引物的应用常识
引物设计知识点汇总图
引物设计知识点汇总图引物设计在生物学、分子生物学、遗传学和基因工程等领域中起着至关重要的作用。
引物是一种短链核酸序列,能够与待测DNA分子的特定区域发生互补配对,并作为PCR扩增的起始序列。
本文将汇总引物设计的知识点,以帮助读者更好地理解和应用引物设计技术。
一、引物设计的基本原则良好的引物设计需要遵循以下几个基本原则:1. 引物长度:引物的长度通常在18-30个碱基对左右,过长或过短都会影响扩增效率。
2. CG含量:引物的CG含量应在40-60%之间,过高或过低都会影响扩增效果。
3. 碱基配对:引物末端3-5个碱基对应于待扩增区域的碱基,必须能够与模板DNA发生稳定的碱基配对。
4. 引物间无重叠:引物对应于待扩增区域的两端应无重叠,以免引起非特异性扩增。
5. 避免自身互补:引物序列内部不应有自身互补碱基序列的存在,以免引起二聚体结构形成。
二、引物的特殊设计要求除了基本原则外,引物设计还需根据特定应用场景和需求进行相关的特殊设计,常见的特殊设计要求包括:1. 限制性内切酶位点:为了方便下游的限制性酶切鉴定或其他目的,引物设计时可以在引物两端加入限制性内切酶位点。
2. 标签或引物标记:引物序列中可以加入氨基酸序列或引物标记,用于检测、纯化或识别等应用。
3. 引物修饰:如磷酸化、甲基化等化学修饰可以增加引物的稳定性和特异性。
三、引物设计的常见软件工具为了方便引物设计和评估,现有许多专业软件工具可用于辅助设计引物,其中常见的包括:1. Primer3: 一种广泛使用的引物设计软件,提供了多个参数选项,如引物长度、Tm(两链融合温度)、GC含量等。
2. OligoAnalyzer: 用于计算引物序列的理论Tm和二聚体结构等信息。
3. IDT PrimerQuest: 由Integrated DNA Technologies提供的在线引物设计工具,可根据需求设计引物,并评估其性能。
4. NCBI Primer-BLAST: 在NCBI数据库中进行引物设计和BLAST分析的综合工具。
引物知识点总结
引物知识点总结引物是生物技术和分子生物学研究中常用的一种技术手段,它在DNA复制、DNA测序、PCR扩增、基因克隆等方面起着关键的作用。
引物通常是一段单链核酸分子,它能够与目标DNA序列特异性结合,并作为起始点进行DNA复制、PCR扩增等。
在引物设计和使用过程中,需要考虑引物的长度、序列特异性、GC含量、Tm值等因素,以确保引物的特异性和效率。
本文将对引物的相关知识点进行总结,包括引物的设计原则、引物的特异性、引物的长度和GC含量对PCR扩增的影响、引物的Tm值计算方法、引物的修饰和标记等内容。
1. 引物的设计原则引物的设计是进行PCR扩增、DNA测序、基因克隆等实验的关键步骤,引物的设计原则直接影响到实验的准确性和效率。
在设计引物时,需要考虑以下几个原则:(1)特异性:引物应当具有良好的特异性,能够特异性地结合到目标DNA序列上,而不结合到其他非目标DNA序列上,避免出现假阳性结果。
(2)长度:引物的长度通常在18-25个核苷酸左右,过长或过短的引物都会影响PCR扩增的效率和特异性。
(3)GC含量:引物的GC含量应当适中,一般在40%-60%之间为宜,过高或过低的GC 含量都会影响PCR扩增的效果。
(4)Tm值:引物的Tm值应当合适,保证引物和模板DNA的结合和解离能够在PCR反应温度下正常进行。
(5)避免自身二聚体和非特异性结合:引物设计时需要避免引物之间的自身二聚体和非特异性结合,以确保PCR反应的特异性和准确性。
2. 引物的特异性引物的特异性是指引物与目标DNA序列结合的特异性,通常通过引物与非目标DNA序列结合的情况来评价。
特异性引物设计的关键在于选择合适的序列,在常见的实验中,通常采取以下几种方法来评估引物的特异性:(1)BLAST比对:利用NCBI的BLAST工具对引物序列进行比对,查看引物与非目标DNA序列的同源性,以评估引物的特异性。
(2)序列比对:利用生物信息学软件对引物的序列进行比对,查看引物与非目标DNA序列的异同,以评估引物的特异性。
引物设计知识点总结大全
引物设计知识点总结大全引物设计是分子生物学研究中的重要工具,主要用于PCR、测序、微阵列等分子生物学实验中。
引物设计的好坏直接关系到实验结果的准确性和可重复性。
因此,掌握引物设计的相关知识对于开展分子生物学研究具有重要意义。
下面就引物设计的相关知识点进行总结和归纳。
1. 引物的定义和作用引物是指在PCR、RT-PCR、测序等分子生物学实验中所使用的短链DNA或RNA分子,其作用是按照特定序列在模板核酸上引发聚合酶链反应,从而在实验中扩增目标DNA片段。
引物的设计需要遵循一定的规则,包括选择合适的长度、GC含量、Tm值等。
引物设计的好坏直接关系到PCR反应的效果和准确性。
2. 引物的选择在引物设计中,需要根据不同的实验目的和要扩增的目标DNA/RNA片段的知识选择合适的引物。
常见的引物包括前向引物、反向引物、探针引物等。
前向引物和反向引物通常用于PCR扩增,探针引物通常用于实时荧光定量PCR等实验。
3. 引物设计的要求在引物设计过程中,需要满足一定的要求,包括引物的长度、GC含量、Tm值、特异性和避免形成二聚体等。
引物的长度一般在15-25个碱基对之间,GC含量在40%-60%之间,Tm值在55-65摄氏度之间,具有特异性,避免形成二聚体。
4. 引物设计的工具目前,有许多在线工具可以帮助科研人员进行引物设计,如NCBI Primer-BLAST、IDT PrimerQuest、UCSC in silico PCR、Primer3等。
这些工具可以根据用户提供的信息自动设计出符合要求的引物。
5. 引物设计注意事项在引物设计过程中需要注意一些问题,如避免引物之间的二聚体形成、避免引物的自身二聚体等。
此外,还需要考虑引物在实验中可能遇到的特殊情况,如引物的结合位置、引物的特异性等。
6. 引物设计的优化为了得到更好的实验效果,有时候需要对引物进行优化。
这包括对引物序列的修饰、引物浓度的优化等。
