GenomeStudio分析软件流程
gnomad的使用方法
GNOMAD 的使用方法GNOMAD 是一个流行的基因组学数据库，提供各种基因组学数据和分析工具。
本文将介绍如何使用 GNOMAD 来获取和分析基因组数据。
下面是本店铺为大家精心编写的4篇《GNOMAD 的使用方法》，供大家借鉴与参考，希望对大家有所帮助。
《GNOMAD 的使用方法》篇1GNOMAD 是一个基因组学数据库，提供各种基因组学数据和分析工具，包括基因组参考序列、基因注释、变异数据、基因表达数据等等。
以下是使用 GNOMAD 的一些基本步骤:1. 访问 GNOMAD 网站GNOMAD 的官方网站是 https:///。
可以从这里访问 GNOMAD 数据库，并使用各种工具和资源。
2. 登录 GNOMAD需要登录才能使用 GNOMAD 的许多功能。
可以使用 NCBI 的账号登录 GNOMAD，也可以使用 Google 账号登录。
3. 搜索基因组数据一旦登录，就可以开始搜索基因组数据。
GNOMAD 提供了多种搜索选项，可以根据基因组参考序列、基因注释、变异数据、基因表达数据等进行搜索。
例如，如果要搜索人类基因组参考序列，可以在搜索框中输入“human genome reference”并按下“Search”按钮。
这将返回与人类基因组参考序列相关的所有记录。
4. 下载基因组数据一旦找到了感兴趣的基因组数据，可以下载它们。
GNOMAD 提供了多种下载选项，可以选择适合的下载方式。
例如，可以选择只下载基因组参考序列，或者下载基因注释、变异数据和基因表达数据等。
5. 分析基因组数据GNOMAD 还提供了各种基因组数据分析工具。
例如，可以使用GNOMAD 的基因注释工具来查找基因的注释信息，使用 GNOMAD 的变异分析工具来分析基因组中的变异，使用 GNOMAD 的基因表达分析工具来分析基因的表达水平等等。
《GNOMAD 的使用方法》篇2GNOMAD（Genetic NOvelty Mining and Analyses of DNA）是一个用于挖掘和分析基因组新颖性的生物信息学工具。
系统发育分析教程
系统发育分析教程大致流程：1.从18个mtDNA基因组中提取rRNA基因12S、16S和蛋白质基因ND1、ND2、CytB2.分别进行序列比对，并进行比对精制3.将精制比对结果串联成一个独立的分析文件，记录基因位置4.NJ分析(MEGA)5.MP分析(PAUP)6.ML分析（RAXML）7.贝叶斯分析（MRBAYES）1.安装DNASTAR软件（又名Lasergene），软件内包含很多组件。
2.例子中有18个转录组的数据，ctrl+A,点住第一个文件拖到DNASTAR的MegAlign里。
确保MegAlign左侧的序列名称完全按照英文字母顺序来排。
3.双击第一条序列，在出来的选框中选取12S序列，点击NEXT。
不断重复，直至将所有物种的12S序列挑出来。
4.然后ctrl+A全选，点击OPTION下面的Genetic Codes,选择编码方式，根据基因来选，这里选择Vertebrate Mito。
点击Align下面的By Clustal w Method等待程序对齐完成。
这时的序列应该已经对齐了。
5.将结果存为12S.MSF,MSF格式可以同时保存多个序列文件。
6.重复2-5步，分别挑出16S、ND1、ND2、CytB，存为相应的名称。
7.安装GeneStudioPro软件8. 打开GeneStudioPro的SeqVerter软件。
点击Import sequences导入序列，保留gaps全选序列，点击右侧Merge为一个Fasta序列。
点击Clear清空，如此将所有序列处理完，将文件的后缀改为fas9.将改好名的文件复制入GBlocks的目录底下。
10.打开GBlock.exe，输入o,回车输入上一步的文件名，回车输入t,回车，直到第一项t项为所选的序列类型输入g，回车，这时出现了两个文件重命名文件将-gb移动到.fas之前重复此步，将所有序列处理完，注意所选序列类型要正确。
检查所有序列是否已切整齐，且为3的倍数。
基于高通量测序的基因序列分析软件
基于高通量测序的基因序列分析软件基因序列分析软件是基于高通量测序（high-throughput sequencing）技术的生物信息学工具。
这些软件能够帮助研究人员分析和解释基因组中的DNA序列信息，从而帮助他们理解基因的结构和功能，以及基因与疾病之间的关系。
以下是一些常用的基因序列分析软件：1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是生物信息学领域最常用的工具之一、它能够在数据库中相似的DNA或蛋白质序列，从而进行序列比对和注释。
研究人员可以使用BLAST来识别已知序列的同源性，以帮助理解基因的功能。
2. GeneiousGeneious是一款强大的基因序列分析软件，具有丰富的功能和用户友好的界面。
它可以帮助研究人员进行DNA和蛋白质序列的比对、组装和注释，以及基因启动子和开放阅读框的预测。
除此之外，Geneious还提供了诸如基因家族和物种多样性分析等高级功能。
3. CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench是一款全面的基因组学分析软件，适用于从原始测序数据开始的所有分析阶段。
它提供了一整套工具，包括测序质量控制、组装、变异检测、基因表达分析等。
CLC Genomics Workbench还具有可视化和报告功能，可以帮助用户更好地理解和解释分析结果。
4. TrinityTrinity是一款专门用于转录组分析的软件。
转录组分析是指通过测序和比对RNA序列，对特定组织或时间点的基因表达进行定量分析。
Trinity可以帮助研究人员对RNA测序数据进行预处理、组装和注释，以获得转录本及其转录水平的信息。
5. IGV（Integrative Genomics Viewer）IGV是一款基因组可视化工具，可以帮助研究人员在线浏览和分析基因组数据。
它支持多种数据类型，包括基因组、转录组、甲基化和染色体互作数据等。
使用生物大数据中心数据库进行基因表达谱分析的步骤
使用生物大数据中心数据库进行基因表达谱分析的步骤生物大数据中心数据库是一个强大的工具，可以用于分析基因表达谱。
在进行基因表达谱分析之前，我们需要明确几个步骤。
本文将详细介绍如何使用生物大数据中心数据库进行基因表达谱分析。
第一步是向生物大数据中心数据库注册账号并登录。
注册账号是使用生物大数据中心数据库进行基因表达谱分析的第一步。
可以访问该数据库的官方网站进行注册。
填写个人信息、用户名和密码后，您将获得一个账号。
登录之后，您可以访问数据库的各个功能和工具。
第二步是选择合适的基因表达数据集。
生物大数据中心数据库拥有众多的基因表达数据集，您可以根据自己的研究需求选择合适的数据集。
数据集通常被分类为不同的物种、组织类型和疾病状态。
例如，如果您的研究关注人类心脏组织的基因表达谱，您可以选择包含心脏组织样本的数据集。
第三步是导入和预处理基因表达数据。
一旦选择了适当的数据集，您可以根据需要下载数据集中的原始数据。
原始数据通常以文本文件或Excel文件的形式提供。
在导入数据之前，您可能需要进行一些预处理步骤，例如去除噪声、归一化或筛选不感兴趣的基因。
这些预处理步骤可以使用生物大数据中心数据库中的工具完成。
第四步是进行基因表达谱分析。
生物大数据中心数据库提供了各种分析工具，可以帮助您更好地理解基因表达谱。
其中包括差异表达基因分析、基因共表达网络分析、功能富集分析等。
差异表达基因分析可以帮助您识别在不同样本之间表达水平显著不同的基因。
基因共表达网络分析可以帮助您发现在相似组织或条件下共同表达的基因模块。
功能富集分析可以帮助您理解哪些生物学过程和信号通路参与了基因的调控。
这些工具可以根据您的研究需求进行灵活的组合和调整。
第五步是解释和呈现分析结果。
一旦完成了基因表达谱分析，您将得到大量的结果，包括差异表达基因列表、共表达基因模块和功能富集结果。
解释和呈现这些结果对于得到有意义的结论至关重要。
生物大数据中心数据库通常提供了数据可视化和分析结果导出的功能。
科研实验中的生物信息学工具使用教程
科研实验中的生物信息学工具使用教程生物信息学是将数学、统计学和计算机科学应用于生物学研究的交叉学科。
在现代科研中，生物信息学工具已经成为了生物学实验和研究的重要组成部分。
本文将介绍几种常用的生物信息学工具，并提供详细的使用教程。
1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是生物信息学领域中最常见的工具之一，用于在数据库中快速比较DNA或蛋白质序列的相似性。
以下是使用BLAST进行基本比对的步骤：（1）打开NCBI网站，并进入BLAST页面。
（2）选择“nucleotide”或“protein”，取决于你要比对的序列类型。
（3）复制粘贴或上传你要比对的序列。
（4）选择合适的数据库进行搜索，如“nr”（非冗余数据库）。
（5）点击“BLAST”按钮，等待搜索结果。
BLAST会为你提供一个比对报告，其中包含了与你的查询序列相似的序列列表。
2. EMBOSS（European Molecular Biology Open Software Suite）EMBOSS是一个开源的生物信息学软件包，提供了一系列用于序列分析和比对的工具。
以下是使用EMBOSS进行序列分析的步骤：（1）打开EMBOSS软件（可以下载并安装在你的计算机上）。
（2）选择合适的工具，如“water”（Smith-Waterman比对算法）。
（3）输入查询序列和数据库序列。
（4）设置相关参数，如匹配分数和距离惩罚。
（5）点击“Run”按钮，等待分析结果。
EMBOSS将为你提供一个比对报告，并给出一些统计数据，如匹配分数和最佳比对。
3. R/BioconductorR是一种统计软件和编程语言，Bioconductor是R语言的一个生物信息学扩展包，提供了丰富的生物信息学工具和分析方法。
以下是使用R/Bioconductor进行基因表达分析的步骤：（1）打开R软件并加载Bioconductor包。
采用Geneious Prime软件进行多序列比对及系统发育树构建
采用Geneious Prime软件进行多序列比对及系统发育树构建Geneious Prime软件结合几乎所有主要的生物信息学分析工具，主要功能如下：
1.可以查看测序所得的序列的原始的峰图文件
2.可以对序列文件进行多序列alignment比对
3.可以搜索基因的Motif和开放阅读框（ORF）
4.可以对序列进行BLAST比对（同在NCBI里进行BLAST一样，如果NCBI
加载不出来，可以尝试在该软件里进行BLAST）
5.可以构建系统发育树（可采用RaxML，PAUP，PhyML，MrBayes，Geneious
tree builder，Consensus tree builder）
6.可以进行基因组Contig Assembly和色谱编辑
7.可以分析限制性内切酶
8.可以进行引物设计
9.可以预览观看蛋白质的3D结构
10.整合数据库集成检索与GenBank，PubMed，BLAST和UniProt
11.通过互联网协作和共享数据
12.公开一些生物信息学的免费插件
13.含有多种标准的生物信息学等应用工具
今天我们来学习一下怎样用这个软件通过PAUP，RaxML，PhyML，MrBayes来构建系统发育树。
该软件的界面视图的截图如下图：
首先需要先安装这个软件（Geneious Prime），软件的下载地址如下：https:///download/
软件安装后，打开该软件，序列比对与建树具体流程如下：
1.将准备好建树的fasta类型序列文件进行Alignment处理，操作见下图：。
ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明
ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明一、软件简介ntsys-pc遗传多样性分析软件是一款专门用于遗传多样性研究的软件。
它提供了丰富的功能和工具，可以对遗传数据进行分析、计算和可视化展示。
本文档将详细介绍ntsys-pc软件的安装、配置和使用方法，帮助用户快速上手并充分发挥软件的优势。
二、安装和配置2.1 安装步骤a) ntsys-pc安装程序。
b) 运行安装程序，按照向导提示完成安装。
2.2 软件配置a) 运行ntsys-pc软件。
b) 确认软件配置，如存储路径、默认数据格式等。
c) 根据需要，进行个性化配置，如语言选择、主题设置等。
三、数据导入和格式转换3.1 数据导入a) 支持导入多种格式的遗传数据，如GENEPOP、FASTA、PHYLIP等。
b) 在软件界面中选择导入数据，选择相应的文件格式并加载数据。
3.2 数据格式转换a) 支持将导入的数据格式转换成其他格式，以满足不同分析需求。
b) 在软件界面中选择数据格式转换工具，设置输入和输出的数据格式以及其他参数。
四、遗传多样性分析4.1 群体遗传结构分析a) 使用多样性指数计算工具，计算群体遗传多样性指数，如He、Ho、FST等。
b) 使用主坐标分析（PCoA）工具，将群体间的遗传关系可视化。
4.2 种群遗传结构分析a) 使用聚类分析工具，根据遗传相关性将样本进行分类。
b) 使用结构分析工具，根据模型和参数对种群进行分群和成分分析。
五、结果展示和导出5.1 结果展示a) 结果以图表和表格形式展示，便于直观理解和分析。
b) 可对结果进行自定义排版和格式设置，以满足个性化需求。
5.2 结果导出a) 支持将结果导出为多种格式，如图像（PNG、JPEG）、表格（Excel、CSV）等。
b) 在软件界面中选择导出功能，设置输出格式和目标路径。
六、附件附件1：ntsys-pc安装程序附件2：样例数据文件注：本文所涉及的法律名词及注释1、版权（Copyright）：指作品的创作权，即著作权。
生物信息学工具的使用教程
生物信息学工具的使用教程生物信息学是现代生物学领域中的一个重要分支，它运用计算机技术和统计学方法对生物学数据进行收集、存储、分析和解释。
生物信息学工具是生物信息学研究中不可或缺的工具，它们可以帮助研究人员更好地处理和分析生物学数据。
本文将介绍几种常用的生物信息学工具的使用方法和应用场景。
1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是一种广泛使用的生物信息学工具，用于在已知的生物序列数据库中进行快速的序列比对。
BLAST可以根据用户输入的序列，寻找与之相似的序列并计算相似度。
在基因组学和蛋白质研究中，BLAST被广泛应用于寻找同源序列、鉴定物种、预测基因功能等。
使用BLAST的第一步是选择合适的BLAST程序，如BLASTn用于核苷酸序列之间的比对，BLASTp用于蛋白质序列之间的比对等。
然后，将待比对的序列输入到BLAST界面中，设置参数如比对算法、阈值等。
点击运行后，BLAST会自动在数据库中查找相似序列并返回比对结果。
2. ClustalW（Multiple Sequence Alignment Tool）ClustalW是一款用于多序列比对的工具，它可以将多个生物序列比对到一起，不仅可用于DNA或RNA序列，还可以用于蛋白质序列比对。
多序列比对是许多生物信息学研究的基础，可以揭示序列之间的保守性和变异性，进而推测这些序列的功能和演化关系。
使用ClustalW，首先将待比对的序列输入到工具界面，选择合适的参数，如比对类型、矩阵等。
点击运行后，ClustalW会自动将序列进行多重比对，并生成比对结果。
比对结果一般以带有保守性和变异性信息的序列比对图的形式呈现。
3. EMBOSS（European Molecular Biology Open Software Suite）EMBOSS是一个功能强大的生物信息学工具集合，包含了数百个用于序列比对、基因预测、蛋白质结构预测等分析的软件。
gene_tool操作指南
一 进入 GeneTools 在桌面上双击软件图标 这时出现选择用户 的对话框 如图
选择用户或输入新的用户名 点击 OK 即可进入 GeneTools 软件环 境 二 确定所分析图片的属性
打开你所分析的图片 这时出现确定该图片属性的对话框 如图
从 Document 中选择图片的种类 Colony Gel PCR Spot blot 从 Electrophoresis direction 中选择电泳的方向 从 Image type 中 选 择 图 片 的 类 型 Fluorescence ( 荧 光 ) Absorption(吸收光) 如果想手动调节选带 则可在 Number of 中输入泳道的数目 若想让软件自动寻道 可设为默认值 0 设置完后 点击 OK 即可进入分析环境
若使用该 Marker 时 返回 From standard 选中 Marker1 再点击 Assign from standard 即可
五 浓度的定量分析 1 选择基线去背景 点击工具栏上的综合参数图标
出现综合参数设定对话框
如图
在 Baseline correction 的 Method 中选择适合的类型 推荐 lowest lope , 在 Offset 中选择 YES 在 Peak detection 中设置最小条带的宽度 高 度及误差范围等 然后点击 OK 注意 在进行浓度的分析时一定要去背景 否则所计算的浓度值不 正确 2 量和浓度的定量计算
用鼠标点击作为参考的条带 点击量的校准与计算图标
会出现 Assign calibrated 对话框 如图
Raw volume 中的值是计算机本身所计算的一个光密度值 在 Calibrated quantitved 中输入一个参考值或一个绝对值 然后点击 OK 即可得出其它条带的相对于该条带的一个值 如果输入的是一 个相对浓度值 则计算出来的就是相对浓度值 在右下框图的表格 中查看所需要的数值 比如输入一个量为 100 其它的结果为如图
片段分析软件GeneMapper+v3.0中文操作手册
美国应用生物系统公司片段分析和基因分型软件GeneMapper v3.0 中文操作手册（仅供参考。
请阅读英文原版手册。
）技术服务部x 2004年目录概述 (3)ABI PRISM GENEMAPPER V3.0中文手册 . LMS (4)一. 开机 (4)二. 输入P ANEL (4)三. 生成B IN (4)四. 定义A NALYSIS M ETHOD (5)五. 设置默认值 (5)六. 分析数据 (6)七. 编辑结果 (6)八. 创建自己的K IT、P ANE和M ARKER (6)ABI PRISM GENEMAPPER ID V3.1中文手册 . HID (7)一. 安装及登录 (7)二. 设置参数 (7)三. 分析数据 (8)四. 输出结果 (9)ABI PRISM GENEMAPPER V3.0中文手册 . SNP (10)一. 开机 (10)二. 分析片段大小 (10)三. 定义K IT、B IN S ET和P ANEL (10)四. 定义B IN和M ARKER (10)五. 定义S IZE S TANDARD和P REFERENCE (11)六. 分析数据 (11)七. 编辑结果 (17)八. 自动生成P ANEL (17)概述GeneMapper是高通量、全自动的DNA片段分析和基因分型软件，功能上相当于GeneScan、Genotyper和Template软件的整合，在应用上分为3类：以微卫星(STR) 连锁分析为基础的人和小鼠全基因组扫描，以单碱基延伸（微测序）为基础的SNP分析，和以STR遗传分析为基础的人、马、牛、羊亲子鉴定及身份认定。
其中GeneMapper ID v3.1是亲子鉴定的专用软件。
GeneMapper以Project为数据管理单位，Project之下又划分4个层次，从上到下依次为Kit、Panel (=Bin Set)、Marker 和Allele (=Bin)。
核苷酸序列分析软件工具
核苷酸序列分析软件工具核苷酸序列分析是生物学研究中的重要环节，它可以帮助科学家们更好地理解生物体内的基因组成，以及基因在生物体内的功能。
为了使这一分析过程更加高效和准确，科学家们开发了一系列核苷酸序列分析软件工具。
本文将介绍几个常用的核苷酸序列分析软件工具，并对它们的特点和功能进行详细的解析。
首先，我们来介绍一款被广泛使用的核苷酸序列分析软件工具，即NCBI BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）。
NCBI BLAST是一款免费的基因序列比对工具，它能够比对用户提供的核苷酸序列与已知数据库中的序列进行比对，并给出最相似的序列。
通过NCBI BLAST，科学家们可以快速地找到与自己研究对象相关的基因序列，并对它们进行进一步的分析。
NCBI BLAST具有高效、准确的特点，广泛应用于基因组学、生物信息学等领域。
另一个常用的核苷酸序列分析软件工具是DNASTAR Lasergene。
DNASTAR Lasergene是一套全面的分子生物学和生物信息学软件套件，它包含了多个功能强大的软件模块，可以进行多样化的核苷酸序列分析工作。
其中，SeqBuilder模块可以帮助用户进行序列的编辑和构建；序列比对模块可以进行多序列比对和进化分析；序列注释模块可以对序列进行注释和功能预测等。
DNASTAR Lasergene具有界面友好、操作方便等特点，适用于不同层次的用户。
此外，我们还有Geneious作为一个强大的核苷酸序列分析软件工具。
Geneious提供了全面的基因组和蛋白质序列分析功能，可以进行序列比对、进化分析、结构预测、序列注释等多种操作。
与其他软件相比，Geneious具有更强的计算能力和更丰富的功能。
它也支持自定义插件的添加，用户可以根据自己的需求扩展软件的功能。
Geneious在生物学研究领域中被广泛使用，尤其在基因组和序列分析的研究中具有很高的声誉。
此外，还有一些核苷酸序列分析软件工具适用于特定的研究领域。
生物信息学中的基因组序列分析工具使用指南
生物信息学中的基因组序列分析工具使用指南随着高通量测序技术的发展，大量的基因组序列数据被不断产生。
为了从这些序列数据中获取有用的信息，生物学家们需要利用生物信息学工具对基因组序列进行分析。
本文将为您提供生物信息学中常用的基因组序列分析工具的使用指南。
一、BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是一种用于序列比对的常用工具。
它能够通过比对查询序列与已知序列数据库中的序列，来找到相似的序列并进行注释。
以下是使用BLAST的基本步骤：1. 准备查询序列：将待比对的查询序列保存为文本文件的形式，可以是单个序列或多个序列。
2. 选择BLAST程序：根据不同的比对目的，选择合适的BLAST程序，如blastn用于核酸与核酸的比对，blastp用于蛋白质与蛋白质的比对。
3. 选择数据库：根据需求选择适合的数据库，如NCBI核酸数据库（nt）或非冗余蛋白质数据库（nr）等。
4. 运行BLAST：使用命令行界面或图形界面，输入相应的参数，运行BLAST程序。
5. 分析结果：根据比对结果，分析相似序列的特征、功能等信息。
二、MAFFT（Multiple Alignment using Fast Fourier Transform）MAFFT是一种用于多序列比对的工具，能够同时比对多个序列，识别共有的区域，并预测不同序列间的变异位置。
以下是使用MAFFT 的基本步骤：1. 准备序列：将待比对的序列保存为文本文件的形式，可以是核酸序列或蛋白质序列。
2. 运行MAFFT：使用命令行界面，输入相应的参数，运行MAFFT 程序。
3. 分析比对结果：根据比对结果，分析序列间的共有区域和变异位置，推断序列的进化关系或寻找保守结构。
三、MEME（Multiple EM for Motif Elicitation）MEME是一种用于寻找DNA、RNA或蛋白质序列中共有模体（motif）的工具。
ITS分析步骤2
构建真菌ITS系统发育树的步骤一、获取序列（一）没有现成序列时1、打开NCBI网站(如果没有收藏，就在GOOGLE中输入，搜索到的第一项就是)2、选择nucleotide 库3、输入“生物的拉丁属名(如fusarium)internal transcribed spacer not sp. notunclutured”4、结果出来后，在右边选“tree”,然后选取“fungi”或其中的一个科、目、纲5、点击 download6、选FASTA7、保存（二）已知序列时8、在BASIC BLAST 中选择blast 运行9、在BASIC BLAST中选择 nucleotide blast 运行10、在 Enter Query Sequence 中输入 accession number , gi , or FASTASequence11、在 Choose Search Set 中选择 Others12、单击BLAST13、“select all”14、单击 get selected sequences 运行点击Display Settings选择FASTA点击Apply点击send选择“file”选择“FASTA”点击create file对话框中选“保存”选择一个文件名保存二、序列整理15、把FASTA格式的文件用记事本的格式打开，把所有序列复制到word文档中整理（第一行只保留序列号、属名缩写如F.，和菌系号）选择“编辑”中的替换中的高级中的通配符，输入gi|* | 全部替换成空白，再用把“.1|”全部替换成空白。
16、整理好的序列复制到原来的FASTA记事本中17、保存三、建立系统进化树18、用MEGA打开FASTA格式文件19、Select All20、Alignment Align by Clustalw → OK 序列比对若暂停选择 Ignore21、比对完成后保存（两种文件格式）Data save sessionData Export alignment MEGA Format22、关闭FASTA格式文件23、自动打开.MEGA文件24、在MEGA4中选Phylogeny → Construct Phylogeny（序列数多于20）或bootstrap （（序列数少于20））Neighbor joining → model nucleotide → kimura 2 parameters25、(在Gaps/Missing Data 选择 Pairwise Deletion)26、Compute构建发育树。
赛默飞世尔科技公司 Applied Biosystems
Applied Biosystems™ ViiA™ 7 实时定量PCR仪简明中文手册第三部分：基因分型英潍捷基（上海）贸易有限公司赛默飞世尔科技公司Applied Biosystems™ ViiA™ 7实时定量PCR仪1.双击桌面图标，或从Start > All programs > Applied Biosystems > ViiA 7 Software > ViiA 7 Software v1.2开启软件。
进入主界面后选择“Experiment Setup”。
2. 选择“Setup”下的“Experiment Properties”界面。
2.1 输入实验名称 (Experiment Name)。
2.2 确认Block类型。
2.3 选择基因分型实验类型，“Genotyping”。
2.4 选择试剂种类。
2.5 选择运行模式。
2.6 选择在定量仪器上进行预读板及扩增的过程。
3. 选择“Setup”下的“Define”界面，设置SNP检测位点和样品名称。
3.1 在“SNPs”下点击“Edit”或”New”，编辑或添加SNP检测位点。
在“SNPAssay Name”中填写待测SNP位点名称；在”Allele1/Allele2 Name”中输入待测位点的碱基名称；“Reporter”和“Quencher”中选择所标记的荧光基团及淬灭基团。
对于“Quencher”的选择，如果是MGB探针，请选择"NFQ-MGB"；如果是TAMRA探针，请选择TAMRA；如果是其他形式的非荧光淬灭基团选择"None"。
3.2 在“Samples”下点击“New”，添加待测样品。
在“Sample Name”中编辑样品名称。
4. 选择“Setup”下的“Assign”界面，编辑样品板。
利用鼠标单选或拖拽以选择反应孔，然后勾选左侧的Markers及样本，同时在“Task”选项中指定该反应孔的类型(U代表未知样本，N代表阴性对照，1/1、2/2、1/2代表三种基因型的阳性对照)。
常用生物软件(软件及引物设计总结)
质粒作图
Gene Construction Kit WinPlas 2.7 Plasmid Premier2.02 Plasmid Toolkit
5、结构域(motif)查找
推荐软件：Primer Premier 5.0 Primer Premier 5.0的结构域查找功能与它的引物设计一样强，结果能以图形、表格、序列三种方式输出。同时还提供了一些未知的结构域的列表；当然软件本身也提供了大量的已知结构域的序列。
引物二级结构
引物3’端
3’端的连续3个G 或C ，如GGG或CCC，会导致引物在G+C富集序列区错误引发
单击此处添加小标题
引物3’端的碱基一般不用A（3’端碱基序列最好是G、C、CG、GC）。另外引物间3’端的互补、二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败。
单击此处添加小标题
引物的延伸从3’端开始，因此3’端的几个碱基与模板DNA均需严格配对，不能进行任何修饰，否则不能进行有效的延伸，甚至导致PCR扩增完全失败。
03
DNASIS
04
DNATools
05
DNAclub
06
Jellyfish
07
Omiga
08
Vector NTI Suite
09
（Bioxm）
10
三、应用实例 -----------PCR引物设计及相关软件使用
→
←
Sense primer
Antisense primer
选择模板序列保守区域
1、引物设计原则
9、电泳图谱分析
推荐软件：band leader 3.0
提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。它可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描得到的WINDOWS图象格式 .BMP，是一个难得的好软件。
基因组序列比对分析及相关软件的使用
基因组序列比对分析及相关软件的使用基因组序列比对分析是一种常见的生物信息学分析方法，广泛用于研究DNA、RNA或蛋白质序列的相似性和差异性，以及基因组结构和功能等方面的研究。
下面将介绍基因组序列比对分析的基本原理和常用的比对软件的使用方法。
常用的比对软件:1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是一种常用的比对软件，可以快速比对两个序列之间的相似性。
BLAST将查询序列与参考序列进行比对，并给出一个比对得分（称为E值）来表示两个序列的相似性。
BLAST包含多种版本，如BLASTn用于DNA-DNA序列比对，BLASTp用于蛋白质序列比对等。
使用方法：b.准备查询序列和参考序列。
c.打开BLAST软件，选择相应的版本（如BLASTn）。
d.在查询序列窗口中输入查询序列，点击“运行”按钮开始比对。
e.在结果中查看比对得分（E值）和匹配的位置信息。
2. Bowtie / Bowtie2Bowtie和Bowtie2是一对基因组序列比对软件，用于比较长的DNA序列。
Bowtie使用索引来加快比对速度，可以在较短的时间内进行大规模比对。
Bowtie2相比Bowtie具有更高的准确性和更好的感受性。
使用方法：b.准备查询序列和参考序列。
c.构建索引文件，将参考序列转换为索引文件格式。
d. 打开终端或命令提示符窗口，输入相应的命令来运行Bowtie或Bowtie2e.在结果中查看比对得分、匹配的位置信息和SAM/BAM格式文件。
3. BWA（Burrows-Wheeler Aligner）BWA是一种用于DNA和RNA序列比对的软件，可以高效地进行大规模比对和可变位点检测。
BWA将参考序列转换为索引，然后将查询序列与索引进行比对，以找到最佳比对结果。
使用方法：b.准备查询序列和参考序列。
c.构建索引文件，将参考序列转换为索引文件格式。
d.打开终端或命令提示符窗口，输入相应的命令来运行BWA。
genedoc使用方法
genedoc使用方法
Genedoc是一个用于序列分析和编辑的软件。
以下是使用Genedoc进行
序列比对和编辑的基本步骤：
1. 打开两个需要进行比对的序列文件。
2. 选择比对算法，Genedoc支持多种常见的比对算法，如Smith-Waterman算法和Needleman-Wunsch算法。
3. 查看比对结果，结果将以可视化方式呈现，方便用户分析和理解。
4. 如果需要对序列进行编辑，可以在Genedoc中打开序列文件，进行添加、删除、替换碱基等操作。
5. 编辑完成后，可以保存修改后的序列文件。
以上步骤仅供参考，建议查阅Genedoc软件使用说明或咨询专业人士，获取更准确的信息。
mgi数据库使用方法
mgi数据库使用方法摘要：一、引言二、MGI数据库简介三、MGI数据库使用方法1.登录与注册2.检索方法3.数据导出与下载4.高级检索与筛选5.个性化设置与订阅四、MGI数据库的实际应用案例五、总结与展望正文：一、引言随着科学技术的不断发展，生物信息学领域的数据库日益丰富。
MGI （Mouse Genome Informatics，小鼠基因组信息学）数据库作为小鼠遗传学研究的重要资源，为广大科研工作者提供了便利。
本文将详细介绍MGI数据库的使用方法，以帮助读者更好地利用这一宝贵资源。
二、MGI数据库简介MGI数据库由美国国立卫生研究院（NIH）开发和维护，旨在为小鼠遗传学研究提供全面、准确的数据。
数据库主要包括小鼠基因组序列、基因注释、表观遗传学数据、基因表达谱等信息。
MGI数据库以其权威性、丰富性和易用性，成为了小鼠遗传学领域的重要参考资料。
三、MGI数据库使用方法1.登录与注册访问MGI数据库官网（https:///sites/entrez?db=mouse），点击“登录”按钮进入登录页面。
首次使用需注册一个账号，注册过程简单易操作。
已注册用户可直接登录。
2.检索方法登录后，在主页上方的搜索框中输入关键词，如基因名称、小鼠品种等，进行基本检索。
也可以选择高级检索，通过多个条件进行筛选。
3.数据导出与下载检索结果页面中，可根据需求选择导出数据的方式。
可以导出表格、XML、JSON等格式，方便进行进一步分析。
导出数据时，注意选择合适的导出选项，如基因注释、表达谱等。
4.高级检索与筛选在检索页面，点击“高级检索”按钮，可设置更多检索条件，如染色体、基因类型、表型等。
通过组合不同条件，可以更精确地找到所需数据。
5.个性化设置与订阅用户可以根据自己的需求设置个性化主页，添加关注的小鼠品种、基因等。
此外，还可订阅MGI数据库的相关更新，以便及时了解小鼠遗传学领域的最新研究进展。
四、MGI数据库的实际应用案例MGI数据库在基因功能鉴定、遗传相互作用分析、基因表达调控研究等方面具有广泛的应用。
imotions基本操作
imotions基本操作
imotions是一款用于生物信号数据采集和分析的软件平台，它
可以帮助研究人员收集和分析生理数据、眼动数据和情绪数据，从
而更好地理解人类行为和情感。
imotions的基本操作包括数据采集、数据分析和数据可视化三个方面。
首先，imotions可以用于采集多种生物信号数据，包括心率、
皮肤电反应、肌电活动等生理数据，以及眼动数据和情绪数据。
用
户可以通过连接各种生物信号采集设备，将数据传输到imotions平
台上进行实时采集和记录。
其次，imotions还提供了丰富的数据分析工具，可以对采集到
的数据进行处理和分析。
用户可以利用imotions的数据分析功能，
对生理数据进行统计分析、频谱分析等，对眼动数据进行扫视路径
分析、注视点分析等，对情绪数据进行情绪识别和情绪变化分析等。
最后，imotions还支持数据可视化，用户可以通过可视化界面
直观地展示和呈现数据分析结果，包括图表、热图、动态图等形式，帮助用户更好地理解和解释数据。
总之，imotions作为一款专业的生物信号数据采集和分析软件平台，通过其丰富的功能和易用的操作界面，为研究人员提供了便捷而强大的工具，帮助他们更好地开展生物信号数据的研究和分析工作。
学IGV必看的初级教程
学IGV必看的初级教程Integrative Genomics Viewer (IGV)作为一个高性能的可视化工具，可以交互式的察看综合的基因组相关数据，也友好的支持多种数据类型，自然是生信工作者必须使用的利器之一。
