常用生物信息学数据库和分析工具网址

PDB release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdb
KEGG release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pathway
核苷酸数据库
GenBank
/
ftp:///genbank/gbrel.txt
dbEST summary report
/dbEST/dbESTsummarv.html
EMBL release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?embl
PDBSTR
http://www.genome.ad.jp
Prosite
/prosite
结构数据库
PDB
/pdb

NDB
/NDB/ndb.html
生物信息学常问的问题
/faq/
生物信息学机构
NCBI
/
International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
/collab/
Mouse Genome Informatics
/bin/query_accession?id=MGI:97555
Saccharomyces Genome Database
/cgi-bin/dbrun/SacchDB?find+Locus+%22PGK1%22
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prf
PDBSTR release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdbstr
Prosite release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prosite
/entrez/query.fcgi?db=Genome
dbSNP
/SNP/
HTGS
/HTGS/
UniGene
/UniGene/
/NDB/structure-finder/nmr/index.html
Protein Plus Database
/NDB/structure-finder/protein/index.html
Plant R gene database
/rgenes
启动子数据库
Eukaryotic promoter database
http://www.epd.isb-sib.ch
http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html
转录因子数据库
Forage grasses genomes
/
/Topics/Species/Grasses/
Triticum genomes
/index.shtml
基因调控路径数据库(TRANSPATH)
http://transfac.gbf.de
基因组数据库
禾本科比较基因组

GrainGene

Botanical Data
/calflora/batanical.html
Arabidopsis genome

SoyBase

Alfalfa genome

Cotton genome

FRANSFAC
http://transfac.gbf.de
ooTFD

基因注释数据库
RAP-DB
b.nig.ac.jp
基因分类数据库
Gene Ontology (GO)

蛋白质数据库
日本水稻基因组(RGP)
http://rgp.dna.affrc.go.jp
水稻物理图谱
/projects/rice/fpc

华大水稻基因组框架图

dbEST
/dbEST/index.html
dbSTS
/dbSTS/index.html
dbGSS
/dbGSS/index.html
Genome (NCBI)
SWISS-PROT或TrEMBL
/swissprot/
http://www.expasy.ch/sprot/
PIR

PRF
/pkr/Welcome.do
http://www.prf.or.jp/
WIT
/WIT/
EcoCyc
/ecocyc/
UM-BBD
/umbbd/
多种代谢路径数据库
/stc-95/ResTools/biotools/biotools8.html
DDBJ release notes
http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjnew/ddbj relnote.html
Eukaryotic promoter database release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html
/chlamy_genome
粘菌（Dictyostelium）基因组

Animal genomes (ArkDB)

FlyBase
/.bin/fbidq.html?FBgn0003075
EMBL核苷酸数据库
/embl
Genome (EBI)
/genomes/
向EMBL数据库提交序列
/embl/Submission/webin.html
DDBJ
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
Enzyme Nomenclature Database
http://expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.html
Protein Kinase Resource (PKR)
/kinases/
LIGAND
http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html
Agricola
/ag98/
Rice Genetics Newsletter
/newsletters/rice_genetics
Proceedings of the NationalAcademy of SciencesUSA(PNAS)
Swiss 3Dimage
http://www.expasy.ch/sw3d/
SCOP
/scop/
CATH
/bsm/cath/
酶、代谢和调控路径数据库
KEGG
http://www.genome.ad.jp/kegg/
多种基因组数据库
/GenomeWeb
Rice Mutant Database

文献数据库
PubMed
/PubMed/
OMIM
/Omim/
SwissProt release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?swissprot
PIR release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pir
PRF release notes
EBI
/
USDA
/
Sanger Centre
/
北京大学生物信息学中心

数据库信息发布及其它
GenBank Release Notes
/
DNA-Binding Protein Dபைடு நூலகம்tabase
/NDB/structure-finder/dnabind/index.html
NMR Nucleic Acids Database
Glycine max genome
/PlantGDB/glycine_max.html
/PlantGDB
C. elegans genome

藻类（Chlamydomonas）基因组
欧洲水稻测序（第12染色体）
s.fr
OryGenesDB（水稻插入突变体）
http://orygenesdb.cirad.fr
Maize genome

Barley genome
/Research/barley/nabgmp.htm
常用生物信息学数据库和分析工具网址
数据库
因特网网址
网上生物信息学教程
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http://lectures.molgen.mpg.de/online_lectures.html