酶切位点保护碱基

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切割率%
2 hr
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50
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>90
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25
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>90
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25
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0
10
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50
25
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0
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>90
>90
50
50
>90
>90
GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA
CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA
CGGATCCG CGGGATCCCG CGCGGATCCGCG
CAGATCTG GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC
GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA
GGGT(A/T)ACCC
AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT
CATCGATG GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG
GGAATTCC CGGAATTCCG CCGGAATTCCGG
0 >90 >90 >90
0 25
Xma I
CCGCTCGAGCGG
CCCCGGGG CCCCCGGGGG CCCCCCGGGGGG TCCCCCCGGGGGGA
.
10
75
0
0
25
75
50
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>90
>90
注释： 1．如果要加在序列的 5‘端，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的 5’端加
上相应的碱基（黑色），相同如果要在 3‘端加保护碱基，就在酶切位点识 别碱基序列（红色）的 3’端加上相应的碱基（黑色）。 2．切割率：正确识别并酶切的效率 3。加保护碱基时最好选用切割率高时加的相应碱基。
AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA
>90
CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT
0
Pvu I
CCGATCGG
0
ATCGATCGAT
10
TCGCGATCGCGA
0
Sac I
CGAGCTCG
10
Sac II
GCCGCGGC
0
TCCCCGCGGGGA
50
Sal I
GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC
>90
TGCTCTAGAGCA
75
CTAGTCTAGACTAG
75
Xho I
CCTCGAGG
0
CCCTCGAGGG
10
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.
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0 25 10
10
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25 75
10 10 50 >90
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0 25 50
>90 >90 >90
.
PCR 设计引物时酶切位点的保护
酶
寡核苷酸序列
Acc I Afl III Asc I Ava I BamH I Bgl II BssH II BstE II BstX I Cla I
EcoR I
GGTCGACC CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG
CACATGTG CCACATGTGG CCCACATGTGGG
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>90
>90
>90
>90
Hae III
GGGGCCCC
>90
AGCGGCCGCT
>90
TTGCGGCCGCAA
>90
Hind III
CAAGCTTG
0
CCAAGCTTGG
0
CCCAAGCTTGGG
10
Kpn I
GGGTACCC
0
GGGGTACCCC
>90
CGGGGTACCCCG
>90
Mlu I
GACGCGTC
GGCTAGCC
0
CGGCTAGCCG
10
CTAGCTAGCTAG
10
Not I
TTGCGGCCGCAA
0
ATTTGCGGCCGCTTTA
10
AAATATGCGGCCGCTATAAA
10
ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT
25
AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA
25
Nsi I
0
GCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG
10
ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCG
10
GAA
Sca I
GAGTACTC
10
AAAAGTACTTTT
75
Sma I
CCCGGG
0
CCCCGGGG
0
CCCCCGGGGG
10
TCCCCCGGGGGA
>90
Spe I
GACTAGTC
10
GGACTAGTCC
10
CGGACTAGTCCG
0
CTAGACTAGTCTAG
0
Sph I
GGCATGCC
0
CATGCATGCATG
0
ACATGCATGCATGT
10
Stu I
AAGGCCTT
>AAAAGGCCTTTT
>90
Xba I
CTCTAGAG
0
GCTCTAGAGC
0
CGACGCGTCG
25
Nco I
CCCATGGG
0
CATGCCATGGCATG
50
Nde I
CCATATGG
0
CCCATATGGG
0
CGCCATATGGCG
0
GGGTTTCATATGAAACCC
0
GGAATTCCATATGGAATTCC
75
GGGAATTCCATATGGAATTCCC
75
Nhe I
TGCATGCATGCA
10
CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT
>90
Pac I
TTAATTAA
0
GTTAATTAAC
0
CCTTAATTAAGG
0
Pme I
GTTTAAAC
0
GGTTTAAACC
0
GGGTTTAAACCC
0
AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG
75
.
>90 >90 >90
0 0 75
0 >90 >90
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0 25 50 >90
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Pst I
GCTGCAGC
0
TGCACTGCAGTGCA
10
AACTGCAGAACCAATGCATTGG
>90