GaussianFAQ实践版
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[转载]gaussian 出错信息和可能的解决办法（转）谢谢原⽂地址：gaussian 出错信息和可能的解决办法(转）作者：⾖芽gaussian 出错信息和可能的解决办法(转）2009-12-22 10:21Gaussian calculations can fail with various error messages. Some error messages from .out and .log files - and possible solutions - have been compiled here to facilitate problem solving.These are divided into:Syntax and similar errorsMemory and similar errorsConvergence problemsErrors in solvent calculationsErrors in log filesERROR MESSAGES IN OUTPUT FILESSyntax and similar errors:End of file in ZSymb.Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l101.exeSolution: The blank line after the coordinate section in the .inp file is missing.Unrecognized layer "X".Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l101.exeSolution: Error due to syntax error(s) in coordinate section (check carefully). If error is "^M", it is caused by DOS end-of-line characters (e.g. if coordinates were written under Windows). Remove ^M from line ends using e.g. emacs. To process .inp files from command line, use sed -i 's/^M//' File.inp (Important: command does not work if ^M is written as characters -generate ^M on command line using ctrl-V ctrl-M).QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE.Solution: Check .inp carefully for syntax errors in keywordsRdChkP: Unable to locate IRWF=0 Number= 522.Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l401.exeorFileIO operation on non-existent file.[...] Error termination in NtrErr:NtrErr Called from FileIO.Solution: Operation on .chk file was specified (e.g. geom=check, opt=restart), but .chk was not found. Check that: %chk= was specifed in .inp.chk has the same name as .inp.chk is in the same directory as .inprun script transports .chk to temporary folder upon job start. Run scripts downloaded here should do this.The combination of multiplicity N and M electrons is impossible.Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l301.exeSolution: Either the charge or the multiplicity of the molecule was not specified correctly in .inp.Memory and similar errors:Out-of-memory error in routine RdGeom-1 (IEnd= 1200001 MxCore= 2500)Use %mem=N MW to provide the minimum amount of memory required to complete this stepError termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l101.exeorNot enough memory to run CalDSu, short by 1000000 words.Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l401.exeor[...] allocation failure:Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l1502.exeSolution: Specify more memory in .inp (%mem=Nmb). Possibly, also increase pvmem value in run script. Especially solvent calculations can exhibit allocation failures and explicit amounts of memory should be specified.galloc: could not allocate memory.Solution: The %mem value in .inp is higher than pvmem value in run script. Increase pvmem or decrease %mem. Probably out of disk space. Write error in NtrExt1Solution: /scratch space is most likely full. Delete old files in temporary folder.Convergence problems:Density matrix is not changing but DIIS error= 1.32D-06 CofLast= 1.18D-02.The SCF is confused. Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/linda-exe/l502.exelSolution: Problem with DIIS. Turn it off completely, e.g. using SCF=qc, or partly by using SCF= (maxconventionalcycles=N,xqc), where N is the number of steps DIIS should be used (see SCF keyword). Convergence criterion not met. SCF Done: E(RHF) = NNNNNNN A.U. after 129 cycles[...] Convergence failure -- run terminated. Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/linda-exe/l502.exe Solution: One SCF cycle has a default of maximum 128 steps, and this was exceeded without convergence achieved. Possible solution: In the route section of input file, specify SCF=(MaxCycle=N), where N is the number of steps per SCF cycles. Alternatively, turn of DIIS (e.g. by SCF=qc) (see SCF keyword).Problem with the distance matrix.Error termination via Lnk1e in /pkg/gaussian/g03/l202.exeSolution: Try to restart optimization from a different input geometry.New curvilinear step not converged. Error imposing constraintsError termination via Lnk1e in /pkg/gaussian/g03/l103.exeSolution: Problem with constrained coordinates (e.g. in OPT=modredun calculation). Try to restart optimization from a slightly different input geometry.Optimization stopped. -- Number of steps exceeded, NStep= N[..] Error termination request processed by link 9999.Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l9999.exeSolution: Maximum number of optimization steps is twice the number of variables to be optimized. Try increasing the value by specifying OPT=(MaxCycle=N) in .inp file, where N is the number of optimization steps (see OPT keyword). Alternatively, try to start optimization from different geometry.Errors in solvent calculations:AdVTs1: ISph= 2543 is engulfed by JSph= 2544 but Ae( 2543) is not yet zero!Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l301.exeSolution: Problem is related to building of the cavity in solvent calculations. One possible solution is to change the cavity model (default in g03 is UAO, can be changed by adding RADII keyword in section below coordinates in the .inp file, e.g. RADII=UFF, see SCRF keyword).Hydrogen X has 2 bounds. Keep it explicit at all point on thepotential energy surface to get meaningful results.Solution: In UAO cavity model, spheres are placed on groups of atoms, with hydrogens assigned to the heavy atom, they are bound to. If assignment fails (e.g. because heavy atom-H bond is elongated), cavity building fails. Possible solutions: a) use cavity model that also assigns spheres to hydrogens (e.g. RADII=UFF) or b) Assign a sphere explicity on problematic H atom (use SPHEREONH=N, see SCRF keyword)ERROR MESSAGES IN LOGFILES=>> PBS: job killed: walltime N exceeded limit Msignal number 15 received.Solution: Job did not finish within specified wall time. Retrieve .out and .chk files from temporary folder/global/work/$USER/$JOB (or $PBS_JOBID) and restart calculation if possible (using e.g. opt=restart or scf=restart). cp: cannot stat $JOB.inp: No such file or directorySolution: The .inp file is not in the directory from where the job was submitted (or its name was misspelled during submission. If error reads: cp: cannot stat $JOB.inp.inp, the .inp file was submitted with extension).ntsnet: unable to schedule the minimum N workersSolution: The value of %NprocLinda=N in the .inp file is higher than the number of nodes asked for during submission. Make sure these values match.Connection refused [...] died without ever signing inSign in timed out after 0 worker connections. Did not reach minimum (N), shutting downSolution: Error appears if you run parallel calculations but did not add this file to your $HOME directory: .tsnet.config containing only the line: Tsnet.Node.lindarsharg: ssh。
gaussian view dft计算实例
高斯视图是一个用于分子动力学模拟和量子化学计算的软件工具。
它基于密度泛函理论（DFT），可以用来计算分子和固体的结构、能量和热力学性质。
本文将介绍如何使用高斯视图进行DFT计算，并提供一个实例来演示其使用方法。
一、高斯视图的安装和设置1. 安装高斯视图软件在冠方全球信息站上下载高斯视图软件的安装程序，并按照安装指南进行安装。
安装完成后，根据软件界面的提示进行注册和激活。
2. 设置计算参数在进行DFT计算之前，需要设置计算所需的参数。
在高斯视图软件中，可以通过输入卡文件来设置计算所需的参数。
输入卡文件是一个包含计算信息和参数的文本文件，可以通过文本编辑器来创建和编辑。
二、DFT计算实例假设我们需要计算甲烷分子的结构和能量，我们可以通过以下步骤来进行DFT计算。
1. 创建输入卡文件我们需要创建一个输入卡文件来告诉高斯视图软件我们要进行的计算类型、所用的泛函和基组等参数。
以下是一个简单的输入卡文件的示例：```chk=check.chkmem=100MB#p B3LYP/6-31G(d) opt freqmethane optimization0 1CH 1 RH 1 R 2 AH 1 R 2 A 3 DR 1.1A 109.5D 120.0```在这个输入卡文件中，我们指定了计算类型为优化和频率分析，所用的泛函为B3LYP，基组为6-31G(d)。
我们还指定了甲烷分子的初始构型和取向。
2. 运行计算创建好输入卡文件后，我们可以将其载入高斯视图软件中，并运行计算。
在计算过程中，高斯视图软件会根据输入卡文件中的参数进行计算，并输出计算结果。
3. 分析计算结果计算完成后，我们可以通过高斯视图软件查看计算结果。
可以查看优化后的分子构型、能量、振动频率等信息，以及分子轨道和电子密度等性质。
通过分析计算结果，我们可以了解甲烷分子的结构和性质。
三、总结通过上述实例，我们可以看到，使用高斯视图进行DFT计算是非常简单和方便的。
高斯常见问题
一、混合基组#p b3lyp/GenECP opt Gen 自己在输入文件末尾定义基组，ECP 使用赝势空行g03 opt空行0 1... ...... ...空行C H O 0 碳氢氧数字0 GEN6-31G** 基组名**** 结束符号Ru P Cl 0 Ru P Cl 数字0 GENLanl2dz 基组名**** 结束符号空行Ru P Cl 0 Ru P Cl 数字0 ECPLanl2dz 基组=====================建议你查看GEN 关键字。
上述，如不加ECP亦可。
二、出现错误提醒:（一）出现名言提示，表明是正常结束的；l9999终止，是因为循环次数不够。
建议用optcyc=100-999增加循环；或者把输出结果做为输入结构再次优化！1、是我感觉你要是maxcycle=200还是999死的话，就减小一下步长试试，可能会有用的！maxstep=12、该先看下收敛指标是不是很接近了，如果很接近就继续做（读chk）或取出最后一个坐标继续算，如果相差很远，可以加非线形实验下，再一个就是加大循环，缩短步长。
（二）L202是重新定位坐标，计算对称性，检查变量的，它出错应该就是输入结构有问题。
三、过渡态寻找过渡态的时候,可以用TS,QST2 和QST3 方法,那一种方法的效果更好一些?”取决于计算前所拥有的信息量。
当然，信息越多，结果越有把握。
所以，QST3 最有把握。
如果没有任何初始信息，那就没有什么选择了。
“我想不同的输入方法肯定不会产生一样的结果，那输入过程中限制它们间相对位置的条件是什么呢？”如果输入不同会导致结果不同，那么应当全面考虑。
首先可以用化学知识筛选。
如果此后仍有多种可能性，就应当通过计算比较。
我算过的用HF方法虚频超过1000，而用DFT只要100-300.所以说方法很重要。
但是，只要你找到的TS虚频与反应的方向一致并且IRC已经验证，这个TS就是可信的。
虚频也不能太小，比如小于100.过渡态与你的产物相差甚远说明在这条反应路径上还有过渡态你没有找到在优化过渡态的时候圈数设为100，步长5，怎么输入opt（TS，calcFC，maxcyc=100，maxstep=5）是这样寻找过渡态不是一件容易的事（对于我和大多数刚涉及量化的人来说），因此我希望通过写这个经验小结能对大家有些帮助。
第三章Gaussian软件的使用new
动力学计算 计算核的受力 波函数稳定性测试 计算分子体积 仅计算布居分析 仅作分子轨道初猜 从.chk文件中提取存档
Gaussian 程序中的部分关键词
Guess（初始轨道猜测）
• Guess • Guess=read 要求从chk文件读取初始轨道猜测 • Guess=mix • Guess=alter
量量子子力力学学理理论论
组态 相互组作态用
相互作用 CI CI
超超HFHF
微扰处理 微扰处理 多组态 自多洽组场态 自洽场
基组的选择
➢ Route Section采用自由格式，大小写不敏感
✓ 同一行不同项之间可以使用空格，逗号和“/”连接； 例：#p hf/6-31g scfcyc=230 scfcon=8 #p,hf/6-31g,scfcyc=230,scfcon=8
L101 L102 Overlay1
L122
link0: 初始化程序，控制占位
link1: 读入并处理计算执行路径，建 立要执行的link列表
常常 模拟从头算 用 模拟从头算 的 量用 的 量 第一原理计算
从自头洽算场 S从CF头- 算 ab iSnCitiFoab initio
分子碎片法 分子碎片法
浮动球 高浮斯动法球
从A从b头I头n算i算t法io法 高斯法 Ab Initio
子 化 学 计子 化 学 局域密度 计 局近域似密度 算 方 法算 方 法 近 似
➢ 内存使用控制
%mem=n
控制运行过程中使用内存的大小,可以以W或者MB，GB为单位 default：6000000W＝48MB 综合考虑到计算的需要和硬件水平，内存并非给得越多越好，最有效率的方法是 根据作业类型估算所需要内存的大小
