Tablet Chip 分析
chip实验
Chip实验存在的问题和挑战
• Chip实验技术仍面临成本高、实验操作复杂、数据分析难度大
等问题，需要进一步改进和优化
• 通过改进芯片设计和实验技术，可以降低实验成本和误差，提
高实验结果的可靠性
• 通过引入新的数据分析和生物信息学方法，可以提高数据分析
的准确性和效率，挖掘更多生物信息
对未来Chip实验的
信度和生物学意义
表达谱，常用的芯片类型有抗体芯片、
多肽芯片等
Chip实验的优缺点
Chip实验的缺点主要有成本高、实验操作复杂、数据分析难度大
• 芯片制作和实验操作需要较高的技术要求，成本较高
• 实验过程中容易产生误差，需要严格的实验质量控制
• 数据量庞大，需要专业的生物信息学知识和统计分析方法进行分析
特异性结合
Chip实验通常采用荧光标记或放射性
标记方法
• 探针是一段与目标分子互补的DNA
• 荧光标记法是通过荧光染料标记目标
或RNA序列
分子，然后通过荧光扫描仪检测信号
• 通过探针与目标分子的结合，实现对
• 放射性标记法是通过放射性同位素标
目标分子的检测
记目标分子，然后通过放射性探测器检
测信号
Chip实验的技术手段
• 网络图是一种用于展示基因或蛋白质之间相互关系的图像，可
以帮助理解生物过程中的相互作用
06
Chip实验技术的发展趋
势
Chip实验技术的创
新
• Chip实验技术的创新主要体现在芯片设计、实验技术、数据分
析方法等方面
• 芯片设计方面，可以通过优化探针排列、提高探针密度等方法，
提高芯片的检测灵敏度和特异性
1990年代末期，蛋白质组学芯片技术逐渐兴起
组织芯片制作
SOP一、总纲1.简介1. 1 原理组织芯片（tissue chip），又称组织微阵列（tissue microarray ，TMA），是生物芯片（组织芯片、基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片）技术的一个重要分支，是将许多不同个体组织标本以规则阵列方式排布于同一载体（使用载玻片最多）上，利用免疫组化、原位杂交等技术分析目的基因的表达差异，进行同一指标的原位组织学研究。
1.2 组织芯片的发展及其应用组织芯片的雏形是Barrifora 等（1986）最早建立的；Wan 等（1987）创造了带有一个管中空隙中心的石蜡嵌入来决定单克隆抗体的染色模式，经过10 年发展，Kononen 等（1998）首先提出组织芯片（tissue chip ，TC），并首次成功运用组织芯片技术对乳腺癌组织中6 种基因的表达情况进行了研究，证实了该技术的实用价值并宣告组织芯片概念的诞生。
Fejzo 等（2001）成功的研制出冰冻组织芯片并利用它进行了非放射性RNA 原位杂交，荧光原位杂交（FISH）和免疫组化等试验。
目前组织芯片技术已广泛应用于人类基因组学研究、疾病相关基因验证、新药的开发与筛选、治疗过程的追踪和预后等方面的研究。
由于组织芯片技术能在细胞水平定位和蛋白质水平检测，实现基因及其表达产物与组织形态学研究相结合，所以在肿瘤病理学研究中价值极大，目前结合免疫组织化学和原位杂交技术在组织芯片上对各种不同肿瘤的研究相对成熟，国内外研究报道已囊括各种消化道肿瘤、泌尿系肿瘤、妇科肿瘤、呼吸道肿瘤及各种软组织瘤等。
不仅要建立规模化的各类型肿瘤的组织库，还要建立正常组织的组织库，使组织芯片的构建形成系统化，为人类攻克癌症提供试验材料。
该技术自1998 年问世以来，以其大规模、高通量、标准化等优点得到大范围的推广应用。
其最大优势在于，芯片上的组织样本实验条件完全一致，有极好的质量控制。
节省时间、节省试剂更是显而易见的。
将数十至上千个小组织整齐地排列在一张载玻片上而制成的组织切片，主要用于研究同一种基因或蛋白质分子在不同细胞或组织中表达的情况。
chip实验原理
chip实验原理
chip实验是一种常用的实验方法，用于观察微小物体或生物的移动行为、反应和特性。
通过该实验，可以了解物体的运动规律、化学反应速率、生物行为等基本信息，促进科学研究和应用技术的发展。
实验所需的主要材料是芯片（chip），通常为微小尺寸的硅片
或其他材料制成的平台。
芯片上通常有微小的通道、孔隙或凹槽等结构，用于容纳待观察的样品或实验物体。
芯片的表面可以通过化学修饰或生物接枝等方法进行功能性修改，以适应不同实验需要。
在芯片实验中，研究者首先将样品或实验物体置于芯片中的适当位置，然后通过光学显微镜等设备来观察样品的变化。
实验过程中可以对样品施加力、温度、流体动力学等外部条件，以模拟实际环境下的物理、化学或生物过程。
通过芯片实验，可以研究微小颗粒的悬浮稳定性、分子在流体中的扩散行为、细胞的迁移和生长等生物学过程。
此外，通过外部力和控制流体流动等手段，还可以实现微流体混合、分离、分析和操纵微小物体等操作，有助于开展化学反应工程、微生物学研究和生物医学应用等领域的研究。
综上所述，芯片实验是一种基于微小尺寸平台的实验方法，可用于研究微小物体的运动特性、化学反应和生物行为等。
通过控制外部条件和流体力学，可以模拟实际环境下的物理、化学和生物过程，为科学研究和应用技术提供重要实验手段。
ChIP实验精讲(做科研的必看)
ChIP实验精讲(做科研的必看)染色质免疫共沉淀（ChIP）概述ChIP：chromatinimmunoprecipitation assay，染色质免疫沉淀技术。
研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。
ChIP是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法原理在活细胞状态下固定“蛋白质-DNA”复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
ChIP应用1、检测体内反式因子与DNA的动态作用，研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系；2、CHIP与基因芯片相结合建立的CHIP-on-ChIP 方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选；3、CHIP与体内足迹法相结合，用于寻找反式因子的体内结合位点；4、RNA-CHIP用于研究RNA在基因表达调控中的作用。
试验流程一、交联染色质免疫沉淀技术1. 细胞甲醛交联和收集注意事项：①需要优化甲醛使蛋白质和DNA交联的时间。
②交联的时间很关键。
交联的时间一般为2-30 分钟。
③交联过度会降低抗原的可结合性和超声的效率，也会被遮盖抗原的表位。
④甘氨酸可抑制甲醛的作用，终止交联反应。
1.1 取1直径10cm培养皿的细胞。
加入甲醛至终浓度为0.75%（V/V），使蛋白和DNA 交联。
1.2 室温下，轻摇10 分钟。
1.3 加入甘氨酸至终浓度为125 mM，室温下放置5 分钟，以终止交联。
1.4 吸去培养基，用冰冷PBS 洗细胞2 次。
1.5 使用细胞刮刀，加入5ml 冰冷PBS，刮下细胞，收集至一个50 ml 离心管中。
1.6 再用 3 ml 冰冷PBS 洗培养皿2次，至50ml 离心管中。
1.7 4℃，1000 g，离心5分钟收集细胞。
1.8 吸弃上清，用SDSLysis Buffer重悬沉淀（每1 X 107 个细胞加800 μl）。
ChIP原理及实验方法
ChIP原理及实验方法ChIP（Chromatin Immunoprecipitation）是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的实验方法。
该方法主要用于探究转录因子与染色质的相互作用、蛋白质修饰与基因表达调控之间的关系等。
下面将详细介绍ChIP的原理和实验步骤。
ChIP的原理：ChIP的基本原理是通过特异性抗体结合到目标蛋白质上，然后通过交联、裂解、免疫沉淀和DNA提取等步骤分离出与目标蛋白质结合的DNA片段。
通过对这些DNA片段的分析，可以了解目标蛋白质在染色质上的分布情况，从而揭示蛋白质与DNA相互作用的生物学功能。
ChIP的实验步骤：1.交联：将细胞或组织与甲醛交联，使蛋白质与DNA形成稳定的结合。
2.裂解：将交联的样品进行裂解，使细胞核和染色质释放出来。
3.免疫沉淀：将特异性抗体加入裂解的样品中，使其与目标蛋白质结合。
通过免疫沉淀，可以分离出与抗体结合的蛋白质-DNA复合物。
4.洗涤：通过洗涤去除非特异性结合的蛋白质和DNA。
5.解交联：通过高温或酶解去除交联，使DNA恢复原始状态。
6.DNA提取：将解交联后的样品进行DNA提取，获取与目标蛋白质结合的DNA片段。
7.PCR扩增：使用特异性引物对提取的DNA片段进行PCR扩增，以检测目标DNA片段的存在与否。
8.数据分析：通过测定PCR产物的数量，可以推断目标蛋白质在染色质上的结合情况。
ChIP的注意事项：1.选择合适的抗体：要确保选择的抗体具有高特异性和敏感性，以避免误差和背景信号。
2.优化实验条件：包括交联时间、裂解方法、洗涤条件等，以获得清晰的信号和较低的背景噪音。
3.正负对照组：需要设置正负对照组，以验证实验结果的可靠性。
4.数据分析：可以使用定量PCR、测序等方法对ChIP的结果进行定量和定性分析。
总结：ChIP是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的重要实验方法。
通过ChIP，可以了解转录因子在染色质上的定位、蛋白质修饰与基因表达调控之间的关系等。
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[编辑本段]AA ctive-ma ctive-mat t rix 阵主动矩阵Ad apte r card s 卡适配卡Ad van ced ced applica applica application tion 用高级应用An alytical alytical gra gra ph 表分析图表An alyze 析分析Animation Animations s 画动画Ap plication soft wa re 应用软件A rithme tic tic ope ope ra tion s 算算术运算Au dio-ou tput tput d d evice 音频输备出设备A cce ss ss time time 间存取时间a cce ss 取存取a ccu ra cy 性准确性ad net wo rk coo kie s 件广告网络信息记录软件Ad d-on s 件插件Ad dre ss 地址Ag ent s 理代理An alog signal s 模拟信号Ap plet plets s 序程序A synch ronou s communication communications s s po po rt 口异步通信端口A tta chment 件附件[编辑本段]BBa r code 码条形码Ba r code read er 条形码读器卡器Ba sic sic a a pplication 序基础程序Bina ry ry co co ding scheme s 二进制译码方案Bina ry system 统二进制系统Bit 特比特B ro wser 浏览器Bu s s line line 线总线Ba ckup ckup tape tape ca rt ridge ridge uni uni t s 元备份磁带盒单元Ba ndwid th 宽带宽Blue tooth 牙蓝牙B roa dband 带宽带Bu sine ss-to -bu sine ss 务企业对企业电子商务Bu sine ss-to -con sumer 企业对消费者Bu s 线总线[编辑本段] C Cable s 线连线Cell 箱单元箱Chain Chain p p rinte r 机链式打印机Cha ra cte r and re cognition cognition de de vice 字符标识识备别设备Cha rt 表图表Cha ssi s 架支架Chip 片芯片Cla rity 度清晰度Clo sed a rchite ctu re 封闭式体系结构Column 列Combination key 键结合键compute r competen competency cy 计算机力能力conne ctivit ctivity y 点连接，结点Continuo Continuou u s-speech re cognition system 连续语言识别统系统Cont rol rol unit unit 操纵单元Co rdle ss ss o o r wirele ss ss mo mo u s e 标无线鼠标Cable Cable modem modem s 有线器调制解调器ca rpal rpal tunnel tunnel synd rome 腕骨神经症综合症CD-ROM 盘可记录光盘CD-RW 盘可重写光盘CD-R 可记录压缩光盘Channel 道信道Chat group 组谈话群组chlorofluo chlorofluoroca roca rb on s(CFCs) s(CFCs) ]]烷氯氟甲烷Client 端客户端Coa xial xial cable cable 缆同轴电缆cold site 站冷网站Comme rce se rvers 器商业服务器Communica Communication tion tion chan chan nel 道信道Communica Communication tion system s 统信息系统Compa ct ct di di sc re writable Compa ct ct di di sc 盘光盘compute r abu se se amendme amendme amendment nt s act of of 1994119941994案计算机滥用法案compute r crime 罪计算机犯罪compute r e thics 计算德机道德compute r f ra ud ud and and and abu abu se se a a ct o f f 19861986案计算机欺诈和滥用法案compute r mat matching ching ching and and pri vacy vacy p p rote ction ction a a ct ct o o f f 19881988计算机查找和隐案私保护法案Compute r net wo rk 络计算机网络compute r suppo rt spe ciali s t 家计算机支持专家compute r t echni