常用生物信息学数据库和分析工具网址
ensembl使用方法
ensembl使用方法Ensembl使用方法导言：Ensembl是一个广泛应用于生物信息学领域的基因组注释和比较工具。
它提供了丰富的生物信息学数据库和分析工具，用于研究基因组的结构、功能和演化。
本文将介绍Ensembl的使用方法，帮助用户快速上手并进行基因组数据挖掘和分析。
一、访问Ensembl网站：1. 打开Ensembl网站：使用浏览器访问Ensembl的官方网站2. 导航到感兴趣的物种：在Ensembl网站的首页，找到并点击您感兴趣的物种。
Ensembl支持多种物种的基因组数据，包括人类、小鼠、果蝇等。
二、基本功能：1. 注释浏览器：Ensembl提供了一个注释浏览器（annotation browser），用于查看和浏览物种的基因组注释信息。
您可以搜索感兴趣的基因、基因组区域或SNP，并查看与之相关的注释信息，如基因结构、启动子、失活区域等。
2. 数据下载：除了浏览注释信息，Ensembl还提供了丰富的数据下载功能。
您可以下载基因组序列、基因注释和表达数据等，以供后续的生物信息学分析。
3. 比较基因组：Ensembl还支持基因组的比较分析。
您可以选择多个物种进行比较，查找共有的基因、进化保守区域等。
这对于研究物种间的基因保守性和演化关系非常有用。
三、高级功能：1. 基因组浏览器：除了注释浏览器，Ensembl还提供了高级的基因组浏览器，如Ensembl Genome Browser。
它可以帮助您更全面地浏览和分析基因组数据，如基因表达图、染色体互动图等。
2. BLAST搜索：Ensembl集成了BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）搜索功能，允许您在基因组序列中进行本地比对，并找到与您的序列相似的区域和基因。
四、学习资源：1. 官方文档和教程：Ensembl官方网站提供了详细的文档和教程，帮助用户了解和使用Ensembl的各项功能。
您可以参阅官方文档以获得更多的细节和指导。
生物信息学软件 (2)
生物信息学软件
生物信息学软件是一类专门用于处理、分析和解释生物学
数据的软件工具。
这些软件通常用于基因组学、蛋白质组学、转录组学和代谢组学研究中。
以下是一些常用的生物
信息学软件：
1. BLAST：用于快速在数据库中搜索相似序列的工具，对
于序列比对和亲缘关系分析非常有用。
2. ClustalW：用于多序列比对的软件，可以比较多个序列
之间的相似性和差异。
3. GROMACS：用于分子动力学模拟和分子力学计算的软件，可以模拟蛋白质、核酸等生物分子的结构和动态行为。
4. PHYLIP：用于构建进化树和系统发育分析的软件，可以根据序列的差异性推断出生物物种之间的进化关系。
5. R：一种统计软件，提供了广泛的生物信息学功能和数据处理方法。
6. Cytoscape：用于网络分析和可视化的软件，可以分析和可视化基因调控网络、蛋白质相互作用网络等。
7. NCBI工具包：由美国国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一组工具，包括BLAST、Entrez等，用于生物序列和文献检索。
8. Galaxy：一个基于云计算的生物信息学分析平台，提供了大量的工具和工作流，方便生物学家进行数据分析和可视化。
9. MetaboAnalyst：用于代谢组学数据分析的软件，可以进行代谢物注释、统计分析、通路分析等。
10. Geneious：用于序列分析和比对、系统发育分析、基因预测等多种生物信息学任务的集成软件。
以上只是一小部分常用的生物信息学软件，随着科学研究的进展，新的软件工具不断涌现。
生物信息学-甲基化引物设计
primer pair for the unmethylated DNA (U pair) should
contain the same CpG sites within their sequences.
2. 人类组蛋白修饰数据库
人类组蛋白修饰数据库（HHMD），网址： 今为止收录各种实验测定的人类基因组
组蛋白修饰最为全面的数据库，当前版本共涵盖了43
种人类组蛋白修饰的大通量实验数据，并提供了通过
文献挖掘的与99种癌症相关的组蛋白修饰。
MSP工作原理
胞嘧啶结构式
重亚硫酸盐 尿嘧啶结构式
MSP工作原理
Recommendations for Bisulfite Sequencing (BSP)
Primers designed by Methyl Primer Express software do not contain any
rich region.
