3500基因测序仪操作流程
ABI 3500操作手册 基因测序
3500/3500XL简易操作手册1.空间定位和光谱校正1.1设置DyeSet进入library界面，选择DyeSets菜单，点击Create，在DyeSetName中输入“AGCU_E5”作为我公司DyeSet名称，从Chemistry下拉菜单中选择“MatrixStandard”，从DyeSetTemplate下拉菜单中选择“E5Template”，设置完成后点击Save保存设置。
1.21.2孔反一个载96试并自2.2.1创建。
按下图所示选择或设置各个参数，设置完成后点击Save保存。
注意将ProtocolName命名为“AGCU_E5_STR”，进样电压设置为3kv，进样时间可设置为6～10sec，DyeSet选择1.1步骤中已设置好的“AGCU_E5”，其他参数设置请参照下图。
2.2创建SizeStandard进入library界面，选择SizeStandards菜单，点击Create。
在SizeStandard 中输入“AGCU_SIZ500”，DyeColor下拉菜单中选择“Orange”，在左侧对话框中依次输入75、100、139、150、160、200、300、340、350、400、450、490、500，每次输入结束后点击中间“AddSize”菜单即可将所输数字加入右侧对话框中。
待全部输入结束后点击Save保存。
2.3创建QCProtocol进入library界面，选择QCProtocols菜单，点击Create。
在ProtocolName 中输入“AGCU_QC”，SizeStandard下拉菜单中选择在2.2中已创建的“AGCU_SIZ500”，将UseBaselining改为38。
其他参数均按下图所示进行设置，设置完成后点击Save保存。
2.4创建Assay进入library界面，选择Assays菜单，点击Create。
在AssayName中输入“AGCU_STR”，ApplicationType下拉菜单中选择“HID”，InstrumentProtocol下拉菜单中选择2.1中创建的“AGCU_E5_STR”，QCProtocol下拉菜单中选择2.3中创建的“AGCU_QC”。
3500基因测序仪操作流程
3500基因测序仪操作流程一、启动仪器1．按下仪器的电源键，当仪器指示灯为绿色时表明仪器正常开启。
2．打开与仪器连接的计算机，点击Ctrl+Alt+Delete界面，点击Administrator，输入密码：Administrator。
等待Daemon（隐藏图标），Server Monitor程序完全启动，Server Monitor图标上出现绿色对号时表示连接成功。
3．打开3500 Data Collection 软件，出现3500 Log In 登录界面，输入用户名和密码，本机用户名为：Administrator，密码为：Administrator1，点击“OK”，打开软件。
检查所有耗材的剩余用量、仪器的信息、耗材的使用信息以及仪器维护提示灯信息。
4. 确认检测阴性、阳极缓冲液在刻度线以上，以及确认所有耗材已恢复至室温。
注：3500测序所用到的阳极缓冲液、阴极缓冲液在仪器上可存放一周，POP 胶在仪器上存放一周后需置于2-8℃保存，洗液为一次性消耗品，不可重复使用。
5. 将阴性缓冲液、阳极缓冲液、洗液等耗材安装至仪器上后，点击refresh，确认所有耗材均为有效状态。
二、仪器维护1. 于软件主界面点击Dashbord，于菜单栏中选择Maintenance Wizards选项。
2. 将装有阳极缓冲液的耗材从仪器中取下，安装没有阳极缓冲液的容器，选择WASH pumper chamber and chanels选项，按照仪器指示，开始清洗管路并重新给毛细管灌胶直至完成全部操作。
3. 从Maintenance进入Spatial界面，按图示指示进行空间定位。
结果应满足如下要求：①峰高大致相同（大于6000）；②峰型尖锐，左右堆成；③橙色十字在峰顶端；④峰间距为13-16。
当结果满足要求时，选择“Accept Results”，否则，选择“Reject Results”，重新进行空间定位。
4. 从Maintenance进入Spectral界面，按图示指示进行光谱校准。
基因扩增实验室常用仪器设备的正确操作
移液器
4.2 注意事项
在使用移液器前：应进行安全检查，确 保其处于正常状态 在吸取和推出液体时：要保持慢速和稳 定，避免产生气泡或溅出液体 在操作结束后：应及时清洗移液器，并 归置到指定位置 在更换吸头时：应确保吸头与移液器紧 密连接，避免漏液或交叉污染
移液器
总之，正确操作基因扩增实验室中的仪 器设备是获得准确、可靠实验结果的关 键
在设置离心机参数时：应根据实验要求 进行设置 在加入样品时：要确保离心管放置平衡 ，避免偏心旋转
4
第4部分
移液器
移液器
移液器是一种用于精确转移 液体的仪器，在基因扩增实 验室中广泛应用于样品的添 加和转移
正确使用移液器可以确保实 验的准确性和重复性
移液器
4.1 操作步骤
