蛋白质工程培训课件

合集下载
  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
• 先将该序列导入目标基因中想要导入该氨基酸的位 置,同时用‘化学酰胺化’的方法得到该氨基酸的 氨酰tRNA,使携带识别CGGG的反密码子的tRNA 与非天然氨基酸结合。
Ser
tRNA UCG
AGC ·AGC ·ACC
mRNA
硝基苯丙氨酸 (化学酰胺化法)
GCCC AGC ·CGGG ·ACC
在体外无细胞翻译体 mRNA 系中进行蛋白质合成
蛋白质改造技术
• 定点突变法:针对编码某个蛋白质的基因,在特定 位点引入突变的方法。操作过程如下:
1. 人工合成带有需引入的突变序列的寡核苷酸(突变引 物,如:Val→Arg)
2. 制备目标基因的单链DNA模板
3. 使突变引物与DNA模板退火
4. 使用DNA聚合酶、连接酶一起合成全长基因,引入 突变
和DNA的亲和性降低,不能与操纵基因O结
合,对Plac的阻遏被解除,lac Z等基因的转
录得以进行。
• IPTG:异乳糖的类似物,可作为lac启动子 的诱导物,其好处是不会被降解,使启动子 一直被诱导。
乳糖, Lactose
IPTG
转录终止子
• 从生产角度来说,不必要的长序列转录产物的生产 会额外地耗费能量。
• 这种技术在实验室中也常 被用于目的蛋白的亲和层 析纯化(例如:与GST、 His标签、GFP等蛋白融 合)。
mRNA 融合蛋白
基因B
ORF
基因融合
ORF
转录
翻译
IPTG
宿主E. coli BL21(DE3)染色体
plac T7 RNA聚合酶
pT7 SD GST 目的蛋白 T7终止子
T7 RNA聚合酶
5. 转化至E. coli中,通过DNA测序确认突变是否成功。
定点突变法 site-directed mutagenesis
质粒
制作ssDNA
人工合成突变引物
DNA聚合酶 合成互补链
转化E. coli,挑选克隆 提取质粒DNA,测序
PCR定点突变法
第一轮PCR
第一轮PCR
聚合酶合成
混合两个PCR产物, 变性,退火
混合这些片段,热变性, 退火(shuffle)
表型筛选
DNA聚合酶,连接酶
嵌合体文库
蛋白质改造技术
• 非天然氨基酸导入:将20种氨基酸之外的氨基酸 (如硝基苯丙氨酸)导入蛋白质分子中,可以赋予 蛋白质全新的功能。
• 首先必须使一些遗传密码子对应于非天然氨基酸, 通常需要对常规的三联体密码子进行扩展,产生 ‘四联体密码子’,如CGGG。
• 这种能够改变蛋白质的功能,或者设计和创造具有 某种功能的新蛋白的技术被称为‘蛋白质工程’。
• 蛋白质工程的终极目标:
① 根据氨基酸序列正确预测蛋白质的结构与功能; ② 使用天然或非天然氨基酸甚至化学合成的分子自由地
创造具有期望结构和功能蛋白质。
蛋白质工程
• 从实际应用来看,酶、抗体、受体、运输蛋白、信 号转导蛋白、转录因子等均可以成为蛋白质工程的 改造对象。
适合作分泌蛋白生产的真核生物宿主。
宿主的蛋白降解系统
• 影响蛋白质表达量的一个重要的宿主因素是宿主本 身的蛋白酶的作用,应对的策略之一是寻找相应蛋 白酶缺陷的突变株。
• 如E. coli BL21(DE3)是基因表达实验中最常与
pET系列质粒配合使用的宿主菌,B株系天然缺失 lon蛋白酶(K12有)。研究人员又向其引入了蛋白 酶OmpT的缺失突变,有利于提高蛋白产量。
ampr
lacZ’
• 在以E. coli为宿主的生产中,常使 用可以根据培养温度调整拷贝数的 runaway质粒(如pCP3),42 ℃时 拷贝数最高可达几千个。
复制起点ori
启动子的强度
• 启动子的强度是指一个启动子能 够多大程度地结合RNA聚合酶并 引发转录过程。
原核基因启动子
RNA 聚合酶
-35 -10
蛋白质改造技术
• 将上述氨酰tRNA与目标基因的mRNA分子共同添加 到无细胞翻译体系中,就可以获得wk.baidu.com要的蛋白质。
• 使用多种四联体密码子,可将2种以上的非天然氨 基酸分别导入蛋白质分子中特定的位点。
• 这种技术存在的问题主要有:
