蛋白质的高级结构
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• (6)最典型的-螺旋体存在于头发的角蛋白中
• (7)并且侧链基团的大小与性质对-螺旋体形成和稳 定有很大的影响.
• 肽链中氨基酸侧链R,分布在螺旋外侧,其形状、大 小及电荷影响α-螺旋的形成。酸性或碱性氨基酸集中 的区域,由于同电荷相斥,不利于α-螺旋形成;较大 的R(如苯丙氨酸、色氨酸、异亮氨酸)集中的区域,也 妨碍α-螺旋形成;脯氨酸因其α-碳原子位于五元环 上,不易扭转,加之它是亚氨基酸,不易形成氢键, 故不易形成上述α-螺旋;甘氨酸的R基为H,空间占 位很小,也会影响该处螺旋的稳定。
.胶原蛋白
二级结构的基本类型
• (5)无规线团(random coil )
• 非规则性的二级结构
• Pro及Gly 主要存在于无规线团中 • Met,Glu -螺旋体等形成的能力最强 • Val,Ile-折叠等形成的能力最强
3.2 超二级结构与结构域
• (1)超二级结构(supersecondary structure ) • 指若干相邻的二级结构中的构象单元彼
此相互作用,形成有规则的、在空间上 能辨认的二级结构组合体。 • 如 ; ; ; 。
• 超二级结构没有形成有功能的结构域
超二级结构与结构域
• (2).结构域(supersecondary structure) • 结构域是球状蛋白质的折叠单位。 • 指多肽链在超二级结构的基础上进一步
O
H
C
C
N
二面角 DIHEDRAL ANGLE
• 位于相临的2个肽平面相交位置上的C的肽链 上的2个单键( C-N) 、 ( C-C) 可以自 由旋转, 它们旋转的角度和方向就决定了相临 的2个肽平面在空间上的相对位置,因此这2个 可以旋转的构象角就叫二面角,分别用 ( C-N)和 ( C-C)表示。
蛋白质三级结构的形成
• A 一级结构决定高级结构 • (蛋白质的复性、蛋白质的人工合成研
究和蛋白质的生物合成) • B 多肽链的折叠机理 • 未折叠的蛋白质→成核→折叠→超二级
结构→凝聚→天然蛋白质
• C 手性效应对多肽链折叠的影响 • 在平行的-折叠体中,2条折叠股之间
的连接都是右手方向
• -折叠体中的折叠片总是向右手方向扭 曲,形成右手扭曲片层
3蛋白质的高级结构
• SECONDARY STRUCTURE) • super secondary structure /DOMAIN • tertiary structure • quaternary structure
3.1 SECONDARY STRUCTURE
• 二级结构的涵义
• 蛋白质多肽链主骨架中依靠氢键维持的 局部有规则的折叠和盘旋所形成的构象 状态
胶原蛋白的构象
维持蛋白质构象稳定的键力
CH2CO CH3
CH2
COO-
O C
S
二 硫 键
酯 键
疏 水 键
离 子 键
氢 键
CH2OH OH
CH2OH CO
氢 键
疏范 水得 键华
引
力
小结:球状蛋白分子结构的一般规律
•非键合原子之间的最小接触距离
C
N
O
H
C
0.30 0.28 0.27 0.22
N
0.26 0.26 0.22
O
0.26 0.22
H
0.19
+180° +90°
P C
R R
0° -90°
310 R
L
-180° -180° -90° 0°
+90° +180°
二级结构的基本类型
• (1)螺旋体 Helix • 依照螺旋的方向: • LEFT / RIGHT HANDED HELIX • 依照氢键形成的方式:
二级结构的基本类型
• (1)-螺旋 -Helix • (2) -折叠 -Pleated sheet • (3)U-转角 U-turn • (4)无规线团 Random coil • 其他:310-螺旋;-螺旋;三股螺旋
多肽链立体化学结构原理
• 多肽链、肽键与肽平面 • 二面角 • 拉氏(RAMACHANDRAN)构象图
•
膜蛋白质的特殊构象