确认移液器处于安全状态：检查有无漏液现象 按照实验要求：将正确的吸头安装在移液器上 调整移液器的量程：使其与需要转移的液体体积相 匹配 将移液器竖直：确保吸头完全浸入液体中，缓慢吸 取液体 将移液器水平：缓慢推出液体，将液体转移到目标 容器中 在操作结束后：及时清洗移液器并归置
正确使用电泳仪可以获得清晰、 准确的实验结果
2.1 操作步骤
将电泳缓冲液加入电泳槽中 将样品加入电泳凝胶孔中 连接电源：启动电泳程序 观察电泳结果：记录数据
电泳仪
2.2 注意事项
电泳仪
在使用电泳凝胶时：应根据 实验要求选择合适的浓度和 配方 在加入样品时：要确保样品 在凝胶中分布均匀，避免出 现气泡 在观察电泳结果时：应及时 记录数据，包括迁移率和分 子量等
开始PCR程序：观察实验进程 并记录数据
PCR仪
PCR仪
1.2 注意事项
在设置PCR仪参数时：应参考实验指南或 根据研究人员的要求进行设置
基因测序仪器使用说明书
基因测序仪器使用说明书一、前言基因测序仪器是一种用于测定DNA或RNA序列的设备，它在生物科学研究、医学诊断等领域具有重要应用价值。
本使用说明书将详细介绍基因测序仪器的组成、使用方法以及注意事项，以帮助用户正确、安全地操作仪器，获得准确的测序结果。
二、仪器组成1. 主机：基因测序仪器的主要组成部分，包括光学系统、电子系统、激光系统等。
2. 数据分析软件：用于对测序结果进行分析和解读的计算机软件。
3. 数据存储设备：用于存储测序原始数据和分析结果的设备，如硬盘、U盘等。
三、操作步骤1. 准备工作a. 确保基因测序仪器处于水平放置的稳定表面上，有足够的工作空间和通风条件。
b. 检查仪器的供电情况，确保电源线连接牢固且通电正常。
c. 检查仪器内部的耗材和试剂，确保有足够的库存，并检查其有效期。
2. 样本处理a. 根据实验设计，准备待测样本。
b. 提取DNA或RNA，并进行纯化和浓缩处理。
c. 根据实验要求，进行必要的片段扩增、连接和修复。
3. 测序准备a. 根据测序类型选择合适的芯片或测序流程。
b. 准备所需的引物和试剂，并按照说明书中的要求进行稀释和配置。
c. 将样本与引物和试剂按照比例混合，并尽快投入仪器进行测序。
4. 仪器操作a. 打开仪器主机电源，待仪器启动完成后，进入操作界面。
b. 将样本混合液注入仪器芯片中，并按照仪器界面指引进行操作。
c. 在测序过程中，注意仪器显示的实时数据，并根据需要调整相关参数。
5. 数据分析与结果解读a. 测序完成后，将测序结果数据导出到计算机上。
b. 打开数据分析软件，导入测序结果数据。
c. 根据实验目的，选择相应的分析方法，对数据进行处理和解读。
d. 结果解读时，结合实验设计和相关文献，对数据进行合理的解释。
四、注意事项1. 安全操作：在操作过程中，务必佩戴手套和口罩，避免接触样本和试剂。
2. 仪器维护：定期检查仪器的光学系统和电子系统，保持清洁，并按照维护手册进行维护和保养。
3500 3500xL Sequencing Standards, BigDye
快速参考手册3500/3500xL Sequencing Standards, BigDye™ Terminator v3.1简要操作说明货号：4404312适用仪器：SeqStudio™和 3500/3500xL 仪器产品简介：Applied Biosystems™ BigDye™ Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit包含了一段已知序列的DNA片段，用于开展SeqStudio™和 3500/3500xL 仪器上的光谱校正/安装性能测试和运行对照。
试剂中所含的DNA已被冻干，以保持最佳的稳定性。
产品组分和存储:一．准备用于光谱校正的测序标准品1. 瞬时离心测序标准品管，将所有组分离心至管底。
2. 加入300μL Hi-Di（货号4311320），将步骤1中测序标准品重悬。
3. 高速涡旋1分钟，然后瞬时离心。
4. 盖上盖子，将离心管在95°C下加热2分钟，使DNA片段变性，然后立即置于冰上。
5. 取10μL变性的标准品分装至96孔反应板各孔中：•对于4道毛细管仪器：使用孔A1-D1；•对于8道毛细管仪器：使用孔A1-H1；•对于24道毛细管仪器：使用孔A1-H3。
6. 将96孔板进行离心，确保所有标准品离心至管底并且无气泡。
7.使用96孔胶垫（Septa）覆盖反应板。
更多信息，请参阅仪器的英文版用户指南或快速参考手册。
二、准备用于测序的测序标准品1. 瞬时离心测序标准品管，将所有组分离心至管底。
2. 加入300μL Hi-Di（货号4311320），将步骤1中测序标准品重悬。
3. 高速涡旋1分钟，然后瞬时离心。
4. 盖上盖子，将离心管在95°C下加热2分钟，使DNA片段变性，然后立即置于冰上。
5. 取10μL变性的标准品分装至96孔反应板各孔中：•对于4道毛细管仪器：使用孔A1-D1;•对于8道毛细管仪器：使用孔A1-H1;•对于24道毛细管仪器：使用孔A1-H3。
基因测序技术的使用教程
基因测序技术的使用教程基因测序技术是一项重要的生物学工具，它可以帮助我们了解生命的奥秘。
本文将介绍基因测序技术的使用教程，包括前期准备、实验步骤和数据分析等方面，希望能为读者提供一些有用的信息。
一、前期准备在进行基因测序之前，我们需要准备一些实验材料和设备。
