利用perl来提取 生物数据库NCBI 的pubmed数据
php抓取NCIB中pubmed文献数据
NCIB中pubmed文献数据的抓取Pubmed数据库中含有大量的文献相关信息,但是抓取这些数据的时候会有很多的问题和困难,但是有了pubmed自己的工具就可以随心所欲的抓取了!!!!/books/NBK25499/这里面有各种工具和参数介绍!!这里是EFetch的介绍:Base URL/entrez/eutils/efetch.fcgiFunctions∙Returns formatted data records for a list of input UIDs∙Returns formatted data records for a set of UIDs stored on the Entrez History serverRequired ParametersdbDatabase from which to retrieve records. The value must be a valid Entrez database name (default = pubmed). Currently EFetch does not support all Entrez databases. Please see Table 1 in Chapter 2 for a list of available databases.Required Parameter – Used only when input is from a UID listidUID list. Either a single UID or a comma-delimited list of UIDs may be provided. A ll of the UIDs must be from the database specified by db. There is no set maximum for the number of UIDs that can be passed to EFetch, but if more than about 200 UIDs are to be provided, the request should be made using the HTTP POST method.efetch.fcgi?db=protein&id=15718680,157427902,119703751Required Parameters – Used only when input is from the Entrez History serverquery_keyQuery key. This integer specifies which of the UID lists attached to the given Web Environment will be used as input to EFetch. Query keys are obtained from the output of previous ESearch, EPost or ELInk calls. The query_key parameter must be used in conjunction with WebEnv.WebEnvWeb Environment. This parameter specifies the Web Environment that contains the UID list to be provided as input to EFetch. Usually this WebEnv value is obtained from the output of a previous ESearch, EPost or ELink call. The WebEnv parameter must be used in conjunction with query_key.efetch.fcgi?db=protein&query_key=&WebEnv=Optional Parameters – RetrievalretmodeRetrieval mode. This parameter specifies the data format of the records returned, such as plain text, HMTL or XML. See Table 1 for a full list of allowed values for each database.TableTable 1 – Valid values of &retmode and &rettype for EFetch (null = empty string)rettypeRetrieval type. This parameter specifies the record view returned, such as Abstract or MEDLINE from PubMed, or GenPept or FA STA from protein. Please see Table 1 for a full list of allowed values for each database.retstartSequential index of the first record to be retrieved (default=0, corresponding to the first record of the entire set). This parameter can be used in conjunction with retmax to download an arbitrary subset of records from the input set.retmaxTotal number of records from the input set to be retrieved, up to a maximum of 10,000. Optionally, for a large set the value of retstart can be iterated while holding retmax constant, thereby downloading the entire set in batches of size retmax.Optional Parameters – Sequence DatabasesstrandStrand of DNA to retrieve. Available values are "1" for the plus strand and "2" for the minus strand. seq_startFirst sequence base to retrieve. The value should be the integer coordinate of the first desired base, with "1" representing the first base of the seqence.seq_stopLast sequence base to retrieve. The value should be the integer coordinate of the last desired base, with "1" representing the first base of the seqence.complexityData content to return. Many sequence records are part of a larger data structure or "blob", andthe complexity parameter determines how much of that blob to return. For example, an mRNA may be stored together with its protein product. The available values are as follows:ExamplesPubMedFetch PMIDs 17284678 and 9997 as text abstracts:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=17284678,9997&retmode =text&rettype=abstractFetch PMIDs in XML:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=11748933,11700088&retm ode=xmlPubMed CentralFetch XML for PubMed Central ID 212403:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pmc&id=212403Nucleotide/NuccoreFetch the first 100 bases of the plus strand of GI 21614549 in FASTA format:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=21614549&strand=1&seq _start=1&seq_stop=100&rettype=fasta&retmode=textFetch the first 100 bases of the minus strand of GI 21614549 in FASTA format:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=21614549&strand=2&seq _start=1&seq_stop=100&rettype=fasta&retmode=textFetch the nuc-prot object for GI 21614549:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=21614549&complexity=3Fetch the full A SN.1 record for GI 5:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nucleotide&id=5Fetch FASTA for GI 5:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nucleotide&id=5&rettype=fastaFetch the GenBank flat file for GI 5:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nucleotide&id=5&rettype=gbFetch GBSeqXML for GI 5:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nucleotide&id=5&rettype=gb&retmod e=xmlFetch TinySeqXML for GI 5:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nucleotide&id=5&rettype=fasta&retm ode=xmlPopsetFetch the GenPept flat file for Popset ID 12829836:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=popset&id=12829836&rettype=gpProteinFetch the GenPept flat file for GI 8:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&id=8&rettype=gpFetch GBSeqXML for GI 8:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&id=8&rettype=gp&retmode=x mlSequencesFetch FASTA for a transcript and its protein product (GIs 312836839 and 34577063)/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=sequences&id=312836839,34577063&rettyp e=fasta&retmode=textGeneFetch full XML record for Gene ID 2:/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=gene&id=2&retmode=xml#!/usr/bin/phpfunction pubmed_fetch($query){$ret=1;$flag=0;$flag_xml=0;print "Searching for: $query\n";$pubmedtime=getdate();$pubmedyear=$pubmedtime['year'];$pubmedmonth=$pubmedtime['mon'];$pubmedday=$pubmedtime['mday'];$params = array('db' => 'pubmed',#'retmode' => 'xml','retmode' => 'summary','retmax' => 1,'usehistory' => 'y','term' => $query,);$url = '/entrez/eutils/esearch.fcgi?' . http_build_query($params);print "URL: $url\n";$xml = simplexml_load_file($url);pubmed_errors($xml);print("$xml\n");if (!$count = (int) $xml->Count){print "No items found!\n";return 0;}print "$count items found\n";$translated = (string) $xml->QueryTranslation;printf("Translated query: %s\n\n", $translated);$params = array('db' => 'pubmed','retmode' => 'xml','query_key' => (string) $xml->QueryKey,'WebEnv' => (string) $xml->WebEnv,'retmax' => $count,);$url = '/entrez/eutils/efetch.fcgi?' . http_build_query($params); print "URL: $url\n";$file = sprintf('%s.xml', preg_replace('/\W/', '_', $translated));$file = $pubmedyear."-".$pubmedmonth."-".$pubmedday."_$file";$wgetfilelog="wget.{$file}.log";system(sprintf("wget %s -O %s 1>& $wgetfilelog", escapeshellarg($url), escapeshellarg($file)),$ret);$flag=wget_errors($wgetfilelog);$flag_xml=xml_is_read($file);if($ret==0 && $flag==1 && $flag_xml==1){return $count;}else{return 0;}}。
生物信息学之BLAST以及PERL应用
Page 5
Sorts of BLAST
BLAST
blastx
Page 6
Algorithm
Algorithm is a process which is complete, unambiguous and can solve problems in limited steps. Key points: Algorithm should be finished in limited steps. All the steps must be definitely defined. Input and output must be formulated. Algorithm must be valid, of course executable.
