能够被翻译成氨基酸序列的连续三个核苷酸。
对于不同生物种类的DNA序列，开放阅读框存在的数量和长度也不同。
通过对开放阅读框的研究，可以帮助我们发掘新的基因并了解它们的功能。
限制性酶切位点的研究也是DNA序列特征分析的一个重要内容。
限制性酶切位点是DNA序列中一段被限制性酶识别和切割的序列，对于不同生物种类的DNA序列，限制性酶切位点的数量和位置也不同。
通过限制性酶切位点的研究，可以了解DNA序列的结构和函数。
最后，同源序列搜寻也是DNA序列特征分析的一项内容。
同源序列指的是不同生物种类中具有相似DNA序列的片段。
通过同源序列搜寻，可以找到一些具有相似功能的基因，并进行有关功能和进化的研究。
综上所述，DNA序列特征分析是生物信息学中重要的一个分支，它可以解析DNA序列的结构、复杂性、碱基组成、ORF、限制性酶切位点和同源序列等方面的特征，从而为基因的发掘、基因功能分析、进化研究、生物种类的鉴定等方面提供帮助。
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安徽 农业 科学 ， ｕｎｌｆ ｎｕ Ａ ｎ Ｓｉ２０ ，５ １）４２— １７ ４２ Ｊ ｒａ ｏ Ａ ｈ ｉ ｇ ． ｃ ０７ ３ （４ ：１６ ４２ ，１９ ｏ ．
责任 编辑 张 杨林 责任 校对 王 森
玉米淀粉分支酶基 因启动子的克隆及 生物信息学分析
子 的序 列进 行 比较分 析 。［ 结果 ］ 结果表 明 ： 玉米 淀粉 分 支酶 基 因启 动 子与 公布 的 启动 子 序 列 同源性 高达 ９ －％， 列 差异 值 为 ９３ 序 ０ ０ ６该 差异 主要 是 Ｓ Ｐ 单核 苷 酸 多 态性 ） Ｉｄｌ插 入， 失 ） 成 的 ， 测 该差 异 可 能会 影响 到 淀粉 分 支酶 基 因的表 达 ， 造 ． ７１， ０ Ｎ（ 和 ｎｅ （ 缺 造 推 是 成 玉米 直链 淀粉 含 量差异 的 因素之 一。 ［ 结论 ］ 研 究为深 入 了解 玉米直链 淀粉 合成 机理提 供 了重要 依据 。 该
ａ ｌｓ ｎｈ ｓｓ ｏ ｔ ｓ ｆ ｔ ｏ １ ｅ ｏ ＮＡ ｏ ｅ ｙ ｓｅ ｔ ｃｅ ｏ ｏ ｖ ｎｉｎ ｏｎ ｌａ． ｄｐ ｉ ｅ ｓ ｅ ｅｄ ｓ ｎ ｄａ ｃ ｒ ｉ ｇｔ ｍｙｏｅｓ ｔ ｅｉ ｕ ｅ ．Ｍｅｈ ｄ ｎ ｍｅＤ ｆ ａｍａ ｓ ｙ ｒ Ｇ Ｚ ｗａ ｘｒ ｔ ｄｆ ｍ ｃ ｎ ｅ ｔ ａ ｃ ｒ ｆ Ａｎ ｒｍ ｒ ｒ ｅ ｉ ｅ ｃ ｏｄ ｎ ａ ｒ ｏｌ ｅ ｗ ｇ ｏ
朱苏 韩国民， 文， 江腾 （徽 业 学 命 学 院安 合 ３３ 安 农 大 生 科 学 ，徽 肥２０ ） ０６
摘要 ［ 目的 ］ 了研 究不 同淀粉含 量 的启动 子之 间是 否有 差异及 对 直链 淀粉合 成途 径是 否 有影 响 。［ 法 ］ 为 方 以常规 玉 米叶 片基 因组
Ｄ Ａ为模 板 ， 用 Ｎ Ｂ 网站公 布 的 高直链 玉米 淀粉 分 支酶 基 因 （ ｅ ｍ ｙ ｓ ｒ ｒ ｃ ｉｇ ｎｙ ｅ Ｉ ，Ｂ Ｉ ） 列设 计 引物 ， Ｎ 利 ＣＩ Ｚ ａ ａｓ ｔ ｃ ｂａ ｈｎ ｚ ｂ Ｓ Ｅ Ｉ 序 ａ ｈ ｎ ｅ ｍ Ｉ ｂ 通过 Ｐ Ｒ反 应扩 增 出常规 玉米 淀粉 分 支酶基 因的启动 子序 列 ， 该扩 增 片段 与 Ｔ载 体连接 后 测序 ， Ｃ 将 并与 高直链 玉米 淀粉分 支 酶基 因启动
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关键 词 玉米 ； 淀粉分 支酶 ； 启动 子 ；
Ａ 文 章编 号
０ １— ６ １２０ ）４ ４２ —２ ５７ ６１ （０ ７ １— １６ ０
Ｃｌｎｉ ｎｄ Ｂｉ ｎｆ ｒ ａ ｉｓＡｎａｙ ｉ ｆＰｒ ｍ ｏ ｅ ｅ ｏ ｎｇａ ｏｉ ｏ ｍ ｔｃ ｌｓｓｏ ｏ ｔ ｒＳ ｑｕｅ ｅｏ ｎ ｔ ｃ ａ ｈｉ ｚ ｍ ｅＧｅ ｅ ｎｃ ｆＣｏｒ Ｓ ａｒ ｈ Ｂｒ ｎｃ ｎｇＥｎ ｙ ｎ
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