基于S7核糖体蛋白基因部分序列的石鲈属鱼类分子系统进化关系
鲈鱼肠道内产蛋白酶菌的分离与筛选
体重 300 g 左右， 试验前放置于水族箱内暂养 7 d， 水温 15 益，
配制。
器 将灭 菌的 九 盐溶 液 注 入并冲 洗 3 次 ， 分别 放 入玻璃 匀 浆 器中， 各加 1 ml 灭菌的九盐溶液后匀浆。 依次稀释到 10-1 和
剂法 测定其 酶 活 力。 先 取 0.5 %酪 蛋 白 溶液 1 ml， 加不同 梯 度 pH 值 的磷酸盐缓冲液 4 ml， 然后加 30 益水浴 5耀10 min， 入 1 ml 酶 液 ， 保 温 15 min， 加 入 3 ml 10 % 三 氯 乙 酸 终 止 反
分别取 0.1 ml 原液、 10-2， 10-1 和 10-2 稀释液涂布海水琼脂平
++ +
++
黄 色 Yellow 黄 色 Yellow
土 黄色 Khaki
SG21 SG22 对照 Control
小肠 Small intestine 芽孢 Spore
小肠 Small intestine 梭菌 Clostridium
+ ++
深 黄色 Dark yellow 浅 黄色 Light yellow
培养基 生长 Culture Growth medium 小肠 Small intestine 海水琼脂 + Seawater agar 盲囊 Blind sac 海水琼脂 + Seawater agar 分离部分 Isolated part ++ +
凸起 白色 ， White， processes 突起 橙 黄色， Orange yellow, processes 突起 土 黄色， Khaki, processes 土 黄色 Khaki 黄 色 Yellow 黄 色 Yellow 黄 色 Yellow 黄 色 Yellow 黄 色 Yellow 土 黄色 Khaki 土 黄色 Khaki 黄 色 Yellow 黄 色 Yellow
基于COI基因序列的鱼类系统发育分析
基于COI基因序列的鱼类系统发育分析鱼类是水生动物中最为丰富的一类，它们在自然界中分布广泛，数量庞大。
鱼类学是生物学的重要分支，而鱼类系统发育研究是鱼类学研究的核心内容之一。
鱼类的分类和演化历史一直是生物学家们关注的热点问题。
通过基于COI基因序列的鱼类系统发育分析，可以进一步揭示鱼类的演化历史和分类关系，为鱼类学的发展提供重要的参考。
一、COI基因的介绍COI基因，即线粒体细胞色素氧化酶亚基。
在细胞色素氧化酶复合体中，COI 基因编码的是其中一个亚基，是线粒体DNA的一部分。
此基因在各个物种之间具有高度的保守性，在分子进化学中也成为了一种常用的分子标记。
COI基因可用于鱼类分子系统发育研究。
二、系统发育的基本概念系统发育学是通过生物形态学、生理生化学和分子生物学等多方面的研究，以确定物种间或基元群（亚种、种、属等）的进化历程和基本的分类关系。
在系统发育学中，有着许多基本的概念需要了解：（1）基元群：由于进化过程是连续的，而人们又需要将进化上的过程分割成各个阶段，因此需要将不同层次的类群进行划分，以便我们更好地理解和掌握不同层次类群的分类关系。
基元群是物种、亚种、种、属、亚科、科、亚目、目、纲、门等之间的分类等级。
（2）近缘群：含有公共祖先的两个基元群。
（3）演化树：也称为系统进化树（Phylogenetic tree），是一种描述不同生物种类或亚种之间亲缘关系的有向树，用来反映基元群的分类关系和进化程度。
三、鱼类的分类体系鱼类是一类非常多样化的生物群体，根据传统分类方法，鱼类的分类被分为两大类：硬骨鱼和软骨鱼，硬骨鱼又可分为射线鱼和棘鳍鱼。
在20世纪中叶，分子生物学的发展促进了分类学的更新。
2006年，鱼类学会发布了最新的鱼类分类系统，其中硬骨鱼分为两个大类：蓝线鱼类和四足鱼类。
四、基于COI基因的鱼类系统发育分析鱼类的系统发育研究始于形态学的比对，而近年来，随着分子生物学的快速发展，基于分子标记的分析也逐渐成为了研究鱼类分类和演化的常用方法。
鲈鱼CPT I基因cDNA克隆及表达分析
３０ ｐ ５非 翻 译 区 １６ｂ 、 非 翻 译 区 ４ ７ｂ 、 ０ ７ｂ ， ６ ｐ３ ７ ｐ 开放 阅读 框 ２ ６ ｐ 编 码 一 个 由 ７７个氨 基 酸 组 成 的蛋 白 质 ， 子 ３４ｂ ， ８ 分
Ｃ ＴＩ 三 个 亚 型 ， Ｃ ＴＩ Ｃ ＴＩ Ｐ 有 即 Ｐ Ａ、 Ｐ Ｂ和 Ｃ ｒＩ 。Ｃ Ｆ Ｖ Ｃ Ｆ Ｉ 要表达 于肝脏 ，Ｐ 主要 表达 于骨 骼肌 ， Ａ主 Ｃ ＴＩ Ｂ 两 者 具 有 ６ ％ 的 氨基 酸 同源 性 ， 对 抑 制 剂 丙 二 酰 ＣＡ ２ 但 ｏ 敏 感 性 不 同 ，Ｐ （Ｃ。 ００ Ｍ） 丙 二 酰 Ｃ Ａ抑 Ｃ Ｔ Ｉ Ｉ ． ３ｕ 对 Ｂ ｏ 制 的 敏 感 性 大 约 是 Ｃ Ｔ Ｉ Ｉ Ｐ Ａ（ Ｃ ２７ ｕ ） １０ ． Ｍ 的 ０
３０ ０７ ｂｐ，ｗｉｈ １ ｐ ５＇ＵＴＲ ，４ ｂ ＵＴＲ ｎ ３６ ｐ ＯＲＦ，ｅ ｏ ｎ ｒ ｔｉ ｆ７８ ｍｉ ｃｄ ｔ ｌｃ ｌ ｒｗｅ ｇ ｆ ｔ ６６ ｂ － ７７ ｐ ３ ａ ｄ２ ４ ｂ ｎｃ ｄｉｇ ａ ｐ ｏｅ ｎ ｏ ７ ａ ｎｏ ａ ｉｓ ｗｉｈ ａ ｍｏｅ ｕ ａ ｉｈｔｏ
ｐ ｌ ｔｙｔａ ｓｅａｅ ｅ ｅｆｏ Ｌ ｔ ｌｂａ ｐ ｎｃ ｓ ａｍｉ ｌ ｎ ｆｒ ｓｓＩｇ ｎ ｒｍ ａｅ ａ ｒｘｊ ｏ ｉｕ ｏ ｒ ｏ ａ
Ｚ Ｅ Ｇ Ｗｅ—ｉ ，Ｑ Ａ ｕ —ｉ，Ｔ Ｎ ｉｕ ｎ Ｈ Ｎ ｉ ａ ｘ ｎ Ｉ Ｎ Ｙ ｎｘａ Ｏ Ｇ Ｌ－ ａ ｊ
【国家自然科学基金】_鲈_基金支持热词逐年推荐_【万方软件创新助手】_20140803
科研热词 鲈鱼 高体鲈 进化标准 花鲈 核糖 1
2009年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
科研热词 谷胱甘肽s-转移酶 黄斑篮子鱼siganus oramin 鲈 钠钾atp酶 进化树 表达分析 芳香烃受体核转位蛋白(arnt) 芳香烃受体(ahr) 细胞色素p4501a 细胞色素p450 1a 热休克蛋白70 热休齐斯河 金线鱼属 重组激活基因 种群生态学 眶棘鲈属 河鲈 少棘胡椒鲷属 寄生虫 季节动态 仿石鲈科 s7核糖体蛋白基因
