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生物信息学网站分子生物学数据库综合目录1. SRS序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器) http://www.embl-heidelberg.ed/srs5/2. 分子生物学数据库及服务器概览/people/pkarp/mimbd/rsmith.html3. BioMedNet图书馆4. DBGET数据库链接http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html5. 哈佛基因组研究数据库与精选服务器6. 约翰. 霍普金斯大学(Johns Hopkins University) OWL网络服器/Dan/proteins/owl.html7. 生物网络服务器索引，USCS /network/science/biology/index.html8. 分子生物学数据库列表(LiMB) gopher:///11/molbio/other9. 病毒学的WWW服务器，UW-Madison /Welcome.html10. UK MRC 人类基组图谱计划研究中心/11. 生物学家和生物化学家的WWW资源http://www.yk.rim.pr.jp/~aisoai/index.html12. 其他生物网络服务器的链接/biolinks.html13. 分子模型服务器与数据库/lap/rsccom/dab/ind006links.html14. EMBO实际结构数据库http://xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html15. 蛋白质科学家的网络资源/protein/ProSciDocs/WWWResources.html16. ExPASy分子生物学服务器http://expasy.hcuge.ch/cgi-bin/listdoc17. 抗体研究网页18. 生物信息网址http://biochem.kaist.ac.kr/bioinformatics.html19. 乔治.梅森大学(George Mason University)的生物信息学与计算分子生物学专业/~michaels/Bioinformatics/20. INFOBIOGEN数据库目录biogen.fr/services/dbcat/21. 国家生物技术信息研究室/data/data.html22. 人类基因组计划情报/TechResources/Human_Genome23. 生物学软件及数据库档案/Dan/software/biol-links.html24. 蛋白质组研究：功能基因组学的新前沿(著作目录) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/LivreTOC.html序列与结构数据库一．主要的公共序列数据库1. EMBL WWW服务器http://www.EMBL-heidelberg.ed/Services/index.html2. Genbank 数据库查询形式(得到Genbank的一个记录) /genbank/query_form.html3. 蛋白质结构数据库WWW服务器(得到一PDB结构) 4. 欧洲生物信息学研究中心(EBI) /5. EBI产业支持/6. SWISS-PROT(蛋白质序列库) http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html7. 大分子结构数据库/cgi-bin/membersl/shwtoc.pl?J:mms8. Molecules R Us(搜索及观察一蛋白质分子) /modeling/net_services.html9. PIR国际蛋白质序列数据库/Dan/proteins/pir.html10. SCOP(蛋白质的结构分类)，MRC /scop/data/scop.l.html11. 洛斯阿拉莫斯的HIV分子免疫数据库/immuno/index.html12. TIGR数据库/tdb/tdb.html13. NCBI WWW Entrez浏览器/Entrez/index.html14. 剑桥结构数据库(小分子有机的及有机金属的结晶结构) 15. 基因本体论坛/GO/二. 专业数据库1. ANU生物信息学超媒体服务(病毒数据库、分类及病毒的命名法) .au/2. O-GL YCBASE(O联糖基化蛋白质的修订数据库) http://www.cbs.dtu.dk/OGLYCBASE/cbsoglycbase.html3. 基因组序列数据序(GSDB)(已注释的DNA序列的关系数据序) 4. EBI蛋白质拓扑图/tops/Serverintermed.html5. 酶及新陈代谢途径数据库(EMP) /6. 大肠杆菌数据库收集(ECDC)(大肠杆菌K12的DNA序列汇编) http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html7. EcoCyc(大肠杆菌基因及其新陈代谢的百科全书) /ecocyc/ecocyc.html8. Eddy实验室的snoRNA数据库/snoRNAdb/9. GenproEc(大肠杆菌基因及蛋白质) /html/ecoli.html10. NRSub(枯草芽胞杆菌的非冗余数据库) http://pbil.univ-lyonl.fr/nrsub/nrsub.html11. YPD(酿酒酵母蛋白质) /YPDhome.html12. 酵母基因组数据库/Saccharomyces/13. LISTA、LISTA-HOP及LISTA-HON(酵母同源数据库汇编) /14. MPDB(分子探针数据库) http://www.biotech.est.unige.it/interlab/mpdb.html15. tRNA序列及tRNA基因序列汇编http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/index/html16. 贝勒医学院(Baylor College of Medicine)的小RNA数据库/dbs/SRPDB/SRPDB.html17. SRPDB(信号识别粒子数据库) /dbs/SRPDB/SRPDB.html18. RDP(核糖体数据库计划) /19. 小核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html20. 大核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/lsu/index.html21. RNA修饰数据库/RNAmods/22. 16SMDB及23SMDB(16S和23S核糖体RNA突变数据库)/Departments/Biology/Databases/RNA.html23. SWISS-2DPAGE(二维凝胶电泳数据库) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d-top.html24. PRINTS /bsm/dbbrowser/PRINTS/PRINTS.html25. KabatMan(抗体结构及序列信息数据库) /abs26. ALIGN(蛋白质序列比对一览) /bsm/dbbrowser/ALIGN/ALIGN.html27. CATH(蛋白质结构分类系统) /bsm/cath28. ProDom(蛋白质域数据库) http://protein.toulouse.inra.fr/29. Blocks数据库(蛋白质分类系统) /30. HSSP(按同源性导出的蛋白质二级结构数据库) http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/31. FSSP(基于结构比对的蛋白质折叠分类) /dali/fssp/fssp.html32. SBASE蛋白质域(已注释的蛋白质序列片断) http://www.icgeb.trieste.it/~sbasessrv/33. TransTerm(翻译控制信号数据库) /Transterm.html34. GRBase(参与基因调控的蛋白质的相关信息数据库) /~regulate/trevgrb.html35. REBASE(限制性内切酶和甲基化酶数据库) /rebase/36. RNaseP数据库/RNaseP/home.html37. REGULONDB(大肠杆菌转录调控数据库) http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/38. TRANSFAC(转录因子及其DNA结合位点数据库) http://transfac.gbf.de/39. MHCPEP(MHC结合肽数据库) .au/mhcpep/40. ATCC(美国菌种保藏中心) /41. 高度保守的核蛋白序列的组蛋白序列数据库/Baxevani/HISTONES42. 3Dee(蛋白质结构域定义数据库) /servers/3Dee.html43. InterPro(蛋白质域以及功能位点的完整资源) /interpro/序列相似性搜索1. EBI序列相似性研究网页/searches/searches.html2. NCBI: BLAST注释/BLAST3. EMBL的BLITZ ULTRA快速搜索/searches/blitz_input.html4. EMBL WWW服务器http://www.embl-heidelberg.de/Services/index.html#55. 蛋白质或核苷酸的模式浏览/compbio/PatScan/HTML/patscan.html6. MEME(蛋白质超二级结构模体发现与研究) /meme/website7. CoreSearch(DNA序列保守元件的识别) http://www.gsf.de/biodv/coresearch.html8. PRINTS/PROSIT浏览(搜索motif数据库) /cgi-bin/attwood/SearchprintsForm.pl9. 苏黎世ETH服务器的DARWIN系统http://cbrg.inf.ethz.ch/10. 利用动态规划找出序列相似性的Pima IIhttp://bmerc-www.bu.ede/protein-seq/pimaII-new.html11. 利用与模式库进行哈希码(hashcode)比较找到序列相似性的DashPat /protein-seq/dashPat-new.html12. PROPSEARCH(基于氨基酸组成的搜索) http://www.embl-heidelberg.de/aaa.html13. 序列搜索协议(集成模式搜索) /bsm/dbbrowser/protocol.html14. ProtoMap(SEISS-PROT中所有蛋白质的自动层次分类) http://www.protomap.cs.huji.ac.il/15. GenQuest(利用Fasta、Blast、Smith-Waterman方法在任意数据库中搜索) http://www.gdb.rog/Dan/gq/gq.form.html16. SSearch(对特定数据库的搜索) http://watson.genes.nig.ac.jp/homology/ssearch-e_help.html17. Peer Bork搜索列表(motif/模式序列谱搜索) http://www.embl-heidelberg.de/~bork/pattern.html18. PROSITE数据库搜索(搜索序列的功能位点) /searches/prosite.html19. PROWL(Skirball研究中心的蛋白质信息检索) /index.html序列和结构的两两比对1. 蛋白质两两比对(SIM) http://expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html2. LALNVIEW比对可视化观察程序ftp://expasy.hcuge.ch/pub/lalnview3. BCM搜索装置(两两序列比对) /seq-search/alignment.html4. DALI蛋白质三维结构比较/dali/5. DIALIGN(无间隙罚分的比对程序) http://www.gsf.de/biodv/dialign/html多重序列比对及系统进行树1. ClustalW(BCM的多重序列比对) /multi-align/multi-align.html2. PHYLIP(推测系统进行树的程序) /phylip.html3. 其它系统进行树程序，PHYLIP文档的汇编http://expasy.hcuge.ch/info/phylogeny.html4. 系统进行树分析程序(生命树列表) /tree/programs/programs.html5. 遗传分类学软件(Willi hennig协会提供的列表) /education.html6. 用于多重序列比对的BCM搜索装置/multi-align/multi-align.html7. AMAS(分析多重序列比对中的序列) /servers/amas_server.html8. 维也纳RNA二级结构软件包http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/四. 有代表性的预测服务器1. PHD蛋白质预测服务器，用于二级结构、水溶性以及跨膜片断的预测http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html2. PhdThreader(利用逆折叠方法预测、识别折叠类) http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/phd_help.html3. PSIpred(蛋白质结构预测服务器) /psipred4. THREADER(戴维. 琼斯) /~jones/threader.html5. TMHMM(跨膜螺旋蛋白的预测) http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/6. 蛋白质结构分析，BMERC /protein-seq/protein-struct.html7. 蛋白质域和折叠预测的提交表http://genome.dkfz-heidelberg.de/nnga/def-query.html8. NNSSP(利用最近相邻法预测蛋白质的二级结构) /pss/pss.html9. Swiss-Model(基于知识的蛋白质自动同源建模服务器) http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html10. SSPRED(用多重序列比对进行二级结构预测) /jong/predict/sspred.html11. 法国IBCP的SOPM(自寻优化预测方法、二级结构) http://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopm.html12. TMAP(蛋白质跨膜片断的预测服务) http://www.embl-heidelberg.de/tmap/tmap_info.html13. TMpred(跨膜区域和方向的预测) /software/TMPRED_form.html14. MultPredict(多重序列比对的序列的二级结构) /zpred.html15. BCM搜索装置(蛋白质二级结构预测) /seq-search/struc-predict.html16. COILS(蛋白质的卷曲螺旋区域预测) /software/coils/COILS_doc.html17. Coiled Coils(卷曲螺旋) /depts/biol/units/coils/coilcoil.html18. Paircoil(氨基酸序列中的卷曲螺旋定位) /bab/webcoil.html19. PREDATOR(由单序列预测蛋白质二级结构) http://www.embl-heidelberg.de/argos/predator/predator_info.html20. EV A(蛋白质结构预测服务器的自动评估) /eva/五. 其他预测服务器1. SignalP (革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真核生物蛋白质的信号肽及剪切位点) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/2. PEDANT(蛋白质提取、描述及分析工具) http://pedant.mips.biochem.mpg.de/六. 分子生物学软件链接1. 生物信息学可视化工具/alan/VisSupp/2. EBI分子生物学软件档案/software/software.html3. BioCatalog /biocat/e-mail_Server_ANAL YSIS.html4. 生物学软件和数据库档案/Dan/softsearch/biol-links.html5. UC Santa Cruz的序列保守性HMM的SAM软件/research/compbio/sam.html七. 网上博士课程1. 生物计算课程资源列表：课程大纲http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/syllabi.html2. 生物序列分析和蛋白质建模的Ph.D课程http://www.cbs.dtu.dk/phdcourse/programme.html3. 分子科学虚拟学校/vsms/sbdd/4. EMBnet 生物计算指南http://biobase.dk/Embnetut/Universl/embnettu.html5. 蛋白质结构的合作课程/PPS/index.html6. 自然科学GNA虚拟学校http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Vsns/index.html7. 分子生物学算法/education/courses/590bi。