通过对引物设计的优化,可以提高PCR扩增的特异性、准确性和效率。
引物设计学习的知识点
引物设计学习的知识点引物设计是分子生物学和遗传学研究中的重要内容之一。
在科研实验中,合理设计引物能够提高结果的准确性和可重复性。
本文将从引物的定义、特点、设计原则以及常用的引物设计工具等方面介绍引物设计学习的知识点。
一、引物的定义引物是指在PCR(聚合酶链反应)等实验中,用于特异性扩增目标序列的短寡核苷酸序列。
引物通常由20-30个碱基组成,一般设计为与目标序列同一链的两个引物,一个用于扩增目标序列的5'端,另一个用于扩增目标序列的3'端。
二、引物的特点1. 特异性:引物应能够准确特异地与目标序列结合,避免与其他非目标序列结合。
2. 长度:引物的长度一般为20-30个碱基,过长或过短都可能影响扩增效率。
3. G-C含量:引物的G-C含量应合适,一般控制在40%-60%之间,过高或过低都可能影响扩增效率。
4. 无二聚体和自聚物形成:引物之间以及引物自身不得形成稳定的二聚体或自聚物,以免影响扩增效率。
三、引物设计原则1. 特异性:引物应具有足够的特异性,能够准确特异地与目标序列结合,避免与其他非目标序列结合。
2. 避免互补碱基:引物间及引物自身的互补碱基应尽可能避免,以免形成稳定的二聚体或自聚物,影响扩增效率。
3. 避免重复序列:引物中应避免存在重复序列,以免引起非特异性扩增。
4. 避免剪切位点:引物中应避免存在限制酶的剪切位点,以免扩增的目标序列被限制酶消化。
四、常用的引物设计工具1. Primer3:一款常用的引物设计软件,可根据用户输入的目标序列信息自动设计合适的引物。
2. OligoAnalyzer:一款在线引物分析软件,可对设计好的引物进行一系列的生物信息学分析,包括热力学性质、互补性等。
3. NCBI Primer-BLAST:利用NCBI数据库进行引物设计和分析的在线工具,可评估引物的特异性和互补性。
总结:引物设计是分子生物学和遗传学研究中不可忽视的重要环节。
合理的引物设计能够保证实验结果的准确性和可重复性。
引物常识
引物的应用常识引物的原理引物是短的寡核苷酸片段,充当DNA复制的起点。
因为几乎所有DNA聚合酶都不能从头合成,所以它们需要一个3’-羟基作为DNA合成的起始点。
这个3’-羟基由相配的引物提供。
在体内,由于DNA聚合酶的忠实性,不能从头合成DNA,因此只能由RNA聚合酶(称为引物酶)生成,采用RNA引物来延伸,在延伸过程中,RNA引物降解并由DNA取代。
在体外PCR反应中所用到的DNA引物,是根据不同的要求及模板序列设计,然后用化学法人工合成的,与模板形成双链后在DNA聚合酶的作用下就可以继续链的延伸;对于大多数PCR反应,决定整个反应成功与否的最重要因素是引物的序列和质量。
1. 不同实验要求的引物选择在开始设计引物之前,必须弄清以下几点:(1)明确PCR的目的(例如克隆、SNP检测、定量检测等)(2)确定样品材料(基因组DNA、RNA、微小RNA)(3)确定PCR的类型(普通的、定量PCR、RT-PCR、长片段PCR),在查找序列的时候还需要考虑可能存在的问题(如假基因等)2.引物设计的重要因素有一些不同的软件工具可用于引物设计和引物分析。
引物设计的软件如Oligo 6.22 ,Premier 5.0,Primer Express 3。
引物分析常用Primer 5,Oligo 6.22,Primer-Blast。
目前生工生物给客户提供的引物设计服务引物用的是在线软件Primer 3 plus,•引物长度和专一性常见的引物长度为18-30个碱基。
短的引物(≤15碱基)能非常高效地结合, 但是它们的专一性不够。
较长的引物能提高专一性,然而退火效率低,从而导致PCR产量低下。
同时应避免编码单一序列和重复序列的引物。
•平衡GC含量,避免GC-和AT-富集区域引物的GC含量应介于40%~60%之间。
应避免聚-(dC)-或聚(dG)-区域,因为它们会降低退火反应的专一性。
聚-(dA)-和聚(dT)-也应避免,因为这样会形成不稳定的引物-模板复合物,从而降低扩增效率。
引物的高考知识点
引物的高考知识点引物是在DNA分析中广泛使用的一种技术手段,它可以帮助鉴别个体的亲缘关系、疾病的遗传性以及犯罪的嫌疑人。
在高考中,引物是一个重要的知识点,下面将从引物的定义、作用、种类以及应用等方面进行论述。
一、引物的定义引物(primer)是在DNA分析中使用的一种短链寡核苷酸,它的作用是寻找并结合到待分析的DNA序列上,从而使其能够被扩增、分析和鉴定。
二、引物的作用1. 特异性结合:引物能够与待分析的DNA序列中的目标区域进行特异性结合,确保只扩增目标序列而不扩增其他无关的DNA片段。
2. 启动扩增:引物通过结合到目标区域,作为DNA复制的起点,启动聚合酶链式反应(PCR),实现目标序列的扩增。
3. 标记检测:引物可以标记各种化学荧光或酶等物质,使得扩增后的目标序列能够被直接或间接地检测和分析。
三、引物的种类引物根据其功能和分子结构的差异可以分为以下几类:1. 引物I:称为扩增引物,用于PCR反应,能够引导DNA在特定区域的复制。
2. 引物II:称为测序引物,用于测序反应,将PCR扩增后的片段进行测序。
3. 引物III:称为探针引物,用于探针技术,结合标记物与特定的目标序列进行结合和检测。
四、引物的应用引物在生物领域中有着广泛的应用,主要包括以下几个方面:1. 亲子鉴定:通过引物技术可以确定父母和子女之间的亲缘关系,对于解决争议、确认身份等具有重要意义。
2. 疾病诊断:引物技术在遗传性疾病中的应用十分重要,通过分析引物与疾病相关基因的结合情况,可以进行疾病的早期筛查和诊断。
3. 犯罪侦查:引物技术可以应用于犯罪嫌疑人的DNA检测和比对,帮助警方追踪和确定作案者,提供有效的证据。
4. 基因工程:在基因工程领域中,引物技术可以用于基因定点突变和插入等操作,为分子生物学研究提供重要的工具。
综上所述,引物作为DNA分析的重要工具,在高考中是一个需要重点掌握的知识点。
了解引物的定义、作用、种类和应用等相关知识,不仅可以帮助我们理解生物学原理,还能够拓宽我们对DNA分析技术的认识和应用。
