食蟹猴全基因组微卫星分布特征分析
高效中华绒蟹微卫星文库的构建及其七个位点的特征分析
中 图分 类 号 : ¥ 1 97 文献标识码 : A 文 章 编 号 : 10 40 2 0 )20 7 -5 0 044 ( 0 8 0 -140
Ef c e l Co s r c i n f En ihe M i r s t l t Li r r o Ch n s i f int y n t u to o r c d c o a el e i b ay f iee
M itn Cr b a d Cha a trz t0 fS v n Lo i te a n r ce ia i n o e e c
ZHU —ua Ze y n , , GU n — Ho g m , S ng h i HIYo — u , LE o we Gu — i
D 3 80 ) T i sgetddu l er hn e o a rpdade i et hrc r a o fsvn l i hw dE I Q 8 87 . hs ugs obe n c i m t dw s a i n fc n.C a t zt no ee c so e SO e i g h fi ae i i o
一
选 。经 典 的微卫 星分 离方 法是 运用 含有 能 筛 获得 阳性 克 隆 的 比 例 为 0 05 ~1.0 % , 率 .2 % 200 效 低, 工作量 大 ] 。其 它微 卫 星 的分 离 方 法 也有 一 些 报 道 , 引物延 伸 、 如 选择 杂交 等 。有关 微卫 星 的分离
a rutrl c ne, aj g2 0 1 gi l a Si cs N ni 10 4,C ia c u e n hn )
Ab t a t sr c :
2型糖尿病食蟹猴白细胞NF-κB和IκBα表达相关性分析
IB激 酶 (x 。活化 后 的 IK 使 IB降解 从 而 与 x IK) K K
N B分离 , -B移 位 进 入 细胞 核 中, D NF x 与 NA 链
1 2 1 实验 动 物 分 组 3 . . 6只 食 蟹 猴 随 机 分 为 2 组 。对 照组饲 喂 普 通 的 实验 猴 饲 料 ; 能 量 组 饲 喂 高
. .
及 外 包服 务 项 目(0 9 一 0 1 ; 2 0 A1E 5 ) 实验 猴 繁 育 关键 技 术 研 究及 产 业 示 范 项 目(0 9(C 0 6 2 0王J X 1 )
作者简介 : 张艳春 (9 4 , , 1 8 一) 女 吉林人 , 硕士 , 主要从 事实验动 物分子生物学研究。 *通讯作者
和e DNA 制备
各 组食 蟹猴 禁 食 1 8h后 , 静脉 取 采用 0 5 L灭 菌水 代 替 e 股 . DNA模 板 。P R产 物 经 C
1 2 5 数 据 处 理 所 有 数 据 采 用 Exe 和 S S . . cl PS
血 8 mL 其 中 3 mL 用 于 血 清 提 取 , 温 静 置 割胶 纯化 、 , 室 测序 验证 。
中 图 分 类 号 : 8 Q7 6 文献标识码 : A 文 章 编 号 :0 75 3 (0 I0 —0 50 10—0 8 2 1 ) 40 4 —4
国 际糖尿 病 联盟 在 《 尿 病地 图》 第 四版, 糖 (
2 0 ) 布 的数据 显示 , 0 9公 糖尿 病 已被 列 为对 人类 健 康 共 性卫 生 问题 。在 糖 尿 病 分 类 中 ,O 以 上 为 2型 9% 糖 尿 病 ( y e2da ee lts T D T p i tsmel u , 2 M) 虽 对 其 b i , 发 生机 制进 行 了大 量 的 研究 , 由于 病 因学 上 的异 但
食蟹猴微卫星DNA标记遗传监测及多态性分析
食蟹猴微卫星DNA标记遗传监测及多态性分析李瑞生;李晓娟;高蓉;白云峰;鲍龙涛;战大伟【摘要】目的研究国内食蟹猴种群的遗传背景特性,建立食蟹猴种群遗传质量监测方法.方法采用微卫星DNA遗传标记技术对50只食蟹猴种群个体进行遗传质量监测及DNA多态性分析.结果从100个微卫星DNA位点中筛选出20个多态性高的位点,其食蟹猴种群个体的等位基因数目为5-10条,个体间均呈现高度的多态性;其观察等位基因数(Na)为5.0~10.0,有效等位基因数(Ne)为4.6118~8.3404,基因多样性(H)为0.7832~0.8801和香隆信息指数(I)为1.5651~2.1592.结论本实验有效地分析了食蟹猴种群的遗传多态性,为今后筛选特异性微卫星位点来建立食蟹猴种群遗传质量监测方法提供了理论依据.%Objective To investigate the genetic background features of Macaca fascicularis and to establish the genetic quality monitoring method in Macaca fascicularis. Methods Using microsatellite DNA genetic markers, genetic quality monitoring and DNA polymorphism analysis were conducted in 50 Macaca fascicularis. Results 20 loci with high polymorphism was selected from 100 microsatellite DNA loci, among which allele numbers in Macaca fascicularis were 5-10, and individuals showed a high degree of polymorphism. Observed number of alleles (Na) was 5.0 ~ 10.0, effective number of alleles (Ne) was 4.6118 ~8.3404, gene diversity ( H ) was 0. 