Gaussian菜鸟常见问题分析
Gaussian菜鸟常见问题分析1．检查是否有初始文件错误在命令行中加入%kJob L301 or %kJob L302如果通过则一般初始文件ok。
常见初级错误：a. 自旋多重度错误b. 变量赋值为整数c. 变量没有赋值或多重赋值d. 键角小于等于0度，大于等于180度e. 分子描述后面没有空行f. 二面角判断错误，造成两个原子距离过近g. 分子描述一行内两次参考同一原子,或参考原子共线2．SCF(自洽场)不收敛则一般是L502错误省却情况做64个cycle迭代(G03缺省128 cycles)a. 修改坐标，使之合理b. 改变初始猜 Guess=Huckel 或其他的，看Guess关键词。
c. 增加叠代次数SCFCYC=N （对小分子作计算时最好不要增加，很可能结构不合理）d. iop（5/13=1）这样忽略不收敛，继续往下做。
3．分子对称性改变a. 修改坐标，强制高对称性或放松对称性b. 给出精确的、对称性确定的角度和二面角。
如CH4的角度给到109.47122c. 放松对称性判据 Symm=loosed. 不做对称性检查iop(2/16=1) （最好加这个选项）iop(2/16=2) 则保持新的对称性来计算4．Opt时收敛的问题a. 修改坐标，使之合理b. 增加叠代次数optcyc=N5．优化过渡态，若势能面太平缓，则不好找到。
iop(1/8=10) 默认30（下一个结构和该结构的差别0.3Å），可改成10。
如果每一步都要用到小的步长，应该加opt(notrustupdate)6．在CI（组态）方法中如QCISD(T),CCSD(T),CID方法中，省却最大循环50，若出错（L913错误）解决方法：#P QCISD(maxcyc=N) 注：N≤5127．优化过渡态opt=TS (给出过渡态)opt=qst2 (给出反应物和产物)opt=qst3 (给出反应物和产物和过渡态)a. 用G03时的出错opt=ts 必须加FC (force constant)写法：opt=(TS, calcFc)or opt=(TS,calchffc)计算HF力常数，对QCISD，CCSD等方法用；or opt=(TS,modRedundant) (最好写这个)b. 如果计算采用QCISD计算（不好计算FC）则写为QCISD opt=(TS, calcHFFC) (用HF计算FC)8. 无法写大的Scratch文件RWFa. 劈裂RWF文件%rwf=loc1,size1,loc2,size2,……..,locN,-1b. 改变计算方法MP2=Direct可以少占硬盘空间c. 限制最大硬盘maxdisk=N GB，****MB,有些系统写2GB会出错，可以写2000MB9. FOPT出错原因是变量数与分子自由度数不相等。
Gaussian的使用(一)
主要计算项目包括： • 分子的能量与几何结构 • 化学反应过渡态的能量与几何结构 • 振动频率分析 • 红外与拉曼光谱 • 分子的热化学性质 • 键能与化学反应能 • 化学反应途径 • 分子轨道的能量与性质 • 原子电荷分布（电子布居分析）和自旋密度分布
• 分子的多极矩（永久偶极矩和四极至十六极矩） • NMR 屏蔽常数、化学位移及分子的磁化率
用默认的外部浏览器显示分子结构的 3D 图形
用外部文本编辑器打开输出文件，阅读、分析和编辑计算结果
2.在“作业编辑对话框”内进行在线编辑 打开软件，进入 Gaussian03 主窗口。在主窗口中打开下拉菜单“File”, 点击“New”选项后将跳出“作业编辑对话框” （如图 1 所示） ， 框内工具 条上各按钮的功能为
图 1 中已标出每一段的主要作用和功能。
图 2 乙炔分子编辑对话框
其中 OPT 表示优化分子结构，HF 表示采用从头算 Hartree-Fock 方法，6 31G * 表示采用的基函数，0 和 1 分别表示乙烯分子的电荷和 自旋多重度。 分子说明部分采用的是分子的内坐标， 它主要是通过分子中原子 的空间构型进行设置，具体格式为： 元素标记，参考原子，键长，参考原子，键角，参考原子，二面角
包含多个输入行，每行的行首均用#号开始。段后需加一空白行。 题目段 作业计算内容与目的的简要描述，以便于输出文件的阅读。
可包含多个输入行，段后需加一空白行。 电荷与自旋行 给定分子所带的净电荷数（正负整数）及自旋多重度
（正整数） 。限一行，行后不加空白行。 分子说明段 给定分子中各原子的坐标。 笛卡儿坐标或分子内坐标均
Water Energy
0 O1 H2 0.
1 0. 0.
0.ห้องสมุดไป่ตู้84 -0.554 0.
GaussianFAQ实践版
GaussianFAQ实践版（V25.00）【兼在线答疑】作者: yjcmwgk(站内联系TA)发布: 2009-09-25 GaussianFAQ（不断更新中）新问题可以到/bbs/viewthread.php?tid=1734563跟帖GaussianFAQ改进历程2009.09.25 V 0.01 GaussianFAQ(Beta版)诞生2009.09.30 V 1.00 为这个FAQ增加了插图11张，GaussianFAQ第一版正式发布2009.10.02 V 1.10 修改了第一章第四节的回答2009.10.04 V 2.00 增加了第二章第七、八、九节三个问题及其答案2009.10.06 V 2.10 修改了第一章第三节的回答2009.10.07 V 3.00 增加了第二章第十、十一节两个问题及其答案2009.10.07 V 4.00 更换了第一章第一节这个问题的答案2009.10.08 V 4.10 修改了第二章第九节的回答2009.10.08 V 5.00 增加了第二章第十二节这个问题及其答案2009.10.10 V 6.00 增加了第一章第五节这个问题及其答案2009.10.14 V 6.01 改了几个错别字2009.10.15 V 6.02 又改了几个错别字2009.10.18 V 7.00 增加第一章第六节这个问题及其答案2009.10.19 V 8.00 增加第一章第七节这个问题及其答案2009.10.20 V 9.00 增加第二章第十三节这个问题及其答案2009.11.27 V 9.10 修改第一章第四节的答案2009.12.08 V10.00 增加了第二章第十四、十五节两个问题及其答案2009.12.09 V11.00 增加了第四章第六节这个问题及其答案2009.12.12 V12.00 增加了第四章第七节这个问题及其答案2009.12.15 V13.00 增加了第四章第八节这个问题及其答案2009.12.15 V13.10 修改第一章第二节的答案2009.12.21 V13.20 修改第一章第四节的答案2009.12.28 V14.00 增加了第一章第八节这个问题及其答案2009.12.31 V14.10 修改了第四章第三节的答案2010.01.05 V14.20 修改了第一章第四节的答案2010.01.06 V14.21 修改了第一章第四节的答案中的一个bug 2010.01.07 V15.00 增加了第四章第九节这个问题及其答案2010.01.08 V15.01 将原第一章第七节调整为第二章第十六节2010.01.09 V16.00 更换了第二章第七节的答案2010.01.11 V17.00 增加了第二章第十七节这个问题及其答案2010.01.11 V18.00 更换了第一章第五节的答案2010.01.12 V18.10 修改了第二章第九节的答案2010.01.13 V19.00 增加了第二章第十八节这个问题及其答案2010.01.13 V19.10 修改了第二章第十七节的答案2010.01.13 V20.00 增加了第二章第十九节这个问题及答案2010.01.14 V21.00 增加了第二章第二十节这个问题及答案2010.01.20 V21.01 修改了第四章第九节的一个bug2010.01.22 V21.10 修改了第四章第九节的答案2010.01.27 V22.00 增加了第四章第十节这个问题及答案2010.02.18 V23.00 增加了第二章第二十一节这个问题及答案2010.02.19 V24.00 增加了第二章第二十二节这个问题及答案2010.02.19 V25.00 增加了了目录2010.04.02 V26.00 增加了第三章第五节这个问题及答案2010.04.06 V26.10 修改了第四章第九节的答案2010.05.26 V26.11 略微修改了第四章第九节的答案2010.05.27 V26.12 略微修改了第一章第四节的答案2010.07.25 V27.00 增加了第二章第二十三节这个问题及答案2010.08.21 V27.01 略微修改了第二章第二十三节的答案请大家继续提意见版本号升级说明：GaussianFAQ的版本号采用x.xx的方式彻底更换某个问题的答案，或者增加新问题及其解答，大版本号加1 修改对某个问题的回答，小版本号加1改点儿bug，小小版本号加1该帖子主要讨论Gaussian操作问题。
gaussian计算相互作用能
gaussian计算相互作用能【原创实用版】目录1.引言2.Gaussian 计算相互作用能的原理3.Gaussian 计算相互作用能的具体步骤4.Gaussian 计算相互作用能的优点与局限性5.总结正文一、引言在量子化学中，计算分子间的相互作用能是一项重要的研究任务。
Gaussian 是一款广泛应用于量子化学计算的软件，能够有效地计算分子间的相互作用能。
本文将介绍 Gaussian 计算相互作用能的原理、具体步骤以及优点与局限性。
二、Gaussian 计算相互作用能的原理Gaussian 基于密度泛函理论（DFT）计算分子间的相互作用能。
DFT 将电子密度作为基本变量，通过引入交换关联作用，可以有效地描述电子相关性。
Gaussian 使用分组方法将分子划分为不同的组，然后计算每组之间的相互作用能，最后将各组间的相互作用能相加得到总相互作用能。
三、Gaussian 计算相互作用能的具体步骤1.准备输入文件：在计算相互作用能之前，需要首先准备输入文件，包括分子的几何结构、元素种类、轨道类型等参数。
2.运行 Gaussian 软件：将输入文件提交给 Gaussian 软件，软件将自动进行计算。
3.分析输出结果：Gaussian 计算完成后，会生成输出文件，其中包括相互作用能的结果。
需要对输出结果进行分析，提取相互作用能的数值。
四、Gaussian 计算相互作用能的优点与局限性1.优点：Gaussian 计算相互作用能具有较高的准确性和可靠性，可以广泛应用于各种分子体系。
此外，Gaussian 软件操作简便，计算效率较高，适用于大规模计算。
2.局限性：尽管 Gaussian 在计算相互作用能方面具有很多优点，但它仍然有一定的局限性。
例如，对于某些具有较大空间伸展性的分子，Gaussian 计算结果可能存在误差。
此外，Gaussian 计算相互作用能的计算成本较高，对于计算资源有限的研究者而言可能存在一定的限制。
GaussianHMM1d 1.1.1 用户指南说明书
Package‘GaussianHMM1d’July8,2023Title Inference,Goodness-of-Fit and Forecast for Univariate GaussianHidden Markov ModelsVersion1.1.1Description Inference,goodness-of-fit test,and prediction densities and intervals for univariate Gaus-sian Hidden Markov Models(HMM).The goodness-of-fit is based on a Cramer-von Mises statis-tic and uses parametric bootstrap to estimate the p-value.The description of the methodol-ogy is taken from Chapter10.2of Remillard(2013)<doi:10.1201/b14285>.Depends R(>=3.5.0),doParallel,parallel,foreach,statsLicense GPL(>=2)Encoding UTF-8RoxygenNote7.2.3NeedsCompilation yesAuthor Bouchra R.Nasri[aut,cre,cph],Bruno N Remillard[aut,ctb,cph]Maintainer Bouchra R.Nasri<**************************>Repository CRANDate/Publication2023-07-0810:50:10UTCR topics documented:EstHMM1d (2)EstRegime (3)ForecastHMMeta (4)ForecastHMMPdf (5)GaussianMixtureCdf (6)GaussianMixtureInv (6)GaussianMixturePdf (7)GofHMM1d (8)Sim.HMM.Gaussian.1d (9)Sim.Markov.Chain (10)SimHMMGaussianInv (10)Sn (11)12EstHMM1d Index13 EstHMM1d Estimation of a univariate Gaussian Hidden Markov Model(HMM)DescriptionThis function estimates parameters(mu,sigma,Q)of a univariate Hidden Markov Model.It com-putes also the probability of being in each regime,given the past observations(eta)and the whole series(lambda).The conditional distribution given past observations is applied to obtains pseudo-observations W that should be uniformly distributed under the null hypothesis.A Cramér-von Mises test statistic is then computed.UsageEstHMM1d(y,reg,max_iter=10000,eps=1e-04)Argumentsy(nx1)vector of datareg number of regimesmax_iter maximum number of iterations of the EM algorithm;suggestion10000eps precision(stopping criteria);suggestion0.0001.Valuemu estimated mean for each regimesigma stimated standard deviation for each regimeQ(reg x reg)estimated transition matrixeta(n x reg)probabilities of being in regime k at time t given observations up to time tlambda(n x reg)probabilities of being in regime k at time t given all observations cvm Cramér-von Mises statistic for the goodness-of-fit testU Pseudo-observations that should be uniformly distributed under the null hypoth-esis of a Gaussian HMMLL Log-likelihoodAuthor(s)Bouchra R Nasri and Bruno N Rémillard,January31,2019ReferencesChapter10.2of B.Rémillard(2013).Statistical Methods for Financial Engineering,Chapman and Hall/CRC Financial Mathematics Series,Taylor&Francis.EstRegime3ExamplesQ<-matrix(c(0.8,0.3,0.2,0.7),2,2);mu<-c(-0.3,0.7);sigma<-c(0.15,0.05)data<-Sim.HMM.Gaussian.1d(mu,sigma,Q,eta0=1,100)$xest<-EstHMM1d(data,2,max_iter=10000,eps=0.0001)EstRegime Estimated Regimes for the univariate Gaussian HMMDescriptionThis function computes and plots the most likely regime for univariate Gaussian HMM using prob-abilities of being in regime k at time t given all observations(lambda)and probabilities of being in regime k at time t given observations up to time t(eta).UsageEstRegime(t,y,lambda,eta)Argumentst(nx1)vector of dates(years,...);if no dates then t=[1:length(y)]y(nx1)vector of data;lambda(nxreg)probabilities of being in regime k at time t given all observations;eta(nxreg)probabilities of being in regime k at time t given observations up to time t;ValueA Estimated Regime using lambdaB Estimated Regime using etarunsA Estimated number of runs using lambdarunsB Estimated number of runs using etapA Graph for the estimated regime for each observation using lambdapB Graph for the estimated regime for each observation using etaAuthor(s)Bouchra R Nasri and Bruno N Rémillard,January31,2019ReferencesChapter10.2of B.Rémillard(2013).Statistical Methods for Financial Engineering,Chapman and Hall/CRC Financial Mathematics Series,Taylor&Francis.4ForecastHMMeta ExamplesQ<-matrix(c(0.8,0.3,0.2,0.7),2,2);mu<-c(-0.3,0.7);sigma<-c(0.15,0.05);data<-Sim.HMM.Gaussian.1d(mu,sigma,Q,eta0=1,100)$xt=c(1:100);est<-EstHMM1d(data,2)EstRegime(t,data,est$lambda,est$eta)ForecastHMMeta Estimated probabilities of the regimes given new observationsDescriptionThis function computes the estimated probabilities of the regimes for a Gaussian HMM given new observation after time n.it also computes the associated weight of the Gaussian mixtures that can be used for forecasted density,cdf,or quantile function.UsageForecastHMMeta(ynew,mu,sigma,Q,eta)Argumentsynew new observations(mx1);mu vector of means for each regime(r x1);sigma vector of standard deviations for each regime(r x1);Q transition probality matrix(r x r);eta vector of the estimated probability of each regime(r x1)at time n;Valueetanew values of the estimated probabilities at times n+1to n+m,using the new obser-vationsw weights of the mixtures for periods n+1to n+mAuthor(s)Bouchra R Nasri