推荐指数 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2014年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8
2014年 科研热词 大口黑鲈 基因分型 优势基因型 选育 聚合 短串联重复序列 基因聚合 str 推荐指数 2 2 2 1 1 1 1 1
2011年 序号 1 2 3 4 5 1年 科研热词 鲈 表达 鳜 鲜度 质地剖面分析 视黄醇类x受体 组织构造 流变特性参数 冻结贮藏 克隆 t细胞 cd4 推荐指数 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2012年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17
科研热词 推荐指数 鲈 1 镁 1 酵母双杂交 1 逆转录病毒周期蛋白(orfa) 1 血清离子 1 营养成分 1 营养品质 1 综合评价值 1 渗透压 1 大眼狮鲈鱼皮肤肿瘤病毒 1 大口黑鲈 1 土著特有鱼类 1 哈巴河 1 优鲈1号 1 优先保护 1 e2f5转录因子 1 atp酶 1
2013年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13
推荐指数 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
中国南方沿海13种石斑鱼类的分子系统进化关系分析
中国南方沿海13种石斑鱼类的分子系统进化关系分析陈兴汉;郭梁;李明明;蒙子宁;林浩然【期刊名称】《中山大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2014(000)004【摘要】石斑鱼类（Groupers）是世界性海洋经济鱼类，也是中国南方沿海省份重要的海水增养殖对象，其种类繁多，由于缺乏明显的种间外部形态区别特征，石斑鱼的分类一直是鱼类系统分类学的一个难题，存在着较多的争议和混淆。
为了从分子水平揭示石斑鱼类的系统进化关系，应用线粒体细胞色素b基因（ Cyt b ）及两个核糖体RNA基因（16S和12S）序列联合构建系统进化树对中国近海石斑鱼亚科3属13种进行种类鉴定及亲缘关系分析，探讨了石斑鱼类的分子系统进化。
结果表明：①线粒体基因序列在石斑鱼类种间存在较大的变异，种内变异极小，是进行石斑鱼类种类鉴定较为适宜的分子标记；②所研究的3属13种石斑鱼类中，石斑鱼属与九棘鲈属的亲缘关系较近，与鳃棘鲈属的较远；③赤点石斑鱼和青石斑鱼、蜂巢石斑鱼与鮭点石斑鱼、斜带石斑鱼与棕斑石斑鱼两两间具有较近的亲缘关系。
%The groupers are commercially important marine species over the world , and they are also the important mariculture species of the coastal provinces in south China .The great variety of the species and the lack of morphological characteristics led to much confusion and dispution in their phylogenetic rela-tionships and species identification .In the present study , we try to reveal the phylogenetic relationships of groupers on molecular level .The partial mitochondrial cytochrome b ( Cyt b ) gene and two ribosomal genes (16S and 12S) were combined and applied to speciesidentification and relationship analysis of 13 Epinepheline species from 3 genera distributed in coastal waters of south China .The results showed that:①The mitochondrial genes are appropriate as molecular markers for Epinepheline species identification because considerably high sequence difference among species and very low within species were found in these 3 genera;② Epinephelus was more closely related to Cephalopholis than to Plectropomus; ③ The genetic relationship was very close between E.akaara and E.awoara, E.merra and E.longispinis, E.coioides and E.corallicola.【总页数】8页(P123-130)【作者】陈兴汉;郭梁;李明明;蒙子宁;林浩然【作者单位】阳江职业技术学院生命科学与技术系，广东阳江529566; 中山大学水生经济动物研究所暨广东省水生经济动物良种繁育重点实验室，广东广州510275;中山大学水生经济动物研究所暨广东省水生经济动物良种繁育重点实验室，广东广州510275;中山大学水生经济动物研究所暨广东省水生经济动物良种繁育重点实验室，广东广州510275;中山大学水生经济动物研究所暨广东省水生经济动物良种繁育重点实验室，广东广州510275;中山大学水生经济动物研究所暨广东省水生经济动物良种繁育重点实验室，广东广州510275【正文语种】中文【中图分类】Q959.483【相关文献】1.基于16S rDNA部分序列探讨中国近海30种石斑鱼类的分子系统进化关系 [J], 丁少雄;王颖汇;王军;庄轩;苏永全;尤颖哲;李祺福2.基于线粒体Cytb和ITS1部分序列分析鲭科鱼类分子系统进化关系 [J], 邱凡;苏永全;傅蒙娜;王军3.我国沿海裸胸鳝属鱼类DNA条形码及分子系统进化研究 [J], 范蔓桦;杨杰銮;谢瑞琳;马赛亚;李江涛;张凯;梁日深;陈轶之;林蠡4.基于16S rRNA与COI基因40种石斑鱼亚科鱼类分子系统进化关系 [J], 梁日深;陈铭;廖国威;张卓为;张癸新;陈轶之;林蠡5.西太平洋沿海石斑鱼属鱼类DNA条形码及分子系统进化研究 [J], 梁日深;唐丰寿;何浩斌;汪健;李江涛;李清清;陈轶之;林蠡;张凯因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