cian 员计算机技术人员compute r t raine r 师计算机教师Conne ction ction de de vice 备连接设备Conne ctivi ty 接连接Con sume r-to -con sume r 人个人对个人coo kie s-cu tte r p rog ram s 信息记序录截取程序coo kie s 序信息记录程序cracker 手解密高手cumulative t rauma rauma didi s o rde r 积累性损伤错乱 Cyberca Cybercash sh 金电子现金Cyberspa Cyberspace ce 间计算机空间cynic 愤者世嫉俗者[编辑本段]DData ba s e 库数据库da taba se se file file files s 件数据库文件Data ba se mana ger 数据理库管理Data bu s 线数据总线Data projecto projector r 机数码放映机De skto p system system unit unit 元台式电脑系统单元De stination stination file file 件目标文件Digital Digital came came ra s 机数码照相机Digital Digital noteb noteb oo ks 本数字笔记本Digital Digital bideo bideo camera 数码机摄影机Di screte -speech re cognition system 不连续语言识统别系统Do cument 档文档do cument file s 件文档文件Dot -mat ri x x p p rinte r 机点矩阵式打印机Dual -scan -scan monito monito monitor r 器双向扫描显示器Dumb Dumb te te rminal 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卡接口卡I nte rnal rnal modem modem 器内部调制解调器inte rne t t telepho telepho telephony ny 话网络电话inte rne t t te te rminal 端互联网终端I dentification 别识别i -d rive 器网络硬盘驱动器illu illusion sion sion of of anonymit anonymity y 想匿名幻想inde x s e arch 索索引搜索info rma tion tion pu pu she rs 器信息推送器initializing 化初始化in stant stant me me ssa ging 息计时信息inte rnal rnal ha ha rd di sk 内置硬盘I nte rnet hard hard d d rive 网络硬盘驱动器int intrane rane t 网企业内部网[编辑本段]Jjo ysti c k 杆操纵杆[编辑本段]Kkeywo rd sea rch 关键字搜索[编辑本段]Lla ser ser p p rinter 激机光打印机La yout file files s 件版式文件Ligh t t pen pen 笔光笔Lo cate 位定位Logi cal cal ope ope ration s 算逻辑运算Lan d s 面凸面Line Line o o f sigh t t communication communication 信视影通信Lo w w ban ban dwidth 低带宽lu rking 伏潜伏[编辑本段]MMain Main boa boa rd 板主板Ma rk sen sing 测标志检测Me chanical chanical mou mou se 标机械鼠标Memo ry 存内存Menu 单菜单Menu Menu b b ar 条菜单条Microp Micropro ro ce sso r 器微处理器Micro Microsecond second seconds s 秒微秒Modem ca rd 器调制解调器Monito Monitor r 器显示器Mot Motherboa herboa herboard rd 板主板Mou se 标鼠标Multifun Multifunctional ctional ctional de de vice 备多功能设备Magne Magnetic tic tic ta ta pe reel s 卷磁带卷Magne Magnetic tic tic ta ta pe streamers 条磁带条mailing mailing li li s t 表邮件列表Medium Medium band band 媒质带宽met meta a sea rch rch engine engine 擎整合搜索引擎Micro Microwa wa ve 波微波Modem 器解调器Modulation 调解调[编辑本段]NNet PC 网络计算机Net wo rk rk adapte adapte adapter r ca rd 卡网卡Net wo rk rk pe pe rson al al compute compute r 网络个人电脑Net wo rk rk te te rminal 端网络终端Note boo k compute r 脑笔记本电脑Note boo k system system unit unit 笔记元本系统单元Nume ric ric en en t ry 入数字输入na tional tional info info rmation rmation inf inf infra ra st ructu re re p p rote ction ction a a ct ct o o f1996案国际信息保护法案 na tional s e rvice rvice p p ro vider 全国性服商务供应商Net wo rk rk a a rchite ctu re 网络体系结构Net wo rk rk b b ridge 桥网桥Net wo rk rk gate gate way 网关ne twork twork manage manage manager r 员网络管理员ne wsg roup 组新闻组no elect electroni roni c c thef thef t t act act act of19of1997法无电子盗窃法Node 点节点Non volatile s t ora ge 储非易失性存储[编辑本段]OO bject bject embe embe dding 入对象嵌入O bject bject lin lin king 目标链接O pen pen a a rchit ect ure 开放式构体系结构O pe ration ration S S ystem 统操作系统O ptical ptical di di sk 盘光盘O ptical ptical mou mou se 标光电鼠标O ptical scann er 光电扫描仪O utline 纲大纲o ff -line -line browsebrowse browsers rs 离线浏览器 O nline sto rage 联机存储[编辑本段]Ppalmtop compu ter 掌上电脑Pa rallel rallel po po rt s 口并行端口Pa ssi ve -mat rix 阵被动矩阵P C ca rd 卡个人计算机卡Pe rsonal rsonal la la s e r p rin ter 个人激机光打印机Pe rsonal video video reco reco rde r ca rd 卡个人视频记录卡Ph oto oto p p rinte r 机照片打印机Pi xel 素像素Pla tfo rm scanne r 仪平版式扫描仪Plo tte r 仪绘图仪Plug Plug a a nd nd play play 用即插即用Plug -in -in boa boa rd s 卡插件卡Poin ter 指示器Poin ting sti c k 棍指示棍Po rt 端口Po rtable scanne r 仪便携式扫描仪P re senta tion tion file file s 稿演示文稿P re senta tion tion g g raphics 序电子文稿程序P rima ry sto rage 存主存P ro cedu re s 规程P ro ce sso r 机处理机P rog ramming cont control rol rol lanugage lanugage 程序控制言语言 Pa cket ckets s 数据包Pa rallel rallel data data t ran smi ssion 输平行数据传输Pe er-to -pee r net netwo wo rk system 统点对点网络系统 pe rson -pe rso n n auction auction site 个人对个点人拍卖站点 ph ysi cal s e cu rity 全物理安全Pit Pits s 面凹面plug -in 序插件程序Polling 询轮询p riva cy 隐私权p roa ctive 主动地p rog ramme r 员程序员P ro tocol s 协议p ro vider 供应商p ro xy se rve r 务代理服务pull pull p p rodu ct s 推取序程序pu sh sh p p rodu ct s 序推送程序[编辑本段]RRAM cache 随机高速器缓冲器Range 围范围Re cord 记录Relational Relational da da taba s e 关系数库据库Replace 替换Re solution 率分辨率Ro w 行Read -only 只读Refo rma tting 组重组regional se rvice rvice p p rovide r 商区域性服务供应商 repe titive titive motion motion motion inju inju ry 反复伤性动作损伤re ve rse di re cto ry 反向目录right to to finan finan financial cial cial pri pri vacy vacy a a ct ct of of of 11979案财产隐私法案 Ring Ring net net wo rk 网环形网[编辑本段]SS canne r 器扫描器Se arch 找查找Se conda ry sto rage rage de de vice 备辅助存储设备Semi condu cto r 体半导体Se rial rial po po rt s 口串行端口Se rve r 器服务器Sh ared ared la la s e r p rinte r 共享激光打印机Sh eet 格表格Silicon chip 片硅片Slo t s 槽插槽Sma rt ca rd 卡智能卡So ft copy 贝软拷贝So ft wa re suite 议软件协议So rting 序排序So urce urce file file 件源文件Sp ecial -pu rpo s e application 件专用文件Sp re ad shee t 表电子数据表S tanda rd rd toto olbar 标准工具栏 Su pe rcompu ter 巨型机S ystem ystem ca ca bine 箱系统箱S ystem ystem clo clo c k 钟时钟S ystem s o ft wa re 件系统软件Sa tellite/ai tellite/air r conn ection se rvi ce s 卫星无线务连接服务sea rch engine engines s 擎搜索引擎sea rch provide providersrs 搜索供应者 sea rch se rvi ce s 器搜索服务器Se cto rs 区扇区secu rit y 全安全Se nding nding and and re ceiving ceiving de de vice s 发备送接收设备Se quential quential acce acce ss 取顺序存取Se rial rial da da ta ta t t ran smi ssion 信单向通信s i gnatu re line 档签名档snoop wa re 件监控软件soft wa re cop yrigh t t act act act of1980of1980软件案版权法案soft wa re pi ra cy 版软件盗版Solid Solid-state -state sto rage 固态存器储器specialize specialized d sea rch rch engine engine 擎专用搜索引擎spide rs 虫网页爬虫spi k e 压尖峰电压S ta r net netwo wo rk 星型网S t rategy 案方案subject 主题sub scription scription add add re ss 址预定地址Su pe rdi sk 超级磁盘su rfing 浪网上冲浪su rge rge p p rote cto r 器浪涌保护器system s s analyst analyst 师系统分析师[编辑本段]TTable 表二维表Telephony 学电话学Televi sio n n boaboa rd s 电视扩展卡 Te rminal 端终端Template 板模板Text ent ry 入文本输入The rmal rmal p p rinte r 刷热印刷Thin Thin client client 客瘦客Toggle key 键触发键Toolba r 栏工具栏Tou ch screen 屏触摸屏T rackball 球追踪球TV TV tu tu ne r ca rd 卡电视调谐卡T wo -sta te system 统双状态系统t echni cal cal write write r 者技术协作者t echno st re ss 术重压技术t elnet 录远程登录Time-sha Time-sharing ring system 统分时系统Topology 拓扑构结构T racks 道磁道t ra ditional ditional coo