常用化学化工互联网数据库简介

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312 ?化学世界2007 年常用化学化工互联网数据库简介李嘉轩 , 阎爱侠( 北京化工大学 ,生命科学与技术学院北京 100029)3摘 : 化合物各种常见性质的检索对化学化工工作者十分重要。

介绍了几个重要的化学化工互要联网数据库 ,包括 Chemfinder ,NCI ,SRC ,ZINC ,ChemBlink 五个数据库 ,并对其站点、内容和功能以及使用技巧作了简要的阐述。

关键词 : 化学 ; 数据库中图分类号 : Z 89 文献标识码 :B 文章编号 :036726358 ( 2007) 052312202Introduction of Several Chemical Databases on InternetLI Jia2xuan , Y Ai2xia AN( College of life science and technology , Beijing University of Chemical Technology , Beijing 100029 , China)Abstract : It is important for chemical researchers to search various physiochemical properties of compounds in their work. Five important chemical databases on internet are introduced , including Chemfinder , NCI , SRC , ZINC , ChemBlink. Websites , content , function and using technique of these databases are also expounded. Key words : chemical ; database随着化学化工以及制药领域的发展 , 人们对化合物的结构和各种物化性质以及生物活性的检索也越来越频繁。

伴随着生物和化学信息学的出现以及网络技术的发展 , 一些重要的基于国际互联网服务的化学化工数据库已经逐渐引起了人们的重视 , 它们在使用方面比通常的书籍检索更方便、快捷。

现对这些数据库做一个简单的介绍。

1 Chemfinder 数据库 Chemfinder 是由英国 CambridgeSoft 公司提供的 ,物一般都是最为常见的。

这个数据库的最大优点就是查询方便 ,快捷 , 而且部分功能免费 , 相对价格低廉。

Chemfinder. com 的检索途径包括 : 化学名称 ( 或俗名) 、( Chemical Abstracts Service) 编码、 CAS 分子式、相对分子质量。

注意 ,在输入化学名称时 ,如果名称不完整 ,可以用 3 代替进行模糊检索。

通过检索可以得到包括分子式 ,CAS 编码 ,相对分子质量 ,密度 , 熔点 , 沸点 , 闪点 , 溶解度 , 蒸汽压 , 蒸汽密度等化合主要通过其网站为用户提供查询服务 , 多数数据库是需要收费的 ,但是对于化合物基本性质和结构的查询是免费的。

在首次使用这个数据库之前 , 用户需要进行一下简单的注册 , 获取 chemfinder 的用户名和密码就可以进行检索服务了。

该数据库的网址物的基本性质。

此外 , 人们可以直接看到化合物的二维结构图 , 并且通过点击 VIEW CHEM3D MODEL 看到三维结构图。

2 NCI Database Browser 数据库检索 NCI 数据库是一个重要的化合物及药物结构和是 http :Πchemfinder ,cambridgesoft . comΠ, 在这个网站Π上一共收集了大约75 ,000 个化合物 ,而且这些化合性质检索的数据库 , 一共有 250 ,251 个化合物结构可以进行检索。

NCI Database Browser 的网址是收稿日期 :2007201201 基金项目 : 国家自然科学基金 (20605003) ; 国家 863 计划(2006AA02Z337) ; 教育部留学回国人员基金 (20605003) 3 联系人 : Email :yanax @mail . buct . edu. cn第5期化学世界313 ?互联网进行免费检索 , 而且整个数据库可以免费下 [1 、] 2 载。

NCI 数据库的检索途径包括 : CAS 编码 ,NSC 编码 ,分子式 , 相对分子质量 , 名称 , 化合物的结构 , 复杂度 ,原子数目的范围 ,氢键接受体和给予体的数目等选项。

此外 ,人们可以同时规定多个检索要求 ,从而得到所需特定化合物的信息。

通过 NCI 数据库检索可以得到化合物的以下信息 : 分子式 ,CAS 编码 , 相对分子质量 ,复杂度 ,抗 HIV 活性 , 氢键接受体和给予体的数目 , 可旋转键的数目 ,logP , 有关生物活性的预测值以及化合物结构的分子文件 ( SMILES , sdf 文件等) 。

此外 ,NCI 数据库还可以进行化合物的子结构检索 ,相似性检索和三维药效团检索 ,通过检索可以得到符合检索要求的一系列相似化合物 , 并且可以下载它们的分子文件 ,这对药物设计有很大的帮助。