11种鲈形目鱼类的核糖体基因GC含量及其与硬骨鱼类的特征比较
11种鲈形目鱼类的核糖体基因GC含量及其与硬骨鱼类的特征比较司李真;武宝生;孔晓瑜;杨敏;龚理;时伟【摘要】核糖体基因为串联重复多拷贝的基因,包括3个编码基因(18S,5.8S,28S)和两个间隔区ITS1(internal tran-scribed spacer 1)和ITS2(internal transcribed spacer 2).目前,对核糖体基因的相关报道主要集中在个体内不同拷贝间的多态特征,以及其作为分子标记在系统演化关系中的应用,GC含量作为一项非常重要的核苷酸序列指标,而鲜有报道.为了探讨鱼类的核糖体基因GC含量特征以及间隔区是否也存在GC平衡现象,本研究选择了鲈形目(Perciformes)5科11种鱼类5个片段的核糖体基因进行研究,包括尖吻鲈科(Latidae)、射水鱼科(Toxotidae)、军曹鱼科(Rachycentridae)、剑鱼科(Xiphiidae)、鲹科(Carangidae).获得了1651个单克隆序列,通过分析并比较已有的其他硬骨鱼序列片段的GC含量变化特征,结果发现:本研究鱼类的18S的GC含量为52.6%~57.1%(平均54.6%),5.8S为55.6%~58.9%(平均57.4%),28S为64.2%~65.8%(平均64.6%),ITS1为56.5%~73.0%(平均65.0%),ITS2为62.3%~77.5%(平均69.1%).编码区的GC含量相对较保守,变异范围较小,18S和5.8S变化范围明显小于间隔区,28S则位于间隔区的最低值和最高值之间.因此,我们发现硬骨鱼核糖体ITS高于60%的GC含量是该类群的一个特征,并且高GC含量的ITS1和ITS2序列中不存在明显的高GC 富集区,其含量高低的变化与序列长度也没有相关性.本研究11种鱼类的ITS1和ITS2的GC含量在种内的相似性既有大于也有小于种间相同片段的相似性,因此GC平衡现象只存在部分种类中.本研究结果可为鱼类核糖体基因序列特征的进一步研究及利用提供科学依据.%The ribosomal RNA gene (rDNA) cluster consists of multiple units of three coding genes (18S, 5.8S, and 28S) as well as twointernal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) separating the coding regions. Thus far, stu-dies on these five fragments mainly focused on the polymorphism of different copies within each individual sam-ple and identification of useful markers for phylogenetic relationship analysis. However, there are limited studies related to the features of GC content, which is a very important characteristic of ribosomal RNA gene. The cha-racteristics of rDNA GC content and whether the GC balance phenomenon exists in the coding regions in fishes were investigated by selecting 11 species from five families of Perciformes, including Latidae, Toxotidae, Rachy-centridae, Xiphiidae, and Carangidae. In all, 1651 monoclones from the five fragments mentioned above were obtained. The GC content features were analyzed based on the sequences from the 11 species or the datasets from other teleostean fishes retrieved from GenBank. The results from the above two analyses were compared. The fol-lowing results were obtained. First, the GC content of 18S, 5.8S, 28S, ITS1, and ITS2 rangedfrom 52.6% to 57.1% (average, 54.6%), 55.6% to 58.9% (average, 57.4%), 64.2% to 65.8% (average, 64.6%), 56.5% to 73.0%(average, 65.0%), and 62.3% to 77.5% (average, 69.1%), respectively. Second, compared with non-coding regions, coding regions were