Sequence alignment and other bioinformatic analysis are mainly based on different kinds of Algorithms.
Page 7
Scoring Matrix
For DNA sequences, the situation is much easy. So, if matching , they will get 1 point for each pair , otherwise get 0.
Page 10
Localized BLAST
Steps for installing BLAST software For Windows2000/xp, download blast-2.2.18-ia32-win32.exe from NCBI. [ftp:///blast/executables/LATEST/blast-2.2.18-ia32win32.exe] Create a new directory. (E.g: C:\blast) Put the localized blast in this directory and extract to found three files: bin data doc. Create a txt file named “NCBI.ini”, which contains [NCBI] Data="C:\blast\data\" Save it in Windows or WINNT directory. Add “C:\blast\bin” into systematic pathway
NCBIPubMed检索简介与检索技巧集锦
NCBI PubMed检索简介与检索技巧集锦注:在本文中的叙述中,所有输入Pu bMED检索框中的内容均用<>符号括起来,如以基因治疗为主题词检索,在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therap y"[MESH]>。
PubMed简介PubMed是由隶属于美国国家卫生部(NIH, Nation al Institu es of Health)的国家医学图书馆(NLM, Nationa Library of Medici n e)下属的国家生物技术信息中心(NCBI, Nation al Center for Biotec hnol o g y Inform a tion)提供,可通过NCBI网站的E n trez检索系统(E ntrez retrie val system)进行MED L I NE和P reMED LINE引文数据库的在线免费检索。
此外,PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务,与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据,提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务,这个数据库归NCBI所有,其内容包括:DNA与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线。
Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统,可检索NCBI网站的主要数据库,如PubMed,核酸与蛋白序列,基因组序列,蛋白结构,OMIM等等。
PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库,此外,它还针对网上资源,提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源,如核酸蛋白序列、OMIM入口等,以及其它生命科学数据库。
利用perl来提取 生物数据库NCBI 的pubmed数据
各位,早上好利用google搜索时,输入关键词以后可能会出现很多结果,例如输入“医学email @ .com” 以后,会有43000个结果,我的目的就是要得到这么多结果中的邮箱信息。
只要每个结果中含有邮箱格式的内容就提取出来。
利用perl来实现这一过程该怎么弄呢,我之前只用过利用perl来提取生物数据库NCBI 的pubmed数据库中的pubmed id,如下所示#!/usr/bin/perluse strict;#use warnings;die "Usage : perl $0 <KEY.list> <key_word> <count.txt>\n"unless(@ARGV==3);open(IN,$ARGV[0])or die $!;my $key_word=$ARGV[1];open(OUT1,">$ARGV[2]") or die "could not open file!";open(OUT,">result_abstract.tmp.v2") or die "could not open file!";#perl **.pl KEY.list count.txtmy %has;my @key;my %notkey;while(<IN>){chomp (my $tmp=$_);my ($key,$notkey,$a2)=split(/\s+/,$tmp);$key=[ DISCUZ_CODE_0 ] if($key=~/\w+.*\w+/);$notkey=[ DISCUZ_CODE_0 ] if($notkey=~/\w+.*\w+/);$has{$key}=$tmp;$notkey{$key}=$notkey;push @key,$key;}sub ask_user {print "$_[0] [$_[1]]: ";my $rc = <>;chomp $rc;if($rc eq "") { $rc = $_[1]; }return $rc;}# ---------------------------------------------------------------------------# Define library for the 'get' function used in the next section.# $utils contains route for the utilities.