• Membrane protein: • integral protein (内嵌蛋白) • peripheral protein(外在蛋白)
•
蛋白质的四级结构
• 四级结构(quaternary structure)的涵义 • 多个具有三级结构的多肽链按一定的方式结合
在一起所形成的更高层次的蛋白质的构象状态。 具有四级结构的蛋白质都含有2条或2条以上的 多肽链。其中具有独立三级结构的结构单元叫 做亚基(subunit)。 • 如血红蛋白等
绕曲折叠成紧密的近似球形的结构,并 具有相对独立的生物学功能。
补体结合位
抗原结 合位
Computer Modeling of Native BI-VI·Papain Complex
• Stem bromelain has about 40% identity with Papain in amino acid sequence
三级结构的特征
• (1)整个分子的构象呈近似球形,紧密结实, 内部仅有一个很小的空间。
• (2)亲水性氨基酸残基主要位于整个构象的 外侧。
• (3)疏水性氨基酸残基主要位于整个构象的 内侧。
• (4)三级结构的稳定主要依靠疏水键。 • (5)所有的三级结构中都包含一定比例的-
螺旋体-折叠体及无规线团等。
• Pro及Gly 不能够形成-螺旋体
• 带有相同电荷的氨基酸连续排列时也不 能够形成稳定的 -螺旋体
• 带有较大R基的氨基酸连续排列时也不能 够形成稳定的 -螺旋体
二级结构的基本类型
• (2) -折叠/ - PLEATED SHEET • Astbury等人曾对β-角蛋白进行X线衍射分析,
发现具有0.7nm的重复单位。如将毛发α-角蛋 白在湿热条件下拉伸,可拉长到原长二倍,这 种α-螺旋的X线衍射图可改变为与β-角蛋白 类似的衍射图。 • 说明β-角蛋白中的结构和α-螺旋拉长伸展后 结构相似。两段以上的这种折叠成锯齿状的肽 链,通过氢键相连而平行成片层状的结构称为 β-片层(β-pleated sheet)结构或称β-折迭, 如下图:
TRIPLE HELIX
• 三股螺旋/胶原蛋白(COLLAGEN HELIX) • 主要特征: • 包括3股左手螺旋的多肽链 • 3股左手螺旋的多肽链平行排列,相互绞合,
形成右手螺旋
• = -60° =+140°
• 在3股多肽链中,96%遵守(Gly-x-y)的规律, 其中x主要为Pro,y主要为羟脯氨酸
-螺旋体的基本特征
• (1)在-螺旋体中,多肽链象螺旋一样地盘旋存在
• (2)在-螺旋体中,3.6Aa/圈,5.4埃/圈;100°/Aa, 1.5埃/Aa。
• (3) -螺旋体的稳定主要依靠链内氢键,所有肽键 都参与氢键的形成,氢键的方向与螺旋体的轴向平行。
• H ………………...O
• N-[COCHRNH]3-C- 3.61 3 ;3.01 0;4.31 6
3.3 蛋白质的三级和四级结构
• . 三级结构的涵义
• 在二级结构或超二级结构的基础上多肽 链进一步折叠弯曲形成更高级近似外圆 中空的球形构象。
• 如肌红蛋白等。
The Structures of Proteins Determined
in Tanokura’ Lab (2002~2003)
• 某些蛋白质分子可进一步聚合成聚合体 (polymer)。
• 聚合体中的重复单位称为单体(monomer),聚 合体可按其中所含单体的数量不同而分为二聚 体、三聚体……寡聚体(oligomer)和多聚体 (polymer)而存在,
• 如胰岛素(insulin)在体内可形成二聚体及六聚 体。
蛋白质形成四级结构的优越性
• (4)平行的β-片层结构中,两个残基的间距为 0.65nm;反平行的β-片层结构,则间距为0.7nm。
• (5)典型的-折叠体存在于蚕丝的丝蛋白中。
(3)U/-TURN
• 蛋白质分子中,肽链经常会出现180°的 回折,在这种回折角处的构象就是β-转 角(β-turn或β-bend)。β-转角中,第一 个氨基酸残基的C=O与第四个残基的N 桯形成氢键,从而使结构稳定。如下图:
• 二面角( 和 )可以在0°~ ±180°范围内 变动。