relatively conserved. The GC contentof the coding genes varied in smaller ranges than those of the internal transcribed spacers. The GC contents of 18S and 5.8S were lower than those of ITS1 and ITS2, but that of 28S was between the lowest and highest values of ITS1 and ITS2. Therefore, we found that the GC contentof non-coding regions was higher than 60%, which was a remarkablecharacteristic of these fishes, and no correla-tion was found between fragment length and higher GC content. Further, no obvious G, C, or GC rich block was found in the high-GC-content regions of ITS1 and ITS2 sequences. Third, the similarity of GC content between ITS1 and ITS2 within the same species could be higher or lower than that of the same fragment among different species within the 11 species. Therefore, the GC balance phenomenon is not universal and only exists in species whose intra-species GC content similarity is lower than the inter-species GC content similarity. The results of this study might provide a scientific basis for further studies and facilitate the utilization of the ribosomal gene cha-racteristics of fish.【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2017(024)004【总页数】12页(P657-668)【关键词】编码基因;间隔区;18S;5.8S;ITS1;ITS2【作者】司李真;武宝生;孔晓瑜;杨敏;龚理;时伟【作者单位】中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室, 广东广州 510301;中国科学院大学, 北京 100049;中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室, 广东广州 510301;中国科学院大学, 北京 100049;中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室, 广东广州 510301;中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室, 广东广州 510301;中国科学院大学, 北京 100049;中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室, 广东广州 510301;中国科学院大学, 北京 100049;中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室, 广东广州 510301【正文语种】中文【中图分类】S963核糖体基因在生物中有几十个甚至上万个串联重复单元, 每个单元包括编码区与非编码区,编码区包括18S、5.8S和28S 3个基因, 非编码区则由位于18S与5.8S之间的ITS1及5.8S与28S之间的 ITS2两个内转录间隔区组成。
基于ITS-1序列的部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系研究
现代 农业 科技
２１ ０ ２年第 ８期
基 于 Ｉ Ｓ １ 列的部 分鲥 亚 目鱼 类 的分子 系统 进 化关 系研 究 Ｔ一序
张源 真 王 伟 姜 志强
（ 大连 海 洋大 学 ， 业 部 北 方 海水 增 养殖 学 重 点 实 验 室 ， 宁大 连 １６ ２ ） 农 辽 １０ ３
ｐ ｒ ｍ ｎ （ Ｐ ａ ｄｎｉ ｂ Ｉ ｉｉ （ Ｊｍ 【 ｄ ｓ ｗｔ Ｅ Ａ ４ ．ｈ ｓ ｌ ｅｅ ｓ ｏ ｏ ｓＴ ｅ ｅ ｓ￣ｏ ｓ ｎ ｅ ｔ ｎ ｉ ｅ ｌ ｎ ｄ ａｓ ｏ ｙ Ｍ ） ｅ ｈ ｏ ｏ ｎ Ｎ ） ｅｈ ｓ ｌ ｉ Ｍ Ｇ ． Ｔ ｅ ｅ ｔ ｗ ｒ ａ ｆ ｌ ： ｈ ｒ ｗ ｒ ｉ ｅ ｉ ｄｄ ｌ ｉ ｓ ｎ ｈ ｉ ｅ ｉ ｎ ｇ ｊｎ ｇ ０ ａｏ ｈ ０ ｒｕｓ ｌｗ ｅ ｅｎ ｎａ ｅｏ ｔ ａｇ
摘 要 通过 Ｐ Ｒ扩 增获 得 了 ３种 中国黄 渤海 海域 的鲥 亚 目鱼 类的 线粒体 ＩＳ Ｃ Ｔ 一１基 因 ， 以条 斑马 鲛为 外群 ， 成供 系统 发 育分 析 的 并 生 序 列矩 阵 ， 利用 ＭＥＧ ． 件分 析序 列 的碱 基 组成 、 Ａ４０软 差异 百分 比 、 换／ 换值 等 ， 用最 大 简约法 （ 转 颠 应 ＭＰ） 和邻接 法 （ ） ＮＪ 构建 系统 发育树 结 果表 明 ： 鲥亚 目鱼类 的 ＩＳ １ 在 Ｔ 一 片段 生成 的序 列矩 阵 中发 现有碱 基 的插入 缺失现 象， 共有 ４ ｐ变异 位 点 ， ９ｂ 转换／ 换值 为 １ ； 鱼 ＩＳ １ 颠 ． ３种 ０ Ｔ 一 长度 为 ３ ５ ５ ２ｂ 其 中方 氏云 鲥的 最长 ， ５ ２ ５ ２ｂ ， ７ ～ ６ ｐ， 为 ３ ～ ６ ｐ 六线 鲥 的最短 ， ３ ５ｂ 锦 鲥科 的方 氏云 鲥和 云 鲥聚 为 一 支 ： 氏云 鲥 和 云 鲥 为 ７ ｐ； 方 种 间遗 传距 离只有 ００ 亲缘 关 系最近 。 ．２， 关 键词 鲥亚 目； 线粒体 ＤＮ Ｉ Ｓ ｌ基 因序 列 ： Ａ：Ｔ — 系统 发育 中图分 类号 Ｑ ５ ． ３ ９ ９ ８ 文献标 识码 Ａ ４ 文章编 号 １０ — ７ ９ ２ １ ） ８ ０ １— ３ ０ ７ ５ ３ （０ ２ ０ — ３ ８ ０
