蛋白质二级结构预测 ppt课件

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Study 1
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Example 3-24
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对下面的序列进行二级结构预测分析。
MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVM KAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPA TLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGAD KKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ
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• 你怎么称呼老师？ • 如果老师最后没有总结一节课的重点的难点，你
是否会认为老师的教学方法需要改进？ • 你所经历的课堂，是讲座式还是讨论式？ • 教师的教鞭 • “不怕太阳晒，也不怕那风雨狂，只怕先生骂我
笨，没有学问无颜见爹娘 ……” • “太阳当空照，花儿对我笑，小鸟说早早早……”
3.4.1 SOPMA
AA: 氨基酸 OBS_sec: 二级结构的观测值 PROF_sec: 预测的二级结构 Rel_sec: 预测二级结构的可信度 SUB_sec: 预测的二级结构的集合
H: 螺旋 E: 折叠 L: 随机卷曲
O_3_acc: 相对亲水表面的观测值 P_3_acc: 预测的相对亲水表面 (b = 0 ~ 9%, i = 9% ~ 36%, e = 36% ~ 100%) Rel_acc: 预测亲水表面的可信度 SUB_sec: 预测的亲水表面的集合
第3章 蛋白质序列分析 1
3.1 蛋白质一级结构分析 3.2 蛋白质结构特性分析 3.3 蛋白质功能特性分析 3.4 蛋白质二级结构预测 3.5 蛋白质三级结构预测
164 3.4 蛋白质二级结构预测
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预测目的：看一看所提交的蛋白质序 列在哪里会形成α-螺旋和β-折叠？
现阶段：准确率不高。
精品资料
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预测结果目录
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图3.87 对序列进行PROSITE搜索 19
蛋白激酶C磷酸化位点 S/T-R/K
酪蛋白激酶II磷酸化位点 S/T--D/E 酪氨酸激酶磷酸化位点 十四烷酰化位点
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Shengwu Jishu
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PredictProtein (3/6)
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PredictProtein (4/6)
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swjs@
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PredictProtein (5/6)
13
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PredictProtein (6/6)
PROF预测结果（详细）
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图3.92 球蛋白预测
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Practice
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把刚才课堂上讲的内容练习一遍。
Summary
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SOPMA PredictProtein
SOPMA
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网址：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html
图3.88 SEG搜索的低复杂度序列 20
是指编码这些氨基酸的DNA 序列为低复杂度序列
图3.89 ProDom搜索结果
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PSI-BLAST搜索结果
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图3.90 以MSF格式显示比对 (1/2) 23
图3.90 以MSF格式显示比对 (2/2) 24
图3.91 PROF预测结果（普通） 25
Result of SOPMA (1/2)
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Result of SOPMA (2/2)
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166 3.4.2 PredictProtein (1/6)
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网址：/
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PredictProtein (2/6)
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swjs@
5
网址：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html
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Example 3-23
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对下面的蛋白质序列做二级结构预测分析
MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVM KAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPA TLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGAD KKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