i、ii型剪接名词解释
分子生物学：第3章RNA的转录习题和答案
第三章RNA的转录一、名词解释1．转录2．模板链（反义链）3．非模板链（编码链）4．不对称转录5．启动子6．转录单位7．内含子8．外显子9．sigma因子10．RNA编辑11．核酶12．gRNA 13．GU-AG规则14．转录后加工15．核内不均一RNA 16．RNA复制二、填空题1．由逆转录酶所催化的核酸合成是以_______为模板，以_______为底物，产物是_______。
2．RNA生物合成中，RNA聚合酶的活性需要_______模板，原料是_______、_______、_______、_______。
3．大肠杆菌RNA聚合酶为多亚基酶，亚基组成_______，称为_______酶，其中_______亚基组成称为核心酶，功能_______；σ亚基的功能_______。
4．用于RNA生物合成的DNA模板链称为_______或_______。
5．RNA聚合酶沿DNA模板_______方向移动，RNA合成方向_______。
6．真核生物RNA聚合酶共三种_______、_______、_______，它们分别催化_______、_______和_______的生物合成。
7．某DNA双螺旋中，单链5’… ATCGCTCGA … 3’为有意义链，若转录mRNA，其中碱其排列顺序为5’… _______… 3’。
8．能形成DNA--RNA杂交分子的生物合成过程有_______、_______。
形成的分子基础是_______。
9．DNA复制中，_______链的合成是_______的，合成的方向和复制叉移动方向相同；_______链的合成是_______的，合成的方向与复制叉方向相反。
10．一条单链DNA(+)的碱基组成A2l％、G29％，复制后，RNA聚合酶催化转录的产物的碱基组成是_______。
11．RNA聚合酶中能识别DNA模板上特定起始信号序列的亚基是_______ ，该序列部位称_______。
生物化学名词解释
名词解释Aantigen，Ag（抗原）：凡能刺激机体免疫系统产生免疫应答，并能与相应的抗体和（或）致敏淋巴细胞受体发生特异性结合的物质。
antibody，Ab（抗体）：抗原刺激机体产生能与相应抗原特异结合并具有免疫功能的免疫球蛋白。
active center (酶的活性中心)：指必需基团在空间结构上彼此靠近，组成具有特定空间结构的区域，能与底物特异结合并将底物转化为产物。
activation energy (活化能) ：底物分子从初态转变到活化态所需的能量activator (激活剂)：使酶由无活性变为有活性或使酶活性增加的物质aerobic oxidation (糖的有氧氧化)：指葡萄糖在有氧条件下彻底氧化成水和二氧化碳的反应过程。
apolipoprotein, apo (载脂蛋白) ：指血浆脂蛋白中的蛋白质部分。
acetyl CoA carboxylase (乙酰CoA羧化酶)：是脂酸合成的限速酶，存在于胞液中，其辅基是生物素，Mn2+是其激活剂。
其活性受别构调节和磷酸化、去磷酸化修饰调节。
Bbiological oxidation（生物氧化）：物质在生物体内进行的氧化分解称生物氧化，主要指糖、脂肪、蛋白质等在体内分解时逐步释放能量，最终生成CO2 和H2O的过程。
Cconformation（蛋白质分子的构象）：指蛋白质分子中原子和基团在三维空间上的排列、分布及肽链的走向。
又称空间结构、立体结构、高级结构和三维构象cis-acting element（顺式作用元件）：与相关基因同处一个DNA分子上，对基因转录起调控作用的一段DNA序列。
顺式作用元件不转录任何产物，可位于基因的5’上游区、3’下游区或基因内部。
启动子和增强子就是最常见的一类顺式作用元件。
codon（密码子）：在mRNA的开放阅读框架区，以每3个相邻的核苷酸为一组，代表一种氨基酸，这种三联体形式的核苷酸序列称为密码子catabolic repression (分解代谢阻遏)：葡萄糖对乳糖操纵子的阻遏作用称分解代谢阻遏。
分子生物学常考名词解释
?管家基因：是指所有细胞中均要表达的一类基因，其产物是对维持细胞基本生命活动所必须的。
H
?核内不均一RNA(hnRNA)：是真核生物细胞核内的mRNA前体分子，分子量较大，并且不均一，含有大量的内含子。