基于细胞色素b序列的鲹科分子系统发育
基于细胞色素b序列的鲹科分子系统发育摘要本文通过分析细胞色素b序列（cyt b）的分子系统发育(MSD)，推断了鲹鱼（Cypriniformes）的整体系统发育关系。
我们收集了120个鲹科鱼类的细胞色素b序列，以及参考稻米的序列，共同进行了演化分析。
根据所获得的结果，我们确定了Cypriniformes的起源和分化时间，以及9个家系中的化石现象。
此外，我们还发现，鲹鱼起源于古特斯拉尔超级群，而大部分鲹科鱼类都派生自亚群，只有少数派生自其他超级群。
总之，本文以cyt b序列为基础，分析了鲹科鱼类的MSD，为鲹科37家系、9亚群和4超级群提供了一个完整的谱系树。
另外，本文研究的结果可用于探索Cypriniformes的演化史，为研究建立鱼类的谱系树提供研究支持。
关键词：细胞色素b，鲹科，分子系统发育，谱系树，特斯拉尔超级群本研究基于细胞色素b序列（cyt b）考察了鲹目（Cypriniformes）的整体系统发育关系，构建谱系树。
首先，我们筛选了120个特定物种鲹科鱼类，结果表明，鲹目起源于古特斯拉尔超级群（古大陆），派生自9个亚群及4个超级群，而大部分鲹科鱼类属于Cypriniformes。
接着，我们估算了这9个家系的分化时间，并根据作者提出的分类系统划分出37个类群，对比了鲹科鱼类及模式鱼参考物稻米之间的相似度。
此外，本文探讨了模式领先（model-premised）方法提出的利用细胞色素b序列去推断早期动物群体演化谱系树的可行性。
最后，本文扩展了之前研究鲹科的分类系统发育模式，并提出了古特斯拉尔超级群的完整分化过程，对探索Cypriniformes的整体演化及谱系树有重要作用。
西太平洋沿海石斑鱼属鱼类DNA条形码及分子系统进化研究
1 材料与方法
1.1 样品采集 石斑鱼属鱼类样品于2018—2019年在中国广
东、福建、海南和香港等沿海地区的水产市场及 渔港码头进行野外采集, 另有部分种类采集于菲律 宾、印度尼西亚和澳大利亚等西太平洋国家。最 后共获得石斑鱼属鱼类样品35种共142个个体。采 集标本根据《Grouper of the World》[1]、《中国鱼 类分类检索》[2]和《台湾鱼类志》[3]等主要分类资 料进行初步形态鉴定。所有样品取肌肉或鳍条于 95%酒精中固定, 用于实验室总基因组DNA的提 取。石斑鱼样品种类与来源见表 1。 1.2 总基因组DNA的提取
(1. 仲恺农业工程学院动物科技学院, 广东省水环境与水产品安全工程技术研究中心, 广东省水禽健康养殖重点实验室, 广州市水产病害与水禽养殖重点实验室, 广州 510225; 2. 深圳市里维生鲜科技开发有限公司, 深圳 518052)
摘要: 研究测定了分布于西太平洋沿海的35种石斑鱼属鱼类共142个个体线粒体基因COⅠ及核基因TMO4C4标记序列, 基于最大似然法与贝叶斯法构建分析了石斑鱼类分子系统进化关系。同时, 探讨了COⅠ基因 作为DNA条形码在石斑鱼属鱼类物种鉴定中的有效性问题。结果显示: 35种石斑鱼属鱼类COⅠ同源序列为 636 bp, 编码212个氨基酸, TMO-4C4同源序列为486 bp, 编码162个氨基酸, 在COⅠ基因中, 种间遗传距离在 0.030—0.202, 平均遗传距离为0.143, 物种间遗传距离均大于Hebert 推荐的物种鉴定最小种间遗传距离 0.020(2%)。种内遗传距离0.000—0.008, 平均遗传距离为0.003, 种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 48倍, 显著大于种内平均遗传距离, 表明COⅠ基因可作为石斑鱼属物种鉴定的有效条形码基因。基于 COⅠ及TMO-4C4构建的系统进化树上, 35种石斑鱼主要形成2个主要类群, 类群Ⅰ由细点石斑鱼(Epinephelus cyanopodus)和蓝棕石斑鱼(Epinephelus multinotatus)等22种石斑鱼聚成, 类群Ⅱ由吊桥石斑鱼(Epinephelus morrhua)和小点石斑鱼(Epinephelus epistictus)等13种石斑鱼组成。部分存在同种异名争议的种类如云纹石斑 鱼(Epinephelus moara)/褐石斑鱼(Epinephelus bruneus)和斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)/马拉巴石斑鱼 (Epinephelus malabaricus)经COⅠ及TMO-4C4序列差异及进化分析, 均存在较大的遗传分化。结果支持近期 的分类研究, 云纹石斑鱼/褐石斑鱼和斜带石斑鱼/马拉巴石斑鱼均为独立的物种, 并非同种异名的分类。
浙科版高中生物选择性必修第3册 课后习题 第四章 基因工程 第二节 基因工程及其延伸技术应用广泛
第二节基因工程及其延伸技术应用广泛必备知识基础练1.科学家构建了含有大洋鳕鱼抗冻蛋白基因启动子和大鳞鲑鱼生长激素基因的重组DNA分子,并将其导入了大西洋鲑的细胞中,获得了生长速度加快的转基因大西洋鲑。
下列相关叙述正确的是( )A.转基因大西洋鲑体内抗冻蛋白明显增加B.构建重组DNA分子需要限制酶和DNA聚合酶C.大鳞鲑鱼生长激素基因不能通过PCR技术扩增获得D.转基因大西洋鲑生长激素含量增加导致生长速度加快,只是导入抗冻蛋白基因的启动子,故抗冻蛋白含量不会明显增加,A项错误;构建重组DNA分子需要限制酶和DNA连接酶,B项错误;大鳞鲑鱼生长激素基因能通过PCR技术扩增获得,C项错误;转基因大西洋鲑生长激素含量增加导致生长速度加快,D项正确。
2.蜘蛛丝(丝蛋白)被称为“生物钢”,有着超强的抗张强度,可制成防弹背心、降落伞绳等。
蜘蛛丝还可被制成人造韧带和人造肌腱。