# $db, $query, and $report may be supplied by the user when prompted;# if not answered, default values, will be assigned as shown below.use LWP::Simple;my $utils = "/entrez/eutils";my $num;# ---------------------------------------------------------------------------# $esearch cont羒ns the PATH & parameters for the ESearch call# $esearch_result containts the result of the ESearch call# the results are displayed 羘d parsed into variables# $Count, $QueryKey, and $WebEnv for later use and then displayed.foreach my $key (@key){my $db="Pubmed";my $report="abstract";my $query ="($key NOT $notkey{$key})AND $key_word";my $esearch = "$utils/esearch.fcgi?" ."db=$db&retmax=1&usehistory=y&term=";$num++;#print "$key\t$num\n";print "$query\t$num\n";my $esearch_result = get($esearch . $query);$esearch_result =~m|<Count>(\d+)</Count>.*<QueryKey>(\d+)</QueryKey>.*<WebEnv>(\S+)</WebEnv>|s;my $Count = $1;my $QueryKey = $2;my $WebEnv = $3;$has{$key}=[ DISCUZ_CODE_0 ] if($has{$key}=~/\w+.*\w+/);print OUT1 "$has{$key}\tQuery \: $query \tpubmed_count\t$Count\n";# ---------------------------------------------------------------------------# this area defines a loop which will display $retmax citation results from# Efetch each time the the Enter Key is pressed, after a prompt.my $retstart;my $retmax=$Count;for($retstart = 0; $retstart < $retmax; $retstart += $retmax) {my $efetch = "$utils/efetch.fcgi?" ."rettype=$report&retmode=text&retstart=$retstart&retmax=$retmax&" ."db=$db&query_key=$QueryKey&WebEnv=$WebEnv";my $efetch_result = get($efetch);print OUT "---------\nQuery\: $key\t$Count\t$query\nEFETCH RESULT(".($retstart + 1) . ".." . ($retstart + $retmax) . "): "."[$efetch_result]\n-----PRESS ENTER!!!-------\n";;}}close OUT;应用到google上面就不一样了该怎么写呢?用lwp或者curl先把网页抓下来然后就很简单吧用关键字/正则匹配含@的字符串就可以了注意一下前后的分界就行了吧你可以先cpan一下lwp的例子看看啊试试看有什么地方不明白的再问my $url = '/dayFA.cfm?todayDate=current';# Just an example: the URL for the most recent /Fresh Air/ showuse L WP::Simple;my $content = get $url;die "Couldn't get $url" unless defined $content;# Then go do things with $content, like this:if($content =~ m/jazz/i) {print "They're talking about jazz today on Fresh Air!\n";} else {print "Fresh Air is apparently jazzless today.\n";}LZ的意思大概是不知道怎么翻页遍历结果?这个在下面的页码上有每一页的连接,可以用程序拼接循环取直到最后一页和你那个生物网页的fcgi翻页原理其实也差不多。
pubmed数据库入口ncbi
PubMed数据库入口:NCBI简介PubMed 是一种由美国国家图书馆(National Library of Medicine,NLM)所提供的生物医学文献数据库,是全球最大的生物医学文献存储库之一。
作为生物医学研究领域的重要工具,PubMed 提供了大量的生物医学文献信息,覆盖了基础医学、临床医学、生物技术等多个研究领域。
PubMed 的数据库入口是由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)负责维护的。
NCBI 是一个提供了一系列生物技术信息资源和工具的综合性生物技术数据库,帮助研究人员获取和分析生物技术相关的数据。
在本文中,我们将重点介绍 PubMed 数据库的入口,即 NCBI 网站的功能和特点。
NCBI 网站NCBI 网站(https:/// )是一个免费提供生物医学信息服务的网站,具有丰富全面的生物医学数据库资源。
在 NCBI 网站上,用户可以访问PubMed 数据库以及其他诸如 GenBank、BLAST、PubChem 等数据库。
NCBI 网站提供了直观友好的用户界面,让用户可以轻松访问并获取所需的生物医学文献信息。
下面我们将介绍 PubMed 数据库的一些主要功能和特点。
PubMed 数据库功能文献搜索作为一个重要的生物医学文献数据库,PubMed 提供了强大的搜索功能,帮助用户快速准确地检索感兴趣的文献。
用户可以根据关键词、作者、期刊等信息进行搜索,也可以通过高级搜索来进一步精确检索。
文献浏览用户搜索到感兴趣的文献后,可以通过 PubMed 的文献浏览功能查看摘要和全文。
摘要提供了文章的主要内容和结论,方便用户了解文献的核心内容。
全文则提供了更详细的信息,包括方法、结果和讨论等。
文献收藏用户在浏览文献时,可以将感兴趣的文献添加到自己的收藏夹中。
这样,用户可以方便地管理和访问自己收藏的文献,随时查阅。
Pubmed生物医学数据库NCBI medline
结果排序:根据不同内容对结果排序
时间、作者、期刊、篇名
Summary(txt)格式
Abstract格式
MEDLINE格式
输出格式选择(send to )
File:所有记录文本格式,用对话框保存
Clipboad 剪贴板: 暂时存放选定的记录,检索后一起保存。允许 存储500条记录,保存8 小时。 Collections:标记的文献
返回高级检索页面
Liver cancer and gene therapy
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Details 检索细节
显示检索词转换匹配运算详细过程 用途:转换、确定规范词
修改检索策略
检索细节可以在高级检索页面打开
检索结果输出