?终止子：提供转录终子信号的DNA序列称为终止子，有两类：依赖r -因子的终止子和不依赖r -因子的终止子。
?终止因子：协助RNA聚合酶识别终止信号的辅助因子（或蛋白质）。
?增强子：是指能使和它连锁的基因转录频率明显增加的DNA序列。
?翻译：是在RNA的控制下，根据核酸链上每三个核苷酸决定一个氨基酸的三联体密码规则，合成出具有特定氨基酸顺序的蛋白质肽链过程。
?负控诱导
G
?滚环复制：DNA复制的特殊形式，在环状DNA双链的一条链造成切口，5‘端被置换出来，3’端-OH在DNA聚合酶作用下不断延伸，DNA另一条链进行滚动，复制和滚环同步进行，这种复制方式为滚环复制。
B
?半保留复制：DNA复制时，亲代DNA的两条链解开，分别作为模板，在DNA聚合酶的作用下以四种三磷酸核苷为原料，根据碱基互补配对原则，合成新的双链DNA分子，其中一条链来自亲本，另一条为新合成的，这种复制方式为半保留复制。
?不对称转录：在RNA生物合成中，DNA只有一条链的一段作为模板指导RNA的合成称为不对称转录。
?半不连续复制：在DNA复制中，前导链是连续合成的，滞后链是不连续合成的，这种复制方式为半不连续复制。
C
?C值与C值反常：指生物单倍体DNA的总量，生物由简单到复杂C值一般是逐步增加的，但部分生物由于有大量的无效DNA，不符合此规律而出现反常，此现象为C值反常现象。
分子生物学名词解释
中心法则：生物体遗传信息流动途径。
现包括反转录和RNA复制等内容。
复制：是指遗传物质的传代，以母链DNA为模板合成子链DNA的过程。
转录：以DNA的一条链的一定区段为模板，按照碱基配对原则，合成一条与DNA链互补的RNA链的过程。
翻译：以mRNA为模板，氨酰-tRNA为原料直接供体，在多种蛋白质因子和酶的参与下，在核糖体上将mRNA分子上的核苷酸顺序表达为有特定氨基酸顺序的蛋白质的过程。
翻译的基本要素：tRNA、核糖体和mRNA顺式作用元件：指调控真核生物结构基因转录的DNA序列，包括启动子、上游启动子元件、增强子、加尾信号和反应元件等。
它们通过与反式作用因子相互作用来发挥转录调控作用。
反式作用因子：指真核基因的转录调节蛋白，包含DNA结合结构域和转录激活结构域。
它们与顺式作用元件、RNA聚合酶相互作用，以及转录因子之间相互协同或者拮抗，反式调控另一基因的转录。
操纵子：原核生物绝大多数基因按照功能相关性成簇串联排列，与启动子、操纵基因等调控元件共同组成一个转录单位，实现协调表达。
（原核生物中控制蛋白质合成的功能单位，包括结构基因和调控部分。
）乳糖操纵子：控制β半乳糖苷酶诱导合成的操纵子。
包括调控元件P(启动子)和O(操纵基因)，以及结构基因lacZ、lacY和lacA。
在没有诱导物时，调节基因lacI编码阻遏蛋白，与操纵基因O结合后抑制结构基因转录；乳糖的存在可与阻遏蛋白结合诱导结构基因转录，以代谢乳糖。
色氨酸操纵子：控制色氨酸合成的元件之一。
大肠杆菌的色氨酸操纵子有启动子和操纵基因控制一个多顺反子mRNA的转录，控制编码色氨酸生物合成需要的各种酶，另外，还有前导区和衰减区。
当培养基中有足够的色氨酸时，操纵子关闭，，缺乏色氨酸时，操纵子开启。
诱导与阻遏：若调节蛋白和操纵基因结合后，抑制其所调控的基因转录，称阻碍物，反之诱导。
（与调节蛋白结合的效应小分子，辅诱导物）基因表达：指将来自基因的遗传信息合成功能性基因产物的过程。
《细胞生物学》核糖体与核酶自习报告
核糖体与核酶引言：1.核糖体（ribosome）是细胞内的一种核糖蛋白颗粒，其唯一的功能是按照mRNA的指令将氨基酸合成蛋白质多肽链，所以核糖体是细胞内蛋白质合成的分子机器。
6.1 核糖体的形态结构1.核酶是具有催化活性的反义RNA6.1.1 核糖体的类型和化学组成6.1.1.1 核糖体的类型和大小1.核糖体有种类型：细胞质核糖体、线粒体核糖体、叶绿体核糖体2.核糖体分为：真核生物核糖体和原核生物核糖体3.核糖体由大小两个不同的亚基组成，在不进行蛋白质合成时是分开的，各自游离在细胞质中，在进行蛋白质合成时结合在一起4.在真核细胞中，核糖体在进行蛋白质合成时：1.游离在细胞质中称游离核糖体2.附着在内质网的表面，称膜旁核糖体或附着核糖体。
6.1.1.2 核糖体的化学组成1.核糖体的大小两个亚基都是由核糖体RNA（rRNA）和核糖体蛋白质组成。