科学家研究出集中生产蜘蛛丝的方法——培育转基因羊作为乳腺生物反应器。
下列有关乳腺生物反应器的说法,错误的是( )A.将蜘蛛丝蛋白基因与乳腺蛋白基因的启动子等结合在一起构建成重组DNA分子B.将含有丝蛋白基因的重组DNA分子导入动物乳腺细胞中,即可获得乳腺生物反应器D.转基因动物产生的生殖细胞可能含有药用蛋白基因3.动物基因工程前景广阔,最令人兴奋的是利用基因工程技术可以将哺乳动物改造成为乳腺生物反应器,以生产所需要的药品,如利用转基因动物生产人的生长激素。
科学家培养转基因动物成为乳腺生物反应器时,下列说法错误的是( )A.利用了基因工程技术B.需要乳腺蛋白基因的启动子C.利用农杆菌转化法将人的生长激素基因导入受精卵中D.受体动物需要进入泌乳期才能成为“批量生产药物的工厂”,A项正确;构建重组DNA分子时需要将人的生长激素基因与乳腺蛋白基因的启动子等调控元件重组在一起,B项正确;将目的基因导入动物受精卵,常采用显微注射法,C项错误;由于转入的目的基因只在乳腺中特异性表达,因此受体动物需要进入泌乳期才能大量产生人的生长激素,D项正确。
2023届广东省佛山市高三二模生物试题(原卷版)
B.若豹猫再次被拍摄到的几率过低，则会使结果偏低
C.若KO2网格中未拍摄到豹猫，则该区域为豹猫非活动区域
D.采样期时间不可过长，以减少出生、死亡等因素对结果的影响
14.西兰花的可食用部位是花球，其开花前需要经历一段时间的春化作用。研究表明，西兰花开花时间与相关基因的甲基化水平有关，且细胞中可溶性蛋白含量增多促进花芽分化。5﹣氮胞苷是一种DNA去甲基化试剂。为研究5﹣氮胞脊对不同品种西兰花春化作用及花芽分化的影响，研究人员进行了相关实验，结果如下表所示。下列叙述错误的是（ ）
C.白眼和焦刚毛性状的遗传总是和性别相关联
D.以上基因在减数分裂过程中可能会发生基因重组
9.核糖体小亚基RNA (ssrRNA）的序列比较可为微生物谱系的确定提供依据。科学家根据ssrRNA序列分析提出了三界系统进化树理论，如下图所示。下列叙述错误的是（ ）
A.ssrRNA序列不同的主要原因是核糖核苷酸的数目和排列顺序不同
19.饲料是畜牧业发展的重要保证，常规模式下，提高畜牧产量会消耗大量的粮食。入侵生物水葫芦生长迅速、营养成分丰富。开发水葫芦等非常规饲料可以改善畜牧业的饲料结构，缓解粮食紧缺问题。
回答下列问题：
（1）水葫芦原产于南美洲，引入我国后由于缺乏____________，容易形成单一的优势种，影响其他水生生物的生长。为了治理水葫芦入侵问题，首先需要从__________（答2点即可）等方面对水葫芦的生态位进行研究。
C.该细胞中马达蛋白介导叶绿体朝不同的方向运输
D.马达蛋白含有细胞骨架结合区域和“货物”结合区域
4.研究发现剧烈运动造成的肌肉损伤会导致神经生长因子（NGF）大量分泌，使神经元动作电位阈值（又叫临界值，指一个效应能够产生的最低值）降低，痛觉敏感性增强。该过程中NGF的作用可能是（ ）
基于核糖体小亚基DNA序列的鼠尾藻系统发生分析
基于核糖体小亚基DNA序列的鼠尾藻系统发生分析李先超【摘要】Genomic DNA of Sargassum thunbergii was extracted and the SSU rDNA sequence was amplified via PCR technique. The sequence results showed that it was composed 1784 nucleartides in which the A, G, T and C contents are 24, 66%, 27.75%, 26.35% and 21.24%, respectively. The sequence has been submitted to GenBank database, and the accesssion number is JN604979. Neighbor-joining phylogenetic trees based on SSU sequences are constructed and S. thunbergii was clustered with Sargassum confusum, Sargassum macrocarpum and Sargassum horneri. S. thunbergii exhibited a very close relationship to S. confusum.%通过制备野生鼠尾藻基因组DNA,用同源克隆技术获得鼠尾藻的SSU rDNA序列。
该序列长度为1 784 bp,A、G、T、C 4种碱基的含量分别为24.66%、27.75%、26.35%和21.24%,序列已提交至GenBank,登录号为JN604979。
选用GenBank数据库中已有的褐藻SSU rDNA序列构建系统发生树,结果显示：鼠尾藻与半叶马尾藻,铜藻以及Sargassum macrocarpum聚为一支,并且与半叶马尾藻的亲缘关系最近。
基于核糖体基因水平的我国大陆石磺科贝类分类和系统发育初步研究的开题报告
基于核糖体基因水平的我国大陆石磺科贝类分类和系统发育初步研究的开题报告1. 研究背景与意义石磺科（Veneridae）是贝类中的一大类，广泛分布于全球各大洋和海区。
石磺科贝类在海洋生态系统中是重要的食物链成员，同时也是重要的海洋经济资源，例如深圳籽岷珠母贝、蚌壳等品种。
但是由于石磺科贝类分类系统仍不完整且存在争议，其系统发育关系仍然需要进一步探究。
随着分子生物学研究方法的发展，通过核糖体基因水平进行物种分类和系统发育研究成为了一个重要的技术手段。
因此，对于利用核糖体基因进行石磺科贝类分类和系统发育研究具有重要的意义。
2. 研究目的和内容本研究旨在基于核糖体基因水平，建立我国大陆石磺科贝类分类和系统发育的初步框架。
具体内容包括：（1）筛选适合的核糖体基因位点；（2）采集样本并进行核糖体基因的扩增、测序和分析；（3）基于分析结果，构建石磺科内部物种分类和系统发育树；（4）探究石磺科各属之间的解剖特征。
3. 研究方法和技术路线采用分子生物学技术，包括核糖体基因扩增、PCR产物纯化、测序和分析等。