and Bruno N Rémillard,January31,2019ReferencesChapter10.2of B.Rémillard(2013).Statistical Methods for Financial Engineering,Chapman and Hall/CRC Financial Mathematics Series,Taylor&Francis.ForecastHMMPdf5Examplesmu<-c(-0.3,0.7);sigma<-c(0.15,0.05);Q<-matrix(c(0.8,0.3,0.2,0.7),2,2);eta<-c(.1,.9);x<-c(0.2,-0.1,0.73)out<-ForecastHMMeta(x,mu,sigma,Q,eta)ForecastHMMPdf Density function of a Gaussian HMM at time n+kDescriptionThis function computes the density function of a Gaussian HMM at time n+k,given observation upto time n.UsageForecastHMMPdf(x,mu,sigma,Q,eta,k)Argumentsx points at which the density function is comptuted(mx1);mu vector of means for each regime(r x1);sigma vector of standard deviations for each regime(r x1);Q transition probality matrix(r x r);eta vector of the estimated probability of each regime(r x1)at time n;k time of prediction.Valuef values of the density function at time n+kw weights of the mixtureAuthor(s)Bouchra R Nasri and Bruno N Rémillard,January31,2019ReferencesChapter10.2of B.Rémillard(2013).Statistical Methods for Financial Engineering,Chapman andHall/CRC Financial Mathematics Series,Taylor&Francis.Examplesmu<-c(-0.3,0.7);sigma<-c(0.15,0.05);Q<-matrix(c(0.8,0.3,0.2,0.7),2,2);eta<-c(.9,.1);x<-seq(-1,1,by=0.01)out<-ForecastHMMPdf(x,mu,sigma,Q,eta,3)plot(x,out$f,type="l")6GaussianMixtureInv GaussianMixtureCdf Distribution function of a mixture of Gaussian univariate distributionsDescriptionThis function computes the distribution function of a mixture of Gaussian univariate distributions UsageGaussianMixtureCdf(x,mu,sigma,w)Argumentsx Points at which the distribution function is comptuted(nx1);mu vector of means for each regime(r x1);sigma vector of standard deviations for each regime(r x1);w vector of the probability of each regime(r x r).ValueF values of the distribution functionAuthor(s)Bouchra R Nasri and Bruno N Rémillard,January31,2019Examplesmu<-c(-0.3,0.7);sigma<-c(0.15,0.05);w<-c(0.8,0.2);x<-seq(-1,1,by=0.01)F<-GaussianMixtureCdf(x,mu,sigma,w)plot(x,F,type="l")GaussianMixtureInv Inverse distribution function of a mixture of Gaussian univariate dis-tributionsDescriptionThis function computes the inverse distribution function of a mixture of Gaussian univariate distri-butionsUsageGaussianMixtureInv(p,mu,sigma,w)GaussianMixturePdf7Argumentsp Points in(0,1)at which the distribution function is computed(nx1);mu vector of means for each regime(r x1);sigma vector of standard deviations for each regime(r x1);w vector of the probability of each regime(r x1).Valueq values of the quantile functionAuthor(s)Bouchra R Nasri and Bruno N Rémillard,January31,2019Examplesmu<-c(-0.3,0.7);sigma<-c(0.15,0.05);w<-c(0.8,0.2);p<-seq(0.01,0.99,by=0.01)q<-GaussianMixtureInv(p,mu,sigma,w)plot(p,q,type="l")GaussianMixturePdf Density function of a mixture of Gaussian univariate distributionsDescriptionThis function computes the density function of a mixture of Gaussian univariate distributions UsageGaussianMixturePdf(x,mu,sigma,w)Argumentsx Points at which the density is comptuted(n x1);mu vector of means for each regime(r x1);sigma vector of standard deviations for each regime(r x1);w vector of the probability of each regime(r x1).Valuef Values of the distribution functionAuthor(s)Bouchra R Nasri and Bruno N Rémillard,January31,20198GofHMM1dExamplesmu<-c(-0.3,0.7);sigma<-c(0.15,0.05);w<-c(0.8,0.2);x<-seq(-1,1,by=0.01)f<-GaussianMixturePdf(x,mu,sigma,w)plot(x,f,type="l")GofHMM1d Goodness-of-fit test of a univariate Gaussian Hidden Markov ModelDescriptionThis function performs a goodness-of-fit test of a Gaussian HMM based on a Cramér-von Mises statistic using parametric bootstrap.UsageGofHMM1d(y,reg,max_iter=10000,eps=1e-04,n_sample=1000,n_cores)Argumentsy(n x1)data vectorreg number of regimesmax_iter maxmimum number of iterations of the EM algorithm;suggestion10000eps eps(stopping criteria);suggestion0.0001n_sample number of bootstrap samples;suggestion1000n_cores number of cores to use in the parallel computingValuepvalue pvalue of the Cram\’er-von Mises statistic in percentmu estimated mean for each regimesigma estimated standard deviation for each regimeQ(reg x reg)estimated transition matrixeta(n x reg)conditional probabilities of being in regime k at time t given observa-tions up to time tlambda(n x reg)probabilities of being in regime k at time t given all observations cvm Cramér-von Mises statistic for the goodness-of-fit testW Pseudo-observations that should be uniformly distributed under the null hypoth-esis of a Gaussian HMMLL Log-likelihoodSim.HMM.Gaussian.1d9Author(s)Bouchra R Nasri and Bruno N Rémillard,January31,2019ReferencesChapter10.2of B.Rémillard(2013).Statistical Methods for Financial Engineering,Chapman and Hall/CRC Financial Mathematics Series,Taylor&Francis.ExamplesQ<-matrix(c(0.8,0.3,0.2,0.7),2,2);mu<-c(-0.3,0.7);sigma<-c(0.15,0.05)data<-Sim.HMM.Gaussian.1d(mu,sigma,Q,eta0=1,100)$xgof<-GofHMM1d(data,2,max_iter=10000,eps=0.0001,n_sample=100,n_cores=2)Sim.HMM.Gaussian.1d Simulation of a univariate Gaussian Hidden Markov Model(HMM)DescriptionThis function simulates observations from a univariate Gaussian HMMUsageSim.HMM.Gaussian.1d(mu,sigma,Q,eta0,n)Argumentsmu vector of means for each regime(r x1);sigma vector of standard deviations for each regime(r x1);Q Transition probality matrix(r x r);eta0Initial value for the regime;n number of simulated observations.Valuex Simulated Datareg Markov chain regimesAuthor(s)Bouchra R Nasri and Bruno N Rémillard,January31,2019ExamplesQ<-matrix(c(0.8,0.3,0.2,0.7),2,2);mu<-c(-0.3,0.7);sigma<-c(0.15,0.05);sim<-Sim.HMM.Gaussian.1d(mu,sigma,Q,eta0=1,n=100)10SimHMMGaussianInv Sim.Markov.Chain Simulation of afinite Markov chainDescriptionThis function generates a Markov chain X(1),...,X(n)with transition matrix Q,starting from a state eta0.UsageSim.Markov.Chain(Q,n,eta0)ArgumentsQ Transition probality matrix(r x r);n length of series;eta0inital value in1,...,r.Valuex Simulated Markov chainAuthor(s)Bouchra R Nasri and Bruno N Rémillard,January31,2019ExamplesQ<-matrix(c(0.8,0.3,0.2,0.7),2,2);sim<-Sim.Markov.Chain(Q,eta0=1,n=100)SimHMMGaussianInv Simulation of a univariate Gaussian Hidden Markov Model(HMM)DescriptionGenerates a univariate regime-switching random walk with Gaussian regimes starting from a given state eta0,using the inverse method from noise u.Can be useful when generating multiple time series.UsageSimHMMGaussianInv(u,mu,sigma,Q,eta0)Sn11 Argumentsu series of uniform i.i.d.series(n x1);mu vector of means for each regime(r x1);sigma vector of standard deviations for each regime(r x1);Q Transition probality matrix(r x r);eta0Initial value for the regime;Valuex Simulated Dataeta Probability of regimesAuthor(s)Bouchra R Nasri and Bruno N Rémillard,January31,2019ReferencesNasri&Remillard(2019).Copula-based dynamic models for multivariate time series.JMV A,vol.172,107–121.ExamplesQ<-matrix(c(0.8,0.3,0.2,0.7),2,2)set.seed(1)u<-runif(250)mu<-c(-0.3,0.7)sigma<-c(0.15,0.05);eta0=1x<-SimHMMGaussianInv(u,mu,sigma,Q,eta0)Sn Cramer-von Mises statistic for goodness-of-fit of the null hypothesis ofa univariate uniform distrubtion over[0,1]DescriptionThis function computes the Cramér-von Mises statistic Sn for goodness-of-fit of the null hypothesis of a univariate uniform distrubtion over[0,1]UsageSn(U)12SnArgumentsU vector of pseudos-observations(apprimating uniform variates)ValueSn Cramér-von Mises statisticAuthor(s)Bouchra R Nasri and Bruno N Rémillard,January31,2019IndexEstHMM1d,2EstRegime,3ForecastHMMeta,4ForecastHMMPdf,5GaussianMixtureCdf,6 GaussianMixtureInv,6 GaussianMixturePdf,7GofHMM1d,8Sim.HMM.Gaussian.1d,9Sim.Markov.Chain,10 SimHMMGaussianInv,10Sn,1113。
华为高斯用户手册
华为高斯用户手册第一章总则第一条：为使本人事作业规范化、制度化和统一化，使公司员工的管理有章可循，提高工作效率和嗣责任感、归属感，特制定本制度。
第二条：适用范围。
一、本公司员工的管理，除遵照国家和地方有关法令外，都应依据本制度办理。
二、本制度所表示员工，系指本公司雇用的全体从业人员。
三、本公司如有临时性、短期性、季节性或特定性工作，可聘用临时员工，临时员工的管理依照合同或其它相应规定，或参照本规定办理。
四、关于试用、进修人员，崭新入员工的管理参考本规定办理或交之。
第二章录用第三条：本公司各部门例如因工作须要，必须减少人员时，应先依据人员征选流程提出申请，经本系统总经理或主管副总裁批准后，由人事部门统一列入延聘计划并办理征选事宜。
第四条：本公司员工的甄选，以学识、能力、品德、体格及适合工作所需要条件为准。
采用考试和面试两种，依实际需要任择其中一种实施或两种并用。
第五条：新进人员经考试或复试合格和审查批准后，由人事部门办理试用相关手续。
原则上员工试用期三个月，届满合格后，方得正式宣布聘用;但成绩优秀者，可以适度延长其试用时间。
第六条：试用人员报到时，应向人事部送交以下证件：一、毕业证书、学位证书原件及复印件。
二、技术职务任职资格证书原件及复印件。
三、身份证原件及复印件。
四、一寸半身免冠照片二张。
五、试用同意书。
六、其它必要的证件。
第七条：凡存有以下情形者，严禁聘用。
一、剥夺政治权利尚未恢复者。
二、获判有期徒刑或被逮捕，尚未结案者。
三、吸食毒品或有其它严重不良嗜好者。
四、贪腐、积欠公款，存有记录在案者。
五、患有精神病或传染病者。
六、因品行亚劣，曾被政府行政机关惩罚者。
七、体格检查不合格者。
经总裁特许者不在此列。
八、其它经本公司判定不适合者。
第八条：员工如系临时性、短期性、季节性或特定性工作，视情况与本公司签订“定期工作协议书”，双方共同遵守。
第九条：试用人员例如因品行不良，工作不佳或无故旷职者，可以随时暂停试用，不予解雇。
EXP02_Gaussian
Instruction of Experiments 上机实习2.Gaussian软件安装、建模及优化软件模块: Gaussian任务: 学习Gaussian软件的安装、分子建模及结构优化注意:1.在自己的电脑上提交任务 (on-time instruction);2.如何进行建模及结构优化(on-time instruction).步骤:1.GaussianView5.0软件安装（1）打开GaussianView5.0文件夹，看到PIN文件和SETUP文件；（2）打开PIN文件，复制文件中的内容（序列号）；（3）双击SETUP，出现图1所示框；（4）一路点击“Next”，直到出现图2所示框，在Serial中粘贴刚刚复制的序列号；（5）接着进行“Next”,直到出现图3-4所示框，全部勾选，并点击“Install”；（6）最后点击“Finish”即可。
图1图2图4图3Instruction of Experiments 2.Gaussian软件的安装（1）打开Gaussian 09W文件夹，找到PIN文件和SETUP文件（可执行文件），打开PIN文件并复制文件内容，双击SETUP；（2）一路点击“Next”，出现如下图所示的框，在“Company”中填写cug，在“Serial”中将最先复制的序列号粘贴；（3）一路“Next”或“确定”，最后“Finish”即可。
3.在GaussianView5.0中进行建模（1）在程序中找到GaussianView图标，点击打开软件，将看到下图界面：（2）将上图中红框中的窗口放大，右击将出现一个菜单栏，下面是对菜单栏的介绍：Molecular Simulation and ModelingInstruction of Experiments 分子构建及计算常用工具介绍等价菜单结构库改变键长、角加H原子删除原子点击选中原子画框选中原子全不选全选计算参数设置快速提交任务编辑参数当前任务查询Instruction of Experiments （3）在此，我们以构建CH3CH2OH为例：右击，在菜单栏中选择View，在出现的小菜单中勾上Builder，这样出现构建分子所需的基本工具快捷菜单；（4）我们选择链状烷烃结构库(见图中红圈)，出现结构库窗口，选择两个C原子的乙烷(见红框)，此时鼠标实质上已经变成了画笔，在界面上点击一次便画出一个乙烷分子，点两次便画出两个乙烷分子；（5）点击一次画一个分子！（5）我们在乙烷的基础上构建乙醇分子，选择元素结构库(见红圈)，出现结构库窗口，选择O原子(见红圈)，此时出现三种结构(见绿框)，包括O原子、双键O、sp3的O。