6.1.2核糖体的蛋白质与rRNA6.1.2.1 核糖体蛋白1. E.coli核糖体21个小亚基，为S1~S21,大亚基的核糖体蛋白命名为L1~L336.1.2.2 核糖体rRNA1.30S核糖体亚基的形态主要是由16S rRNA决定的6.1.3细菌核糖体的结构模型1.S4、S5、S8、S12等4个蛋白定位在核糖体的小亚基上，并且是背向大亚基。
2.小亚基中确定了与信使RNA（mRNA）和转移RNA（tRNA）结合位点3.催化肽键形成的位点位于大亚基，和GTP水解的功能区6.2核糖体的生物发生1.在细胞内，核糖体是自我装配的。
2.核糖体的生物发生包括蛋白质和rRNA的合成、核糖体亚基的组装等。
6.2.1 核糖体rRNA基因的转录与加工1.编码核糖体的基因分为两类：一类是编码蛋白质的基因，另一类是rRNA基因6.2.1.1 编码rRNA基因的过量扩增1.细胞为了满足大量需求的rRNA，在进化的过程中形成了一种机制：增加编码rRNA基因的拷贝数。
2.增加拷贝数有两种方法：1.在染色体上增加rRNA基因的拷贝数2.通过基因扩增6.2.1.2 真核生物18S、5.8S、28S rRNA和5S rRNA基因1.在真核生物的染色体中，18S、5.8S、28S rRNA和5S rRNA基因是串联在一起的，每个基因被间隔区隔开，5S rRNA基因位于不同的染色体上。
内含子的比较
核酶是一种金属离子依赖酶
金属离子的结作用： 特异的结构作用或参与活性部位的化学过程 促进RNA整体折叠 二价金属离子（Mg2+)与底物活性部位直接相
互作用或参与过渡中间复合物的产生
显子。
第三次转酯反应是线性内含子的环化，发生在已 切除的内含子片段中，内含子的3'-OH攻击其5'端附近的第15和第16核苷酸之间的磷酸二酯键， 从5'-端切除15nt的片段，并形成399nt的环状RNA。 环状RNA随即被切割生成线状RNA，由于切割 位置与环化位置相同，生成的线状RNA依然为 399nt。接着，再从5'-端切去4个核苷酸，最终产 物是395nt的线性RNA，由于这一产物比最初释 放的内含子少19个核苷酸，因而被称作L19。
structure); 3.内部引导顺序(Internal guide seguence
IGS); 4.剪接通过转酯反应（Transesterification).
8.5.2.1 II型内含子的特点
II型内含子主要存在于某些真核生物的线粒体和叶绿体rRNA 基因中，也具有催化功能，能够完成自我剪接.几乎所有的细 菌II型内含子能够编码逆转录酶，并可作为逆转录转座子，或 逆转录转座子的衍生物高频率插入特定区域，或低频率插入其 它区域。II型内含子是由内含子靠近3'-端的腺苷酸2'-羟基攻击 5'-磷酸基启动剪接过程，经过两次转酯反应连接两个外显子， 并切除形成套索结构的内含子(图8-17)。
在II型内含子剪接过程中，首 先由内含子靠近3'-端d6结构中 的分支点保守序列上A的2'OH向5'-剪接位点的磷酸二酯 键发动亲核攻击，形成外显子 1的3'-OH，内含子5'-端的磷酸 基与分支点A的2'-OH基形成2', 5'-磷酸二酯键，产生套索结构， 完成第一次转酯反应。接着， 外显子1的3'-OH亲核攻击3'-剪 接位点，切断3'-剪接位点的磷 酸二酯键，并形成外显子1与 外显子2之间的3', 5'-磷酸二酯 键，完成第二次转酯反应。经
内含子
பைடு நூலகம் 3. 提高进化速率
内含子增加了基因的长度，提高了基因间的重组频率。重组易发生 在外显子之间的内含子之中，这样可形成蛋白结构域的新组合，而减少 在外显子上发生重组，若发生这样的重组可能导致蛋白质功能的破坏， 内含子的存在提高了有效重组。 蛋白质的三维结构与内含子和外显子的分布有密切的相关性。在进 化中，外显子是稳定的，内含子的序列和长度是迅速随机突变的。由于 在内含子的存在在保留原有蛋白的同时，可产生一种新的蛋白，具有进 化优势。
细胞器RNA
细胞器RNA 真核生物细胞核前体tRNA 不同的RNA
Ⅰ型内含子及其剪接机制
1980年代初，发现原生动物四膜虫 (Tetruhymenu) 的rRNA内 含子能够自我剪接(self splicing)，这一类内含子后被称作Ⅰ型内含 子.后来在酵母菌的线粒体rRNA基因中也含有此类内含子.
