如何找基因全序

合集下载

如何查找基因的序列(全)

如何查找基因序列？（转载）(2010-08-01 11:47:41)如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例——献给受类似问题困扰的广大酷友，以及给我动力和信心发表原创帖的基因酷的朋友们。

酷友感言：网络的世界很精彩，网络的查询很无奈。

为了我们的科学研究事业，为了我们能够顺利毕业，我们的广大酷友们在网络的海洋里遨游…遨游…咋就找不到彼岸呢？今天要设计这个基因的PCR引物，明天又要查那个基因的信息，那么大一张网，唉想起来就郁闷……鉴此，我们推出了利用Genbank查找基因序列的帖子，希望对大家有所帮助，并请大家多多指教！当然，如果您已经是此中高手，那就权当我是班门弄斧了，呵呵。

1. 根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。

举例说明，例如：在2003年JBC的文章（Conditional Knock-out ofIntegrin-linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation）中出现了“calreticulin (GenBank accession number gi 16151096)”，那么把“16151096”输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到该基因了（当然包括基因序列等相关信息）。

在出现了检索结果界面（下图）后，直接点击红箭头所指的 AY047586就可以看到基因的相关信息了...（呵呵，是不是有点太......easy 了）这里需要指出一下，在显示基因的页面右侧有一个Link，点击后出现一个小菜单，里面是与该基因相关的链接，很有用的，值得一个一个地去看看，这里我就不多说了。

一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等

一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。

现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。

希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感，各位战友！请大家对以下我发表的容提出自己的意见。

关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

设计引物原则以及如何查找基因序列

引物设计原则：1.找出这种细胞物种的PTN全长核苷酸序列2.采用primer premier 5.0软件设计引物设计应注意如下要点：● 1. 引物的长度一般为15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应[2]。

● 2. 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错配。

引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发机率增加[2]。

● 3. 引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。

不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基A[3][4]。

另外，引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR 反应失败。

5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物[2]。

● 4. 引物序列的GC含量一般为40-60%，过高或过低都不利于引发反应。

上下游引物的GC含量不能相差太大[2][5]。

● 5. 引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。

Tm值的计算有多种方法，如按公式Tm＝4(G+C)＋2(A+T)，在Oligo软件中使用的是最邻近法(the nearest neighbor method) [6][7]。

● 6. ΔG值是指DNA双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。

应当选用3’端ΔG值较低（绝对值不超过9），而5’端和中间ΔG值相对较高的引物。

引物的3’端的ΔG值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应[6]。

●7. 引物二聚体及发夹结构的能值过高（超过4.5kcal/mol）易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行[8]。

●8. 对引物的修饰一般是在5’端增加酶切位点，应根据下一步实验中要插入PCR产物的载体的相应序列而确定。

查找细胞系中基因序列的方法

查找细胞系中基因序列的方法文章标题：探索细胞系中基因序列的方法与挑战在当今科技发展迅猛的时代，生物学领域的研究也日新月异。

细胞系中基因序列的研究，对于理解生物学、疾病机制以及药物研发都具有重要意义。

然而，要想深入了解细胞系中基因序列，需要探索多种方法和技术，并面对众多挑战。

为了更好地了解细胞系中基因序列的方法和挑战，我们首先需要明确细胞系的概念。

细胞系是指源自同一个母细胞的一系列细胞，它们可以长时间稳定地传代培养，具有相似的形态、遗传特性和生物学行为。

在细胞系的研究中，寻找并验证基因序列是至关重要的一环。

一、细胞系中基因序列的方法1.1 PCR技术PCR(聚合酶链式反应)技术是目前应用最为广泛的一种方法，通过PCR 技术可以扩增和纯化细胞系中单个基因的DNA序列，为后续研究提供了重要的物质基础。