高斯使用中的问题汇总
⾼斯使⽤中的问题汇总如何从下⾯的Gaussian输出⽂件中找出轨道系数及轨道能!!(新⼿多谢),请帮忙标出来求助]如何从下⾯的Gaussian输出⽂件中找出轨道系数及轨道能!!(新⼿多谢),请帮忙标出来The electronic state is 1-A1.Alpha occ. eigenvalues -- -20.58265 -11.33946 -1.39265 -0.87259 -0.69715 Alpha occ. eigenvalues -- -0.63950 -0.52294 -0.44073Alpha virt. eigenvalues -- 0.13573 0.24842 0.33338 0.37329 0.73660 Alpha virt. eigenvalues -- 0.80783 0.84685 0.94689 1.10445 1.10700 Alpha virt. eigenvalues -- 1.13937 1.27145 1.33529 1.62050 1.78192 Alpha virt. eigenvalues -- 1.79416 1.99239 2.18347 2.23684 2.45514 Alpha virt. eigenvalues -- 2.64513 2.87165 2.97616 3.27576 4.09792 Alpha virt. eigenvalues -- 4.47637Molecular Orbital Coefficients1 2 3 4 5(A1)--O (A1)--O (A1)--O (A1)--O (B2)--O EIGENVALUES -- -20.58265 -11.33946 -1.39265 -0.87259 -0.697151 1 C 1S 0.00000 0.99566 -0.11060 -0.16262 0.000002 2S 0.00047 0.02675 0.20981 0.33995 0.000003 2PX 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000004 2PY 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.420175 2PZ -0.00007 0.00066 0.17259 -0.18451 0.000006 3S -0.00024 -0.00743 0.08051 0.31309 0.000007 3PX 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000008 3PY 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.157609 3PZ -0.00048 0.00135 -0.01160 -0.07970 0.0000010 4XX -0.00002 -0.00272 -0.01628 -0.01333 0.0000011 4YY -0.00006 -0.00202 -0.01365 0.03019 0.0000012 4ZZ -0.00074 -0.00123 0.03302 -0.00166 0.0000013 4XY 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.0000014 4XZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.0000015 4YZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 -0.0139416 2 O 1S 0.99472 -0.00038 -0.19672 0.08889 0.0000017 2S 0.02094 0.00025 0.44184 -0.20351 0.0000018 2PX 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.0000019 2PY 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.3212220 2PZ -0.00153 -0.00029 -0.13537 -0.14216 0.0000021 3S 0.00436 -0.00058 0.37895 -0.27048 0.0000022 3PX 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.0000023 3PY 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.1797624 3PZ 0.00006 0.00108 -0.04718 -0.06799 0.0000025 4XX -0.00418 0.00015 -0.00022 -0.00041 0.0000026 4YY -0.00383 -0.00011 -0.00073 -0.00413 0.0000027 4ZZ -0.00356 -0.00019 0.01969 0.00906 0.0000028 4XY 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.0000029 4XZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.0000030 4YZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 -0.0233931 3 H 1S -0.00002 -0.00020 0.03017 0.17902 0.1908232 2S -0.00013 0.00210 -0.00537 0.06479 0.1202633 4 H 1S -0.00002 -0.00020 0.03017 0.17902 -0.1908234 2S -0.00013 0.00210 -0.00537 0.06479 -0.120266 7 8 9 10(A1)--O (B1)--O (B2)--O (B1)--V (A1)--V EIGENVALUES -- -0.63950 -0.52294 -0.44073 0.13573 0.248421 1 C 1S 0.01942 0.00000 0.00000 0.00000 -0.122122 2S -0.06075 0.00000 0.00000 0.00000 0.148963 2PX 0.00000 0.32517 0.00000 0.40259 0.000004 2PY 0.00000 0.00000 -0.19811 0.00000 0.000005 2PZ -0.37597 0.00000 0.00000 0.00000 -0.210866 3S 0.03971 0.00000 0.00000 0.00000 1.980967 3PX 0.00000 0.21231 0.00000 0.71124 0.000008 3PY 0.00000 0.00000 -0.04477 0.00000 0.000009 3PZ -0.08856 0.00000 0.00000 0.00000 -0.7497710 4XX 0.00549 0.00000 0.00000 0.00000 -0.0027311 4YY 0.02734 0.00000 0.00000 0.00000 -0.0126512 4ZZ -0.01933 0.00000 0.00000 0.00000 -0.0045913 4XY 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.0000014 4XZ 0.00000 0.03558 0.00000 -0.03288 0.0000015 4YZ 0.00000 0.00000 0.06035 0.00000 0.00000Sample Text相关回复：作者: lixiaona158 发布⽇期: 2008-04-03EIGENVALUES 后⾯的数字就是这个轨道对应的能量，但是它的单位是HF,⼀般使的时候需要换成电⼦福特，⽤这个系数乘27.2116就可以了。
gaussian教程
gaussian教程节译自Exploring Chemistry with Electronic Structure Methos, Second Edition,作者James B. Foresman, Eleen Frisch 出版社Gaussian, Inc, USA, 1996前言Gaussian可以做很多事情,具体包括分子能量和结构研究过渡态的能量和结构研究化学键以及反应的能量分子轨道偶极矩和多极矩原子电荷和电势振动频率红外和拉曼光谱核磁极化率和超极化率热力学性质反应途径计算可以模拟在气相和溶液中的体系,模拟基态和激发态.Gaussian是研究诸如取代效应,反应机理,势能面和激发态能量的有力工具.全书结构序言运行Gaussian第一部分基本概念和技术第一章计算模型第二章单点能计算第三章几何优化第四章频率分析第二部分计算化学方法第五章基族的影响第六章理论方法的选择第七章高精度计算第三部分应用第八章研究反应和反应性第九章激发态第十章溶液中的反应附录A 理论背景附录B Gaussian输入方法简介运行GaussianUnix/Linux平台:运行gaussian前要设置好运行参数,比如在C Shell中,需要加这两句setenv g94root directory / directory指程序的上级目录名source $g94root/g94/bsd/g94.login然后运行就可以了.比如有输入文件,采用C Shell时的运行格式是g94 h2o.logWindows平台:图形界面就不用多说了输入输出文件介绍在Unix系统中,输入文件是.com为扩展名的,输出文件为.log;在Windows系统中,输入文件是.gjf为扩展名,输出文件为.out.下面是一个输入文件#T RHF/6-31G(d) TestMy first Gaussian job: water single point energy0 1O -0.464 0.177 0.0H -0.464 1.137 0.0H 0.441 -0.143 0.0第一行以#开头,是运行的说明行,#T表示指打印重要的输出部分,#P表示打印更多的信息.后面的RHF表示限制性Hartree-Fock方法,这里要输入计算所选用的理论方法6-31G(d)是计算所采用的基组,就是用什么样的函数组合来描述轨道Test是指不记入Gaussian工作档案,对于单机版没有用处.第三行是对于这个工作的描述,写什么都行,自己看懂就是了.第二行是空行,这个空行以及第四行的空行都是必须的.第五行的两个数字,分别是分子电荷和自旋多重度.第六行以后是对于分子几何构性的描述.这个例子采用的是迪卡尔坐标.分子结构输入完成后要有一个空行.对于Windows版本,程序的图形界面把这几部分分得很清楚.输入的时候就不要再添空行了.输出文件输出文件一般很长,对于上面的输入文件,其输出文件中,首先是版权说明,然后是作者,Pople的名字在最后一个.然后是Gaussian读入输入文件的说明,再将输入的分子坐标转换为标准内坐标,这些东西都不用去管.当然,验证自己的分子构性对不对就要看这个地方.关键的是有SCF Done的一行,后面的能量可是重要的,单位是原子单位,Hartree,1 Hartree= 4.3597482E-18 Joules或=2625.500 kJ/mol=27.2116 eV再后面是布居分析,有分子轨道情况,各个轨道的本征值(能量),各个原子的电荷,偶极距.然后是整个计算结果的一个总结,各小节之间用\分开,所要的东西基本在里面了.然后是一句格言,随机有Gaussian程序从它的格言库里选出的(在l9999.exe中,想看的可以用文本格式打开这个文件,自己去找,学英语的好机会).然后是CPU时间,注意这不是真正的运行时间,是CPU运行的时间,真正的时间要长一些.如果几个工作一起做的话(Window下好像不可能,Unix/Linix下可以同时做多个工作),实际计算时间就长很多了.最后一句话,"Normal termination of Gaussian 94"很关键,如果没有这句话,说明工作是失败的,肯定在什么地方出错误了.这是这里应该有出错信息.根据输入文件的设置,输出文件还要多一些内容,上面的是基本的东西.第一章计算模型1.1 计算化学的方法主要有分子理论(Molecular Mechanics)和电子结构理论(Electronic Structure Theory).两者的共同点是1. 计算分子的能量,分子的性质可以根据能量按照一定的方法得到.2. 进行几何优化,在起始结构的附近寻找具有最低的能量的结构.几何优化是根据能量的一阶导数进行的.3. 计算分子内运动的频率.计算依据是能量的二阶导数.1.2 分子理论分子理论采用经典物理对分子进行处理,可以在MM3,HyperChem, Quanta, Sybyl, Alchemy等软件中看到.根据所采用的力场的不同,分子理论又分为很多种.分子理论方法很便宜(做量化的经常用贵和便宜来描述计算,实际上就是计算时间的长短,因为对于要花钱上机的而言,时间就是金钱;对于自己有机器的,要想算的快,也要多在机器上花钱),可以计算多达几千个原子的体系.其缺点是1. 每一系列参数都是针对特定原子得出的.没有对于原子各个状态的统一参数.2. 计算中忽略了电子,只考虑键和原子,自然就不能处理有很强电子效应的体系, 比如不能描述键的断裂.1.3 电子结构理论这一理论基于薛定鄂方程,采用量子化学方法对分子进行处理.主要有两类:1. 半经验方法,包括AM1, MINDO/3, PM3,常见的软件包有MOPAC, AMPAC, HyperChem, 以及Gaussian.半经验方法采用了一些实验得来的参数,来帮助对薛定鄂方程的求解.2. 从头算.从头算,在解薛定鄂方程的过程中,只采用了几个物理常数,包括光速,电子和核的质量,普朗克常数,在求解薛定鄂方程的过程中采用一系列的数学近似,不同的近似也就导致了不同的方法.最经典的是Hartree-Fock方法,缩写为HF.从头算能够在很广泛的领域提供比较精确的信息,当然计算量要比前面讲的方法大的多,就是贵得多了.1.4 密度泛函(Density Functional Methods)密度泛函是最近几年兴起的第三类电子结构理论方法.它采用泛函(以函数为变量的函数)对薛定鄂方程进行求解,由于密度泛函包涵了电子相关,它的计算结果要比HF方法好,计算速度也快.1.5 化学模型(Model Chemistries)Gaussian认为所谓理论是,一个理论模型,必须适用于任何种类和大小体系,它的应用限制只应该来自于计算这里包括两点,1. 一个理论模型应该对于任何给定的核和电子有唯一的定义,就是说,对于解薛定鄂方程来讲,分子结构本身就可以提供充分的信息.2. 一个理论模型是没有偏见的,指不依靠于任何的化学结构和化学过程.这样的理论可以被认为是化学理论模型(theoretical-model chemistry),简称化学模型(model chemistry)(这个翻译我可拿不准,在国内没听说过).1.6 定义化学模型Gaussian包含多种化学模型,比如计算方法Gaussian关键词方法HF Hartree-Fock自恰场模型B3L YP Becke型3参数密度泛函模型,采用Lee-Yang-Parr泛函MP2 二级Moller-Plesset微扰理论MP4 四级Moller-Plesset微扰理论QCISD(T) 二次CI具体在第六章讨论基组基组是分子轨道的数学表达,具体见第五章开壳层,闭壳层指电子的自旋状态,对于闭壳层,采用限制性计算方法,在方法关键词前面加R对于开壳层,采用非限制性计算方法,在方法关键词前面加U.比如开壳层的HF就是UHF.对于不加的,程序默认为是闭壳层.一般采用开壳层的可能性是1. 存在奇数个电子,如自由基,一些离子2. 激发态3. 有多个单电子的体系4. 描述键的分裂过程模型的组合高精度的计算往往要几种模型进行组合,比如用中等算法进行结构优化,然后用高精度算法计算能量.第二章单点能计算2.1 单点能计算是指对给定几何构性的分子的能量以及性质进行计算,由于分子的几何构型是固定不变的,只是"一个点",所以叫单点能计算.单点能计算可以用于:计算分子的基本信息可以作为分子构型优化前对分子的检查在由较低等级计算得到的优化结果上进行高精度的计算在计算条件下,体系只能进行单点计算单点能的计算可以在不同理论等级,采用不同基组进行,本章的例子都采用HF方法2.2 计算设置计算设置中,要有如下信息:计算采用的理论等级和计算的种类计算的名称分子结构方法设置这里设置了计算要采用的理论方法,采用的基组,所要进行的计算的种类等信息.这一行,以#开头,默认的计算种类为单点能计算,关键词为SP,可以不写.这一部分需要出现的关键词有,计算的理论,如HF(默认关键词,可以不写),B3PW91;计算采用的基组,如6-31G, Lanl2DZ;布局分析方法,如Pop=Reg;波函数自恰方法,如SCF=Tight.Pop=Reg只在输出文件中打印出最高的5条HOMO轨道和最低的5条LOMU轨道,而采用Pop=Full则打印出全部的分子轨道.SCF设置是指波函数的收敛计算时的设定,一般不用写,SCF=Tight设置表示采用比一般方法较严格的收敛计算.计算的名称一般含有一行,如果是多行,中间不能有空行.在这里描述所进行的计算.分子结构首先是电荷和自旋多重度电荷就是分子体系的电荷了,没有就是0,自旋多重度就是2S+1,其中S是体系的总自旋量子数,其实用单电子数加1就是了.没有单电子,自旋多重度就是1.然后是分子几何构性,一般可以用迪卡尔坐标,也可以用Z-矩阵(Z-Matrix)多步计算Gaussian支持多步计算,就是在一个输入文件中进行多个计算步骤.2.3 输出文件中的信息例2.1 文件e2_01 甲醛的单点能标准几何坐标.找到输出文件中Standard Orientation一行,下面的坐标值就是输入分子的标准几何坐标.能量找到SCF Done: E(RHF)= -113.863697598 A. U. after 6 cycles这里的树脂就是能量,单位是hartree.在一些高等级计算中,往往有不止一个能量值,比如下一行E2=-0.3029540001D+00 EUMP2=-0.11416665769315D+03这里在EUMP2后面的数字是采用MP2计算后的能量.MP4计算的能量输出就更复杂了分子轨道和轨道能级对于按照计算设置所打印出的分子轨道,列出的内容包括,轨道对称性以及电子占据情况,O表示占据,V表示空轨道;分子轨道的本征值,也就是分子轨道的能量,分子轨道的顺序就是按照能量由低到高的顺序排列的;每一个原子轨道对分子轨道的贡献.这里要注意轨道系数,这些数字的相对大小(忽略正负号)表示了组成分子轨道的原子轨道在所组成的分子轨道中的贡献大小.寻找HOMO和LUMO轨道的方法就是看占据轨道和非占据轨道的交界处.电荷分布Gaussian采用的默认的电荷分布计算方法是Mullikin方法,在输出文件中寻找Total atomic charges可以找到分子中所有原子的电荷分布情况.偶极矩和多极矩Gassian提供偶极矩和多极矩的计算,寻找Dipole momemt (Debye),下面就是偶极矩的信息,再下两行是四极矩偶极矩的单位是德拜CPU时间和其他Job cpu time : 0days 0 hours 0 minuites 9.1 seconds.这里是计算的时间,注意是CPU时间.2.4 核磁计算例2.2 文件e2_02 甲烷的核磁计算核磁是单点能计算中另外一个可以提供的数据,在计算的工作设置部分,就是以#开头的一行里,加入NMR关键词就可以了,如#T RHF/6-31G(d) NMR Test在输出文件中,寻找如下信息GIAO Magnetic shielding tensor (ppm)1 C Isotropic = 199.0522 Anisotropy = 0.0000这是采用上面的设置计算的甲烷的核磁结果,所采用的甲烷构形是用B3L YP密度泛函方法优化得到的.一般的,核磁数据是以TMS为零点的,下面是用同样的方法计算的TMS(四甲基硅烷)的结果1 C Isotropic = 195.1196 Anisotropy = 17.5214这样,计算所得的甲烷的核磁共振数据就是-3.9ppm,与实验值-7.0ppm相比,还是很接近的.2.5 练习练习2.1 文件2_01 丙烷的单点能练习要点:寻找分子的标准坐标,寻找单点能,偶极矩的方向和大小,电荷分布练习2.2 文件2_02a (RR), 2_02b (SS), 2_02c (RS) 1,2-二氯-1,2-二氟乙烷的能量练习要点:比较该化合物三个旋光异构体的能量和偶极矩差异练习2.3 文件2_03 丙酮和甲醛的比较练习要点:比较甲基取代氢原子后带来的影响说明能量比较必须在有同样的原子种类和数量的情况下进行练习2.4 文件2_04 乙烯和甲醛的分子轨道练习要点:寻找HOMO和LUMO能级,并分析能级的组成情况练习2.5 文件2_05a, 2_05b, 2_05c 烷,烯,炔的核磁共振比较练习2.6 文件2_06 C60的单点能练习要点:分析C60最高占据轨道注意在收敛方法选择的时候,要有SCF=Tight,否则有收敛问题.