经过两次转酯反应，两个外显子 被连接在一起，并释放含有套索结构 的内含子。
四.内含子的功能
Gilbort（1978年）指出：断裂基因的存在可能有两种意义：（1）有利于 储存较多的遗传信息，如SV40的T和t蛋白；（2）有利于变异和进化，若 在交界序列处发生突变，就可能影响正常的剪切方式从而使蛋白的结构 发生较大的变化。
1. 有的内含子可编码内切酶
酵母的细胞色素b基因含有3个外显子(417bp，14bp和100bp)和两个内含 子(765bp和1240bp)。 酵母w蛋白内含子的归巢(Homing)。
2. 内含子对基因表达的调控
2.1 正调控
例子 一 例子 二 例子 三 例子 四
谢先芝等发 现番茄蛋白 酶抑制剂Ⅱ 基因的内含 子TPI对报告 基因gusA表 达活性具有 明显的增强 效应 。
基因表达 名词解释
拼板理论(piecing theory)：真核生物的基因转录通常需要多个转录因子，转录因子之间相互协同、竞争、拮抗并与顺式作用元件、RNA聚合酶相互作用，发挥转录激活或者转录抑制作用。因此，数百个转录因子的不同排列组合就可以启动数万种基因的转录
锌指(zinc finger)：真核细胞转录因子的DNA结合结构域的一种结构形式，包含数个相同的指结构。每个指结构包含有β2α等结构形式，其中４个残基(Cys2/His或者Cys2/Cys2)与锌离子形成配位键。锌指结构的指尖部分能够嵌入DNA双螺旋的大沟。
亮氨酸拉链(leucine zipper)：真核细胞转录因子的DNA结合结构域的一种结构形式，指周期性每隔4-7个残基出现1个Leu残基，形成兼性α-螺旋，具有极性的氨基酸残基形成的亲水面和Leu残基形成疏水面。两条具有此结构域的多肽链之间通过Leu的疏水侧链结合成二聚体，形成犬牙交错的拉链状47:00
名词解释
基因表达(gene expression):基因转录和翻译的过程，基因表达的最终产物是蛋白质和tRNA、rRNA等。
不对称转录(asymmetric transcription)：对于基因而言，转录的模板链仅仅是DNA双螺旋中的一条单链。对于多个基因而言，模板链可以位于DNA分子的不同单脸上，由于模板始终是3'-5'方向，故DNA两股链上的基因转录方向相反。
反式作用元件/转录因子(trans-acting element)：真核基因的转录调节蛋白，包括DNA结合结合结构域。它们与顺式作用元件、RNA聚合酶相互作用，以及转录因子相互协同或拮抗，反式调控另一基因的转录。
基础转录因子(basal/general transcription factor)：与RNA聚合酶、启动子直接结合的真和转录调节蛋白，是转录起始复合物的最基本组件，基本不受环境因素影响。
分子生物学-07-4-生物信息的传递-4RNA拼接2-RNA编辑
一类自剪内含子的剪接
• 罕见的rRNA内含子
RNA splicing 2
Ⅰ类自剪内含子的拼接
特点： 1 拼接属于自我拼接 2 内含子自身形成明显的二级结构
结构特点： （1） 5’ 拼接点和3’ 拼接点-------U↓A… …G ↓
（2） 有由保守序列形成的二级结构
a、 保守序列为 5’ －P－Q－R－S－3’
距ห้องสมุดไป่ตู้接点很远，各 10~12bp
P与Q互补、R与S互补而形成中部核心结构
RNA splicing2
RNA splicing2
b、 二级结构中还包括内含子与外显子的某一序列互补所形 成的二级结构
内部引导序列（interal guide sequence IGS）：内 含子中能与两个拼接点边界序列配对的一段序列
snRNA： 细胞核中的 scRNA： 细胞质中的
（snRNP） （scRNP）
2、核mRNA内含子拼接的结构特点
RNA splicing
拼接点序列
Page102 ，103
符合Chambon rule （GU－AG规则）
● 5’---exon--- GU--------intron--------AG ------exon----3’
嘧啶富含区
拼接点： Breathnach-Chambon rule （GU－AG规则） 5’ 剪接点或左剪接点（内含子上游） 3’ 剪接点或右剪接点（……下游）
RNA splicing
● 第一次转酯－－左外显子、内含子剪切套索 ● 第二次转酯－－exons连接、套索状内含子释放 ● 拼接体（spliceosome） 解体与lariat降解同步