coo k i e s 程传统的信息记录程序序T wi sted pair 绞双绞[编辑本段]UUnicode 统一准字符标准uploading 传上传u senet 世界性新络闻组网络[编辑本段]VVi rtual rtual memo memo ry 虚存拟内存Video di splay scre en 屏视频显示屏Voi ce recognition system 统声音识别系统ve rtical rtical po po rtal 户纵向门户video video p p riva cy cy p p ro tection tection act act act of of of 19881988视频案隐私权保护法案viru s checke r 序病毒检测程序viru s 毒病毒Voi ceband 宽音频带宽Vola tile sto rage 易失性存储voltage su rge 涌电涌[编辑本段]WWand re ade r 入条形码读入Web 网络Web a ppliance 环球网设备Web p age 页网页Web site site addadd re ss 网络地址 Web te rminal 端环球网终端Web cam 头摄像头Wha t-i f f analysi analysi s 析假定分析Wi rele ss revolu tion 命无线革命Wo rd 长字长Wo rd rd p p ro ce ssing 理文字处理Wo rd wrap 行自动换行Wo rkshee t t file file 件工作文件web web au au ction s 卖网上拍卖web web b b road ca ste rs 网络广播web web po po rtal s 站门户网站web s i te s 站网站web sto ref ron t t crea crea tion tion package package packages s 包网上商店创建包web sto ref ron t s 店网上商店web web u u tilities 网上序应用程序web -do wnloading wnloading utilitie utilitie utilities s 网页下序载应用程序webma ste r web 员站点管理员web 网万维网Wi rele ss ss modem modem s 无线调制器解调器wi rele ss s e rvice rvice p p ro vider 无线商服务供应商wo rld wide wide web web 万维网wo rm 毒蠕虫病毒Write -p rote ct notch 写保口护口[编辑本段]其他缩写DV D digital digital be be rsatile 盘数字化通用光盘IT IT info info rma tion tion te te chnology 术信息技术CD CD compa compa ct ct di di sc 压缩盘P DA p ersonal ersonal digital digital digital a a ssi stant 个人数字助理RAM random random a a cce ss ss memory memory 器随机存储器WWW Wo rld Wide Web 万维网DBMS DBMS da da taba se se management management syst em 统数据库管理系统HTML HTML Hype Hype rte xt xt Ma Ma rkup rkup Langua Langua ge 言超文本标示语言O LE LE object object object lin lin king king and and and embe embe dding 入对象链接入S QL st ruct ured ured que que ry lan guage 言结构化查询语言URL URL unifo unifo rm re souice souice lo lo cato r 器统一资源定位器A GP GP a a ccele rate d d g g raphics raphics po po rt 口加速图形接口AL U U a a rithme tic tic-logic -logic -logic unit unit 算术逻辑元单元CP U cent central ral ral p p roce ssing unit 器中央处理器CMOS complementa complementary ry ry metal metal -oxide semicond semiconduct uct or 互补金属体氧化物半导体CIS C complex complex in in st ru ction s e t t comp comp ute r 机复杂指令集计算机HPS B B high high high pe pe rfo rman ce s e rial rial bu bu s 线高性能串行总线I SA SA indu indu st ry stand ard ard a a rchite ctu re 工业标准结构系体系P CI pe ripheral ripheral componen componen component t t inte inte rconnect 线外部设备互连总线P CM CIA Personal Personal Memo Memo ry ry Ca Ca rd Inte rna tional tional A A ssocia tion 会个人计算机存储卡国际协会RAM random -a cce ss ss memo memo ry 器随机存储器ROM read -onl y y memo memo ry 器只读存储器USB USB u u nive rsal se rial rial bu bu s 线通用串行总线CRT CRT cath cath 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好连接良好well-kno well-known wn se rvice s s / / 务公认的服务wide wide a a rea rea ne ne twork, WA N / 网广域网wildca rd cha racte r / 符通配符wildca rding rding // 式通配符方式windo w w menu menu menu / / 窗单口菜单Windo ws ws 2000 2000 2000 Se Se rve r File File and and Prin t t Se Se rvers rvers fo fo r Ma cinto sh sh / / Windo ws ws 2000 2000 2000 Se Se rve r 的 Macin to sh 文件与打印服务器Windo ws ws 2000 2000 2000 Ta Ta sk sk Manage Manage r / Windows Windows 2000 2000 任器务管理器Windo ws ws Inte Inte rne t Name Name Se Se rvi ce, WI NS / Windo ws Inte rnet 务命名服务Windo ws ws Management Management In strumentation strumentation, , WMI / Windo ws 范管理规范Windo ws ws Media Media Media Se Se rvi ce s / Windows Windows Media Media 务服务WI NS , Windo ws I nte rnet Name Service / Windo ws Inte rnet 务命名服务WI NS proxy proxy / / WI NS 代理WI NS re sou rce rce / / WI NS 源资源Win sock wi rele ss ss communication communication communication / / 无线讯通讯WMI , Windows Windows Managemen Managemen Management t t In In st rument rumentation ation ation / / Windo ws 范管理规范wo rkg ro up up / / 组工作组X.509v3 X.509v3 ce ce rti ficate / / X.5X.509/ 书证书X OR, OR, exclu exclu exclus s i ve ve O O R R / / 异或zone zone / / 区域zone zone li li st / 表区域列表zone zone tran tran sfer / 送区域传送。
国外ChIP-染色质免疫共沉淀实验方法-real time PCR
Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Analysis for Protein-DNA InteractionsWeike Si, 6/22/05; Commented by TCH 8/6/05General Background and ConsiderationsChIP is a widely used method to identify specific proteins associated with aregion of the genome, or in reverse, to identify regions of the genomeassociated with specific proteins. These proteins can be isoforms ofhistones modified at a particular amino acid or other chromatin associatedproteins. When employed with antibodies that recognize histonemodifications, ChIP can be used to “measure” the amount of themodification. An example of this would include measurement of the amountof histone H3 acetylation associated with a specific gene promoter regionunder various conditions that might alter expression of the gene. Histonesare not the only proteins that can be studied using this technique. Much ofthe recent interest has been in analyzing transcription factor distributionthroughout the genome or at specific loci.When performing ChIP, cells are first fixed with formaldehyde tocrosslink proteins to DNA and then chromatin is harvested from the cellsand subjected to an immunoselection process, which requires the use ofspecific antibodies. Any DNA sequences cross-linked to the protein ofinterest will co-precipitate as part of the chromatin complex. After theimmunoselection of chromatin fragments and purification of associatedDNA, the detection of specific DNA sequences is performed. If the DNAwhich will be detected is associated with the protein or histone modificationbeing examined, the relative representation of that DNA sequence will beincreased (or enriched) by the immunoprecipitation process.Generally, standard PCR is performed to identify the DNA sequence(the gene or region of the genome) associated with the protein of interest.The relative abundance of a specific DNA sequence isolated via theprotein-specific immunoselection is compared to DNA obtained when usingan unrelated antibody control. DNA fragments are run on gels to facilitate quantitation of the PCR products. A much more accurate alternative to standard PCR is real time quantitative PCR (RT-qPCR). Cloning of sequences from a ChIP experiment is also possible, to create libraries of fragments that are enriched for those that interact with a particular protein. The combination of chromatin IP with microarray applications (ChIP on chip) is a novel technique that is becoming more popular, allowing the generation of genome-wide maps of protein-DNA interactions or histone modifications.References:Das PM, et al., Biotechniques 37: 961-969, 2004Luo, R.X., et al., Cell 92: 463-473, 1998.Braunstein, M., et al., Mol. Cell. Biol. 16: 4349-4356, 1996.Manabe, I., et al., J. Clin. Invest. 