7832 ~ 0. 8801 and Shannon's information index (I) was 1. 5651 ~2. 1592. Conclusions The experiments effectively analyzed the genetic diversity of Macacafascicularis,and it can provide a theoretical foundation for establishing genetic qualitymonitoring method with specific microsatellite loci selected in Macaca fascicularis.【期刊名称】《中国比较医学杂志》【年(卷),期】2011(021)008【总页数】4页(P27-30)【关键词】食蟹猴;微卫星DNA标记;遗传监测;多态性DNA【作者】李瑞生;李晓娟;高蓉;白云峰;鲍龙涛;战大伟【作者单位】解放军第302医院动物实验中心,北京,100039;解放军第302医院动物实验中心,北京,100039;解放军第302医院动物实验中心,北京,100039;解放军第302医院动物实验中心,北京,100039;解放军第302医院动物实验中心,北京,100039;解放军总医院第一附属医院实验动物科,北京,100048【正文语种】中文【中图分类】R33猕猴是国家二级保护动物,在猕猴属中共有12个种46个亚种,其中食蟹猴主要分布在泰国、老挝、柬埔寨和缅甸北部等国家的热带雨林地区[1],而国内主要是通过人工饲养、驯化和繁殖,建立了人工生产繁殖种群。
印度尼西亚源食蟹猴干扰素-γ基因的克隆和序列分析
印度 尼 西 亚源食 蟹猴 干扰 素 一 ^ y 基 因 的克 隆 和序 列分 析
孙兆增 , 爱学, 德强 , 李 孔 赵 爽 , 彦斌 , 赵 刘 冰 , 时彦 胜 , 林 曾
( 事 医 学 科 学 院 实 验 动物 中心 , 京 军 北 10 7 ) 0 0 1
【 摘要 】 目的
21 0 0年 l O月
中国 比 较 医学 杂 志
CHI S OURNAL OF COMP ATI NE E J AR VE MEDI NE CI
Oco e ,2 1 tb r 0 0
Vo . 0 N . 0 12 o 1
第2 0卷
第1 O期
亡
《 研究报告 《
m aeilba i o h r d t n o her c mb n n FN一 .M ehod Ba e n t e p bls d n ce td e e c fI tra ssf rte p o uci ft e o i a tI o t s d o h u ihe u lo ie s qu n e o FN一 g n fr s s mo k y i n nk,a p i fRT— e eo he u n e n Ge Ba a ro PCR rme swe e d sg e n ynh sz d. Toa p i r r e i n d a d s te ie tlRNA ,io ae r m s l td fo t e ihea l o n n c e rc l io ,wa e stmplt o a lf heI he p rp r lb o d mo o u l a el byTrz l s sus d a e ae t mp i t FN- e y RT— y  ̄g neb PCR.Theg n s e e wa i ni e y nd u c e s de tf d b e o u l a e, PCR a d i n DNA s q e c n . R e ul e u n ig s t A 498 p b DNA r g ns fa me t we e mpl id. DNA r a ie f
食蟹猴微卫星DNA标记遗传监测及多态性分析
1 , n dv u l s o e i e re o p lm rhs 0 a d i ii a h w da hg d ge f oy op i n d s h m.O sre u b ro l ls N ) a 5 0~1 . ,e e t e b evd n m e fa ee ( a w s . l 0 0 f c v f i
q a i n tr g a d DN p lmo p im n lsswe e c n u td i 0 Ma a a f s iu a i.Re u t 2 o iwi ih u l y mo i i n A oy r h s a ay i t on r o d ce n 5 c c a ec lr s sl s 0 lc t hg h
g nei u lt ni rng me h d i M a a a f ce l rs M e ho Usn e o ae l e e tc q a i mo ti t o n y o c c as iu a i. t ds i g mi rs tli DNA g n tc t e ei ma k r r e s,g nei e tc
21 0 1年 8月 第2 l卷 第 8期
中 国 比较 医 学 杂 志
CHI NES OURNAL OF C EJ OMP ARATI VE MEDI I C NE
A u u t 01 g s ,2 1 Vo . NU 8 I 2l .