一PubMed数据库简介-文档资料

四、PubMed的基本检索功能（一）
自动词语匹配
PubMed 能自动利用它的“自动词语匹配
”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成规范的用词。如：输入vitamin c common cold，系统会将自动
转换成 (“ascorbic acid”[MeSH Terms] OR vitamin c[Text Word]) AND (“common cold”[MeSH Terms] OR common cold [Text Word]) 进行检索。这种处理能使检索结果更精确和全面。
பைடு நூலகம்
四、PubMed的基本检索功能
词语检索及自动词语匹配作者姓名检索杂志名称检索截词检索短语检索逻辑运算符检索
四、PubMed的基本检索功能（一）
词语检索及自动词语匹配
在检索框中键入一到多个检索词，按
“GO”键，即显示检索结果。 “clear” 按钮可以帮你清除查询框中的内容，然后开始一个新的查询。
杂志名检索

在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol boil cell，键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码）进行检索，如1059-1524。 Cell transplantation [ta]
PubMed辅助检索工具
Limits （限制功能） Preview/Index（预览/索引） History（检索史） Clipboard（剪贴板或文件夹） Details（明细栏）
Journal Browser-杂志浏览器
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•MeSH Browser-主题词浏览器 •Citation Matcher-在表格输入刊物的引文信息来定位特定文章。 •Clinical Queries-与临床相关的疗法，诊断，病因，预后

生物信息学数据库

欧洲生物信息学研究所计算基因组研究组/research/CGG/index.html
欧洲生物信息学研究所完整基因组数据库/genomes/
欧洲生物信息学研究所序列数据库研究组/seqdb/index.html
加拿大生物信息学资源http://cbr-rbc.nrc-cnrc.gc.ca/index_e.php
这是加拿大生物信息学资源(CBR)的网站。该网站由加拿大国家研究委员会(NRC)创建，旨在为国家研究委员会与其它**、学术部门的科学家提供广泛使用的生物信息学工具和共享数据。加拿大生物信息学资源部分由一个专门使用该资源的委员会管理，而且其资源在用于教育和非盈利研究时只需注册均可免费作用。网站还提供有关新闻、服务与下载等信息。
法；PSI- BLAST用迭代型的剖面打分算法，每次迭代所费时间与前者相同，它可
检索弱同源的目标；PHI-BLAST 98年刚出台，是模体（Motif ）构造与搜索软件
，是更灵敏的同源搜索软件。例如线虫的CED4是apoptosis 的调控蛋白，含有涉
及磷酸结合的P 环模体，在各种ATP 酶和GTP 酶中可发现。在用gapped BLAST搜
相似的功能。另有，按PHI- BLAST搜索在MutL DNA修复蛋白中的ATP 酶域，II型
拓扑异构酶，组氨酸激酶和HS90家族蛋白，发现一个新的真核蛋白族，共有HS90
型ATP 酶域。再有在古核tRNA核苷酸转移酶中发现核苷酸转移酶域，在细菌DNA
引物酶的古核同源体中发现螺旋酶超家族II的模体VI。用以往的搜索法这些是得
，稍有变化。expect简称E-value ，已经考虑了数据库的因素。其意义是：当用
咨询序列搜索一个数据库（如非冗余的SwissProt ，现有77419 条序列，共27864727

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生物信息学网站分子生物学数据库综合目录1。

ＳRＳ序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器)2、分子生物学数据库及服务器概览3. BioＭedNeｔ图书馆4。