107: 823-834, 2001.Cervoni, N., & Szyf, M., J. Biol. Chem. 276: 40778-40787, 2001.Materials and ReagentshiTE Buffer: 50mM Tris-HCl, 10mM EDTA, pH 7.5.PBS: 10mM Na2HPO4 (dibasic, anhydrous), 2mM KH2PO4 (monobasic, anhydrous), pH 7.4, 150mM NaCl, 10mM sodium phosphate.Formaldehyde: from Fisher ScientificChIP Lysis Buffer: 50mM HEPES/KOH pH 7.5, 150mM NaCl, 1mM EDTA, 1% Triton X-100, 0.1% SDS, 0.1% sodium deoxycholate. Add protease inhibitors prior to use.High Salt ChIP Wash Buffer: 50mM HEPES, pH 7.5 by KOH, 500mM NaCl, 1mM EDTA, 1% Triton X-100,0.1% SDS, 0.1% sodium deoxycholate. Add protease inhibitors prior to use. Protease Inhibitor Cocktail: Complete Protease Inhibitor Cocktail tablets (Roche Biochemicals). One tablet per 10ml of PBS or Lysis Buffer.ChIP Elution Buffer: hiTE Buffer containing 1% SDS.Protein A/G agarose: Sepharose 4B Protein G beads (GE Health Amersham Pharmacia). Glycine: 2.5M Glycine.Sonicator: Fisher Scientific F60 Model5M NaClPart I. Optimization of DNA ShearingOne of the important parameters for ChIP assay is to establish optimal conditions required for shearing cross-linked DNA to 200-1000 base pairs in length. Optimal conditions required for shearing cross-linked DNA to 200-1000 base pairs in length depend on the cell type, cell concentration per lysis buffer and thesonicator equipment, including the power settings and number of pulses.We are using Fisher’s F60 Sonicator and our experience shows DNA is sheared to theappropriate length with 12-second pulses x 4-5 (i.e., keep 1~2min. between pulses; makesure samples are on ice all times)at 80% of maximum power (i.e., Setting = 14). Oncesonication conditions have been optimized, keep cell number consistent for subsequentexperiments. You’re strongly encouraged to optimize the DNA shearing condition using thefollowing two methods. Method #1 is simplistic and should be initially used to obtain thepreliminary settings for further testing described in Method #2. If you have already obtainedsome of the sonication conditions, you can directly proceed with Method #2.Be sure to keep the sample on ice at all times as the sonication generates heat whichwill denature the DNA and proteins. Check the size of sonicated DNA by gelelectrophoresis after reversion of cross-links.Method #1: Direct use of purified genomic DNA.1. Add 1~2ug of purified genomic DNA into the 2-5ml microfuge tubes (the # of tubes willdepend on how many sonication conditions you want to test). Bring up the volume in each tube to 200ul with ddH2O, Keep samples on ice.2. Perform sonication (Fisher’s F60 model) by changing either the power settings (e.g., fullscale = 20; 80% = 16; and 70% = 14) and/or the number of 10 to 15-second pulses(usually between 3 to 5 times). Please keep samples on ice all time; wait for 1-2 min.between pulses to avoid rapid heating up of the samples.3. Transfer the sonicated DNA samples to a fresh set of 1.7ml tubes. Perform ethanolprecipitation using our regular lab protocol.4. Resuspend the DNA samples in 10-20ul of ddH2O. Load onto the1.2% ~ 1.5% agaroseminigel and run it for 40-60min at 60-70 volts. Ideally, the center of the DNA smearshould migrate along the 500bp-position.Method #2: Use of the cross-linked cells.Note: Whenever possible, place samples on ice.1. Plate C3H10 cells in one T-75 flask (in 20ml complete medium) at 70% confluency at37C 5% CO2 incubator. It should reach 80-90% confluency overnight, yielding ~1 x 107 cells.2.Crosslink proteins to DNA by adding 540ul of 37% Formaldehyde directly to the 20mlcells culture medium (at a final concentration of 1% Formaldehyde). Incubate the flask room temperature for 5-10 minutes.3. Add 1.0ml of 2.5M Glycine (final concentration 125 mM) to the medium for 10min, at roomtemperature to quench the formaldehyde.4. Aspirate medium, removing as much medium as possible. Wash cells using 5 ml of icecold PBS containing protease inhibitors (i.e., we are using Roche’s Complete PI cocktail tablets). Note: Add protease inhibitors to PBS just prior to use.5. Add 2ml cold PBS, and scrape cells into a 50-ml conical tube.6. Pellet cells for 3000 rpm, 5 minutes at 4ºC. Remove PBS and add 2.0 ml ChIP LysisBuffer containing protease inhibitors to lyse cells for 30 min on ice.7. Prepare multiple 200µl aliquots for sonication. Note: The 200 ul of ChIP Lysis Buffer is per 2 X 106cells; if more cells are used, the resuspended cell pellet should be divided into 200µl aliquots so that each 200µl aliquot contains ~1 X 106 cells.8. Sonicate lysate to shear DNA to lengths between 200 and 1000bp being sure to keepsamples ice cold (e.g., 80% power ×12sec×4times, between pulses incubate on ice for 1-2min).9. Recover DNA by phenol/chloroform extraction, ethanol precipitation, wash ×2. Runsamples (e.g., 20ul per sample) in 1.5% agarose gel to visualize shearing efficiency.Part II. Chromatin Immunoprecipitation ProtocolNote: Numerous controls can be set up. Most common ones are treated (e.g., AdWnt3A) vs.untreated (e.g., AdGFP), and/or gene-specific antibody (e.g., anti-β-catenin) vs.non-specific antiserum (e.g., a control IgG). Additionally, PCR reactions can be carried out to detect control genomic loci (e.g., GAPDH promoter region). A. In Vivo Crosslinking and LysisPrior to starting this section:•Obtain ice for incubation of PBS (see Step 3) and for incubating culture dish (see Step 6).•Prepare 1X PBS and put on ice. This will be used for washes and needs to be ice cold.