Linux命令整理

1、修改文件权限

sudo chmod 600 ××× #(只有所有者有读和写的权限)

sudo chmod 644 ××× #(所有者有读和写的权限，组用户只有读的权限)

sudo chmod 700 ××× #(只有所有者有读和写以及执行的权限)

sudo chmod 666 ××× #(每个人都有读和写的权限)

sudo chmod 777 ××× #(每个人都有读和写以及执行的权限)

sudo chmod u+x ××× #这种方式修改文件权限比较好，是给user加执行

chmod +x test #给test问价增加可执行属性

2、建立执行窗口

screen -dmS zw001 #建立了一个窗口

screen -ls #查看系统所分配的窗口的名字

screen -r xxx.zw001 #进入建立的窗口进行运算

Ctrl + A then D #关闭当前窗口返回主窗口，转入后台运行

Ctrl + D

3、软件安装步骤：

1). 下载文件之后需要解压缩文件：

tar -zvxf nginx-1.2.3.tar.gz

2). 创建安装文件目录，例如：

cd ~

mkdir nginx

3). 转到解压后安装文件的存放目录，然后配置

cd xxx

./configure --prefix=/xxx/yy/nginx

4). 编译

make #如有问题，把解压的文件放到刚建好的目录中再make

5). 安装

make install

正常情况下这样就成功安装了。

和有root权限安装的区别在于./configure

需要指定安装文件的目录。

4、在没有Root权限的情况下安装R Package(可以用，但是不方便)

mkdir /data/Rpackages/

#建立一个存储数据包的目录

install.packages("ggplot2", lib="/data/Rpackages/") #在安装的过程添加安装路

径

library(ggplot2, lib.loc="/data/Rpackages/") #在加载数据包时也需要指

明安装路径

5、在没有Root权限的情况下安装R Package(！！！很方便！！！)

1)先建立一个 .Renviron 文件，于用户的目录下。

2)打开文件，在里面设置Package的环境变量：

R_LIBS=/home/zengqingyin/liuyanjing/zhaoweiAna

3)安装所需要的程序包。

6、R CMD INSTALL MCMCpack_1.3-3.tar.gz #Linux下安装已

经下载好的程序包。

7、给经常执行的程序建立佚名，可以直接打佚名启动。

1)、在终端输入cd $HOME #进入用户根目录

2)、输入 touch .bashrc #这个是建立一个.bashrc文件。

3)、用vim编辑刚建立的文件，输入"alias vim=mvim" #这里的例子是打vim

就可以启动mvim

4)、终端输入"source .bashrc" #使刚才建立

的文件生效

5)、在终端输入"vim"即可直接打开mvim #至此佚名进

入程序方式完成

8、xargs 的用法!

1、delete all the sra files

find . -name "*.sra" | xargs -0 rm

9、常用Linux命令

passed #修改用户密码

pwd #查看当前工作目录

cd #回到用户目录

cd .. #返回上层目录

cd - #返回上次所在的目录

cd ~ #回到用户目录

ls -a #列出所有子目录和文件，包括隐藏文件

ls -l #长格式

ls -r #按字母逆序显示结果

ls -t #按修改时间(最近优先)排序，时间相同，按字典顺序

ls -R #递归的显示各个子目录中的文件

数后可以直接创建一个路径

mkdir -v test #每次操作会给出创建信息

touch #创建空文件&更新时间戳

cat filename #显示filename文件的内容

cat file1 file2>file3

#合并file1和file2到file3

cat<

> ha #结束了，这样输入就停止了。

EOF

输出：

ha

cat<out.txt #和上面相同的意思，只是把结果输入到out.txt中

cat>out.txt<

cat>filename #将标注输入的内容写入filename中，以Ctrl+D结束

less [filename]

#

head [-n] [filename]

#显示文件开头的n行

tail [-n] [filename]

#显示文件结尾的n行

wc–cwlm[filename] #字节数、字数、行数，字母数；参数可单独用也可以合并用

cp[option] [source] [destination] #如过加

上-R，递归复制目录的子目录和文件

cp /WPS/guest/data/linux/reads.fq /WPS/guest/guoyang

rm[option] [file or directoryname] #rm是删

除文件，可选参数为-rf。

mv [source] [destination]

#这个是文件移动命令

mv mv_rm_test.txt rm_test.txt #移动并

且重命名

find [path] [expression]

#查找文件

find . -name reads.fq

ln[options] [source] [destination] #链接命