需要指出的是 ,NCI 数据库中给出的分子的三维结构不是通过实验测定的 , 而是通过 CORINA 软件根 [122 ] 据分子的二维结构计算而得到的。

SRC 物理化学性质数据库是由 Syracuse 公司免3 SRC 物理化学性质数据库授实验室提供的一个可以直接用于进行虚拟筛选的免费三维数据库 , 它的网址是http :Πblaster. docking. Π orgΠΠ zinc choose. shtml ,其中包括 4 ,600 ,000 个化合物。

ZINC 数据库的检索途径是化合物的 SMIELS 格式 ,费提供的 ,一共包括 25 ,000 个化合物的基本物理化学性质 , 它的网址是http :Πwww. syrres. comΠΠΠ esc physdemo. htm 。

这个数据库只有通过化合物的 CAS 编码才能进行检索。

如果检索者并不知道确切的 CAS 编码 ,在这个数据库的检索界面提供了一个可以在线查询 CAS 编码的链接。

检索者只需要知道化合物的名称或分子式就可以检索到相关化合物的 CAS 编码 ,然后就可以进一步检索化合物的物理化学性质了。

通过检索可以得到化合物的名称 , 分子式 ,相对分子质量 ,熔点 ,沸点 ,logP , 水溶解度 , 蒸汽压 ,Pka ( acid dissociaon constant) ,Henry 常数等。

这个数据库的优点就是方便 ,快捷 ,对于有些没有实验值的性质提供了估计值作为参考。

ZINC 是由美国加州大学旧金山分校 Shoichet 教 4 ZINC 数据库同时还可以规定其它性质的范围 ,比如 : 静电荷的范http :Π129. 43. 27. 140ΠΠ ncidb2Π,NCI 数据库可以通过围 ,xlogP 的范围 ,可旋转键数目的范围 ,相对分子质量的范围 ,氢键接受体和给予体的数目范围 ,极性表面积的范围等等。

而且 ZINC 数据库还可以进行官能团检索。

ZINC 数据库的检索结果是与输入结构相类似的一系列化合物 , 这对于药物的虚拟筛选及药物设计很有帮助。

此外 ,ZINC 数据库的检索结果还给出了一些化合物的重要性质 ,包括 xlogP ,溶解度 ,氢键 [3 ] 接受体数目 , 氢键给予体数目 , 电荷等。

通过检索 ,人们可以看到化合物的二维结构和三维结构 ,而且可以下载所有化合物结构的分子文件 , 包括 SMILES ,SDF ,MOL2 和 F1exibase 四种格式。

此外 ,在检索到所需化合物相关信息后 , 还可以以表格的形式下载化合物的相关信息 , 下载格式为 Excel 文件 , 以方便检索者的使用。

5 ChemBlink 数据库 index. htm ,它最大的优点就是提供了中英文两个界 ChemBlink的网址是 http :Πwww. chemblink. comΠΠ2005 ,45 (1) :1772182. Comput Sci [J ] , 2002 ,41 (1) :46257. Sci [J ] , 2001 ,41 (3) :7022712.面供查询者使用 , 检索界面下提供了中英文切换的链接。

人们可以通过 CAS 编码 , 分子式 , 化合物名称 ,供应商等进行检索 , 以得到相关的化合物的信息。

通过检索人们可以看到化合物的结构 , 中英文名称 , 相对分子质量 , 熔点 , 沸点 , 闪点 , 溶解度等性质。

此外 ,该数据库还提供了该化合物供应商的信息 ,方便人们购买。

总之 , 通过利用以上互联网资源进行数据库的检索 ,人们可以方便的得到所需化合物的结构、性质以及购买信息。

参考文献 :[1 ] Voigt J H , Bienfait B , Wang S , et al . J Chem Inf Comput [2 ] Ihlenfeldt W D , Voigt J H , Bienfait B , et al . J Chem Inf[3 ] John J , Irwin , Brian K, Shoichet. J Chem Inf Model [J ] , [4 ] : Πchemfinder. cambridgesoft. com http ΠΠ [5 ] : Π129. 43. 27. 140Π http Πncidb2Π[6 ] : Πwww. syrres. comΠΠ http Π esc physdemo. htm [8 ] : Πwww. chemblink. comΠ http Π index. htm[7 ] : Πblaster. doking. orgΠΠ http Π zinc choose. shtml1。