内含子剪接rnasplicinggeneralsequenceeukaryoticmrna注意5加帽的时间注意内含子外显子一般是在rna水平描述的四种典型内含子的边界序列特征类型5拼接点内含子3拼接点剪接方式化学本质trna类无保守序富含au无保守序列蛋白酶参直接切割和连接有可供识别的特异序列自我剪接转脂反应ii类自剪gugcgauguag类真核mrnaguauagac剪接装置复杂剪接装置由多种蛋白质和核蛋白小rna组成形成特定的二级结构rna具有催化剪接的能力一trna内含子的剪接trna的拼接特点酵母为例1链的断裂和连接是两个独立的过程2trna的内含子均位于反密码环的3端长1416bp其中含一段与反密码环互补的序列反密码环处形成一个与成熟trna不同的构象3拼接酶系识别的就是这个二级结构trnasplicing分解过内含子rna连接酶连接断端其中内切酶作用后产生5oh3磷酸3磷酸端很快转变为23环式核苷酸内切酶作用一个半分子有两个磷酸末oh末端因此一个半分子有两个磷酸末端另一个半分子有两个oh末端ohtrnasplicing分解过连接反应前要进行两个反应
分子名词解释和简答
22 翻译跳跃：翻译中读码框发生了位移，可导致核糖体跳过一端mRNA后继续翻译，这一过程叫翻译跳跃．（来源自网上）
简答题：
一、RNA的剪接方式
1.剪接体参与的剪接
核内RNA+snRNP→剪接体。
11反式作用因子：直接或间接的识别或结合在各类顺式元件中核心序列上，参与调控靶基因转录效率的蛋白质
12GTAG法则：序列分析表明，几乎每个内含子与5′端起始的两个碱基都是GT，而3′端最后两个碱基总是AG，由于这两个碱基的高度保守性和广泛性，有人把它称为GTAG法则 ，即5′GT…AG 3′。
13外显子：原初转录物中被保留下来的编码序列，及其对应的RNA模板中心的序列。
4转录图：基因的cDNA片段图，即表达序列标签图。
5全序列图：人类基因组的核苷酸序列图是分子水平上最高层次的、最详尽的物理图，测定总长约1m、由30亿个核苷酸组成的全序列。
6恶性肿瘤：一群不受生长调控而繁殖的细胞，是具有转基因能力的肿瘤，具有浸润性和扩散性。
7良性肿瘤：一群仅局限在自己的正常位置，且不侵犯周围其他组织和器官的细胞，它通常有完整的结缔组织膜结构。
三、色氨酸操纵子调控机制
色氨酸操纵子调控机制为负控阻遏。
其转录调控包括阻遏系统和弱化系统。
（1）阻遏机制：产生辅阻遏蛋白的基因是trpR。在有高浓度色氨酸存在时，色氨酸与游离的辅阻遏蛋白相结合，形成有活性的阻遏物，并使之与操纵区DNA紧密结合，因此可以阻止转录。然而当色氨酸水平低时，辅阻遏蛋白失去氨基酸，以一种非活性形式存在,不能结合DNA。在这样的条件下，trp操纵子被RNA聚合酶转录，同时色氨酸生物合成途径被激活。
RNA的选择性剪切
GT GT
AG
GT AG
5’
Exon
Intron
Exon Intron
Exon
3’
GT
GT
AG
GT AG
5’ Exon GT
Intron
Exon
3’
AG
GT AG
5’
Exon
GT
GT
路漫漫其修远兮, 吾将上下而求索
Intron
Exon
3’
AG
GT AG
RNA的选择性剪切
三、选择生剪接的功能和生物学意义 1. 选择性剪接是在RNA水平调控基因表达的 机制之一。 2. 选择性剪接使生物表型具有多样性与复杂 性。
在很多情况下，有内含子的基因首先转录成 RNA 前体，之后内含子被去除，外显子被拼接 到一起。成熟的mRNA只含有外显子序列。 我 们把内含子的删除过程称为RNA的剪接
路漫漫其修远兮, 吾将上下而求索
通过对mRNA序列与结构基因核苷酸序列的比较，我们可以确定外显子 与内含子的接合点。发现，在一个内含子的两端并不存在广泛的相似性或 互补性。然而，接点还是具有很好的保守性，尽管只是短短的一致序列。
RNA的选择性剪切
二 单个基因选择性剪接的方式
1. 内含子的保留； 2. 可变外显子的保留或切除； 3. 3’和5’剪接位点的转移（shift）导致外 显子的增长或缩短。
路漫漫其修远兮, 吾将上下而求索
RNA的选择性剪切
5’ Exon
Intron
pre-mRENxAon Intron
Exon
3’
选择性剪切不仅仅是mRNA剪去内 含子的过程，还包括不同外显子之间 的组合过程
路漫漫其修远兮, 吾将上下而求索
分子考试习题自己整理