• 顺时针旋转为正,分之为负;键两侧反式排列 为0°,键两侧顺式排列为180°
O
H
C
C
N
• 天然φψ角理论上360°转动自由度,实 际上由于氨基酸侧链的原子空间位阻而 使它们转动受到很大限制,所以多肽链 的一部分仅能采取数目有限的构象。
二级结构的基本类型
• (3)U/-TURN
N C
C H O
U-转角的特征
• (1)由4个连续的氨基酸组成 • (2)在整个构象中,主链骨架本身以大
约180度折叠,第一个氨基酸残基CO上 的O与第四个氨基酸残基NH上的H之间 形成氢键。
• 其他:-TURAN:由3个连续的氨基酸 组成
(4)三股螺旋
四级结构的特征
• (1)在蛋白质的四级结构中,一般每个多肽 链均以亚基的形式存在,亚基具有完整的三级 结构。
• (2)四级结构的稳定主要依靠亚基之间的疏 水键、氢键、离子键等次级键力。
• (3)亚基可以是相同的,也可以是不同的。 • (4)亚基的数目一般是双数的,并且以2或4
个亚基为最多。
• 一种蛋白质中,亚基结构可以相同,也可不同。
• 相邻两圈螺旋之间借肽键中C=O和H桸形成许多链内 氢健,即每一个氨基酸残基中的NH和前面相隔三个残 基的C=O之间形成氢键,这是稳定α-螺旋的主要键。
• (4) -螺旋体有右手螺旋与左手螺旋之分; 右手螺旋二面角为 = -57° = -47°;右手螺 旋二面角为 = 64° = 42°
• (5)螺旋的中心部分几乎是空心的,氨基酸 残基的侧链基团位于螺旋的外侧
-折叠体的结构特征
• (1)在-折叠体中,肽链处于较伸展的状态,3.5埃 /Aa
• (2) -折叠体的稳定主要依靠链间氢键,所有肽键都 参与氢键的形成,氢键的方向与螺旋体的轴向垂直。
• (3) -折叠体分平行与反平行式2种。它们的二面角 分别为 = -119° =+113°; = -139° =+135° ;
• 如烟草斑纹病毒的外壳蛋白是由2200个相同的亚基形 成的多聚体;
• 正常血红蛋白是两个α亚基与两个β亚基形成的四聚体;
• 天冬氨酸氨甲酰基转移酶由六个调节亚基与六个催化 亚基组成。
• 有人将具有全套不同亚基的最小单位称为原聚体 (protomer),
• 如一个催化亚基与一个调节亚基结合成天冬氨酸氨甲 酰基转移酶的原聚体。
• 结构更加复杂,便于执行复杂的功能。如光合 作用中的二磷酸核酮糖羧化酶有8个大亚基和8 个小亚基,可固定空气中的二氧化碳。
• 可以通过亚基之间的相互作用,实现酶活性的 调节。(调节亚基/催化亚基)
• 四级结构可以把中间代谢中的相关酶集合在一 起,以提高 催化效率。如丙酮酸脱氢酶系(托 羧、转乙酰基、脱氢)。
原卟啉
血红素
血红素中铁 与亚基和氧 的结合
• 蛋白质分子中疏水性AA残基所占的比例 >30%时,它在物理上已不可能形成一种 能将所有的非级性残基埋藏在内部的结 构,所以可能在表面存在疏水性小区, 而相邻单体小区间相互作用(H键,静电 相互作用力)导致形成寡聚体。
• 许多食品蛋白质,尤其是谷类蛋白质, 以不同多肽链构成寡聚体形式存在的
• 有为单位平面几何形状的扭曲或伸展和 变曲会导致分子自由能上升,所以多肽 链的折叠必须避免键长和键角的变形。
拉氏(RAMACHANDRAN) 构象图
• 二面角决定多肽链主链骨架的构象,构 象随二面角的改变而变化。
• 但一些二面角所形成的构象状态是不能 被允许的
• 影响二面角变动的因素主要有2点: • (1)R基侧链基团的大小与性质 • (2)非键合原子之间的最小接触距离
• -系螺旋(3n+4): -螺旋/3.61 3 ; 310螺旋/3.01 0; -螺旋/4.31 6
• -系螺旋(3n+5): -螺旋/ 5.11 7
• Pauling等人对α-角蛋白(α-keratin)进行 了X线衍射分析,从衍射图中看到有 0.5~0.55nm的重复单位,故推测蛋白质 分子中有重复性结构,并认为这种重复 性结构为α-螺旋(α-helix)见下图:
• (7)并且侧链基团的大小与性质对-螺旋体形成和稳 定有很大的影响.