DBGET数据库链接5、哈佛基因组研究数据库与精选服务器6.约翰。

霍普金斯大学(Jｏhｎs Hopkｉns Unｉｖeｒsｉtｙ) OWL网络服器7. 生物网络服务器索引,ＵＳＣS8。

分子生物学数据库列表(LiMＢ) gｏpheｒ://gopher、nｉh、goｖ/11/molｂio ／ｏthｅr9。

病毒学得WWＷ服务器,UＷ—Madison1０。

UK ＭRC 人类基组图谱计划研究中心11。

生物学家与生物化学家得资源12。

其她生物网络服务器得链接13. 分子模型服务器与数据库14、EMBO实际结构数据库１5。

蛋白质科学家得网络资源1６、ＥxPAＳy分子生物学服务器1７。

抗体研究网页18. 生物信息网址19、乔治。

梅森大学(Geｏｒge Mason Uｎiｖersiｔｙ)得生物信息学与计算分子生物学专业20. IＮFOBIＯＧEN数据库目录2１. 国家生物技术信息研究室22。

人类基因组计划情报23、生物学软件及数据库档案2４.蛋白质组研究:功能基因组学得新前沿(著作目录)序列与结构数据库一、主要得公共序列数据库1。

EMBL 服务器２。

Gｅnbａnk 数据库查询形式(得到Ｇenbａnk得一个记录)３、蛋白质结构数据库服务器(得到一PDB结构)4。

欧洲生物信息学研究中心(EBI)5。

EBＩ产业支持6、SＷISＳ－PＲOT(蛋白质序列库)7. 大分子结构数据库8。

Moleｃuｌes R Uｓ(搜索及观察一蛋白质分子)9. PIＲ国际蛋白质序列数据库1０。

SＣOP(蛋白质得结构分类),MRC1１. 洛斯阿拉莫斯得HIV分子免疫数据库１2. TＩＧR数据库13、NCBI 浏览器１４、剑桥结构数据库(小分子有机得及有机金属得结晶结构)1５。

基因本体论坛二。

常用生物信息学数据库和分析工具网址

PDB release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdb
KEGG release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pathway
核苷酸数据库
GenBank
/
ftp:///genbank/gbrel.txt
dbEST summary report
/dbEST/dbESTsummarv.html
EMBL release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?embl
PDBSTR
http://www.genome.ad.jp
Prosite
/prosite
结构数据库
PDB
/pdb

NDB
/NDB/ndb.html
生物信息学常问的问题
/faq/
生物信息学机构
NCBI
/
International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
/collab/
Mouse Genome Informatics
/bin/query_accession?id=MGI:97555
Saccharomyces Genome Database
/cgi-bin/dbrun/SacchDB?find+Locus+%22PGK1%22
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prf
PDBSTR release notes