1、missence mutation：基因内部一个核苷酸的突变，使编码Aa的密码子突变成了编码另外一个Aa的密码子。
2、Group I intron：真核细胞rRNA中内含子，该类型的内含子剪切时，游离鸟苷酸的3’-OH亲核攻击内含子5’端边界的磷酸二酯键，从内含子的上游切开RNA，再由切开处外显子的3’-OH亲核攻击内含子3’端边界的磷酸二酯键，在内含子3’端切开RNA，上下游的外显子形成新的磷酸二酯键。
3.polysome：多核糖体，结合在同一mRNA上的不同核糖体，它们以相同RNA为模板，在mRNA的不同部位合成同样的蛋白。
4.Non-Watson-Crick base pairing：核酸分子中不符合A-T(U), G-C配对方式的碱基配对，如双链DNA中的GC由于胞嘧啶的甲基化而脱氨基形成U，从而形成了GU配对，tRNA与mRNA配对时，反密码子的第1位是G或U时，出现的GU或UG配对等。
5.Tandem mass spectru m：串联质量光谱分析，利用两台质谱仪串联在一起来分析特定分子的分子量的方法。
利用第一台质谱进行分离，从复杂的一级质谱中选择1或数个母离子进行二次分裂，对产生的子离子碎片进行检测得到质谱图。
6.Shine-Dalgarno Sequence：原核生物mRNA起始密码子前含有7-12个核苷酸的保守区，与核糖体小亚基中16S rRNA的3’端互补，在m RN A-核糖体结合过程中起作用。
7.tmRNA：tmRNA 是存在于细菌的一类稳定的小RNA，同时具备信使RNA 和转运RNA的功能，tmRNA的5’和3’末端构成tRNA样区域, 3’末端有CCA 保守序列和G:U碱基对.tmRNA 样区域同样有结合茎,T臂,D环。
和典型t RNA 不同的是它没有反密码环结构，而是同tmRNA 其余部分前后相连。
另一重要区域是mRNA区域,内含一段开放阅读框，负责编码长10/15aa的信号肽，后面是位于发夹结构中的终止密码子。
分子生物学名词解释
第2章转化：一种生物由于接受了另一种生物的遗传物质而发生遗传性状改变的现象。
核酸（nucleic acid):是以核苷酸为基本组成单位的生物大分子。
cAMP: ATP在酶的催化下，切去两个磷酸，剩下的一个磷酸又可以进一步和糖的第3位的羟基形成一个新的磷酸酯键，这样生成的化合物中，磷酸和同一个糖环的5和3位形成磷酸二酯键，出现一个环状，称为环腺苷酸（cAMP）。
DNA的一级结构：就是指核苷酸在DNA分子中的排列顺序。
因此测定DNA的碱基排列顺序是分子生物学的基本课题之一。
5’末端:多核苷酸链具有方向性，左侧末端的核苷酸，其糖基第五位碳不参与磷酸二酯键，称为5’末端，3’末端:链的另一端，在右侧其糖基第三位碳不参与磷酸二酯键，被称为3’末端。
DNA的甲基化：DNA的一级结构中，有一些碱基可以通过加上一个甲基而被修饰，称为DNA的甲基化。
发针结构（hairpin）:当一条链上的一段序列与另一段序列互补且相离不远时，单链就会自动折叠回来，形成了局部的双链区，叫做茎（stem），茎的一端由不互补的序列形成一个环（loop），这种结构叫做发针结构（hairpin）DNA结构的动态性：当存在条件不同时，各不同构象之间还会发生相互转变，造成相应的功能变化，这种不同DNA结构形式相互转变的现象称为DNA结构的动态性。
DNA的三级结构：指双螺旋链的扭曲。
染色质(chromatin)：是指细胞周期间期细胞核内由DNA、组蛋白、非组蛋白和少量RNA组成的复合结构，因其易被碱性染料染色而得名。
染色体(chromosome)：是指在细胞分裂期出现的一种能被碱性染料强烈染色，并具有一定形态、结构特征的物体。
携带很多基因的分离单位。
只有在细胞分裂中才可见的形态单位。
染色质：由DNA和组蛋白组成的纤维细丝是许多核小体连成的念珠状结构。
核小体(nucleosome)：染色质的基本结构亚基，由约200 bp的DNA和约等量的组蛋白所组成。
内含子的比较
II型内含子主要的转座事件是归巢(homing)，归巢的实质是 以内含子RNA作为模板，将逆转录合成的DNA插入靶位点。 逆转录反应由与RNA内含子结合的RT催化，属于靶位点为 引物的逆转录(target-primed reverse transcription)。如图8-20 所示，归巢反应开始于双链DNA外显子连接点上RNA内含子 在靶位点的反拼接(reverse splicing)插入，这一步由RNA催化， RT协助，相当于由成熟酶协助的拼接反应的逆反应。随后， RT的En结构域在下游9 bp～10 bp的位置切开DNA的另一条 链，再由RT催化，以被切开的DNA链作为引物进行逆转录 反应。最后，通过DNA的修复合成和连接完成内含子的插入 过程。