练习2.7 文件2_07 计算大小的CPU资源比较本练习比较不同基组函数数量,SCF方法对CPU时间,资源的占用情况.比较传统SCF方法(SCF=Convern),直接SCF方法(Gaussian默认方法)传统SCF 直接SCF基组函数数量int文件大小(MB) CPU时间CPU时间23 2 8.6 12.842 4 11.9 19.861 16 23.2 38.880 42 48.7 72.199 92 95.4 122.5118 174 163.4 186.8137 290 354.5 268.0156 437 526.5 375.0175 620 740.2 488.0194 832 1028.4 622.1很显然,函数数量对资源占用和CPU时间都有很大影响,函数越多,资源占用越大,CPU时间越长.理论上来讲,认为CPU时间和函数数量的四次方成正比,但实际上没有这么高, 在本例中,基本上和函数数量的2.5次方成正比.一般的讲,直接SCF方法的效率要比传统SCF方法要好,在本例中,当函数数量比较大时, 可以看到这一点.练习2.8 文件2_08a (O2), 2_08b (O3) SCF稳定性计算本例中采用SCF方法分析分子的稳定性.对于未知的体系,SCF稳定性是必须要做的.当分子本身不稳定的时候,所得到的SCF结果以及波函数等信息就没有化学意义.SCF稳定性分析是寻找是不是存在比当前状态能量更低的分子状态.关键词有Stable 检验分子的稳定性,放松对分子的限制,比如由闭壳层改为开壳层等.Stable=OPT 这一选项设定,当发现不稳定的时候,对新的状态进行优化.这种做法一般是不推荐的,因为所得到的新的状态的几何形太接近原来的几何构形.本例中首先计算闭壳层的单重态的氧分子.很显然,闭壳层单重态的氧分子不应该是稳定的.在输出文件中,我们可以找到这样的句子:The wavefuction has an RHF --> UHF instability.这表明存在一个UHF的状态,其能量要比当前状态低.这说明可能,能量最低的状态是单重态的,但不是闭壳层的;存在有更低能量的三重态;所计算的状态不是能量最低点,可能是过渡态.在三重态情况下重新计算,也进行稳定性验证,可以看到如下的句子The wavefunction is stable under the perturbations considered.臭氧是单重态的,但有不一般的电子结构.采用RHF Stable=Opt可以发现一个RHF-->UHF的不稳定性,在所得到的UHF状态下进行稳定性检验,采用UHF Stable=Opt,发现体系仍然不稳定.The wavefunction has an inernal instability再在此基础上进行的优化,体系又回到了RHF的状态.这时,就需要在进行SCF前的构性初始电子状态猜测上进行改动,使用Guess=Mix,在初始猜测中混合HOMO 和LUMO轨道,从而消除空间对称性,然后进行的UHF Guess=Mix Stable 表明得到了稳定的结构.确定电子状态还可以采用Guess=Alter详见Gaussian User's Reference第三章几何优化前面讨论了在特定几何构型下的能量的计算,可以看出,分子几何构型的变化对能量有很大的影响.由于分子几何构型而产生的能量的变化,被称为势能面.势能面是连接几何构型和能量的数学关系.对于双原子分子,能量的变化与两原子间的距离相关,这样得到势能曲线,对于大的体系,势能面是多维的,其维数取决与分子的自由度.3.1势能面势能面中,包括一些重要的点,包括全局最大值,局域极大值,全局最小值,局域极小值以及鞍点.极大值是一个区域内的能量最高点,向任何方向的几何变化都能够引起能量的减小.在所有的局域极大值中的最大值,就是全局最大值;极小值也同样,在所有极小之中最小的一个就是具有最稳定几何结构的一点.鞍点则是在一个方向上具有极大值,而在其他方向上具有极小值的点.一般的,鞍点代表连接着两个极小值的过渡态.寻找极小值几何优化做的工作就是寻找极小值,而这个极小值,就是分子的稳定的几何形态.对于所有的极小值和鞍点,其能量的一阶导数,也就是梯度,都是零,这样的点被称为稳定点.所有的成功的优化都在寻找稳定点,虽然找到的并不一定就是所预期的点. 几何优化有初始构型开始,计算能量和梯度,然后决定下一步的方向和步长,其方向总是向能量下降最快的方向进行.大多数的优化也计算能量的二阶导数,来修正力矩阵,从而表明在该点的曲度.3.2 收敛标准当一阶导数为零的时候优化结束,但实际计算上,当变化很小,小于某个量的时候,就可以认为得到优化结构.对于Gaussian,默认的条件是力的最大值必须小于0.00045,均方根小于0.0003为下一步所做的取代计算为小于0.0018,其均方根小于0.0012这四个条件必须同时满足,比如,对于非常松弛的体系,势能面很平缓,力的值已经小于域值,但优化过程仍然有很长的路要走.对于非常松弛的体系,当力的值已经低于域值两个数量级,尽管取代计算仍然高于域值,系统也认为找到了最优点.这条规则用于非常大,非常松弛的体系.3.3 几何优化的输入Opt关键字描述了几何优化例3.1 文件e3_01 乙烯的优化输入文件的设置行为#R RHF/6-31G(d) Opt Test表明采用RHF方法,6-31G(d)基组进行优化3.4 输出文件优化部分的计算包含在两行相同的GradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad...........之间,这里有优化的次数,变量的变化,收敛的结果等等.注意这里面的长度单位是波尔.在得到每一个新的几何构型之后,都要计算单点能,然后再在此基础上继续进行优化,直到四个条件都得到满足.而最后一个几何构型就被认为是最优构型.注意,最终构型的能量是在最后一次优化计算之前得到的.在得到最优构型之后,在文件中寻找--Stationmay point found.其下面的表格中列出的就是最后的优化结果以及分子坐标.随后按照设置行的要求,列出分子有关性质例3.2 文件e3_02 氟代乙烯的优化3.5 寻找过渡态Gaissian使用STQN方法确定反应过渡态,关键词是Opt=QST2例3.3 文件e3_03 过渡态优化例中分析的是H3CO --> H2COH 的变化,输入文件格式#T UHF/6-31G(d) Opt=QST2 TestH3CO --> H2COH Reactants0,2structure for H3CO0,2structure for H2COHGaussian也提供QST3方法,可以优化反应物,产物和一个由用户定义的猜测的过渡态.3.6 难处例的优化有一些系统的优化很难进行,采用默认的方法得不到结果,其产生的原因往往是所计算出的力矩阵与实际的相差太远.当默认方法得不到结果时,就要采用其他的方法. Gaussian提供很多的选择,具体可以看User's Reference.下面列举一些.Opt=ReadFC 从频率分析(往往是采用低等级的计算得到的)所得到的checkpoint文件中读取初始力矩阵,这一选项需要在设置行之前加入%Chk= filename 一句,说明文件的名称.Opt=CalCFC 采用优化方法同样的基组来计算力矩阵的初始值.Opt=CalcAll 在优化的每一步都计算力矩阵.这是非常昂贵的计算方法,只在非常极端的条件下使用.有时候,优化往往只需要更多的次数就可以达到好的结果,这可以通过设置MaxCycle 来实现.如果在优化中保存了Checkpoint文件,那么使用Opt=Restart可以继续所进行的优化.当优化没有达到效果的时候,不要盲目的加大优化次数.这是注意观察每一步优化的区别,寻找没有得到优化结果的原因,判断体系是否收敛,如果体系能量有越来越小的趋势,那么增加优化次数是可能得到结果的,如果体系能量变化没有什么规律,或者,离最小点越来越远,那么就要改变优化的方法.也可以从输出文件的某一个中间构型开始新的优化,关键词Geom=(Check,Step=n)表示在取得在Checkpoint文件中第n步优化的几何构型3.7 练习练习3.1 文件3_01a (180), 3_01b (0) 丙烯的优化从两种丙烯的几何异构体进行优化,一个是甲基的一个氢原子与CCH形成180度二面角,另一个是0.优化结果表明,二者有0.003Hartree的差别,0度的要低.练习3.2 文件3_02a (0), 3_02b (180), 3_02c (acteald.) 乙烯醇的优化乙烯醇氧端的氢原子与OCC平面的二面角可以为0和180,优化得到的结果时,0度的能量比180度的低0.003Hartree,但同时做的乙醛的优化表明,乙醛的能量还要低,比0度异构体低0.027hartree.练习3.3 文件3_03 乙烯胺的优化运行所有原子都在同一平面上的乙烯胺的优化.比较本章的例子和练习,可以看到不同取代基对乙烯碳碳双键的影响.练习3.4 文件3_04 六羰基铬的优化本例采用STO-3G和3-21G基组,在设置行中加入SCF=NoVarAcc对收敛有帮助.3-21G基组的优化结果要优于STO-3G练习3.5 文件3_05a (C6H6), 3_05b (TMS) 苯的核磁共振采用6-31G(d)基组,B3L YP方法优化几何构性,采用HF方法,6-311+G(2d,p)基组在优化的几何构型基础上计算碳的化学位移.注意,核磁共振的可靠程度依赖准确的几何结构和大的基组.输入文件如下%Chk=NMR#T B3L YP/6-31G(d) Opt TestOptmolecule specification--Link1--%Chk=NMR%NoSave#T RHF/6-311+G(2d,p) NMR Geom=Check Guess=Read TestNMRcharg & spin同样,还需要采用同样方法计算TMS.下面是计算结果绝对位移相对位移实验值TMS Benzene188.7879 57.6198 131.2 130.9练习3.6 文件3_06a (PM3), 3_06b (STO-3G) 氧化碳60的优化C60中有两种碳碳键,一是连接两个六元环的6-6键,另一是连接六元环和无元环的5-6键. 氧化C60就有两种异构体.本例采用PM3和HF/STO-3G方法来判断那种异构体是稳定的,以及氧化后的C-C键的变化.采用Opt=AddRedundant关键词可以在输出文件中打印所要求的键长,键角,这一关键词需要在分子构型输入结束后在增加关于所要键长键角的信息,键长用两个原子的序列号表示,键角则用三个原子表示.计算结果显示,6-6键的氧化,碳碳键仍然存在,接近环氧化合物,而5-6键已经打开.采用不同的方法,得到的几何结构相差不多,但在能量上有很大差异.在采用MNDO,PM3,HF/3-21G方法得到的能量数据中,5-6键氧化的异构体的能量低,但采用HF/STO-3G得到的结果,确实6-6键氧化的能量低.Raghavachari在其进行的上述研究中阐述动力学因素同样是重要的;实验上还没有发现那个是能量最低的异构体;应该进行更精确的计算练习3.7 文件3_07 一个1,1消除反应的过渡态优化分析反应SiH4 --> SiH2 + H2, 可以采用Opt=(QST2, AddRedundant)关键词来进行过渡态优化,同时特别关注过渡态结构中的某个键长练习3.8 文件3_08 优化进程比较采用下述三种方法优化二环[2,2,2]直接采用默认方式冗余内坐标优化Opt;采用迪卡尔坐标优化Opt=Cartesian;采用内坐标优化Opt=Z-Matrix结果显示,冗余内坐标优化的优化次数最短,内坐标优化的次数最多.第四章频率分析频率分析可以用于多种目的,预测分子的红外和拉曼光谱(频率和强度)为几何优化计算力矩阵判断分子在势能面上的位置计算零点能和热力学数据如系统的熵和焓4.1 红外和拉曼光谱几何优化和单点能计算都将原子理想化了,实际上原子一直处于振动状态.在平衡态,这些振动是规则的和可以预测的.频率分析的计算要采用能量对原子位置的二阶导数.HF方法,密度泛函方法(如B3L YP), 二阶Moller-Plesset方法(MP2)和CASSCF方法(CASSCF)都可以提供解析二阶导数.对于其他方法,可以提供数值二阶导数.4.2 频率分析输入Freq关键词代表频率分析.频率分析只能在势能面的稳定点进行,这样,频率分析就必须在已经优化好的结构上进行.最直接的办法就是在设置行同时设置几何优化和频率分析.特别注意的是,频率分析计算是所采用的基组和理论方法,必须与得到该几何构型采用的方法完全相同!例4.1 文件e4_01 甲醛的频率分析例中采用的是已经优化好的几何构型,输入格式# RHF/6-31G(d) Freq Test4.3 频率和强度频率分析首先要计算输入结构的能量,然后计算频率.Gaussian提供每个振动模式的频率,强度,拉曼极化率.以下是例4.1的输出文件中的前四个频率1 2 3 4B1 B2 A1 A1。
Gaussian计算软件的使用
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在G98W 下拉菜单中点击“File-New”，屏幕上跳出如下图所示的输入文件编辑 对话框。框内工具条上各按钮的功能为
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运行作业
将所有键入内容核对无误后点击钮，屏幕上跳出如图所示的“Enter output filename”窗口，要求用户确认或更改输出文件名：
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程序默认的输出文件与输入文件同名（后缀改为out）。为便于查阅对照，一般 不应将其更改而直接点击“保存”钮。此时，对话框消隐，作业立即启动。主窗 口显示如图所示：
计算速度，减小硬盘使用空间 • Restart 从Chk文件中重新开始 CIS 计算 • Read 从Chk文件中读 CIS • 分析激发态电荷情况 用 • Density=current 或者Density=CIS
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接CIS优化
• # CIS(restart)/3-21g* guess=read geom=check POPT TEST
15用外部文本编辑器打开输出文件阅读分析和编辑计算结果21性质计算单点能30性质计算几何优化势能面31寻找极小值33寻找过渡态34难处理的优化35练习43优化时常用的关键词b3lyp631gpopttightmaxcycle200restartscfdirectmaxcycle200gfinputiop673test44频率或者nmr计算b3lyp631gfreqgfinputiop673testb3lyp631gnmrgfinputiop673test45gen基组和pseudob3lypgenpseudoreadgfinputpopttestauaupme3205062003au000000000019auxx31380000pxx42440000cp5195000046cis光谱计算cis单点cissingletsnstates30root1631gtest或者hf631gcissingletsnstates30root1testcis优化cissingletsnstates30root1631gpoptfreqtest47cis相关关键词triplets只算三重态5050单重和三重态各占一半rootn研究cis计算的第几个激发态direct加快计算速度减小硬盘使用空间restart从chk文件中重新开始cis计算read从chk文件中读cisdensitycurrent或者densitycis48接cis优化cisrestart321gguessreadgeomcheckpopttestcis321gpoptrestarttest49td光谱计算b3lyp631gtdsingletsnstates30root1testb3lyp321gtdrestartguessreadgeomchecktest50td相关关键词triplets只算三重态5050单重和三重态各占一半rootn研究td计算的第几个激发态direct加快计算速度减小硬盘使用空间read从chk文件中读tdg03有好像g98a112也有sosdosumoverstatespolarizabilitiesetc
gaussian view使用手册
Gaussian View使用手册一、引言Gaussian View是一款用于分子建模和计算化学领域的软件，它提供了一系列强大的功能来帮助用户进行分子结构的建模、分析和计算。
本文将为您介绍如何使用Gaussian View软件进行分子建模和计算的基本操作，包括软件的安装、界面的介绍、分子结构的建立和优化、能量和频率的计算等方面的内容。
二、软件安装与启动1. 下载Gaussian View软件安装包，并按照安装向导逐步进行安装。
2. 安装完成后，双击桌面上的Gaussian View图标，打开软件。
三、界面介绍1. 主窗口：软件的主要操作界面，包括菜单栏、工具栏、分子编辑区、控制台等组件。
2. 分子编辑区：用户可以在此处进行分子结构的建立、编辑和优化操作。
3. 控制台：显示软件运行的状态和输出信息。
四、分子结构的建立与编辑1. 新建分子：点击菜单栏中的“File”-“New”选项，选择分子的基本信息，并在分子编辑区中绘制原子和键。
2. 分子编辑：在分子编辑区中可以通过拖动、旋转、缩放等操作改变分子的结构。
3. 分子优化：点击菜单栏中的“Calculate”-“Optimization”选项，对分子结构进行优化。
五、能量和频率的计算1. 能量计算：点击菜单栏中的“Calculate”-“Single Point Energy”选项，对已优化的分子结构进行能量的计算。
2. 频率计算：点击菜单栏中的“Calculate”-“Frequency”选项，对已优化的分子结构进行振动频率的计算。
六、结果分析与导出1. 结果可视化：在控制台中查看计算过程的输出信息和结果，包括能量、振动频率等数据。
2. 结果导出：将分子结构、能量、振动频率等结果导出为文件，方便后续的分析和报告撰写。
七、常见问题与解决方法1. 软件安装问题：如果在安装过程中遇到问题，可以参考官方的安装文档或联系技术支持。
2. 分子结构优化失败：可能是由于初始结构不合理或参数设置不当，可以尝试调整参数或重新建立分子结构。
Gaussian中文用户参考手册
Æleen FrischMichael J. FrischGary W. TrucksZork 译(spectroscopy@) 2004年5月目录第1章 绪论................................................................................................................................- 7 - 官方Gaussian 03文献的引用............................................................................................- 9 - 推荐的附加引用........................................................................................................- 10 - Gaussian 03的功能...........................................................................................................- 10 - 基本算法....................................................................................................................- 11 -能量............................................................................................................................- 11 -梯度和几何优化........................................................................................................- 12 -频率和二阶导数........................................................................................................- 12 -分子性质....................................................................................................................- 12 -溶解模型....................................................................................................................- 13 - 手册概要............................................................................................................................- 13 - Gaussian 03文档集...........................................................................................................