显示检索结果
检索原理
自动转换匹配功能(Automatic Term Mapping),按照四个表顺序进行检索。
自动扩展检索,系统自动对主题词、副主题词 进行扩展检索。
短语检索(Phrase Searching) 即强制检索,短语加双引号,不进行词汇的 自动转换,也不进行MeSH词的扩检。
截词检索:仅有*,仅限于150个单词,且在 截词检索时,不进行词汇的自动转换,词组 无效。
1997年开始提供了该库的免费检索服务。
1997年1月至2005年9月Pubmed每月的文献检索数量 增长惊人
PubMed收录范围
PubMed
OLDMEDLINE
MEDLINE
PreMEDLINE
Publisher Supplied Citations
数据收录范围
MEDLINE :是PubMed的主体部分。
子集限制
时间
浅谈获取PubMed全文的方法
PubMed 系统是由美国国立生物技术信息中心(NCBI )开发的用于检索MEDLINE 、PreMED-LINE 数据库的网上检索系统。
MEDLINE 是美国国立医学图书馆(U.S.NationalLibraryofMedicine )最重要的书目文摘数据库,内容涉及医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学。
收录了全世界70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊,现有书目文摘条目1000万余条,时间起自1966年。
现在,广大医务工作者和科技情报人员逐渐了解并掌握了PubMed 。
PubMed 上95%的文献仅提供文摘,没有原文。
那么如何获得原文,下面笔者将多年来获取PubMed 医学文献全文的经验提供给广大读者,希望能对大家有所帮助。
1.PubMed 上约有五种文献是可以免费看到全文的。
通常这些文献的左上角会有一个Free Full Text 的小标记,只要点击这个图标,系统就自动链接该文献的全文。
但有两点值得注意的是:第一,很多时候,这个图标在PubMed 处于显示简要(summary )状态下并不出现,而只有在选择显示摘要(abstract )时才出现。
因此,如果不只是泛泛浏览,而是希望看到全文,要在display 下拉菜单中选择摘要(abstract )状态。
第二,有些时候,小图标上仅标着Full Text ,而并没有Free 字样,但仍然可以链接全文。
2.联通国家科技图书文献中心(/index.html )。
成为该中心的合法用户,文献全文每页0.5元,价格很便宜,一篇全文3-5元。
笔者在实际工作中多次向国家科技图书文献中心索求原文,一般情况下24小时内原文便发送到邮箱中,当然新近出版文献还是索取不到原文的。
检索方法很简单,首先选择外文期刊,然后将欲索取全文的文献题目中3-4个有实际意义的词输入检索框内,不可以是the 、and 等无实际意义的词,单击search 即可。
3.利用一些高校图书馆网站。
NCBI应用之PubMed文献查找[1]
NCBI应用之PubMed文献查找来源:easylabs原创,转载请注明发布时间:2009-09-26 查看次数:1288先给大家一段查询语言:(myocardial[Title/Abstract] AND infarction[T itle/Abstract]) AND ("loattrfull text"[sb] AND "2008/09/26"[PDat] : "2009/09/25"[PDat] AND English[lang] AND Review[ptyp])。
能看懂吗,是不太复杂了?其实就是查询近一年的关于心肌梗死的英文综述。
所幸的是,我们不需要记这样的查询语言,有了PubMed,我们完全可以简单的操作就可查到想要的目标文献。
呵呵,有点像做广告哈。
先介绍一下pubmedPubMed包括MEDLINE和PREMEDLINE的完整内容。
它还包括一些被ME DLINE认为超出范围的文章和杂志,(这些文章或杂志)由于内容或在某一时期不在索引范围内。
因此PubMed是比MEDLINE的更大的集合。
看一下它所收录的数据库:PubMed现已有19 million文章信息(文章的名称,发布日期杂志,摘要,全文链接以及与要查询内容相关的文章),最早的文章可追塑到1948年。
另外,PubMed Central还能提供大概300000篇免费全文。
因此,PubMed是科研过程中文献查找的一个最重要的工具,就我个人而言,一般是先在PubMed中找到全文链接,然后再上相应的数据库查找。
下面我们就一步步的教大家如何有效应用该资源。
首先,进入PubMed的首页面,网址是/pubmed/,如果从NCBI首页进入,Search的地方选择PubMed就可进入了。
页面介绍:最上面一行为查询框,在首页的文字部分给出了三种查询方式:1、topic主题检索。
很简单,在查询框输入主题词(如:心肌梗死myocardi al infarction),点右边的“go”就OK了;2、authors著者检索。
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍NCBI (National Center for Biotechnology Information)数据库是世界上最大的生物信息学数据库之一,旨在为全球科学家提供生物学、生物化学、生物物理学和生物医学研究的数据和工具。
该数据库包含了来自各种生物学研究领域的大量数据,包括基因组序列、蛋白质序列、文献引用、医学图像和结构信息等。
NCBI数据库的使用和功能非常多样化,本文将介绍其中的一些主要功能。
一、检索和浏览数据NCBI数据库提供了强大的功能,可以帮助用户检索和浏览各种生物学数据。
用户可以使用关键词、序列、ID或其他查询方式来感兴趣的信息。
例如,用户可以通过基因组序列、蛋白质序列或特定生物物种来查找相关的数据。
二、基因组和基因信息NCBI数据库中包含大量的基因组序列和基因信息,包括人类和其他生物物种的基因组数据。
用户可以使用NCBI数据库来特定基因的相关信息,如基因序列,基因表达数据,蛋白质序列,基因功能和遗传变异等。
此外,NCBI数据库还提供了对基因组浏览器的访问,可以帮助用户在特定基因组上查看和分析基因注释和结构信息。
三、蛋白质信息NCBI数据库也包含了大量的蛋白质序列和相关信息。
用户可以使用NCBI数据库来特定蛋白质的相关信息,如蛋白质序列,结构信息,功能注释,亚细胞定位和表达水平等。
此外,用户还可以使用NCBI数据库中提供的BLAST工具来进行蛋白质序列比对和相似性,以帮助识别新的蛋白质序列。
四、文献和引用NCBI数据库中包含了大量的科学文献引用和摘要信息。
用户可以使用PubMed工具来特定主题的科学文献,并查看摘要和全文。
此外,用户还可以使用PubMed工具来查找相关文献的引用信息,以帮助了解和分析科学研究领域的发展趋势。
五、医学图像和结构信息NCBI数据库还提供了医学图像和结构信息的访问,帮助用户了解各种疾病和病理过程的图像和结构特征。
用户可以使用NCBI数据库来和浏览医学图像数据库,如CT扫描、MRI图像和遗传学图像等。
NCBIPubMed检索简介与检索技巧集锦