Recommendations for Methylation-Specific PCR (MSP) Each primer should contain at least three CpG sites in its sequence, and one of the CpG sites should be at the 3’ end of the sequence to maximally discriminate between methylated DNA and unmethylated DNA.
Methylation of CpG Island
一、表观遗传学常用数据库 1. 人类表观基因组计划数据库
人类表观基因组计划数据库（The Human Epigenome Project,HEP），网址：/。 人类表观基因组计划旨在确定、记录和解释人类所有基 因在所有主要组织中的基因组范围内DNA甲基化模式。
生物信息学分析工具的使用教程
生物信息学分析工具的使用教程导言：在生物学领域中，随着高通量测序技术的快速发展，生物信息学分析工具的应用变得越来越重要。
这些工具能够帮助研究人员进行基因组、转录组、蛋白质组等大规模数据的分析和解释。
本文将为您介绍几种常用的生物信息学工具，并提供详细的使用指南。
一、BLAST（基因序列比对工具）BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是最常用的生物信息学工具之一，用于比对基因或蛋白质序列中的相似性。
以下是使用BLAST的步骤：1. 打开NCBI网站的BLAST页面，并选择适当的BLAST程序（如BLASTn、BLASTp等）。
2. 将查询序列粘贴到"Enter Query Sequence"框中，或者上传一个FASTA格式的文件。
3. 选择适当的数据库，如"nr"（非冗余序列数据库）或"refseq_rna"（已注释的RNA序列数据库）。
4. 设置相似性阈值、期望值和其他参数。
5. 点击"BLAST"按钮开始比对。
6. 结果页面会显示比对结果的列表和详细信息，包括匹配上的序列、相似性得分等。
二、DESeq2（差异表达基因分析工具）DESeq2是一种用于差异表达基因分析的R包。
以下是使用DESeq2的步骤：1. 安装R语言和DESeq2包。
2. 将基因表达矩阵导入R环境中，并进行预处理（如去除低表达基因）。
3. 根据实验设计设置条件和组别。
4. 进行差异分析，计算基因的表达差异和显著性。
5. 可视化差异表达基因的结果，如绘制散点图、MA图、热图等。
三、GSEA（基因集富集分析工具）GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一种基于基因集的富集分析方法，用于识别与特定性状或实验条件相关的生物学功能。
以下是使用GSEA的步骤：1. 准备基因表达矩阵和相关的分组信息。
生物信息数据库
NCBI：
二、重要生物信息数据库
生物信息学数据的表示形式
生物信息学数据的表示形式
平面文件 (flat-file)
– 信息在文件中顺序存放且具有特定格式 – 记录(Entry)通过“获得号”(accession #)
唯一确定 – 同一文件间和不同文件间信息的联系均
通过ac认为这些蛋白质具有 相同的折叠方式。在这些情况下，结构的相似性主要依 赖于二级结构单元的排列方式或拓扑结构。
蛋白质结构分类数据库CATH
类型Class、构架Architecture 、拓扑结构Topology和 同源性Homology 。
分类基础是蛋白质结构域。与SCOP不同的是，CATH 把蛋白质分为4类，即a主类、b主类，a-b类（a/b型 和a+b型）和低二级结构类。低二级结构类是指二级 结构成分含量很低的蛋白质分子。
描述了结构和进化关系。 SCOP数据库从不同层次对蛋白质结构进行分类，以反
映它们结构和进化的相关性。 第一个分类层次为家族，通常将序列相似性程度在30%
以上的蛋白质归入同一家族，有比较明确的进化关系。 超家族：序列相似性较低，结构和功能特性表明它们有
共同的进化起源，将其视作超家族。 折叠类型：无论有无共同的进化起源，只要二级结构单
EMBL格式： 欧洲分子生物学EMBL数据库的每个条目是一份纯文 本文件，每一行最前面是由两个大写字母组成的识别 标志，常见的识别标志列举在后面的表中。识别标志 “特性表”FT包含一批关键字，它们的定义已经与 GenBank和DDBJ统一。下欧洲国家的许多数据库如 SWISS-PROT、ENZYME、TRANSFAC等，都采用 与EMBL一致的格式。
