imagej粒度分析

合集下载

ImageJ在生物图像处理中的应用

ImageJ在生物图像处理中的应用

ImageJ软件在生物图像分析中的应用张雯婷医学神经生物学国家重点实验室神经生物学系2015年1月7日分割处理及其原理1 . 像素分类图像分割是把图像分成若干个按图像的某种特性(如灰度级,纹理等)的区域这样一种处理技术。

在每一个区域内都有相同或相近的特性,而相邻区域内的特性则不相同。

图像分割从本质上讲是将各像素点进行分类的过程。

分类所依据的特性可以是图像像素点的灰度值、颜色或多谱特性、空间特性或纹理特性。

门限化操作进行分类的过程是基于下列一个假设:每个区域是由许多灰度值相近的像素点所构成的,物体和背景之间或不同物体之间的灰度值都有着明显的差别,从而可以通过门限化操作来加以区分。

待分割图像的特性愈接近于这个假设,用这种方法分割的效果就愈好;否则,效果就愈差。

2 . 门限化从输入设备中获取的灰度图像(或彩色图像),是一种多值图像(对于8位数字图像来讲,其灰度可取256个不同数值),如果直接在其上面进行诸如面积、周长等颗粒特征参数的检测比较困难。

对于符合上述假设的图像来讲,在作具体检测前,通常首先要对它进行门限化操作以求得它的二值图像。

若阳性颗粒亮于背景(例如荧光激发的样品图像就是这种情况),则应通过下式操作得其的二值图像g t (m ,n):⎪⎩⎪⎨⎧t <n) g(m,0-(2 N)0,1,2=n M;0,1,2=(m t >=n) g(m, 1=n) (m,g t if if 上述操作可分别用图(a)、(b)来表示。

若阳性颗粒内的各像素点的灰度值是介于门限t 1、t 2之间(灰度值低于t 1的往往是切片样品中的污物,而高于t 2的通常是背景和其他非阳性颗粒内的像素点),则必须通过式(2-20)操作得其的二值图像g t (m ,n):⎪⎩⎪⎨⎧otherwise if 020)-(2 N)0,1,2=n M;0,1,2=(m t <=n) g(m,<=t 1=n) (m,g 21t 此操作如图(c)所示3. 门限选择对于阳性颗粒较暗、背景较亮的图像如果门限定得太高,则因有一部分背景像素点被归入颗粒而使在所形成的二值图像中的颗粒显得太“胖”(如图(b) 所示)如果门限定得太低,如果门限定得太低,则因有一部分颗粒像素点被归入背景而使在所形成的二值图像中的颗粒显得太“瘦”(如图(c)所示)门限t的正确选择对于正确检测目标至关重要。

imagej光密度定量分析数值表倍数变化图

imagej光密度定量分析数值表倍数变化图

imagej光密度定量分析数值表倍数变化图
ImageJ光密度定量分析是用于测量在图像示例中灰度强度的测量,该工具能
够根据图像中灰度以及示例的像素计算出图像的光密度。

因此,它能够知道图像中每一个像素的光强度,并且可以利用这些光强度数据来准确地表示图像的各个分量。

此外,在进行光密度定量分析之后,还可以得到图像中每一个像素点及其周围区域的像素值,这样可以提高分析的准确性。

这样,在通过这种分析技术,就可以得到图像的像素值以及该图像所对应的像素值的变化趋势和状态。

通过imagej光密度定量分析,我们可以从图像中得到每个像素的光强值的倍数,并能够生成以倍数变化为基础的图表,这样就可以清楚地看到图像中不同像素点的光强值变化趋势和状态。

例如,该图表显示了图像中每个像素点及其对应的灰度强度,有助于我们弄清图像中某个像素点的灰度强度如何变化。

同样,我们可以通过将这些数据绘制到图表上来查看图像中每个像素点的变化趋势,以此更好地了解图像中的某一像素点的光强强度变化情况,从而可以做出一个更好的判断,为图像细节更好地优化图像。