食 蟹猴 微 卫 星 D A标记 遗 传 监 测 及 多态 性 分 析 N
poy r im ss lce r m 00 mi os tlie DNA o i a n lmo ph s wa ee td fo 1 cr aelt lc , mo g whih all mbe si a a a f s iulrswe e5- c l e nu e r n M c c a c e a i r
蟹类微卫星DNA标记的筛选及其在遗传学研究中的应用
蟹类微卫星DNA标记的筛选及其在遗传学研究中的应用刘萍;宋来鹏;李健;刘振辉【期刊名称】《中国海洋大学学报(自然科学版)》【年(卷),期】2008(038)005【摘要】微卫星DNA标记是近年来最受研究者青睐的分子标记之一.由于其具有高度多态性、共显性遗传、基因组中含量丰富且随机分布等特点,已被应用于种群分化研究、亲缘分析、基因连锁分析、进化以及生态学研究等许多领域.近年来,蟹类微卫星的研究报道日益增多.文中对蟹类微卫星分离方法、引物设计、遗传学特性以及在种群遗传、家系分析、遗传多样性评价等方面的最新研究进展进行综述,并分析微卫星分析中无效等位基因(null allele)、"结巴"带(stutter bands)和上游等位基因"扩增丢失"现象(upper allelic dropout)的产生原因以及对微卫星基因型判读带来的影响.【总页数】7页(P712-718)【作者】刘萍;宋来鹏;李健;刘振辉【作者单位】中国海洋大学海洋生命学院,山东,青岛,266003;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东,青岛,266071;中国海洋大学海洋生命学院,山东,青岛,266003;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东,青岛,266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东,青岛,266071;中国海洋大学海洋生命学院,山东,青岛,266003【正文语种】中文【中图分类】S917;Q343【相关文献】1.微卫星筛选及其在对虾遗传学研究中的应用 [J], 张留所;相建海2.微卫星DNA标记开发技术进展及其在经济植物研究中的应用 [J], 王娟娟;赵明;韩雨威;吴蒙蒙;刘瑞振;沈超;祁哲晨3.应用微卫星DNA标记对Wistar和SD大鼠封闭群的遗传学研究 [J], 商海涛;魏泓;岳秉飞;徐平4.蟹类育苗中亲体消毒药物的筛选与应用研究 [J], 袁思平;戴海平;吴仲宁;蔡惠凤;薛聪顺;王小波5.海洋贝类微卫星DNA标记的开发及其在遗传学研究中的应用 [J], 李琪因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
基因组微卫星DNA位点的分离方法及其在水产动物中的应用
基因组微卫星DNA位点的分离方法及其在水产动物中的应用李莉好;喻达辉
【期刊名称】《南方水产科学》
【年(卷),期】2006(002)005
【摘要】微卫星DNA是分布于基因组的1~6个碱基组成的串联重复序列,或简单序列重复.微卫星DNA具有多态性高、数量丰富、共显性遗传和分析简单等特点,应用越来越广泛,已成为最受青睐的分子标记之一.微卫星分子标记的获得首次必须从实验生物中分离.分离微卫星DNA位点的方法有多种.文章对几种微卫星DNA 位点分离技术进行介绍和分析比较,为选择合适的分离方法提供参考.
【总页数】7页(P74-80)
【作者】李莉好;喻达辉
【作者单位】中国水产科学研究院南海水产研究所,广东,广州,510300;上海水产大学,上海,200090;中国水产科学研究院南海水产研究所,广东,广州,510300
【正文语种】中文
【中图分类】Q753
【相关文献】
1.基因组学技术及其在水产动物研究中的应用综述 [J], 张思源;欧江涛;王资生;柴志欣;钟金城
2.鳞翅目昆虫基因组中微卫星DNA的特征以及对其分离的影响 [J], 吉亚杰;张德兴
3.微卫星DNA的分离方法及其在猪遗传育种中的应用 [J], 马海明;黄生强;贺长青
4.全基因组选择育种策略及在水产动物育种中的应用前景 [J], 于洋;张晓军;李富花;相建海
5.水产动物基因组近交分析软件的开发和应用 [J], 栾培贤;张晓峰;户国
因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
微卫星DNA多态性分析和免疫因子基因克隆在蟹类的应用探索的开题报告
微卫星DNA多态性分析和免疫因子基因克隆在蟹类的应用探索的开题报告一、研究背景蟹类是世界上重要的经济水产品之一,其养殖和捕捞产值早已达到了数百亿美元的规模,因此对蟹类进一步的研究与开发具有重要的意义。
微卫星DNA多态性分析和免疫因子基因克隆等技术在生物学研究中被广泛应用,可用于探索蟹类的遗传变异和免疫应答等问题,为蟹类的育种和防疫提供技术支持。
二、研究目的本研究旨在应用微卫星DNA多态性分析和免疫因子基因克隆技术分析蟹类的遗传多样性和免疫应答机制,为蟹类的育种和防疫提供理论支持和实际应用参考。
三、研究内容1. 收集蟹类样本并提取基因组DNA,设计微卫星引物对蟹类DNA进行PCR扩增。
2. 对扩增产物进行电泳分析,测定微卫星DNA富集度和群体遗传多样性。
3. 克隆蟹类免疫因子基因,构建表达载体并进行基因表达和功能分析。
4. 对微卫星DNA多态性和免疫因子基因表达等数据进行统计分析。
四、研究方法1. 样本采集:从不同水域和养殖场采集各种蟹类,收集新鲜样品(肌肉、脑、鳃等),分装到离心管中,保存在-80℃冰箱内备用。
2. DNA提取:采用高盐法快速提取样品基因组DNA。
3. 微卫星引物设计:利用文献资料筛选设计适合蟹类的微卫星引物,并进行验证。
4. PCR扩增:利用微卫星引物对蟹类DNA进行PCR扩增,将扩增产物进行凝胶电泳,用Image J软件进行基因片段大小测定。
5. 免疫因子基因克隆:利用RT-PCR方法,克隆蟹类免疫因子基因,进行测序和表达向量构建,并进行基因表达和功能鉴定。