首先，我们需要提取待测序的DNA样本，可以从人体组织、细胞培养物或其他生物体中获得。
其次，我们需要准备一台高通量测序仪，例如Illumina HiSeq或PacBio Sequel等。
此外，还需要一些实验耗材，如试剂盒、试管、离心管等。
在准备实验材料和设备的过程中，我们需要注意实验室的安全和卫生。
二、实验步骤1. DNA样本制备：将提取的DNA样本进行纯化和扩增，以获得足够的DNA量进行测序。
这一步通常使用PCR技术，可以选择特定的引物扩增目标DNA片段。
2. 文库构建：将扩增得到的DNA片段连接到测序文库中。
文库是一系列DNA片段的集合，它们将在测序过程中被读取和分析。
在文库构建过程中，我们需要选择适当的文库构建方法，如Illumina TruSeq或NEBNext Ultra II等。
3. 测序反应：将文库装载到测序仪中，进行测序反应。
不同的测序仪使用不同的测序技术，例如Illumina测序仪使用桥式扩增和碱基荧光标记技术，而PacBio测序仪则使用单分子实时测序技术。
4. 数据生成：测序仪将读取文库中的DNA片段，并将其转化为数字化的测序数据。
这些数据将被存储为FASTQ文件格式，包含了每个DNA片段的序列信息和质量值。
三、数据分析1. 数据预处理：在进行数据分析之前，我们需要对测序数据进行预处理。
这包括去除低质量的序列、去除适配序列和进行序列比对等步骤。
常用的数据预处理工具包括Trimmomatic、Cutadapt和BWA等。
2. 序列比对：将测序数据与参考基因组进行比对，以确定每个DNA片段的来源。
常用的比对工具有Bowtie、BWA和STAR等。
3500简捷操作指南(深圳市宝安区西乡人民医院)分解
文3500 简捷操作指南No/ Name预设值名称/ Study测量类型1 Abdomen 腹部Basic常规测量2 Kidney 肾脏Kidney常规测量3 OBST 产科Basic常规测量4 Fetal Heart 胎儿心脏Basic常规测量5 GYN 妇科GYN妇科测量6 Small Part 小器官Basic常规测量7 Breast 乳腺Basic常规测量8 Carotid 动脉Carotid Artery动脉9 Vein 静脉Lower EXT Veins下肢静脉注：各医院预设值顺序可能有所不同，以上仅提供中英文对照。
开始新患者检查1. 按下PRESET ,选择检查条件，仪器自动切换到对应探头。
如果设置了快捷键，可以直接按F1-F9进入对应的检查2. 按下New Patient 键，然后在病人信息栏中输入患者标识符、患者姓名、出生日期等数据(该操作是为了存储患者图像，如果不需要存储图像可以省略该2，3步骤)。
3. 轨迹球选择右下角OK 菜单,按SET 确认键,进入实时检查状态；（ 或按一次键盘左下角的ID 键也可以进入检查状态。
）屏幕显示信息：注释：1．按COMMENT ,屏幕出现一个光标，移动光标到需要注释的区域； 2．直接按注释字符，如LV , LIVER 等，如要大写，按一下CAPSLOCK (位于A 键的左边)，上面指示灯亮，此时输入字母都是大写。
重复按一次CAPSLOCK 又转为小写状态。
3． 要删除某个字母可以将光标移动到某个字母的后面，再按键（位于第二排键盘右边），则向前逐个字母消除。
体表标志探头方向焦点个数及聚焦区域对比度指视符号仍然在屏幕，可以继续注释；一旦按下解冻键，则自动退出注释状态。
如何快速获得频谱：在彩色多普勒模式，按 键，出现取样线和取样容积，将取样容积放置在血管中心，再按 键即获得频谱，如果需要重新取样，按 键返回到彩色和二维实时状态，再按 键获得频谱。
3500基因测序仪操作流程
3500基因测序仪操作流程一、启动仪器1．按下仪器的电源键，当仪器指示灯为绿色时表明仪器正常开启。
2．打开与仪器连接的计算机，点击Ctrl+Alt+Delete界面，点击Administrator，输入密码：Administrator。
等待Daemon（隐藏图标），Server Monitor程序完全启动，Server Monitor图标上出现绿色对号时表示连接成功。
3．打开3500 Data Collection 软件，出现3500 Log In 登录界面，输入用户名和密码，本机用户名为：Administrator，密码为：Administrator1，点击“OK”，打开软件。
检查所有耗材的剩余用量、仪器的信息、耗材的使用信息以及仪器维护提示灯信息。
4. 确认检测阴性、阳极缓冲液在刻度线以上，以及确认所有耗材已恢复至室温。
注：3500测序所用到的阳极缓冲液、阴极缓冲液在仪器上可存放一周，POP 胶在仪器上存放一周后需置于2-8℃保存，洗液为一次性消耗品，不可重复使用。
5. 将阴性缓冲液、阳极缓冲液、洗液等耗材安装至仪器上后，点击refresh，确认所有耗材均为有效状态。
二、仪器维护1. 于软件主界面点击Dashbord，于菜单栏中选择Maintenance Wizards选项。
2. 将装有阳极缓冲液的耗材从仪器中取下，安装没有阳极缓冲液的容器，选择WASH pumper chamber and chanels选项，按照仪器指示，开始清洗管路并重新给毛细管灌胶直至完成全部操作。
