PBS作业调度使用方法

PBS作业调度使用方法:

1.IBM HPC Platform 作业提交流程

用户需要使用集群资源进行作业计算时，需要使用作业调度系统。

IBM HPC Platform集群采用的是开源的Torque+Maui作业调度系统。

●任何用户都需要产生Job_que.sh任务作业脚本:

>> genQue

当前文件夹下会产生一个Job_que.sh 的shell作业脚本文件

●编辑Job_que.sh任务作业脚本:

>> vi Job_que.sh

●提交Job_que.sh任务作业脚本:

>> qsub Job_que.sh

注意：在Job_que.sh中，所有任务的运行时间超过120小时的情况下，job作业将会被自动停止！如果有疑问和延长作业运行时间的需要请直接联系管理员。

具体的更多关于任务作业脚本的说明、使用和提交请参考vi和本章第2小节：Torque PBS作业调度系统使用说明。

2.Torque PBS作业调度系统使用说明

Torque PBS 提供对批处理作业和分散的计算节点(Compute nodes)的控制。

PBS是Protable Batch System的缩写，是一个任务管理系统。当多个用户使用同一个计算资源时，每个用户用PBS脚本提交自己的任务，由PBS对这些任务进行管理和资源的分配。

●matlab作业的PBS脚本说明：

#!/bin/sh

#PBS -N JOB

#PBS -l nodes=1:ppn=8

#PBS -l feature=xe

#PBS -l naccesspolicy=singlejob

#PBS -o RunJob.out

#PBS -e RunJob.err

#PBS -l walltime=120:00:00

#PBS -q batch

echo --------- `date` ----------

echo HomeDirectory is $PWD

echo

echo Current Dir is $PBS_O_WORKDIR

echo

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "------------This is the node file -------------"

cat $PBS_NODEFILE

echo "-----------------------------------------------"

cat $PBS_NODEFILE > host.mpd

np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

echo The number of core is $np

echo

echo

#-----------------------------------------------------#

# OpenMPI Job Submitting Example #

#

# mpirun -np $np -machinefile host.mpd $BINPATH ...

#

#

#-__--------------------------------------------------#

# -__- have fun! #

matlab –nojvm –nodesktop < test.m > log

将这个脚本保存成为Job_que.sh后，使用然后qsub Job_que.sh就将这个任务提交给了系统。最后可以通过查看我那件下面log文件查看程序运行结果。

串行作业C程序作业的PBS脚本说明：

使用vi命令编辑一段最简单的串行C语言程序hello.c：

>> vi hello.c

使用C编译器编译hello.c程序，生成可执行命令hello：

>> icc –o hello hello.c

成功编译后，修改PBS作业提交脚本Job_que.sh，如下：>> genQue

>> vi Job_que.sh

其中我们只使用一个核作为计算资源！

#!/bin/sh

#PBS -N JOB

#PBS -l nodes=1:ppn=1

#PBS -l feature=xe

#PBS -l naccesspolicy=singlejob

#PBS -o RunJob.out

#PBS -e RunJob.err

#PBS -l walltime=120:00:00

#PBS -q batch

echo --------- `date` ----------

echo HomeDirectory is $PWD

echo

echo Current Dir is $PBS_O_WORKDIR

echo

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "------------This is the node file -------------"

cat $PBS_NODEFILE

echo "-----------------------------------------------"

cat $PBS_NODEFILE > host.mpd

np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

echo The number of core is $np

echo

echo

#-----------------------------------------------------#

# OpenMPI Job Submitting Example #

#

# mpirun -np $np -machinefile host.mpd $BINPATH ...

#

#

#-__--------------------------------------------------#

# -__- have fun! #

./hello > log

将这个脚本保存成为Job_que.sh后，使用然后qsub Job_que.sh就将这个任务提交给了系统。最后可以通过查看我那件下面log文件查看程序运行结果。