•Warm SDS Lysis Buffer to room temperature to ensure SDS is in solution before proceeding with cell lysis.1. Plate C3H10 T1/2 cells in T-75 flasks at 70-80% confluency.2. Infect cells with an optimal titer of AdWnt3A or AdGFP in T-75 flasks containing 20ml ofgrowth media. For C3H10T1/2 cells, there are approximately 1 x 107 cells per T-75flask. This will generate a preparation of chromatin that can be used for up to 5 separate immunoprecipitations per flask.3. At 36 to 45hrs after infection, add 540µl of 37% Formaldehyde to 20ml of growth media(Final concentration is ~1%) to crosslink and gently swirl the flask to mix.4. Incubate at room temperature for 10 minutes.10m l of ice cold 1X PBS to a separate tube for every T-75 flask and remove5. Meanwhile,add one tablet of the Complete PI tablet. Put on ice.6. Add1.0ml of2.5M Glycine (final concentration 125 mM) to each T-75 flask to quenchexcessive Formaldehyde.7. Swirl to mix and incubate at room temperature for 5 minutes.8. Aspirate medium as completely as possible, being careful not to disturb the cells.10ml of cold 1X PBS to wash cells.9. Add10. Remove PBS. Add 1.0ml cold PBS containing Protease Inhibitor Cocktail. Scrape cells from each flask into a microfuge tube. Spin at 700xg at 4°C for <5 min. to pellet cells. 11. During spin, prepare ~10ml of ChIP Lysis Buffer containing Complete PI InhibitorsCocktail .12. Resuspend cell pellet in 1.0ml of ChIP Lysis Buffer with PI cocktail. Cell Density isimportant for reliable cell lysis. Adjust accordingly if different cell concentrations aredesired as the ratio of lysis buffer to cell (for every 1x107 C3H10T1/2 cells,1.0ml of Lysis Buffer is recommended for this protocol).13. Aliquot between 200µl per microfuge tube. Lysate can be frozen at -80°C at this step.14. If optimal conditions for sonication have already been determined, proceed to Section B.B. Sonication to Shear DNAPrior to starting this section:Optimal conditions required for shearing cross-linked DNA to 200-1000bps in length need to be determined as described in Part I.1. If desired, remove 5µl of cell lysate from Section A, Step 13 for agarose gel analysis ofunsheared DNA. If lysate from Section A, Step 13 was previously frozen, thaw on ice.2. Sonicate cell lysate on ice using the conditions optimized in Part 1, Method #2. Shearedcross-linked chromatin can be stored at -80°C for up to a few months.3. Spin at 12,000-15,000 x g at 4°C for 10 minutes to remove insoluble material,transfersupernatant into new sterile microtubes in 100µl aliquots. Each 100µl aliquot contains 2 x 106 cell equivalents of lysate which is enough for one immunoprecipitation.C. Immunoprecipitation (IP) of Crosslinked Protein/DNAenough ChIP Lysis Buffer containing protease inhibitors for the number of1. Preparedesired immunoprecipitations and store on ice.• Each IP requires the addition of 900µl of ChIP Lysis Buffer with PIs.• Samples include Wnt3A vs. GFP-treated; anti-β-catenin vs. mouse IgG control. Insome cases, no antibody/IgG controls can also be set up.2. Prepare one microfuge tube containing 100µl of sheared crosslinked chromatin (SectionB, step 3) for the number of desired immunoprecipitations and put on ice. If lysate has been previously frozen, thaw on ice.• Alternatively, if multiple immunoprecipitations will be performed from the same lysate preparation, place the entire volume for the number of desired immunoprecipitations in one large tube that will be able to accommodate a volume of 1.1ml for each IP.• Each 100µl will contain ~2 x 106 cell equivalents of chromatin.400µl of ChIP Lysis Buffer into each tube containing 100µl of cell lysate/chromatin.3. Add4. Add60µl of pre-washed Protein G Agarose for each IP.• The Protein G Agarose is 50% slurry, which should be washed in ChIP Lysis Buffer containing PI cocktails twice. Gently mix by inversion before removing.• This step serves to “preclear” the chromatin, i.e., to remove proteins or DNA that may bind nonspecifically to the Protein G agarose.5. Incubate for 1 hour at 4°C with rotation.6. Pellet agarose by brief centrifugation (3000-5000 x g for 1 minute).• Do not spin Protein G Agarose beads at high speeds. Applying excessive g-force may crush or deform the beads and cause them to pellet inconsistently.10µl (1%) of the supernatant as Input and save at 4°C until Section D, step 1.7. Remove• If different chromatin preparations are being carried together through this protocol,remove 1% of the chromatin as Input from each.supernatant by aliquoting 400-500 µl into fresh microfuge tubes.the8. Collect9. Add the immunoprecipitating antibody to the supernatant fraction:• For anti-β-catenin, add 1.0-10µg of antibody per tube.• For the negative control, Normal Mouse IgG, add 1.0µg of antibody per tube.10. Incubate at 4°C for 2~4 hours with rotation.• It may be possible to reduce the incubation time of the IP. This depends on manyfactors (antibody, gene target, cell type, etc.) and will have to be tested empirically. 11. Add 100µl of Protein G Agarose (pre-washed with ChIP Lysis Buffer) for 1 hour at4°C with rotation.• This serves to collect the antibody/antigen/DNA complex.12. Pellet Protein G Agarose by brief centrifugation (3000-5000 x g for 1 minute) andremove the supernatant fraction.13. Wash the Protein G Agarose-antibody/chromatin complex by resuspending the beads in1.0ml each of the cold buffers containing PI cocktail in the order listed below andincubating for 3-5 minutes on a rotating platform followed by brief centrifugation (3000-5000 x g for 1 minute) and careful removal of the supernatant fraction:a) ChIP Lysis Buffer wash 5min × 2 times, at RTb) High Salt ChIP Lysis Buffer (w/0.5M NaCl) wash 5min × 2 times, at RTc) ChIP Lysis Buffer wash 5min × 1 times, at RTd) hiTE buffer wash 5min × 1 times, at RTD. Elution of Protein/DNA ComplexesPrior to starting this section:• Bring ChIP Elution Buffer to room temperature. A precipitate may be observed but will go into solution once room temperature is achieved.