3. 从Maintenance进入Spatial界面，按图示指示进行空间定位。
结果应满足如下要求：①峰高大致相同（大于6000）；②峰型尖锐，左右堆成；③橙色十字在峰顶端；④峰间距为13-16。
当结果满足要求时，选择“Accept Results”，否则，选择“Reject Results”，重新进行空间定位。
4. 从Maintenance进入Spectral界面，按图示指示进行光谱校准。
ABI3500操作手册基因测序
3500/3500XL简易操作手册1. 空间定位和光谱校正1.1 设置Dye Set进入library界面，选择Dye Sets菜单，点击Create，在Dye Set Name中输入“AGCU_E5”作为我公司Dye Set名称，从Chemistry 下拉菜单中选择“Matrix Standard”，从Dye Set Template下拉菜单中选择“E5 Template”，设置完成后点击Save保存设置。
1.2 空间定位进入3500 Data Collection Software主界面，选择Maintenance 菜单，在Maintenance界面中点击Calibrate下拉菜单中的Spatial按钮，选择合适的空间定位参数即可开始空间定位。
3500系列遗传分析仪空间定位与3100、3130系列类似。
1.2 光谱校正 a、光谱校正前先更换水和阴阳极Buffer，按10ul甲酰胺：0.5ul 5 Dye Matrix Standard的比例配制甲酰胺和光谱校正标准品混合物，轻轻震荡混匀后短暂离心。
准备一块新的96孔反应板，将配制好的混合物均匀的分装在前三列各孔中。
3500/3500xL进行光谱校正时仪器默认第一个Run，即前三列中加入了光谱校正混合物。
95℃加热3 min ，立即冰浴3 min，变性完成后装载96孔板并置于仪器托盘中。
b、点击Calibrate下拉菜单中的Spectral按钮，按照图示选择各种参数点击Start Run即可进行光谱校正。
注意在Dye Set中应选则在1.1中设置好的与AGCU试剂盒相匹配的Dye Ste。
如果光谱校正未达到仪器默认质量要求，仪器会自动重复跑样三次，并自动选择各次跑样中质量最好的通道作为此次光谱校正的最后结果。
光谱校正时应观察实时原始数据，以便及时做出相应调整，确保最终结果。
C、3500系列遗传分析仪与3100、3130系列遗传分析仪最大的区别之一就是光谱校正。
测序仪的原理与使用流程
测序仪的原理与使用流程1. 测序仪的原理测序仪是一种用于测定DNA或RNA序列的设备。
它通过一系列复杂的化学反应和光学信号读取来确定碱基的顺序。
下面是测序仪的工作原理：1.DNA扩增：测序前需要将待测序列进行扩增，常用的方法有PCR（聚合酶链式反应）和文库构建法。
2.定向测序：定向测序是指选择一个起始点，由这个点开始一次测定一个较短的DNA片段的序列。
这个过程可以重复多次，最后通过合并这些片段得到完整的序列。
3.测序方法：目前常用的测序方法有Sanger测序、Illumina测序、IonTorrent测序和PacBio测序等。
4.Sanger测序: Sanger测序是使用荧光标记的二进制链终止法来测定DNA的序列。
通过添加不同颜色的荧光标记的碱基到扩增DNA链上，根据读取到的信号来确定每个碱基的顺序。
5.Illumina测序: Illumina测序利用逆转录和PCR扩增的方法将DNA片段固定在透明的流动单元上，然后将测序引物加入测序反应体系中。
在逐步加入不同的荧光标记的碱基时，通过扫描来记录每个碱基的信号。
6.Ion Torrent测序: Ion Torrent测序是通过检测DNA链合成过程中释放的氢离子来确定碱基的顺序。
这个方法通过观察每个碱基加入时的氢离子释放情况，来记录DNA的序列。
7.PacBio测序: PacBio测序是一种实时测序方法，通过观察聚合酶合成DNA链时释放出的荧光信号来确定碱基的顺序。
2. 测序仪的使用流程以下是测序仪的一般使用流程：步骤一：样品准备1.DNA或RNA提取：将待测序的样品进行DNA或RNA的提取和纯化。
2.DNA/RNA浓度和质量检测：使用分光光度计或荧光测量仪检测提取的DNA或RNA的浓度和质量。
(不需要出现网址)3.文库构建：根据测序需求，对提取的DNA或RNA样品进行文库构建，包括DNA片段的修剪、链接、可能的文库扩增，生成适合测序的DNA样品。
步骤二：测序前的准备1.芯片/流单元准备：根据测序平台的要求，准备好芯片或流动单元。
ABI测序仪3500关机维护事项
（短期关机）
1.在软件“Maintenance”主界面中，使用“Fill Array with Polymer”向导，根据提示进行操作向毛细管中灌入新胶。
2.确保毛细管阵列的加载端放在1X缓冲液中。如果缓冲液液面较低时，向缓冲液中添加蒸馏水至fill line刻度线处，在下一次恢复运行时更换新的阴极缓冲液（CBC）。
1.有关3500基因分析的日常维护，请参考提供的“3500保养注意事项”文件，建议打印出来贴到仪器旁边，按照上面内容定期进行对应维护操作。
2.若仪器近期无人看管，需进行如下操作：
如果仪器没人看管 ...
执行此关机操作程序...