五、预期结果1. 利用微卫星DNA多态性分析和免疫因子基因克隆技术,分析蟹类的个体遗传多样性、种质资源特征、及其遗传演化规律等。
2. 探究蟹类免疫系统的基因表达、调控机制等,为蟹类育种和防疫提供参考。
3. 得到蟹类的微卫星DNA多态性指纹图谱和免疫因子基因,为蟹类遗传分析、育种改良和防疫工作提供理论和实际指导。
食蟹猴Ⅱ型糖尿病模型的建立及其相关基因表达分析的开题报告
食蟹猴Ⅱ型糖尿病模型的建立及其相关基因表达分析的开题报告I. 题目食蟹猴Ⅱ型糖尿病模型的建立及其相关基因表达分析II. 研究背景糖尿病是一种以高血糖为主要特征的代谢性疾病。
该病的发生与多种因素有关,如遗传因素、生活习惯、环境等。
Ⅱ型糖尿病是最常见的一种类型,占据糖尿病患者的绝大部分,其特点是胰岛素抵抗和胰岛β细胞功能不足。
近年来,随着生活水平的提高和饮食结构的改变,Ⅱ型糖尿病的患病率在不断增加。
食蟹猴是一种常见的灵长类动物,与人类的遗传、生理等方面具有相似性,是研究人类疾病的重要模型动物之一。
因此,建立食蟹猴Ⅱ型糖尿病模型有助于深入研究该病的发病机制,为新药开发提供参考。
III. 研究内容和研究目的本研究将采用高脂饮食和注射链脲佐菌素等手段建立食蟹猴Ⅱ型糖尿病模型,并通过对模型猴的体重、血糖、胰岛素等指标的监测,评价该模型的建立情况。
同时,采用基因芯片技术对模型猴的基因表达进行全面检测,筛选与糖尿病发生相关的基因,为深入研究糖尿病的病因提供基础支持。
本研究的目的是建立一种稳定可靠的食蟹猴Ⅱ型糖尿病模型,并探究该模型猴在糖尿病发生过程中的基因表达变化,为深入研究糖尿病的发病机制提供理论依据。
IV. 研究方法和技术路线1. 动物实验选择健康的雌性食蟹猴,将其分为两组,一组采用高脂饮食喂养,同时注射链脲佐菌素,另一组采用普通饮食喂养作为对照。
监测模型猴的生化指标,如体重、血糖、胰岛素等,观察模型猴的糖尿病发生情况。
2. 基因芯片技术提取模型猴的RNA,进行全转录组测序,并采用基因芯片检测模型猴和对照组猴的基因表达变化,筛选与糖尿病发生相关的基因,同时进行生物信息学分析,预测这些基因的功能和通路。
3. 统计学分析对研究结果进行统计学分析,计算实验数据的平均值和标准差,采用t检验等方法对实验数据进行比较分析。
V. 预期结果通过建立食蟹猴Ⅱ型糖尿病模型,评估食蟹猴在高脂饮食和链脲佐菌素注射下的糖尿病发生情况,筛选与糖尿病发生相关的基因,明确糖尿病的发病机制。
印度尼西亚源食蟹猴干扰素-γ基因的克隆和序列分析
印度尼西亚源食蟹猴干扰素-γ基因的克隆和序列分析孙兆增;李爱学;孔德强;赵爽;赵彦斌;刘冰;时彦胜;曾林【摘要】目的获得印度尼西亚食蟹猴的干扰素-γ基因,为常用实验猕猴干扰素-γ的基因工程生产奠定基础.方法根据GenBank上公布的恒河猴干扰素-γ基因序列设计特异性引物,从印度尼西亚食蟹猴的外周血液中分离单核淋巴细胞,利用Trizol 试剂,提取淋巴细胞的总RNA,通过RT-PCR的方法获得干扰素-γ基因片段,并对该片段进行克隆、鉴定和序列分析.结果扩增到-498 bp的目的片段,经序列测定证实为印度尼西亚食蟹猴的干扰素-γ基因,与恒河猴、人及狒狒的干扰素-γ基因相比,同源性分别为100%、96%、99%.结论常用的两种实验猕猴食蟹猴与恒河猴的干扰素-γ基因完全相同.【期刊名称】《中国比较医学杂志》【年(卷),期】2010(020)010【总页数】3页(P3-5)【关键词】印度尼西亚源食蟹猴;干扰素-γ;克隆;序列分析【作者】孙兆增;李爱学;孔德强;赵爽;赵彦斌;刘冰;时彦胜;曾林【作者单位】军事医学科学院实验动物中心,北京,100071;军事医学科学院实验动物中心,北京,100071;军事医学科学院实验动物中心,北京,100071;军事医学科学院实验动物中心,北京,100071;军事医学科学院实验动物中心,北京,100071;军事医学科学院实验动物中心,北京,100071;军事医学科学院实验动物中心,北京,100071;军事医学科学院实验动物中心,北京,100071【正文语种】中文【中图分类】R349.64干扰素-γ(interferon-γ,IFN-γ)是由活化的 T淋巴细胞和NK细胞在诱生剂的作用下产生的一种细胞因子,由于其具有抗病毒、抗肿瘤和免疫调节等独特作用,在动物传染性疾病的预防和治疗中具有广阔的应用前景[1,2]。
自 Isaacs 和Lindenmann[3]于1957年首次发现干扰素的存在以来,各种动物和类型的干扰素相继被发现并克隆[4-9]。
食蟹猴神经干细胞的分离、鉴定及体内外生物学特性研究的开题报告
食蟹猴神经干细胞的分离、鉴定及体内外生物学特性研究的开题报告题目:食蟹猴神经干细胞的分离、鉴定及体内外生物学特性研究一、研究背景及意义神经干细胞(NSCs)是具有自我更新和多向分化潜能的细胞。
它们可以产生神经元、星形胶质细胞和少突胶质细胞等成熟神经细胞,这些成分合作构成了中枢神经系统(CNS)的结构和功能。
因此,NSCs的获取及其在诱导分化、药物筛选、再生医学等领域的应用受到了广泛关注。
食蟹猴(Macaca fascicularis)是一种被广泛用于生物医学研究的灵长类动物。
目前就食蟹猴的NSCs的分离、鉴定和体内外学特性尚未有详细研究。
因此,本研究将探索食蟹猴NSCs的分离及鉴定方法,并进一步研究其体内外生物学特性,以期为其在神经医学研究和相关领域的应用提供有价值的数据支持。
二、研究内容及方法1. 食蟹猴NSCs的分离方法研究利用匀浆法对刚出生的食蟹猴脑组织进行机械分离,并通过密度梯度离心分离光滑肌细胞及其他污染细胞,以得到较为纯净的神经细胞组织。
NSCs将通过磁选等方法进行分离纯化。
2. 食蟹猴NSCs的鉴定方法研究利用免疫荧光染色和流式细胞术等方法,检测NSCs标志物Nestin、Sox2、Musashi1、CD133等的表达水平,以判断细胞样本是否为NSCs。
3. 食蟹猴NSCs的体内外生物学特性研究利用体内培养、流式细胞术、实时荧光定量PCR(qPCR)和Western blot等技术,研究食蟹猴NSCs的分化潜能、增殖特性、神经分化效率、条形增殖特性和不同生长因子对NSCs生长的影响等生物学特性。