1.2 基因组测序技术随着高通量测序技术的发展，基因组测序技术也逐渐成熟。

研究者可以利用基因组测序技术，对整个细胞系的基因序列进行全面的测序和分析，从而获得更多的信息。

1.3 分子克隆技术分子克隆技术是一种常用的方法，可以将感兴趣的基因序列从细胞系中克隆出来，用于进一步的功能研究和表达。

以上这些方法，都可以帮助研究者在细胞系中寻找和验证基因序列，提供了丰富的实验手段。

二、细胞系中基因序列研究的挑战2.1 样本来源的复杂性细胞系来源的多样性和复杂性，是研究的首要挑战。

不同类型的细胞系可能存在着巨大的遗传变异，这需要研究者在样本来源的选择上格外谨慎。

2.2 基因重组的干扰在细胞系中进行基因序列研究时，可能会遇到基因重组等干扰因素，这些干扰会影响研究结果的准确性。

2.3 数据分析的复杂性对于大规模的基因组测序数据，数据分析将面临复杂多变的挑战。

研究者需要具备深厚的数据处理和分析能力，才能从海量数据中提取有效信息。

三、结语在细胞系中寻找和验证基因序列，需要综合运用多种方法和技术，并面对众多挑战。

对于研究者来说，需要不断更新知识、拓展视野，以更好地应对细胞系基因序列研究中的各种挑战。

一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA

一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、...最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。

现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。

希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的容提出自己的意见。

关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。

应用NCBI的Map viewer查找基因序列

应用NCBI的Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动时间:2011-06-08 22:23来源:生物吧作者:刘浩点击: 796 次一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA 、cDNA、Protein、引物设计、BLAST 序列比对等(作者：urbest) 关键词: NCBI 使用方法引物设计序列比对总共分为四个部分介绍一下NCBI的使用：Part one一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、引物设计、BLAST序列比对等(作者：urbest)关键词: NCBI 使用方法引物设计序列比对总共分为四个部分介绍一下NCBI的使用：Part one 如何查找基因序列/mRNA/PromoterPart two 如何查找连续mRNA/cDNA/蛋白序列Part three 运用STS查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性Part one: 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子（Promoter）[同一个页面即可显示基因序列和启动子]下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤一、打开Map viewer页面，网址为：/mapview/index.html在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：二、点击“GO”出现如下页面：三、在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter，下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter，出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。

现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。

如何查找基因的序列(带图表)

e-133
gi|728993|sp|P40293|C79A_BOVIN B-cell antigen receptor comp...
312
3e-85
gi|126779|sp|P11911|C79A_MOUSE B-cell antigen receptor comp... 278
5e-75
gi|728994|sp|P40259|C79B_HUMAN B-cell antigen receptor comp... 55
1
2 3
比对结果会在10秒左右后出现，注意结果很多，一直下拉右侧工具条，会看到很多不同意义的比对结果。
• Search BLAST (/BLAST/) for P11912
Database: All non-redundant（非冗余） sequences 6,507,231 sequences; 2，219，987，828 total letters
如果想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击NM_001025366.1，得到如下界面：
If the gene sequence is known, and you want to find the corresponding GenBank ID, use /BLAST/ Click on the type of nucleotide search you want and enter the sequence. Results will be displayed with the GenBank ID included. To view information about a gene sequence with a given GenBank ID, go to /entrez/query.fcgi? db=Nucleotide

利用Pubmed Map viewer查找基因序列

利用Pubmed Map viewer查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）来源：dxy/lovelifeangel 发布时间：2009-09-22 查看次数：2234下面以大鼠（rattus norvegicus）的结缔组织生长因子（C T G F）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer页面，网址/mapview/index.html在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

尽管你分别点击后，序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。

现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。

我也推荐大家使用这个序列。

4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA 格式，还有一个是GenBank 格式。

我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA 格式只有基因序列。

6．在Sequence Format 后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。

步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA

步一步教你使用N C B I查找D N A、m R N A、c D N A--------------------------------------------------------------------------作者: _____________--------------------------------------------------------------------------日期: _____________一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、...最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。

