微卫星分析讲解
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2核苷酸重复4种类型(AT)n/(TA)n、 (AG)n/(TC)n、 (AC)n/(GT)n、 (GC)n/(CG)n。
3核苷酸重复有10种类型。
每个微卫星DNA 都由核心序列和侧翼序列组成， 其核心序列呈串联重复排列，侧翼 序列位于核心序 列的两端，为保守的特异单拷贝序列。
PCR扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，如放 射性同位素、银染、荧光标记。
我们使用的 T1 载体是 3000bb，太长的片段不易连接。
6、接头连接里面的接头是商业化接头还是贵公司设计合成的，依据是 是我们自己制备的。同问题 3，根据内切酶所切还是互补序列 一样。
沸煮
8、 解链 15lPCR 产物。 98℃沸煮 5-10min， 迅速冰浴 1 min， 48℃水浴 1-5min，迅速冰浴 1 min。这个步骤是否有问题，每步的目的是？
已知序列：先用SSR hunter扫描SSR位点， 再根据得到的序列设计引物进行后列设计引物 进行后续实验。
实验报告主要内容
文字性实验报告：包含实验试剂耗材、步骤、实验条件、 体系、引物序列、统计结果等；
各位点筛选多态性的PDF图；
2、引物设计合成及筛选
荧光引物标记：选取一对引物中的一条，合成寡核苷 酸链后在5’端合成上荧光素，FAM、HEX、TMR、ROX 标准组合；
设计与合成：荧光引物的标记效率和纯度对后期试验 至关重要，我们按照法医身份鉴定试剂盒和基因诊断 领域的标准来制备荧光引物；
筛选：我们利用M13（荧光/通用引物，18bp，在5’端 添加荧光标记，将M13互补序列添加到一条普通引物 的5’ ）加尾法提供筛选服务
测序原始数据（序列和峰图均去掉载体序列）；
PDF图及对应的excel表（微卫星分析）；
原始数据：fsa格式文件。
北京阅微基因技术有限公司
来 委 报
样 托 告
单 项 内
位 目 容
引物开发实验结果报告单
引物开发 见目录
美莱博生物 报告完成时间
2012-03-28
目录
一、实验所用仪器和试剂 ............................................................................................................... 1 二、实验流程................................................................................................................................... 2 三、实验步骤................................................................................................................................... 2 四、实验结果................................................................................................................................... 5 五、实验声明................................................................................................................................... 5
2、目前样品是否有剩余，大概剩余多少，都哪些样品有剩余 叶片和 DNA 均有剩余，可以给您返样。
3、选用 Sau3AI 酶是否有依据 Sau3AI 能切出 4 碱基粘性末端，我们使用的接头序列是与该粘性末端匹配的，
识别 4 碱基的内切酶位点比 5 或 6 碱基的位点要多（依据概率计算） ，可以把基因组打断， 但又不会打得很碎。 也可以使用其他 4 碱基内切酶替换， 但接头序列也要与之改变。 文献中 常用的内切酶有 Sau3AI、EcoRI、Rsa I 等。
1、基因组DNA提取
从新鲜组织、血液、细胞、细菌、昆虫等多种材料中提取基因组DNA， 不同种类的材料中提取的基因座DNA量不同，而且差异也比较大。
细菌、细胞样品需要新 鲜培养；动植物组织等 样品取样后需液氮速冻； 昆虫需要活的成虫或者 酒精浸泡；用于提取基 因组DNA的血液样品在 4℃下可保存一周，— 20℃下可保存1个月； 实验样品最好使用干冰 运输。
4、酶切里面的 DNA 是否是样品混合的 DNA
，是全部样品混合的吗
由于您提供的叶片量少，且经过硅胶干燥后 DNA 提取量低，我们把您每个样品
混合进行实验。有文献支持构建 DNA 池这一做法。
5、切胶纯化那块，为何回收的是 300bp-1000bp
300bp 以下的序列太短了，就算有重复序列也不好设计引物； 1000 以上太长的，
需要客户提供的信息及送样要求
样本数量编号及其相对应的胶图； 荧光染料颜色、片段的大小； 物种，几倍体； 研究的目的等信息；
微卫星分析的应用
主要应用于 ：遗传学 基因组学
例如：建立遗传连锁图谱、者物种居群多样性的研究、 亲子鉴定、细胞鉴定等内容。
微卫星标记分析常见问题
分析根据客户提供的信息，物种，几倍
微卫星存在于大多数生物的基因组中，被广泛的应用 于遗传杂交育种、人群进行个体识别和绘制染色体遗传 图谱等领域。具有检测方便、多态性高、共显性遗传、 符合孟德尔遗传定律、重复性好等优点。
我们提供的服务
一、微卫星全套 二、引物开发 三、直接上机检测
一、微卫星全套
1、基因组DNA提取； 2、引物设计合成； 3、PCR扩增（单重、多重）； 4、毛细管电泳检测（单色、多色）； 5、Genemapper分析处理数据； 6、重检峰低、峰型不确定的样本； 7、整理数据出检测报告。
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STR 分型检测实验结果报告单
美莱博
STR 分型检测
报告完成时间
基于 3730XL 平台的 STR 分型检测
2013-7-4
1 2 3
4
目录
实验原理................................................................................................................................... 1 实验流程................................................................................................................................... 2 实验方法................................................................................................................................... 2 3.1 实验操作步骤 ..................................................................................................................... 