三、研究预期结果1. 所建立的神经干细胞分离和鉴定方法具有准确性和可重复性。
2. 分离出的NSCs具有一定的分化潜能和增殖能力,并能分化为成熟神经细胞。
3. 研究可为食蟹猴神经系统疾病模型建立提供基础实验数据,为NSCs在神经系统疾病治疗、再生医学等相关领域的应用提供支持。
四、研究进度计划1. 第一年:碎脑组织、离心分离、NSCs分离、免疫染色、流式细胞术等方法优选和建立,并对NSCs进行体内外特性研究。
青蟹野生与养殖群体遗传多样性的微卫星分析
13 微 卫 星 引 物 .
内有关 微卫 星 分 子标 记 研 究 我 国青 蟹 野 生 与养 殖 群体 遗传 多样 性 的报道 。本研究 拟选 用 6对 微 卫 星引物研究我 国青蟹 东 海三 门湾野 生 群体 和 浙
收 稿 日期 :0 1 O 2 1 ~ 1~1 0
。
近 年来 , 于 海 域 生 态 环 境 变 化 及 过 度 捕 由
捞 , 蟹野 生 资 源 日趋 衰 减 。同 时 , 国沿 海 养 青 我 殖 青蟹 苗种 的异 地 调 运 可 能会 造 成 青 蟹 种 质资
基金项 目: 浙江省科 技厅重点 资助项 目(0 8 1 08 2 0 C2 0 ) 作者简介 : 周字芳( 97一), , 江龙游 人 , 士, 18 女 浙 硕 主要从事 水 产动物遗传与育种。E ma :di co@z .d .B — i as hu j e u C l y u 通讯 作 者 , 妙 安 , i:su @ z . d . n T l0 7 — 舒 E ma h ma j eu o ; e: 5 1 l .
t a he sx lc r g l oy r hi n a fe tv l s d t n lsso e tc sr c u e o he ca pu h tt i o iwe ehih y p lmo p c a d c n be efc iey u e o a ay i fg nei tu t r ft r b po — l to . Th umbes o lee ft e wid a d c t e pu ainsi sx lc a e r m o 1 ains en r fa lls o h l n ul ur d po lto n i o irng d fo 4 t 8,6 t 4 r s e — o 1 e p c tv l Th a ee o y o iy o het p lto r 5 7,0. 61,wh l h e n PI v l r 7 9, iey. e me n h tr z g st ft wo po u ainswee 0. 7 5 ie t e m a e aue we e 0. 7
利用微卫星分子标记分析四个中华绒螯蟹群体的遗传多样性
利用微卫星分子标记分析四个中华绒螯蟹群体的遗传多样性马海涛;常玉梅;于冬梅;孙效文【期刊名称】《动物学研究》【年(卷),期】2007(028)002【摘要】Using microsatellite markers, we analysed genetic polymorphism in four populations of Eriocheir sinensis, sampled from Jiangsu, Anhui, Liaoning and Tianjin. Twenty-four pairs of primers were used to amplify the target fragments ranging from 80 bp to 445 bp, which included 16 pairs designed in our laboratory and eight pairs published internationally. Two to 10 alleles per locus in four populations were amplified, and there were 155 alleles in all populations. The average number of alleles per locus was 6.458. The average number of effective alleles per locus (Ne) was4.3491 to 4.7234;the average observed heterozygosity (Ho) was 0.5690 to 0.6722;and the average expected heterozygosity (He) was 0.7238 to 0.7546. Hardy-Weinberg equilibrium analysis (χ2 test, P<0.05) revealed that seven loci in the four populations were in equilibrium. The genetic distances between the four populations were calculated and revealed that the Anhui, Jiangsu and Tianjin crabs belong to a Yangtse River population, while the Liaohe crabs form another branch.%利用本实验室克隆的16个和国际上发表的8个微卫星标记,对4个中华绒螯蟹群体(江苏、安徽、辽宁、天津)的遗传多样性进行检测.所检测到的扩增片段长度为80-445 bp,在群体间扩增出2-10个等位基因,共计155个等位基因,平均等位基因6.458个.4个中华绒螯蟹群体的平均有效等位基因数(Ne) 为4.3491-4.7234,平均观察杂合度(Ho) 为0.5690-0.6722,平均期望杂合度(He) 为0.7238-0.7546,并通过基因型的P值, 确定了7个座位处于Hardy-Weinberg平衡;同时对4个群体的遗传距离进行了估算, 聚类分析结果表明,安徽、江苏、天津聚为一支,属于长江河蟹类型,辽河种群单独聚为一支.