• Set water bath to 65°C for use in Section E.1. MakeChIP Elution Buffer for all IP tubes and all Input tubes (see Section C, step 7).Input tubes (see Section C, step 7), add 200µl of Elution Buffer and set aside at 2. Forroom temperature until Section E.100µl of Elution Buffer to each tube containing the antibody/agarose complex. Mix 3. Addby flicking tube gently.4. Incubate at room temperature for 15 minutes.5. Pellet agarose by brief centrifugation (3000-5000 x g for 1 minute) and collectsupernatant into new microfuge tubes.6. Repeat steps 4-6 and combine eluates (total volume = 200µl).E. Reverse Crosslinks of Protein/DNA Complexes to Free DNA1. To all tubes (IPs and Inputs) add 8µl of 5M NaCl and incubate at 65°C for 4-5 hours (orovernight) to reverse the DNA – Protein crosslinks (Note: This step can also becarried out in PCR heating blocks). After this step the sample can be stored at -20°C and the protocol continued the next day.2. Optional: to all tubes, add 1µl of RNase A and incubate for 30 minutes at 37°C.3. Optional: add 4µl 0.5M EDTA, 8µl 1M Tris-HCl and 1µl Proteinase K and incubate at45°C for 1-2 hours.F. DNA Purification and Quantitative Real-Time PCR Analysis1. To each uncrosslinked sample (~200µl), add 100µl of 7.5M (NH4)2OAc and 250µl ofPC-8. Perform PC-8 extraction as our regular lab protocol. Repeat PC-8 extraction(s) if necessary.2. To each sample, add 5µl seeDNA co-precipitate to each sample and mix well. Add700µl cold 100% ethanol. Spin samples (in 1.7ml Eppendorf tubes) at top speed for 5 min. Wash pellets with 70% ethanol twice. Air-dry the pellets.3. Dissolve samples in 100µl ddH2O. Samples are ready for being used for real-time PCR/regular PCR analysis or Kept at -20C or -80C.PCR /regular PCR use our regular lab protocols.4. Performreal-time。
嵌入式微处理器特点
嵌入式微处理器特点：嵌入式微处理器一般就具备以下4个特点：（1）对实时多任务有很强的支持能力，能完成多任务并且有较短的中断响应时间，从而使内部的代码和实时内核心的执行时间减少到最低限度。
（2）具有功能很强的存储区保护功能。
这是由于嵌入式系统的软件结构已模块化，而为了避免在软件模块之间出现错误的交叉作用，需要设计强大的存储区保护功能，同时也有利于软件诊断。
（3）可扩展的处理器结构，以能最迅速地开展出满足应用的最高性能的嵌入式微处理器。
（4）嵌入式微处理器必须功耗很低，尤其是用于便携式的无线及移动的计算和通信设备中靠电池供电的嵌入式系统更是如此，如需要功耗只有mW甚至μW级。
嵌入式系统概念：一般来说，嵌入式系统是“执行专用功能并被内部计算机控制的设备或者系统。
嵌入式系统不能使用通用型计算机，而且运行的是固化的软件，用术语表示就是固件（firmware），终端用户很难或者不可能改变固件。
”嵌入式系统是以应用为中心，以计算机技术为基础，并且软硬件可裁剪，适用于应用系统对功能、可靠性、成本、体积、功耗有严格要求的专用计算机系统。
它一般由嵌入式微处理器、外围硬件设备、嵌入式操作系统以及用户的应用程序等四个部分组成，用于实现对其他设备的控制、监视或管理等功能。
嵌入式系统一般指非PC系统，它包括硬件和软件两部分。
硬件包括处理器／微处理器、存储器及外设器件和I／O端口、图形控制器等。
软件部分包括操作系统软件（OS）（要求实时和多任务操作）和应用程序编程。
有时设计人员把这两种软件组合在一起。
应用程序控制着系统的运作和行为；而操作系统控制着应用程序编程与硬件的交互作用。
嵌入式系统的核心是嵌入式微处理器。
嵌入式计算机系统同通用型计算机系统相比具有以下特点：1.嵌入式系统通常是面向特定应用的嵌入式CPU与通用型的最大不同就是嵌入式CPU 大多工作在为特定用户群设计的系统中，它通常都具有低功耗、体积小、集成度高等特点，能够把通用CPU中许多由板卡完成的任务集成在芯片内部，从而有利于嵌入式系统设计趋于小型化，移动能力大大增强，跟网络的耦合也越来越紧密。
ChIP实验步骤
ChIP-Seq ProtocolI.Sonication via Diagenode sonicator•Ensure Diagenode Chiller is filled with dH20. Turn sonicator on and set chiller to 4C.•Resuspend 1 protease inhibitor cocktail (PIC) tablet in 1ml of ultrapure water to obtain a 50X concentrate. PIC is stable for 1 day but can be used up to 1 week if sample is spiked withphenylmethane sulfonyl fluoride (PMSF).A.Nuclei preparation1.Thaw cross-linked cells on ice for ~10min.2.Add nuclei lysis buffer (NLB) to cells to achieve a concentration of ~20 X 106 cells per 0.4 ml ofbuffer, taking into consideration the initial volume of the cell pellet.3.Add 50X PIC to a final concentration of 1X (and if needed 200X PMSF). Add 1M sodiumbutyrate to a final concentration of 10mM.4.Resuspend and break up any cell clumps by gently pipeting. Incubate for 10min on ice.5.Aliquot 0.4ml of sample into one 15ml Falcon polypropylene tubes.B.Chromatin Shearing1.Clean Diagenode “tip probes” well with 70% ethanol and dH20 before and after each use.2.Screw the probes into the 15ml tube containing the sample to sonicate. Ensure probes are centeredwithin tubes and incubate on ice for ~3min.3.Set metal “O” rings in place on sonicator machine and set samples in position.4.Sonicate twice for 15min, using settings below. Ensure caps have not come loose after eachshearing interval.On = 0.5 minOff = 0.5 minSetting = “H”5.Sonicated sample should appear transparent in color. Samples can be further sonicated anadditional 5-15 min if needed.6.Aliquot samples into a 1.7ml tube. Centrifuge at max speed for 10min at 4C. Transfersupernatant to a labeled conical tube, taking care not to disturb the pellet.7.Per 0.1ml of sonicated sample in NLB, add the following buffers per ratio below:•0.9ml ChIP Dilution Buffer (CDB)•0.5ml RIPA-150•28ul 50X PIC•7ul of 200X PMSF (if needed)•14ul of 1M sodium butyrate8.Reserve 100ul of sample for QC purposes and store the rest at -80C. After chromatin shearingefficiency is checked, samples can be stored as 1.4ml aliquots at -80C.9.If needed, reserve a 200ul aliquot for input control library use.•Add the following to input control and incubate for 4hrs at 65C: 275ul of 1xTE buffer, 30ul 5M NaCl, 25ul of 20% SDS and 1ul of RNAseA.•Allow samples to cool slightly and add 5ul of Proteinse K. Incubate O/N at 55C.•Clean using phenol/chloroform extraction and phase-lock tubes (see below for procedure).•EtOH precipitate and resuspend in 100ul of Qiagen EB. Quantify using Qubit HS kit.C.Chromatin Shearing Efficiency Analysis (QC)1.Add 400ul of PK Digestion Buffer and 5ul of Proteinase K to 100ul of sheared chromatin.Incubate for at least 2hours to O/N at 55C.2.Clean samples via phenol/chloroform extraction using phase lock tubes.•Spin a 2ml phase lock tube at RT for 30sec at 14000g to pellet gel.•In the fume hood, aliquot sample into phase lock tube and add an equal volume ofphenol/chloroform/isoamyl alcohol. Mix well.•Spin at RT for 5min at 14000g.•Aliquot sample into a new 1.7ml tube and prepare for ethanol precipitation.3.Ethanol precipitation.•Add 2X volume of 100% ethanol, 0.1X volume of 3M sodium acetate, and 1ul of glycogen to sample. Incubate at -80C for at least 30min.•Remove sample from freezer and briefly thaw.•Pellet sample by spinning at max speed for 10min at 4C. Remove supernatant carefully.•Wash pellet with 1ml of cold 70% ethanol. Spin at max speed for 5 min at 4C.•Carefully remove supernatant and repeat wash step.•Carefully remove supernatant and allow pellet to dry.