不超过 1 周
无需操作（保留对应试剂如POP7胶、阴阳极buffer等于仪器上即可）
3.关闭仪器的窗门，关掉任何运行的程序，以及关闭仪器和电脑。
超过2周
（长期关机）
在软件“Maintenance”主界面中，根据“Shutdown the Instrument”向导提示进行操作：
1.拆卸下毛细管，将其两端放置于buffer或水中，室温保存，切勿冷藏。在毛细管拆卸下来后，向导将逐步提示使用conditioning reagent进行washing the pump and block channel操作、使用蒸馏水进行flushing the water trap操作和安装毛细管孔插塞操作。
2.关闭仪器的窗门，关闭仪器和电脑。
3.仪器运行维护所需耗材如下：（阴极缓冲液）
每月：CBC胶垫、conditioning reagent
4.仪器关机维护所需耗材：
短期关机：POP7胶
长期关机：conditioning reagent
基因测序操作流程(PCR扩增)
基因测序操作流程(PCR扩增)简介基因测序是一种用于鉴定和分析基因序列的方法。
其中，PCR （聚合酶链反应）扩增是常用的基因测序方法之一。
本文档将介绍PCR扩增的操作流程。
操作流程以下是PCR扩增的基本操作流程：1. 实验准备- 准备所需的PCR试剂盒，包括聚合酶、引物、模板DNA和缓冲液。
- 检查PCR仪和其他实验设备是否正常工作。
- 准备工作台和操作区域，确保干净和无菌。
2. 准备PCR反应体系- 在一个无菌管中组装PCR反应混合液，包括聚合酶、引物、模板DNA和缓冲液。
根据实验需要，调整各组分的浓度和体积。
- 使用无菌滴管将PCR反应混合液分配到PCR管或微孔板中。
3. 执行PCR反应- 将PCR管或微孔板放置在PCR仪中，根据实验要求设置温度和时间参数。
- 启动PCR仪，让反应体系在所需的温度下进行扩增。
- 在PCR反应过程中，监控PCR仪显示的温度曲线和时间。
4. PCR产物分析- 扩增结束后，取出PCR管或微孔板。
- 可使用凝胶电泳等方法分析PCR扩增产物。
- 将PCR产物送入测序机进行基因测序。
5. 结果分析- 根据基因测序结果进行数据分析和序列比对。
- 利用基因测序结果进行后续的研究和实验设计。
注意事项- 所有实验过程中，应遵守无菌操作规范，以避免污染和干扰实验结果。
- 在PCR反应设置中，注意选择合适的温度和时间参数，以确保扩增效果和产物质量。
- 在PCR产物分析和基因测序阶段，保证实验设备和仪器的准确性和灵敏度。
以上是基因测序操作流程的简要介绍，供参考和实践。
具体实验细节和参数设定需根据具体实验要求和实验室标准进行调整。
3500遗传测序仪介绍
仪器工作原理-通过毛细管电泳分离DNA片段
+
正极
负极
H
+
H
+
H
+
H
+
H
+
H
+
H H H H
+
+
+ +
TRIVIA: 什么样的片段泳动的更快?
小片段 不
仪器能够区分带电的DNA和其他带电分子吗?
Life Technologies™ Proprietary | 7
仪器工作原理 -荧光标记的DNA片段在检测窗口被检测
Life Technologies™ Proprietary | 21
概要
仪器结构 仪器耗材
仪器开机
样品检测流程及DC软件介绍 仪器关机
Life Technologies™ Proprietary | 22
仪器结构——外观
网络插口 电源 开关 断路开关 电源插头
状态灯 自动进样器按纽
总体积3500是3130系列的82% （减少了18%）
Life Technologies™ Proprietary | 24
总重量3500是3130系列的63% （减少了37%）
检测区 (Detection region）
胶块区 (Gel block region）
自动进样区 (Autosampler region）
置了胶、缓冲液和水；
• 进入Data Collection软件， • 点击窗口左边的Spatial Run Scheduler进入空间定位页面； • 在左下角Protocol中选择一种运行模式，有不灌胶和灌胶两种模式
3500遗传分析仪简易操作指南
Applied Biosystems 3500/3500 XL遗传分析仪简易操作指南美国应用生物系统公司3500/3500 XL遗传分析仪简易操作指南1 电脑和仪器启动后，待 Daemon，Server Monitor 程序完全启动后，打开 3500 Data Collection 软件，出现 3500 Log In 登录界面，输入用户名和密码，点击“OK”，打开软件。
2 软件主界面如图所示。
耗材的剩余用量耗材的有效日期运行样品1建立新的反应板：登陆3500 Data Collection 软件，进入主界面后，通过 Main workflow（）键进入Set up视窗，选择Define Plate Properties 界面建立新的样品反应板，在Name栏输入样品板的名称，如test，其余选项按图示进行设定。
2 输入样本名称，选择相应的Assays，File Name Conventions，Results Groups：样品名称：切换到Assign Plate Contents界面输入样品名称，如在A1栏输入样品名称为1，选中其余目的栏，使用Fill Series功能添加所需样品名称。
设定Assays：根据需要选择Add from Library，或Create New Assay。
对于AB公司试剂而言，所有程序均已经设定好并存放于Library中，因此可以直接点击Add from Library，然后选择相应的Assays。
设定File Name Conventions：根据需要选择Add from Library，或Create New File Name Convention。
设定Results Groups：根据需要选择Add from Library，或Create New File Name Convention。