具体路线如下：（1）通过文献调研和序列比对，筛选可靠的核糖体基因位点；（2）采集海水样品，提取DNA；（3）进行PCR扩增，得到目标序列；（4）通过DNA测序获得核糖体基因序列信息；（5）基于分析结果，进行系统发育树构建与物种分类。
4. 研究预期结果本研究将基于核糖体基因水平，建立我国大陆石磺科贝类分类和系统发育的初步框架，并探究石磺科各属之间的解剖特征。
预期结果包括：（1）筛选出适合石磺科贝类分类和系统发育研究的核糖体基因位点；（2）获得大量石磺科贝类核糖体基因序列信息；（3）基于分析结果，建立石磺科贝类分类和系统发育初步框架；（4）利用解剖学方法探究石磺科各属之间的差异和联系。
5. 研究进度计划本研究计划分两年完成。
具体进度如下：（1）第一年：完成物种样本采集、DNA提取、PCR扩增等前期准备工作，并获得较多核糖体基因序列信息，初步建立石磺科贝类分类和系统发育框架；（2）第二年：进一步完善石磺科贝类分类和系统发育框架，探究石磺科各属之间的解剖特征。
基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构
基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构鲁翠云;孙志鹏;曹顶臣;耿龙武;那荣滨;吴学工;郑先虎【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2024(48)1【摘要】为了解梭鲈种群的遗传结构,实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异,并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。
结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点,定义了7种单倍型,发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型,且与欧洲群体的HapA相同,在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(53.85%);Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型,而Hap4~Hap7为中亚群体的特异单倍型。
单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型,中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1~2个位点的变异,属于Hap1/A的亚型,与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。
每个群体检测到1~4种单倍型,斋桑湖(ZS)群体单倍型最多,而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1);塔什干(TS)群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)最高(Hd=0.514±0.069;π=0.00079±0.00011),其次是ZS群体,而中国梭鲈群体的多样性参数较低。
AMOVA分析结果显示,梭鲈群体间遗传变异占20.74%,群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_(st)=0.20736<0.25),TS群体与ZS群体和中国群体间的遗传分化极大(F_(st)>0.25),中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大,而中国其他5个群体间无遗传分化。
基于群体间遗传距离的系统进化树显示,来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支,而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。
研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。
基于 COI 部分序列探讨南海鲳属鱼类系统进化与种群遗传结构
基于 COI 部分序列探讨南海鲳属鱼类系统进化与种群遗传结构孙鹏;尹飞;施兆鸿;彭士明【期刊名称】《海洋科学》【年(卷),期】2012(36)6【摘要】利用线粒体细胞色素 c 氧化酶Ⅰ亚基(COI)部分序列研究了南海区鲳属鱼类(Pampus)银鲳(P. ar-genteus)、珍鲳(P. minor)和中国鲳(P. chinensis)的系统进化与种群遗传结构.通过 PCR 扩增与序列测定获得了长度为643 bp 的 COI 基因片段,其 A、T、G、C 碱基的平均含量分别为25.4%、33.6%、18.9%和22.1%, A+T 含量高于 G+C 含量.64条序列共定义了20种单倍型,包含152个变异位点,简约信息位点148个,单变异位点4个,产生169个点突变.结果表明,银鲳与中国鲳的遗传差异最小,银鲳与珍鲳的其次,而珍鲳与中国鲳的遗传差异最大,3种鲳属鱼类的遗传多样性均呈现较低的水平,应采取有效的保护措施,以避免其遗传多样性水平的进一步丧失.本研究结果为鲳属鱼类资源保护和合理开发利用提供必要的参考【总页数】7页(P15-21)【作者】孙鹏;尹飞;施兆鸿;彭士明【作者单位】中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,上海200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,上海200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,上海200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,上海200090【正文语种】中文【中图分类】Q347【相关文献】1.基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化 [J], 马春艳;赵峰;孟彦羽;施兆鸿;庄平;赵云龙2.利用CO Ⅰ和Cytb序列探讨东海区3种鲳属鱼类的种群遗传结构 [J], 孙鹏;彭士明;尹飞;施兆鸿3.基于mtDNA-COⅡ基因序列对中国南海裸胸鳝属鱼类分子系统进化关系的研究[J], 齐兴柱;尹绍武;张本;霍蕊;杜民4.3种鲳属鱼类线粒体COI基因序列变异及系统进化 [J], 张凤英;马凌波;施兆鸿;马春艳5.基于线粒体12S rRNA基因部分序列的6种浙南海域舌鳎属鱼类系统进化研究[J], 於俊琦;伍锦姑;周志明;曾国权;单乐州;刘伟成因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