•Resuspend pellet in 50ul of elution buffer.4.Quantify sample using nanodrop. Calculate stock sheared chromatin concentration.5.Check fragment size by running 1ug of sample on a 1.2% agarose gel at 100V for 45min (ideallybetween 100-500bp).II.Chromatin Immunoprecipitation using 100ug of sheared chromatin equivalentCTCF & Histone mods using Invitrogen M-280 sheep anti-rabbit Dynabeads (Invitrogen #112-04D) Day 1 (work on ice and use filtered tips)1.Mix Dynabeads well. Per chart below, aliquot appropriate vol of beads to PGC low-bind tubes.2.Add 1ml of cold 1X PBS to beads and gently vortex to mix.3.Place tube in magnetic stand. Invert several times to mix. Allow beads to clump for ~1min.4.Pipet off 1X PBS. Repeat wash step two more times.5.Add specific Ab adjusted to 500ul with RIPA-150 to rinsed Dynabeads.NOTE: For CTCF, more than 1 IP may be required to generate ChIP DNA for lib construction.6.Pre-bind Ab for 6 hours at 4C on rocker.7.Record catalogue and lot numbers of Ab for future reference.8.Place Ab-bound Dynabeads in magnetic stand. Invert several times. Allow beads to clump anddiscard supernatant. Keep beads on ice.9.If sonicated chromatin is >3 months old, pellet any precipitate by spinning sample at max speedfor 5min at 4C.10.Add 100ug of chromatin to Ab-bound Dynabeads. Gently mix and place on rocker O/N at 4C.Day 21.Place tube in magnetic stand. Invert several times. Allow beads to clump. Discard supernatant.2.Perform the following wash steps with 0.8ml of COLD buffer. Flick tubes to resuspend beads.Incubate each wash for 5min on rocker at 4C. Place tube in magnetic stand. Invert several times.Allow beads to clump and discard supernatant.• 1 times with RIPA-150• 2 times with RIPA-500• 2 times with RIPA-LiCl. Aspirate suds after second wash.• 2 times with 1xTE Buffer, pH8.0. Don’t need to incubate on rocker at this step. Aspirate suds after final wash.3.Resuspend beads in 200ul freshly made Direct Elution Buffer.4.Add 1ul of RNase A and incubate for 4hrs at 65C to reverse crosslink (briefly vortex sample every½ hour for the first few hours).5.Quick spin sample. Place in magnetic stand. Allow beads to clump and transfer supernatant to anew low-bind tube.6.Add 3ul of Proteinase K and incubate O/N at 55C.Day 31.Purify the reverse-crosslinked sample using phase lock tubes and EtOH precipitation.2.Resuspend sample in 25ul of Qiagen elution buffer.3.Quantify using Qubit HS kit and proceed to library construction.Material1. 1.7ml siliconized PP tubes: PGC Scientific #16-8110-092.2ml Heavy Phase Lock Tubes: Fisher #FP23028303.Diagenode Sonicator4.Glycogen: Roche #109013930015.Magnetic separation stand: Invitrogen # 123-21D6.Nanodrop7.Phenylmethane sulfonyl fluoride (PMSF): Sigma #934828.Protease inhibitor cocktail-EDTA-Free (PIC): Roche #118735800019.Proteinse K: Fisher #EO049110.RNase A: Fisher #NC949995911.Qubit HS kit: Invitrogen #Q32854Buffers and Solutions : Filter solutions1.1M Sodium Butyrate (100X): Filter using 0.2-0.45 micron filter : Store at 4C•Sodium butyrate 5.5g Sigma # B5887•ddH20 50mlCaution: Sodium butyrate is irritating to the lungs2.10% Sodium Deoxycholate: Filter using 0.2-0.45 micron filter : Store at RT•Sodium deoxycholate 2g•ddH20 20mlCaution: Sodium deoxycholate is irritating to the lungs3.Nuclei Lysis Buffer (NLB): (50mM Tris-HCl pH8, 10mM EDTA pH8, 1% SDS) : Store at RT• 1.0M Tris-HCl pH8 2.5 ml•0.5M EDTA pH8 1 ml•20% SDS 2.5 ml•ddH20 44 ml•Total Vol 50 ml4.ChIP Dilution Buffer (CDB): (50mM Tris-HCl pH8, 0.167M NaCl, 1.1% Triton X-100, 0.11% sodiumdeoxycholate) : Store at 4C• 1.0M Tris-HCl pH8 2.5 ml•5M NaCl pH8 1.67 ml•10% Triton X-100 5.5 ml Sigma #T9284•10% sodium deoxycholate 0.55 ml Sigma # D6750•ddH20 39.78 ml•Total Vol 50 ml5.PK digestion Buffer (10mM Tris-HCl pH8, 1mM EDTA pH8, 0.5% SDS) : Store at RT• 1.0M Tris-HCl pH8 0.5 ml•0.5M EDTA pH8 0.1 ml•20% SDS 1.25 ml•ddH20 48.15 ml•Total Vol 50 ml6.RIPA-150 (50mM Tris-HCl pH8, 0.15M NaCl, 1mM EDTA pH8, 0.1% SDS, 1% Triton X-100, 0.1% sodiumdeoxycholate) : Store at 4C• 1.0M Tris-HCl pH8 2.5 ml•5M NaCl pH8 1.5 ml•0.5M EDTA pH8 0.1 ml•20% SDS 0.25 ml•10% Triton X-100 5 ml•10% sodium deoxycholate 0.5 ml•ddH20 40.15 ml•Total Vol 50 ml7.RIPA-500 (50mM Tris-HCl pH8, 0.5M NaCl, 1mM EDTA pH8, 0.1% SDS, 1% Triton X-100, 0.1% sodiumdeoxycholate) : Store at 4C• 1.0M Tris-HCl pH8 2.5 ml•5M NaCl pH8 5 ml•0.5M EDTA pH8 0.1 ml•20% SDS 0.25 ml•10% Triton X-100 5 ml•10% sodium deoxycholate 0.5 ml•ddH20 36.65 ml•Total Vol 50 ml8.RIPA-LiCL (50mM Tris-HCl pH8, 1mM EDTA pH8, 1% Nonidet P-40, 0.7% sodium deoxycholate, 0.5MLiCl2) : Store at 4C• 1.0M Tris-HCl pH8 2.5 ml•0.5M EDTA pH8 0.1 ml•10% Nonidet P-40 5 ml Roche #11332473001•10% sodium deoxycholate 3.5 ml•7.5M LiCl2 3.3ml VWR #101175-850•ddH20 35.6 ml•Total Vol 50 ml9. 1 X TE Buffer pH8.0 (10mM Tris-HCl pH8, 1mM EDTA pH8) : Store at 4C• 1.0M Tris-HCl pH8 0.5 ml•0.5M EDTA pH8 0.1 ml•ddH20 49.4 ml•Total Vol 50 ml10.Direct Elution Buffer (10mM Tris-HCl pH8, 0.3M NaCl, 5mM EDTA pH8, 0.5%SDS) : Make fresh each use• 1.0M Tris-HCl pH8 0.1 ml•5M NaCl 0.6 ml•0.5M EDTA pH8 0.1 ml•20% SDS 0.25 ml•ddH20 8.95 ml•Total Vol 10 ml。
新健胃包芯片中大黄总蒽醌类成分提取因素的优化
新健胃包芯片中大黄总蒽醌类成分提取因素的优化目的优化提取新健胃包芯片中大黄总蒽醌类成分的影响因素，完善质量标准，加强产品质量控制。
方法对提取方式进行单因素考察，对提取温度、时间，水解时间等影响因素进行优化处理，以HPLC法测定制剂中大黄总蒽醌类成分含量为质控指标。
结果新健胃包芯片制剂中最佳提取条件为75℃甲醇回流提取1.5 h，8%盐酸酸化后，再提取2.0 h，有效成分的提取率最高，总蒽醌类成分最稳定。
结论该方法稳定可行，可以作为该制剂的质量控制方法。
[Abstract] Objective To optimize the extraction factors of Rhubarb total anthraquinones ingredients in Xin Jianwei chip tablet，and to improve the quality standards to strengthen the quality control of products. Methods The extractive method was conducted a single-factor investigation，and the extraction temperature and time，and hydrolysis time were optimizated.The content of Rhubarb total anthraquinones ingredients in preparation used as an indicator of quality control was determined by HPLC method. Results The optimal extractive conditions of preparation were determined as follows：reflux extraction of methanol at 75℃for 1.5 h，then，8% hydrochloric acid for acidification，and continued to extract for 2.0 h，at this time，the extraction rate of active components was the highest，and total anthraquinones ingredients were most stable. Conclusion This method is stable and feasible，and it can be used as quality control method of the preparation.[Key words] Xin Jianwei chip tablet；Rhubarb total anthraquinones；Extractive factors新健胃包芯片由陈皮、大黄、黄芩、苍术等中药组成，是在新健胃片剂型的基础上进行工艺改进的新药品种，具有清热燥湿、制酸和胃之功效[1]，方中大黄具有清热解毒之功效，是方中主药。
第十六讲ChipAnalyzer软件
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ChIP_原理及实验方法
ChIP_原理及实验方法ChIP（Chromatin Immunoprecipitation）是一种常用的分子生物学实验技术，用于研究蛋白质与染色质之间的相互作用。
它可以帮助我们了解基因的表达调控机制，以及特定蛋白质在染色质上的分布情况。
本文将详细介绍ChIP的原理及实验方法。
一、原理ChIP实验的基本原理是通过交联染色质上的蛋白质与DNA分子，然后用特异性抗体将蛋白质-DNA复合物沉淀下来，最后通过PCR或测序等方法检测目标DNA序列的富集情况。
ChIP实验的步骤包括：交联、裂解、免疫沉淀、洗涤和DNA分离等。
具体步骤如下：1.交联：将细胞或组织进行交联，使得染色质上的蛋白质与DNA形成稳定的交联复合物。
常用的交联剂包括甲醛和二甲亚砜。
交联后，用甲醛或二甲亚砜进行破交联，使得蛋白质与DNA分离。
2.裂解：将细胞或组织裂解，释放出染色质，并将染色质切割成适当的片段。
常用的裂解方法包括机械裂解、酶裂解和超声波裂解等。
3.免疫沉淀：将特异性抗体与染色质中的目标蛋白质结合，形成蛋白质-DNA复合物。
免疫沉淀的条件需要优化，包括抗体浓度、缓冲液成分和温度等。
4.洗涤：将免疫沉淀得到的蛋白质-DNA复合物进行洗涤，去除非特异性结合的蛋白质和杂质。