1）头部包含关于整个序列的信息（描述字符），从 LOCUS行到 ORIGIN行；
生物信息学常用数据库(已分类)
疟原虫属(Plasmodium)基因组 酵母基因组数据库(SGD) /Saccharomyces 酿酒酵母基因组 TIGR微生物数据库 /tdb/mdb/mdbcomplete.html
COMPEL http://compel.bionet.nsc.ru/ 复合调控元件（Composite regulatory elements）
CUTG http://www.kazusa.or.jp/codon/ 遗传密码使用表
DBTBS http://dbtbs.hgc.jp/ 枯草杆菌反式作用因子和启动子
ArkDB /sites.html 农业相关和其他动物的基因组数据库
综合的微生物资源(CMR) /tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl 已完成测序的微生物基因组
CropNet / 农作物基因组图谱
CyanoBase http://www.kazusa.or.jp/cyano/
Synechocystis sp.基因组
EMGlib http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html 已完成基因组测序的细菌、古细菌、酵母
EcoGene /EcoGene/EcoWeb/ 大肠杆菌(E.coli)K-12的序列
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名称 地址 说明
AceDB /Software/Acedb/ 线虫(C.elegans),酵母(S.pombe)的序列和基因组信息
AmmtDB r.it/mitochondriome/ 寄生虫(Metazoan)线粒体DNA序列
基于生物大数据技术的生物信息学分析工具介绍
基于生物大数据技术的生物信息学分析工具介绍生物信息学是一门综合应用生物学、计算机科学和统计学的交叉学科，旨在研究和理解生物体内的各种生物大分子（例如DNA、RNA和蛋白质）的结构、功能和相互作用。
随着高通量测序技术的发展，生物学实验产生的数据量呈指数级增长，从而催生了生物信息学领域的快速发展。
为了更好地处理和分析这些大规模的生物数据，生物信息学分析工具应运而生。
在本文中，我将介绍几个基于生物大数据技术的生物信息学分析工具。
1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是生物信息学中广泛使用的工具，用于在数据库中搜索生物序列的相似性。
它可以将一个给定的DNA或蛋白质序列与数据库中的其他序列进行比对，从而找到相似的序列。
BLAST可以用于比对已知序列和未知序列之间的相似性，从而帮助解析未知序列的功能和进化关系。
2. Clustal OmegaClustal Omega是一种用于进行多序列比对的工具。
多序列比对是生物信息学中常用的技术，旨在确定多个序列之间的共有保守区域和变异区域。
Clustal Omega使用改进的多序列比对算法，可以高效地处理大规模的序列数据，并生成准确的比对结果。
这些比对结果可以用于研究序列的演化关系、结构域的保守性和功能区域的变异性。
3. PEAKSPEAKS是一种用于蛋白质组学数据分析的软件工具。
它可以从质谱数据中识别和鉴定蛋白质，并预测蛋白质的修饰位点和结构域。
PEAKS提供了多种分析模式和算法，适用于不同类型的质谱数据和生物学问题。
它可以帮助研究人员更好地理解蛋白质的功能和相互作用，在疾病诊断和药物研发方面具有重要的应用价值。
4. DESeq2DESeq2是一种用于差异表达基因分析的统计学工具。
它可以从RNA测序数据中识别和比较不同条件下的差异表达基因。
DESeq2根据数学模型和统计方法，可以准确地判断哪些基因在不同条件下的表达水平存在显著差异。
生物学网站大全
生物专业同学常去的国内外几大网站
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从医学、药学、生物化学、化学实验、分子生物学相关领域方面入手，真正解决科研机构及学生在实践论文中遇到的各种难题.