现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。

希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。

关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

如何查找基因的基本信息

如何查找基因的基本信息查找基因的基本信息，涉及到基因的编码区和引物设计等几个主要方面。

下面将详细介绍如何进行基因信息的查找。

第一步是确定所要查找的基因名称或基因序列。

基因名称通常使用基因符号或别名表示，例如TP53是TP53基因的基因符号，也可以通过其他名称如p53来。

如果已经有基因序列，可以直接在数据库中进行。

第二步是选择适当的数据库进行基因信息的。

常用的基因数据库包括：GenBank、EMBL、DDBJ、NCBI Gene、Ensembl等。

这些数据库都提供了基因的编码区和引物设计等基本信息。

第三步是进行基因信息的。

在选择数据库后，可以通过以下几种方式进行：1.基因名称：在数据库的栏中输入基因名称或基因符号，例如输入TP53或p53，以查找该基因的基本信息。

2.基因序列：如果已经有基因序列，可以将其复制粘贴到数据库的栏中进行。

数据库会自动匹配相似的序列并返回相应的基因信息。

3. Blast：如果只有部分基因序列或希望查找与已知序列相似的基因，可以使用基因比对工具如BLAST进行。

将序列输入到BLAST程序中，它会比对数据库中的序列并给出相似度高的匹配结果。

第四步是查找编码区信息。

在数据库中，可以找到基因的编码区序列、外显子和内含子的信息。

可以利用这些信息来了解基因的结构、序列特征和位置等。

第五步是引物设计。

根据所需引物的要求（如位点数量、长度、引物间的距离等），可以使用基因数据库提供的引物设计工具进行引物的设计。

常见的引物设计工具有Primer3、IDT PrimerQuest等。

这些工具可以根据基因序列自动设计合适的引物序列，并给出引物的物理化学参数和引物间的配对情况等信息。

第六步是验证基因信息。

在获得基因的基本信息、编码区和引物设计后，需要进行验证。

可以利用实验室技术如PCR、测序等对基因进行验证。

总结起来，查找基因的基本信息涉及到确定基因名称或序列、选择适当的数据库、进行基因信息的、查找编码区信息和引物设计等几个主要步骤。

已知目标基因名称如何在genbank里查找序列

已知目标基因名称，如何查找其基因序列？如：我们需要在genbank里查找狗的TLR7这个基因
首先进入/网址，在“search”（All Database）栏下输入“dog TLR7”→回车，进入新页面如下图所示：
该结果显示有5个符合条件的文献（如红色框中所示），单击红色框中图标，进入新页面如下图所示：
我们任意选择一篇进入（如第三篇）→单击进入，如下图所示：
看起来非常之复杂，如果亲只需要这个序列用来设计PCR引物，那么这些都不用看，只需要单击文献下的“FASTA”（红色框内）即出现基因序列，如下图所示：
→然后就可以直接把这个序列复制下来发给试剂公司让他们设计引物→大功告成！！
PS：眼尖的亲们肯定看到了FASTA滴序列就是ORIGIN（上图黄色框所示）~~只是小写变大写~~格式更简明了！！
再PS：可能有亲会问明明你输入的是“dog TLR7”结果出来的是
差得有点远吧
正解“Canis lupus”=犬狼疮~~狗=犬也~~当初只怪我们太不专业啦~~所以这也提示亲们即使你不知道某个东东的具体学名是什么，按俗名搜也许会有意想不到滴结果哦！！祝各位亲们好运咯！！！。

NCBI数据库中搜索基因序列的私家套路三

NCBI数据库中搜索基因序列的私家套路三
作者：荷叶
转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台
“荷叶师兄，教授让我研究新基因XXX的功能，我想问下…”
“小师妹，这个也是有套路的，首先你可以研究XXX在各器官、组织表达谱，其次……，你明白吧？”（师兄迫不及待的向小师妹传授经验之谈）
“哦！”（刚入科的小师妹好像明白怎么做了）
“你可以利用原核、真核表达系统将XXX表达出来研究其功能，再次……，你明白吧？”
“哦？”（小师妹感觉好多东西需要学）
“接下来你可以研究XXX的表达调控，……，你还可以……，你明白吧？师兄我硕士阶段就是这么做的。

”
“哦？？”（小师妹感觉有点跟不上节奏）……
一个小时后师兄意犹未尽。

“师兄，我就是想问下在NCBI里如何快速、准确找到基因序列。

”（小师妹弱弱的说了一句）
“Easy！”荷叶师兄又开始传授经验。

套路一
进入NCBI网站，在Nucleotide（核苷酸）数据库中搜索，以人CCL2为例。

套路二
进入NCBI网站，在CCDS（共识编码序列）数据库中搜索，/projects/CCDS/CcdsBrowse.cgi
套路三（荷叶推荐）
进入NCBI网站，在Gene（基因）数据库中搜索。

找到T ools工具的下拉菜单中Sequence Text View，点击就可以查到基因序列，并且网站以不同颜色标注CCL2基因的不同部分，灰色的UTR，红色的外显子，绿色的内含子，以及一一对应的编码区。

如何查找基因的序列(带图表)

gi|125806|sp|P01658|KV3F_MOUSE IG KAPPA CHAIN V-III REGION ... 33
0.30
gi|125808|sp|P01659|KV3G_MOUSE IG KAPPA CHAIN V-III REGION ... 33
0.30
gi|1172451|sp|Q05793|PGBM_MOUSE Basement membrane-specific ... 33
Query: 181 Sbjct: 175
EYEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVGSLNIGDVQLEKP 226 +YEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVG+L+IGD QLEKP DYEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVGNLHIGDAQLEKP 220
如果想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击NM_001025366.1，得到如下界面：
If the gene sequence is known, and you want to find the corresponding GenBank ID, use /BLAST/ Click on the type of nucleotide search you want and enter the sequence. Results will be displayed with the GenBank ID included. To view information about a gene sequence with a given GenBank ID, go to /entrez/query.fcgi? db=Nucleotide

在NCBI中查找基因并下载自己想要的前后序列

大功告成
• 现在你可以看到右边的序列了，但是很多时候都会有一些 N，那就说明这个序列在de novo过程中有一些GAP。这接下来正是你发挥的好时候，可以通过PCR把这序列扩全。
大功告成?现在你可以看到右边的序列了但是很多时候都会有一些n那就说明这个序列在denovo过程中有一些gap
首先打开NCBI网址
/
• 选择Gene，后面填入基因名字和物种，如 GDF9 goat. • 点search
• 这是出现了你要的基因，点第一个就行。
• 进去后，你可以看到这个基因的所有信息，包括所处的染色体、最新的文献、以及mRNA、蛋白、 DNA号。我们这里主要讲拉出该基因的前后两端的序列，所以只关注以下部分。首先是位置号 40636994..40641698 ，其次是转录方向。
基因所处位置
序列
反向转录基因
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
• 网页往下走，可以看到Gnomic这一行。点击 GenBank.
• 这时，你看到这样一个界面，请注意红圈那一块才是我们的重点。
您需要的基因区域，第4张 PPT里面的位置。你可以对区域进行调整，如你需要该基因的上游序列3000bp序列,由于该基因反向转录，所以可将后面的数字改成40644698. 然后点update view.
因为你需要得到序列，所以得把这个勾上，如果你需要反向互补，也可以勾上。记得一定要点update view.

在genbank中查找一基因的序列

如何在genbank中查找一基因的序列————————————————————————————————作者：————————————————————————————————日期：如何在genbank中查找一基因的序列1、在GeneBank 中查找基因序列只要输入accession号就可以了，下面网址就是一个基因的全部序列信息的例子，/Sitemap/samplerecord.html，在记录的末尾有各种记录的详细说明，如果你没有accession号，可以把你手头的编号用source等信息源转换成accession号，中文教程太古老了，如果你是初学者一定要养成看英文文献的习惯，要是特别想看中文翻译的话，书店里随便一本生物信息学书里都会介绍数据库的，不过有些翻译过来的东西真的很别扭，希望对你有帮助。

2、关于在GeneBank中查找序列我有几点体会：最直接、最简单的方法是手头有基因的accession号；如果没有就需要明确两个重要的内容，即基因名称及物种信息（如果有最好是拉丁全名），基因名称尽可能详细，避免搜出一些不相关的信息；搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索，这样得到的accession号是属于NCBI工作人员重新整理过的Refseq的序列，这样会比较可靠；当然这个要看你的分析目的，如果你是要对该序列进行下游的分子生物学操作or分析，选这种序列我觉得会比较好，如果是要进行多序列的分析or其他目的需要全面分析该序列的，可能需要其他序列做补充，但是我觉得序列越多问题越说不清楚，因为毕竟不是自己的序列，如果Gene数据库里没有收录，那就只有在Nucleotide数据库里找了，但是还是建议采用Refseq的序列，Refseq序列特征如下：Accession prefix Molecule type CommentAC_ Genomic Complete genomic molecule, alternate assemblyNC_ Genomic Complete genomic molecule, reference assemblyNG_ Genomic Incomplete genomic regionNT_ Genomic Contig or scaffold, clone-based or WGSaNW_ Genomic Contig or scaffold, primarily WGSaNS_ Genomic Environmental sequenceNZ_b Genomic Unfinished WGSNM_ mRNANR_ RNAXM_c mRNA Predicted modelXR_c RNA Predicted modelAP_ Protein Annotated on AC_ alternate assemblyNP_ ProteinYP_c ProteinXP_c Protein Predicted modelZP_c Protein Predicted model, annotated on NZ_ genomic recordsa Whole Genome Shotgun sequence data.b An ordered collection of WGS for a genome.c Computed.其他值得考虑的是，对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列，原核生物最好有起始密码子和终止密码子；其他未尽事宜大家补充！3、如何在genbank查找某个细菌的基因序列？你输入这个细菌的名字直接查，一般会有的~~~~~而且一般第一个会是全基因组序列~~~进入ncbi的首页，database选nucleotide，输入你的关键词,如果库里收录里就会有的4、如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例（1）根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。

如何在NCBI查找基因序列

如何在NCBI查找基因序列在NCBI（美国国家生物技术信息中心）网站上查找基因序列是生物学和生物医学研究中常见的任务之一、NCBI提供了各种数据库和工具，可以轻松地和检索各种基因序列。

以下是一些可能有助于您查找基因序列的指南：1.登录NCBI网站：2.选择合适的数据库：- GenBank: GenBank是一个基因组、核酸序列和蛋白质序列的公共数据库。

您可以在GenBank上找到来自各个物种的多个基因序列。

- RefSeq: RefSeq是一个包含参考序列信息的数据库，包括基因组、转录本和蛋白质序列。

-GEO:GEO是一个基因表达谱数据库，可以提供基因序列在不同组织和条件下的表达情况。

- dbSNP: dbSNP是一个单核苷酸多态性（SNP）数据库，可以提供不同个体之间的基因序列差异信息。

3.使用工具：NCBI提供了多种工具和选项，可以帮助您查找特定基因序列。

-基础：在NCBI的主页上，您会看到一个栏。

在栏内输入基因名称、基因ID、关键词、物种等信息，然后按下按钮，系统会返回与您条件相匹配的结果。

-BLAST：BLAST（基本局部序列比对工具）是一个广泛使用的比对工具，可以用来查找特定序列。

您可以在主页上找到BLAST栏，将您的序列输入到栏内，选择相应的数据库，然后点击按钮，系统将返回与您的序列相似的其他序列。

4.进一步筛选和过滤结果：在结果页面，您可以使用不同的过滤选项来进一步筛选和过滤结果。

您可以根据物种、序列长度、相似性等进行筛选。

6.使用NCBIAPI和高级选项：如果您需要进一步定制化的和分析，您可以使用NCBI提供的API （应用程序编程接口）来自动化和批量处理。

此外，NCBI还提供了高级选项，可以通过高级菜单来设置更复杂的条件。

如何找基因全序列

利用Pubmed Map viewer查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）遗传分子统计2010-03-24 16:11:24 阅读759 评论0字号：大中小下面以大鼠（rattus norvegicus）的结缔组织生长因子（C T G F）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址/mapview/index.html在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

尽管你分别点击后，序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。

现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。

我也推荐大家使用这个序列。

我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA 格式只有基因序列。

6．在Sequence Format 后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。

怎样使用NCBI搜索并下载基因序列

END
注意事项
NCBI的功能非常强大，熟练使用才能快速找到目标序列。
觉得实用投个票呗，共同学习！搜索键入“NCBI”，点击“搜索”，第一个就是官方主页，点击打开。
2
关键字查找
以H9亚型流感病毒HA基因下载为例，说明详细过程。
既然要下载基因序列，需要在栏目内找到“Nucleotide”，搜索栏内填入“Avian influenza virus H9 HA”，点击“search”。
3Leabharlann 添加限定词点击搜索后，我们看到页面中间显示了很多关于“Avian influenza virus H9 HA”的基因序列，如果其中的一个符合你的要求，就可以下载。如何不符合你的要求，可以继续在搜索条内添加限定，比如添加“2010”，即2010年分离到的病毒。
4
序列选定
找到目标基因序列后，我们要将其下载下来。以给出第一个序列为例，点击序列前面的“小方格”，将其选定。
怎样使用NCBI搜索并下载基因序列
分步阅读
NCBI是生物学科经常使用的搜索引擎，其收纳了大量的基因和蛋白序列，可以对这些序列进行比对、设计引物等，功能非常强大，下面是小编经常使用的一个功能，即基因序列信息的查找和下载，希望和大家一起学习。
工具/原料
NCBI，基因序列，查找，下载
方法/步骤
1
打开NCBI
5
下载序列
选定后，点击页面右上角的“Send to”，选择“file”，再将format选择为“FASTA”格式，点击“Create file”，将序列下载到自定的文件夹内。
6
用DNAStar打开
下载的序列为FASTA格式，需要使用相关的软件打开，小编经常使用的是DNAStar中的Editseq，这个功能还是很强大的。

如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例

举例说明，例如：在2003年JBC的文章（Conditional Knock-out of Integrin-linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation）中出现了“calreticulin (GenBank accession number gi 16151096)”，那么把“16151096”输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到该基因了（当然包括基因序列等相关信息）。

见附图在出现了检索结果界面（下图）后，直接点击红箭头所指的AY047586就可以看到基因的相关信息了...（呵呵，是不是有点太......easy了）这里需要指出一下，在显示基因的页面右侧有一个Link，点击后出现一个小菜单，里面是与该基因相关的链接，很有用的，值得一个一个地去看看，这里我就不多说了。

点击 AY047586后出现的界面如下：下面还有......最下面就是核酸序列（ORIGIN后面……）附件genbk005-2.JPG (143.55 KB)06-11-20 13:18样就得到了FASTA格式的序列文件，没有其他数字和格式的干扰。

附件06-11-20 13:272. 根据已经获得的基因的相关信息进行查找（待续......）正如路漫漫所说，如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢？还是举例说明，比如我想做的基因名称是人的VEGF基因，那么怎么在Genbank中找到它呢？还是一步一步来...打开/在search后面的下拉框中选择Gene，然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF”，点击GO...搜索结果出来了，let me see... 啊，怎么这么多？689条，哪一条是我想要的基因呢？（作者注：这也许是大多数人对Genbank的第一印象，即东西太多了，不知道是哪个。