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生物信息学网站分子生物学数据库综合目录1. SRS序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器) http://www.embl-heidelberg.ed/srs5/2. 分子生物学数据库及服务器概览/people/pkarp/mimbd/rsmith.html3. BioMedNet图书馆4. DBGET数据库链接http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html5. 哈佛基因组研究数据库与精选服务器6. 约翰. 霍普金斯大学(Johns Hopkins University) OWL网络服器/Dan/proteins/owl.html7. 生物网络服务器索引，USCS /network/science/biology/index.html8. 分子生物学数据库列表(LiMB) gopher:///11/molbio/other9. 病毒学的WWW服务器，UW-Madison /Welcome.html10. UK MRC 人类基组图谱计划研究中心/11. 生物学家和生物化学家的WWW资源http://www.yk.rim.pr.jp/~aisoai/index.html12. 其他生物网络服务器的链接/biolinks.html13. 分子模型服务器与数据库/lap/rsccom/dab/ind006links.html14. EMBO实际结构数据库http://xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html15. 蛋白质科学家的网络资源/protein/ProSciDocs/WWWResources.html16. ExPASy分子生物学服务器http://expasy.hcuge.ch/cgi-bin/listdoc17. 抗体研究网页18. 生物信息网址http://biochem.kaist.ac.kr/bioinformatics.html19. 乔治.梅森大学(George Mason University)的生物信息学与计算分子生物学专业/~michaels/Bioinformatics/20. INFOBIOGEN数据库目录biogen.fr/services/dbcat/21. 国家生物技术信息研究室/data/data.html22. 人类基因组计划情报/TechResources/Human_Genome23. 生物学软件及数据库档案/Dan/software/biol-links.html24. 蛋白质组研究：功能基因组学的新前沿(著作目录) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/LivreTOC.html序列与结构数据库一．主要的公共序列数据库1. EMBL WWW服务器http://www.EMBL-heidelberg.ed/Services/index.html2. Genbank 数据库查询形式(得到Genbank的一个记录) /genbank/query_form.html3. 蛋白质结构数据库WWW服务器(得到一PDB结构) 4. 欧洲生物信息学研究中心(EBI) /5. EBI产业支持/6. SWISS-PROT(蛋白质序列库) http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html7. 大分子结构数据库/cgi-bin/membersl/shwtoc.pl?J:mms8. Molecules R Us(搜索及观察一蛋白质分子) /modeling/net_services.html9. PIR国际蛋白质序列数据库/Dan/proteins/pir.html10. SCOP(蛋白质的结构分类)，MRC /scop/data/scop.l.html11. 洛斯阿拉莫斯的HIV分子免疫数据库/immuno/index.html12. TIGR数据库/tdb/tdb.html13. NCBI WWW Entrez浏览器/Entrez/index.html14. 剑桥结构数据库(小分子有机的及有机金属的结晶结构) 15. 基因本体论坛/GO/二. 专业数据库1. ANU生物信息学超媒体服务(病毒数据库、分类及病毒的命名法) .au/2. O-GL YCBASE(O联糖基化蛋白质的修订数据库) http://www.cbs.dtu.dk/OGLYCBASE/cbsoglycbase.html3. 基因组序列数据序(GSDB)(已注释的DNA序列的关系数据序) 4. EBI蛋白质拓扑图/tops/Serverintermed.html5. 酶及新陈代谢途径数据库(EMP) /6. 大肠杆菌数据库收集(ECDC)(大肠杆菌K12的DNA序列汇编) http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html7. EcoCyc(大肠杆菌基因及其新陈代谢的百科全书) /ecocyc/ecocyc.html8. Eddy实验室的snoRNA数据库/snoRNAdb/9. GenproEc(大肠杆菌基因及蛋白质) /html/ecoli.html10. NRSub(枯草芽胞杆菌的非冗余数据库) http://pbil.univ-lyonl.fr/nrsub/nrsub.html11. YPD(酿酒酵母蛋白质) /YPDhome.html12. 酵母基因组数据库/Saccharomyces/13. LISTA、LISTA-HOP及LISTA-HON(酵母同源数据库汇编) /14. MPDB(分子探针数据库) http://www.biotech.est.unige.it/interlab/mpdb.html15. tRNA序列及tRNA基因序列汇编http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/index/html16. 贝勒医学院(Baylor College of Medicine)的小RNA数据库/dbs/SRPDB/SRPDB.html17. SRPDB(信号识别粒子数据库) /dbs/SRPDB/SRPDB.html18. RDP(核糖体数据库计划) /19. 小核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html20. 大核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/lsu/index.html21. RNA修饰数据库/RNAmods/22. 16SMDB及23SMDB(16S和23S核糖体RNA突变数据库)/Departments/Biology/Databases/RNA.html23. SWISS-2DPAGE(二维凝胶电泳数据库) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d-top.html24. PRINTS /bsm/dbbrowser/PRINTS/PRINTS.html25. KabatMan(抗体结构及序列信息数据库) /abs26. ALIGN(蛋白质序列比对一览) /bsm/dbbrowser/ALIGN/ALIGN.html27. CATH(蛋白质结构分类系统) /bsm/cath28. ProDom(蛋白质域数据库) http://protein.toulouse.inra.fr/29. Blocks数据库(蛋白质分类系统) /30. HSSP(按同源性导出的蛋白质二级结构数据库) http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/31. FSSP(基于结构比对的蛋白质折叠分类) /dali/fssp/fssp.html32. SBASE蛋白质域(已注释的蛋白质序列片断) http://www.icgeb.trieste.it/~sbasessrv/33. TransTerm(翻译控制信号数据库) /Transterm.html34. GRBase(参与基因调控的蛋白质的相关信息数据库) /~regulate/trevgrb.html35. REBASE(限制性内切酶和甲基化酶数据库) /rebase/36. RNaseP数据库/RNaseP/home.html37. REGULONDB(大肠杆菌转录调控数据库) http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/38. TRANSFAC(转录因子及其DNA结合位点数据库) http://transfac.gbf.de/39. MHCPEP(MHC结合肽数据库) .au/mhcpep/40. ATCC(美国菌种保藏中心) /41. 高度保守的核蛋白序列的组蛋白序列数据库/Baxevani/HISTONES42. 3Dee(蛋白质结构域定义数据库) /servers/3Dee.html43. InterPro(蛋白质域以及功能位点的完整资源) /interpro/序列相似性搜索1. EBI序列相似性研究网页/searches/searches.html2. NCBI: BLAST注释/BLAST3. EMBL的BLITZ ULTRA快速搜索/searches/blitz_input.html4. EMBL WWW服务器http://www.embl-heidelberg.de/Services/index.html#55. 蛋白质或核苷酸的模式浏览/compbio/PatScan/HTML/patscan.html6. MEME(蛋白质超二级结构模体发现与研究) /meme/website7. CoreSearch(DNA序列保守元件的识别) http://www.gsf.de/biodv/coresearch.html8. PRINTS/PROSIT浏览(搜索motif数据库) /cgi-bin/attwood/SearchprintsForm.pl9. 苏黎世ETH服务器的DARWIN系统http://cbrg.inf.ethz.ch/10. 利用动态规划找出序列相似性的Pima IIhttp://bmerc-www.bu.ede/protein-seq/pimaII-new.html11. 利用与模式库进行哈希码(hashcode)比较找到序列相似性的DashPat /protein-seq/dashPat-new.html12. PROPSEARCH(基于氨基酸组成的搜索) http://www.embl-heidelberg.de/aaa.html13. 序列搜索协议(集成模式搜索) /bsm/dbbrowser/protocol.html14. ProtoMap(SEISS-PROT中所有蛋白质的自动层次分类) http://www.protomap.cs.huji.ac.il/15. GenQuest(利用Fasta、Blast、Smith-Waterman方法在任意数据库中搜索) http://www.gdb.rog/Dan/gq/gq.form.html16. SSearch(对特定数据库的搜索) http://watson.genes.nig.ac.jp/homology/ssearch-e_help.html17. Peer Bork搜索列表(motif/模式序列谱搜索) http://www.embl-heidelberg.de/~bork/pattern.html18. PROSITE数据库搜索(搜索序列的功能位点) /searches/prosite.html19. PROWL(Skirball研究中心的蛋白质信息检索) /index.html序列和结构的两两比对1. 蛋白质两两比对(SIM) http://expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html2. LALNVIEW比对可视化观察程序ftp://expasy.hcuge.ch/pub/lalnview3. BCM搜索装置(两两序列比对) /seq-search/alignment.html4. DALI蛋白质三维结构比较/dali/5. DIALIGN(无间隙罚分的比对程序) http://www.gsf.de/biodv/dialign/html多重序列比对及系统进行树1. ClustalW(BCM的多重序列比对) /multi-align/multi-align.html2. PHYLIP(推测系统进行树的程序) /phylip.html3. 其它系统进行树程序，PHYLIP文档的汇编http://expasy.hcuge.ch/info/phylogeny.html4. 系统进行树分析程序(生命树列表) /tree/programs/programs.html5. 遗传分类学软件(Willi hennig协会提供的列表) /education.html6. 用于多重序列比对的BCM搜索装置/multi-align/multi-align.html7. AMAS(分析多重序列比对中的序列) /servers/amas_server.html8. 维也纳RNA二级结构软件包http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/四. 有代表性的预测服务器1. PHD蛋白质预测服务器，用于二级结构、水溶性以及跨膜片断的预测http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html2. PhdThreader(利用逆折叠方法预测、识别折叠类) http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/phd_help.html3. PSIpred(蛋白质结构预测服务器) /psipred4. THREADER(戴维. 琼斯) /~jones/threader.html5. TMHMM(跨膜螺旋蛋白的预测) http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/6. 蛋白质结构分析，BMERC /protein-seq/protein-struct.html7. 蛋白质域和折叠预测的提交表http://genome.dkfz-heidelberg.de/nnga/def-query.html8. NNSSP(利用最近相邻法预测蛋白质的二级结构) /pss/pss.html9. Swiss-Model(基于知识的蛋白质自动同源建模服务器) http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html10. SSPRED(用多重序列比对进行二级结构预测) /jong/predict/sspred.html11. 法国IBCP的SOPM(自寻优化预测方法、二级结构) http://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopm.html12. TMAP(蛋白质跨膜片断的预测服务) http://www.embl-heidelberg.de/tmap/tmap_info.html13. TMpred(跨膜区域和方向的预测) /software/TMPRED_form.html14. MultPredict(多重序列比对的序列的二级结构) /zpred.html15. BCM搜索装置(蛋白质二级结构预测) /seq-search/struc-predict.html16. COILS(蛋白质的卷曲螺旋区域预测) /software/coils/COILS_doc.html17. Coiled Coils(卷曲螺旋) /depts/biol/units/coils/coilcoil.html18. Paircoil(氨基酸序列中的卷曲螺旋定位) /bab/webcoil.html19. PREDATOR(由单序列预测蛋白质二级结构) http://www.embl-heidelberg.de/argos/predator/predator_info.html20. EV A(蛋白质结构预测服务器的自动评估) /eva/五. 其他预测服务器1. SignalP (革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真核生物蛋白质的信号肽及剪切位点) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/2. PEDANT(蛋白质提取、描述及分析工具) http://pedant.mips.biochem.mpg.de/六. 分子生物学软件链接1. 生物信息学可视化工具/alan/VisSupp/2. EBI分子生物学软件档案/software/software.html3. BioCatalog /biocat/e-mail_Server_ANAL YSIS.html4. 生物学软件和数据库档案/Dan/softsearch/biol-links.html5. UC Santa Cruz的序列保守性HMM的SAM软件/research/compbio/sam.html七. 网上博士课程1. 生物计算课程资源列表：课程大纲http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/syllabi.html2. 生物序列分析和蛋白质建模的Ph.D课程http://www.cbs.dtu.dk/phdcourse/programme.html3. 分子科学虚拟学校/vsms/sbdd/4. EMBnet 生物计算指南http://biobase.dk/Embnetut/Universl/embnettu.html5. 蛋白质结构的合作课程/PPS/index.html6. 自然科学GNA虚拟学校http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Vsns/index.html7. 分子生物学算法/education/courses/590bi。