引物的种类及应用
引物的种类及应用引物是一种用于检测和扩增DNA序列的短链核酸序列。
其作用是在PCR(聚合酶链式反应)和其他DNA分析技术中诱导一段特定的DNA序列的复制。
引物能够与目标DNA序列的两个端点配对,并通过DNA聚合酶的催化作用引导DNA链的合成,从而扩增目标序列。
根据其长度和功能,引物可以分为以下几种类型,并在不同的应用中发挥着重要的作用:1. 寡核苷酸引物(Primer):最常见和基础的引物类型。
它们是短序列(一般为18-25个碱基),通过与目标序列的互补配对来引导DNA合成。
一般情况下,PCR反应需要一对引物,包括一个向前扩增目标序列的“前向引物”和一个向后扩增目标序列的“反向引物”。
这些引物在PCR分析、基因克隆、DNA测序等研究中广泛应用。
2. 温度递减引物(Hot-start primers):这种引物是一种改良型的应用于PCR 反应中的引物。
它们含有一个附加的特殊序列,该序列与引物相耐。
通过设计这样一个序列,引物在低温条件下保持折叠状态,从而防止在PCR反应混合液室温下的无特异性扩增。
温度递减引物在底物富含的PCR反应中能够提高选择性和特异性。
3. 探针(Probe):与引物相比,探针是具有荧光标记、化学修饰等特殊功能的人工合成DNA或RNA序列。
探针能够与目标序列的特定区域发生互补配对,并用来检测特定的突变、基因表达水平、DNA甲基化等。
根据不同的检测技术和应用,探针包括荧光共振能量转移探针(FRET)、荧光素酶探针、MGB探针和Scorpion探针等。
探针广泛应用于定量PCR、FISH(荧光原位杂交)技术、癌症相关基因检测等领域。
4. MGB(Minor Groove Binding)引物:这是一种特殊的寡核苷酸引物,由寡核苷酸序列和溴分子内的小沟结合区构成。
MGB引物能够增强引物-目标DNA 间的互补性,从而提高PCR反应的特异性。
由于MGB引物具有更强的结合能力,所以在设计引物时可以使用较短的引物序列,从而降低引物间的杂交和非特异性扩增。
引物相关知识点总结
引物相关知识点总结引物的选择引物的选择是PCR反应成功的关键之一,引物的选择会直接影响到PCR的特异性、敏感性和扩增效果。
引物的选择主要需要考虑以下几个方面:1. 引物的特异性引物必须与靶标的序列完全互补,不能与非靶标的序列发生杂交扩增。
因此,在选择引物时需要对靶标进行充分的序列比对,确保引物的特异性。
2. 引物的长度引物通常为20-25个核苷酸长,长度不宜太长或太短。
太短的引物可能导致杂交扩增,太长的引物会降低PCR的特异性。
3. 引物的G-C含量引物的G-C含量应在40%-60%之间,过高或过低的G-C含量都会影响引物的特异性和PCR扩增效果。
4. 引物之间的互补性引物之间的互补性要尽量避免,避免引物自身发生二聚体或多聚体,影响PCR扩增效果。
5. 引物的位置引物要尽可能选择在靶标序列内部,避免位于重复序列或其他非特异性区域,以提高PCR扩增的特异性。
6. 引物的富集引物的富集需要考虑引物之间的位置分布,避免引物聚集在同一区域,导致PCR扩增的偏倚性。
引物的设计引物的设计是引物选择之后的关键步骤,合理的引物设计能够提高PCR扩增的特异性和效率。
引物的设计主要需要考虑以下几个方面:1. 引物的序列比对在进行引物设计之前,需要对靶标进行充分的序列比对,确保引物与靶标的序列完全互补,具有良好的特异性。
2. 引物的避免区域在引物的设计过程中需要避开重复序列、低复杂度序列和其他非特异性区域,避免影响PCR扩增的特异性。
3. 引物的长度和G-C含量引物的长度和G-C含量需要根据靶标的序列特点进行合理设计,确保引物的特异性和PCR 扩增效果。
4. 引物的末端设计引物的末端设计需要尽量避免形成二聚体或多聚体,确保引物的稳定性和特异性。
5. 引物的交叉检验设计好的引物需要进行交叉检验,确保引物的特异性和效率。
引物的应用引物在分子生物学和生物技术领域有着广泛的应用,主要包括PCR、原位杂交、序列分析等。
下面将分别介绍引物在这些实验中的应用。
引物注意事项
引物注意事项引物是分子生物学和遗传学研究中常用的一种技术工具,它们通常用于PCR、测序、杂交等实验中。
选择合适的引物对于实验结果的准确性以及实验效率都有着非常重要的影响。
因此,在使用引物时,需要注意以下几点事项:1. 引物设计:在选择引物时,需要根据所需扩增的目标基因序列来设计引物。
引物应该具有较高的特异性,即只与目标基因序列特异性结合,而不与其他非特异性序列结合。
同时,引物的长度和GC含量也需要根据实验需要进行合理设计,一般引物长度在18-25个碱基对之间,GC含量在40%-60%之间比较适合。
2. 引物纯度:引物的纯度对扩增反应的效果有着直接的影响。
在购买引物时,需要选择质量可靠的生产商,并确认引物的纯度和质量,并进行必要的质检,确保引物的质量符合实验要求。
另外,在实验中使用引物前,也需要对引物进行适当的纯化处理,以确保引物的纯度。
3. 引物浓度:在实验操作中,需要根据实验要求调配合适浓度的引物溶液。
一般情况下,引物的浓度在10-100μM之间比较适合。
引物的浓度过高或过低都会影响PCR扩增的效果,因此需要根据实验需要进行合理的调整。
4. 引物储存:引物的储存条件对于引物的稳定性和活性有着重要的影响。
一般情况下,引物需要保存在干燥、阴凉、避光的条件下,避免长时间暴露在高温、阳光下。
另外,在制备引物溶液时,也需要避免多次冻融,以保证引物的稳定性。
5. 引物使用量:在实验中使用引物时,需要根据实验要求合理确定引物的使用量。
一般情况下,引物的使用量会影响到扩增效果和实验成本,因此需要在实验前对引物的使用量进行合理估计和计算,以确保实验的顺利进行。
6. 引物的合成:在一些特殊实验中,有时需要对引物进行修饰或合成,以满足实验的特殊要求。
在这种情况下,需要选择合适的引物合成技术和合成商,确保引物合成的质量和效果达到实验要求。
总之,引物在分子生物学和遗传学研究中起着非常重要的作用,选择合适的引物并注意引物的质量、纯度、浓度、储存和使用等方面的事项,对于实验结果的准确性和稳定性有着重要的影响,因此在使用引物时需要特别注意以上事项,以确保实验的顺利进行和结果的准确性。