设定样品的类型：点击Customize Sample Info进行样品类型的设定。
ABI3500操作手册基因测序5页
3500/3500XL简易操作手册1. 空间定位和光谱校正1.1 设置Dye Set进入library界面，选择Dye Sets菜单，点击Create，在Dye Set Name中输入“AGCU_E5”作为我公司Dye Set名称，从Chemistry 下拉菜单中选择“Matrix Standard”，从Dye Set Template下拉菜单中选择“E5 Template”，设置完成后点击Save保存设置。
1.2 空间定位进入3500 Data Collection Software主界面，选择Maintenance菜单，在Maintenance界面中点击Calibrate下拉菜单中的Spatial按钮，选择合适的空间定位参数即可开始空间定位。
3500系列遗传分析仪空间定位与3100、3130系列类似。
1.2 光谱校正 a、光谱校正前先更换水和阴阳极Buffer，按10ul甲酰胺：0.5ul 5 Dye Matrix Standard的比例配制甲酰胺和光谱校正标准品混合物，轻轻震荡混匀后短暂离心。
准备一块新的96孔反应板，将配制好的混合物均匀的分装在前三列各孔中。
3500/3500xL进行光谱校正时仪器默认第一个Run，即前三列中加入了光谱校正混合物。
95℃加热3 min ，立即冰浴 3 min，变性完成后装载96孔板并置于仪器托盘中。
b、点击Calibrate下拉菜单中的Spectral按钮，按照图示选择各种参数点击Start Run即可进行光谱校正。
注意在Dye Set中应选则在1.1中设置好的与AGCU试剂盒相匹配的Dye Ste。
如果光谱校正未达到仪器默认质量要求，仪器会自动重复跑样三次，并自动选择各次跑样中质量最好的通道作为此次光谱校正的最后结果。
光谱校正时应观察实时原始数据，以便及时做出相应调整，确保最终结果。
C、3500系列遗传分析仪与3100、3130系列遗传分析仪最大的区别之一就是光谱校正。
3500遗传测序仪介绍
370型全世界第一台基因分析仪 373型基因分析仪 377 型基因分析仪，光栅+CCD 310型毛细管基因分析仪,全世界第一台毛细管分析仪 377-96基因分析仪 3700型96道毛细管基因分析仪 3100 16道毛细管基因分析仪 3100 Avant 4道毛细管基因分析仪 3730 48道毛细管基因分析仪 3730xl 96道毛细管基因分析仪 3130 4道毛细管基因分析仪 3130xl 16道毛细管基因分析仪
Life Technologies™ Proprietary | 33
仪器耗材——胶的安装
Pull Lever Down Pull Lever Up
Life Technologies™ Proprietary | 34
仪器耗材——缓冲液
Life Technologies™ Proprietary | 35
Life Technologies™ Proprietary | 23
内部照明灯开关
仪器结构
3500/3500xl基因分析仪
宽度：61cm 深度：61cm 高度：72cm 重量：82kg
3130/3130xl基因分析仪
• 宽度：74cm
• 深度：54.8cm • 高度：81cm • 重量：130kg
易于安装的锁定装置 过期日期 • 内壁无涂层 • 50 µ m 内径 • 160 runs
Life Technologies™ Proprietary | 30
易于存储
仪器耗材——毛细管
Life Technologies™ Proprietary | 31
仪器耗材——胶
Additional “free” volume to enable installation, wizards and proper pouch functionality (and may be left over at the end) Standard volume For running 960 or 384 samples Provides: - Ease of use - Quality - Predictable cost per sample
基因测序操作流程
基因测序操作流程一、样本采集。
1.1 采集的重要性。
基因测序嘛，首先得有样本啊，这就好比做饭得先有食材一样。
样本采集可是整个基因测序的基础，要是采集得不好，后面的操作就像在沙子上盖房子，不稳当。
1.2 采集的类型。
样本类型那可不少。
血液是比较常见的，从人体里抽出那么一小管血，这里面就藏着好多基因信息呢。
还有唾液，采集起来比较方便，吐一口唾液就可能搞定。
组织样本也有，不过这个相对复杂些，可能得从身体的某个部位取点组织，像做肿瘤基因测序的时候可能就会用到。
二、样本处理。
2.1 提取核酸。
采集到样本后，就得把核酸提取出来。
这就像从一堆杂物里把宝贝找出来一样。
要把细胞破碎，把里面的DNA或者RNA弄出来，这个过程得小心又小心，就像走钢丝，稍有差池，核酸就可能被破坏了，那可就前功尽弃了。
2.2 核酸质量检测。
提取出来的核酸得检测下质量好不好。
这就像买东西得检查下质量是不是过关。
我们得看看核酸的纯度够不够，浓度是不是合适。
要是质量不行，那这个样本可能就不能用于后续的测序了，只能重新采集或者重新提取，这可真是“竹篮打水一场空”啊。
三、测序准备。
3.1 文库构建。
这个文库构建听起来高大上，其实就是把核酸处理成适合测序的形式。
就像把原材料加工成能放进机器里的零件一样。
要在核酸上加上一些特殊的接头之类的东西，这个过程需要严格按照操作规程来，不然就会“乱了套”。
3.2 测序仪选择。
测序仪就像厨师手里的锅，不同的测序仪有不同的特点。
得根据样本的类型、测序的目的等因素来选择合适的测序仪。
有的测序仪通量高，适合大规模测序；有的测序仪读长比较长，对于一些特殊的基因测序可能更合适。