核酶是一种金属离子依赖酶
金属离子的结作用： 特异的结构作用或参与活性部位的化学过程 促进RNA整体折叠 二价金属离子（Mg2+)与底物活性部位直接相 互作用或参与过渡中间复合物的产生
I型内含子与II型内含子都能够完成自我剪接， 不像III型内含子那样需要结构复杂的剪接体。 正因为如此，I型内含子与II型内含子剪接的 效率和调控远远比不上III型内含子。I型内含 子的剪接反应使用外源鸟苷酸或鸟苷，II型内 含子的转酯反应无需游离鸟苷酸或鸟苷的启 动，由内含子内部的腺苷酸引起，也许II型内 含子剪接的效率和精确度比I型内含子更好一 些。
8.6.1 核酶的发现 1982年Cech等研究原生动 物嗜热四膜虫rRNA的转录 后加工，发现rRNA的前体 可以在鸟苷与镁离子存在下 切除自身的内含子，将两个 外显子拼接为成熟的rRNA 分子，该反应不需要任何蛋 白质类型的酶参与，因此 Cech认为该rRNA前体具有 催化功能，并将其命名为核 酶(ribozyme). Cech和Altman因发现 Ribozyme而获得1989年度诺 贝尔化学奖。
细胞生物学名词解释
1. 细胞概述1. 细胞(cell)细胞是由膜包围着含有细胞核(或拟核)的原生质所组成, 是生物体的结构和功能的基本单位, 也是生命活动的基本单位。
细胞能够通过分裂而增殖，是生物体个体发育和系统发育的基础。
细胞或是独立的作为生命单位, 或是多个细胞组成细胞群体或组织、或器官和机体；细胞还能够进行分裂和繁殖；细胞是遗传的基本单位，并具有遗传的全能性。
2. 细胞质(cell plasma)是细胞内除核以外的原生质, 即细胞中细胞核以外和细胞膜以内的原生质部分, 包括透明的粘液状的胞质溶胶及悬浮于其中的细胞器。
3. 原生质(protoplasm)生活细胞中所有的生活物质, 包括细胞核和细胞质。
4. 原生质体(potoplast)脱去细胞壁的细胞叫原生质体, 是一生物工程学的概念。
如植物细胞和细菌(或其它有细胞壁的细胞)通过酶解使细胞壁溶解而得到的具有质膜的原生质球状体。
动物细胞就相当于原生质体。
5. 细胞生物学(cell biology)细胞生物学是以细胞为研究对象, 从细胞的整体水平、亚显微水平、分子水平等三个层次，以动态的观点, 研究细胞和细胞器的结构和功能、细胞的生活史和各种生命活动规律的学科。
细胞生物学是现代生命科学的前沿分支学科之一，主要是从细胞的不同结构层次来研究细胞的生命活动的基本规律。
从生命结构层次看，细胞生物学位于分子生物学与发育生物学之间，同它们相互衔接，互相渗透。
6.细胞学说(cell theory)细胞学说是1838～1839年间由德国的植物学家施莱登和动物学家施旺所提出,直到1858年才较完善。
它是关于生物有机体组成的学说，主要内容有：①细胞是有机体，一切动植物都是由单细胞发育而来，即生物是由细胞和细胞的产物所组成；②所有细胞在结构和组成上基本相似；③新细胞是由已存在的细胞分裂而来；④生物的疾病是因为其细胞机能失常。
7. 原生质理论（protoplasm theory）1861年由舒尔策(Max Schultze)提出, 认为有机体的组织单位是一小团原生质,这种物质在一般有机体中是相似的,并把细胞明确地定义为:“细胞是具有细胞核和细胞膜的活物质”。
进化生物名词解释
第一讲绪论1、生物进化论：生物进化论是研究生物界进化发展的规律以及如何运用这些规律的科学。
主要研究对象是生物界的系统发展，也包括某一物种2、进化生物学：是研究生物进化的科学，不仅研究进化的过程，更重要的是研究进化的原因、机制、速率和方向。
（研究生物进化的科学，包括进化的过程、证据、原因、规律、演说以及生物工程进化与地球的关系等。
）3、灾变论：认为地球在不同时期，不同地点发生了巨大的“灾难”，毁灭了当时的动植物，以后由其他地方迁来的新的类型，所以不同地层有不同化石的类型。
（多次创造，每次均不同。
认为生物的改变是突然发生的，是整体地消灭和整体地重新被创造的。
反对一个物种从另一个物种演变而来的思想。
）4、中性突变：中性突变是指不影响蛋白质功能的突变，也即既无利也无害的突变，如同工突变和同义突变。