2 实验结果................................................................................................................................... 4 4.1 模板质检结果 .................................................................................................................... 4 4.2 引物扩增结果 .................................................................................................................... 4 4.3 测序仪检测结果 ................................................................................................................ 5 所有样本统计结果 ................................................................................................................... 5 4.4 实验结论............................................................................................................................ 5
TGTAAAACGACGGCCAGT-FAM/HEX
微卫星扩增引物的来源：
直接应用已发表的微卫星DNA引物
使用近缘物种的引物
通过筛选DNA序列数据库，或筛选克隆的简 单重复序列，借助计算机软件进行引物—最好最根本的方法（引物开发）
微卫星分析 (Microsatellite analysis)
北京阅微基因技术有限公司
主要内容
★ 背景 ★ 我们提供的服务 ★ 实验报告主要内容及送样要求 ★ 应用 ★ 常见的问题
微卫星（Microsatellite ）背景介绍
微卫星标记（microsatellite），又称为短串联重复序列 (simple tandem repeats，STRs)或简单重复序列（simple sequence repeats，SSR），是均匀分布于真核生物基因组中 的简单重复序列，由2～6个核苷酸的串联重复片段构成。
1、在接头连接反应中，核酸内切酶：Sau3AI,
5’
体，荧光染料颜色、片段的大小，研究的
目的等信息，才可能对及其进行简单的判
断。
拉起峰、影子带、染料峰、加A不完全的峰
判断。1、实验报告中
试剂里面天根血液/组织/细胞提取试剂盒
是否用到该产品
我们在实验报告中给出 CTAB 和血液/组织/细胞 2 种 DNA 提取试剂盒，分别
是针对植物和动物 DNA 提取的，茉莉是用 CTAB 试剂盒提取的。
目的是让 DNA 完全变性成单链 DNA，利于杂交。
1-5min， 98℃
9、杂交体系中的探针是根据 DNA 吗 不是，还有非目的 DNA。
11、菌落用的是何种菌 大肠杆菌的 TOP10 菌株。
12、TP -M13-SSR 程序中为何有两个不同的循环，目的是 前 35 个循环让引物结合扩增目的片段，后 10 个循环与 TP -M13 结合。
பைடு நூலகம்
3、PCR扩增（单重、多重）
4、毛细管电泳检测及分析
二、引物开发
很多物种没有完成全基因组测序，进行SSR/STR 研究的时候需要开发引物。
➢ 相关文献 ➢ 近源种的引物 ➢ 数据库搜寻法（GenBank、EMBLh种重复序列(AC)n 、(AG)n、(AGC)n、 (4)n
3核苷酸重复有10种类型。
每个微卫星DNA 都由核心序列和侧翼序列组成， 其核心序列呈串联重复排列，侧翼 序列位于核心序 列的两端，为保守的特异单拷贝序列。
PCR扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，如放 射性同位素、银染、荧光标记。
我们使用的 T1 载体是 3000bb，太长的片段不易连接。
6、接头连接里面的接头是商业化接头还是贵公司设计合成的，依据是 是我们自己制备的。同问题 3，根据内切酶所切还是互补序列 一样。
沸煮
8、 解链 15lPCR 产物。 98℃沸煮 5-10min， 迅速冰浴 1 min， 48℃水浴 1-5min，迅速冰浴 1 min。这个步骤是否有问题，每步的目的是？
已知序列：先用SSR hunter扫描SSR位点， 再根据得到的序列设计引物进行后列设计引物 进行后续实验。
实验报告主要内容
文字性实验报告：包含实验试剂耗材、步骤、实验条件、 体系、引物序列、统计结果等；
各位点筛选多态性的PDF图；
2、引物设计合成及筛选
荧光引物标记：选取一对引物中的一条，合成寡核苷 酸链后在5’端合成上荧光素，FAM、HEX、TMR、ROX 标准组合；
设计与合成：荧光引物的标记效率和纯度对后期试验 至关重要，我们按照法医身份鉴定试剂盒和基因诊断 领域的标准来制备荧光引物；
筛选：我们利用M13（荧光/通用引物，18bp，在5’端 添加荧光标记，将M13互补序列添加到一条普通引物 的5’ ）加尾法提供筛选服务
测序原始数据（序列和峰图均去掉载体序列）；
PDF图及对应的excel表（微卫星分析）；
原始数据：fsa格式文件。
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一、实验所用仪器和试剂 ............................................................................................................... 1 二、实验流程................................................................................................................................... 2 三、实验步骤................................................................................................................................... 2 四、实验结果................................................................................................................................... 5 五、实验声明................................................................................................................................... 5
2、目前样品是否有剩余，大概剩余多少，都哪些样品有剩余 叶片和 DNA 均有剩余，可以给您返样。
3、选用 Sau3AI 酶是否有依据 Sau3AI 能切出 4 碱基粘性末端，我们使用的接头序列是与该粘性末端匹配的，