这就需要我们根据实际情况“量体裁衣”。
四、基因测序操作。
4.1 开始测序。
一切准备就绪，就可以把样本放到测序仪里开始测序了。
这个时候就像发射火箭一样，按下启动键就只能等待结果了。
测序仪会按照设定好的程序，一个碱基一个碱基地读取基因序列，这个过程可能会持续一段时间，我们只能耐心等待。
基因测序仪操作流程
1、先开电脑再开测序仪，先关测序仪再关电脑。
2、待绿灯常亮后点击桌面的run 3130 data collection3、样品准备：8μl Hi-Di甲酰胺LIZ混合物+0.5μl产物（1 ml甲酰胺中加入7-8μl LIZ，电子仪器状态及LIZ质量差异，加入的LIZ量有所波动，本着节约的原则，在保证实验成功的前提下尽量少加LIZ）4、样品混匀离心，确保没有气泡5、样品变性（94度5分钟），放于冰上冷却6、编辑96孔板：展开ga3130，点击plate manager，选择new，编辑Name，Owner name，Operator name，application中选择GeneMapper Generic，OK，按照需要编辑sample name，选择存放位置和instrument protocol（一般为Fra-36-pop7-g5），OK。
展开ga3130-3130，在run scheduler中选择plate view，点find all，找到自己编辑好的板子，选中。
7、按测序仪的tray按钮，待tray弹出后打开测序仪，放入编辑好的板子（缺口处在右下角），plate view中的板子处变成黄泽，点击板子使其变绿，此时菜单栏中的绿色小三角变亮，点击后开始运行8、运行过程中绿灯闪烁，运行结束后绿灯常亮，此时按tray，弹出tray，取下板子，关上测序仪即可。
注意:1、毛细管必须浸泡在buffer中，所以tray不可长时间弹出，并且盛有Buffer和水的reservoirs中液体的页面不能过低。
2、每次安装板子后，检查4个buffer和水的reservoirs的橡胶垫是否翘起，若翘起需及时压回，橡胶垫使用次数过多导致其不能紧密贴合在reservoirs上时需更换。
3、每次运行前务必检查pop7胶的胶面，以免液面过低吸入空气产生气泡。
4、测序仪的Oven尽量不要打开，打开后需要做空间校正。
5、测序仪所链接的电脑中的参数请勿擅自改动，如电脑中的系统时间。
ABI-3500xL基因分析仪操作流程图
ABI 3500xL基因分析仪操作流程一、标准测序反应（一）质粒测序标准实验流程1．对质粒DNA的质量和浓度要求纯度：OD 260/OD 280= 1.6~2.0，用量：每反应150~300 ng。
2．测序 PCR 反应标准反应体系：3．测序产物纯化：使用Edge Bio收集柱进行纯化。
（1）离心850g，3min柱子，弃掉收集管，换新的EP管。
（2）将待纯化样品加到柱子中间，注意不要加到离心柱侧壁上。
（3）离心850g，3min，弃掉柱子，即得纯化产物。
（4）取10 µL Hi-Di Formamide加入96孔板中，再加入10 µL待测样品，振荡混匀离心。
（二）PCR 产物测序标准实验流程1．对PCR 产物的要求纯度：OD 260/ OD280=1.6~2.0，用量：每反应10~100 ng。
强烈建议在测序前，先纯化PCR产物。
2．PCR产物的测序 PCR 反应标准反应体系：3．测序产物纯化：方法同上。
二、上机测序（一）启动系统1.打开电脑，检查电脑右下角处3500监控状态是否正常启动。
2.打开3500 xL仪器电源，等待仪器自检，指示灯由黄色变为绿色即为自检完成。
3.启动电脑桌面Data collection software。
4.检查维护提醒：浏览维护提醒，若已完成点击。
5.检查耗材状态：点击“Refresh”，更新后检查仪表盘上各种耗材的状态（POP7、ABC、CBC和毛细管），若指示针在可用围则可继续，若在指示针在红色区域中，则需更换耗材后再继续。
6.仪器预热：点击仪表盘上的“Start Pre-heat”按钮预热炉子和泳道。
（二）放置待测样品1. 检查确保橡胶隔板均通透后，将其小心盖在加有待测样品的96孔板上，注意孔对孔盖好。
2. 将板子放入板架中，盖好固定盖，确保所有孔都一一对齐，即组装好测序板子。
3. 按仪器的TRAY按钮，使托盘出仓，之后将组装好的板子放入自动采样器中，注意有标记的一侧面对操作者。
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3500基因测序仪操作流程
一、启动仪器
1．按下仪器的电源键，当仪器指示灯为绿色时表明仪器正常开启。
2．打开与仪器连接的计算机，点击Ctrl+Alt+Delete界面，点击Administrator，输入密码：Administrator。
等待Daemon（隐藏图标），Server Monitor程序完全启动，Server Monitor图标上出现绿色对号时表示连接成功。
3．打开3500 Data Collection 软件，出现3500 Log In 登录界面，输入用户名和密码，本机用户名为：Administrator，密码为：Administrator1，点击“OK”，打开软件。
检查所有耗材的剩余用量、仪器的信息、耗材的使用信息以及仪器维护提示灯信息。
4. 确认检测阴性、阳极缓冲液在刻度线以上，以及确认所有耗材已恢复至室温。
注：3500测序所用到的阳极缓冲液、阴极缓冲液在仪器上可存放一周，POP 胶在仪器上存放一周后需置于2-8℃保存，洗液为一次性消耗品，不可重复使用。
5. 将阴性缓冲液、阳极缓冲液、洗液等耗材安装至仪器上后，点击refresh，确认所有耗材均为有效状态。
二、仪器维护
1. 于软件主界面点击Dashbord，于菜单栏中选择Maintenance Wizards选项。