• 肽链中氨基酸侧链R,分布在螺旋外侧,其形状、大 小及电荷影响α-螺旋的形成。酸性或碱性氨基酸集中 的区域,由于同电荷相斥,不利于α-螺旋形成;较大 的R(如苯丙氨酸、色氨酸、异亮氨酸)集中的区域,也 妨碍α-螺旋形成;脯氨酸因其α-碳原子位于五元环 上,不易扭转,加之它是亚氨基酸,不易形成氢键, 故不易形成上述α-螺旋;甘氨酸的R基为H,空间占 位很小,也会影响该处螺旋的稳定。
.胶原蛋白
二级结构的基本类型
• (5)无规线团(random coil )
• 非规则性的二级结构
• Pro及Gly 主要存在于无规线团中 • Met,Glu -螺旋体等形成的能力最强 • Val,Ile-折叠等形成的能力最强
3.2 超二级结构与结构域
• (1)超二级结构(supersecondary structure ) • 指若干相邻的二级结构中的构象单元彼
此相互作用,形成有规则的、在空间上 能辨认的二级结构组合体。 • 如 ; ; ; 。
• 超二级结构没有形成有功能的结构域
超二级结构与结构域
• (2).结构域(supersecondary structure) • 结构域是球状蛋白质的折叠单位。 • 指多肽链在超二级结构的基础上进一步
O
H
C
C
N
二面角 DIHEDRAL ANGLE
• 位于相临的2个肽平面相交位置上的C的肽链 上的2个单键( C-N) 、 ( C-C) 可以自 由旋转, 它们旋转的角度和方向就决定了相临 的2个肽平面在空间上的相对位置,因此这2个 可以旋转的构象角就叫二面角,分别用 ( C-N)和 ( C-C)表示。
蛋白质三级结构的形成
• A 一级结构决定高级结构 • (蛋白质的复性、蛋白质的人工合成研
究和蛋白质的生物合成) • B 多肽链的折叠机理 • 未折叠的蛋白质→成核→折叠→超二级
结构→凝聚→天然蛋白质
• C 手性效应对多肽链折叠的影响 • 在平行的-折叠体中,2条折叠股之间
的连接都是右手方向
• -折叠体中的折叠片总是向右手方向扭 曲,形成右手扭曲片层
3蛋白质的高级结构
• SECONDARY STRUCTURE) • super secondary structure /DOMAIN • tertiary structure • quaternary structure
3.1 SECONDARY STRUCTURE
• 二级结构的涵义
• 蛋白质多肽链主骨架中依靠氢键维持的 局部有规则的折叠和盘旋所形成的构象 状态
胶原蛋白的构象
维持蛋白质构象稳定的键力
CH2CO CH3
CH2
COO-
O C
S
二 硫 键
酯 键
疏 水 键
离 子 键
氢 键
CH2OH OH
CH2OH CO
氢 键
疏范 水得 键华
引
力
小结:球状蛋白分子结构的一般规律
•非键合原子之间的最小接触距离
C
N
O
H
C
0.30 0.28 0.27 0.22
N
0.26 0.26 0.22
O
0.26 0.22
H
0.19
+180° +90°
P C
R R
0° -90°
310 R
L
-180° -180° -90° 0°
+90° +180°
二级结构的基本类型
• (1)螺旋体 Helix • 依照螺旋的方向: • LEFT / RIGHT HANDED HELIX • 依照氢键形成的方式:
二级结构的基本类型
• (1)-螺旋 -Helix • (2) -折叠 -Pleated sheet • (3)U-转角 U-turn • (4)无规线团 Random coil • 其他:310-螺旋;-螺旋;三股螺旋
多肽链立体化学结构原理
• 多肽链、肽键与肽平面 • 二面角 • 拉氏(RAMACHANDRAN)构象图
•
膜蛋白质的特殊构象
• Membrane protein: • integral protein (内嵌蛋白) • peripheral protein(外在蛋白)
•
蛋白质的四级结构