【总页数】8页(P126-133)【作者】马海涛;常玉梅;于冬梅;孙效文【作者单位】中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江,哈尔滨,150070;大连水产学院,辽宁,大连,116023;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江,哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江,哈尔滨,150070;大连水产学院,辽宁,大连,116023;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江,哈尔滨,150070【正文语种】中文【中图分类】Q959.223【相关文献】1.应用微卫星多态分析四个鲤鱼群体的遗传多样性 [J], 全迎春;孙效文;梁利群2.利用微卫星DNA分子标记分析中华绒螯蟹养殖群体遗传分化 [J], 熊良伟;李真;马克异;邱高峰3.微卫星分子标记分析四川绵羊群体遗传多样性 [J], 王婷;吴登俊4.微卫星分析四个大黄鱼群体的遗传多样性 [J], 王文文;常玉梅;梁利群5.利用微卫星分子标记分析渤海湾的口虾蛄遗传多样性 [J], 谷德贤;王婷;许玉甫;吴宁;王娜;郝郁;王刚;李文雯;刘国山因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
食蟹猴贾第虫TPI基因的基因型分析
本科生毕业论文(设计)题目: 食蟹猴贾第虫TPI基因的基因型分析姓名: 尹家伟学院: 动物科学学院专业: 动物生物技术班级: 2010级(2)班学号: 1224100225 指导教师: 李文超职称: 讲师2014年 5 月 25 日安徽科技学院教务处制目录摘要 (1)关键词 (1)引言 (1)1 材料与方法 (2)1.1材料 (2)1.1.1 样品采集 (2)1.1.2 主要试剂 (2)1.1.3 仪器设备 (2)1.2 方法 (2)1.2.1 样品DNA的提取 (2)1.2.2 引物设计与合成 (3)1.2.3 TPI基因扩增 (3)1.2.4 PCR产物的琼脂糖凝胶电泳检测 (4)1.2.5 PCR产物的回收 (4)1.2.6 PCR产物的测序 (5)1.2.7 基于SSU rRNA扩增产物的种系发育分析 (5)2 结果与分析 (6)2.1 贾第虫TPI基因PCR扩增结果 (6)2.2 测序结果 (12)2.3 种系发育分析 (13)3 讨论与结论 (13)致谢 (15)参考文献 (16)英文摘要 (17)食蟹猴贾第虫TPI基因的基因型分析动物生物技术专业2010级(2)班尹家伟指导老师李文超讲师摘要:目的确定食蟹猴贾第虫分离株的基因型。
方法首先从不同地区采取食蟹猴粪便样品,进行粪便基因组DNA的提取,利用巢氏PCR对贾第虫TPI基因进行扩增,对获得的阳性扩增产物进行测序,利用生物信息学的方法对其进行进化分析,确定食蟹猴贾第虫的基因型。
结果在359个粪便样品中,共扩增出27个贾第虫TPI基因阳性样品,扩增产物大小为530 bp左右,符合预期,对PCR扩增出的27个阳性样品均进行了测序,共25个测序成功,对所获得25条序列经Blast 比对,均为贾第虫TPI基因。
进化分析显示本次分离的所有的贾第虫分离物均为聚集体B。
结论本次调查发现我国食蟹猴感染的贾第虫基因型主要为聚集体B。
关键词:食蟹猴;贾第虫;TPI基因;PCR;基因型引言贾第虫是一种呈世界性分布的重要的机会性肠道原虫,可以在人、哺乳动物、两栖类、鸟类和啮齿类动物之间交叉传播[1],由于贾第虫病具有极为重要的公共卫生意义,现已将其列为全世界危害人类健康的10种主要寄生虫病之一,故在国际上贾第虫已被列为重要的人兽共患寄生虫病之一[2]。
恒河猴 、食蟹猴毛发氨基酸和微量元素测定分析
恒河猴、食蟹猴毛发氨基酸和微量元素测定分析李鹤龄;王宏;陈智岗;宗发梁【期刊名称】《上海畜牧兽医通讯》【年(卷),期】2018(000)005【摘要】目的:了解人工饲养环境条件下恒河猴、食蟹猴氨基酸和微量元素含量的基础值,为保障恒河猴、食蟹猴的饲养品质提供基础数据.方法:分别采集24只(雌雄各半)成年的恒河猴、食蟹猴被毛,测定其氨基酸及微量元素的含量,并进行比较分析.结果:毛发中丙氨酸(ALA)和铜的含量,食蟹猴组显著高于猕猴组(P<0.05);异亮氨酸(ILE)的含量,恒河猴组极显著高于食蟹猴组(P<0.01);亮氨酸(LEU)的含量,恒河猴组显著高于食蟹猴组(P<0.05);其余氨基酸和微量元素的含量均无显著性差异(P>0.05).不同性别恒河猴、食蟹猴19种氨基酸和5种微量元素均无显著性差异(P>0.05).【总页数】3页(P8-10)【作者】李鹤龄;王宏;陈智岗;宗发梁【作者单位】云南中科灵长类生物医学重点实验室云南昆明650217;云南中科灵长类生物医学重点实验室云南昆明650217;昆明亚灵生物科技有限公司云南昆明650550;云南中科灵长类生物医学重点实验室云南昆明650217;云南中科灵长类生物医学重点实验室云南昆明650217;昆明亚灵生物科技有限公司云南昆明650550【正文语种】中文【相关文献】1.恒河猴与食蟹猴微卫星DNA多态性的比较分析 [J], 李瑞生;赵爽;高蓉;胡仲明2.昆明地区恒河猴、食蟹猴种群繁殖规律和繁殖性能研究 [J], 王宏;付学魏;陈智岗;宗发梁;李鹤龄;韦秋奖3.PCR 检测实验恒河猴和食蟹猴群体中幽门螺杆菌和“猕猴螺杆菌”的感染 [J], 王立鹏;李永旺;郭连香;时长军4.恒河猴与食蟹猴血清多重细胞因子检测及分析 [J], 黄树武;王静;陈梅玲;罗银珠;潘金春;吴瑞可;何丽芳;闵凡贵5.恒河猴和食蟹猴ABO血型竞争性等位基因PCR(KASP)检测方法的建立 [J], 杨玲焰;王立鹏;荣荣因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
利用宏基因组测序分析一起食蟹猴致死因素