2. 将装有阳极缓冲液的耗材从仪器中取下，安装没有阳极缓冲液的容器，选择WASH pumper chamber and chanels选项，按照仪器指示，开始清洗管路并重新给毛细管灌胶直至完成全部操作。
3. 从Maintenance进入Spatial界面，按图示指示进行空间定位。
结果应满足如
下要求：①峰高大致相同（大于6000）；②峰型尖锐，左右堆成；③橙色十字在峰顶端；④峰间距为13-16。
当结果满足要求时，选择“Accept Results”，否则，选择“Reject Results”，重新进行空间定位。
4. 从Maintenance进入Spectral界面，按图示指示进行光谱校准。
本仪器为8道毛细管，光谱校准品加样的位置为A1-H1，校准结果允许借用周边1道毛细管的结果；光谱校准通过显示绿色，借用信息为黄色箭头，失败为红色。
校准成功选择“Accept”，否则，选择“Reject”，重新进行光谱校准。
三、检测运行
1. 测序PCR（以BigDye Terminator v3.1试剂盒为例），标准质粒和样品推荐测序反应体系及反应条件如下：
标准质粒测序反应体系：引物4 μL，Big dye 1 μL，BigDye Seq Buffer 3.5μL，超纯水10.5 μL，模板1 μL。
样品测序反应体系：引物（10 μM）0.5 μL，Big dye 1 μL，BigDye Seq Buffer 3.5μL，超纯水14 μL，模板1 μL。
测序反应条件为：96 ℃ 1 min →(96 ℃10 sec →50 ℃ 5 sec →60 ℃4 min)×25个循环→4 ℃保温
2. 测序产物纯化（以CENTRI-SEP spin-columns纯化柱为例介绍）
①于纯化柱中加入800 μL的无RNase超纯水，颠倒混匀，室温静置30 min。
②上下颠倒除尽气泡，去掉纯化柱底部的盖子，置于2 mL洗脱管中，在将纯化柱上部的盖子打开后，盖上盖子，压入空气，柱中的液体自动流入洗脱管中直至自行终止，最后洗脱管中的液体大约为200-250 μL，弃掉滤液。
③750×g离心2 min去除多余液体，离心完毕后洗脱管中约有300 μL液体。
④将纯化柱转移至1.5 mL的样品收集管中，从柱的斜面上缓缓加入20 μL的PCR测序产物。
⑤ 750×g离心2 min，取滤液备用，静止重复离心。
3. 测序产物加样
①于待检测孔中加入10 μL的Hi-Di甲酰胺后，再次加入10 μL纯化后测序产物，混匀，尽量避免气泡产生，不加样的空中加入10 μL的超纯水。
②于96孔板上安装胶垫，按照顺序组装到自动进样器上。
4. 数据收集软件运行
①点击Start pre-heat预热30 min，POP7和POP4的胶预热到60 ℃，POP6的胶预热到50 ℃，预热后检查detection cell的温度。
②通过Main workflow键进入Set up视窗，选择Define Plate Properties界面建立新的样品反应板，在Name栏输入样品板的名称，板子类型：96孔板，毛细管长度：50 cm，胶以及测序类型根据需要选定。
③输入样本名称，选择相应的Assays，File Name Conventions，Results Groups。
④切换到Load Plates for Run视图，从Recent Plates找到要电泳的反应板，点
击Link Plate（灰色表示反应板连接上，黑色则表示没有连接上），点击Start Run 进行电泳。
⑤切换到Monitor Run 视图，通过Assay，Sample，EPT界面查看样品的电泳
情况；通过Flags Found 界面借助软件可直接判断样品的结果是否满足质量要求，红色旗帜表示不满足质量要求，绿色旗帜表示满足质量要求。
⑥进入Review Results视窗，点击View Fragment/HID Results 查看样品的电泳
结果。
如Offscale（峰过高，导致渗透峰产生），Board Peak（宽峰）等要素的图
标为绿色方块，Sizing Quality（内标的质量）为带对号的绿色方块，则表示满足质量要求；如Offscale，Board Peak 的图标为黄色三角形，Sizing Quality为带
X的红色方块，则表示不满足质量要求，可以通过Plot View和Sizing Table View 等界面分别查看样品的电泳图谱和内标的情况。
5. 测序结果分析
①点击sequence analysis V5.4软件，输入用户名DangDongCIQ，输入密码123456，打开软件。
②点击File，选择Add sample，选择所需分析测序文件。
③点击绿色三角形图标进行测序结果分析。
测序峰图的荧光信号强度正常范围为1000-3000，且峰间距明显，测序结果质量分数较高，可视为本次测序基本成功。
6. 常见问题及解决措施
（1）信号值太高
①样品浓度过高，应稀释样本浓度，降低进样时间。
②反应体系中DNA加入过量。
（2）无信号值
①测序反应失败。
②毛细管堵塞，重新灌胶。
③毛细管阵列弯曲，应重新更换毛细管阵列。
④毛细管破裂或损坏
（3）低信号值
①甲酰胺降解，更换新的Hi-Di甲酰胺。
②样本量不足，增加DNA的量。
③样本中盐浓度过高，采用蒸馏水或去离子水对样本进行稀释或采用去盐的纯化柱继续样本纯化。
④测序样本未充分混匀。
⑤DNA扩增效率低，重新扩增DNA或检查DNA质量。
⑥自动进样器超出校准范围。
检查样本体积，如果信号任然很低，联系ABI技术顾问。
（4）过高的基线
①管路中的胶可能存在污染，可采用conditional reagent清洗胶泵。
②胶中可能存在污染或晶体沉淀，将胶恢复至室温使用，如果胶已过期可更换新胶使用。
③弱的光谱校准，重新进行光谱校准。
（5）分辨率低
①进样量过多。
②低质量的水。
③POP胶已降解。
④毛细管阵列的进样次数超过160次。
⑤降解的甲酰胺。
⑥样品中盐浓度过高。
7. 关闭仪器
先将数据收集软件和
测序软件等程序关闭后，关闭仪器的电源，随
后关闭计算机。