• 四级结构(quaternary structure)的涵义 • 多个具有三级结构的多肽链按一定的方式结合
在一起所形成的更高层次的蛋白质的构象状态。 具有四级结构的蛋白质都含有2条或2条以上的 多肽链。其中具有独立三级结构的结构单元叫 做亚基(subunit)。 • 如血红蛋白等
绕曲折叠成紧密的近似球形的结构,并 具有相对独立的生物学功能。
补体结合位
抗原结 合位
Computer Modeling of Native BI-VI·Papain Complex
• Stem bromelain has about 40% identity with Papain in amino acid sequence
三级结构的特征
• (1)整个分子的构象呈近似球形,紧密结实, 内部仅有一个很小的空间。
• (2)亲水性氨基酸残基主要位于整个构象的 外侧。
• (3)疏水性氨基酸残基主要位于整个构象的 内侧。
• (4)三级结构的稳定主要依靠疏水键。 • (5)所有的三级结构中都包含一定比例的-
螺旋体-折叠体及无规线团等。
• Pro及Gly 不能够形成-螺旋体
• 带有相同电荷的氨基酸连续排列时也不 能够形成稳定的 -螺旋体
• 带有较大R基的氨基酸连续排列时也不能 够形成稳定的 -螺旋体
二级结构的基本类型
• (2) -折叠/ - PLEATED SHEET • Astbury等人曾对β-角蛋白进行X线衍射分析,
发现具有0.7nm的重复单位。如将毛发α-角蛋 白在湿热条件下拉伸,可拉长到原长二倍,这 种α-螺旋的X线衍射图可改变为与β-角蛋白 类似的衍射图。 • 说明β-角蛋白中的结构和α-螺旋拉长伸展后 结构相似。两段以上的这种折叠成锯齿状的肽 链,通过氢键相连而平行成片层状的结构称为 β-片层(β-pleated sheet)结构或称β-折迭, 如下图:
TRIPLE HELIX
• 三股螺旋/胶原蛋白(COLLAGEN HELIX) • 主要特征: • 包括3股左手螺旋的多肽链 • 3股左手螺旋的多肽链平行排列,相互绞合,
形成右手螺旋
• = -60° =+140°
• 在3股多肽链中,96%遵守(Gly-x-y)的规律, 其中x主要为Pro,y主要为羟脯氨酸
-螺旋体的基本特征
• (1)在-螺旋体中,多肽链象螺旋一样地盘旋存在
• (2)在-螺旋体中,3.6Aa/圈,5.4埃/圈;100°/Aa, 1.5埃/Aa。
• (3) -螺旋体的稳定主要依靠链内氢键,所有肽键 都参与氢键的形成,氢键的方向与螺旋体的轴向平行。
• H ………………...O
• N-[COCHRNH]3-C- 3.61 3 ;3.01 0;4.31 6
3.3 蛋白质的三级和四级结构
• . 三级结构的涵义
• 在二级结构或超二级结构的基础上多肽 链进一步折叠弯曲形成更高级近似外圆 中空的球形构象。
• 如肌红蛋白等。
The Structures of Proteins Determined
in Tanokura’ Lab (2002~2003)
• 某些蛋白质分子可进一步聚合成聚合体 (polymer)。
• 聚合体中的重复单位称为单体(monomer),聚 合体可按其中所含单体的数量不同而分为二聚 体、三聚体……寡聚体(oligomer)和多聚体 (polymer)而存在,
• 如胰岛素(insulin)在体内可形成二聚体及六聚 体。
蛋白质形成四级结构的优越性
• (4)平行的β-片层结构中,两个残基的间距为 0.65nm;反平行的β-片层结构,则间距为0.7nm。
• (5)典型的-折叠体存在于蚕丝的丝蛋白中。
(3)U/-TURN
• 蛋白质分子中,肽链经常会出现180°的 回折,在这种回折角处的构象就是β-转 角(β-turn或β-bend)。β-转角中,第一 个氨基酸残基的C=O与第四个残基的N 桯形成氢键,从而使结构稳定。如下图:
• 二面角( 和 )可以在0°~ ±180°范围内 变动。