选修三生物引物知识点总结
选修三生物引物知识点总结选修三生物引物知识点总结引物是生物技术中常用的试剂,用于在DNA分离和复制过程中的特定位置进行放大,并在许多实验中起着关键作用。
选修三生物引物是生物学专业的重要课程之一,掌握这门课程的知识对于培养学生的实验技能和科学素养至关重要。
在本文中,将总结选修三生物引物的相关知识点。
一、引物的基础知识1. 引物的定义和功能:引物是一种通过与目标DNA序列特异性结合来引导DNA复制或扩增的寡核苷酸序列。
在PCR(多聚酶链反应)和其他分子生物学技术中,引物通常用于放大特定基因片段。
2. 引物的设计原则:引物设计的原则包括长度、碱基组成、GC含量、熔解温度等方面。
引物的长度通常在18-30个碱基对之间,碱基组成需要避免多聚基和寡聚基出现。
GC含量的选择要合适,一般在40-60%之间,以保证引物的稳定性。
熔解温度是指引物序列的两条链在PCR反应的温度条件下解离的温度,合适的熔解温度有利于引物与目标序列的特异性结合。
二、引物的合成和净化1. 引物的合成方法:引物的合成通常采用化学合成的方法,通过连接单个的核苷酸单元来逐渐构建出完整的引物序列。
合成的引物需要经过全面的质量控制,包括引物长度的确认、浓度的测定等。
2. 引物的净化方法:引物的净化是为了去除合成过程中的杂质和未反应的核苷酸单元,常用的方法包括乙醇沉淀法、凝胶过滤法、离心柱纯化法等。
净化后的引物应该是纯净、有效的,以保证后续实验的可靠性。
三、引物的特异性检测1. 引物的特异性检测方法:引物的特异性检测是为了避免引物和非特异性位点结合,常用的方法包括BLAST分析、体外扩增反应、限制性内切酶切割等。
这些方法可以帮助确定引物与目标序列之间的特异性,并排除可能的假阳性结果。
2. 引物的检测指标:引物的特异性检测可以从多个方面进行评估,包括扩增效率、特异性扩增产物的长度、熔解曲线和DNA浓度等。
检测指标的合格与否直接影响引物的质量以及实验结果的准确性。
引物设计知识点归纳总结
引物设计知识点归纳总结引物设计是生物学和生物技术领域中非常重要的一个环节。
在分子生物学研究、基因工程、医学诊断、疾病预防等方面,引物设计都起着至关重要的作用。
引物设计的好坏直接影响到PCR扩增、序列特异性分析、RNA干扰、原位杂交、基因克隆等实验的效果和结果。
因此,深入理解引物设计的相关知识点对于提高实验效率和结果的可靠性非常重要。
本文将介绍引物设计的相关知识点,并对其进行归纳总结。
1. 引物设计的基本原则引物是在分子生物学实验中用于对特定DNA或RNA序列进行扩增、检测或特异性结合的人工合成的寡核苷酸序列。
设计好的引物对于实验的成功至关重要,而引物设计的基本原则包括:(1) 引物长度:引物长度一般在18-25碱基对之间,过短的引物可能导致扩增效率低,而过长的引物可能导致特异性差。
(2) GC含量:引物的GC含量应该在40%-60%之间,过高或过低的GC含量会影响引物的结合性能和特异性。
(3) 引物序列选择:引物的序列选择要尽量避免重复序列、近似重复序列和具有高度变异性的区域。
(4) 引物特异性:引物的特异性是指引物能够与目标序列特异性结合,而不结合其他非特异序列,引物特异性的好坏直接影响到实验结果的准确性和可靠性。
2. 引物设计的常见问题及解决方法在引物设计过程中,常常会遇到一些常见问题,例如引物特异性不足、引物二聚体形成、引物偏向性扩增等问题。
针对这些问题,有一些解决方法可以参考:(1) 引物特异性不足:可以通过生物信息软件对引物进行预测和评估,合理选择引物序列,避免与非特异序列发生交叉杂交。
(2) 引物二聚体形成:引物二聚体是指引物之间相互结合形成二聚体,导致引物的扩增效率降低。
可以通过调整引物长度和序列,以及优化PCR扩增条件来避免引物二聚体的形成。
(3) 引物偏向性扩增:引物偏向性扩增是指引物对特定序列的扩增效率高于其他序列,可以通过优化PCR扩增条件,如调整引物浓度、反应体系等来解决。
引物设计涉及的知识点
引物设计涉及的知识点引物设计是分子生物学和遗传学研究中的重要环节,它涉及到多个知识点和技术原理。
本文将系统地介绍引物设计所涉及的主要知识点,以帮助读者更好地理解和应用这一技术。
一、引物设计的基本原理在介绍引物设计涉及的具体知识点之前,我们先来了解一下引物设计的基本原理。
引物是DNA或RNA序列的一段寡聚核苷酸链,它具有与目标序列特异性互补的碱基配对能力。
引物设计的目的是在目标DNA或RNA序列上选择适当的引物,以确定需要扩增或检测的目标序列。
二、引物设计所涉及的知识点1. 碱基配对规则在引物设计中,了解DNA和RNA的碱基配对规则是必不可少的知识点。
DNA的碱基有腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)四种,而RNA的碱基则将胸腺嘧啶(T)替换为尿嘧啶(U)。
根据碱基配对规则,A与T(或U)之间形成两个氢键,G与C之间形成三个氢键。
在引物设计中,准确把握碱基配对规则有助于合成特异性强的引物。
2. 目标序列的选择引物设计的首要任务是选择需要扩增或检测的目标序列。
在选择目标序列时,考虑到扩增效率和特异性,应优先选择长度适中(100-1000 bp)且具有一定GC含量的目标序列。
此外,还应避免选择含有较长重复序列或自身互补区域的目标序列,以避免引物间的非特异性结合。
3. 引物长度和GC含量的确定引物的长度和GC含量会直接影响引物的特异性和扩增效率。
一般来说,较短的引物(18-25 bp)具有较高的特异性和扩增效率,但在某些特殊情况下,如设计用于检测稀有突变的引物时,可以适当增加引物长度。
此外,引物的GC含量应在40%-60%之间,以保证引物和目标序列之间的热力学性质相近。
4. 引物的特异性评估在引物设计过程中,需要对设计的引物进行特异性评估,以确保其只与目标序列特异性结合。
常用的特异性评估方法包括BLAST分析和引物二聚体分析。
