生物信息学-课堂练习生物信息学蛋白质序列分析-课堂练习

生物信息学蛋白质序列分析-课堂练习

ZNF395, 全称为Zinc Finger Protein395, 又被称为PBF，PRF1，DBP2，PRF-1，Si-1-8-14或DKFZp434K1210。其氨基酸序列为

结构域分析：http://www.expasy.ch/prosite/

(一)分析蛋白质的一级结构

分析蛋白质的pI、Mw、氨基酸组成:Tools and software packages------Identification and characterization-----ProtParam

http://www.expasy.ch/tools/protparam.html

分析蛋白质的疏水性:Primary structure analysis-----ProtScale

http://www.expasy.ch/tools/protscale.html

分析蛋白质的重复序列:Primary structure analysis-----REP

http://www.embl-heidelberg.de/~andrade/papers/rep/search.html

(二)分析蛋白质的二级结构

预测蛋白质的?－螺旋和?－折叠结构:Secondary structure prediction-----nnPredict

/~nomi/nnpredict.html

蛋白质的其它二级结构:Secondary structure prediction-----SOPMA

(三)分析蛋白质的三级结构

molecular modeling:“tertiary structure prediction ”栏目选择选择一个分析工具，email服务

(四)分析膜蛋白质

预测膜整合蛋白的跨膜区: Topology prediction------SOSUI

http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/

分析膜锚定蛋白的GPI位点:Post-translational modification------big-PI Predictor

http://mendel.imp.ac.at/sat/gpi/gpi_server.html

(五)分析蛋白质的翻译后修饰

分析信号肽及其剪切位点: Post-translational modification prediction----SignalIP

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

分析糖链连接点:分析O－连接糖蛋白,Post-translational modification prediction----NetOGlyc

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/

分析N－连接糖蛋白,Post-translational modification prediction----NetNGlyc

（六）分析蛋白质的亚细胞定位

Topology prediction----PSORT-----WoLF PSORT

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（七）分析化学因子作用蛋白质的位点

“Identification and characterization ”------“Other prediction or characterization tools”栏目选择“PeptideCutter” 软件

http://www.expasy.ch/tools/peptidecutter/

1.蛋白基本理化性质分析

利用Expasy 软件包中的ProtParam工具(http://www.expasy.ch/tools/protparam.htmL) 进行蛋白的氨基

酸组成、分子质量、等电点及疏水性等理化性质的分析。

2. 利用PROF法（/）网站工具和（http://npsa-pbil.ibcp.fr）网站HNN软件预测蛋白的二级结构。利用Scan Prosite（/）网站工具对蛋白进行结构域分析。利用Swiss-Model数据库软件预测该蛋白的三级结构，结果用蛋白质三维图象软件Rasmol2.7查看。

3.蛋白亚细胞定位与功能分析

利用CBS（http：//www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/）网站工具对蛋白进行跨膜分析。采用PredictNLS (/predictNLS/) 对蛋白进行核定位信号分析，预测利用（http：//www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/）网站工具预测蛋白的信号肽。利用PSORT（http: //psort.nibb.ac.jp/form2.htmL）网站工具进行蛋白亚细胞定位预测。利用CBS （http://www.cbs.dtu.dk/services/ProtFun/）网站工具预测蛋白的功能。