识别 4 碱基的内切酶位点比 5 或 6 碱基的位点要多（依据概率计算） ，可以把基因组打断， 但又不会打得很碎。 也可以使用其他 4 碱基内切酶替换， 但接头序列也要与之改变。 文献中 常用的内切酶有 Sau3AI、EcoRI、Rsa I 等。
1、基因组DNA提取
从新鲜组织、血液、细胞、细菌、昆虫等多种材料中提取基因组DNA， 不同种类的材料中提取的基因座DNA量不同，而且差异也比较大。
细菌、细胞样品需要新 鲜培养；动植物组织等 样品取样后需液氮速冻； 昆虫需要活的成虫或者 酒精浸泡；用于提取基 因组DNA的血液样品在 4℃下可保存一周，— 20℃下可保存1个月； 实验样品最好使用干冰 运输。
4、酶切里面的 DNA 是否是样品混合的 DNA
，是全部样品混合的吗
由于您提供的叶片量少，且经过硅胶干燥后 DNA 提取量低，我们把您每个样品
混合进行实验。有文献支持构建 DNA 池这一做法。
5、切胶纯化那块，为何回收的是 300bp-1000bp
300bp 以下的序列太短了，就算有重复序列也不好设计引物； 1000 以上太长的，
需要客户提供的信息及送样要求
样本数量编号及其相对应的胶图； 荧光染料颜色、片段的大小； 物种，几倍体； 研究的目的等信息；
微卫星分析的应用
主要应用于 ：遗传学 基因组学
例如：建立遗传连锁图谱、者物种居群多样性的研究、 亲子鉴定、细胞鉴定等内容。
微卫星标记分析常见问题
分析根据客户提供的信息，物种，几倍
微卫星存在于大多数生物的基因组中，被广泛的应用 于遗传杂交育种、人群进行个体识别和绘制染色体遗传 图谱等领域。具有检测方便、多态性高、共显性遗传、 符合孟德尔遗传定律、重复性好等优点。
我们提供的服务
一、微卫星全套 二、引物开发 三、直接上机检测
一、微卫星全套
1、基因组DNA提取； 2、引物设计合成； 3、PCR扩增（单重、多重）； 4、毛细管电泳检测（单色、多色）； 5、Genemapper分析处理数据； 6、重检峰低、峰型不确定的样本； 7、整理数据出检测报告。
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1 2 3
4
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实验原理................................................................................................................................... 1 实验流程................................................................................................................................... 2 实验方法................................................................................................................................... 2 3.1 实验操作步骤 ..................................................................................................................... 2 实验结果................................................................................................................................... 4 4.1 模板质检结果 .................................................................................................................... 4 4.2 引物扩增结果 .................................................................................................................... 4 4.3 测序仪检测结果 ................................................................................................................ 5 所有样本统计结果 ................................................................................................................... 5 4.4 实验结论............................................................................................................................ 5
TGTAAAACGACGGCCAGT-FAM/HEX
微卫星扩增引物的来源：
直接应用已发表的微卫星DNA引物
使用近缘物种的引物
通过筛选DNA序列数据库，或筛选克隆的简 单重复序列，借助计算机软件进行引物—最好最根本的方法（引物开发）
微卫星分析 (Microsatellite analysis)
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主要内容
★ 背景 ★ 我们提供的服务 ★ 实验报告主要内容及送样要求 ★ 应用 ★ 常见的问题
微卫星（Microsatellite ）背景介绍
微卫星标记（microsatellite），又称为短串联重复序列 (simple tandem repeats，STRs)或简单重复序列（simple sequence repeats，SSR），是均匀分布于真核生物基因组中 的简单重复序列，由2～6个核苷酸的串联重复片段构成。
1、在接头连接反应中，核酸内切酶：Sau3AI,
5’
体，荧光染料颜色、片段的大小，研究的
目的等信息，才可能对及其进行简单的判
断。
拉起峰、影子带、染料峰、加A不完全的峰
判断。1、实验报告中
试剂里面天根血液/组织/细胞提取试剂盒
是否用到该产品
我们在实验报告中给出 CTAB 和血液/组织/细胞 2 种 DNA 提取试剂盒，分别
是针对植物和动物 DNA 提取的，茉莉是用 CTAB 试剂盒提取的。
目的是让 DNA 完全变性成单链 DNA，利于杂交。
1-5min， 98℃
9、杂交体系中的探针是根据 DNA 吗 不是，还有非目的 DNA。
11、菌落用的是何种菌 大肠杆菌的 TOP10 菌株。
12、TP -M13-SSR 程序中为何有两个不同的循环，目的是 前 35 个循环让引物结合扩增目的片段，后 10 个循环与 TP -M13 结合。
பைடு நூலகம்
3、PCR扩增（单重、多重）
4、毛细管电泳检测及分析
二、引物开发
很多物种没有完成全基因组测序，进行SSR/STR 研究的时候需要开发引物。
➢ 相关文献 ➢ 近源种的引物 ➢ 数据库搜寻法（GenBank、EMBLh种重复序列(AC)n 、(AG)n、(AGC)n、 (4)n