BLAST分析可以用于检查引物是否与非特定目标序列部分互补,而引物二聚体分析可以评估引物与自身及其他引物之间的非特异性结合情况。
引物的作用及概念高中
引物的作用及概念高中引物是指一段文字、一句诗句、一喻体比喻或一听说事例,用以开篇引起读者阅读兴趣、形成思考或引出文章主题的手法。
在作文中,引物的作用是为了吸引读者的注意力,激发读者对主题的兴趣,使读者产生情感共鸣,增强文章的说服力和艺术性。
引物的使用需要注意选择合适的材料内容和合理的运用方式,以达到更好的效果。
首先,引物具有启发思考的作用。
引物常常是一些富有哲理、含有隐喻或寓意的文字,它们可以引起读者对于主题的思考。
通过引物,读者可以在读到文章之初便被激发了思考,促使其深入思考所要讲述的事物或问题,展开一场心灵上的旅行。
这样,就能引导读者产生对文章主题本质的深入思考,达到引导读者思考的目的。
其次,引物具有传递文化和历史背景的作用。
引物常常使用古诗词、名言警句、典故等,这些引物往往是历史长河中的珍贵遗产,具有深厚的文化内涵和鲜明的历史背景。
通过引用这些具有文化积淀的引物,可以使作文在语言上更加优美,增强作文的文学性和艺术性。
同时,这也是传承历史文化的有效方式,可以让读者了解历史事件、名人事迹和文学艺术作品,提高他们对文化传统的认知和尊重。
再次,引物可以引起读者的共鸣和情感反应。
引物往往通过虚构情境、描写人物形象或讲述真实故事,使读者与引物中的人物产生情感共鸣。
当读者在引物中体验到认同、悲伤、愤怒、欣赏等情感时,会更深层次地理解和感受文章的主题。
同时,这种情感反应也能提高读者对文章的信任感和记忆力,使文章更加生动有力,增强说服力。
最后,引物还可以起到引出文章主题的作用。
引物往往与文章主题有着内在的联系,通过引物的引导,读者可以顺利进入文章的主题领域,理解作者想要传达的思想和观点。
在引物引导下,读者能够迅速找到与自身经验相通的点,从而更好地理解和阐发文章的主题。
通过恰当的引物使用,可以为文章搭建起引人入胜、情感饱满的开篇场景,为文章的发展打下坚实的基础。
需要注意的是,引物的使用需要有度,不能过多或过少,应根据文章要表达的思想和情感选择合适的引物。
引物相关知识点总结大全
引物相关知识点总结大全一、引物的概念引物是指用于核酸杂交、PCR、定量PCR、DNA测序以及RNA分子的反向转录(RT)等实验技术中的一种短链DNA或RNA,通常是15-30个核苷酸的长度。
引物的主要作用是与目标序列中的互补序列形成双链结构,从而引发特定的生物学反应。
在实验室中,引物通常由合成核酸技术制备而成。
二、引物的分类根据引物作用的目标序列不同,引物可分为DNA引物和RNA引物两种。
DNA引物主要用于PCR、序列特异性分析等实验中,而RNA引物则主要用于RT-PCR等实验技术中。
根据引物的长度和作用位置不同,引物可以分为引导引物和扩增引物。
引导引物通常用于核酸杂交、PCR等实验中,用于可选择的结合目标序列,一般长度为15-30个碱基。
扩增引物则主要用于PCR实验中,其长度和序列将直接影响到PCR扩增的结果。
三、引物的设计原则1. 引物的互补性:DNA引物或RNA引物与待扩增的目标序列的互补性是引物设计的基本原则,引物与目标序列要求完全互补,并且在同一温度下具有相似的Tm值。
2. 避免引物二聚体和含量:引物的设计应避免引物自身的二聚体和寡聚体的产生,并且要避免引物的富含量,以提高PCR扩增的效率和特异性。
3. 引物的特异性:引物的设计要求尽量确保引物特异性,即引物只与目标序列特异性结合,不与其他非靶标序列结合。
4. 引物长度和GC含量:引物的长度和GC含量对PCR扩增的特异性和效率有一定的影响,一般长度在18-25个碱基,GC含量在40-60%之间。
5. 引物的5’端末修饰:引物的5’端末修饰,如磷酸化和生物素化等,可以增强引物与酶和材料的连接性和稳定性。
四、引物的应用引物作为实验室技术中的重要工具,在许多生物学实验中都扮演着重要的角色。
其主要应用包括:1. PCR扩增:PCR扩增是引物最常见的应用之一,引物特异性与目标序列的互补性可以实现PCR扩增特定基因或序列。
2. DNA测序:引物也常用于DNA测序技术中,引物和DNA降解酶一起作用可以在酶刻蚀DNA链的末端,并且通过引物的特异性与酶反应的DNA片段在随后的扩增和测序中得到全面和特异性的测序结果。
引物设计知识点归纳
引物设计知识点归纳引物设计是分子生物学研究中的重要环节,它直接影响到PCR扩增反应的效果和准确性。
对于进行引物设计的研究人员来说,掌握相关的知识点非常重要。
本文将对引物设计的相关知识进行归纳总结,以帮助读者更好地理解和应用。
一、引物的选择1. 引物长度:引物通常由18-25个碱基组成,长度不宜过短也不宜过长。
过短的引物可能导致非特异性扩增,过长的引物则可能影响扩增效率。
2. Tm值:引物的熔解温度(Tm)是指引物与目标序列杂交时熔解的温度。
Tm值的选择应使引物在PCR反应温度下能够与目标序列准确结合。
3. 引物碱基组成:引物的碱基组成应均衡分布,避免多个相邻碱基相同或相似的情况,以防止非特异性扩增的发生。
4. GC含量:引物中的GC含量影响其稳定性和特异性。
一般而言,GC含量在40-60%之间效果较好。
5. 避免互补:引物之间应避免出现互补的情况,以免形成二聚体或产生非特异性扩增。
二、引物设计工具1. Primer3:Primer3是一个常用的引物设计工具,提供了包括引物长度、Tm值和GC含量等参数的设定。
2. OligoAnalyzer:OligoAnalyzer是一款用于计算引物Tm值的工具,可以通过输入引物序列来预测其熔解温度。
3. BLAST:BLAST是一种用于在数据库中搜索引物靶点的工具,可以帮助判断引物的特异性。
4. UCSC in silico PCR:UCSC in silico PCR是一个在线工具,可以通过输入引物序列和目标序列来模拟PCR反应,判断引物的效果和特异性。
三、引物设计的注意事项1. 避免引物间二聚体:引物之间的互补性可能导致二聚体的形成,影响PCR反应的特异性和效果。
使用引物设计工具进行分析,避免引物间的互补性。