– 因为使用无细胞翻译系统,所以蛋白产量低 – 氨酰基tRNA的制备过程复杂 – 导入非天然氨基酸后的蛋白质发生变性、失活等
ADH1,TDH3
GAL1,PHO5
毕赤酵母P. pastoris
GAP
AOX
诱导性表达
• 强力启动子的优点是表达的蛋白质多,但是随着 mRNA和蛋白质的大量合成与积累,反而会阻碍细 胞的生长,或激活宿主的蛋白质降解系统。
• 这都会造成目的蛋白产量的下降。如果目的蛋白对 宿主细胞有毒性的话就更是如此。
• 影响产率的宿主因素主要有二:①mRNA的稳定性; ②宿主的蛋白质降解系统。
载体拷贝数
• 通过调控基因拷贝数来提高外源基 因表达产量被称作‘基因的剂量效 应’,是一个对生产过程产生较大 影响的因素。
• 在多数情况下可以理解为质粒拷贝 数的多少,与ori有关。在克隆实验 中常使用拷贝数~100的多拷贝质粒。
savinase的基因进行定点或随机突变,构建在芽孢杆 菌中的基因表达文库。
• 筛选:将菌体溶液移入96孔板,进行低温条件下的 酶促反应。获得的突变型酶在15℃时的洗涤效果有 显著提高(Kannase®,Novozymes,1997)。
• 淀粉酶:大量用于餐具的自动化清洗。来源于B. licheniformis 的α-淀粉酶性能优良,但是不抗氧化剂。
• 另一种策略是将目的蛋白与其它已知蛋白(如GST, 谷胱甘肽硫转移酶)通过基因融合的方法进行融合 表达,也能适度避免目的蛋白质的降解。
融合蛋白表达
• 蛋白质的在结构与功能上 都具有模块化的特点,其 结构域往往在结构和功能 上都有相当的独立性。
基因A
ORF
ORF
• 这就使通过DNA重组技术 产生融合蛋白质成为可能。
• 因此在实际生产中,更多使用的是那些仅在需要时 才进行强力表达的诱导性启动子。
• E. coli的诱导表达系统几乎全部是利用E. coli 来源 的各种操纵子中的启动子,如lac启动子。
E. coli 的乳糖操纵子lac operon
P lac I
调节基因
启动子
Plac O
操纵 基因
lac Z
lac Y
• 在目前,从头设计具有全新的结构和生物功能的蛋 白质分子相当困难,更多的工作是对现有蛋白质的 改造。蛋白质改造的技术主要有:
① 随机突变法 ② 定点突变法 ③ DNA shuffling ④ 非天然氨基酸导入 ⑤ 基因融合
蛋白质改造技术
• 随机突变法是创造在基因水平上的多样性的重要技 术,包括:
本课内容
蛋白质的产率问题 蛋白质工程概要 蛋白质工程的应用实例
蛋白质的产率问题
• 在基因工程菌株中,影响外源蛋白质产率的因素包 括载体相关因素和宿主相关的因素。
• 与载体有关的因素主要有:
① 表达载体拷贝数的调控 ② 启动子的强弱与转录调控 ③ 转录终止子的效应 ④ 密码子的使用频率 ⑤ 信号肽的特征与分泌调控
• 原核基因的启动子主要包括-35和-
10区,真核基因启动子则主要是
TATA盒与一些上游转录活化序列 UAS。这些序列被称作顺式作用
真核基因启动子
元件(cis序列)。
RNA聚合酶
• 一般认为启动子的强度与cis序列 的最佳配置相关,在人工构建强 启动子时主要是尝试把不同基因 的启动子的cis序列进行重组。
PCR进一步扩增 连接到克隆载体中,转化E. coli,挑选克隆,提取质粒,测序
蛋白质改造技术
• DNA shuffling:由Stemmer等人所建立,作为一种 基因重排的方法,主要步骤:
– 针对某个蛋白质构建数个经过功能改良的突变基因 – 用DNase I将这些DNA随机切断,获得长度在20~50bp
• 在工业水平的生产中,密码子的 选择会明显地影响蛋白质的纯度 和产量。基因中如果高频率出现 对应于少量tRNA的密码子,蛋白 产量会明显降低。
丙氨酸的同义密码子 · GCA · GCG GCC GCU
tRNA
• 因此一条重要的基因设计原则就 是要选择最适密码子:对应于最 多tRNA分子的密码子。
信号肽与分泌生产
的片段 – 将这些片段混合,进行无引物PCR – 加入DNA连接酶,使DNA小片段重新连接,可能获得
有价值的新组合 – 通过合适的表型筛选系统进行选择
• 这种方法甚至能够改变酶分子的底物特异性,还可 以实现酶的稳定性及催化活性的改良。
