多序列比对软件Clustalw使用方法

多序列比对软件Clustalw使用方法2011年06月23日星期四 16:44
Clustal的基本思想是基于相似序列通常具有进化相关性这一假设。

比对过程中，先对所有的序列进行两两比对并计算它们的相似性分数值，然后根据相似性分数值将它们分成若干组，并在每组之间进行比对，计算相似性分数值。

根据相似性分数值继续分组比对，直到得到最终比对结果。

比对过程中，相似性程度较高的序列先进行比对，而距离较远的序列添加在后面。

作为程序的一部分，Clusal可以输出用于构建进化树的数据。

Clustal程序有许多版本，ClustalW(Thompson等，1994)，根据对亲缘关系较近的序列间空位情况，确定如何在亲缘关系较远的序列之间插入空位。

同样，相似性较高的序列比对结果中的残基突变信息，可用于改变某个特殊位置空位罚分值的大小，推测该位点的序列变异性。

ClustalW是一种渐进的多序列比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。

ClustalX是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。

Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

软件下载地址:
使用步骤如下:
Step 1: 软件初始化界面
Step 2:选择1 进入如下界面
Step 3:输入序列名1Seq_650_300.txt.txt 进入如下界面
Step 4:选择2 进入如下界面
Step 5:选择9 进入如下界面
Step 6:选择1 进入如下界面
Step 7:选择4 进入如下界面
Step 8:选择0 进入如下界面
Step 9:直接按Enter键后进入如下界面
Step 10:输入X键后进入如下界面
Step 11:输入H键后进入如下界面
Step 12:输入X键后进入如下界面
Step 13:输入X键后进入如下界面
Step 14:再次输入X键后退出界面。