常用的生物信息学网址大全

常用的生物信息学网址大全，非常全面时间：2006-12-26 13:42:58 来源：点击：3398 用生物信息学数据库和分析工具网址数据库因特网网址网上生物信息学教程 EMBL biocomputing tutorials/Embnetut/Gcg/index.html Plant genome dababase tutorial /pgdic生物信息学机构NCBI/International Nucleotide Sequence Database Collaboration./collab/ EBI/ USDA/ Sanger Centre/ 北京大学生物信息学中心数据库信息发布及其它GenBank Release Notesftp:///genbank/gbrel.txtdbEST summary report/dbEST/dbESTsummarv.html EMBL release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?embl DDBJ release noteshttp://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjnew/ddbj relnote.html Eukaryotic promoter database release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.htmlSwissProt release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?swissprot PIR release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pirPRF release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prf PDBSTR release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdbstr Prosite release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prosite PDB release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdb KEGG release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pathway核苷酸数据库GenBank/dbEST/dbEST/index.htmldbSTS/dbSTS/index.html dbGSS /dbGSS/index.html Genome (NCBI)/Entrez/Genome/org.html dbSNP/SNP/HTGS/HTGS/UniGene/UniGene/ EMBL核苷酸数据库/embl Genome (EBI)/genomes/ 向EMBL数据库提交序列/embl/Submission/webin.html DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/ Plant R gene database /rgenes启动子数据库Eukaryotic promoter databasehttp://www.epd.isb-sib.chhttp://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html转录因子数据库 FRANSFAChttp://transfac.gbf.de ooTFD 蛋白质数据库 SWISS-PROT或TrEMBL/swissprot/http://www.expasy.ch/sprot/ PIR/pir/ PRFhttp://www.prf.or.jp/ PDBSTRhttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www bfind?pdbstr-today Prositehttp://www.expasy.ch/sprot/prosite.html结构数据库 PDB/pdb NDB/NDB/ndb.html/ DNA-Binding Protein Database/NDB/structure-finder/dnabind/index.html NMR Nucleic Acids Database/NDB/structure-finder/nmr/index.html Protein Plus Database/NDB/structure-finder/protein/index.html Swiss3Dimagehttp://www.expasy.ch/sw3d/ SCOP/scop/ CATH/bsm/cath/ 酶、代谢和调控路径数据库 KEGG http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html Enzyme Nomenclature Database http://expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.html Protein Kinase Resource (PKR) /kinases/ LIGANDhttp://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html WIT/WIT/ EcoCyc/ecocyc/ UM-BBD/umbbd/多种代谢路径数据库/stc-95/ResTools/biotools/biotools8.html基因调控路径数据库(TRANSPATH)http://transfac.gbf.de基因组数据库日本水稻基因组数据库(RGP)http://rgp.dna.affrc.go.jp 华大水稻基因组框架图欧洲水稻测序（第12染色体）s.fr 拟南芥基因组数据库 USDA Database/ Demeter’s Genomes RiceGenes/cgi-bin/WebAce/webace?db=ricegenes RiceBlastDB/cgi-bin/WebAce/webace?db=riceblastdb FlyBase/.bin/fbidq.html?FBgn0003075 Mouse Genome Informatics/bin/query_accession?id=MGI:97555 Saccharomyces Genome Database/cgi-bin/dbrun/SacchDB?find+Locus+%22PGK1%22 多种基因组数据库/GenomeWeb 文献数据库 PubMed/PubMed/ OMIM/Omim/ Agricola/ag98/关键词为基础的数据库检索 Entrez/Entrez/ Entrez Nucleotide Sequence Search/Entrez/nucleotide.html Entrez Protein Sequence Search/Entrez/protein.html Batch Entrez/Entrez/batch.html Sequence Retrieval System, Indiahttp://bioinfo.ernet.in:80/srs5/ Sequence Retrieval System, Singapore.sg:80/srs5/ Sequence Retrieval System, US:80/srs/srsc Sequence Retrieval System, UK/ GetEntry Nucleotide & Protein Sequence Searchhttp://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/getstart-e.html Database Search with Key Wordshttp://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8080/dbsearch-e-new.html DBGET/LinkDBhttp://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html序列为基础的数据库检索 BLAST/BLAST/ FASTA/fasta3/ BLITZ/bicsw/ SSearchrs.fr/bin/ssearch-guess.cgi Electronic PCR/STS/ Proteome analysis/proteome/多序列分析 Clustal multiple sequence alignment:9331/multi-align/Options/clustalw. html BCM:9331/multi-align/multi-align.html EBI ClustalW analysis 系谱分析 PAUP/PAUP/ EBI ClustalW analysis GCG package/ PHYLIP/phylip.html MEGA/METREE/imeg Hennig86/~mes/hennig/software.html GAMBIT/mcdbio/Faculty/Lake/Research/Programs/ MacClade /macclade/macclade.html Phylogenetic analysis /stc-95/ResTools/biotools/biotools2.html基因结构预测分析 GENSCAN/GENSCAN.html GeneFinder/gf/gf.shtml/nucleo.html Gene Feature Searches:9331/ Grail/Grail-1.3/ GrailEXP/grailexp/ GeneMark/GeneMark/hmmchoice.html Veil/labs/compbio/veil.html AAT/aat.html GENEIDhttp://www.imim.es/GeneIdentification/Geneid/geneid_input.html Genlang/~sdong/genlang_home.html GeneParser/~eesnyder/GeneParser.html Glimmer/labs/compbio/glimmer.html MZEF/genefinder Procrustes/software/procrustes/蛋白质结构预测分析 Expasyhttp://www.expasy.ch/ Predicting protein secondary structure:9331/pssprediction/pssp.html Predicting protein 3D Structureshttp://dove.embl-heidelberg.de/3D/ Predicting protein structures:9331/seq-search/struc-predict.html其它分析工具和软件 Putative DNA Sequencing Errors Checkhttp://www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/ MatInspectorhttp://www.gsf.de/cgi-bin/matsearch.pl FastMhttp://www.gsf.de/cgi-bin/fastm.pl Web Signal Scanhttp://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/sigscan/signal.html BCM Search Launcher:9331/seq-util/seq-util.html Webcutter/cutter/cut2.html Translate DNA to proteinhttp://www.expasy.ch/tools/dna.html ABIMhttp://www-biol.univ-mrs.fr/english/logligne.html sequence motifs: Pfam/Pfam// ProDomhttp://protein.toulouse.inra.fr/prodom.html PRINTS/bsm/dbbrowser/PRINTS/其它多种数据库、分析工具和生物信息学机构/stc-95/Restools/biotools 多种数据库和分析工具/Tools/ Comparative sequence analysishttp://www.bork.embl-heidelberg.de/ 功能基因组分析 Transcription profiling technologies/ncicgap/expression_tech_info.html Protocols for cDNA array technology/pbrown/array.html Data management and analysis of gene expression arrays/DIR/LCG/15k/HTML/Examples of commercially available filter arrays: GeneFiltersTM (Research Genetics) Gene Discovery Arrays (Genome Systems) AtlasTM Arrays (CLONTECH)。

一PubMed数据库简介

PubMed页面的结构
检索提问区相关数据库链接、检索提问框、辅助检索工具
辅助功能区
Entrez简介、 PubMed服务、特有检索、相关资源
检索提示区对各项检索功能的简单描述
NCBI数据库
Nucleotide：DNA序列数据库 Protein：蛋白质序列数据库 Genome：基因组序列数据库 Structure：分子结构模型数据库 Popset：种群、种系发生或突变序列数据库 Taxonomy：微生物类别数据库 OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库。
六、特别检索服务
Journal Browser：期刊浏览器 MeSH Browser：主题词浏览器 Citation Matcher：单篇/多篇
引文匹配器 Clinical Queries：临床咨询
1. Journal Browser：期刊浏览器
查找指定期刊上发表的文章。可分别以期刊的全名或名称某个词、期刊名称在 MEDLINE 的缩写或 ISSN 号来检索；若点击超链 journals with links to full-text web sites，可获取与PubMed链接提供全文的期刊名单。
如果不希望系统将两词分开，则需要用“”把检索词括起来，即强迫PubMed进行词组检索。如“single cell”。
当用双引号括起词语时，PubMed将不执行自动词语匹配功能。
四、PubMed的基本检索功能（六）
逻辑运算符检索
在检索框中输入逻辑运算符，注意要大写，执行顺序从左向右，可用括号来改变此顺序。
四、PubMed的基本检索功能（二）
作者姓名检索
在检索框内按照姓+名缩写(不用标点)的格式键入作者姓名，如Smith ja，系统会自动在作者字段内进行检索。