• 顺时针旋转为正,分之为负;键两侧反式排列 为0°,键两侧顺式排列为180°
O
H
C
C
N
• 天然φψ角理论上360°转动自由度,实 际上由于氨基酸侧链的原子空间位阻而 使它们转动受到很大限制,所以多肽链 的一部分仅能采取数目有限的构象。
二级结构的基本类型
• (3)U/-TURN
N C
C H O
U-转角的特征
• (1)由4个连续的氨基酸组成 • (2)在整个构象中,主链骨架本身以大
约180度折叠,第一个氨基酸残基CO上 的O与第四个氨基酸残基NH上的H之间 形成氢键。
• 其他:-TURAN:由3个连续的氨基酸 组成
(4)三股螺旋
四级结构的特征
• (1)在蛋白质的四级结构中,一般每个多肽 链均以亚基的形式存在,亚基具有完整的三级 结构。
• (2)四级结构的稳定主要依靠亚基之间的疏 水键、氢键、离子键等次级键力。
• (3)亚基可以是相同的,也可以是不同的。 • (4)亚基的数目一般是双数的,并且以2或4
个亚基为最多。
• 一种蛋白质中,亚基结构可以相同,也可不同。
• 相邻两圈螺旋之间借肽键中C=O和H桸形成许多链内 氢健,即每一个氨基酸残基中的NH和前面相隔三个残 基的C=O之间形成氢键,这是稳定α-螺旋的主要键。
• (4) -螺旋体有右手螺旋与左手螺旋之分; 右手螺旋二面角为 = -57° = -47°;右手螺 旋二面角为 = 64° = 42°
• (5)螺旋的中心部分几乎是空心的,氨基酸 残基的侧链基团位于螺旋的外侧
-折叠体的结构特征
• (1)在-折叠体中,肽链处于较伸展的状态,3.5埃 /Aa
• (2) -折叠体的稳定主要依靠链间氢键,所有肽键都 参与氢键的形成,氢键的方向与螺旋体的轴向垂直。
• (3) -折叠体分平行与反平行式2种。它们的二面角 分别为 = -119° =+113°; = -139° =+135° ;
• 如烟草斑纹病毒的外壳蛋白是由2200个相同的亚基形 成的多聚体;
• 正常血红蛋白是两个α亚基与两个β亚基形成的四聚体;
• 天冬氨酸氨甲酰基转移酶由六个调节亚基与六个催化 亚基组成。
• 有人将具有全套不同亚基的最小单位称为原聚体 (protomer),
• 如一个催化亚基与一个调节亚基结合成天冬氨酸氨甲 酰基转移酶的原聚体。
• 结构更加复杂,便于执行复杂的功能。如光合 作用中的二磷酸核酮糖羧化酶有8个大亚基和8 个小亚基,可固定空气中的二氧化碳。
• 可以通过亚基之间的相互作用,实现酶活性的 调节。(调节亚基/催化亚基)
• 四级结构可以把中间代谢中的相关酶集合在一 起,以提高 催化效率。如丙酮酸脱氢酶系(托 羧、转乙酰基、脱氢)。
原卟啉
血红素
血红素中铁 与亚基和氧 的结合
• 蛋白质分子中疏水性AA残基所占的比例 >30%时,它在物理上已不可能形成一种 能将所有的非级性残基埋藏在内部的结 构,所以可能在表面存在疏水性小区, 而相邻单体小区间相互作用(H键,静电 相互作用力)导致形成寡聚体。
• 许多食品蛋白质,尤其是谷类蛋白质, 以不同多肽链构成寡聚体形式存在的
• 有为单位平面几何形状的扭曲或伸展和 变曲会导致分子自由能上升,所以多肽 链的折叠必须避免键长和键角的变形。
拉氏(RAMACHANDRAN) 构象图
• 二面角决定多肽链主链骨架的构象,构 象随二面角的改变而变化。
• 但一些二面角所形成的构象状态是不能 被允许的
• 影响二面角变动的因素主要有2点: • (1)R基侧链基团的大小与性质 • (2)非键合原子之间的最小接触距离
• -系螺旋(3n+4): -螺旋/3.61 3 ; 310螺旋/3.01 0; -螺旋/4.31 6
• -系螺旋(3n+5): -螺旋/ 5.11 7
• Pauling等人对α-角蛋白(α-keratin)进行 了X线衍射分析,从衍射图中看到有 0.5~0.55nm的重复单位,故推测蛋白质 分子中有重复性结构,并认为这种重复 性结构为α-螺旋(α-helix)见下图: