分子模拟软件简介

3D分子图形显示工具 (RasMol and OpenRasMol)(免费)

AMBER (分子力学力场模拟程序)

autodock (分子对接软件)(免费)

GROMACS (分子动力学软件)(免费)

GULP (General Utility Lattice Program)(免费)

NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(Research Tools on the Web) X-PLOR (大分子X光晶体衍射、核磁共振NMR的3D结构解析)(免费)

高通量筛选软件PowerMV (统计分析、分子显示、相似性搜索

等)(免费)

化合物活性预测程序PASS(部分免费)

计算材料科学Mathub

C4：Cabrillo学院化学可视化项目以及相关软件(免费)

Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment(三维蛋白质结构对比)(免费)

Democritus (分子动力学原理演示软件)

DPD应用软件cerius2(免费)

EMSL Computational Results DataBase (CRDB)

MARVIN'S PROGRAM (表面与界面模拟)(免费)

XLOGP(计算有机小分子的脂水分配系数)(免费)

量子化学软件中文网

美国斯克利普斯研究院：金属蛋白质结构和设计项目(免费) /(免费)

3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术)

3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D

分子对接)(免费)

AMSOL (半经验量子化学计算)(免费)

Amsterdam Density Functional (ADF, 第一原理电子结构计算) Bilbao晶体学服务器(免费)

BOSS (蒙特卡罗模拟软件)

CADPAC (剑桥量子化学计算软件)(免费)

Car-Parrinello分子动力学(CPMD, ab-initio分子动力学计算软件)(免费)

CHARMM (大分子分子力学模拟计算软件)(部分免费)

Chem2Pac package (A computational Chemistry Integrator)(免费) ChemTK Lite (QSAR软件)(免费)

Chemweb计算化学在线工具：GAMESS(免费)

Clebsch-O-Matic (在线计算器)(免费)

Collaborative Computational Projects (协同计算计划) COLUMBUS (量化从头计算分子电子结构程序集)(免费) CrystalMaker Software (晶体结构可视化软件)

DL_POLY (分子动力学模拟软件)(免费)

DockVision (分子对接程序)(部分免费)

DPMTA (分子动力学并行模拟软件)(免费)

Dr. Pablo Wessig 研究小组开发的计算化学软件(免费)

eHiTS: Electronic High Throughput Screening

EMSL Gaussian Basis Set Order Form(免费)

GAMESS-UK (分子电子结构计算软件)

GAMESS: The General Atomic and Molecular Electronic Structure System(免费)

Genebrowser (生物技术、基因治疗资源导航)

Glide (分子对接程序)

GROMOS (通用分子动力学软件包)(部分免费)

HyperChem (分子模拟)

Interprobe Chemical Services (分子模型化软件)

Jmol (分子可视化软件)(免费)

List of Computationally Sick Species (ab initio计算出现问题的物质、方法)

MacroModel (分子力学计算程序)

MARDIGRAS和CORMA (弛豫矩阵分析)(免费)

MCPRO (用于蛋白质和核酸的蒙特卡罗模拟软件)

MDRANGE (分子动力学计算ion ranges)(免费)

MDynaMix (分子动力学计算软件)(免费)

MidasPlus (分子建模软件, 美国加利福尼亚大学旧金山分校计算机图形实验室开发)

MOE(分子模拟应用环境、方法开发平台)

MOLMOL (生物大分子3D结构分析和显示、NMR结构解析)(免费) MolPOV 2.0.8 (一个将PDB文件转为POV-Ray文件的软件)(免费) MOLPRO 量子化学软件包 (用量化从头方法计算分子电子结构)(免费) Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序)

NAMD (并行分子动力学计算软件)(免费)

Norgwyn Montgomery (化学软件公司)

NWChem (计算化学软件包)

OpenEye (快速计算分子的静电性质、形状)

ORAC (用于模拟溶剂化生物分子的分子动力学计算程序, 意大利佛

罗伦萨大学)(免费)

ORTEP-III (美国橡树岭国家实验室晶体结构可视化--热椭圆体绘图

程序)(免费)

OSIRIS Property Explorer (LogP, 溶解度、成药可能性预测)(免费) PAPA (计算粒状物料的三维并行分子动力学计算程序)(免费) PETRA (反应性参数预测，包括生成焓、键离解能等)(部分免费) PharmTree (3D药效团生成和化合物分类)

Pipeline Pilot (药物发现集成平台)

PMDS (并行分子动力学模板库)(免费)