生物信息数据

实验一；生物信息学数据库和软件的搜索专业：学号：30 姓名：宸一：搜索生物信息学数据库或软件（1）1：NCBI 美国国家生物技术信息中心网址：/2：NCBI 美国国家生物技术信息中心，National Center for Biotechnology InformationNCBI管理着GenBank、UniGene、dbSNP等数据库，提供Entrez、BLAST等数据库检索工具。

所有的这些数据库都可以通过Entrez搜索引擎在线访问.3：（2）1：欧洲生物信息学研究所网址：/2：EBI，欧洲生物信息学研究所，European Bioinformatics Institute1994年成立于英国剑桥，其前身为位于德国海德堡的欧洲分子生物学实验室的信息部门。

EBI 接受了原来EMBL数据库的管理和维护，并且是欧洲分子生物学网（EMBnet）的一个特别节点。

3：（3）1：欧洲分子生物学信息网网址：/2：EMBnet, 欧洲分子生物学信息网建立于1988年，在荷兰注册。

中国在1996年加入其成员国，EMBnet的中国节点设在北京大学生物信息中心PKUCBI3：（4）1：日本国立遗传学研究所网址：http://www.ddbj.nig.ac.jp2：NIG 日本国立遗传学研究所，National Institute of Genetics维护和管理日本DNA数据库DDBJ。

该数据库首先反映日本产生的数据，同EMBL、GenBank有合作关系3：（5）1：中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心的网站网址：2：BioSino 中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心的网站它的主要任务是维护我国的核酸序列公共数据库，提供包括各种链接的生物学导航信息，含中英文本。

3：（6）1：北京大学生物信息中心网址：2：CBI 或PKUCBI，北京大学生物信息中心CBI成立于1997年3月，它是EMBnet的中国节点，也是亚太生物信息网APBionet的中国节点。

DAVID使用方法介绍

DAVID使用说明文档一、DAVID简介DAVID （the Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery）的网址是/。

DAVID是一个生物信息数据库，整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表（成百上千个基因ID或者蛋白ID列表）提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。

DAVID这个工具在2003年发布，目前版本是v6.7。

和其他类似的分析工具，如GoMiner，GOstat等一样，都是将输入列表中的基因关联到生物学注释上，进而从统计的层面，在数千个关联的注释中，找出最显著富集的生物学注释。

最主要是功能注释和信息链接。

二、分析工具：DAVID需要用户提供感兴趣的基因列表，在基因背景下，使用提供的分析工具，提取该列表中含有的生物信息。

这里说的基因列表和背景文件的选取对结果至关重要。

1.基因列表：这个基因列表可能是上游的生物信息分析产生的基因ID列表。

对于富集分析而言，一般情况下，大量的基因组成的列表有更高的统计意义，对富集程度高的特殊Terms有更高的敏感度。

富集分析产生的p-value在相同或者数量相同的基因列表中具有可比性。

DAVID对于基因列表的格式要求为每行一个基因ID或者是基因ID用逗号分隔开。

基因列表的质量会直接影响到分析结果。

这里定性给出好的基因列表应该具有的特点，一个好的基因列表至少要满足以下的大部分的要求：（1）包含与研究目的相关的大部分重要的基因（如标识基因）。

（2）基因的数量不能太多或者太少，一般是100至10000这个数量级。

（3）大部分基因可以较好的通过统计筛选，例如，在控制组和对照组样品间选择显著差异表达基因时，使用的t-test标准：fold changes >=2 && P-values <=0.05。

（4）大部分是上下调的基因都涉及到特定的某一生物过程，而不是随机的散布到所有可能的生物过程中。

DAVID生物信息数据库系统使用说明

DAVID生物信息数据库系统使用说明一、DAVID简介DAVID （the Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery）的网址是。

DAVID是一个生物信息数据库，整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表（成百上千个基因ID或者蛋白ID列表）提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。

DAVID这个工具在2003年发布，目前版本是v6.7。

和其他类似的分析工具，如GoMiner，GOstat等一样，都是将输入列表中的基因关联到生物学注释上，进而从统计的层面，在数千个关联的注释中，找出最显著富集的生物学注释。

最主要是功能注释和信息链接。

二、分析工具：DAVID需要用户提供感兴趣的基因列表，在基因背景下，使用提供的分析工具，提取该列表中含有的生物信息。

这里说的基因列表和背景文件的选取对结果至关重要。

1.基因列表：这个基因列表可能是上游的生物信息分析产生的基因ID列表。

对于富集分析而言，一般情况下，大量的基因组成的列表有更高的统计意义，对富集程度高的特殊Terms有更高的敏感度。

富集分析产生的p-value在相同或者数量相同的基因列表中具有可比性。

DAVID对于基因列表的格式要求为每行一个基因ID或者是基因ID用逗号分隔开。

基因列表的质量会直接影响到分析结果。

这里定性给出好的基因列表应该具有的特点，一个好的基因列表至少要满足以下的大部分的要求：（1）包含与研究目的相关的大部分重要的基因（如标识基因）。

（2）基因的数量不能太多或者太少，一般是100至10000这个数量级。

（3）大部分基因可以较好的通过统计筛选，例如，在控制组和对照组样品间选择显著差异表达基因时，使用的t-test标准：fold changes >=2 && P-values <=0.05。

（4）大部分是上下调的基因都涉及到特定的某一生物过程，而不是随机的散布到所有可能的生物过程中。

DAVID使用方法介绍

DAVID使用说明文档一、DAVID简介DA VID （the Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery）的网址是/。

DA VID是一个生物信息数据库，整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表（成百上千个基因ID或者蛋白ID列表）提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。

DA VID这个工具在2003年发布，目前版本是v6.7。

和其他类似的分析工具，如GoMiner，GOstat等一样，都是将输入列表中的基因关联到生物学注释上，进而从统计的层面，在数千个关联的注释中，找出最显著富集的生物学注释。

最主要是功能注释和信息链接。

二、分析工具：DAVID需要用户提供感兴趣的基因列表，在基因背景下，使用提供的分析工具，提取该列表中含有的生物信息。

这里说的基因列表和背景文件的选取对结果至关重要。

1.基因列表：这个基因列表可能是上游的生物信息分析产生的基因ID列表。

对于富集分析而言，一般情况下，大量的基因组成的列表有更高的统计意义，对富集程度高的特殊Terms有更高的敏感度。

富集分析产生的p-value在相同或者数量相同的基因列表中具有可比性。

DAVID对于基因列表的格式要求为每行一个基因ID或者是基因ID用逗号分隔开。

基因列表的质量会直接影响到分析结果。

这里定性给出好的基因列表应该具有的特点，一个好的基因列表至少要满足以下的大部分的要求：（1）包含与研究目的相关的大部分重要的基因（如标识基因）。

（2）基因的数量不能太多或者太少，一般是100至10000这个数量级。

（3）大部分基因可以较好的通过统计筛选，例如，在控制组和对照组样品间选择显著差异表达基因时，使用的t-test标准：fold changes >=2 && P-values <=0.05。

（4）大部分是上下调的基因都涉及到特定的某一生物过程，而不是随机的散布到所有可能的生物过程中。

生物信息学数据库大全

综合数据库★INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。

由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。

★EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。

/embl.html ★GenBank ，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。

/Web/Genbank/★DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库。

http://www.ddbj.nig.ac.jp/★GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）。

/gsdb/★TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。

/tdb/hcd/overview.htmlDNA序列数据库包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。

★BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。

/★CUTG,MM子使用频度表。

http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.htmlhttp://www.kazusa.or.jp/codon/http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html★EPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）。

http://www.epd.isb-sib.ch/★TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。

http://transfac.gbf.de/TRANSFAC★TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。

http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/★OOTFD,转录因子和基因表达数据库。

EBI简介

EBI生物信息数据库简介The European Bioinformatics Institute（EBI）是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一（网址：/），位置座落于英国The Wellcome Trust Genome Campus。

The WellcomeTrust Genome Campus有三个分子生物研究单位，分别为EBI、SangerInstitute与HGMP（The UK Medical Research Council Human Genome Mapping Project Resource Centre），而这三个研究单位正提供全球最大的基因体与生物信息研究贡献。

其中，EBI的任务就是确保分子生物与基因体的研究信息可以公开并且免费提供给科学社群，以促进科学进步。

EBI所提供的服务包括建立/维护数据库、提供分子生物相关信息服务、执行分子生物与计算分子生物研究；所服务的对象与研究人员扩及各产业，包括分子生物、基因体、医学与农业学术研究、农业、生物技术、化学与制药工业。

本文以下将针对EBI对生物信息的贡献，以及目前提供的生物信息数据库与工具资源做简介，期望分子生物社群能对EBI有更多认识，并且能更有效率、更充分的使用与利用EBI所提供公开资源。

一、EBI简介(一) EBI的历史EBI是一个非营利性的学术机构，它是European Molecular Biology Laboratory（EMBL）组成的一部分。

EBI的基础建筑在EMBL Nucleotide Sequence Data Library（EMBL）。

EMBL是一个国际级的研究机构，由15个国家提供经费，共同致力于分子生物研究。

EMBL Nucleotide Sequence Data Library（EMBL）设立于1980年，位于德国Heidelberg EMBL实验室，是世界上第一个核酸序列数据库。

此Library设立的原始目的是建立DNA序列的中央计算机数据库，而非科学家投稿至期刊的序列，直到开始收集文献的信息时，才将直接上传电子数据变成主要工作。

生物信息学实验报告1(一)生物信息学数据库

（一）生物信息学数据库实验目的：了解生物信息学的各大门户网站,了解数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。

1、分别读取人CDK4的核酸序列及蛋白质序列，保存FASTA格式序列，熟悉数据库记录的flatfile格式，看懂其中的注释。

在NCBI数据库中读取人CDK4的核酸序列，步骤入下：（1）选择核酸(Nucleotide）将CDK4输入搜索栏中，点击Search。

（2）在Top Organisms中选择人（Homo sapients）(3)在数据库出现的数据中选择合适的核酸序列，选择FASTA可以使序列以FASTA 的格式显示出来。

GenBank形式则显示该序列的详细信息。

（4）保存的FASTA格式序列如下>gi|345525417|ref|NM_000075.3| Homo sapiens cyclin-dependent kinase 4 (CDK4), mRNACACCTCCTGTCCGCCCCTCAGCGCATGGGTGGCGGTCACGTGCCCAGAACGTCCGGCGTTCGCCCCG CCCTCCCAGTTTCCGCGCGCCTCTTTGGCAGCTGGTCACATGGTGAGGGTGGGGGTGAGGGGGCCTCTCTAG CTTGCGGCCTGTGTCTATGGTCGGGCCCTCTGCGTCCAGCTGCTCCGGACCGAGCTCGGGTGTATGGG(5) 在NCBI数据库中读取人CDK4的蛋白质序列，步骤入下：选择蛋白质(Protein）将CDK4输入搜索栏中，点击Search。

选择CDK4[Homo sapiens]的FASTA格式2、2BXI练习使用Jmol浏览蛋白质的三维结构。

()先进入PDB，再查看。

无法访问此网站3、练习使用Pubmed文献数据库（1）Pubmed检索运算符逻辑与：AND；逻辑或：OR；逻辑非：NOT。

注：当当一个检索表达式中同时含有三个运算符时，运算顺序从左至右，括号可以改变运算顺序。

生物信息学实验报告

生物信息学实验报告姓名：__**_______学号：___*********____指导老师：___***____南京航空航天大学2011年11月实验一生物信息数据库的检索一．实验目的：1.了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。