倍数变化图是光密度定量分析中的一种图表,有助于我们更好地分析图像中每
个像素点所包含的光强强度,从而能够知晓图像中某一特定区域的灰度值及其变化趋势。

我们可以使用该图来分析图像的特殊特征,从而使得图像处理更加精准,从而改善了图像的质量。

对图像进行光密度定量分析,可以让我们更好地把握图像中的每个像素的变化
趋势,更加准确地表示出图像的特征并能够利用倍数变化图完整地表示出图像的每一个细节。

拥有这种分析能力,不仅可以用于图像处理,还可以用于图像分类及相关信息检索,从而增加图像处理的能力和精度。

nano measurer1.2_imagetool3.0和imagej粒径面积图像分析软件使用方法分布计算的测量方法

nano measurer1.2_imagetool3.0和imagej粒径面积图像分析软件使用方法分布计算的测量方法

Nano Measurer 1.2;ImageTool (IT) 3.0 ;imageJ,统计粒径、孔径、孔面积,孔的总面积,角度等三款图像分析软件使用方法一、Nano Measurer 1.2 粒径分布计算1.文件/打开图像文件2.对照拍照时的标尺画出一根同样长度的线(图中红线)/设置/标尺3.对话框中输入实际长度100,单位um/确定4.用鼠标在所需测量的孔上划距离,得到有序号的标记5.点击报告/查看报告/跳出统计报告和柱状图6.点击图中下方“统计报告到出…,得到下方数据,ok!!!!******************Nano Measurer 1.2.5***************************************************************************==================Basic report==================Total 35Max./um 29.50Min./um 1.69Mean/um 15.14No. Particle size/um1 22.022 21.043 12.674 13.715 24.126 23.837 17.058 29.509 13.0510 24.5311 13.5912 22.7513 20.2514 11.9015 18.0116 22.5617 14.3518 16.3619 1.8820 16.0721 18.2122 12.5123 24.2824 17.3625 21.2526 13.0927 18.8428 1.6929 4.2130 3.3731 2.6632 5.0633 16.03二、ImageTool (IT) 3.0 统计粒径、孔径、孔面积,孔的总面积,角度等ImageTool (IT) 3.0版是一个免费的科学用途的图像处理与分析软件,可以显示、编辑、分析、处理、压缩、打印灰度图形或彩色图形。

imagej常用功能教程

imagej常用功能教程

ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。

 step 1.首先打开软件后,开启图档ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。

 step 1.首先打开软件后,开启图档step 2.请先做校正,选择Analyze底下的Calibrate选项,再选择校正的模式,使用Uncalibrate OD,再按ok按下ok之后会出现校正的图形Step 3.在要分析的第一条(first lane)加上一个长型框(工具列第一个选项),再按下Analyze/Gels/select first Lane快速键(Ctr+1),此时框架中会出现一个号码1,之后可以移动框架到第二个lane再选择Analyze/Gels/select second Lane快速键(Ctr+2),当然可以一直加下去,最后按Analyze/Gels/plot Lanes快速键(Ctr +3)。

Step 4.分析以后会出现图型表示你刚选择的框内的影像强度,此时可以看到有几个比较高的区段,就是我们想定量的band,使用直线工具(工具列第五个选项)先将图形中高点为有band的区域和没有band的区域分开再,使用魔术棒工具(工具列第八个选项)点选要分析的区域。

Step 5.当我们点选分析时,在result的对话视窗会出现分析的数据,依序点选就会出现每个band的值。

注:当我们选择分析的条带也可以是横向选取,就可以只比较相同大小的DNA 的含量,同样也可以应用在western blot或其它类似实验条带的分析上。

 使用ImageJ 分析图像中的颗粒数[] 原创教程,转载请保留此行1,到本站资料下载-实用小工具栏目下载 ImageJ 并安装。

2,打开ImageJ并打开要分析的图片。

请看演示图片。

3,把图像二值话或者设定阈值。

选择Image - Adjust - Threshold...根据提示设定你需要的阈值。

用ImageJ分析水稻胚乳淀粉粒表面几何特征的方法_刘智

用ImageJ分析水稻胚乳淀粉粒表面几何特征的方法_刘智
Image J 图 像 分 析 软 件 是 美 国 国 家 卫 生 所 ( National institute of Health,USA ) 开 发 的 免 费 科 学 图像分析软件,使用 版 本 v1. 42q,下 载 地 址: http: / / rsb. info. nih. gov / ij / 。Image J 广 泛 应 用 于 生 物 学 研 究领域,可计算选定 区 域 内 分 析 对 象 的 一 系 列 几 何 特征。分析指标包括: 长度、角度、面积、周长、长轴、 短轴、圆 度、Feret 直 径 ( 最 大 切 直 径 ) 、最 佳 椭 圆 拟 合、最 小 外 接 矩 形 拟 合 以 及 质 心 坐 标 等。 此 外, Image J 还是一个开放的体系结构,可通过 Java 语言 编写插件来扩展。用户编写的插件甚至可以解决几 乎任何图像处理和分析问题。运 用 Image J 软 件 对 显微图像进行‘颗粒分析’的一般步骤见图 1。 1. 5 供试图像的分析 1. 5. 1 前处理
动对作物淀粉粒特性的研究和为其他行业研究人员 提供参考。
1 材料和方法
1. 1 供试材料 供试 材 料 为 水 稻 ( oryza sativa L. ) 品 种 扬 稻 6
号 2010 年 4 ~ 10 月种植于扬州大学农学院试验田。 取 适 量 成 熟 籽 粒 制 成 精 米 ,浸 泡 在 蒸 馏 水 中 ,置
第 4-5 期
刘 智等: 用 Байду номын сангаасmage J 分析水稻胚乳淀粉粒表面几何特征的方法
467
1. 3. 1 淀粉粒的光学镜图像拍摄 取约 0. 1 g 制备好的淀粉粒于 10 ml 装有少许
蒸馏水的离心管中,加入几滴 1% 甲 苯 胺 蓝 染 液,充 分 振 荡 ,吸 取 一 滴 样 品 于 载 玻 片 上 ,盖 好 盖 玻 片 后 上 镜 观 察 ,选 择 淀 粉 粒 分 散 均 匀 的 区 域 拍 摄 ,如 视 野 中 淀粉粒密度较大可 适 当 加 蒸 馏 水 稀 释,直 到 淀 粉 粒 均匀分布为止。 1. 3. 2 淀粉粒的扫描电子显微镜图像拍摄

干货一把西瓜子也能教会你ImageJ图片分析

干货一把西瓜子也能教会你ImageJ图片分析

干货一把西瓜子也能教会你ImageJ图片分析在我开始学习图片分析软件「ImageJ」的时候,实验室的大神给了我一把西瓜子说:「瓜子会教会你 ImageJ 的!」我开始不以为然,一把瓜子能够教会我什么?后来事实证明我错了,瓜子教会了我细胞计数的各种方法、面积计算、ROI 的使用、颜色编码与伪彩的使用等等。

是不是不可思议,今天给大家分享一下瓜子是如何实现 ImageJ 教学的!超长干货,先收藏再慢慢看咯~一、细胞计数1、ImageJ 软件 File -> Open 打开自己准备的瓜子图片:2、瓜子图片中间颜色较浅,使用 Process –> Enhance Contrast 增强对比:3、Image –> Type 将图片由 RGB Color 转变为 HSB Stack,HSB:Hue(色度)、Saturation(饱和度)与 Brightness(亮度)。

Stack 图像分别为色度、饱和度与亮度:Image –> Duplicate 复制亮度图片:4、Find Maxiam 细胞计数Process -> Find Maxiam,浅色背景勾选 Light background,Preview point selection 可预览结果:调节 Noise tolerance 参数决定计数的准确性,即在瓜子上戳有且唯一的点。

参数不合适可能漏选或多戳点,导致计数不准确:Find Maxiam 下 Output Type 选择 Count,即可得到计数结果为 23:5、Muliti-point tool 工具手动计数验证计数结果,确为 23 颗瓜子:二、ImageJ 快速计数同类型图片如何快速计数?ImageJ 可以录制 Macro,只需要点击运行宏就可以进行快速分析。

快速分析步骤:1、 ImageJ 软件 File -> Open 打开瓜子图片。

2、 Plugins -> Macros -> Record… 开始录制宏:3、 Image -> Type -> 8-bit,这一操作就会被录制下来:4、 Image -> Adjust -> Threshold 选择阈值 Minimum,红色代表选中:5、 Analyze -> Analyze particles,选择 Display results、Summarize 与 Add to manager,点击 OK 得到结果。

ImageJ是NIH推出的分子生物分析软件

ImageJ是NIH推出的分子生物分析软件

ImageJ是NIH推出的分子生物分析软件
Image J是NIH推出的分子生物分析软件,其以使用方便,简单易学而广泛被使用。

最近有几个人问我有关Image J的使用方面的问题,我想把这个软件最常用、最基本的东西写出来,供大家参考,以抛砖引玉。

(1)Western blot条带的分析:
|a| 打开Image J软件,
|b| 在此软件里打开一个扫描后的X胶片,
|c| 在条带处用矩形框选中,
|d| 在工具栏依次选择Analyze → Gels → Select First Lane,
|e| 移动矩形框至下一条带位置处,,
|f| 在工具栏依次选择Analyze → Gels → Select Next Lane,
|g| 若有多个条带时,重复e和f,
|h| 选择Analyze → Gels → Plot Lane,
|i| 用魔棒工具算出虚线下的面积。

(2)免疫组化及荧光强度的分析:
|a| 打开Image J软件,
|b| 在此软件里打开一个免疫组化或荧光显微镜的照片,
|c| 将图片类型改为灰度(32-bit),
|d| 调出ROI工具Analyze → Tools → ROI manager,
|e| 将要分析的区域选中,加入到ROI (Add),
|f| 如有多个区域,可重复e,
|g| 点击Measure即可测得具体数值。

基于ImageJ的硬质合金晶粒度分析

基于ImageJ的硬质合金晶粒度分析

粒度
HR A
9 1 . 8

O. 8
收 稿 日期 :2 0 1 5 - 0 5 - 1 6 作者 简介 :张 肖 肖 ( 1 9 8 7 一) , 男, 江 苏 沭 阳 人 , 硕 士 ,宿 迁 学 院 机 电 工程 系 助 教 。
晶 粒 尺 寸 就 显得 尤 为重 要 。
质合 金 块 体 , WC名 义 晶粒 尺 寸 为 0 . 5 m, 材 料 物 性 参 数 如表 1所 示 。 为 了确 保 显 露 合 金 的 真 实 组 织, 用 电火 花 线 切 割 将 块 体 切 割成 1 0 mm×1 0 mm
张 肖肖

( 宿 迁 学院机 电工程 系,江 苏 宿 迁
2 2 3 8 0 0 )
摘 要 :用扫描 电子 显微 镜 ( S E M) 观 察 超 细硬 质 合 金 显 微 组 织 ,并 拍摄 背散 射 电子 图像 ( B S E) ,
借助 I ma g e J图像 分析 软件 测 量 合 金 的 晶粒 度 。 实验 结果 表 明 ,借 助 I ma g e J ,采 用 等 效 圆直 径 法 ( E C D)能 够 准确测量 超 细硬质 合金 的 wC 晶粒度 。
硬 质 合 金 几 乎 所 有 的力 学 性 能 都 与 这 个 参 数 密 切
相 关 。它 既 可 被 用 来 划 分 硬 质 合 金 的 等 级 , 也 被 用来 研 究 合 金 力 学 性 能 与 显 微 结 构 之 间 的 关 系[ 1 ] 。对 于 超 细 硬 质合 金 , WC 晶粒 尺 寸 显 得 尤 为 重要[ z ] 。 因此 , 为 了 能 够 准 确 控 制 烧 结 工 艺 和 预 测合 金 性 能 , 研 究 如何 定 量测 量 超 细 硬 质 合 金 WC

ImageJ研究分析粒径尺寸及分布

ImageJ研究分析粒径尺寸及分布
原始地金相图片为然后我们用photoshop把里面要测量地颗粒选出后地图片为到这里前期地处理工作做完了下面我们将使用imageproplus来进行相应地颗粒尺寸测量2首进入软件后点done然后点fileopen打开你刚用photoshop处理后地图片点这个图标对金相图片进行处理可以使金相中地颗粒看地更加清楚处理完后点击图标然后会弹出个对话框这里有三个选项一般你地颗粒是暗色地背景是白色地话就选择dark这个选项反之也行择好后点count按键这样软件就会自动给你金相图片中地颗粒进行编号
on raw fluorescent images, total contactcellLDAYtRyKfE
were calculated by‘‘analyseparticuleisnpixelsZzz6ZB2Ltk
were not taken into account.
首先用工具栏里地直线工具,沿SEM、TEM地标尺(bar)拉出一条等长地直线,在菜单栏里找到measure点击,得到标尺对应地长度数据(弹出地数据栏);接着用同样地步骤测量你地particles;最后导出你地数据,放到excel、origin里处理就行了~dvzfvkwMI1
resulting image, which appears similar to the original photomicrograph but withRTCrpUDGiT
minimal background, was then converted to a binary image by setting a threshold.5PCzVD7HxA
Threshold values were determined empirically by selecting a setting, which gave

Transwell-imageJ五步分析法与经验总结

Transwell-imageJ五步分析法与经验总结

Transwell-imageJ五步分析法与经验总结一、首先安装image J + file-openwindows用户直接安,IOS的老铁们先安装个JAVA环境(从JAVA官网就能下来),再安装image J(从官网也能下来)。

总的来说还是一劳永逸的,不算很麻烦,我们科研都做了还怕什么麻烦,使用方法不管哪个版本都差不多。

打开图片这种老年人操作就不用介绍了吧……不好意思桌面有点乱……二、将图片转换成黑白如图所示,image-type-8-bit三、调整阈值image-adjust-threshold打开调整界面,把原图放在一边,边调节画圈的位置边看着原图,以防用力过猛或隔靴搔痒。

上下两个数可以是0/128或28/76什么的,看起来细胞尽量都黑了,背景也比较白就差不多了,不用苛求两个数非得是多少。

还要调到B&W,Dark background。

都好了之后按apply,就可以关掉阈值界面了~四、分割上一张图所有接触的细胞还都是一片,这么计数肯定会少,所以这一步用watershed把连在一起的细胞分开。

process-binary-watershed,细胞被分开了吧五、分析数量analyze-analyze particles打开分析窗口我的重要创新点就是这个调整大小,从0.005开始算起,否则脏的背景也要被计算进去了(0.005也不是绝对的,可以适当调整,根据照片质量不同,我在计数的时候也用过0.008,0.01,0.015不等)。

勾选show outlines, display results,选好了之后点OK六、结果展示嗒哒~软件说这一张皂片有257个细胞,俺看它勾选的还挺准,就酱!之后把数据写到Excel里去做统计就完工了~介于版面还有挺多地方我就再总结一下预实验里的种种艰辛1、第一次是按照我师姐留下的protocol,那个岁月里的matrigel胶还是风华正茂的,1:20三个小时也就凝固了。

花10分钟学一项技能ImageJ图像分析

花10分钟学一项技能ImageJ图像分析

花10分钟学一项技能ImageJ图像分析1imageJ是什么ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件,它是由National Institutes of Health开发的。

可运行于Microsoft Windows,Mac OS,Mac OS X,Linux,和Sharp Zaurus PDA等多种平台。

其基于java的特点,使得它编写的程序能以applet等方式分发。

2imageJ可以做什么概括一下,主要分为以下几个方面:A.图像的区域和像素统计(大小)。

长度,角度,阳性点密度和数量B.光密度或灰度,并制备密度直方图和线性图。

C.两种蛋白共定位的程度D.卷积,Sholl 分析,傅里叶分析E.更多功能3imageJ界面简介界面分为:菜单栏,工具栏和状态栏。

菜单栏:从左至右分别是:文件,编辑,图形,处理,分析,插件,窗口,帮助。

工具栏:从左至右分别是4种区域选择工具,直线选择工具,角度工具,点工具,魔棒,文字,放大镜,拖手,颜色吸管,动作宏,菜单宏,绘图工具等(颜色吸管以后的内容可以变化),通过点击最右边的 >> 按钮选择需要的栏目。

4使用imageJ软件之图片编辑取消(Undo):Edit →Undo,恢复到前一步,不过只能回退一步,这点和photoshop操作是一样的恢复(Revert):File →Revert,恢复到上次保存后的状态。

裁剪(Crop):Image →Crop. 方框选择工具选好区域后进行裁剪。

清除界外(Clear Outside):Edit →Clear Outside.将选择区域以外图形清除。

相类似Edit→Clear是清除选择区域内部。

改变亮度对比度(Brightness and Contrast):Image →Adjust →Brightness/Contrast,类似于photoshop里的操作。

可以是图形的明暗对比更明显或更模糊。

(Process →Enhance Contrast.这个选项是自动改变对比度,小心使用)清除噪点:Process →Noise →Despeck le 或者Process →Filters →Median 此外,Process →Noise 选项里面还有添加噪点的选项。

nano measurer1.2_imagetool3.0和imagej粒径面积图像分析软件使用方法分布计算的测量方法

nano measurer1.2_imagetool3.0和imagej粒径面积图像分析软件使用方法分布计算的测量方法

Nano Measurer 1.2;ImageTool (IT) 3.0 ;imageJ,统计粒径、孔径、孔面积,孔的总面积,角度等三款图像分析软件使用方法一、Nano Measurer 1.2 粒径分布计算1.文件/打开图像文件2.对照拍照时的标尺画出一根同样长度的线(图中红线)/设置/标尺3.对话框中输入实际长度100,单位um/确定4.用鼠标在所需测量的孔上划距离,得到有序号的标记5.点击报告/查看报告/跳出统计报告和柱状图6.点击图中下方“统计报告到出…,得到下方数据,ok!!!!******************Nano Measurer 1.2.5***************************************************************************==================Basic report==================Total 35Max./um 29.50Min./um 1.69Mean/um 15.14No. Particle size/um1 22.022 21.043 12.674 13.715 24.126 23.837 17.058 29.509 13.0510 24.5311 13.5912 22.7513 20.2514 11.9015 18.0116 22.5617 14.3518 16.3619 1.8820 16.0721 18.2122 12.5123 24.2824 17.3625 21.2526 13.0927 18.8428 1.6929 4.2130 3.3731 2.6632 5.0633 16.03二、ImageTool (IT) 3.0 统计粒径、孔径、孔面积,孔的总面积,角度等ImageTool (IT) 3.0版是一个免费的科学用途的图像处理与分析软件,可以显示、编辑、分析、处理、压缩、打印灰度图形或彩色图形。

粒径统计之从电镜图到数据图——简单而实用的小软件ImageJ(一)

粒径统计之从电镜图到数据图——简单而实用的小软件ImageJ(一)

粒径统计之从电镜图到数据图——简单而实用的小软件ImageJ(一)前言:友情提示:大家直接在百度中搜索ImageJ就可以找到这块软件,软件本身也不大,下起来很方便,祝大家使用愉快!ImageJ的功能很多(这是为什么我们选取ImageJ来分享的一个原因),统计粒径的方式也有多种,今天跟大家分享一种最常规的方式——手动统计粒径。

后续我们会对其他的方式也进行一些基本的介绍,敬请期待。

第一步:利用ImageJ打开图片文件。

ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件,它能够处理TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式的图片(只要将SEM,TEM图片变成这些格式就可以用ImageJ进行处理了)。

操作:点击ImageJ菜单栏中File--Open,找到想要打开的TIF或者JPG文件,将其打开,得到下图右所示界面。

备注:TEM图片有的时候是DM3的格式,需要先通过Gatan DigitalMicrograph(有机会后面也会跟大家进行分享)将其转变为TIF或者JPG格式。

第二步:设置标尺。

标尺对于一个图片的重要性用不着我废话,这里,我只讲操作。

a. 在工具栏中找到画线工具,然后采用它画一条直线,与标尺长度重合;(备注:如果标尺太小,可以通过缩放工具将图片放大之后,再用画线工具画直线)b. 在ImageJ的菜单栏中找到Analyze-->Set scale,在弹出来的窗口中,Known Distance一栏中填入标尺的已知长度,Unit of Length 中更改标尺的单位。

然后,点击OK完成标尺的设置。

设置标尺实际上就是要得到像素长度和已知标尺长度的比例尺,这样画一条线就可以通过这个比例直接得到这条线的真实长度。

第三步:量取粒径。

设置好标尺以后,就可以通过划线来方便地量取纳米颗粒的粒径尺寸了。

a. 采用画线工具,划出某一颗粒的直径(如果颗粒太小,可以采用缩放工具进行缩放),然后点击菜单中Analyze-->measure,在弹出的result窗口中,length即为测得的纳米颗粒粒径数据。

ImageJ之对免疫组化图片定量评价和自动评分

ImageJ之对免疫组化图片定量评价和自动评分

ImageJ之对免疫组化图片定量评价和自动评分首先这款神器的插件在哪里可以下载?IHC Profiler插件可以在/projects/ihcprofiler/免费获取。

其次这款插件如何安装到自己的Imagj软件中?1、解压下载好的IHC_Profiler.zip文件,得到两个文件:IHC Profiler文件和IHC_Profiler.txt宏文件。

2、复制这两个文件粘贴至Plugins文件夹中:My Computer > C: > Program Files > ImageJ > plugins此外复制IHC_Profiler.txt文件粘贴至macros文件夹中:My Computer > C: > Program Files > ImageJ > macros重启软件即可,我们会在Imagej软件Plugins中发现已经安装好的IHC_Profiler插件。

如何使用该插件?对于胞浆着色的IHC图片,读入图片能够快速得到结果。

对于胞核着色的IHC图片:计算Score的公式为:Score有四个等级,分别为4/3/2/1,High Positve为4分,Positive为3分,Low Positive为2分,negative 为1分。

整个分析的流程如下:现在我们以实际例子来演示整个操作:1、打开Imagej软件,软件界面如下:File,Open,打开胞浆着色的图片:2、点击Plugins,点击IHC Profiler,进入以下界面:询问是否是胞浆着色,下拉可选择核着色,此处选择胞浆着色,点击OK,进入以下界面,选择H DAB点击OK。

得到结果为High Positive:而对于胞核着色,操作略微不同:1、打开Imagej软件,打开胞核着色图片:2、点击Plugins,点击IHC Profiler,进入以下界面,选择胞核着色:同上选择H DAB,点击OK进入以下界面:调节Threshold阈值选中所有核着色,点击Plugins,选择IHC Profiler Macro,得到结果:这个用于临床或者科研组织病理学分析的新工具可以在全球范围内用于评估大多数定位于细胞质或者细胞核的蛋白质,这种方法可以尽量减少不同实验室之间观察者之间差异的问题,为进一步为跨国间的临床试验提供了有效的保证。

ImageJ图象处理软件在测量玉米子粒大小中的应用

ImageJ图象处理软件在测量玉米子粒大小中的应用

ImageJ图象处理软件在测量玉米子粒大小中的应用白光红;张义荣;刘弋菊;邢鸿雁;严建兵;彭惠茹;章建新;李建生【期刊名称】《玉米科学》【年(卷),期】2009(17)1【摘要】介绍了基于ImageJ软件处理数字图像辅助测量子粒大小的新方法。

分别用图像处理和游标卡尺两种方法测量了70份玉米材料的子粒大小,图像处理法测量的相对误差均小于2%。

对粒长、粒宽和粒厚成组数据进行t测验,两种测量方法间差异不显著。

相关性分析表明,两种测量方法间呈极显著的线性相关。

与游标卡尺法相比,ImageJ软件处理图像法更方便快速,可用于玉米等作物种子大小的实际测量工作。

【总页数】5页(P147-151)【关键词】玉米;图像处理法;测量;子粒【作者】白光红;张义荣;刘弋菊;邢鸿雁;严建兵;彭惠茹;章建新;李建生【作者单位】新疆农业大学农学院,乌鲁木齐830052;中国农业大学/国家玉米改良中心/农业部作物基因组学与遗传改良重点实验室,北京100094【正文语种】中文【中图分类】S513【相关文献】1.基于ImageJ软件的香樟千粒重的测量及其应用 [J], 钟永达;周燕玲;李彦强;刘立盘;刘淑娟;杨爱红;刘腾云;余发新2.Photoshop软件在园艺试验测量中的应用——一种测量葡萄花蕾大小的新方法[J], 齐永顺;王同坤;张京政;程瑞月;张会龙3.ImageJ软件在数字图像处理课程教学中的应用 [J], 郑林涛;董永生4.ImageJ软件在泥石流固体颗粒分析中的应用 [J], 赵岩;郑娇玉;郭鹏;熊木齐;崔志杰;孟兴民5.Photoshop软件在园艺试验测量中的应用——一种测量葡萄花蕾大小的新方法[J], 齐永顺; 王同坤; 张京政; 程瑞月; 张会龙因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

如何用ImageJ和Origin,轻松测量纳米粒粒径及做粒径分布图

如何用ImageJ和Origin,轻松测量纳米粒粒径及做粒径分布图

如何用ImageJ和Origin,轻松测量纳米粒粒径及做粒径分布

介绍
制剂的电镜图,是我们在论文或者实验中经常见到的图。

所以,我们今天的教程是如何使用ImageJ对电镜图中的纳米粒进行粒径的整体测量,以及如何使用Origin对其进行作图。

软件
ImageJ
Origin 2019b
图文教程
此教程分为两个部分,首先使用ImageJ进行粒径的测量,然后使用Origin 进行作图。

ImageJ粒径测量1. 使用ImageJ打开图片
2. 使用直线工具,标记标尺
3. 设定标尺:菜单栏-Analyze-Set scale
4. 只需要写上右下角的标尺的单位,点击OK,就会发现图片上方变化了
5. 然后点击ROI manger
6. 然后我们在粒子的直径上画一个横线,点击add it。

可以点击显示
全部和标记,这样标记了的就可以显示出来,避免二次标记,这里我选择20个用来演示。

7. 点击测量
8. 所有的长度就显示出来了
Origin作图1. 打开origin,复制进来所有所测量的粒径数据
2. 选中数据,点击作图(选择分布图)
3. 我们来看一下形成的基础图
4. 对其美化一下
5. 最后,我们可以将两幅图组合在一起。

  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。

1、打开imagej软件
2、File——open,打开图片
3、设置阈值。

Image——adjust——threshold——若分析内容为空洞,则点击一次apply;若
分析内容为凸起,则点击两次apply。

使要分析的部位变为深色。

4、进行标尺设定。

Analyse——setscale,软件会自动判断图中标尺中像素个数,在known
distance中设定自己图片标尺的长度,并且将unit of length中的单位设定为自己标尺的单位。

如图,known distance设为5,unit of length设为μm。

5、分析并输出结果。

Analyze——analyze particles,在show中选取outlines,并点选display
result和exclude on edges,或可根据自己的需要选择不同选项。

最后点击ok,即可得到
结果,可把结果复制到excel中分析。

6、设置输出选项。

在analyze—analyze measurements
中设置输出选项,得到自己想要的结果。

比如周长、面
积、灰度值等。

相关文档
最新文档