- 14 - 第2章 运行Gaussian............................................................................................................- 15 - 指定scratch文件的操作和位置......................................................................................- 17 - 跨磁盘分割scratch文件.........................................................................................- 18 -保存和删除scratch文件.........................................................................................- 18 -初始化文件................................................................................................................- 18 - 控制内存使用....................................................................................................................- 19 - 在UNIX系统中运行Gaussian........................................................................................- 19 - 脚本与Gaussian......................................................................................................- 20 -用NQS批处理.........................................................................................................- 21 - Gaussian 03的链接...........................................................................................................- 21 - 第3章 Gaussian 03的输入..................................................................................................- 25 - Gaussian 03输入概述.......................................................................................................- 27 - Gaussian 03输入部分分类....................................................................................- 28 - 输入语法............................................................................................................................- 29 - Gaussian 03任务类型............................................................................................- 30 - 模型化学............................................................................................................................- 31 - 基组....................................................................................................................................- 32 - 添加极化和弥散函数................................................................................................- 34 -附加的基组有关关键字............................................................................................- 35 -纯基函数与笛卡尔基函数相比较产生的问题........................................................- 35 - 密度拟合基组....................................................................................................................- 36 - 任务的标题部分................................................................................................................- 36 - 分子说明概述....................................................................................................................- 36 - 指定周期体系............................................................................................................- 38 -指定同位素以及其它核参数....................................................................................- 39 -分子力学的原子类型................................................................................................- 39 -指定空原子................................................................................................................- 40 - 多步任务............................................................................................................................- 40 - Gaussian 03关键字...........................................................................................................- 40 - #.................................................................................................................................- 41 -- 1 -AM1...........................................................................................................................- 44 -Amber........................................................................................................................- 44 -Archive......................................................................................................................- 44 -B3LYP.......................................................................................................................- 45 -BD..............................................................................................................................- 45 -BOMD........................................................................................................................- 46 -CASSCF...................................................................................................................- 50 -CBS-4M，CBS-Lq，CBS-Q，CBS-QB3和CBS-APNO..................................- 56 -CBSExtrapolate.......................................................................................................- 58 -CCD和CCSD..........................................................................................................- 59 -Charge......................................................................................................................- 59 -ChkBasis...................................................................................................................- 60 -CID和CISD.............................................................................................................- 61 -CIS和CIS(D)...........................................................................................................- 62 -CNDO........................................................................................................................- 64 -Complex....................................................................................................................- 64 -Constants..................................................................................................................- 65 -Counterpoise............................................................................................................- 66 -CPHF.........................................................................................................................- 67 -Density......................................................................................................................- 68 -DensityFit..................................................................................................................- 69 -密度泛函(DFT)方法.................................................................................................- 70 -Dreiding.....................................................................................................................- 74 -ExtendedHuckel.......................................................................................................- 74 -External.....................................................................................................................- 74 -ExtraBasis和ExtraDensityBasis..........................................................................- 75 -Field...........................................................................................................................- 76 -FMM..........................................................................................................................- 78 -Force.........................................................................................................................- 78 -Freq...........................................................................................................................- 79 -冻结核选项................................................................................................................- 85 -G1，G2，G2MP2，G3，G3MP2，G3B3和G3MP2B3..................................- 86 -Gen和GenECP......................................................................................................- 88 -Geom.........................................................................................................................- 93 -GFInput.....................................................................................................................- 96 -GFPrint......................................................................................................................- 96 -Guess........................................................................................................................- 97 -GVB.........................................................................................................................- 101 -HF............................................................................................................................- 103 -Huckel.....................................................................................................................- 104 -INDO........................................................................................................................- 104 -Integral....................................................................................................................- 105 -IOp...........................................................................................................................- 108 - - 2 -IRCMax...................................................................................................................- 111 - LSDA.......................................................................................................................- 112 - MaxDisk..................................................................................................................