NCBIPubMed检索简介与检索技巧集锦NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦注:在本文中的叙述中,所有输入PubMED检索框中的内容均用<>符号括起来,如以基因治疗为主题词检索,在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therapy"[MESH]>。
PubMed简介PubMed是由隶属于美国国家卫生部(NIH, National Institues of Health)的国家医学图书馆(NLM, Nationa Library of Medicine)下属的国家生物技术信息中心(NCBI, National Center for Biotechnology Information)提供,可通过NCBI网站的Entrez检索系统(Entrez retrieval system)进行MEDLINE和PreMEDLINE引文数据库的在线免费检索。
此外,PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务,与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据,提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务,这个数据库归NCBI所有,其内容包括:DNA 与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线。
Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统,可检索NCBI网站的主要数据库,如PubMed,核酸与蛋白序列,基因组序列,蛋白结构,OMIM等等。
PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库,此外,它还针对网上资源,提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源,如核酸蛋白序列、OMIM入口等,以及其它生命科学数据库。
其文献内容的提供方式,由各期刊出版商在期刊发表前可发表时提供给NCBI。
如果该出版商有网站,则NCBI会提供相应的网络出口。
MEDLINE 及PubMed引文数据库中的新条目在每周周二至周六每日更新。
NCBI数据库的使用与功能介绍
数据下载与保存
数据下载
用户可以下载NCBI数据库中的数据,支持多种数据格式,如FASTA、 GenBank、GFF等,方便用户进行数据分析和处理。
数据保存
用户可以将检索到的数据保存到本地计算机中,方便随时查看和使用。同时, NCBI数据库还支持数据导出功能,方便用户将数据分享给其他研究人员。
数据可视化
蛋白质组学研究中的应用
蛋白质序列
NCBI数据库收录了大量蛋白质序列,为蛋白质组学研究提供了基础数据。
蛋白质功能研究
通过NCBI数据库,研究人员可以了解蛋白质的结构、相互作用和功能,从而深入探究生命活动的本质。
生物信息学研究中的应用
基因组学与蛋白质组学数据整合
NCBI数据库提供了多种生物信息学工具,可以将基因组学和蛋白质组学数据进行整合, 为系统生物学和药物研发等领域提供支持。
04
NCBI数据库的案例分析
基因组学研究中的应用
基因组测序
NCBI数据库提供了大量基因组测序数 据,包括人类、动物、植物和微生物 等物种,为基因组学研究提供了丰富 的资源。
基因注释
研究人员可以利用NCBI数据库中的基 因注释信息,了解基因的功能、位置 和表达情况,为基因功能研究和疾病 治疗提供依据。
发展
NCBI数据库不断发展壮大,推出了多个知名的子数据库和工具,如GenBank、PubMed、PubMed Central、Gene、NCBI Taxonomy等,为生物医学研究提供了全方位的信息支持。同时,NCBI数据 库也不断更新和改进检索和分析工具,提高数据质量和用户体验。
02
NCBI数据库的使用方法源自新技术与新方法的融合新技术应用
NCBI需要关注新兴技术的发展,如人工智 能、云计算等,将这些技术应用于数据处理 、分析和管理中,提高数据库的技术水平和 应用范围。
Biopython中Entrez模块--从pubmed中查找相关文献,所有返回的结果用En。。。
Biopython中Entrez模块--从pubmed中查找相关⽂献,所有返回的结果⽤En。
Entrez是⼀个搜索引擎,国家⽣物技术信息中⼼(NCBI)⽹站集成了⼏个健康科学的数据库,如:如“科学⽂献,DNA和蛋⽩质序列数据库,蛋⽩质三维结构,蛋⽩质结构域的数据,表达数据,基因组完整拼接本等。
Entrez的编程⼯具”(eUtils):通过它把搜索的结果返回到⾃⼰编写的程序⾥⾯,需要提供URL,并且⾃⼰解析XML⽂件。
Entrez模块,利⽤该模块可以省去提供URL和解析XML的步骤。
Entrez模块中的函数,同时也是eUtils中具有的⼀些函数:从pubmed中查找相关⽂献,所有返回的结果⽤Entrez.read()解析from Bio import Entrezmy_em = 'user@' db = "pubmed"# Search Entrez website using esearch from eUtils# esearch returns a handle (called h_search) 主要⽤来返回id,h_search = Entrez.esearch(db=db, email=my_em, term="python and bioinformatics")record = Entrez.read(h_search) # Parse the result with Entrez.read(),record是字典res_ids = record[“IdList”] # Get the list of Ids returned by previous search. 该键的值是列表# For each id in the listfor r_id in res_ids:# Get summary information for each id h_summ = Entrez.esummary(db=db, id=r_id, email=my_em) # Parse the result with Entrez.read() summ = Entrez.read(h_summ) #返回⼀个列表,第⼀个元素是字典,不同的数据库返回的数据的结构不⼀样 print(summ[0]['Title']) print(summ[0]['DOI']) print('==============================================')结果:do_x3dna: A tool to analyze structural fluctuations of dsDNA or dsRNA from molecular dynamics simulations.10.1093/bioinformatics/btv190==============================================RiboTools: A Galaxy toolbox for qualitative ribosome profiling analysis.10.1093/bioinformatics/btv174==============================================Identification of cell types from single-cell transcriptomes using a novel clustering method. 10.1093/bioinformatics/btv088 ==============================================Efficient visualization of high-throughput targeted proteomics experiments: TAPIR.10.1093/bioinformatics/btv152。