5、进化: 进化指事物由低级的、简单的形式向高级的、复杂的形式转变过程。
广义进化是指事物的变化与发展。
涵盖了天体的消长，生物的进化，以及人类的出现和社会的发展。
6、生物进化: 生物进化就是生物在与其生存环境相互作用的过程中，其遗传系统随时间而发生一系列不可逆的改变，并导致相应的表型改变，在大多数情况下这种改变导致生物总体对其生存环境的相对适应。
7、神创论: （物种不变论）地球上的生物，都是上帝按照一定计划和一定目的，一下子创造出来的。
并且当初创造后物种没有实质性的变化，物种数也无增减，各种之间也无亲缘关系。
在18世纪的欧洲占统治地位第二讲生命及其在地球上的起源1、自我更新：生物的自我更新世一个具有同化与异化两种作用的新陈代谢过程。
2、熵：是用来表示某个体系混乱程度的物理量。
3、耗散结构：是指开放系统远离平衡态时出现的有序结构。
4、团聚体：20世纪50年代奥巴林曾将白明胶水溶液和阿拉伯胶水溶液混合，发现混合后使原本澄清的液体变得浑浊了，取少许制片，显微镜下观察发现了许多大小不等的小滴，把它们称为团聚体。
5、类蛋白质微球体：fox把多种氨基酸干热聚合形成的酸性类蛋白质放入稀薄的盐溶液中冷却，或将其溶于水使温度降低到0℃，在显微镜下观察会看到大量直径为0.5~3微米的均一球状小体，即类蛋白质微球体。
9核糖体1.比较Ⅰ型内含子与Ⅱ型内含子在结构与剪接上有什么不同？答：I
9核糖体1. 比较Ⅰ型内含子与Ⅱ型内含子在结构与剪接上有什么不同？答：I型内含子转录后可以形成9个由碱基配对形成的特定二级结构,分别命名为P1至P9,P1和P7是保守的。
I型内含子具有自我剪接的功能,在剪接反应中,要有一种鸟嘌呤核苷(含有游离的3＇-OH)G-OH。
G首先结合到内含子的5＇端,当线性的内含子成为环状时,其3＇端可以距离5＇端15个核苷酸以外,从而将原来的5＇端和15个碱基(或以上)的节段(包括G)切除出去。
这种自我剪接,是由RNA的特定序列的核酸内切酶的活性所催化。
II型内含子主要存在于线粒体中的一类内含子，它的剪接位点类似于核编码结构基因的内含子,并同样遵从GT--AG规律。
剪接机理同核内含子的剪接相似,也要形成一个套索的中间体,通过形成5＇-2＇键将要剪接的位点靠近到一起。
但是,II型内含子的剪接又不完全与核内含子的剪接相同,它具有自我剪接的功能,不需要剪接体和snRNA的参与,也不需要ATP供能。
从结构上看,II型内含子的6个结构域可形成发夹环, 结构域5与6之间只间隔3个碱基,结构域6参与转酯作用。
2. 上游启动子与内部启动子差异答：DNA上的启动子区是转录起始前RNA聚合酶识别的一段碱基序列。
大多数基因的启动子区在编码区的上游，不过，对于由RNA聚合酶III转录的基因，启动子通常在转录起始点的下游，例如5S核糖体RNA 的基因，RNA聚合酶结合在转录起始位点的下游即DNA编码区内。
3. 反义RNA与核酶的区别答：反义RNA是指与mRNA互补的RNA分子, 也包括与其他RNA互补的RNA分子。
由于核糖体不能翻译双链的RNA，所以反义RNA与mRNA特异性的互补结合, 即抑制了该mRNA的翻译。
通过反义RNA 控制mRNA的翻译是原核生物基因表达调控的一种方式，最早是在E.coli 的产肠杆菌素的Col E1中发现的,许多实验证明在真核生物中也存在反义RNA。
近几年来通过人工合成反义RNA的基因, 并将其导入细胞内转录成反义RNA, 即能抑制某特定基因的表达,阻断该基因的功能, 有助于了解该基因对细胞生长和分化的作用。
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i、ii型剪接名词解释如下：
•I型剪接：I型内含子的剪接主要是转酯反应，即剪接反应实际上是发生了两次磷酸二脂键的转移。
在第一个转酯反应中，由
一个游离的鸟苷或者鸟苷酸介导，鸟苷或鸟苷酸的3’-OH作为
亲核基团攻击内含子5’端的磷酸二脂键，从上游切开RNA链。
在第二个转酯反应中，上游外显子的自由3’-OH作为亲核基团
攻击内含子3’位核苷酸上的磷酸二脂键，使内含子被完全切开，上下游两个外显子通过新的磷酸二脂键相连。
•II型剪接：II类内含子主要存在于真核生物的线粒体和叶绿体rRNA基因中，在II类内含子切除体系中，转酯反应无需游离
鸟苷或鸟苷酸，而是由内含子本身的靠近3’端的腺苷酸2’-OH
作为亲核基团攻击内含子5’端的磷酸二脂键，从上游切开RNA
链后形成套索结构。