生物信息学常用软件

Blast类型
Blastp：蛋白质序列与蛋白库比对 Blastx：核酸序列与蛋白质库比对 Blastn：核酸序列与核酸库比对 Tblastn：蛋白序列与核酸库比对
Tblastx：核酸序列与核酸库在蛋白级别比对
Blast的本地运行
1 建库
./makeblastdb -in 库文件路径名+文件名 –dbtype nucl(pro) –title 库名称 –out 输出路径+库名称 2 序列比对 ./blastn –query 路径和文件名 –db 库路径和名臣 task blastn –num_threads n –dust no –outfmt n – out 输出路径和文件名 3查看帮助文件 ./blastn -h
CLUSTALX
Clustalx初始界面
上传序列文件：点击file下拉菜单，选择load sequences。
序列加载完成的界面
进行多序列联配
选择输出路径→
比对结果
.aln结果文件
.dnd文件：可选择不同的树形图
BLAST
序列中可能包含一段着一段短的精确匹配的区域，或者分数非常高的一
段联配区域。寻找这样的区域，然后向首尾两端延伸，找到完整的联配。
NCBIblast下载：
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ Nibi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz
安装：
解压：tar –xvzf Nibi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz
作业
自选序列，用mega做一个系统发育树
作业请交至邮箱 swxxpx2015@126.com 邮件名及压缩 包名均为：第三次作业-名字
谢谢大家
生物信息常用软件
王双双 2015年9月16日
为什么要学软件
生物学研究的目的 = 解释生物学现象及意义 拿到的数据 = 不直观的字符
从数据到形成理论，需要软件来帮助实现
常用软件类型
基因组序列分析、序列比对软件（GCG、BLAST、
CLUSTAL等）
系统发育树构造软件（PHYLIP、PALM、MEGA4等
Blast输出类型
sim4
将表达序列与同物种或相近物种的基因组序列进行对
比，进而确定基因结构。 下载： http://globin.cse.psu.edu/html/docs/sim4.html 页面提供安装步骤： 解压 gunzip < sim4.tar.gz | tar -xvf – 进入解压文件夹 cd sim4.* 编译 make
使用及输出结果
Sim4 <file1> <file2> <outfile>
构建系统发育树
综合应用软件
综合应用软件功能多样，可以用于序列比对，PCR引物 设计，限制性酶切分析，质粒绘图，蛋白分析等等。
DNAMAN EMBOSS
Eprimer3设计引物
eprimer3 G:\seq.fa G:\a.txt -mintm 55.0 -maxtm 60.0 -mingc 40.0 maxgc 60.0 -productsizerange 100-200 -productosize 120 numreturn 10
）
分子动力学模拟软件（GROMACS、NAMD等）
……
怎样选择软件
功能类似的软件数不胜数，每一个都要试试？
序列比对
ຫໍສະໝຸດ Baidu
1 全局比对 衡量两条序列整体的相似性，即寻找一种联配方式，使整体相似 性最大化。
Clustal，muscle，hmmer
2 局部比对 不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部 分来获得最优匹配。 BLAST,BLAT