2. 引物特异性:引物应具有良好的特异性,即只与目标序列匹配,不与非目标序列杂交。
3. 引物位置选择:引物的选择应尽量位于目标序列的保守区域,以提高特异性和稳定性。
引物的应用常识
引物的应用常识引物的原理引物是短的寡核苷酸片段,充当DNA复制的起点。
因为几乎所有DNA聚合酶都不能从头合成,所以它们需要一个3’-羟基作为DNA合成的起始点。
这个3’-羟基由相配的引物提供。
在体内,由于DNA聚合酶的忠实性,不能从头合成DNA,因此只能由RNA聚合酶(称为引物酶)生成,采用RNA引物来延伸,在延伸过程中,RNA引物降解并由DNA取代。
在体外PCR反应中所用到的DNA引物,是根据不同的要求及模板序列设计,然后用化学法人工合成的,与模板形成双链后在DNA聚合酶的作用下就可以继续链的延伸;对于大多数PCR反应,决定整个反应成功与否的最重要因素是引物的序列和质量。
1. 不同实验要求的引物选择在开始设计引物之前,必须弄清以下几点:(1)明确PCR的目的(例如克隆、SNP检测、定量检测等)(2)确定样品材料(基因组DNA、RNA、微小RNA)(3)确定PCR的类型(普通的、定量PCR、RT-PCR、长片段PCR),在查找序列的时候还需要考虑可能存在的问题(如假基因等)2.引物设计的重要因素有一些不同的软件工具可用于引物设计和引物分析。
引物设计的软件如Oligo 6.22 ,Premier 5.0,Primer Express 3。
引物分析常用Primer 5,Oligo 6.22,Primer-Blast。
目前生工生物给客户提供的引物设计服务引物用的是在线软件Primer 3 plus,•引物长度和专一性常见的引物长度为18-30个碱基。
短的引物(≤15碱基)能非常高效地结合, 但是它们的专一性不够。
较长的引物能提高专一性,然而退火效率低,从而导致PCR产量低下。
同时应避免编码单一序列和重复序列的引物。
•平衡GC含量,避免GC-和AT-富集区域引物的GC含量应介于40%~60%之间。
应避免聚-(dC)-或聚(dG)-区域,因为它们会降低退火反应的专一性。
聚-(dA)-和聚(dT)-也应避免,因为这样会形成不稳定的引物-模板复合物,从而降低扩增效率。
引物的作用
引物的作用引物是一篇文章开头的一段话,用来吸引读者的兴趣,引导读者进入文章的主题。
引物的作用主要体现在以下几个方面:一、引起读者的兴趣引物作为文章的开头,其目的就是要吸引读者的注意力,激发读者的兴趣,使其对文章产生浓厚的阅读兴趣。
通过巧妙的引语、生动的描述、或是引发读者的思考等方式,引物可以以各种形式在开头处突显文章的主题,并且使读者对该主题感到兴趣,从而激发读者继续阅读下去的愿望。
二、盘活文章的内容引物可以起到盘活文章内容的作用。
有时候,一篇文章的主题并不是特别容易引起读者的兴趣,或是内容较为晦涩难懂,而通过一个引人入胜的引物可以使文章内容更加贴近读者的心理需求,使之变得更加活泼有趣。
引物可以将抽象的话题具体化、形象化,从而使读者更容易理解和接受文章的主题,从而更加愿意继续阅读下去。
三、引导读者进入文章主题引物还具有引导读者进入文章主题的作用。
作为文章的开头,引物不仅仅是为了吸引读者的兴趣,更是为了概括文章的核心思想,引导读者进入文章的主题。
引物可以通过对问题的提出、对现象的描述、对故事的讲述等方式,将读者的注意力引导至文章的主题,使其进入到文章的讨论和论证之中,从而更好地理解和把握文章的内容。
四、塑造文章的氛围引物还可以用来塑造文章的氛围。
通过巧妙地选择引物的语言风格和表达方式,可以使文章产生一种独特的情感色彩,从而给读者带来特定的阅读体验。
比如,在描述一个动人的故事时,通过引物的抒情与叙述,可以在读者心里激起一种强烈的共鸣和感动;或者在描述一个值得关注的社会问题时,通过引物的逻辑缜密与冷静客观,可以使读者更加理性地思考和思辨。
通过巧妙运用引物来塑造氛围,可以让文章产生更加深远的影响力和感染力。
综上所述,引物在文章开头的位置起着至关重要的作用。
它不仅仅是为了吸引读者的注意力和兴趣,更是为了盘活文章的内容、引导读者进入文章的主题,塑造文章的氛围等多种作用。
一个优秀的引物能够使读者直接和文章发生联系,进而激发读者的阅读兴趣和阅读欲望,促使读者持续阅读下去,从而达到更好的交流和传播效果。
通用引物资料
通用引物通用引物是在分子生物学和遗传学领域中经常使用的一种工具。
它是一种短小的DNA或RNA片段,能够与目标DNA序列的特定区域结合,从而在PCR扩增、测序等实验中起到引导作用。
通过合成设计,通用引物可以用于不同物种的基因组,进行多种特定基因片段的扩增。
这些引物可以广泛应用于DNA重组、基因检测、突变分析、基因定位等多个领域。
通用引物的作用1.PCR扩增:通用引物在PCR扩增中起到引导作用,使目标DNA片段能够快速地被扩增,进而进行后续实验分析。
2.测序:通用引物可以作为测序反应中的引物,帮助确定目标DNA片段的序列,为遗传学研究提供重要数据支持。
3.基因定位:通过设计匹配目标基因的通用引物,可以在基因组中精确定位目标基因,有利于研究基因与表型的关系。
通用引物的设计通用引物的设计需要考虑以下几个方面:•引物长度:通用引物的长度通常在18-25bp之间,适当长度可提高引物的特异性。
•碱基配对:引物的碱基序列应该根据目标序列的碱基组成相对稳定,以确保引物能够特异性地结合目标DNA。
•Tm值:通用引物的退火温度(Tm)应该在50-65摄氏度之间,以保证PCR反应顺利进行。
•GC含量:引物的GC含量应该在40%-60%之间,有利于提高引物的特异性。
通用引物的应用范围通用引物的应用范围非常广泛,涉及到许多领域:•医学领域:通用引物可以应用于遗传疾病的检测和诊断,对疾病的预防和治疗起到重要作用。
•农业领域:通用引物可以用于农作物的新品种选育、疾病抗性基因鉴定等方面,帮助提高农产品质量和产量。
•生态学研究:通用引物可以用于研究生物多样性、物种鉴定和环境污染的监测等领域,为环境保护和生态平衡提供支持。
结语通用引物作为一种重要的分子生物学工具,在科研和实践中发挥着不可替代的作用。