Ab s t r a c t : Th i s s t u d y a i me d t o a n a l y z e t h e lo f r a s t r u c t u r e i n b r a i n t i s s u e o f a d e a d c y n o mo l g u s mo n k e y a n d t o e x p l : 1 0 . 3 9 6 9  ̄. i s s n . 1 0 0 8 — 0 4 2 5 . 2 0 1 6 . 1 1 . 1 1
24种食蟹猴MHCB座位等位基因序列特征与进化分析
24种食蟹猴MHCB座位等位基因序列特征与进化分析
24种食蟹猴MHC B座位等位基因序列特征与进化分析
食蟹猴(Macaca fascicularis,Mafa)是重要的医学研究动物模型,被大量用于药物及移植医学试验.为探讨本地食蟹猴MHC I类基因B座位的多态性,本研究经大量PCR,克隆与测序,从10只食蟹猴中分离到24种Mafa-B等位基因的全长序列,其中4种为新序列,已递交NCBI数据库,并给予系统命名.在每个个体中均获得6至11条Mafa-B等位基因,显示食蟹猴的MHC-B座位出现扩增,食蟹猴MHC-B为重复基因座的特征与恒河猴类似.氨基酸序列比对分析得出,MHC-B基因在抗原肽结合区高度多态.
作者:郑宇凌蒋琼橙卓敏王小宁作者单位:华南理工大学生物科学与工程学院,广州,510006 刊名:生物技术通报PKU英文刊名:BIOTECHNOLOGY BULLETIN 年,卷(期):2010 ""(5) 分类号:关键词:食蟹猴主要组织相容性复合物 Mafa-B基因。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
野生动物学报Chinese Journal of Wildlife 2018,39 (2): 400 -404Chinese Journal of Wildlife :野生动物学报''1:' 1http:/■ ysdw. paperopen. com p 食蟹猴全基因组微卫星分布特征分析涂飞云1刘俊1韩卫杰1黄挺2黄晓凤h(1.江西省林业科学院,南昌,330013; 2.四川大学生命科学学院,四川省瀕危野生动物保护生物学重点实验室,成都,610064)稿件运行过程摘要:收稿日期:2017-11 -13修回日期:2017 -11 -21 发表日期:2018 -05 -10微卫星广泛存在于真核生物和原核生物基因组中,是较为理想的分子标记。
食蟹猴 是生物医学研究领域中重要的灵长类动物模型,而食蟹猴基因组微卫星研究有助于筛选关键词:食蟹猴;微卫星分布;基因组Key words:Crab-eating macaque;Microsatellites distribution;和开发更多的微卫星标记。
利用生物信息学软件对食蟹猴全基因组微卫星进行了搜索,共搜索到微卫星总数为1284929个,微卫星序列长度为26044651 b P,占全基因组的 0.890%。
整个基因组微卫星平均丰度是451. 3个/Mb,平均密度9118. 7 bp/Mb。
不同 重复类型微卫星表现为单碱基(56. 74% )>四碱基(16.72% )>二碱基(16.67% )>三碱Genome.中图分类号:Q953文献标识码:A文章编号:2310 -1490 (2018) 02-400 -05基(5.96%) >五碱基(3.35%) >六碱基(0.56%)。
不同染色体上微卫星数量上,以1号最多,其次是3号,最少的是18号。
染色体上微卫星丰度、密度与染色体GC含量呈 显著线性正相关(P<〇.〇1),而与微卫星GC含量呈显著线性负相关(P< 0.01)。
食蟹 猴基因组微卫星数量排名前5位的拷贝类别依次是A、AC、AAAT、AG、AT,数量优势 单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基和六碱基分别是A、AC、AAT、AAAT、AAACA和 AAACAA。
Analysis of Microsatellite Distribution Characteristics inthe Entire Genome of Macaca fascicularisTu Feiyun1Liu Jun1Han Weijie1Huang Ting2Huang Xiaofeng1 *(1. Jiangxi Academy of Forestry, Nanchang, 330013, China;2. Sichuan Key Laboratory of Conservation Biology on Endangered Wildlife,College of Life Sciences, Sichuan University, Chengdu, 610064, China)基金项目:江西省主要学科学术和技术带头人项目(20153BCB22007);江西省科研院所基础设施配套项目(20151BBA13037);江西省林业科学院 青年科技人才培养项目(2〇185216〇2)第一作者简介:涂飞云,男,33岁,助理研究员,博士;主要从事野生动植物保护。
E-m ail:fdymitu@* 通讯作者:黄晓凤,E-mail: 446846232@涂飞云等:食蟹猴全基因组微卫星分布特征分析401Abstract:Microsatellites(short tandem repeats ( STRs)) are potent molecular markers that are widely distributed in the genomes of eucaryotic and procaryotic organisms. Crab-eating macaque is an important animal model of non-human primates in biomedical studies. We investigated the distribution of STRs across the entire genome of crab-eating macaque to contribute to the selection and exploration of more STR markers. We searched for STRs by using bioinformatics software. A total of 1284929 STRs were obtained with a sequence of 26044651 bp length, accounting for 0. 