DNA shuffling
Reshuffle
一组相关的基因
DNase I 随机切割
• 如果把该Met替换为其他氨基酸,可以提高酶分子 的抗氧化性能。
• 例如:来源于芽孢杆菌的一种碱性蛋白酶,将其 Met222替换为Ala后,经100mM H2O2处理15min后残 余活力由野生型的30%提高到70%。(诺维信 Novozymes的产品Esperase®。)
洗涤剂用酶
• 低温蛋白酶的开发:对B. clausii 来源的蛋白酶
UAS TATA
启动子
• 根据表达的方式可以把启动子分为两类:
– 构成性表达启动子:持续表达 – 诱导性表达启动子:只在诱导条件下表达。
宿主
大肠杆菌E. coli
枯草芽孢杆菌
酿酒酵母S. cerevisiae
启动子
构成性表达
诱导表达
lac, tac, ara pBAD, λPL, T7
蛋白酶、淀粉酶基因 的启动子
乳糖操纵子
• 乳糖操纵子包含启动子Plac、操纵 基因O和3个结构基因
① lacZ:β-半乳糖苷酶
② lacY:β-半乳糖苷透性酶
③ lacA:β-半乳糖苷转乙酰酶
• 操纵子上游的lac I 编码阻遏蛋白。
lac A
P lac I
Plac O
lac Z
lac Y
转录
lac A
阻遏蛋白
异乳糖
• 异乳糖与阻遏蛋白结合,导致其构象变化,
N MLLQAFLLAGFAAKISA S
• 信号肽的重要性就在于它是蛋白质向细胞外分泌的 充分必要条件,因此研究人员开发了一系列利用信 号肽进行蛋白分泌表达的载体。
• 细菌中B. subtilis 是理想的蛋白质分泌生产宿主,酵 母S. cerevisiae、P. pastoris和曲霉属的霉菌则是比较
• 外源蛋白质在宿主菌中表达 时可能会遇到细胞毒性问题, 另一些蛋白则可能因过剩表 达而形成不溶性的包涵体。
• 采用细胞外分泌的方法生产 是避免上述情况发生的有效 手段。
• 分泌至细胞外的目的蛋白不 乳酸克鲁维酵母 仅可以正确折叠,而且表达 量较高,并有利于分离与精 制。
信号肽
• 信号肽位于分泌蛋白质的N-末端,由15~30aa组成, 末端还存在一段可被信号肽酶切断的序列。如:酵 母蔗糖酶信号肽:
– 采用羟胺等化学试剂处理或UV照射细胞进行人工诱变, 然后选择表现型;
– 利用DNA修复酶缺陷株; – 利用DNA聚合酶反应的底物特异性下降现象; – 全基因水平的人工合成将突变导入目的基因。
• 易错PCR(Error-prone PCR):PCR中使用的Taq DNA聚合酶本来就是一种错误率较高的聚合酶,如 果在体系中存在Mn2+或Mg2+浓度异常,以及A、G、 C、T中有一种的浓度仅为通常的1/10,反应就更容 易出错。
启动子 SD
目的基因
终止子
• 当对特定基因进行强力表达时,转录可能会波及该 基因的下游区域,既会给宿主带来额外负担,也会 使质粒的稳定性下降。
• 因此为了提高生产性能,往往会在目的基因下游添 加终止子序列。如E. coli中的rRNA基因rrnB的终止 子、T7噬菌体的终止子等。
密码子使用频率
• 不同物种对各种密码子的使用频 率不同,原因之一是细胞中各种 tRNA分子所占的比例不同。
洗涤剂用酶
• 洗涤剂用酶是洗涤剂中不可或缺 的成分,常添加的酶包括蛋白酶、 淀粉酶、脂肪酶等。其市场需求 量在不断增加。
• 在各种酶制剂联合使用以提高洗 涤效果的同时,科研人员也致力 于通过蛋白质工程手段改善每种 酶的功能。
• 蛋白酶:蛋白酶是洗涤剂中最重 要、使用量最大的酶制剂。
洗涤剂用酶
• 在长期保存的过程中,洗涤剂中的漂白成分会引起 酶的失活,可能是由于位于活性中心附近的Met被 氧化所引起。
• 以融合蛋白形式进行表达的
额外的好处是可以对目标蛋
ampr
表达载体
白进行亲和层析纯化,能大 大简化蛋白的纯化过程。
ori
融合蛋白的亲和层析法纯化
GST
树脂颗粒
GST
结合
谷胱甘肽硫转移酶 谷胱甘肽,GSH 目标蛋白
GST
GST
洗脱
GST
GST
蛋白酶
蛋白质工程
• 随着科学家对蛋白质的结构与功能之间关系的认识 更加深刻,到1980年前后科学家们已经可以根据不 同的目的来设计和创造突变蛋白质分子。
相关文档
最新文档