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棘 石鲈 与异 孔石鲈属 聚在 一起 。红海石 鲈与纵 带石鲈 与仿 石鲈 属 的种类 关 系较近 ， 佩 氏石鲈 最先 分 化 出来 ， 位于整个 石鲈亚科 分支基部 。该分类关 系与其各 自的地理分 布情况有 着一定 的联 系。 关键词 ： 石鲈 亚科 ； 石鲈属 ； 系统发 育 ； ｓ ７核糖体 蛋 白基 因
基于 Ｓ ７核 糖体 蛋 白基 因部 分序 列 的石 鲈属 鱼 类 分子 系统进 化关 系
梁 日深 ， 卓孝磊 ， 龙敏 明 ， 黄桂菊 ， 喻达 辉 。 ， 邹记 兴
（ １ ． 华 南 农 业 大 学 动物 科 学 学 院 ， 广 东 广州 ５ １ ０ ６ ４ ２ ； ２ ． 中 国水 产科 学 研 究 院 南 海 水 产研 究 所 ， 广东 广州 ５ １ ０ ３ ０ ０ ）
ｍａ ｌ ｐ ｒ ｏ ｔ ｅ ｉ ｎ ｇ ｅ ｎ ｅ ｓ ｅ ｑ ｕ ｅ ｎ ｃ ｅ ｓ ［ Ｊ ］ ． Ａ ｃ ｔ ａ Ｏ ｃ ｅ ａ ｎ ｏ ｌ ｏ ｇ ｉ ｃ ａ Ｓ ｉ ｎ ｉ ｃ ａ （ ｉ ｎ Ｃ ｈ ｉ ｎ ｅ ｓ ｅ ） ， ２ ０ １ ３ ， ３ ５ （ １ ） ： １ ６ ５ —１ ７ １ ．
分子系 统进化方 面的研究报道 很少 ， 仅 有少 量关 于仿
石鲈科 鱼类 的 系统 发育 研究 涉 及 到零 星 的石 鲈属 鱼 类Ｌ ｇ ， 而关于石 鲈属鱼类 系统性 的分 子进化方 面 的
鲈亚 目（ Ｐ ｅ ｒ ｃ ｏ ｉ ｄ ｅ ｉ ） 仿石 鲈 科 （ Ｈａ ｅ ｍＡＣ ＴＡ ＯＣ Ｅ ＡＮＯＬ ＯＧＩ ＣＡ Ｓ Ｉ ＮＩ ＣＡ
梁 日深 ， 卓孝磊， 龙敏 明 ， 等． 基于 Ｓ ７ 核 糖体 蛋 白基 因部分 序 列 的石鲈 属 鱼类 分子 系统 进化 关 系 ＿ Ｊ ］ ． 海 洋学 报 ， ２ ０ １ ３ ， ３ ５ （ １ ） ： １ ６ ５ —１ ７ １ ．
界上约 ４ Ｏ多种［ ５ ］ ， 我 国记 录 ３ ～６种 ＿ ６ ］ ， 主 要 分 布 在南海 。石鲈属鱼类 近缘物种 形态相 似 ， 容 易产生 误 鉴 。而 以往关 于石 鲈属 的研究 多集 中在形 态水平 上 ，
收 稿 日期 ： ２ ０ １ １ — １ ２ ０ ９ ； 修 订 日期 ： ２ ０ １ ２ — ０ ９ — ２ ６ 。
和外显 子 的系统发育分 析的 比较结 果显 示 ， 内含 子 序 列 可以用来对 近缘物种进 行进化分 析口 。Ｓ ７ 基 因内
含子 １序列长度适 中且容 易获得 ， 在 国外 鱼类 系统进
化研究 已得 到 广泛 应用 ｌ 】
于世界温带 ， 亚 热 带及 热 带近 海海 区 ， 是 重要 的 海洋
研究至今仍 无报道 。 Ｓ ７核糖体蛋 白基 因（ Ｓ ７ 基 因） 是不连续 的蛋 白编
码基 因， 由一 系列 的内含 子 和外 显 子 串联 而成 ， 鱼 类 Ｓ ７ 基 因包括 ７ 个 外显 子 和 ６ 个 内含 子 。基于 内含 子
经 济鱼类 ， 部分 种类也是 的海水养殖 业 的重要养 殖对 象Ｅ 卜 。Ｊ ｏ ｈ ｎ ｓ ｏ ｎ［ 。 依据软鳍 条数 目不 同把仿 石 鲈科 鱼类 分成石鲈 亚科 （ Ｈａ ｅ ｍｕ ｌ ｉ ｎ ａ ｅ ） 及胡 椒鲷 亚科 （ Ｐ ｌ ｅ ｃ — ｔ ｏ ｒ ｈ ｙ ｎ ｃ ｈ ｉ ｎ ａ ｅ ） 两个亚 科＿ ４ ］ 。石 鲈 亚科 包括 石 鲈属 ， 仿 石鲈 属 （ Ｈａ ｅ ｍｕ ｌ ｏ ｎ ） 等 １ ７个 属 ］ 。其 中石 鲈 属 是 石 鲈亚科 甚至是仿石 鲈科 中种类 数 目最 多 的一个 属 ， 世
Ｌ ｉ ａ ｎ ｇ Ｒｉ ｓ ｈ ｅ ｎ， Ｚ ｈ ｏ ｕ Ｘｉ ａ ｏ ｌ ｅ ｉ ， Ｌ ｏ ｎ ｇ Ｍｉ ｎ ｍｉ ｎ ｇ， ｅ ｔ ａ １ ． Ｍｏ ｌ ｅ ｃ ｕ ｌ ａ ｒ ｐ ｈ ｙ ｌ ｏ ｇ ｅ ｎ ｅ ｔ ｉ ｃ ｒ ｅ ｌ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｓ ｈ ｉ ｐ ｓ ｏ ｆ Ｐｏ ｍａ ｄ ａ ｓ ｙ ｓ ｆ ｉ ｓ ｈ ｅ ｓ ｂ ａ ｓ ｅ ｄ ｏ ｎ ｐ ａ ｒ ｔ ｉ ａ ｌ Ｓ ７ ｒ ｉ ｂ ｏ ｓ ｏ —
第３ ５ 卷 第１ 期
２ ０ １ ３ 年 １ 月
Ｄ ｏ ｉ ： １ ０ ． ３ ９ ６ ９ ／ ｊ ． ｉ ｓ ｓ ｎ ． ０ ２ ５ ３ — ４ １ ９ ３ ． ２ ０ １ ３ ． ０ １ ． ０ １ ９
海
洋
学
报
ｖ ０ １ ． ３ ５ ， Ｎ ｏ ． １
Ｊ ａ ｎ ｕ ａ ｒ ｖ ２ ０ １ ３
中 图分 类号 ： ￥ ９ １ ７ 文 献 标 志码 ： Ａ 文章编号 ： ０ ２ ５ ３ — ４ １ ９ ３ （ ２ ０ １ ３ ） ０ １ — ０ １ ６ ５ — ０ ７
１ 引 言
石 鲈属 （ Ｐ ｏ ｍａ ｄ ａ ｓ ｙ ｓ ） ， 隶 属 鲈 形 目（ Ｐ ｅ ｒ ｃ ｉ ｆ ｏ ｒ ｍｅ ｓ ）
摘 要 ：基于核 Ｄ ＮＡ 分子标记 Ｓ ７核糖体 蛋 白基 因 内含子 １ 部 分序列 对分布 于 南海及美 洲 ， 非洲， 大洋 洲等周边 海 区的石鲈 属鱼类 ｌ １ 种， 结合石鲈 亚科其他属 如仿石鲈 属 ， 异 孔石 鲈属 ， 八 带石 鲈属及 锯鳃 石鲈属 等 ２ １种 鱼类 的系统进化 关系进行 了研 究分析 。利用 最大 简 约法 以及 贝 叶斯法 构建 了系统进 化树 。进 化树上 ， 石 鲈属的种类 并没有 形成 一个 单 系， 除 了大斑 石鲈 ， 断斑 石 鲈等 ６种 石鲈属 鱼类聚