890% of the entire genome. The frequency and density of STRs in the entire genome were 451.3 loci/Mb and 9118.7 bp/M b, respectively. The dominant repeat type motifs were mononucleotide (56. 7%), followed by tetranucleotide (16. 7%), dinucleotide (16. 7%), trinucleotide (6. 0%), pentanucleotide (3. 4%), and hexanucleotide (0. 6%). The largest STR count was found in chromosome 1,followed by chromosome 3. The smallest STR count was observed in chromosome 18. The frequency and density of STRs in all chromosomes were significantly positively correlated with guanine-cytosine ( GC) content of the chromosome ( P < 0. 01) and significantly negatively correlated with GC content of the STRs( P <0. 01). The top five STR repeat type motifs occurred most frequently as A, AC, AAAT, AG and AT. The dominant STRs of mononucleotide, dinucleotide,trinucleotide, tetranucleotide, pentanucleotide and hexanucleotide were A, AC, AAT, AAAT, AAACA and AAACAA, respectively.微卫星又称为简单序列重复(simple sequence re-peats,SSRs),是指由1 ~6个核苷酸为基本组成单元 的串联重复序列[1],广泛存在于真核生物和原核生物 基因组中[2]。
微卫星具有分布广、选择中性、多态性 高、共显性遗传等特点,是比较理想的分子标记,被 广泛应用于遗传图谱构建、个体识别、群体遗传结构 分析以及疾病研究等。
食蟹猴(Macaca/cwcicuiaris)分类上属猴科(Cerco-pithecidae)猴属物种,是被列人CITES附录II的保护 物种,也被当作灵长类动物模型应用于生物医药及疾 病研究。
关于微卫星标记用于食蟹猴群体遗传多样性 有少量的报道。
李瑞生等[3]利用15个多态性微卫星 位点分析了食蟹猴群体间的遗传多样性。
禹文海等[4]利用19个微卫星标记对恒河猴(Afacaca遗传多样性水平进行了评估。
刘欢[5]利用微卫星标记我国 笼养的食蟹猴种群的遗传多样性。
皮道元等[6]利用11 个微卫星标记分析了 4个食蟹猴群落的遗传多样性。
有关食蟹猴全基因组微卫星数量及分布特征研究,有 助于筛选和开发更多的微卫星标记。
本研究分析了食 蟹猴各重复类型微卫星数量、分布以及微卫星数量与 染色体G C含量、微卫星G C含量的关系,旨在为食 蟹猴微卫星标记的筛选和开发提供参考依据。
1研究方法1.1基因组序列雌性食蟹猴全基因组下载自ftp://ftp.ncbi.nih. gov/genomes/Macaca_fascicularis/,基因组全长大小约 为2_ 92 Gb,未定位到染色体上的序列约93. 3 Mb,占整个基因组序列的1.96%。
1.2数据分析利用微卫星搜索及统计软件MSDB(2. 4版本)对 全基因组微卫星进行搜索[7],搜索设置为默认模式,即Perfect Search,最小重复次数分别是12、7、5、4、4和4。
同时,利用编制的perl脚本将可循环的SSR 序列及其互补的SSR序列合并为一类,如ACT重复 拷贝类别,可以与之合并为一类的重复拷贝类别是 TGA、CTA、GAT、TAC和ATG。
为了研究微卫星丰 度和密度与染色体GC含量,微卫星G C含量的关系,本研究利用DNASTAR中的EditSeq计算序列G C含 量。
2结果2.1食蟹猴各重复类型微卫星分布特征食蟹猴基因组中微卫星总数为1284929个,长度 是26044651 bP,占全基因组的0•890%。
食蟹猴基因402野生动物学报Chinese Journal of Wildlife 2018,39 (2): 400 -404组微卫星的平均丰度(451. 3个/M b)和平均密度(9118.7 bP/M b)。
食蟹猴基因组不同重复类型微卫星 表现为单碱基(56. 74% )>四碱基(16. 72% )>二碱基 (16.67%) > 三碱基(5.96%) >五碱基(3.35%) >六碱基(0.56%)。
食蟹猴基因组不同染色体上微卫星数 量上,以1号最多,其次是3号、2号,最少的是18 号、19号。
2.2食蟹猴染色体微卫星丰度、密度与GC含量关系食蟹猴基因组染色体上微卫星丰度与染色体GC 含量呈显著线性正相关(r= 0.838,P< 0.01),微卫 星密度和染色体G C含量呈正相关(?•=0. 819, P<〇.〇1)。