通过合理设计和应用,通用引物可以帮助研究人员更好地理解基因组学、遗传变异和进化等重要生物学问题,推动科学研究的进步和创新。
随着技术的不断完善和发展,通用引物将继续在生命科学领域中发挥着重要作用,为人类社会的可持续发展和进步做出贡献。
pcr引物知识点总结
pcr引物知识点总结引言聚合酶链式反应(PCR)是一种用于在体外合成DNA的技术。
PCR可以在短时间内扩增一小段DNA序列,从而产生大量的特定DNA片段。
PCR引物是PCR反应中不可或缺的组成部分,是在PCR反应中实现特异性扩增的关键因素。
本文将从引物的设计原则、引物的性质、引物的应用以及引物的优化等方面对PCR引物知识点进行总结。
一、引物的设计原则1. 引物长度PCR引物的长度通常在18-30个碱基对之间,推荐引物长度为20-25个碱基对。
过短的引物可能无法很好地与靶序列结合,导致扩增效率低;过长的引物会增加引物与非特异性模板的结合可能性,降低扩增的特异性。
2. 引物GC含量引物的GC含量应在40-60%之间,这样有利于引物与靶序列的稳定结合。
高GC含量可提高引物与靶序列的结合力,但也会增加引物与非特异性模板的结合可能性。
低GC含量的引物则可能导致与靶序列的结合力过低,影响扩增效率。
3. 引物的Tm值引物的Tm值是引物与靶序列结合时形成双链DNA的温度。
引物的Tm值应该尽量接近反应的最优温度,通常在50-65°C之间。
过高或过低的Tm值都会导致引物与靶序列的结合不稳定,影响PCR扩增效率。
4. 引物的特异性引物的特异性是指引物与靶序列结合的特异性。
引物在设计时要尽量避免与非靶序列的相似区域结合,避免产生假阳性结果。
为了保证引物的特异性,可以利用生物信息学工具对引物进行序列比对,确保引物只与目标序列结合。
5. 引物的配对引物的配对是指两个引物在PCR反应中共同引物化。
引物之间的相互作用应遵循一定的配对规则,避免引物之间的二聚体或引物之间的互相结合,影响PCR反应的效率和特异性。
二、引物的性质1. 引物的结构PCR引物通常为单链DNA,包括前向引物和反向引物。
前向引物是与靶序列的5'端相对应的引物,反向引物是与靶序列的3'端相对应的引物。
引物的设计需遵循前向引物与反向引物相互配对的原则,确保引物在PCR反应中的特异性与效率。
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引物的应用常识引物的原理引物是短的寡核苷酸片段,充当DNA复制的起点。
因为几乎所有DNA聚合酶都不能从头合成,所以它们需要一个3’-羟基作为DNA合成的起始点。
这个3’-羟基由相配的引物提供。
在体内,由于DNA聚合酶的忠实性,不能从头合成DNA,因此只能由RNA聚合酶(称为引物酶)生成,采用RNA引物来延伸,在延伸过程中,RNA引物降解并由DNA取代。
在体外PCR反应中所用到的DNA引物,是根据不同的要求及模板序列设计,然后用化学法人工合成的,与模板形成双链后在DNA聚合酶的作用下就可以继续链的延伸;对于大多数PCR反应,决定整个反应成功与否的最重要因素是引物的序列和质量。
1. 不同实验要求的引物选择在开始设计引物之前,必须弄清以下几点:(1)明确PCR的目的(例如克隆、SNP检测、定量检测等)(2)确定样品材料(基因组DNA、RNA、微小RNA)(3)确定PCR的类型(普通的、定量PCR、RT-PCR、长片段PCR),在查找序列的时候还需要考虑可能存在的问题(如假基因等)2.引物设计的重要因素有一些不同的软件工具可用于引物设计和引物分析。
引物设计的软件如Oligo 6.22 ,Premier 5.0,Primer Express 3。
引物分析常用Primer 5,Oligo 6.22,Primer-Blast。
目前生工生物给客户提供的引物设计服务引物用的是在线软件Primer 3 plus,•引物长度和专一性常见的引物长度为18-30个碱基。
短的引物(≤15碱基)能非常高效地结合, 但是它们的专一性不够。
较长的引物能提高专一性,然而退火效率低,从而导致PCR产量低下。
同时应避免编码单一序列和重复序列的引物。
•平衡GC含量,避免GC-和AT-富集区域引物的GC含量应介于40%~60%之间。
应避免聚-(dC)-或聚(dG)-区域,因为它们会降低退火反应的专一性。
聚-(dA)-和聚(dT)-也应避免,因为这样会形成不稳定的引物-模板复合物,从而降低扩增效率。
•3’-序列3’端为G-或C-核苷酸较好,因为能增加结合强度。
同时它将提高PCR效率,因为引物-模板符合物的开放将达到最小。
但是,超过3个G/C碱基将会具有负面效果,因为会降低反应的专一性。
•避免互补的引物序列引物设计应避免引物自身序列的互补性超过3个碱基。
因为这容易使引物形成自身发夹结构。
上下游引物之间的互补配对也应避免,尤其在作为扩增起始点和关键区域的3’端。
因为这将导致强引物二聚体形成,后者将与所需要的PCR反应竞争资源,导致PCR效率降低,在极端情况下,甚至导致完全无特异性目的产物生成。
•退火温度是基于引物的解链温度(Tm)------计算方法。
最常用的解链温度计算公式如下三种:“2+4”法则,亦称华莱士法则,对于14个碱基以下引物有效,另外,还有GC法则,适用于长于13个碱基的序列,这两种方法都相对不准确。
“盐调整”法相对准确一些,考虑到了反应缓冲液中的中的Na+离子浓度(50 mM Na+ ,pH 7.0)。
但是不管根据哪种方法计算出的解链温度,都可用于估算最佳退火温度,也都仅作为实验参考温度。
引物使用的常见问题:Q-1:OD值的概念?A-1: OD是optical delnsity(光密度)的缩写,表示被检测物吸收掉的光密度,OD=1og(1/trans),其中trans为检测物的透光值。
吸光度(absorbance),是指光线通过溶液或某一物质前的入射光强度与该光线通过溶液或物质后的透射光强度比值的对数,影响它的因素有溶剂、浓度、温度等等,吸光系数与入射光的波长以及被光通过的物质有关。
只要光的波长被固定下来,同一种物质,吸光系数就不变。
引物是以OD260值来计量的。