5.DNA分离：将洗涤后的蛋白质-DNA复合物进行解交联，并纯化出目标DNA序列。
常用的方法包括蛋白酶K处理、蛋白质酶解和PCR等。
二、实验方法ChIP实验的方法流程如下：1.细胞或组织处理：根据研究目的，选择合适的细胞系或组织样本，并进行相应的处理。
例如，可以添加药物、诱导表达或处理刺激等。
2.交联：将细胞或组织用1%甲醛溶液交联15-30分钟，停止交联反应，然后加入0.125M甘氨酸进行孵育10分钟。
3.裂解：将细胞或组织裂解，释放出染色质。
可使用适当的细胞裂解缓冲液，如SDS缓冲液、NP-40缓冲液或胶体缓冲液。
4. 切割染色质：使用限制性内切酶或超声波等方法将染色质切割成适当的片段。
labchip 检测原理
labchip 检测原理Labchip检测原理Labchip是一种基于微流控芯片技术的高通量生物分析平台，可以实现快速、准确、自动化的生物样品分析。
Labchip技术广泛应用于生物医学研究、药物研发、临床诊断等领域。
本文将介绍Labchip检测原理及其在生物分析中的应用。
Labchip检测原理基于微流控芯片技术，利用微流体在芯片内部的流动特性，将样品与试剂混合、反应和分离，通过控制微流控芯片中的通道和孔道，实现多样品的高通量分析。
Labchip系统主要由两部分组成：Labchip仪器和Labchip芯片。
Labchip仪器通过控制气压、温度、液体流速等参数，实现对Labchip芯片中的样品处理和分析。
Labchip芯片是一个微小的实验室，在芯片上有多个微通道和微孔，用于处理和分析样品。
在Labchip检测中，首先将待测样品加入到芯片中的微通道中，然后通过外部控制，将样品与试剂混合并进行反应。
反应完成后，样品和试剂会在微通道中形成复杂的混合物。
接下来，Labchip仪器会对混合物进行分离和检测。
Labchip检测主要依赖于两种原理：电泳分离和光学检测。
在电泳分离中，通过施加电场，使带电的分子在微通道中移动，根据分子的大小和电荷，可以实现对样品的分离。
而在光学检测中，通过激光照射和探测器接收，可以获得样品的荧光信号，从而实现对样品的检测。
Labchip检测具有许多优点。
首先，Labchip技术可以实现高通量分析，每个芯片上可以同时处理多个样品，大大提高了分析效率。
其次，Labchip检测自动化程度高，不需要复杂的操作，减少了人为误差的可能性。
此外，Labchip技术还可以节省样品和试剂的用量，降低实验成本。
Labchip检测在生物分析中有着广泛的应用。
在基因测序领域，Labchip技术可以实现快速、高通量的DNA片段分析，用于基因组测序、SNP分型等应用。
在蛋白质研究中，Labchip技术可以实现快速、高效的蛋白质分析，用于蛋白质表达、互作和结构研究。
触摸板芯片
触摸板芯片触摸板芯片（Touchpad Chip）是一种用于接收和处理触摸输入的集成电路。
它通常被嵌入在笔记本电脑、智能手机、平板电脑和其他电子设备的触摸板上，以便用户可以通过手指或触控笔来控制设备。
触摸板芯片的主要功能是将用户的触摸输入转化为电子信号，并将这些信号发送给处理器进行处理。
为了实现这一功能，触摸板芯片通常包含以下几个主要组件：1. 传感器阵列（Sensor Array）：触摸板芯片上安装了一个由许多传感器组成的阵列。
传感器通常是基于电容（Capacitive）或阻抗（Resistive）技术的，并且可以感知用户触摸的位置和压力。
2. 控制逻辑（Control Logic）：控制逻辑负责接收传感器阵列传输过来的信号，并对其进行处理。
它可以识别用户的手势操作，例如滑动、点击和缩放，并将其转化为计算机可理解的指令。
3. 数字转换器（Analog-to-Digital Converter，ADC）：ADC负责将从传感器阵列接收到的模拟信号转换为数字信号。
这使得控制逻辑能够更好地处理和分析触摸输入。
4. 总线接口（Bus Interface）：总线接口允许触摸板芯片与处理器之间进行通信。
这样，触摸板芯片就能够将处理好的触摸输入数据传输给处理器，并接收来自处理器的命令和指令。
触摸板芯片的工作原理可以简单概括为以下几个步骤：1. 当用户触摸触摸板时，传感器阵列会感知到用户手指的位置和压力，并将这些信号传输给控制逻辑。
2. 控制逻辑会分析传感器阵列传输过来的信号，并确定用户的手势操作。
例如，如果用户用一根手指滑动触摸板，控制逻辑会将此操作识别为滚动手势。
3. 控制逻辑会将经过处理的触摸输入数据转化为计算机可理解的指令，并通过总线接口将这些指令传输给处理器。
4. 处理器根据接收到的指令执行相应的操作。
例如，如果用户的手势操作是点击，处理器会相应地执行点击操作。
触摸板芯片在现代电子设备中起着至关重要的作用。
贴壁细胞chip实验原理及步骤-概述说明以及解释
贴壁细胞chip实验原理及步骤-概述说明以及解释1.引言1.1 概述概述部分的内容可以是关于贴壁细胞chip的基本介绍和背景信息。
可以参考以下示例进行编写：概述贴壁细胞chip是一种先进的实验平台，用于研究和观察贴壁细胞在特定环境下的行为和反应。
贴壁细胞是指能够附着在固体表面上生长和繁殖的细胞。
在许多生物学和医学研究中，贴壁细胞被广泛应用于细胞生物学、药物筛选、细胞力学以及组织工程等领域。
贴壁细胞chip的概念最早出现在上世纪80年代，其原理基于微流体技术和微型加工技术的结合。
利用微流体通道和微型孔洞，贴壁细胞可以被定向排列在特定位置，从而使得对于细胞的观察和实验更加精确和可控。
与传统细胞培养相比，贴壁细胞chip具有更高的细胞存活率和更好的细胞黏附性能。
贴壁细胞chip的制备需要一系列复杂的步骤和技术，包括微型加工、微流体控制、表面处理等。
通过精确控制微流体的流动和细胞的附着，研究人员可以模拟和重建生物体内的特定环境，以便更好地理解细胞在不同条件下的行为和反应。
贴壁细胞chip在各个领域都有广泛的应用。
在细胞生物学中，它可以用于观察细胞的形态学、生长动力学、迁移和侵袭能力等。
在药物筛选领域，贴壁细胞chip可以用于评估药物的毒性和疗效。
此外，贴壁细胞chip 还可以应用于细胞力学研究，如细胞的拉伸、压缩和应变等。
最近，贴壁细胞chip也被用于组织工程的研究，以构建和培养人工组织。
通过本文对贴壁细胞chip的原理和制备步骤进行详细介绍，希望能够提高读者对贴壁细胞chip的了解，并推动其在科学研究和医学应用中的发展。
同时，本文还将对实验原理的重要性、操作要点以及未来的发展方向等进行探讨和总结。
1.2 文章结构文章结构是指文章整体的组织方式和框架。
一个良好的文章结构可以使读者更好地理解和接受所传达的内容。
本文的结构分为引言、正文和结论三个部分。
引言部分首先概述了贴壁细胞chip实验的背景和意义，引发读者对该实验的兴趣。
ChipAnalyzer教程演示稿教学稿件
04
根据芯片类型和规格，调整分析参数以提 高准确性。
技巧3：多软件协同工作
05
06
将ChipAnalyzer与其他EDA工具结合使 用，实现更全面的芯片分析功能。
06
总结与展望
ChipAnalyzer的优势与不足
高效性
ChipAnalyzer具有高效的计算能力和数据处理能力，能够快速完成大规模的基因 组数据分析。
ChipAnalyzer的功能和特点
支持多种芯片设计文件格式
ChipAnalyzer可以读取多种芯片设计文件格式，如EDA、 IP-XACT等，方便用户导入芯片设计数据。
深入的分析功能
ChipAnalyzer提供了多种分析功能，如逻辑分析、功耗分 析、可靠性分析等，可以帮助工程师深入了解芯片的工作 原理和性能。
易用性
该软件提供了友好的用户界面和详细的教程，使得用户可以轻松上手并快速掌握 数据分析技能。
ChipAnalyzer的优势与不足
• 可扩展性：ChipAnalyzer具有良好的可扩展性，可以根据 用户需求进行定制和扩展，满足不同领域和场景的需求。
ChipAnalyzer的优势与不足
依赖性
该软件依赖于特定的硬件和软件环境，需要在特定的操作系统上 运行，可能限制了其应用范围。
根据您的需求选择安装路径、 是否创建快捷方式等选项。
解压安装包
将下载的安装包解压到您选择 的位置。
同意许可协议
仔细阅读并同意ChipAnalyzer 的许可协议。
等待安装完成
等待安装程序自动完成安装过 程，期间可能需要重启计算机。
配置与启动
打开ChipAnalyzer
配置软件设置
在安装完成后，找到并打开ChipAnalyzer 应用程序。
chip试剂盒
chip试剂盒Chip试剂盒是一种高效、便捷、可重复使用的实验工具，广泛应用于生物科技、医学、生物化学和药物研究等领域。
它是以芯片技术为基础，将多种试剂或样品固定在芯片上的微小空间中，实现高通量、高灵敏度的实验分析。
与传统的试剂盒相比，Chip试剂盒具有许多优势，包括样品和试剂用量减少、实验时间缩短、自动化程度高等。
本文将从Chip试剂盒的原理、应用和发展趋势等方面进行详细介绍，以帮助读者更好地了解和使用该技术。
首先，Chip试剂盒的原理是基于芯片技术。
芯片是一种微小的实验平台，通常由硅基材料或玻璃等制成。
芯片上的微小通道和腔体可以固定和操控试剂或样品，实现高效、微量的反应和分析。
在Chip试剂盒中，试剂可以通过微流控技术自动进行加样、混合和反应，大大提高了实验效率和准确性。
此外，Chip试剂盒还可以集成多种功能单元，如混合、分离、测量和检测等，实现复杂的实验流程。
Chip试剂盒的应用非常广泛。
在生物科技领域，Chip试剂盒被广泛应用于基因测序、蛋白质分析和细胞透析等实验中。
通过将DNA、RNA、蛋白质等靶分子固定在芯片上，可以实现高通量的测序和分析，提高研究效率。
在医学领域，Chip试剂盒可以用于临床诊断，如检测疾病标志物、药物代谢和基因变异等。
通过使用Chip试剂盒，可以实现快速、准确的诊断和个体化治疗。
此外，Chip试剂盒还可以应用于药物研发和毒理学研究等领域。
Chip试剂盒的发展趋势主要有以下几个方面。
首先，芯片技术将更加微型化和集成化。
随着微纳制造技术的不断发展，芯片的尺寸将越来越小，功能单元将越来越复杂，可以实现更多样化的实验需求。
其次，芯片的制作工艺将更加快速和低成本。
目前，芯片的制作过程较为复杂和昂贵，限制了其在大规模应用中的推广。
未来，预计将开发更快速、低成本的芯片制作工艺，降低Chip试剂盒的价格，使其更加普及。
此外，Chip试剂盒还将与其他技术相结合，如人工智能、生物信息学和微流控技术等，实现更高级的实验分析和应用。
ChIP测序中的input有多重要？实验、数据分析都离不了
ChIP测序中的input有多重要？实验、数据分析都离不了无论是实验还是数据分析都离不开input。
input是ChIP实验中的一种阳性对照，样品经过超声破碎后取出一部分作为input，input 不进行ChIP实验，因而包含样本超声后释放的所有DNA、蛋白质。
首先，input可以帮助检测超声破碎的效果，以及目的蛋白在样品中的表达情况。
其次，input可以帮助判断ChIP结果，通过input和IP（抗体免疫沉淀获得的目的蛋白）对比，判断ChIP获得的是否为目的蛋白，以及ChIP的效果。
若IP条带较input明显或差不多，说明ChIP富集效果较高，若IP条带较浅，说明ChIP富集效果一般。
最后， ChIP测序数据分析时更离不开input，input是寻找结合峰（也就是Peak Calling）的定盘星。
在ChIP测序分析中，我们将input和IP的reads平均覆盖深度做归一化处理，采取input的reads作为背景，使用MACS软件对比input和IP的reads的归一化平均覆盖深度（normalized average depth），进行Peak Calling。
有input，才有Peak Calling举个栗子，上面这张图是在组蛋白H3K4me3的ChIP测序项目KC2018-CXXX中的一个结果图，它展示了基因转录起始位点至终止位点（TSS-TES）及上下游3kb范围内的input和IP的reads的分布，横坐标为基因位置，纵坐标为reads的覆盖深度（归一化）。
它可以反映组蛋白H3K4me3修饰分布情况：在该范围内input 由于没有富集，其reads分布较为平均，而IP的reads覆盖深度则有明显的变化：在TSS附近显著增加，然后在TSS-TES内逐渐降低，在TES处达到最低。
说明在TSS附近是组蛋白H3K4me3修饰分布较多的位置，而往TES处，H3K4me3的分布逐渐减少。
对比input和IP的reads的归一化平均覆盖深度，进行PeakCalling。
ChIP实验精讲，小白也能看懂的实验原理与应用！
ChIP实验精讲，⼩⽩也能看懂的实验原理与应⽤！什么是染⾊质免疫共沉淀技术（ChIP）？染⾊质免疫共沉淀法是在保持组蛋⽩和DNA联合的同时，通过运⽤对应于⼀个特定组蛋⽩标记的⽣物抗体，染⾊质被切成很⼩的⽚断，并沉淀下来。
这项技术主要⽤来分析⽬标基因有没有活性、或者分析⼀种已知蛋⽩(转录因⼦)的靶基因有哪些。
真核⽣物的基因组DNA以染⾊质的形式存在。
CHIP不仅可以检测体内反式因⼦与DNA的动态作⽤，还可以⽤来研究组蛋⽩的各种共价修饰与基因表达的关系。
⽽且，CHIP与其他⽅法的结合，扩⼤了其应⽤范围：CHIP与基因芯⽚相结合建⽴的CHIP-on-chip⽅法已⼴泛⽤于特定反式因⼦靶基因的⾼通量筛选；CHIP与体内⾜迹法相结合，⽤于寻找反式因⼦的体内结合位点；RNA-CHIP⽤于研究RNA在基因表达调控中的作⽤。
⼀、CHIP常见⽤途1、DNA甲基化脊椎动物的DNA甲基化⼀般发⽣在CpG位点(胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤位点,即DNA序列中胞嘧啶后紧连鸟嘌呤的位点)。
经DNA甲基转移酶催化胞嘧啶转化为5-甲基胞嘧啶。
⼈类基因中约80%-90%的CpG位点已被甲基化,但是在某些特定区域,如富含胞嘧啶和鸟嘌呤的CpG岛则未被甲基化。
这与包含所有⼴泛表达基因在内的56%的哺乳动物基因中的启动⼦有关。
1%-2%的⼈类基因组是CpG群,并且CpG甲基化与转录活性成反⽐。
2、蛋⽩质甲基化蛋⽩质甲基化⼀般指精氨酸或赖氨酸在蛋⽩质序列中的甲基化。
精氨酸可以被甲基化⼀次(称为⼀甲基精氨酸)或两次(精氨酸甲基转移酶(PRMTs)将两个甲基同时转移到精氨酸多肽末端的同—个氮原⼦上成为⾮对称性甲基精氨酸,或者在每个氨端各加—个甲基成为对称性⼆甲基精氨酸)赖氨酸经赖氨酸转移酶的催化可以甲基化⼀次、两次或三次。
在组蛋⽩中,蛋⽩质甲基化昰被研究最多的⼀类。
在组蛋⽩转移酶的催化下,S-腺苷甲硫氨酸的甲基转移到组蛋⽩。
某些组蛋⽩残基通过甲基化可以抑制或激活基因表达,从⽽形成为表观遗传。