基于Perl的生物信息学数据处理技术研究
基于Perl的生物信息学数据处理技术研究一、引言生物信息学是生物学和计算机科学的交叉学科,它利用计算机技术和数学方法来解决生物学中的问题。
在生物信息学领域,数据处理是至关重要的一环。
Perl作为一种高效的脚本语言,在生物信息学数据处理中扮演着重要的角色。
本文将探讨基于Perl的生物信息学数据处理技术研究。
二、Perl在生物信息学中的应用Perl语言由Larry Wall创造,被广泛运用于生物信息学领域。
其强大的文本处理能力和灵活性使其成为生物信息学家处理大规模数据的首选工具之一。
Perl可以轻松处理各种格式的生物信息数据,包括基因组序列、蛋白质序列、基因表达数据等。
通过编写Perl脚本,研究人员可以快速高效地对海量生物数据进行分析和挖掘。
三、Perl在生物信息学数据处理中的优势灵活性:Perl语法简洁灵活,适合处理各种复杂的文本数据。
强大的正则表达式支持:正则表达式是Perl的拳头利器,可以方便地进行模式匹配和替换操作。
模块丰富:CPAN(Comprehensive Perl Archive Network)上有大量的Perl模块可供使用,极大地丰富了Perl在生物信息学领域的功能。
高效性:Perl是一种解释型语言,执行效率较高,适合处理大规模数据。
四、基于Perl的生物信息学数据处理技术1. 数据清洗与预处理在进行生物信息学分析之前,通常需要对原始数据进行清洗和预处理。
利用Perl编写脚本可以快速实现数据清洗,包括去除噪声数据、格式转换、缺失值填充等操作。
2. 序列比对与搜索序列比对是生物信息学中常见的任务之一,通过比对不同序列之间的相似性可以推断它们之间的关系。
Perl提供了多种模块和工具,如BioPerl,可以帮助研究人员进行序列比对和搜索。
3. 基因组数据分析基因组数据通常包含大量的基因组序列和注释信息。
利用Perl编写脚本可以实现基因组序列的提取、分析和可视化,帮助研究人员深入理解基因组结构和功能。
PubMed应该这么用,估计多半你不会……
PubMed应该这么用,估计多半你不会……首先要感谢这位童鞋,给我打开了另一扇大门哈。
对,就是NCBI 的过滤器。
之前我们讲过F1000,很多盆友都用不了,因为要收费。
但是用了这个NCBI的过滤器,再加上我们之前讲过的paperlink,就能看到F1000的星级了,确实如此。
那什么是NCBI的过滤器,那就首先要有NCBI账号,这个注册一下就可以了。
然后点进去My NCBI。
有很多栏,我们只要关心这个Filters就行了,这个是我之前做的筛选影响因子的。
点击下面的Manage Filters,就可以进行调整了。
之前我们讲的是自己制作Filter,这次要讲的是右边的这种已有的Filters。
一共分为四种:常用的,外链,属性和内链。
简单点讲就是对外部数据库链接和内部数据库链接,还有文章中用的样本属性做个分类。
比如这个常用栏,里面就是后面三者中最常用的Filter。
比如筛选带有临床试验的,筛选近五年的文献,筛选研究对象是人的,筛选综述类文章,等等……第二个是外链,外链链接的是文章中涉及的外部常用数据库,比如试验中的质粒库,细胞库,还有转基因动物等等。
比如,我们在外链中,搜一下F1000,然后勾选,就会显示这样的,我点选了两个,一个是过滤器,另一个是文章中加入链接标志。
接着是属性,这里主要涉及的是文章中试验对象的属性,比如年龄中会显示样本主要年龄的属性。
内链,其实就是链接到NCBI内部数据库的属性,比如链接到GEO,链接到SNPdb等等……设置完,我的过滤器就变成了这样了。
然后我们开车感受一下,搜个lncRNA看看。
比如我们点选有F1000评价的文献。
于是,好吧,你们要是没有装PaperLink的话就看不到了,这个会显示F1000的分值,我们再次感谢一下黎童鞋。
我们再选一个有GDS信息的过滤器,点进文章,就会给出这个GDS数据库的链接。
右哉再试试Jakson的小鼠库的过滤器,这个还带有F1000的推荐,还9分,挺高的呢。
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PubMed资料库使用简介
PubMed 資料庫使用簡介一、資料庫內容簡介PubMed 為美國國家醫學圖書館的美國國家生技資訊中心(NCBI)所製作的生物醫學相關文獻的書目索引摘要資料庫,並提供部分免費及付費全文連結服務,需要收費的全文,讀者可自行與出版社接洽。
較之於MEDLINE 資料以生物醫學、生命科學、生化學、行為科學為主,PubMed 資料庫範圍更涵蓋了如下內容:1. 對於超出學科範圍(如:資訊科學、航太科學) 的特定生命科學、醫學、化學相關之期刊文章都會收錄於本資料庫中;2. 收錄即將出版的醫學論文;3. 已由NLM 審核通過並已由PubMed Central 典藏的全文文獻亦收錄之。
二、 資料庫操作說明主畫面Part I(一)主畫面Part II(十)(九)茲分述其功能及使用方式如下:(一)選擇資料庫美國國家生技資訊中心(NCBI)製作了一系列的生物醫學資料庫如下:1.PubMed:生物醫學文獻書目索引摘要資料庫。
2.Nucleotide:包含GenBank、RefSeq、PDB資料庫中的人類基因序列資料。
3.Protein:整合了SwissProt、PIR、PRF、PDB、GenBank及RefSeq資料庫中的資料,並可參照Taxonomy資料庫,瞭解特定種類的蛋白質的在資料庫中分類狀況的相關說明。
4.Structure:分子構造資料庫。
5.Genome:基因組合序列資料庫。
6.PopSet:可查詢某族群的基因序列,瞭解該族群演進之相關資料。
7.OMIM:遺傳學資料庫。
8.Taxonomy:在NCBI基因資料庫中提及的微生物的核酸或蛋白質序列的分類狀況之相關說明。
9.Books:收錄C. elegans II.、Introduction to Genetic Analysis. 7th ed.、ModernGenetic Analysis.、Molecular Biology of the Cell. 3rd ed.、Molecular Cell Biology.4th ed.、Retroviruses.等六本書。
Bioperl操作指南