science杂志
美国生物技术信息中心(NCBI)
nature杂志
人类基因组数据库(NCBI)
/dBest/index.html
CMS MBR 生物网站
/srs5bin
人类基因组数据库(NCBI)
/web/Genbank/index.html
pubmed医学文献检索
/PubMed/medline.html
日本DNA数据库(DDBJ)
http://www.ddbj.nig.ac.jp
science online国内镜像
/
蛋白质信息资源(PIR)
/Dan/proteins/pir.html
Cell杂志
/
基因组数据库(GDB)
http://www.gdb/org/
美国科学院院刊PNAS网址(免费）/
蛋白质结构数据库(PDB)
/。
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http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdb
KEGG release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pathway
核苷酸数据库
GenBank
/
ftp:///genbank/gbrel.txt
dbEST summary report
/dbEST/dbESTsummarv.html
EMBL release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?embl
PDBSTR
http://www.genome.ad.jp
Prosite
/prosite
结构数据库
PDB
/pdb
NDB
/NDB/ndb.html
生物信息学常问的问题
/faq/
生物信息学机构
NCBI
/
International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
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Mouse Genome Informatics
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http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prf
PDBSTR release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdbstr
Prosite release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prosite
/entrez/query.fcgi?db=Genome
dbSNP
/SNP/
HTGS
/HTGS/
UniGene
/UniGene/
/NDB/structure-finder/nmr/index.html
Protein Plus Database
/NDB/structure-finder/protein/index.html
Plant R gene database
/rgenes
启动子数据库
Eukaryotic promoter database
http://www.epd.isb-sib.ch
http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html
转录因子数据库
Forage grasses genomes
/
/Topics/Species/Grasses/
Triticum genomes
/index.shtml
基因调控路径数据库(TRANSPATH)
http://transfac.gbf.de
基因组数据库
禾本科比较基因组
GrainGene
Botanical Data
/calflora/batanical.html
Arabidopsis genome
SoyBase
Alfalfa genome
Cotton genome
FRANSFAC
http://transfac.gbf.de
ooTFD
基因注释数据库
RAP-DB
b.nig.ac.jp
基因分类数据库
Gene Ontology (GO)
蛋白质数据库
日本水稻基因组(RGP)
http://rgp.dna.affrc.go.jp
水稻物理图谱
/projects/rice/fpc
华大水稻基因组框架图
dbEST
/dbEST/index.html
dbSTS
/dbSTS/index.html
dbGSS
/dbGSS/index.html
Genome (NCBI)
SWISS-PROT或TrEMBL
/swissprot/
http://www.expasy.ch/sprot/
PIR
PRF
/pkr/Welcome.do
http://www.prf.or.jp/
WIT
/WIT/
EcoCyc
/ecocyc/
UM-BBD
/umbbd/
多种代谢路径数据库
/stc-95/ResTools/biotools/biotools8.html
DDBJ release notes
http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjnew/ddbj relnote.html
Eukaryotic promoter database release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html
/chlamy_genome
粘菌（Dictyostelium）基因组
Animal genomes (ArkDB)
FlyBase
/.bin/fbidq.html?FBgn0003075
EMBL核苷酸数据库
/embl
Genome (EBI)
/genomes/
向EMBL数据库提交序列
/embl/Submission/webin.html
DDBJ
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
Enzyme Nomenclature Database
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Protein Kinase Resource (PKR)
/kinases/
LIGAND
http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html
Agricola
/ag98/
Rice Genetics Newsletter
/newsletters/rice_genetics
Proceedings of the NationalAcademy of SciencesUSA(PNAS)
Swiss 3Dimage
http://www.expasy.ch/sw3d/
SCOP
/scop/
CATH
/bsm/cath/
酶、代谢和调控路径数据库
KEGG
http://www.genome.ad.jp/kegg/
多种基因组数据库
/GenomeWeb
Rice Mutant Database
文献数据库
PubMed
/PubMed/
OMIM
/Omim/
SwissProt release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?swissprot
PIR release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pir
PRF release notes
EBI
/
USDA
/
Sanger Centre
/
北京大学生物信息学中心
数据库信息发布及其它
GenBank Release Notes
/
DNA-Binding Protein Dபைடு நூலகம்tabase
/NDB/structure-finder/dnabind/index.html
NMR Nucleic Acids Database
Glycine max genome
/PlantGDB/glycine_max.html
/PlantGDB
C. elegans genome
藻类（Chlamydomonas）基因组
欧洲水稻测序（第12染色体）
s.fr
OryGenesDB（水稻插入突变体）
http://orygenesdb.cirad.fr
Maize genome
Barley genome
/Research/barley/nabgmp.htm
常用生物信息学数据库和分析工具网址
数据库
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/2can
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/Education
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http://lectures.molgen.mpg.de/online_lectures.html