在1ml的1cm光程标准石英比色皿中,260nm波长下吸光度为1的引物溶液定义为1 OD260。
虽然对于每种特定的寡核苷酸来说,其碱基的组成不尽相同,但1 OD260 引物的重量约为33ug,每个碱基的平均分子量约为330 Da。
因此合成的引物摩尔数可按以下公式近似计算:摩尔数(mol) = [OD值*33]/[碱基数*330] = 0.1* [OD值/碱基数]。
Q-2:需要合成多少OD的引物?A-2: 一般来说,20BP 2 OD引物可以做400-500次50ul标准PCR反应,以及2000~2500 次的测序反应。
因此,2 OD 的DNA 量足以进行一般的实验工作。
如果是做基因拼接或退火后做连接,1 OD就足够了,无论是PAGE 纯化,还是HPLC 纯化,增大每次的纯化量会大大降低制品的纯度。
为了保证制品质量,我们一般把每次的纯化量控制在 2 OD 左右。
Q-3:如何测定引物的OD值?A-3: DNA的量与260nm处的吸光度值(OD值)成正比,因此使用紫外分光光度计定量是最科学的,测定时溶液的光密度最好稀释到0.2-1.0之间。
进行OD值测定时,分光光度计上显示的数值为每毫升溶液中的OD值。
例如:您拿到一管引物DNA干粉,用1ml水溶解成母液。
取该母液50μL稀释成1ml,在1ml标准比色杯中测定其吸光度为0.25,说明该50μL中含有0.25OD 的DNA,也即说明原来1ml母液中含有5OD的DNA。
Q-4:最长可以合成多长的引物?A-4:引物越长,出现问题的概率就越大。
除非需要,建议合成片段长度不要超过80碱基,如果您的实验需要,我们可以接受110 碱基以下的订单。
Q-5:为什么引物的OD260/OD280小于1.5 ?Q-5:引物应该全是DNA,但是OD260/OD280的比值为什么那么低,怎么会有蛋白质污染?引物化学合成,哪里有机会污染到蛋白质?需要指出的是OD260/OD280的比值不能用来衡量引物的纯度。
OD260/OD280的比值过低一般是由于引物中C/T 的含量比较高所致。
下表是一个20碱基同聚体引物的OD260/OD280的比值,清楚表明OD260/OD280的比值与引物的碱基组成密切相关。
Q-6:否根据引物电泳后EB染色后条带的亮度对合成的引物进行定量?A-6: 不能,EB是通过嵌入到核酸的双螺旋间而使其着色的。
合成的DNA分子为单链,只有通过自身回折形成局部发夹环结构或链间形成部分双螺旋结构,才能被EB染色。
由于不同引物的序列不同,形成双螺旋的能力不同,因此染色能力不尽相同,也就不能根据EB染色带的亮度来对合成的DNA进行定量。
建议用紫外分光光度计的方法如上面题Q-3中的方法.Q-7:引物定量不准的可能原因有:我们偶尔收到用户投诉定量不准的报告,出现这种情况的可能性有:(1)生产人员定量错误。
这种可能性有,但是不大,因为我们的生产人员都是经过严格的培训,程序化规范操作和换算。
公司内部的考核机制也使得分装人员没有必要故意少给用户OD数。
(2)引物抽干或收样过程中,引物干粉可能意外丢失。
这种情况很少见。
(3)系统误差,我们认为10%左右为允许误差。
使用过程中,引物工作浓度范围很宽,定量上的少许偏差不影响实验。
(4)用户没有能够正确理解引物OD数的含义,没有能够正确使用分光光度计,特别是使用微量测定;或者用户没有将OD读数,正确地转换成母液中的OD数。
这种情况比较常见。
(5)用户收到引物干粉时,打开引物管盖前没有离心或其他误操作导致引物干粉部分丢失。
Q-8: 用3%的琼琼脂糖凝胶电泳合成的引物,为什么有很多条带?Q-8: 引物是单链DNA ,容易形成复杂的立体结构,因此进行琼脂糖电泳时,容易出现多条泳带(更不能用琼脂糖电泳来进行定量了)。
Oligo DNA 的电泳一定要使用变性PAGE 电泳,琼脂糖电泳对于小单链的DNA引物的区分度不够。
而且,用荧光TLC板在紫外灯下观察,在主带之下没有杂带,说明纯度是好的。
如果条件许可,也可以用银染方式染色。
Q-9:引物溶解后发现有少许沉淀,会影响实验结果吗?A-9:DNA制品使用C18柱进行吸附,偶而会有微量的树脂溢出而进入制品。
树脂不影响任何反应结果,请稍许离心后取上清使用即可。
Q-10:琼脂糖电泳时,长度完全一样的Oligo DNA 为什么泳带不在同一位置?A-10:A 、G 、C 、T 的组份不同,电泳速度不同;DNA 的立体结构不同,电泳速度不同;Oligo DNA 越短时越容易发生,长链Oligo DNA 之间差别较小Q-11:合成引物的5’和3’ 末端有磷酸基团吗?Q-11: 5’ 和3’端均为- OH 基。
如需要加磷酸基团,订货时请特别注明,此时需收取磷酸化的费用。
Q-12:端的PCR 产物难以克隆,为什么?A-12: 由于一般的PCR 用引物的5末端都没有P ,因此,扩增后的PCR 产物的5末端也没有P 。
当克隆于去磷酸化的末端平滑载体时,无法克隆进去;而当克隆于非去磷酸化的末端平滑载体时,背景会极高。
此时请对PCR 产物的5端进行磷酸(P) 化处理。
Q-13: 如何溶解并保存引物?Q-13: 客户收到的引物干粉,经过一系列处理和纯化步骤,旋转干燥而成片状物质。
干燥的引物在常温至少可以稳定存放二周以上不会降解,由于干燥后的引物质地非常疏松,开盖前最好在3000-4000转/分的转速下离心1分钟,防止开盖时引物散失。
我们的的合成报告单给出了每OD 引物稀释为100μmol/L(即100pmol/ul)浓度的加水量,您可以根椐您的实验需要加入适量的灭菌的双蒸水或10mM TE缓冲液(PH 7.5-8.0),室温放置几分钟,上下颠倒混匀后分装成小份放-20℃冰箱储存。
如果对实验的重复性要求较高,合成的OD数较大,建议分装,避免反复冻融。
修饰荧光引物需要避光保存。
Q-14: 如何将两条互补的单链退火形成双链?Q-14: 用退火缓冲液(10mM Tris, pH 7.5 - 8.0, 50mM NaCl, 1mM EDTA)溶解引物,退火的引物等摩尔数混合,总体积不要超过500微升,加热到95℃ 2mins,然后缓慢冷却至室温(低于30℃)即可。
退火的产物可以放在4℃待用。