Bioperl 操作指南camelbbs@Bioperl 为许多经典的生物信息学程序提供了软件模块,这些包括: 从本地或远程数据库获取数据; 转换数据库或文件记录的格式; 操作单个序列; 搜索相似序列;创建和进行序列比对;搜索基因组上的基因及其它结构; 发展机器可读的序列注释;下面的章节将描述bioperl 怎样执行这些任务;III.1从本地和远程数据库中获取数据bioperl 主要集中于序列操作,但是在用bioperl 操作序列之前,需要获取序列数据。
现在你可以直接将序列数据输入到bioperl 的Seq 对象,例如:$seq = Bio::Seq->new(-seq => 'actgtggcgtcaact',-desc => 'Sample Bio::Seq object', -display_id => 'something', -accession_number => 'accnum', -alphabet => 'dna' );然而,在大多数时候,从在线文档及数据库中获取序列更优越。
注意在生物信息学的传统叫法中有时候被称作“数据库”的很可能是一个“索引平台文件”。
Bioperl 支持远程数据获取,也可为访问本地数据库创建索引。
有两个普通的方法完成这个。
如果你知道序列储存在什么样的数据库中(例如文本文件、本地关系型数据库或一个internet 上可访问的远程数据库),你可以写一个脚本特定地从这些数据库中获得数据。
这种方法将在III.1.1 节和III.1.2节中描述,这两节分别讲如何从远程数据库和本地的索引平台文件中获取数据。
明确地从本地关系型数据库中获取序列数据需要安装和设置bioperl-db 库和BioSQL 计划中的模块,更多介绍可见IV .3节。
另一个方法是使用最近发展起来的OBDA(Open Bioinformatics Data Access)注册系统。
BioPerl使用手册
BioPerl使用手册第一弹—Bio::SeqIO篇注:本手册假设你已经拥有了一定的Perl编程经验,对个中术语(terms)不再进行赘述。
1.让我们开始吧为了让第一次使用本手册的同志们在刚开始就有成功的喜悦,这里给出一个例子,大家准备好自己手中的fasta 文件吧!请在文本编辑器中写入如下程序,并在终端运行:#! /usr/bin/perl –wuse strict;use Bio::SeqIO;my $file = “*********”; # Please use your path to replace the startsmy $seqio_object = Bio::SeqIO -> new(-file = $file);my $seq_obj = $seqio_object -> next_seq;printf “$seq_obj\n”;如果你成功键入了以上程序并且没有报错发生,那么屏幕上面就会正常显示出你的fasta序列。
那么恭喜你,你已经成功调用了BioPerl的模块,并且完成了一个面对对象的程序。
下面我们就来看一下我们第一个认识的BioPrel 的模块Bio::SeqIO。
2.关于Bio::SeqIO的那些事儿在介绍Bio::SeqIO之前,先来说一下为什么会产生BioPerl这个东西。
在生物信息学起步之初Prel语言强悍的字符串处理能力以及执行效率,毫无疑问的被各位从计算机和数学行业转行过来的“生物学家”选为工具语言(在生物信息数据处理方面放眼望去毫无疑问是Perl语言的天下,近来对大规模数据的处理方面R语言亦有崛起之势)。
但是,对于这海量的数据,同样丰富多彩的数据格式以及花样繁多的数据分析;每次处理数据都要重新自己编写正则表达式未免效率过于低下。
于是,在Perl一次重大的更新之后(引入面对对象编程,后面都将使用OOP代替面对对象编程),几个不太勤快的学生物的程序员看到了通用编程的可能,于是就有了我们现在广泛应用的BioPerl。
NCBI的名词解释
NCBI的名词解释NCBI(National Center for Biotechnology Information)是美国国家生物技术信息中心的缩写。
作为一个重要的生物信息学资源,NCBI提供了丰富的数据库和工具,以支持生物学、生物医学和生物信息学的研究工作。
在本文中,将对NCBI常见的名词进行解释,帮助读者更好地理解这个重要的生物信息学平台。
1. PubMed:PubMed是NCBI的一个免费搜索引擎,它主要提供了生物医学领域的文献检索服务。
研究人员可以在PubMed中搜索全球各种医学、生物学和生物信息学期刊的摘要和引用信息。
通过关键词搜索、作者搜索和期刊搜索等功能,研究者可以方便地获取与自己研究领域相关的最新科研成果和文献资料。
2. GenBank:GenBank是NCBI管理的一个全球性的基因序列数据库,其中包含了来自各种生物体的数十亿条DNA和RNA序列。
研究人员可以通过GenBank来获取和下载特定基因的序列信息,以进行基因功能、进化和表达等研究。
GenBank的数据资源非常丰富,有助于推动生物学和生物信息学领域的科学研究。
3. BLAST:BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是NCBI的一个重要的序列比对工具。
它可以帮助研究人员在GenBank等数据库中找到与已知序列相似的序列,进而推测其可能的功能和起源。
BLAST提供了多种比对算法和参数设置,允许用户根据自己的研究需要进行灵活的序列比对分析。
4. Entrez:Entrez是NCBI的一个综合性搜索平台,涵盖了多个数据库和工具。
研究人员可以通过Entrez来进行文献检索、基因序列搜索、蛋白质搜索、三维结构搜索、基因组浏览等多种操作。
通过Entrez,研究者可以根据自己的研究目的,全面地了解和利用NCBI提供的多样化的生物信息资源。
5. RefSeq:RefSeq是NCBI的一个参考序列数据库,主要收集并注释了多种生物物种的基因组、转录本和蛋白质序列。
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各位,早上好利用google搜索时,输入关键词以后可能会出现很多结果,例如输入“医学email @ .com” 以后,会有43000个结果,我的目的就是要得到这么多结果中的邮箱信息。
只要每个结果中含有邮箱格式的内容就提取出来。
