香菇EST-SSR标记的开发及应用

香菇EST-SSR标记的开发及应用
刘春滟;李南羿;张玉琼
【期刊名称】《食用菌学报》
【年(卷),期】2010(017)002
【摘要】从NCBI中下载了12 184条香菇(Lentinula edodes)表达序列标签(expressed sequence tag,EST)序列,处理后得到全长3 681 177 bp的4 684个Unigene.在其中共发掘出142个简单重复序列(simple sequence repeat, SSR),
分布于120条EST中,分布频率为2.99% (平均分布距离:25.924 kb).其中,单、二、三核苷酸重复是主要的重复类型,A/T,AG/CT,ACG/CTG是单、二、三核苷酸的主
要重复基序,分别占所有EST-SSR的23.23%、21.83%和10.56%.利用引物设计软件PrimerPremier5.0设计了40对引物,并利用6%变性聚丙烯酰胺凝胶在18个
香菇品种中进行检测.其中,22对引物为多态性引物,多态率为55%.应用NTSYS软
件的聚类方法分析表明,18份材料遗传相似系数范围为0.375～0.984,与前人研究
结果相符.
【总页数】6页(P1-6)
【作者】刘春滟;李南羿;张玉琼
【作者单位】安徽农业大学生命科学院,安徽合肥,230036;浙江林学院农业与食品
学院,浙江临安,311300;安徽农业大学生命科学院,安徽合肥,230036
【正文语种】中文
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