- 112 - MINDO3..................................................................................................................- 113 - 分子力学方法..........................................................................................................- 114 - MNDO.....................................................................................................................- 121 - MP2，MP3，MP4和MP5方法..........................................................................- 121 - Name.......................................................................................................................- 123 - NMR........................................................................................................................- 123 - ONIOM....................................................................................................................- 124 - Opt...........................................................................................................................- 129 - Output......................................................................................................................- 145 - OVGF......................................................................................................................- 145 - PBC.........................................................................................................................- 146 - PM3和PM3MM.....................................................................................................- 147 - Polar........................................................................................................................- 147 - Population...............................................................................................................- 149 - Pressure..................................................................................................................- 151 - Prop.........................................................................................................................- 151 - Pseudo....................................................................................................................- 152 - Punch......................................................................................................................- 157 - QCISD.....................................................................................................................- 158 - ReArchive...............................................................................................................- 158 - SAC-CI....................................................................................................................- 159 - Scale........................................................................................................................- 163 - Scan........................................................................................................................- 163 - SCF..........................................................................................................................- 164 - SCRF.......................................................................................................................- 167 - SP............................................................................................................................- 173 - Sparse.....................................................................................................................- 174 - Stable......................................................................................................................- 174 - Symmetry................................................................................................................- 175 - TD............................................................................................................................- 176 - Temperature...........................................................................................................- 177 - Test..........................................................................................................................- 178 - TestMO....................................................................................................................- 178 - TrackIO....................................................................................................................- 178 - Transformation.......................................................................................................- 178 - UFF..........................................................................................................................- 179 - Units.........................................................................................................................- 179 - Volume....................................................................................................................- 179 - W1U和W1BD.......................................................................................................- 180 - ZINDO.....................................................................................................................- 181 -- 3 -定义非标准的计算执行路径..................................................................................- 183 - 第4章 效率的考虑................................................................................................................- 187 - 估计计算的内存需求......................................................................................................- 189 - 并行计算的内存需求..............................................................................................- 190 - 积分的存储，转换和验算..............................................................................................- 190 - SCF能量和梯度..............................................................................................................- 190 - 积分的存储..............................................................................................................- 191 -直接SCF方法........................................................................................................- 191 -单点直接SCF收敛................................................................................................- 191 -收敛的问题..............................................................................................................- 192 -SCF频率.................................................................................................................- 193 - MP2能量.........................................................................................................................- 193 - MP2梯度.........................................................................................................................- 194 - MP2频率.........................................................................................................................- 195 - 更高级的相关能方法......................................................................................................- 195 - 激发态的能量和梯度......................................................................................................- 195 - 积分的存储..............................................................................................................- 196 -重新开始任务和波函的再使用..............................................................................- 196 -CIS激发态密度......................................................................................................- 196 -开壳层激发态的缺陷..............................................................................................- 197 - 稳定性计算......................................................................................................................- 197 - CASSCF的效率..............................................................................................................- 197 - CASSCF频率........................................................................................................- 197 - 第5章 实用程序....................................................................................................................- 199 - GAUSS_MEMDEF环境变量.........................................................................................- 201 - c8603................................................................................................................................- 201 - chkchk..............................................................................................................................- 202 - cubegen............................................................................................................................- 202 - cubman.............................................................................................................................- 203 - formchk............................................................................................................................- 205 - freqchk.............................................................................................................................- 206 - freqmem...........................................................................................................................- 207 - gauopt...............................................................................................................................- 208 - ghelp.................................................................................................................................