利用perl来实现这一过程该怎么弄呢,我之前只用过利用perl来提取生物数据库NCBI 的pubmed数据库中的pubmed id,如下所示#!/usr/bin/perluse strict;#use warnings;die "Usage : perl $0 <KEY.list> <key_word> <count.txt>\n"unless(@ARGV==3);open(IN,$ARGV[0])or die $!;my $key_word=$ARGV[1];open(OUT1,">$ARGV[2]") or die "could not open file!";open(OUT,">result_abstract.tmp.v2") or die "could not open file!";#perl **.pl KEY.list count.txtmy %has;my @key;my %notkey;while(<IN>){chomp (my $tmp=$_);my ($key,$notkey,$a2)=split(/\s+/,$tmp);$key=[ DISCUZ_CODE_0 ] if($key=~/\w+.*\w+/);$notkey=[ DISCUZ_CODE_0 ] if($notkey=~/\w+.*\w+/);$has{$key}=$tmp;$notkey{$key}=$notkey;push @key,$key;}sub ask_user {print "$_[0] [$_[1]]: ";my $rc = <>;chomp $rc;if($rc eq "") { $rc = $_[1]; }return $rc;}# ---------------------------------------------------------------------------# Define library for the 'get' function used in the next section.# $utils contains route for the utilities.# $db, $query, and $report may be supplied by the user when prompted;# if not answered, default values, will be assigned as shown below.use LWP::Simple;my $utils = "/entrez/eutils";my $num;# ---------------------------------------------------------------------------# $esearch cont羒ns the PATH & parameters for the ESearch call# $esearch_result containts the result of the ESearch call# the results are displayed 羘d parsed into variables# $Count, $QueryKey, and $WebEnv for later use and then displayed.foreach my $key (@key){my $db="Pubmed";my $report="abstract";my $query ="($key NOT $notkey{$key})AND $key_word";my $esearch = "$utils/esearch.fcgi?" ."db=$db&retmax=1&usehistory=y&term=";$num++;#print "$key\t$num\n";print "$query\t$num\n";my $esearch_result = get($esearch . $query);$esearch_result =~m|<Count>(\d+)</Count>.*<QueryKey>(\d+)</QueryKey>.*<WebEnv>(\S+)</WebEnv>|s;my $Count = $1;my $QueryKey = $2;my $WebEnv = $3;$has{$key}=[ DISCUZ_CODE_0 ] if($has{$key}=~/\w+.*\w+/);print OUT1 "$has{$key}\tQuery \: $query \tpubmed_count\t$Count\n";# ---------------------------------------------------------------------------# this area defines a loop which will display $retmax citation results from# Efetch each time the the Enter Key is pressed, after a prompt.my $retstart;my $retmax=$Count;for($retstart = 0; $retstart < $retmax; $retstart += $retmax) {my $efetch = "$utils/efetch.fcgi?" ."rettype=$report&retmode=text&retstart=$retstart&retmax=$retmax&" ."db=$db&query_key=$QueryKey&WebEnv=$WebEnv";my $efetch_result = get($efetch);print OUT "---------\nQuery\: $key\t$Count\t$query\nEFETCH RESULT(".($retstart + 1) . ".." . ($retstart + $retmax) . "): "."[$efetch_result]\n-----PRESS ENTER!!!-------\n";;}}close OUT;应用到google上面就不一样了该怎么写呢?用lwp或者curl先把网页抓下来然后就很简单吧用关键字/正则匹配含@的字符串就可以了注意一下前后的分界就行了吧你可以先cpan一下lwp的例子看看啊试试看有什么地方不明白的再问my $url = '/dayFA.cfm?todayDate=current';# Just an example: the URL for the most recent /Fresh Air/ showuse L WP::Simple;my $content = get $url;die "Couldn't get $url" unless defined $content;# Then go do things with $content, like this:if($content =~ m/jazz/i) {print "They're talking about jazz today on Fresh Air!\n";} else {print "Fresh Air is apparently jazzless today.\n";}LZ的意思大概是不知道怎么翻页遍历结果?这个在下面的页码上有每一页的连接,可以用程序拼接循环取直到最后一页和你那个生物网页的fcgi翻页原理其实也差不多。
我用google搜索了一下“医学email @ .com”搜索获得约206,000,000 条结果,以下是第23 页(用时0.24 秒)。
页数好多。
有这样需求的多半是要做坏事。
做坏事就要有做坏事的本事,得有基本的技术能力和钻研精神。
就这么个问题都解决不了,趁早放弃。
LZ做这件事,后面可能出现的问题还多着呢。
想做成你就必须能自己解决这些问题。
这个例子我是能看明白的,可是google搜索中我直接引用网页my $ulr = "/scholar?start=0&q=%E5%8C%BB%E5%AD% A6+email+%40+.com&hl=zh-CN&as_sdt=1,5&as_vis=1"是得不到结果的,并且没有自动翻页的功能。