GPU提交作业方法详细介绍-1

目前GPU平台提供以下两种使用方式，禁止直接在登录节点上运行程序。

1. 任务提交方式：qsub

提交作业例子：

$qsub mpi.pbs

作业提交例子脚本mpi.pbs：

#!/bin/bash

#PBS -N test (作业名，限15 个字符，首字符为字母，无空格) #PBS -l nodes=2:ppn=8 (请求N 个节点，每个节点M 个处理器)

#PBS -l walltime=07:30:00 (估计最大运算时间为1000 小时，若没有设置这项，系统为自动按所在队列默认walltime 处理)

#PBS -j oe (将标准输出信息与标准错误信息合并输出到文件) (#PBS –q XXX)

#PBS –m e （发送邮件给用户，n 不发送邮件；a 当作业被批处理系统中断时，发送邮件；b 当作业开始执行时，发送邮件；e 当作业执行结束时，发送邮件）

#PBS –M XXXX@ (申明邮箱地址）

cd $PBS_O_WORKDIR （进入作业调度目录）

MPI_HOME=/state/partition1/soft/compiler/mvapich2/1.2p1/gcc.pgf90

NSLOTS=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l` （计算申请到的cpu数目）

time -p ${MPI_HOME}/bin/mpirun_rsh -ssh -np ${NSLOTS} -hostfile ${PBS_NODEFILE} ./XXX chn >&out.dat （程序运行部分，XXX为程序名，chn为输入数据，out.dat为输出数据）exit 0 （退出）

2. 直接使用命令行方式登录计算节点提交作业。

方法：

首先通过ssh登录

进去后先查看哪些计算节点是空闲的，有2种方法：

1. 输入pestat命令

看到所有计算节点状况，其中状态为“free”的就是空闲计算节点。

2. 进入ganglia网页查看：/ganglia/

网页下方各节点状况图中，白色图的、名字以compute开头的节点属于空闲计算节点。

注意：

提供给用户使用的30个计算节点是从compute-0-19到compute-0-48。选择空闲计算节点的顺序应该从标号由大到小的顺序选，如compute-0-37到compute-0-48空闲时，应先选compute-0-48，其次compute-0-47这样。

输入: ssh 空闲计算节点

即可登录到相应的空闲计算节点。

如：$ssh compute-0-43

compute-0-43是空闲计算节点名