- 209 - mm...................................................................................................................................- 210 - newzmat...........................................................................................................................- 210 - testrt..................................................................................................................................- 214 - unfchk..............................................................................................................................- 215 - 第6章 安装与配置Gaussian..............................................................................................- 217 - 系统需求..........................................................................................................................- 219 - 设置Gaussian运行环境.................................................................................................- 219 - scratch文件的考虑事项........................................................................................- 219 - 站内定制：Default.Route文件......................................................................................- 220 -- 4 -Default.Route的限制............................................................................................- 220 -默认内存..................................................................................................................- 220 -处理器数量..............................................................................................................- 221 -站点名称..................................................................................................................- 221 -典型的默认设置......................................................................................................- 221 -用户默认文件..........................................................................................................- 221 - 运行Gaussian测试任务.................................................................................................- 221 - 运行测试文件前，重命名已存在的Default.Route文件....................................- 222 -例子..........................................................................................................................- 222 - 附录A.G03和G98之间变化的总结.................................................................................- 223 - 新方法和新功能..............................................................................................................- 225 - 效率的改进......................................................................................................................- 225 - Gaussian 03和Gaussian 98功能的差别........................................................................- 226 - 在Gaussian 98最后一个版本中引进的修改.....................................................- 226 - 对工具程序的增强..........................................................................................................- 226 - 附录B. 程序的限制...............................................................................................................- 227 - Z-矩阵的限制..................................................................................................................- 229 - 基组的限制......................................................................................................................- 229 - 积分程序的限制..............................................................................................................- 229 - SCF和后SCF-计算的限制............................................................................................- 229 - NBO的大小....................................................................................................................- 230 - 附录C. 构建Z-矩阵..............................................................................................................- 231 - 使用内坐标......................................................................................................................- 233 - 混合内坐标和笛卡尔坐标......................................................................................- 234 -另一种Z-矩阵格式.................................................................................................- 235 -使用虚原子..............................................................................................................- 235 - 几何结构构造模块..........................................................................................................- 237 - 附录D. 补充的关键字...........................................................................................................- 239 - 废弃的关键字..................................................................................................................- 241 - 废弃的工具..............................................................................................................- 242 - 不赞成使用的功能..........................................................................................................- 242 - Cube的说明...........................................................................................................- 244 -Massage的说明....................................................................................................- 247 - 程序开发有关的关键字..................................................................................................- 249 - 参考文献..................................................................................................................................- 251 -- 5 -- 6 -Chapter第1章 绪论这本手册讲述Gaussian 03。
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好了，我形象化的说说这个事儿吧 Gaussian软件（以下简称高斯）说：“我要1G内存！” Windows操作系统内核（以下简称系统）说：“行！如你所愿” 过了一会儿…… 高斯：“你给我的1G内存，我咋觉得这么不对劲儿呢？” 系统：“咋就不对劲儿了？” 高斯：“就50多M的内存空间读写速度正常，另外950M的内存空间读写速度超慢！” 系统骗高斯：“哦，内存条质量不好，凑合着用吧！” 高斯：“NND，主人要做高斯计算，却买这么慢的内存条，我不干活了！我要怠工！” 于是高斯Link died。
1
础都没有的人准备的。当然，你很可能要补一点数学知识，主要是线性代数。原书是英文版，但是超星上有 中译本。【图2】
量子化学的入门书一定要读一本。徐光宪的《量子化学 : 基本原理和从头计算法》就是极好的。【图3】 高斯公司出版的《高斯说明书》才是用高斯软件的终极教程——试想，谁又能比高斯软件开发公司更了 解高斯软件本身呢？读完了郭勇的《高斯使用指南》，再读《高斯说明书》。【图4】如果想多了解一些，请 看本FAQ的第四章第八节。 以上所有的资料都能免费下载，只要你有谷歌！
运行高斯文件进行计算
cd xxxx
进入xxxx子文件夹
cd ..
返回上层文件夹
formchk xxx.chk xxx.fchk scp xxx.xxx nod:/aaa/bbb/xxx.xxx
用xxx.chk生成xxx.fchk 将xxx.xxx复制到nod下的/aaa/bbb/文件夹下
in the file platform_a02.pdf on the CD. The latest version of this file is always available on our
website at /g09_plat.htm.
2. Select a group which will own the Gaussian files. Users who will run Gaussian should either already
查询该文件夹大小
env
列出全部环境变量
export 变量名 变量值
增加环境变量
unset 变量名
删除环境变量
chmod -R 770 g03
赋予g03使用/tmp文件夹的权限
vi下的命令
i
进入修改状态
ESC
退出修改状态
:wq
保存退出
:q!
不保存退出
:set nu
显示行号
/某个字符串
查找某个字符串
top下的命令
GaussianFAQ实践版（第23版）
第一章：Gaussian初识
（1.1） 版本一：高斯是不是免费的啊？ 版本二：高斯哪里能下载啊？ 版本三：高斯卖多少钱？ 版本四：听说使用高斯涉及到版权问题，能不能具体说说呢？
Quote: 高斯软件是Gaussian公司开发的商业软件，不是免费的。 Gaussian公司官方网站： / Gaussian公司中国代理商：上海源资信息科技有限公司。网址：/ 如需下载试用Gaussian和GaussView，请于互联网上自行搜索。
试用互联网上下载的高斯软件，进行计算一般是没问题的，但是切勿把计算结果拿出来发表论文。否则， 你的通讯作者将受到严厉的惩罚，即终身不得使用高斯公司的软件进行科学研究。一旦被高斯公司的“反侵权 部门”查实并通告通讯作者本人，那么这位通讯作者今后即使花钱买，也得不到高斯公司的任何软件。
如果没有高斯版权，但又希望在自己的paper里加入使用高斯软件进行计算的部分，那就需要经过 Gaussian公司的特别授权。如何得到授权呢？一般来说，需要在paper的合作单位中出现购买过高斯软件的单 位，合作作者中出现这一合作单位的作者，并在paper的acknowledgment部分中提到这一拥有高斯软件版权的 合作单位的合作作者在计算部分所做工作量，一般来说就默认获得了Gaussian公司对高斯软件的使用授权。 当然，这一合作单位和合作作者是不能随便添加的，需要得到相关单位和当事人的许可。
（1.3） 和高斯接口的免费可视化软件都有哪些？
Quote: molden, arguslab, molkel, gabedit, vmd, gausssum, gopenmol,Facio, MASK, GsGrid 小卒版主说，这个问题的答案，以后有时间会继续扩充。先做个标记
（1.4） 难道非要用Linux算高斯吗？Windows算高斯的缺陷是什么？ 后续问题：听说Linux很难的。我是电脑小白，在Windows上都不太懂，只会最基本的操作，看看 电影听听歌而已。连Windows系统都是别人替我装的。Linux我能学会吗？ 后续问题：为什么Linux那么难看？看见一行一行的命令，就一点研究它的兴趣也没有了。听说 Linux也是有桌面的，为什么师兄师姐们从来不用Linux的桌面呢？你们所说的那个SSH又是个什 么软件啊？头大ing……
2
计用来运行“海量数据频繁内存读写”的程序的操作系统，它为了勉强运行这种程序，他就用虚拟内存来欺骗， 事实上是硬盘在起到内存的作用，而硬盘的读写速度不到内存的十分之一。这样造成的直接严重后果是：即 使电脑资源一样大，在Windows和Linux下运行同样的任务，后者往往比前者快3到20倍。这也是我们一直推荐 使用Linux的原因。
Gaussian09的中国售价： Linux/UNIX版多核心版，单一服务器全新安装，42434人民币，不限制装机器的节点数目 Linux/UNIX版多核心版，单一服务器从G03升级，36799人民币，不限制装机器的节点数目 分布式计算的PC集群或服务器集群，亦被看做是单一服务器。 单核心版计算能力有限，Windows版计算能力更有限，在此不再赘述。感兴趣的读者请参考1.4 高斯售价参考网页：/g_prod/prix.htm
（1.5） Gaussian如何在Linux下安装？（请忘掉您的鼠标！！）
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Quote:
UNIX Binary Gaussian 09 Installation instructions
1. Check that you have the correct versions of the OS, and libraries for your machine, as listed
ssh zzz exit
进入zzz服务器 离开当前服务器
mkdir
建立文件夹
rmdir rm –fr
删除空文件夹 删除非空文件夹
ls vi xxx.xxx
列出本文件夹下的所有文件和子文件夹 建立新文件xxx.xxx
top rm xxx.xxx
打开任务管理器 删除文件xxx.xxx
nohup g03 xxx.log &
（1.2） 我现在想学高斯，不知道大侠有没有什么高见啊？我该看什么书啊？
Quote: 暂时的最佳答案
首先要学习的就是一本高斯入门书。这里我个人推荐郭勇的《高斯使用指南》，很简单的一本书，完全 就是为那些一点高斯基础都没有的人准备的。【图1】
此外，一定要学学群论。我个人推荐科顿的《群论在化学中的应用》一书，完全就是为那些一点群论基
先按u再输入高斯用户名再回车
查看高斯所属的进程
先按u再输入超级用户名再回车
查看系统所属的进程
先按u再输入空格再回车
查看全部进程
q
退出任务管理器
先按k再输某个进程对应的pid，然后输入yes
强制结束某个进程
4
关于解压
解压FileName.tar tar xvf FileName.tar
解压FileName.gz 解压1：gunzip FileName.gz 解压2：gzip -d FileName.gz
cubmanຫໍສະໝຸດ 使用高斯的cubman命令
3
cubegen
使用高斯的cubegen命令
sh xxxx.in
运行批处理命令xxxx.in
ps 某个进程的进程号
查看某个进程的状态
adduser 账户名
增加一个账户
passwd 账户名
账户改密码
userdel 账户名
删除某个账户
su 账户名
转换当前账户
du –sh
解压FileName.zip unzip FileName.zip
解压FileName.rar rar x FileName.rar
多说一句：其实Windows也有这种命令行操作模式【图6】，名叫DOS（不是态密度的缩写，而是Disk operation system的缩写。Microsoft的MS-DOS已经发展到7.1版了，当然你装的Windows XP SP3自带 的MS-DOS不是真正的DOS，是用XP模拟的命令行操作5.1，不过对于初学者学习dos已经足够了。Vista我 没用过，我个人从心理上比较排斥它，哪位熟悉Vista的人给个补充，谢谢）有闲时间，在你上网玩游戏听歌 聊天之余，如果能学学DOS，对你加深对电脑的了解，很有益处的
Quote: Linux做高斯计算比Windows优势大得多。Windows对并行处理、频繁存取、超大文件、海量运算，都是瓶颈， 而这些都将是你运行高斯的大障碍。你现在算个水分子、算个甲烷分子，你用Windows觉得还挺不错的，但是 你的计算量一旦变大，你将会对“Windows做计算”极为失望。
你可以用mem指定你希望能被高斯调用的最大内存。但是，Windows有自己的一套内存调用规则（高斯毕竟是 一个应用软件，Windows则是操作系统。Windows能管着Gaussian）