Autodock vina 使用方法

Autodock vina 使用方法
需要软件为autodocktool、vina、pymol
需要文件为蛋白质文件：.pdb 小分子配体文件：.mol2
1、打开autodocktools软件
File > Read Molecule > *.pdb
Edit > Charges > Add Kollman Charges > 确定
Edit > Hydrogens > Add Hydrogens > Polar Only > OK
WithBondOrder
Yes
Float Dashborad Widget > Atom(pdb name)
Grid > Macromolecule > choose > pdb name > Select Molecule
Grid > Grid box > 首先把Spacing (angstrom)设为1
然后把number of points in x-dimension值设在一个合理范围
number of points in y-dimension
number of points in z-dimension
使晶格能够囊括所以蛋白质原子
最后把x center 值设在一个合理范围
y center
z center
使晶格中心能够在蛋白质分子中心
把所有值记录在*.txt文件中。

2、打开Raccoon 软件（此步骤也可以用autodocktools完成）
Add ligands > *.mol2 (现在Files of type中改成*.mol2) > open
此步骤可把.mol2文件批量转化为.pdbqt文件（而autodocktools软件只能单个转化）。

3、打开终端，进入目的文件夹
首先创建一个*.txt文件（利用步骤1中的*.txt文件的数值），比如：
receptor = receptor.pdbqt
center_x = 2
center_y = 6
center_z = -7
size_x = 25
size_y = 25
size_z = 25
num_modes = 9
然后把所有小分子配体进行虚拟筛选，利用一下批处理脚本：
for f in ligand_*.pdbqt; do
b=`basename $f .pdbqt`
echo Processing ligand $b
mkdir -p $b
vina --config conf.txt --ligand $f --out ${b}/out.pdbqt --log ${b}/log.txt done。