2.了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。

3.以PubMed为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。

二．实验内容：（1）国际与国内的生物信息中心国际NCBI、EBI、ExPASy，EMBL、SIB、TIGR以及国内CBI、BioSino网站的熟悉及内容的了解。

核酸序列数据库：genbank/EMBL-bank/DDBJNCBI网址：/EBI网址：/EMBL网址：/embl蛋白质序列数据库：Swiss Prot 、ExPASy网址：/Uniprot网址：/蛋白质结构数据库：PDB网址：/pdb/（2）检索练习：The spike protein of SARS-Corona Virus在NCBI中的核酸记录序列：LOCUS CS244439 3897 bp DNA linear PAT 17-JUL-2006DEFINITION Sequence 3 from Patent WO2005118813.ACCESSION CS244439VERSION CS244439.1 GI:84659113KEYWORDS .SOURCE SARS coronavirusORGANISM SARS coronavirusViruses; ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage; Nidovirales;Coronaviridae; Coronavirinae; Betacoronavirus.REFERENCE 1AUTHORS Altmeyer,R., Nal-Rogier,B., Chan,C., Kien,F., Kam,Y.W., Siu,Y.L.,Tse,K.S., Staropoli,I. and Manuguerra,J.C.TITLE Nucleic acids, polypeptides, methods of expression, and immunogeniccompositions associated with sars corona virus spike proteinJOURNAL Patent: WO 2005118813-A2 3 15-DEC-2005;INSTITUT PASTEUR (FR); Hong Kong Pasteur Research Centre Limited(CN)FEATURES Location/Qualifierssource 1..3897/organism="SARS coronavirus"/mol_type="unassigned DNA"/db_xref="taxon:227859"CDS 44..3847/note="unnamed protein product"/codon_start=1/protein_id="CAJ56183.1"/db_xref="GI:84659114"/translation="MFIFLLFLTLTSGSDLDRCTTFDDVQAPNYTQHTSSMRGVYYPDEIFRSD TLYLTQDLFLPFYSNVTGFHTINHTFGNPVIPFKDGIYFAATEKSNVVRGWVFGSTMN NKSQSVIIINNSTNVVIRACNFELCDNPFFA VSKPMGTQTHTMIFDNAFNCTFEYISDA FSLDVSEKSGNFKHLREFVFKNKDGFL YVYKGYQPIDVVRDLPSGFNTLKPIFKLPLG INITNFRAILTAFSPAQDIWGTSAAAYFVGYLKPTTFMLKYDENGTITDA VDCSQNPLA ELKCSVKSFEIDKGIYQTSNFRVVPSGDVVRFPNITNLCPFGEVFNATKFPSVY AWERK KISNCVADYSVL YNSTFFSTFKCYGVSATKLNDLCFSNVYADSFVVKGDDVRQIAPG QTGVIADYNYKLPDDFMGCVLAWNTRNIDA TSTGNYNYKYRYLRHGKLRPFERDIS NVPFSPDGKPCTPPALNCYWPLNDYGFYTTTGIGYQPYRVVVLSFELLNAPATVCGP KLSTDLIKNQCVNFNFNGLTGTGVLTPSSKRFQPFQQFGRDVSDFTDSVRDPKTSEIL DISPCSFGGVSVITPGTNASSEV A VL YQDVNCTDVSTAIHADQLTPAWRIYSTGNNVFQ TQAGCLIGAEHVDTSYECDIPIGAGICASYHTVSLLRSTSQKSIV AYTMSLGADSSIAY SNNTIAIPTNFSISITTEVMPVSMAKTSVDCNMYICGDSTECANLLLQYGSFCTQLNR ALSGIAAEQDRNTREVFAQVKQMYKTPTLKYFGGFNFSQILPDPLKPTKRSFIEDLLF NKVTLADAGFMKQYGECLGDINARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDDMIAAYTAALVSG TA TAGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVL YENQKQIANQFNKAISQIQES LTTTSTALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDR LITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSF PQAAPHGVVFLHVTYVPSQERNFTTAPAICHEGKAYFPREGVFVFNGTSWFITQRNFF SPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIINNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDI SGINASVVNIQKEIDRLNEV AKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYVWLGFIAGLIAI VMVTILLCCMTSCCSCLKGACSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYTGPGGDYKDDD DK"ORIGIN1 ctatagggcg aattgggtac cgctagcgga tccgcgcgcc accatgttta ttttcctgct61 gtttctgact ctgaccagcg gcagtgacct ggaccggtgc accacttttg atgatgtgca121 ggctcctaat tacactcagc atacttcctc tatgaggggc gtgtactatc ctgatgaaat181 ttttagatcc gacactctgt atctgactca ggatctgttt ctgccattct attctaatgt241 gacaggcttt catactatta atcatacctt tggcaaccct gtgatccctt ttaaggatgg301 catctatttt gctgccacag agaagtccaa tgtggtgcgg ggatgggtgt tcggctctac361 catgaacaac aagtcccagt ccgtgattat tattaacaat tctactaatg tggtgatccg421 agcctgtaac tttgaactgt gtgacaaccc attctttgct gtgtctaagc ccatgggcac481 acagacacat actatgatct tcgataatgc ctttaattgc actttcgagt acatctctga541 tgccttttcc ctggatgtgt ccgaaaagtc cggcaacttt aagcacctgc gagagtttgt601 gtttaagaat aaggatggct ttctgtatgt gtataagggc tatcagccta tcgacgtggt661 gcgcgatctg ccttctggct ttaacactct gaagcctatt tttaagctgc ctctgggcat721 taacattaca aattttcggg ccattctgac agcctttagc cctgctcagg acatttgggg 781 cacctctgct gccgcctatt ttgtgggcta tctgaagcca actaccttta tgctgaagta 841 tgatgaaaat ggcacaatca cagatgctgt ggattgttct cagaatccac tggctgaact 901 gaagtgctct gtgaagagct ttgagattga caagggaatc taccagacct ctaatttccg 961 cgtggtgccc tctggagatg tggtgagatt ccctaatatt acaaacctgt gtccttttgg 1021 agaagtgttt aatgctacta agttcccttc tgtgtatgcc tgggagagaa agaagatttc 1081 taattgtgtg gctgattact ctgtgctgta caactccaca ttttttagca cctttaagtg1141 ctatggcgtg tctgccacta agctgaatga tctgtgcttc tccaatgtgt atgccgattc 1201 ttttgtggtg aagggagatg atgtgagaca gatcgcccca ggacagactg gcgtgattgc 1261 tgattacaat tataagctgc cagatgattt catgggctgt gtgctggctt ggaatactag 1321 gaacattgat gctacttcca ctggcaatta 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ctccgtggat tgtaatatgt acatctgcgg 2221 agattctacc gaatgtgcta atctgctgct gcagtatggc agcttttgca cacagctgaa 2281 tcgggctctg tctggcattg ctgctgaaca ggatcgcaac acacgggaag tgttcgctca 2341 agtgaagcag atgtataaga ccccaactct gaagtatttt ggcggcttta atttttccca 2401 gatcctgcct gaccctctga agcccactaa gcggtctttt attgaggacc tgctgtttaa 2461 caaagtgaca ctggctgatg ctggctttat gaagcagtat ggcgaatgcc tgggcgatat 2521 taatgctaga gatctgattt gtgcccagaa gttcaatggc ctgacagtgc tgcctcctct 2581 gctgactgat gatatgattg ctgcctacac tgctgctctg gtgtctggca ctgccactgc 2641 tggatggaca tttggcgctg gcgctgctct gcagatccct tttgctatgc agatggccta 2701 tcggttcaat ggcattggag tgacccagaa tgtgctgtat gagaaccaga agcagattgc 2761 caaccagttt aacaaggcca ttagtcagat tcaggaatcc ctgacaacaa catccactgc 2821 cctgggcaag ctgcaggacg tggtgaacca gaatgctcag gccctgaaca cactggtgaa 2881 gcagctgagc agcaattttg gcgccatttc cagtgtgctg aatgatatcc tgtcccgact 2941 ggataaagtg gaggccgaag tgcagattga caggctgatt acaggcagac tgcagagcct 3001 gcagacctat gtgacacagc agctgatcag ggctgctgaa atcagggctt ctgccaatct 3061 ggctgctact aagatgtctg agtgtgtgct gggacagtcc aagagagtgg acttttgtgg 3121 aaagggctac cacctgatgt ccttcccaca ggctgcccct catggagtgg tgttcctgca 3181 tgtgacctat gtgccatccc aggagaggaa cttcaccaca gccccagcca tttgtcatga 3241 aggcaaggcc tacttccctc gggaaggcgt gttcgtgttt aatggcactt cttggtttat 3301 tacacagcgg aacttcttta gcccacagat catcactaca gacaatacat ttgtgtccgg3361 aaattgtgat gtggtgattg gcatcattaa caacacagtg tatgatcctc tgcagcctga3421 gctggactcc ttcaaggaag agctggacaa gtacttcaag aatcatacat ccccagatgt3481 ggatctgggc gacatttccg gcattaacgc ttctgtggtg aacattcaga aggaaattga3541 ccgcctgaat gaagtggcta agaatctgaa tgaatccctg attgacctgc aggaactggg3601 caagtatgag cagtatatta agtggccttg gtatgtgtgg ctgggcttca ttgctggact3661 gattgccatc gtgatggtga caatcctgct gtgttgcatg acctcctgtt gcagttgcct3721 gaagggcgct tgctcttgtg gatcttgctg caagtttgat gaggatgact ctgagccagt3781 gctgaagggc gtgaagctgc attacacagg gcccggcggc gactacaagg acgatgacga3841 caagtgatag atcgatgcat ggatccgttt aaaccgagct ccagctttgt tcccttaThe spike protein of SARS-Corona Virus在SWISS-PROT蛋白质序列：The spike protein of SARS-Corona Virus在PDB蛋白质结构序列：（3）文献信息的查找与管理有效地使用NCBI PubMed提供的各种主要功能，查询并下载相关课题或研究方向的论文文摘与文献全文。

国内外文献数据库的网址

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分子生物学中常用数据库

分子生物学中常用数据库综合数据库：来源：/news/science/article/90048.html生物信息学网址链接：http://www.bioinformatics.ca/links_directory/Nucleic Acid Research Database Issue：/content/vol32/suppl_2/一、蛋白相关数据库蛋白质结构域预测工具Esignal：/esignal/信号传导系统蛋白的结构域预测工具，凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预测效果最佳SignalP：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/信号肽预测工具，适合定位于非胞质位置的蛋白质Emotif：/emotif-search/结构域预测工具，由于其用motif电子学习的方法产生结构域模型，故预测效果比Prosite好Ematrix：/ematrix/是用Matrix的方法创建的结构域数据库，可与emotif互相印证。

其速度快，可快速搜索整个基因组InterPro：/InterProScan/EBI提供的服务，用图形的形式表示出搜索的结构域结果TRRD：http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/转录因子结构域预测的最好数据库。

但不会用Protscale：/cgi-bin/protscale.pl可分析该序列的各种性状如活动度、亲水性（Kyte&Doolittle）、抗原性（Hopp&Woods）等通过寻找MOTIF和Domain来分析蛋白质的功能A. MOTIF是蛋白中较小的保守序列片断，其概念比Domain小PROSITE：/tools/scanprosite/是专门搜索蛋白质Motif的数据库，其中signature seqs是最重要的motif信息B. Domain：若干motif可形成一个Domain，每个Domain形成一个球形结构，Domain与Domain之间通常像串珠一样相连Pfam：可以搜索某段序列中的Domain，并以图形化表示出来。