官网也提供了很详细的使用讲解，这里仅是根据我目前需要学习摘录部分做的整理，后面有时间再做其他整理。
目录1. 输入数据准备2. 主界面3. 数据导入4. 察看序列比对结果5. 察看可变剪切情况6. 察看变异7. 参考资料1. 输入数据准备IGV可以导入多种类型的数据，详见下文的数据导入介绍，此处主要说的是排序后的 bwa 的比对文件：bowtie2/BWA + samtools (samtools view>samtools sort>samtools index) 处理结果或RNA-seq的 Tophat结果；2. 主界面2.1 基础主界面1.工具栏；2.红框表示显示当前染色体的相应区域；3.刻度线表示所处位置坐标；4.tracks区域，也即Alignment Track区；主要的信息区，通常会显示甲基化、基因表达、拷贝数、杂合性缺失（Loss ofHeterozygosity）、突变等信息；对应的有三种显示形式：Collapsed、Squished 和 Expanded；5.特征显示区；蓝色粗线—外显子区域，细线内含子区域，空白—基因间隙；6.列出 Track names，即导入的比对结果名称；7.属性面板；2.2 结果界面说明(1)处可手动输入想要察看的染色体/contigs/scaffolds编号，然后回车察看；(2)处是参考序列对应的核酸序列，其中四种核酸分别用不同的颜色表示：(A, C, G, T)，下面为对应的翻译的氨基酸序列，甲硫氨酸（M）用绿色表示，终止密码子（*）红色星号表示；当右上角的标尺足够大时此区域才会显示；(3)处不同颜色条表示排序方式，鼠标停留在此处右键选择 <Color alignments by> 可选取不同的颜色形式；同时每一个长条对应的序列和比对信息可以鼠标右键选择来拷贝；每一个长条都是由一系列的核酸序列组成，可通行 <Show all bases> 来显示；比对的reads长条也可通过成对的形式显示；(4) 处鼠标停留时会显示此处碱基统计信息，例如在此处显示为红蓝色，红色是T，蓝色是C，红色方块大于蓝色，表示所有比对到这一位置的序列中这一位点碱基是T的序列大于C的，即C可能是突变；当导入数据为比对的bam数据时，此处所在区域为 Coverage Track3. 数据导入现的 Track 形式 (track default display options)；如下所示（此默认值均可修改）：4. 察看序列比对结果数;2.在Track 区不进行 Color alignments by 的情况下，alignments 只有亮灰和白色两种长条，其中白色的比对质量为零(mapping quality equal to zero)；3.插入：用紫色的I 或红色的I （当插入的碱基数多余预设的阀值时）表示；鼠标停留察看详细的插入碱基情况；4.缺失：黑条表示；5.Sort alignments by 可对Track区域进行排序，如想返回最初结果则选择 Re-pack alignments 即可；6.默认情况下 Track Alignments 区以左图紧凑的单个 reads 的形式展示，通过 View as pairs 可成对显示，且中间以细线连接 (右图)；在左图中按住 Ctrl 键鼠标左击某一个长条 (a read)，将以相同的彩色颜色显示出与其配对(paired mate) 的另一条read。
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GenomeStudio分析软件使用简单流程
一、导入数据简单分析
双击GenomeStudio软件图标，打开软件，进入如下界面，在软件界面的右侧中有相应的说明书和模块进行下载安装。
根据需要分析的要求选择相应的模块分析，下面已Genotyping为例介绍。
单击，进入数据导入窗口，导入数据的流程与KaryoStudio相类似，在最后的进入如下界面：
选择相应的栏目，如下图所示：
点击“Finish”，完成数据导入流程，软件自动运算，运算完成之后出现如下界面：
选择：tool菜单下的Show Genome Viewer…等待运算后，软件自动跳出相应的选择界面：
选择需要分析的标本和需要看到相关的参数，点击ADD 将所选择的栏目添加到右侧的空白栏中，界面如下：
点击OK ，进入如下界面：
选择updata ，软件自动运算显示染色体相应信息 可以逐个样本进行分析：
选择相应的样本后，点击updata ，右侧的对话框中会显示全部染色体的相关信息，右侧的对
话框的
可以显示全部染色体的信息，点击可以选择需要显示染色体的信息，
也可以对显示信息进行编辑。
分析数据时可以逐个染色体分析，发现有异常区域时，可以双击异常区域在染色体上相应的位置，进行进一步的放大观察分析，具体步骤如下面图解：
图中放大的区域部分为缺失，在B allele Freq.图中缺少了中间杂合的信息。
下图显示的是重复的情况：
二、输出报告
点击下面界面上的analysis菜单下的reports 下面的report wizard
选择final report 点击NEXT，进入一级菜单，根据实验需要选择，在如下对话框中，可以根据需要输出的数据选择hide 或者show
编辑完成之后，点击next ，最后选择输出的路径和文件名，完成报告输出。