序列提交软件sequin使用方法
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1. 填写作者、联系方式等,可以将这一部分存为模板,以后修改时可以省去大量时间。
2. 选择序列准备方法”use the normal submission dialog”
3. 选择序列格式
Submission type:single sequence(单条序列)
Batch submission(批量提交,适用于相似的多条序列)
4. 载入DNA序列:
将DNA 序列保存为FASTA格式(注意序列不要有“—”,尤其是多条序列时,较短的序列末端可能会用“—”补齐,可以用记事本打开文件,删除)。序列名称不要超过32个字符,可以用简单的编号。
5. 选择测序、拼接方法
6. 添加物种名称
7. 补充蛋白信息(如果序列是编码序列,则要提交蛋白序列信息)若为ITS序列见后
用MEGA或BioEdit将DNA序列翻译成蛋白序列,如果有含子,则先要找出含子并切除,否则不能翻译成功。(确定含子位置方法:先从GenBank上下载一条该基因已经提交并注释好的序列,跟自己的序列比对一下,然后根据下载序列的注释确定自己序列的含子位置)
8. 注释
9. 添加分类地位
10. mRNA 添加“Name = 基因全称”CDS添加“product = 基因全称”
11. 更改序列标题(编号);Source 添加“strain = ”:
Modifiers > organism
12. 保存
若点击Done之后可以保存,则说明序列修改成功,可以提交了;若有错误则会提示,修改好之后再保存。
ITS序列
7. 以下信息无需填写
8.
9. 此时进入预览页面会有错误提示,可以忽略。
10. 添加miscRNA
11.